chrom Lstart Lend Lstem Rstart Rend Rstem loop match% Indels score AT GC ATpairs GCpairs GTpairs Center Lseq Rseq intergenic tailL tailR polyTL polyTR strand TTseq FACoPscore locus_tag type start end strand_y stream seq aug_seq 3primeUTR 3primeUTRlen ID Rori|CP001287|1114666|1117812 2555 2560 6 2570 2575 6 9 100 0 12 50 50 50 50 0 2564 TCAGCT AGCTGA True GGGATACGT TTTTCAGGT False True + TCAGCT TAATTGAAT AGCTGA TTTTCAGGT 48 CDS_0011 intergenic 2167 2734 + down AATTGTGTAAATGTTCTCTTGCTAATTGTCTGCCATTCAGGTTATATTCAGGTTAAAATTACCTAGAGGCTGTTTTGTCACCCCTTTGGATCTAAACTCCAATTAGGAATTAGATACACCTGGCCAGCTAAGGTTATTCTAGGGTGACACCACTCGAATTTGACTCAAAGTAGTCACTCGTTTTCCAATTTCGTAAGAAAAATCATTAAAAATGGTTTTCTTCTTCTGTTCAGTTCTCAACTTATTCACCTAAAAAGCGTCTTAAATAAATGCTGGTGCTAACAAGTTTATTTTCCGAGGAGTCTATTACAAAATCAATAACAACCATTGTTATCTGATGGGTAGAGATACACCCAAAAAAATGGCAACCTCATCAGACGGGATACGTCAGCTTAATTGAATAGCTGATTTTCAGGTAAAAGATATAAGGTGAGTAGAATTTTGCATTGTTTCCCATTGACGTGAAGTCAATATTAGCAATCTAGACAATTTTTCAGCCAATTCACATTGACAGACACTCCATGGCGCAGTGTCATCACTTGTTACATAAAGTTTGAGGGAATTGCA AATTGTGTAAATGTTCTCTTGCTAATTGTCTGCCATTCAGGTTATATTCAGGTTAAAATTACCTAGAGGCTGTTTTGTCACCCCTTTGGATCTAAACTCCAATTAGGAATTAGATACACCTGGCCAGCTAAGGTTATTCTAGGGTGACACCACTCGAATTTGACTCAAAGTAGTCACTCGTTTTCCAATTTCGTAAGAAAAATCATTAAAAATGGTTTTCTTCTTCTGTTCAGTTCTCAACTTATTCACCTAAAAAGCGTCTTAAATAAATGCTGGTGCTAACAAGTTTATTTTCCGAGGAGTCTATTACAAAATCAATAACAACCATTGTTATCTGATGGGTAGAGATACACCCAAAAAAATGGCAACCTCATCAGACGGGATACGTCAGCTTAATTGAATAGCTGA 408 TTerm_0001 Rori|CP001287|1859639|1882563 840 853 14 862 875 14 8 78 0 13 82 17 90 9 0 857 AAAAAAAGCCATTT AAATCTCTTTATTT True TCCCAGACA TTTACCTTA True True + AAAAAAAGCCATTT GCATTGCA AAATCTCTTTATTT TTTACCTTA 34 CDS_0027 intergenic 813 956 + down GGTAAAAATTCTTGGATCTCCCAGACAAAAAAAGCCATTTGCATTGCAAAATCTCTTTATTTTTTACCTTACCACTATGTAGAGACGTTTAATGAAACGCCTCTACAAAAAGGGAATATTTCACCCAGATTTGTATAATTAAT TTCTCTAGAATCGTTGATTAATTAAGGTAAAAATTCTTGGATCTCCCAGACAAAAAAAGCCATTTGCATTGCAAAATCTCTTTATTTTTTACCTTACCACTATGTAGAGACGTTTAATGAAACGCCTCTACAAAAAGGGAATATTTCACCCAGATTTGTATAATTAATCAATGGCTACGAGGACAGGTTTCTA