chrom Lstart Lend Lstem Rstart Rend Rstem loop match% Indels score AT GC ATpairs GCpairs GTpairs Center Lseq Rseq intergenic tailL tailR polyTL polyTR strand TTseq FACoPscore locus_tag type start end strand_y stream seq aug_seq 3primeUTR 3primeUTRlen ID MRSA_WT_1 1095 1109 15 1116 1130 15 6 100 0 30 73 26 73 26 0 1112 AAAAAGAGGTTTTCA TGAAAACCTCTTTTT True AATAGCATA GTTGTTGGT True True + AAAAAGAGGTTTTCA TTAAGT TGAAAACCTCTTTTT GTTGTTGGT 68 MRSA_WT_00001 intergenic 1082 1202 + down GTTTAATAGCATAAAAAGAGGTTTTCATTAAGTTGAAAACCTCTTTTTGTTGTTGGTATTAATTTTTCAAATGTTGACTACTCAATCCTAAATTATAAATAGTATAGCGCAGCAAATGCT TTTAAACGCAATTATTGCTGTGTAAGTTTAATAGCATAAAAAGAGGTTTTCATTAAGTTGAAAACCTCTTTTTGTTGTTGGTATTAATTTTTCAAATGTTGACTACTCAATCCTAAATTATAAATAGTATAGCGCAGCAAATGCTTAAGAAATTTTTTCTATGGCACAAA GTTTAATAGCATAAAAAGAGGTTTTCATTAAGTTGAAAACCTCTTTTT 48 TTerm_0001 MRSA_WT_1 7085 7096 12 7103 7114 12 6 91 0 19 54 45 54 45 0 7099 ACACCAAGTAAC GTTGCTTGGTGT True TTGTAATGA TTTTTGGTA False True + ACACCAAGTAAC GTTTCG GTTGCTTGGTGT TTTTTGGTA 62 MRSA_WT_00006 intergenic 7045 7371 + down AGTAGTGACATAATTTAAAATAATATTACATTTGTAATGACACCAAGTAACGTTTCGGTTGCTTGGTGTTTTTTGGTATGAATTACTTTCTGTTACAAAACATTCTAAAGCGTTCTTGTTATGTTTTATTAAGATTTTAATTACAAAACGGAAACTAAATTGTAATAAAATAAAACTTTATTTTATAAAATGATGATGATAAAATTGAGTGAACTTAAAATATTGTACAAAATAATATGGCTATAAACATAATATGAGGGAGCGTATATTTTTAGCATAATTCTTAACAACACAGCAGAGAACAGACAACCAGGAGGAAAATGAAA AGGTTTGGAAATAAAAAGTATTTAAAGTAGTGACATAATTTAAAATAATATTACATTTGTAATGACACCAAGTAACGTTTCGGTTGCTTGGTGTTTTTTGGTATGAATTACTTTCTGTTACAAAACATTCTAAAGCGTTCTTGTTATGTTTTATTAAGATTTTAATTACAAAACGGAAACTAAATTGTAATAAAATAAAACTTTATTTTATAAAATGATGATGATAAAATTGAGTGAACTTAAAATATTGTACAAAATAATATGGCTATAAACATAATATGAGGGAGCGTATATTTTTAGCATAATTCTTAACAACACAGCAGAGAACAGACAACCAGGAGGAAAATGAAATGAATTTGTTAAAGAAAAATAAATA AGTAGTGACATAATTTAAAATAATATTACATTTGTAATGACACCAAGTAACGTTTCGGTTGCTTGGTGT 69 TTerm_0002 MRSA_WT_1 21139 21144 6 21152 21157 6 7 100 0 12 100 0 100 0 0 21147 TATAAT ATTATA True AGTTGAAAT AAATTTTCT False True + TATAAT GATAAAA ATTATA AAATTTTCT 24 MRSA_WT_00013 intergenic 20987 21538 + down AATTCTTTCATCATATTTTTAGATTAAATTACTTAAATTTATCAACTTTCGTAAGTGAATTATGTTATAATTTAAAACGAAGCTTAAAAGTGTTGTTTAGAAAACACATATTAGTAAAAAGTGCCATTTTGTTTCTCATTTTCAGTTGAAATATAATGATAAAAATTATAAAATTTTCTATGAGTTACAAATATGATGTGCATCATATTTTACTAAGTACGTAAATGTTACAGTTCATAAATTTATGCTAACCATGAAAATGGGATAGCAATTATTTTGAAAACTAGAGTTTATCGCCTACAAAAGTTACAAAAACATGTAGTTTTAGACACGGTAACATTTTATGTCAAGTAAGTGACTATAGAATGTATGGTGTCAATGAAAGACAATACGATTTAAATTTAGTCGTGTAATGTAGGCATTGGTTGAGGATTTAAAATAATTATCTGGTCATAAAATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCATTTTCTAATTGAAAGTGAGGTGGACGAGT AATTCTTTCATCATATTTTTAGATTAAATTACTTAAATTTATCAACTTTCGTAAGTGAATTATGTTATAATTTAAAACGAAGCTTAAAAGTGTTGTTTAGAAAACACATATTAGTAAAAAGTGCCATTTTGTTTCTCATTTTCAGTTGAAATATAATGATAAAAATTATA 170 TTerm_0003 MRSA_WT_1 21233 21240 8 21250 21257 8 9 87 0 11 50 50 42 57 0 21244 TGCTAACC GGATAGCA True TAAATTTAT ATTATTTTG False True + TGCTAACC ATGAAAATG GGATAGCA ATTATTTTG 46 MRSA_WT_00013 intergenic 20987 21538 + down AATTCTTTCATCATATTTTTAGATTAAATTACTTAAATTTATCAACTTTCGTAAGTGAATTATGTTATAATTTAAAACGAAGCTTAAAAGTGTTGTTTAGAAAACACATATTAGTAAAAAGTGCCATTTTGTTTCTCATTTTCAGTTGAAATATAATGATAAAAATTATAAAATTTTCTATGAGTTACAAATATGATGTGCATCATATTTTACTAAGTACGTAAATGTTACAGTTCATAAATTTATGCTAACCATGAAAATGGGATAGCAATTATTTTGAAAACTAGAGTTTATCGCCTACAAAAGTTACAAAAACATGTAGTTTTAGACACGGTAACATTTTATGTCAAGTAAGTGACTATAGAATGTATGGTGTCAATGAAAGACAATACGATTTAAATTTAGTCGTGTAATGTAGGCATTGGTTGAGGATTTAAAATAATTATCTGGTCATAAAATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCATTTTCTAATTGAAAGTGAGGTGGACGAGT AATTCTTTCATCATATTTTTAGATTAAATTACTTAAATTTATCAACTTTCGTAAGTGAATTATGTTATAATTTAAAACGAAGCTTAAAAGTGTTGTTTAGAAAACACATATTAGTAAAAAGTGCCATTTTGTTTCTCATTTTCAGTTGAAATATAATGATAAAAATTATAAAATTTTCTATGAGTTACAAATATGATGTGCATCATATTTTACTAAGTACGTAAATGTTACAGTTCATAAATTTATGCTAACCATGAAAATGGGATAGCA 270 TTerm_0004 MRSA_WT_1 21479 21491 13 21498 21510 13 6 92 0 21 61 38 58 41 0 21494 ATGGCTCTTGAAA TTTCTAGAGCCAT True TAGAATATA TTTCTAATT False True + ATGGCTCTTGAAA AACCTA TTTCTAGAGCCAT TTTCTAATT 50 MRSA_WT_00013 intergenic 20987 21538 + down AATTCTTTCATCATATTTTTAGATTAAATTACTTAAATTTATCAACTTTCGTAAGTGAATTATGTTATAATTTAAAACGAAGCTTAAAAGTGTTGTTTAGAAAACACATATTAGTAAAAAGTGCCATTTTGTTTCTCATTTTCAGTTGAAATATAATGATAAAAATTATAAAATTTTCTATGAGTTACAAATATGATGTGCATCATATTTTACTAAGTACGTAAATGTTACAGTTCATAAATTTATGCTAACCATGAAAATGGGATAGCAATTATTTTGAAAACTAGAGTTTATCGCCTACAAAAGTTACAAAAACATGTAGTTTTAGACACGGTAACATTTTATGTCAAGTAAGTGACTATAGAATGTATGGTGTCAATGAAAGACAATACGATTTAAATTTAGTCGTGTAATGTAGGCATTGGTTGAGGATTTAAAATAATTATCTGGTCATAAAATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCATTTTCTAATTGAAAGTGAGGTGGACGAGT AATTCTTTCATCATATTTTTAGATTAAATTACTTAAATTTATCAACTTTCGTAAGTGAATTATGTTATAATTTAAAACGAAGCTTAAAAGTGTTGTTTAGAAAACACATATTAGTAAAAAGTGCCATTTTGTTTCTCATTTTCAGTTGAAATATAATGATAAAAATTATAAAATTTTCTATGAGTTACAAATATGATGTGCATCATATTTTACTAAGTACGTAAATGTTACAGTTCATAAATTTATGCTAACCATGAAAATGGGATAGCAATTATTTTGAAAACTAGAGTTTATCGCCTACAAAAGTTACAAAAACATGTAGTTTTAGACACGGTAACATTTTATGTCAAGTAAGTGACTATAGAATGTATGGTGTCAATGAAAGACAATACGATTTAAATTTAGTCGTGTAATGTAGGCATTGGTTGAGGATTTAAAATAATTATCTGGTCATAAAATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCAT 523 TTerm_0005 MRSA_WT_1 37091 37097 7 37105 37111 7 7 100 0 14 71 28 71 28 0 37100 CACATTT AAATGTG True TAGATTCAC AACATTTTT False True + CACATTT GTTACTG AAATGTG AACATTTTT 36 MRSA_WT_00026 intergenic 36821 37360 + down TATTCCAAGGAAACTATAGACTACTTAACTAATATGTCATGTTGAAGTAGAATATTATCTTTGAATCGACAATTTTAAACTTGTAGCCATTCTAAGAGTATATTACTTTTAGAGTGGCTATTATTTTTTGTATAGAAATAAAGGTGTACTGCACTTAACGATTGTTATAATACTTCAACACTTGTTCAATTTCACAATTATTAAAGATTATGACTGATTGCAGTAATTAAAATTATAACTATGAATTATCTGTAAATATAATAGATTCACACATTTGTTACTGAAATGTGAACATTTTTCAACAAATGCAATTGGTATTTGAAAAGGCTTTCTCAAAATATTACAATTAAAAATGAAAAAAGTTTATATAAAATTAAAATATATCGTTCGTTATCATTTAGCGTTTGTTTTTATTTCAAGCTTTTCGCTAAATTTTTCCAAACAAAAATATGTTACTGTAAATTAAAATATGGTAAACTATGAAAATGAAATGAAAACATGTTATTATAATGAATAAAACGTTTACAAGGAGGAAATTA ATATAACGCTAAAAAGTTAAAATAATATTCCAAGGAAACTATAGACTACTTAACTAATATGTCATGTTGAAGTAGAATATTATCTTTGAATCGACAATTTTAAACTTGTAGCCATTCTAAGAGTATATTACTTTTAGAGTGGCTATTATTTTTTGTATAGAAATAAAGGTGTACTGCACTTAACGATTGTTATAATACTTCAACACTTGTTCAATTTCACAATTATTAAAGATTATGACTGATTGCAGTAATTAAAATTATAACTATGAATTATCTGTAAATATAATAGATTCACACATTTGTTACTGAAATGTGAACATTTTTCAACAAATGCAATTGGTATTTGAAAAGGCTTTCTCAAAATATTACAATTAAAAATGAAAAAAGTTTATATAAAATTAAAATATATCGTTCGTTATCATTTAGCGTTTGTTTTTATTTCAAGCTTTTCGCTAAATTTTTCCAAACAAAAATATGTTACTGTAAATTAAAATATGGTAAACTATGAAAATGAAATGAAAACATGTTATTATAATGAATAAAACGTTTACAAGGAGGAAATTATGACAGTTACTATATATGATGTAGC TATTCCAAGGAAACTATAGACTACTTAACTAATATGTCATGTTGAAGTAGAATATTATCTTTGAATCGACAATTTTAAACTTGTAGCCATTCTAAGAGTATATTACTTTTAGAGTGGCTATTATTTTTTGTATAGAAATAAAGGTGTACTGCACTTAACGATTGTTATAATACTTCAACACTTGTTCAATTTCACAATTATTAAAGATTATGACTGATTGCAGTAATTAAAATTATAACTATGAATTATCTGTAAATATAATAGATTCACACATTTGTTACTGAAATGTG 290 TTerm_0006 MRSA_WT_1 47373 47402 30 47408 47438 31 5 80 3 25 77 22 76 24 0 47404 AAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTC GAAAATAATCTTACTGCTGTTTTTAATATTT True TTTAGAGTA GGATTCATT True True + AAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTC TAATT GAAAATAATCTTACTGCTGTTTTTAATATTT GGATTCATT 58 MRSA_WT_00032 intergenic 47275 47478 + down TTAACTGGATATAGCATATGTATGATTAACTTTGTAGACAATGTGAAAGCAATTAATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTACTGCTGTTTTTAATATTTGGATTCATTGTTGTGGTTACTTTAAAAAGTGAGCATCAAT TAAATTCAGAAAAGAATCTAAATAATTAACTGGATATAGCATATGTATGATTAACTTTGTAGACAATGTGAAAGCAATTAATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTACTGCTGTTTTTAATATTTGGATTCATTGTTGTGGTTACTTTAAAAAGTGAGCATCAATTAACGCTTTTTTCGATTTAACAAAT TTAACTGGATATAGCATATGTATGATTAACTTTGTAGACAATGTGAAAGCAATTAATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTACTGCTGTTTTTAATATTT 163 TTerm_0007 MRSA_WT_1 62719 62739 21 62745 62765 21 5 76 0 17 71 28 68 31 0 62741 TAATAATTGAAGTTAGCCAAC GTTGTCTAGCTTCTTTTTTTA True GATGAGTTT TATGGATAT False True + TAATAATTGAAGTTAGCCAAC TGTAT GTTGTCTAGCTTCTTTTTTTA TATGGATAT 58 MRSA_WT_00045 intergenic 62657 63004 + down AAACTAGTATGTAGTTATACTTAAATAATATGAGCTCTCTGTCAAATTGGACTGATGAGTTTAATAATTGAAGTTAGCCAACTGTATGTTGTCTAGCTTCTTTTTTTATATGGATATATGAAAGGGACAATAAATATAAATAGCAATTGTTTAAAGATAAACGTAATCAAAAGTGTTGTTTTAATTAATATAAGTAGTGAAAAAAGCATAATCACACAGCTGTTTAATATAGAGTGAAATAGTCTAATTCTTATTTAATAAGTAGAAATAAGATTATTTTGCGCTATAACCTTTATTTTTTGTCGGATAATAGTATAATGCTTGAGTAAAACAATTTTAACGATTGA TGAAGAAGAAGTTATTAAGCAATAGAAACTAGTATGTAGTTATACTTAAATAATATGAGCTCTCTGTCAAATTGGACTGATGAGTTTAATAATTGAAGTTAGCCAACTGTATGTTGTCTAGCTTCTTTTTTTATATGGATATATGAAAGGGACAATAAATATAAATAGCAATTGTTTAAAGATAAACGTAATCAAAAGTGTTGTTTTAATTAATATAAGTAGTGAAAAAAGCATAATCACACAGCTGTTTAATATAGAGTGAAATAGTCTAATTCTTATTTAATAAGTAGAAATAAGATTATTTTGCGCTATAACCTTTATTTTTTGTCGGATAATAGTATAATGCTTGAGTAAAACAATTTTAACGATTGATGATTAATGAAAGAGAAGTGTTTAT AAACTAGTATGTAGTTATACTTAAATAATATGAGCTCTCTGTCAAATTGGACTGATGAGTTTAATAATTGAAGTTAGCCAACTGTATGTTGTCTAGCTTCTTTTTTTA 108 TTerm_0008 MRSA_WT_1 81863 81876 14 81884 81897 14 7 78 0 13 78 21 81 18 0 81879 AAACGAATATAAAT ATTTAAACCCGTTT True CAACAGTCA TTAACTGGT False True + AAACGAATATAAAT CAAATAA ATTTAAACCCGTTT TTAACTGGT 26 MRSA_WT_00060 intergenic 81768 81963 + down AAATAATTAACGTTTAATTAAATTGCTTAAAAGTTAGCAATAAAGATTCATTAAAATGATGAAAATGAAAGTTTATGATAAACATTCAACAGTCAAACGAATATAAATCAAATAAATTTAAACCCGTTTTTAACTGGTCAAGTTCAGTTTAAGGCTCTAAATGGTTAGAACAGAGGTTATTTGGAGGTTTTCCTA AATGAAACTTACAGATTTACAATAAAAATAATTAACGTTTAATTAAATTGCTTAAAAGTTAGCAATAAAGATTCATTAAAATGATGAAAATGAAAGTTTATGATAAACATTCAACAGTCAAACGAATATAAATCAAATAAATTTAAACCCGTTTTTAACTGGTCAAGTTCAGTTTAAGGCTCTAAATGGTTAGAACAGAGGTTATTTGGAGGTTTTCCTATGTTTAAAGATTTTTTTAATCGAAC AAATAATTAACGTTTAATTAAATTGCTTAAAAGTTAGCAATAAAGATTCATTAAAATGATGAAAATGAAAGTTTATGATAAACATTCAACAGTCAAACGAATATAAATCAAATAAATTTAAACCCGTTT 129 TTerm_0009 MRSA_WT_1 86790 86805 16 86815 86830 16 9 93 0 27 65 34 66 33 0 86809 AAAGACGTCTTTCCAT ATGGAAAGACGTTTTT True TTATAAATA TTGGTTTAT False True + AAAGACGTCTTTCCAT TTATCAACT ATGGAAAGACGTTTTT TTGGTTTAT 70 MRSA_WT_00064 intergenic 86780 