GGTAAAAATTCTTGGATCTCCCAGACAAAAAAAGCCATTTGCATTGCAAAATCTCTTTATTT 62 TTerm_0002 Rori|CP001287|1859639|1882563 840 853 14 862 875 14 8 78 0 13 82 17 90 9 0 857 AAAAAAAGCCATTT AAATCTCTTTATTT True TCCCAGACA TTTACCTTA True True + AAAAAAAGCCATTT GCATTGCA AAATCTCTTTATTT TTTACCTTA 34 CDS_0028 intergenic 813 956 - down ATTAATTATACAAATCTGGGTGAAATATTCCCTTTTTGTAGAGGCGTTTCATTAAACGTCTCTACATAGTGGTAAGGTAAAAAATAAAGAGATTTTGCAATGCAAATGGCTTTTTTTGTCTGGGAGATCCAAGAATTTTTACC TAGAAACCTGTCCTCGTAGCCATTGATTAATTATACAAATCTGGGTGAAATATTCCCTTTTTGTAGAGGCGTTTCATTAAACGTCTCTACATAGTGGTAAGGTAAAAAATAAAGAGATTTTGCAATGCAAATGGCTTTTTTTGTCTGGGAGATCCAAGAATTTTTACCTTAATTAATCAACGATTCTAGAGAA GGTAAAAATTCTTGGATCTCCCAGACAAAAAAAGCCATTTGCATTGCAAAATCTCTTTATTT 62 TTerm_0003 Rori|CP001287|1883727|1886507 1801 1808 8 1813 1820 8 4 100 0 16 25 75 25 75 0 1810 GGTTGCGC GCGCAACC True CTGTTTTGG TACTTTTTC False True + GGTTGCGC TTCG GCGCAACC TACTTTTTC 64 CDS_0057 intergenic 1783 1820 + down TAATCCTCGCTGTTTTGGGTTGCGCTTCGGCGCAACC CACCCATGCGCCCTTACCCGCGTAGTAATCCTCGCTGTTTTGGGTTGCGCTTCGGCGCAACCTACTTTTTCATCAATTGTTCAACAG TAATCCTCGCTGTTTTGGGTTGCGCTTCGGCGCAACC 37 TTerm_0004 Rori|CP001287|1883727|1886507 1801 1808 8 1813 1820 8 4 100 0 16 25 75 25 75 0 1810 GGTTGCGC GCGCAACC True CTGTTTTGG TACTTTTTC False True + GGTTGCGC TTCG GCGCAACC TACTTTTTC 64 CDS_0058 intergenic 1783 1820 - down GGTTGCGCCGAAGCGCAACCCAAAACAGCGAGGATTA CTGTTGAACAATTGATGAAAAAGTAGGTTGCGCCGAAGCGCAACCCAAAACAGCGAGGATTACTACGCGGGTAAGGGCGCATGGGTG TAATCCTCGCTGTTTTGGGTTGCGCTTCGGCGCAACC 37 TTerm_0005 Rori|CP001287|4235122|4238268 2724 2738 15 2743 2757 15 4 93 0 25 56 43 57 42 0 2740 AGCAAAAGAGCGTCA TGACGCTCTTTTACT True AAACCCGCA CAGATAAAC True True + AGCAAAAGAGCGTCA ATGA TGACGCTCTTTTACT CAGATAAAC 82 CDS_0083 intergenic 2570 2792 - down GGCAGTTCTAAAGCCATTTTAGGTGAGTTTATCTGAGTAAAAGAGCGTCATCATTGACGCTCTTTTGCTGCGGGTTTTTTGGTATTATGCAGATATAGATAGAATTGCGGGTTGCGGCGATCAGTTGGCTTATTCATTGGGTCTATTGGCAACAGTCGAAAATCGTCGGTATTCCCTGTCTGATAAAAATAGGCTGCCAATGTATATGGATAAGTGGTTGTT