87130 + down TTTATAAATAAAGACGTCTTTCCATTTATCAACTATGGAAAGACGTTTTTTTGGTTTATCTGGTATTTTATGACTCAATTAATAGGTTATTTGATAAAGATAATGTATGAATAGCAATCTATATAAATATTTATATCTTTTATACATGTACATTATCAGCTTTAAACTTTCACTCATTTTACTTTGGAAAGTTATTATAAAATAGAAATATGGATGTATTTCTGAAATGATACATTATTAAATAGATGAGAAAGTAAAAGTATTGAGCCAAGTTCGCAATTTAATATATAAGTTGCATATAAAAACCCCTGTTGAACTTTAATATATTCAACAGGGGTAAAACTTGTTAT TGAAGGATATGCAAACGTACTATAATTTATAAATAAAGACGTCTTTCCATTTATCAACTATGGAAAGACGTTTTTTTGGTTTATCTGGTATTTTATGACTCAATTAATAGGTTATTTGATAAAGATAATGTATGAATAGCAATCTATATAAATATTTATATCTTTTATACATGTACATTATCAGCTTTAAACTTTCACTCATTTTACTTTGGAAAGTTATTATAAAATAGAAATATGGATGTATTTCTGAAATGATACATTATTAAATAGATGAGAAAGTAAAAGTATTGAGCCAAGTTCGCAATTTAATATATAAGTTGCATATAAAAACCCCTGTTGAACTTTAATATATTCAACAGGGGTAAAACTTGTTATTAGTTATTTGATTTAGCAGCGATAC TTTATAAATAAAGACGTCTTTCCATTTATCAACTATGGAAAGACGTTTTT 50 TTerm_0010 MRSA_WT_1 96138 96146 9 96151 96159 9 4 88 0 13 77 22 75 25 0 96148 TAATCAAGA TCATGATTA True TGGAGTGCT TGTCATTTT False True + TAATCAAGA ACAA TCATGATTA TGTCATTTT 42 MRSA_WT_00070 intergenic 96018 96312 + down CTTATTCTTACCTATAAAAATTTAAAATAGCAGCATAAAAATATTAAAAAGTAGACATAATCATGAAATGATAATGTGCATCTCAAAAGTTGGACTTTTAACCTGACTTTATGGAGTGCTAATCAAGAACAATCATGATTATGTCATTTTTATTTTTTAGCTTAGTCTATATAGTCACTTGTTTTATTTGAAATTAGGTCGTGTATAAATACTCTATGAGATAGTTTCTTTAATTACGACATCACAGTCGAATATGCTAAAATATATATAAATTAGTTCTGGAGGTTAAAATTG TCCATTTGGTTCTGACGATTCATAACTTATTCTTACCTATAAAAATTTAAAATAGCAGCATAAAAATATTAAAAAGTAGACATAATCATGAAATGATAATGTGCATCTCAAAAGTTGGACTTTTAACCTGACTTTATGGAGTGCTAATCAAGAACAATCATGATTATGTCATTTTTATTTTTTAGCTTAGTCTATATAGTCACTTGTTTTATTTGAAATTAGGTCGTGTATAAATACTCTATGAGATAGTTTCTTTAATTACGACATCACAGTCGAATATGCTAAAATATATATAAATTAGTTCTGGAGGTTAAAATTGTGAATAAATTAGTATTAATCGATGG CTTATTCTTACCTATAAAAATTTAAAATAGCAGCATAAAAATATTAAAAAGTAGACATAATCATGAAATGATAATGTGCATCTCAAAAGTTGGACTTTTAACCTGACTTTATGGAGTGCTAATCAAGAACAATCATGATTA 141 TTerm_0011 MRSA_WT_1 114941 114948 8 114958 114965 8 9 87 0 11 56 43 57 42 0 114952 CGCTCAAA TTTGATCG True AAAGTTGAC GAGCTTTTT False True + CGCTCAAA TAGTTTAAC TTTGATCG GAGCTTTTT 30 MRSA_WT_00086 intergenic 114897 115051 + down TCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTTTATAATGTATACCGAAAGGTTCAAATATTATATAATGGTAGAGTTGAAAGAGAATATAAAAAAGTGAGGATATAAAA TAATAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTTTATAATGTATACCGAAAGGTTCAAATATTATATAATGGTAGAGTTGAAAGAGAATATAAAAAAGTGAGGATATAAAATGAAAGTTAATCCTAATAATATAGA TCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCG 68 TTerm_0012 MRSA_WT_1 115772 115787 16 115795 115810 16 7 75 0 12 87 12 91 8 0 115790 TTATAATTTATTTAAG CTTAATTGGATTTTAA True TAGAAAGAT ATTATGTTA False True + TTATAATTTATTTAAG CATCGTA CTTAATTGGATTTTAA ATTATGTTA 32 MRSA_WT_00087 intergenic 115641 115858 + down TTTTTGTACGACAAAACTTATACAAAAATTTTAAAAATAATGTAAGCACGAAACTTTTAATTAGTACACAATTGATAACATTTTTCAACGTTCATCATTTTGTCAAAAACTCAAAAGTAAATTAGAAAGATTATAATTTATTTAAGCATCGTACTTAATTGGATTTTAAATTATGTTATAATATTTGTATTGTTAGTATATATGGGGGCGTTTCAAA TTTAATTGAACCGTATATTTCATAGTTTTTGTACGACAAAACTTATACAAAAATTTTAAAAATAATGTAAGCACGAAACTTTTAATTAGTACACAATTGATAACATTTTTCAACGTTCATCATTTTGTCAAAAACTCAAAAGTAAATTAGAAAGATTATAATTTATTTAAGCATCGTACTTAATTGGATTTTAAATTATGTTATAATATTTGTATTGTTAGTATATATGGGGGCGTTTCAAATGCATTTTATTGCAATTAGTATAAA TTTTTGTACGACAAAACTTATACAAAAATTTTAAAAATAATGTAAGCACGAAACTTTTAATTAGTACACAATTGATAACATTTTTCAACGTTCATCATTTTGTCAAAAACTCAAAAGTAAATTAGAAAGATTATAATTTATTTAAGCATCGTACTTAATTGGATTTTAA 169 TTerm_0013 MRSA_WT_1 123435 123454 20 123462 123483 22 7 86 9 15 69 30 68 31 0 123457 AAAAAACGAGACAGTCTATT AATAGACGATGTCTCGTTTATT True TTCACATCA TTATGATGC True True + AAAAAACGAGACAGTCTATT AGTTAAA AATAGACGATGTCTCGTTTATT TTATGATGC 38 MRSA_WT_00094 intergenic 123279 123502 + down AAACTATCATCCATTTAAGTTGAATTATGCTTAGGATAGAATTCATTATTAAGGTTTAAGCAAAGGTTGTACATCTATATTTAGATTAAGATATCTAATATTCGCAGTGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATCAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGACGATGTCTCGTTTATTTTATGATGCTATAGCAAAT TCGTTCGAATAAGCGTGAAGATTAGAAACTATCATCCATTTAAGTTGAATTATGCTTAGGATAGAATTCATTATTAAGGTTTAAGCAAAGGTTGTACATCTATATTTAGATTAAGATATCTAATATTCGCAGTGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATCAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGACGATGTCTCGTTTATTTTATGATGCTATAGCAAATTAATTGTGTTTAGGCTTTGATGGAC AAACTATCATCCATTTAAGTTGAATTATGCTTAGGATAGAATTCATTATTAAGGTTTAAGCAAAGGTTGTACATCTATATTTAGATTAAGATATCTAATATTCGCAGTGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATCAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGACGATGTCTCGTTTATT 204 TTerm_0014 MRSA_WT_1 123460 123470 11 123475 123485 11 4 90 0 17 77 22 80 20 0 123472 AAAATAGACGA TCGTTTATTTT True ATTAGTTAA ATGATGCTA True True + AAAATAGACGA TGTC TCGTTTATTTT ATGATGCTA 50 MRSA_WT_00094 intergenic 123279 123502 + down AAACTATCATCCATTTAAGTTGAATTATGCTTAGGATAGAATTCATTATTAAGGTTTAAGCAAAGGTTGTACATCTATATTTAGATTAAGATATCTAATATTCGCAGTGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATCAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGACGATGTCTCGTTTATTTTATGATGCTATAGCAAAT