ATGCCGAATTTTCAGAGACTAAATAGGCAGTTCTAAAGCCATTTTAGGTGAGTTTATCTGAGTAAAAGAGCGTCATCATTGACGCTCTTTTGCTGCGGGTTTTTTGGTATTATGCAGATATAGATAGAATTGCGGGTTGCGGCGATCAGTTGGCTTATTCATTGGGTCTATTGGCAACAGTCGAAAATCGTCGGTATTCCCTGTCTGATAAAAATAGGCTGCCAATGTATATGGATAAGTGGTTGTTATGTCAAGAAGAAAAAAGAGTTTTC AACAACCACTTATCCATATACATTGGCAGCCTATTTTTATCAGACAGGGAATACCGACGATTTTCGACTGTTGCCAATAGACCCAATGAATAAGCCAACTGATCGCCGCAACCCGCAATTCTATCTATATCTGCATAATACCAAAAAACCCGCAGCAAAAGAGCGTCAATGATGACGCTCTTTTACT 187 TTerm_0006 Rori|CP001287|553681|555957 855 862 8 870 877 8 7 87 0 11 93 6 100 0 0 865 AAATTATT AATAACTT True ATTAATTAA AACAAATGA True False - AAGTTATT GTTAGGT AATAATTT TTAATTAAT 30 CDS_0002 intergenic 799 989 + down ACAGTGATCAGTTATAAAGGTTGAGAAGGATTGATGTTAGTAAGTCAATTAATTAAAATTATTACCTAACAATAACTTAACAAATGAAGTATTTACTAAAAAACCAAACAATAATATAATAGGAATTAGCGGTATAAAAATTGAGCTAGGGTTGTACGTCCTGCTTACTGACTTCTGACTTCTAAAATTA ATTAACAGTTATTAGTAAACAGTAAACAGTGATCAGTTATAAAGGTTGAGAAGGATTGATGTTAGTAAGTCAATTAATTAAAATTATTACCTAACAATAACTTAACAAATGAAGTATTTACTAAAAAACCAAACAATAATATAATAGGAATTAGCGGTATAAAAATTGAGCTAGGGTTGTACGTCCTGCTTACTGACTTCTGACTTCTAAAATTATGACCCAATATTACCAAATTCGCAT TAATTTTAGAAGTCAGAAGTCAGTAAGCAGGACGTACAACCCTAGCTCAATTTTTATACCGCTAATTCCTATTATATTATTGTTTGGTTTTTTAGTAAATACTTCATTTGTTAAGTTATTGTTAGGTAATAATT 134 TTerm_0007 Rori|CP001287|1859639|1882563 840 853 14 862 875 14 8 78 0 13 82 17 90 9 0 857 AAAAAAAGCCATTT AAATCTCTTTATTT True TCCCAGACA TTTACCTTA True True - AAATAAAGAGATTT TGCAATGC AAATGGCTTTTTTT TGTCTGGGA 34 CDS_0027 intergenic 813 956 + down GGTAAAAATTCTTGGATCTCCCAGACAAAAAAAGCCATTTGCATTGCAAAATCTCTTTATTTTTTACCTTACCACTATGTAGAGACGTTTAATGAAACGCCTCTACAAAAAGGGAATATTTCACCCAGATTTGTATAATTAAT TTCTCTAGAATCGTTGATTAATTAAGGTAAAAATTCTTGGATCTCCCAGACAAAAAAAGCCATTTGCATTGCAAAATCTCTTTATTTTTTACCTTACCACTATGTAGAGACGTTTAATGAAACGCCTCTACAAAAAGGGAATATTTCACCCAGATTTGTATAATTAATCAATGGCTACGAGGACAGGTTTCTA ATTAATTATACAAATCTGGGTGAAATATTCCCTTTTTGTAGAGGCGTTTCATTAAACGTCTCTACATAGTGGTAAGGTAAAAAATAAAGAGATTTTGCAATGCAAATGGCTTTTTT 116 TTerm_0008 Rori|CP001287|1859639|1882563 840 853 14 862 875 14 8 78 0 13 82 17 90 9 0 857 