TCGTTCGAATAAGCGTGAAGATTAGAAACTATCATCCATTTAAGTTGAATTATGCTTAGGATAGAATTCATTATTAAGGTTTAAGCAAAGGTTGTACATCTATATTTAGATTAAGATATCTAATATTCGCAGTGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATCAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGACGATGTCTCGTTTATTTTATGATGCTATAGCAAATTAATTGTGTTTAGGCTTTGATGGAC AAACTATCATCCATTTAAGTTGAATTATGCTTAGGATAGAATTCATTATTAAGGTTTAAGCAAAGGTTGTACATCTATATTTAGATTAAGATATCTAATATTCGCAGTGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATCAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGACGATGTCTCGTTTATTTT 206 TTerm_0015 MRSA_WT_1 130462 130472 11 130482 130492 11 9 81 0 12 81 18 88 11 0 130476 AAAAATTCTAA TTAGGAGTTTT True ACTAGTTAA GTTATGCAG True True + AAAAATTCTAA ACTAGTACA TTAGGAGTTTT GTTATGCAG 40 MRSA_WT_00100 intergenic 130392 130866 + down TAGTAATCTGTTCATCAAGTAGTATACGTGCTTGAAAACAAATTAAAACTCCTAATGTGGAACTAGTTAAAAAATTCTAAACTAGTACATTAGGAGTTTTGTTATGCAGAATAAATTTAATTGTTAAATTGAAAGTGTGGTAAAAACCCACTATTTATTTGAAAAAAATCGAGCAACCATATTAAACCTTGATATCCTAAGTAAATACATAATAAAACAAGTCCGACATAAATTAAAAATCGCAAAATAGAAAGTCCAACTCTAAAAAGGAGGATGACTAATAGTGCTATTAAAATAATTGTTAGTATACTCAATGCTACAAACCTCCTCATATGCTTTTAAATCATAACAAAATTATAAGCTATTTTAAATGAACGTGCATCAGTCCTAAGATATATCATGATTAAGGCTGAAGACTGAGGAAAATATACATAATAAAATATATAATTAGATGAAGACATTGGAGGCGAACTA ATCTAACGCATTTGGGCGTAAGTAATAGTAATCTGTTCATCAAGTAGTATACGTGCTTGAAAACAAATTAAAACTCCTAATGTGGAACTAGTTAAAAAATTCTAAACTAGTACATTAGGAGTTTTGTTATGCAGAATAAATTTAATTGTTAAATTGAAAGTGTGGTAAAAACCCACTATTTATTTGAAAAAAATCGAGCAACCATATTAAACCTTGATATCCTAAGTAAATACATAATAAAACAAGTCCGACATAAATTAAAAATCGCAAAATAGAAAGTCCAACTCTAAAAAGGAGGATGACTAATAGTGCTATTAAAATAATTGTTAGTATACTCAATGCTACAAACCTCCTCATATGCTTTTAAATCATAACAAAATTATAAGCTATTTTAAATGAACGTGCATCAGTCCTAAGATATATCATGATTAAGGCTGAAGACTGAGGAAAATATACATAATAAAATATATAATTAGATGAAGACATTGGAGGCGAACTATGAGATTGATATTTAGTATGATTAA TAGTAATCTGTTCATCAAGTAGTATACGTGCTTGAAAACAAATTAAAACTCCTAATGTGGAACTAGTTAAAAAATTCTAAACTAGTACATTAGGAGTTTT 100 TTerm_0016 MRSA_WT_1 134283 134293 11 134299 134309 11 5 100 0 22 54 45 54 45 0 134295 AACACCAGAAG CTTCTGGTGTT True GTCTAGTTA TTTTACTTT False True + AACACCAGAAG TGAAT CTTCTGGTGTT TTTTACTTT 68 MRSA_WT_00106 intergenic 134270 134490 + down TTTTGTCTAGTTAACACCAGAAGTGAATCTTCTGGTGTTTTTTACTTTTTATAAAACGTTTTTCATTATTATTTTCATTTTGTTATTAAAAAATGGGAATTTTAGACGTTATACTAAATGTGCGACTGCATAAGAGCCCCTAATCGCTAAACTATAAGGGGCTCTAATATGCTATAATTATTGGGAAAATGAAAATTATATGTAAAAGAGGTGAGATATA TTCTGTATATGCAGTAGCTGAATAATTTTGTCTAGTTAACACCAGAAGTGAATCTTCTGGTGTTTTTTACTTTTTATAAAACGTTTTTCATTATTATTTTCATTTTGTTATTAAAAAATGGGAATTTTAGACGTTATACTAAATGTGCGACTGCATAAGAGCCCCTAATCGCTAAACTATAAGGGGCTCTAATATGCTATAATTATTGGGAAAATGAAAATTATATGTAAAAGAGGTGAGATATATGTTTGTCGATCAAGTCAAAATATC TTTTGTCTAGTTAACACCAGAAGTGAATCTTCTGGTGTT 39 TTerm_0017 MRSA_WT_1 134307 134314 8 134320 134327 8 5 87 0 11 87 12 85 14 0 134316 GTTTTTTA TATAAAAC True CTTCTGGTG GTTTTTCAT False True + GTTTTTTA CTTTT TATAAAAC GTTTTTCAT 22 MRSA_WT_00106 intergenic 134270 134490 + down TTTTGTCTAGTTAACACCAGAAGTGAATCTTCTGGTGTTTTTTACTTTTTATAAAACGTTTTTCATTATTATTTTCATTTTGTTATTAAAAAATGGGAATTTTAGACGTTATACTAAATGTGCGACTGCATAAGAGCCCCTAATCGCTAAACTATAAGGGGCTCTAATATGCTATAATTATTGGGAAAATGAAAATTATATGTAAAAGAGGTGAGATATA TTCTGTATATGCAGTAGCTGAATAATTTTGTCTAGTTAACACCAGAAGTGAATCTTCTGGTGTTTTTTACTTTTTATAAAACGTTTTTCATTATTATTTTCATTTTGTTATTAAAAAATGGGAATTTTAGACGTTATACTAAATGTGCGACTGCATAAGAGCCCCTAATCGCTAAACTATAAGGGGCTCTAATATGCTATAATTATTGGGAAAATGAAAATTATATGTAAAAGAGGTGAGATATATGTTTGTCGATCAAGTCAAAATATC TTTTGTCTAGTTAACACCAGAAGTGAATCTTCTGGTGTTTTTTACTTTTTATAAAAC 57 TTerm_0018 MRSA_WT_1 134346 134351 6 134360 134365 6 8 100 0 12 83 16 83 16 0 134355 CATTTT AAAATG True ATTATTTTC GGAATTTTA False True + CATTTT GTTATTAA AAAATG GGAATTTTA 32 MRSA_WT_00106 intergenic 134270 134490 + down TTTTGTCTAGTTAACACCAGAAGTGAATCTTCTGGTGTTTTTTACTTTTTATAAAACGTTTTTCATTATTATTTTCATTTTGTTATTAAAAAATGGGAATTTTAGACGTTATACTAAATGTGCGACTGCATAAGAGCCCCTAATCGCTAAACTATAAGGGGCTCTAATATGCTATAATTATTGGGAAAATGAAAATTATATGTAAAAGAGGTGAGATATA TTCTGTATATGCAGTAGCTGAATAATTTTGTCTAGTTAACACCAGAAGTGAATCTTCTGGTGTTTTTTACTTTTTATAAAACGTTTTTCATTATTATTTTCATTTTGTTATTAAAAAATGGGAATTTTAGACGTTATACTAAATGTGCGACTGCATAAGAGCCCCTAATCGCTAAACTATAAGGGGCTCTAATATGCTATAATTATTGGGAAAATGAAAATTATATGTAAAAGAGGTGAGATATATGTTTGTCGATCAAGTCAAAATATC TTTTGTCTAGTTAACACCAGAAGTGAATCTTCTGGTGTTTTTTACTTTTTATAAAACGTTTTTCATTATTATTTTCATTTTGTTATTAAAAAATG 95 TTerm_0019 MRSA_WT_1 140383 140399 17 140405 140421 17 5 100 0 34 70 29 70 29 0 140401 TTAAAAAGGATGAAACG CGTTTCATCCTTTTTAA True AAGTGGTAT GTTATAAGT True True + TTAAAAAGGATGAAACG AATAG CGTTTCATCCTTTTTAA GTTATAAGT 92 MRSA_WT_00113 intergenic 140370 140645 + down CGAGAAGTGGTATTAAAAAGGATGAAACGAATAGCGTTTCATCCTTTTTAAGTTATAAGTAGTATGTAGAATAGCTTATTTTTATTCCAAAAAAAGAAATTGTGATACATAATAATTGTTAAATTTAAATTAAATATATCTATGACTATTTTTACTCCCTGCTCTAGTATGTTAATATGTATAAGGCTAATAAATTTTGTAAGAAAGATTTAACTTGCGTTATAAAATAGTATTCAAGTATTCTAAATACATACGTAAATAATGAGGTGTTCATG TATTAAACAAGTTGACCCTTCATAACGAGAAGTGGTATTAAAAAGGATGAAACGAATAGCGTTTCATCCTTTTTAAGTTATAAGTAGTATGTAGAATAGCTTATTTTTATTCCAAAAAAAGAAATTGTGATACATAATAATTGTTAAATTTAAATTAAATATATCTATGACTATTTTTACTCCCTGCTCTAGTATGTTAATATGTATAAGGCTAATAAATTTTGTAAGAAAGATTTAACTTGCGTTATAAAATAGTATTCAAGTATTCTAAATACATACGTAAATAATGAGGTGTTCATGTGAAGAAAAGTAGTAGAATAATTGC CGAGAAGTGGTATTAAAAAGGATGAAACGAATAGCGTTTCATCCTTTTTAA 51 TTerm_0020 MRSA_WT_1 143057 143065 9 143073 143081 9 7 88 0 13 94 5 100 0 0 143068 TTTAGATAA TTATTTAAA True CTTGATTAT GTAATTTTA False True + TTTAGATAA GTGCTTT TTATTTAAA GTAATTTTA 26 MRSA_WT_00114 intergenic 142924 143127 + down AATGAATTAAGCGGTATGTGAAACAATAAAGAGTTCACATACCGCTTTTTACTTTGTTTAAATTTAACAAAATATATATAAATAAGTTCCCGCATTCATTTTTAAAAAATGGTATAATTAAAGTCTTGATTATTTAGATAAGTGCTTTTTATTTAAAGTAATTTTAGATATAATGTCTTTTGGAAATGAGGCGTAAATATATA GAACGATGAAAAGATTTTAGTTTAAAATGAATTAAGCGGTATGTGAAACAATAAAGAGTTCACATACCGCTTTTTACTTTGTTTAAATTTAACAAAATATATATAAATAAGTTCCCGCATTCATTTTTAAAAAATGGTATAATTAAAGTCTTGATTATTTAGATAAGTGCTTTTTATTTAAAGTAATTTTAGATATAATGTCTTTTGGAAATGAGGCGTAAATATATATGATTAAACCGAAGTATAAGTGGAA AATGAATTAAGCGGTATGTGAAACAATAAAGAGTTCACATACCGCTTTTTACTTTGTTTAAATTTAACAAAATATATATAAATAAGTTCCCGCATTCATTTTTAAAAAATGGTATAATTAAAGTCTTGATTATTTAGATAAGTGCTTTTTATTTAAA 157 TTerm_0021 MRSA_WT_1 178790 178799 10 178805 178814 10 5 90 0 15 90 10 88 11 0 178801 ATTCATTTAT ATAATTGAAT True TTCCGGTGA ATATTTTAA False True + ATTCATTTAT AAAGC ATAATTGAAT ATATTTTAA 30 MRSA_WT_00146 intergenic 178718 179010 + down AAGACATTTCGAATAATAGTATCACTGTAAATGTTGTTAGTATTAGGCAAGATGTATTTTGATTTCCGGTGATTCATTTATAAAGCATAATTGAATATATTTTAAGAAAGAGAGTGGTGCATGATAAATGTACTGCTCTTTTTTGTTATGATGAAAAATCTTTTTCTATTGATCGAGAAAATAGTTATTTATATAGTTTTTAAAGAAAAAAAGTGATAATATTTAGCTAATCTAATGAAAATGGATTTATTGGACAAAAAATACATTTTAAATGAGTAGAGGAGGCTGCAAA CAAAGAAGTACTTCAGTTATTTTAAAAGACATTTCGAATAATAGTATCACTGTAAATGTTGTTAGTATTAGGCAAGATGTATTTTGATTTCCGGTGATTCATTTATAAAGCATAATTGAATATATTTTAAGAAAGAGAGTGGTGCATGATAAATGTACTGCTCTTTTTTGTTATGATGAAAAATCTTTTTCTATTGATCGAGAAAATAGTTATTTATATAGTTTTTAAAGAAAAAAAGTGATAATATTTAGCTAATCTAATGAAAATGGATTTATTGGACAAAAAATACATTTTAAATGAGTAGAGGAGGCTGCAAATGGGTTACAGAACTTTAAAAAGTAT AAGACATTTCGAATAATAGTATCACTGTAAATGTTGTTAGTATTAGGCAAGATGTATTTTGATTTCCGGTGATTCATTTATAAAGCATAATTGAAT 96 TTerm_0022 MRSA_WT_1 180407 180412 6 180418 180423 6 5 100 0 12 100 0 100 0 0 180414 ATAATT AATTAT True TAATAAAAA CATTTTTTC True True + ATAATT GAAAT AATTAT CATTTTTTC 24 MRSA_WT_00147 intergenic 180230 180728 + down ATGTAATATGTGATTCAGCTATACTTATTGTATTTGTAAGATTGCGTAATTGCTTCATTAAAAAAATATATTTGTTGAGAGTGGTGCATGACAAATGTACTGCTCTTTTTGTTGTGTATCAGTATTGTGATGTTTTAATGCGAATATTATATGGATCATTATGAAATTTAATAAAAATAATTGAAATAATTATCATTTTTTCTGATATACTGTTAAACGGTTTGGAATTTTTAAGTATACACTGTATTGGTTGATATAACTCAACTAATAATTGCGAACAGGGTATTTCAAATTGGAAAGTATTATGAGCGTGATACATAATCAAAATTGTAGGCTAAAGAACCTGAGACATAAATCAATGTTCAGTGCTCTACAAAGTTATATTGGCAGTAGTTGACTGAACGAAAATACGCTTGTAACAAGCTTTTTTCAATTCTAGTCAACCTTGCCGGCGGGGCCCCAACATAGAAGCTGGCGAAAAGACAGCTTACAATAATG ATTTCTAAATTCGATTATAAAATAAATGTAATATGTGATTCAGCTATACTTATTGTATTTGTAAGATTGCGTAATTGCTTCATTAAAAAAATATATTTGTTGAGAGTGGTGCATGACAAATGTACTGCTCTTTTTGTTGTGTATCAGTATTGTGATGTTTTAATGCGAATATTATATGGATCATTATGAAATTTAATAAAAATAATTGAAATAATTATCATTTTTTCTGATATACTGTTAAACGGTTTGGAATTTTTAAGTATACACTGTATTGGTTGATATAACTCAACTAATAATTGCGAACAGGGTATTTCAAATTGGAAAGTATTATGAGCGTGATACATAATCAAAATTGTAGGCTAAAGAACCTGAGACATAAATCAATGTTCAGTGCTCTACAAAGTTATATTGGCAGTAGTTGACTGAACGAAAATACGCTTGTAACAAGCTTTTTTCAATTCTAGTCAACCTTGCCGGCGGGGCCCCAACATAGAAGCTGGCGAAAAGACAGCTTACAATAATGTGCAAGTTGGGGTGGGACGACGAAA ATGTAATATGTGATTCAGCTATACTTATTGTATTTGTAAGATTGCGTAATTGCTTCATTAAAAAAATATATTTGTTGAGAGTGGTGCATGACAAATGTACTGCTCTTTTTGTTGTGTATCAGTATTGTGATGTTTTAATGCGAATATTATATGGATCATTATGAAATTTAATAAAAATAATTGAAATAATTAT 193 TTerm_0023 MRSA_WT_1 192555 192570 16 192575 192590 16 4 100 0 32 75 25 75 25 0 192572 AAATAAAAGTTCAAGC GCTTGAACTTTTATTT True TTTATAAAA AAAAAGATT True True + AAATAAAAGTTCAAGC ATGC GCTTGAACTTTTATTT AAAAAGATT 88 MRSA_WT_00162 intergenic 192553 192598 + down AAAATAAAAGTTCAAGCATGCGCTTGAACTTTTATTTAAAAAGAT GGAATTATTCATTCTATCTTTATAAAAAATAAAAGTTCAAGCATGCGCTTGAACTTTTATTTAAAAAGATTATTTATTTGCAGTCATTAATTGTG AAAATAAAAGTTCAAGCATGCGCTTGAACTTTTATTT 37 TTerm_0024 MRSA_WT_1 200322 200337 16 200343 200358 16 5 87 0 22 68 31 71 28 0 200339 AAAAGTCAAAGTCAAT ATTGGCTTTGGCTTTT True ATGATCTGA TATTTGGAT True True + AAAAGTCAAAGTCAAT AGAAC ATTGGCTTTGGCTTTT TATTTGGAT 68 MRSA_WT_00168 intergenic 200287 200423 + down TTAAACAATACAATTAGAATGTTGTCATGATCTGAAAAGTCAAAGTCAATAGAACATTGGCTTTGGCTTTTTATTTGGATAGTATGACATATTACGTTAAACTATATGAGTTAATTAAGAAAAGGAGAGATAGCTG AGTAAAAGACGACGACAAAAAATAATTAAACAATACAATTAGAATGTTGTCATGATCTGAAAAGTCAAAGTCAATAGAACATTGGCTTTGGCTTTTTATTTGGATAGTATGACATATTACGTTAAACTATATGAGTTAATTAAGAAAAGGAGAGATAGCTGTGGCCAAAAGAGACTATTATGAAGT TTAAACAATACAATTAGAATGTTGTCATGATCTGAAAAGTCAAAGTCAATAGAACATTGGCTTTGGCTTTT 71 TTerm_0025 MRSA_WT_1 218499 218512 14 218517 218529 13 4 85 7 11 59 40 58 41 0 218514 GAGGTTGGTACATT AATGTTCAACCTC True ACTTGAGTG TTTTTTCAT False True + GAGGTTGGTACATT GAAT AATGTTCAACCTC TTTTTTCAT 30 MRSA_WT_00187 intergenic 218421 218552 + down TTTATATCAATTTTAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCTTTTTTCATAAAGGAGAATAAAA ACGTTTGAAAGACTTTATGGATTAATTTATATCAATTTTAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCTTTTTTCATAAAGGAGAATAAAATGATTTCGTTAAATAACCGATTAAC TTTATATCAATTTTAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTC 108 TTerm_0026 MRSA_WT_1 224974 224979 6 224987 224992 6 7 100 0 12 66 33 66 33 0 224982 TCATAC GTATGA True GGTTCATTT TTTTATGGC False True + TCATAC TCCGTTC GTATGA TTTTATGGC 40 MRSA_WT_00194 intergenic 224890 225166 + down TATAAAGAAATGAGATTTATACACATTAGGTCAGATGTATGCATAAATCTCATTTTTTAAATTATAGAAGATAAAGGTTCATTTCATACTCCGTTCGTATGATTTTATGGCAAATCTGTTAACTTTTTATATACAAAATGTTTAATTATTTTTGATTTGAGTTATATTAAATGAGTAGAGAAAATAATAAGTAGTAGTATTTAAGCAAATTCTTTGTTGAACCAGTCACTGCTTGTTATTATTTACTTACAGACATTTTAGGAGGATGATTATTTA TGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATACACATTAGGTCAGATGTATGCATAAATCTCATTTTTTAAATTATAGAAGATAAAGGTTCATTTCATACTCCGTTCGTATGATTTTATGGCAAATCTGTTAACTTTTTATATACAAAATGTTTAATTATTTTTGATTTGAGTTATATTAAATGAGTAGAGAAAATAATAAGTAGTAGTATTTAAGCAAATTCTTTGTTGAACCAGTCACTGCTTGTTATTATTTACTTACAGACATTTTAGGAGGATGATTATTTATGGCTTTTGAATTACCAAAATTACC TATAAAGAAATGAGATTTATACACATTAGGTCAGATGTATGCATAAATCTCATTTTTTAAATTATAGAAGATAAAGGTTCATTTCATACTCCGTTCGTATGA 102 TTerm_0027 MRSA_WT_1 225782 225788 7 225795 225801 7 6 100 0 14 28 71 28 71 0 225791 CGGTCTC GAGACCG True TACTTGTTC TTATTTTTT False True + CGGTCTC TTAAAT GAGACCG TTATTTTTT 60 MRSA_WT_00195 intergenic 225765 225886 + down AGTATGATTACTTGTTCGGTCTCTTAAATGAGACCGTTATTTTTTTGTCAAAAAGATAGAAATAATTTCTAAATTCATATATGATTTAAAGTGAAAGACTTTGAATAGAGGTAGGTAGTTT CGAATTATATAATGCAACAAAATAAAGTATGATTACTTGTTCGGTCTCTTAAATGAGACCGTTATTTTTTTGTCAAAAAGATAGAAATAATTTCTAAATTCATATATGATTTAAAGTGAAAGACTTTGAATAGAGGTAGGTAGTTTTGTTAAAAAGACTAAAAGAAAAATC AGTATGATTACTTGTTCGGTCTCTTAAATGAGACCG 36 TTerm_0028 MRSA_WT_1 228247 228268 22 228276 228297 22 7 90 0 34 70 29 70 30 0 228271 ACAATAAAAAAGGTGAAATCTC GAGGTTTCACCTTTTTAATTGT True TTAAATTAA GCACACGTA True True + ACAATAAAAAAGGTGAAATCTC AAAATAA GAGGTTTCACCTTTTTAATTGT GCACACGTA 92 MRSA_WT_00197 intergenic 228223 228378 + down TCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAATTGTGCACACGTATGAAATGATAAAAGATTTTCAATTGAAATAATAAATTTTAGAATTGTCGCATAATTCATCATGACAACATAA AACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAATTGTGCACACGTATGAAATGATAAAAGATTTTCAATTGAAATAATAAATTTTAGAATTGTCGCATAATTCATCATGACAACATAATGACATGTATTGTTATTAACGATAT TCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAATTGT 74 TTerm_0029 MRSA_WT_1 236941 236955 15 236960 236974 15 4 86 0 20 63 36 61 38 0 236957 TATAAACAGGGTAGC GCTATCCTGTTTTTA True TGGTGATTT TAATTTTAA False True + TATAAACAGGGTAGC GATT GCTATCCTGTTTTTA TAATTTTAA 64 MRSA_WT_00209 intergenic 236837 236996 + down AGAGAATAGAGCGTTAAGACTCTATCGCCGAAGGTGCAAGTAATTTATTACGAAACTCTCAGGCAAAAGGATAATACTGTAACGCGTTCCTGAATTGGTGATTTATAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTGTTTTTATAATTTTAAGGGGGTATTTCAA AATAAAAGCGAGTGATCAGTATTAGAGAGAATAGAGCGTTAAGACTCTATCGCCGAAGGTGCAAGTAATTTATTACGAAACTCTCAGGCAAAAGGATAATACTGTAACGCGTTCCTGAATTGGTGATTTATAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTGTTTTTATAATTTTAAGGGGGTATTTCAATGTCAAGTGATTTAAAACAAACACC AGAGAATAGAGCGTTAAGACTCTATCGCCGAAGGTGCAAGTAATTTATTACGAAACTCTCAGGCAAAAGGATAATACTGTAACGCGTTCCTGAATTGGTGATTTATAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTGTTTTTA 137 TTerm_0030 MRSA_WT_1 263233 263242 10 263251 263260 10 8 100 0 20 70 30 70 30 0 263246 AAAGGATAGT ACTATCCTTT True TATTGATTA TTTATATCT False True + AAAGGATAGT TGAAAGAT ACTATCCTTT TTTATATCT 56 MRSA_WT_00236 intergenic 263224 263443 + down TATTGATTAAAGGATAGTTGAAAGATACTATCCTTTTTTATATCTTTTGATAAATATAAAACAGAGTGTGATAGAGTATCTACAACCTATAAAAAATTACACAAGTATTATCCTTGACCTTAAAAGCATCCCGACATATTTTTAAGCATTTTGTGAAGTAATAAAATATTTACTGTGTTATGATAGCATGTACTATAGAGAAATAGAGGTATTAACTTA CCATACACAATGGATTGAAGAATAATATTGATTAAAGGATAGTTGAAAGATACTATCCTTTTTTATATCTTTTGATAAATATAAAACAGAGTGTGATAGAGTATCTACAACCTATAAAAAATTACACAAGTATTATCCTTGACCTTAAAAGCATCCCGACATATTTTTAAGCATTTTGTGAAGTAATAAAATATTTACTGTGTTATGATAGCATGTACTATAGAGAAATAGAGGTATTAACTTATGGAAAAGTTAAATCAAGTTATGTT TATTGATTAAAGGATAGTTGAAAGATACTATCCTTT 36 TTerm_0031 MRSA_WT_1 263895 263903 9 263908 263916 9 4 88 0 13 72 27 75 25 0 263905 TTTATGCAA TTGCACAAA True TTTATCGTT TCTTTTGAC False True + TTTATGCAA TCGT TTGCACAAA TCTTTTGAC 50 MRSA_WT_00237 intergenic 263814 264008 + down ACAATCGATTTTAATATTTATACAAACCTTTATATTGATTTTCGGATTGAATTTCAGTATGAAGGTTTTATTTTTATCGTTTTATGCAATCGTTTGCACAAATCTTTTGACTTTTTTAGAAAGTGTGACTAAACTGGTATTATACAATGGTTGGAAGCGTTTTCCAGCGCAGTGATTAACAGGAGGTGATTAAA TAACTATTTTGCAGTTAGTGACTAAACAATCGATTTTAATATTTATACAAACCTTTATATTGATTTTCGGATTGAATTTCAGTATGAAGGTTTTATTTTTATCGTTTTATGCAATCGTTTGCACAAATCTTTTGACTTTTTTAGAAAGTGTGACTAAACTGGTATTATACAATGGTTGGAAGCGTTTTCCAGCGCAGTGATTAACAGGAGGTGATTAAATGGTTACGATTAAAGATGTTGCACT ACAATCGATTTTAATATTTATACAAACCTTTATATTGATTTTCGGATTGAATTTCAGTATGAAGGTTTTATTTTTATCGTTTTATGCAATCGTTTGCACAAA 102 TTerm_0032 MRSA_WT_1 270629 270657 29 270664 270693 30 6 80 3 23 62 37 66 33 0 270660 