AAAAAAAGCCATTT AAATCTCTTTATTT True TCCCAGACA TTTACCTTA True True - AAATAAAGAGATTT TGCAATGC AAATGGCTTTTTTT TGTCTGGGA 34 CDS_0028 intergenic 813 956 - down ATTAATTATACAAATCTGGGTGAAATATTCCCTTTTTGTAGAGGCGTTTCATTAAACGTCTCTACATAGTGGTAAGGTAAAAAATAAAGAGATTTTGCAATGCAAATGGCTTTTTTTGTCTGGGAGATCCAAGAATTTTTACC TAGAAACCTGTCCTCGTAGCCATTGATTAATTATACAAATCTGGGTGAAATATTCCCTTTTTGTAGAGGCGTTTCATTAAACGTCTCTACATAGTGGTAAGGTAAAAAATAAAGAGATTTTGCAATGCAAATGGCTTTTTTTGTCTGGGAGATCCAAGAATTTTTACCTTAATTAATCAACGATTCTAGAGAA ATTAATTATACAAATCTGGGTGAAATATTCCCTTTTTGTAGAGGCGTTTCATTAAACGTCTCTACATAGTGGTAAGGTAAAAAATAAAGAGATTTTGCAATGCAAATGGCTTTTTT 116 TTerm_0009 Rori|CP001287|1859639|1882563 19659 19664 6 19673 19678 6 8 100 0 12 100 0 100 0 0 19668 ATTTTA TAAAAT True CCAAAATGA TAATTAGAA True False - ATTTTA TTGCCTAC TAAAAT TCATTTTGG 24 CDS_0047 intergenic 19618 19731 + down ATGATTAAAGTAGGATGCGTCCCCCGACGCATCCAAAATGATTTTAGTAGGCAATAAAATTAATTAGAAATTGTTCATCACTAACTGTTTTGTAAGGTCAAGTTGAGTCAAAA TTTCCCTGAAGTTGCTCGCCTCTAAATGATTAAAGTAGGATGCGTCCCCCGACGCATCCAAAATGATTTTAGTAGGCAATAAAATTAATTAGAAATTGTTCATCACTAACTGTTTTGTAAGGTCAAGTTGAGTCAAAATGGTAGAAACAACAACCAGTAAACC TTTTGACTCAACTTGACCTTACAAAACAGTTAGTGATGAACAATTTCTAATTAATTTTATTGCCTACTAAAA 72 TTerm_0010 Rori|CP001287|4235122|4238268 2724 2738 15 2743 2757 15 4 93 0 25 56 43 57 42 0 2740 AGCAAAAGAGCGTCA TGACGCTCTTTTACT True AAACCCGCA CAGATAAAC True True - AGTAAAAGAGCGTCA TCAT TGACGCTCTTTTGCT TGCGGGTTT 82 CDS_0083 intergenic 2570 2792 - down GGCAGTTCTAAAGCCATTTTAGGTGAGTTTATCTGAGTAAAAGAGCGTCATCATTGACGCTCTTTTGCTGCGGGTTTTTTGGTATTATGCAGATATAGATAGAATTGCGGGTTGCGGCGATCAGTTGGCTTATTCATTGGGTCTATTGGCAACAGTCGAAAATCGTCGGTATTCCCTGTCTGATAAAAATAGGCTGCCAATGTATATGGATAAGTGGTTGTT ATGCCGAATTTTCAGAGACTAAATAGGCAGTTCTAAAGCCATTTTAGGTGAGTTTATCTGAGTAAAAGAGCGTCATCATTGACGCTCTTTTGCTGCGGGTTTTTTGGTATTATGCAGATATAGATAGAATTGCGGGTTGCGGCGATCAGTTGGCTTATTCATTGGGTCTATTGGCAACAGTCGAAAATCGTCGGTATTCCCTGTCTGATAAAAATAGGCTGCCAATGTATATGGATAAGTGGTTGTTATGTCAAGAAGAAAAAAGAGTTTTC GGCAGTTCTAAAGCCATTTTAGGTGAGTTTATCTGAGTAAAAGAGCGTCATCATTGACGCTCTTTTGC 68 TTerm_0011