ATAAAAATAACCCGTCCAACTATGTATGC GCATACATGTGTTGGCGGGTTTGTTTTTAT True AATAATTTA TGGTCTTCT True True + ATAAAAATAACCCGTCCAACTATGTATGC GATGAT GCATACATGTGTTGGCGGGTTTGTTTTTAT TGGTCTTCT 70 MRSA_WT_00242 intergenic 270587 270690 + down TGACAAAGTAATAAACAATGCTTGCCAAATAGTAATAATTTATAAAAATAACCCGTCCAACTATGTATGCGATGATGCATACATGTGTTGGCGGGTTTGTTTT AGATTTTGATAGTTTTAAAGTCTAATGACAAAGTAATAAACAATGCTTGCCAAATAGTAATAATTTATAAAAATAACCCGTCCAACTATGTATGCGATGATGCATACATGTGTTGGCGGGTTTGTTTTTATTGGTCTTCTATATTAGAAAGTT TGACAAAGTAATAAACAATGCTTGCCAAATAGTAATAATTTATAAAAATAACCCGTCCAACTATGTATGCGATGATGCATACATGTGTTGGCGGGTTTGTTTTTAT 106 TTerm_0033 MRSA_WT_1 272812 272833 22 272842 272862 21 8 81 4 17 58 41 61 38 0 272837 AAACAACAGCAGTAAGGCATTT AAACGCCTCATGCTGCTGTTT True TTGTACATA TTATTACTG False True + AAACAACAGCAGTAAGGCATTT TTATAATG AAACGCCTCATGCTGCTGTTT TTATTACTG 58 MRSA_WT_00245 intergenic 272666 272882 + down TAAAATTATTAAAAGATGAAGTGGGAGAAGTTTGCTTAAGGCACTGCCGCAGGGCGAAATTACTAAATACTGATGCGTGAGGACAACGCTTTAATTTCTATCATAAGTGAGTAATCTTAATCATAAATTATAGCGAATTGTACATAAACAACAGCAGTAAGGCATTTTTATAATGAAACGCCTCATGCTGCTGTTTTTATTACTGAAAATGACTTC AGTGAAATATAGAAAGATGTTTTAATAAAATTATTAAAAGATGAAGTGGGAGAAGTTTGCTTAAGGCACTGCCGCAGGGCGAAATTACTAAATACTGATGCGTGAGGACAACGCTTTAATTTCTATCATAAGTGAGTAATCTTAATCATAAATTATAGCGAATTGTACATAAACAACAGCAGTAAGGCATTTTTATAATGAAACGCCTCATGCTGCTGTTTTTATTACTGAAAATGACTTCTACACTAAATGATTGGTATATTCCA TAAAATTATTAAAAGATGAAGTGGGAGAAGTTTGCTTAAGGCACTGCCGCAGGGCGAAATTACTAAATACTGATGCGTGAGGACAACGCTTTAATTTCTATCATAAGTGAGTAATCTTAATCATAAATTATAGCGAATTGTACATAAACAACAGCAGTAAGGCATTTTTATAATGAAACGCCTCATGCTGCTGTTT 196 TTerm_0034 MRSA_WT_1 278611 278616 6 278622 278627 6 5 100 0 12 100 0 100 0 0 278618 AATTTT AAAATT True AGTTTGAGA TTAGGTTTT False True + AATTTT TTCAC AAAATT TTAGGTTTT 24 MRSA_WT_00253 intergenic 278576 278709 + down TTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTTTTCACAAAATTTTAGGTTTTTAATAACTGTATGCGCTTTCCTGTGATATAATACTTTTGTAAAGAAAAGCATGTGTGGGAGGTATGACCTGTA TCATTTAGCAGAACATGGGAAATAATTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTTTTCACAAAATTTTAGGTTTTTAATAACTGTATGCGCTTTCCTGTGATATAATACTTTTGTAAAGAAAAGCATGTGTGGGAGGTATGACCTGTATGTCGAACGAAATACTTATCGTAGA TTAAATAAAATATGTATTTATCACAAAGTTTGAGAATTTTTTCACAAAATT 51 TTerm_0035 MRSA_WT_2 8731 8746 16 8756 8771 16 9 100 0 32 75 25 75 25 0 8750 AAAAATCTTCAGTAAC GTTACTGAAGATTTTT True GAAACAGAA ATAATTATG True True + AAAAATCTTCAGTAAC TAAAACAAC GTTACTGAAGATTTTT ATAATTATG 80 MRSA_WT_00270 intergenic 8721 8776 + down AGAAACAGAAAAAATCTTCAGTAACTAAAACAACGTTACTGAAGATTTTTATAAT TGTGCTGTCGCTCATCTTAGTATAAAGAAACAGAAAAAATCTTCAGTAACTAAAACAACGTTACTGAAGATTTTTATAATTATGCTTCAAATTTCTTGAATACTA AGAAACAGAAAAAATCTTCAGTAACTAAAACAACGTTACTGAAGATTTTT 50 TTerm_0036 MRSA_WT_2 11670 11677 8 11687 11694 8 9 87 0 11 93 6 100 0 0 11681 AAATTAAA TTGAATTT True TCACTGTAA GATAATTTT True True + AAATTAAA TGCTTCATG TTGAATTT GATAATTTT 30 MRSA_WT_00273 intergenic 11453 11710 + down CTATTTAGTATAAAATGAAATATGTCTTTCTTATTATTGAAGCTGCCCAGATAAAGGCGGCTTTTATTTTTGGCCATTAATGTTTTGTATTTTGAATATTTTAAAGCTCAATGACCTCTAACCCATCACTTTTAAATTTAGAAAAAGCCTTAATACAAAGATGTCATTTACGAGTAATCTTTGTATCAAGGCAATTATATTATAATCATCACTGTAAAATTAAATGCTTCATGTTGAATTTGATAATTTTAAGTGTT ACCGCCGAAAGATTCATCACAATAACTATTTAGTATAAAATGAAATATGTCTTTCTTATTATTGAAGCTGCCCAGATAAAGGCGGCTTTTATTTTTGGCCATTAATGTTTTGTATTTTGAATATTTTAAAGCTCAATGACCTCTAACCCATCACTTTTAAATTTAGAAAAAGCCTTAATACAAAGATGTCATTTACGAGTAATCTTTGTATCAAGGCAATTATATTATAATCATCACTGTAAAATTAAATGCTTCATGTTGAATTTGATAATTTTAAGTGTTTATTTAGTTTTTACATTAATATCAA CTATTTAGTATAAAATGAAATATGTCTTTCTTATTATTGAAGCTGCCCAGATAAAGGCGGCTTTTATTTTTGGCCATTAATGTTTTGTATTTTGAATATTTTAAAGCTCAATGACCTCTAACCCATCACTTTTAAATTTAGAAAAAGCCTTAATACAAAGATGTCATTTACGAGTAATCTTTGTATCAAGGCAATTATATTATAATCATCACTGTAAAATTAAATGCTTCATGTTGAATTT 241 TTerm_0037 MRSA_WT_2 16830 16844 15 16850 16864 15 5 93 0 25 63 36 64 35 0 16846 AACCAAGAATGCGAT ATCACATTCTTGGTT True ATCTAAAAA CAATTTTAT True True + AACCAAGAATGCGAT TAATC ATCACATTCTTGGTT CAATTTTAT 66 MRSA_WT_00279 intergenic 16811 16870 + down TAAATTTCAAATCTAAAAAACCAAGAATGCGATTAATCATCACATTCTTGGTTCAATTT GTATATTGCCAATGAACAATTATAATAAATTTCAAATCTAAAAAACCAAGAATGCGATTAATCATCACATTCTTGGTTCAATTTTATTCATGAATTTTTTCAACATTAA TAAATTTCAAATCTAAAAAACCAAGAATGCGATTAATCATCACATTCTTGGTT 53 TTerm_0038 MRSA_WT_2 23400 23405 6 23415 23420 6 9 100 0 12 100 0 100 0 0 23409 TTATAA TTATAA True CTGTTAATT TATTTTAAA False True + TTATAA CTAATCATT TTATAA TATTTTAAA 24 MRSA_WT_00284 intergenic 23398 23450 + down TTTATAACTAATCATTTTATAATATTTTAAAACAATAGGAGGTAAGTTACGA TTTAAATATTAGATATTACTGTTAATTTATAACTAATCATTTTATAATATTTTAAAACAATAGGAGGTAAGTTACGATGCCCAAAATAGTCGTAGTCGGAGC TTTATAACTAATCATTTTATAA 22 TTerm_0039 MRSA_WT_2 24817 24824 8 24834 24841 8 9 100 0 16 37 62 37 62 0 24828 TGGACTGG CCAGTCCA True AATTATGTT TTTTTTATG False True + TGGACTGG TACTACTAT CCAGTCCA TTTTTTATG 64 MRSA_WT_00285 intergenic 24766 24937 + down ATGAATCATGCGATTCAATCTAATCTTAATTGTCTAGGTTAGAATTATGTTGGACTGGTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAAAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATAAACTATATGTCTTATCAAT TATGATTGGTTACAAAGCTAAATAAATGAATCATGCGATTCAATCTAATCTTAATTGTCTAGGTTAGAATTATGTTGGACTGGTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAAAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATAAACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATA ATGAATCATGCGATTCAATCTAATCTTAATTGTCTAGGTTAGAATTATGTTGGACTGGTACTACTATCCAGTCCA 75 TTerm_0040 MRSA_WT_2 41501 41523 23 41533 41555 23 9 100 0 46 73 26 73 26 0 41527 AAAAAGACAGCAGTAAGATATTT AAATATCTTACTGCTGTCTTTTT True TATTACTAA AATCAACTA True True + AAAAAGACAGCAGTAAGATATTT CCGAATAGA AAATATCTTACTGCTGTCTTTTT AATCAACTA 92 MRSA_WT_00296 intergenic 41454 41736 + down TATTGTTAAACTAGAAAACATAAATACAAAAATATAGCTATTACTAAAAAAGACAGCAGTAAGATATTTCCGAATAGAAAATATCTTACTGCTGTCTTTTTAATCAACTATATATAGTTGACCGTTTAATTAGAAATTCTCTGTGTTCGGGGCCCCGGCTATTTTTGAAATAAGCTTGTTACAAGTGTATTTTTATTCAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAAT CAAATATAAAGAAGTCATTAAGTAGTATTGTTAAACTAGAAAACATAAATACAAAAATATAGCTATTACTAAAAAAGACAGCAGTAAGATATTTCCGAATAGAAAATATCTTACTGCTGTCTTTTTAATCAACTATATATAGTTGACCGTTTAATTAGAAATTCTCTGTGTTCGGGGCCCCGGCTATTTTTGAAATAAGCTTGTTACAAGTGTATTTTTATTCAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTG TATTGTTAAACTAGAAAACATAAATACAAAAATATAGCTATTACTAAAAAAGACAGCAGTAAGATATTTCCGAATAGAAAATATCTTACTGCTGTCTTTTT 101 TTerm_0041 MRSA_WT_2 47985 47996 12 48002 48013 12 5 83 0 14 83 16 90 10 0 47998 TATATCATTCAT ATGAATAACATA True TTCAGAACT AATATTTTT False True + TATATCATTCAT GTATA ATGAATAACATA AATATTTTT 36 MRSA_WT_00302 intergenic 47909 48040 + down AAAATGACGTGTTTCTTCTTATTTAAATACTTCTGAAAATAAAGCACAACAAGGAGTGTGTACGTTTTTCAGAACTATATCATTCATGTATAATGAATAACATAAATATTTTTTAAAGGAGGACAACATAG TCAATACAAAGAAAATTTTAAATAAAAAATGACGTGTTTCTTCTTATTTAAATACTTCTGAAAATAAAGCACAACAAGGAGTGTGTACGTTTTTCAGAACTATATCATTCATGTATAATGAATAACATAAATATTTTTTAAAGGAGGACAACATAGTGAGTTTGTTACATATTGCGGTGAT AAAATGACGTGTTTCTTCTTATTTAAATACTTCTGAAAATAAAGCACAACAAGGAGTGTGTACGTTTTTCAGAACTATATCATTCATGTATAATGAATAACATA 104 TTerm_0042 MRSA_WT_2 63564 63589 26 63599 63623 25 9 84 3 25 74 25 77 22 0 63593 AATATAAAAATAGCACATACGCTCAA TTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTT True AAATTTAAA AATTTTTAG True True + AATATAAAAATAGCACATACGCTCAA TCAAAATCG TTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTT AATTTTTAG 66 MRSA_WT_00319 intergenic 63364 63622 + down TATAAAGATATTAAATTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTTTTCGCTGTCAAATTGGACTGATGGGAAAGTTATTTTATACTATTTATCTGATTAATTATTTTATTATTGCCACATATCCAAGCGCATATTACTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTT AATAGAAGTAGAACAAGTATTCTAATATAAAGATATTAAATTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTTTTCGCTGTCAAATTGGACTGATGGGAAAGTTATTTTATACTATTTATCTGATTAATTATTTTATTATTGCCACATATCCAAGCGCATATTACTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAG TATAAAGATATTAAATTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTTTTCGCTGTCAAATTGGACTGATGGGAAAGTTATTTTATACTATTTATCTGATTAATTATTTTATTATTGCCACATATCCAAGCGCATATTACTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTT 259 TTerm_0043 MRSA_WT_2 85716 85721 6 85729 85734 6 7 100 0 12 100 0 100 0 0 85724 ATTTTA TAAAAT True GAATAGTCA ATTTTCAGT False True + ATTTTA GGGGTGA TAAAAT ATTTTCAGT 24 MRSA_WT_00342 intergenic 85713 85947 + down TCATTTTAGGGGTGATAAAATATTTTCAGTATCTCGTTAATCATATGCAATATATGTCTCGTTTTGTATACATATTATTGGATATCATTAGCGAGTTTTTATTTAGTTTTTTTCTAACATTAAAATAATTATTAATAAATTTTGGTATCCACTTTTTTAATACAAAAACCACCTAGCCGATGGTTATACCGACTAAGTGGCATGTGCAGTGTATTAGGAATAAAAAAGTAAAAT TCGAATTACCGCTGAAAATGAATAGTCATTTTAGGGGTGATAAAATATTTTCAGTATCTCGTTAATCATATGCAATATATGTCTCGTTTTGTATACATATTATTGGATATCATTAGCGAGTTTTTATTTAGTTTTTTTCTAACATTAAAATAATTATTAATAAATTTTGGTATCCACTTTTTTAATACAAAAACCACCTAGCCGATGGTTATACCGACTAAGTGGCATGTGCAGTGTATTAGGAATAAAAAAGTAAAATTACTCGCCTTTGTTACCTTTTACTT TCATTTTAGGGGTGATAAAAT 21 TTerm_0044 MRSA_WT_2 95872 95881 10 95889 95898 10 7 100 0 20 60 40 60 40 0 95884 ACAACTACTC GAGTAGTTGT True TTTTTCATA TTTTTTTGG False True + ACAACTACTC TACTATT GAGTAGTTGT TTTTTTTGG 64 MRSA_WT_00357 intergenic 95811 95964 + down TACAGTTTTATATATTCTACATTTCTCATAAATTCAAATCATATAGGTTCTATTTTTCATACAACTACTCTACTATTGAGTAGTTGTTTTTTTTGGTATGATATCAATAAGTTTTTTCAGAATATTCTATGTTTTAGGGGTGTCAAAACTTAA TTTTTATGATTTGATTAATAAGTAATACAGTTTTATATATTCTACATTTCTCATAAATTCAAATCATATAGGTTCTATTTTTCATACAACTACTCTACTATTGAGTAGTTGTTTTTTTTGGTATGATATCAATAAGTTTTTTCAGAATATTCTATGTTTTAGGGGTGTCAAAACTTAATGGTAACCGCAATTATTCATGGATT TACAGTTTTATATATTCTACATTTCTCATAAATTCAAATCATATAGGTTCTATTTTTCATACAACTACTCTACTATTGAGTAGTTGT 87 TTerm_0045 MRSA_WT_2 100115 100123 9 100132 100140 9 8 88 0 13 100 0 100 0 0 100127 TAAATTAAA TTTTATTTA True TGACGCTGT ATTATTTTA False True + TAAATTAAA CGCAATAT TTTTATTTA ATTATTTTA 26 MRSA_WT_00366 intergenic 100122 100618 + down ACGCAATATTTTTATTTAATTATTTTAATGTTCCGCCTTTTAAATGAAAACAAGATTACTGAATTATTATGAGATTTTAAAAACAATAAATATTCTCAATAATTAATCAGTCTTAATAAAAAATTAACAAAAAGTTGATTAGTTAAATTATTAATTAAGTAGTAAGATATTATGCGATGTGGTATCCTATTATTGTTAAACATTTTGAGTGTTTAACATTACTTCTTGTTATCGCCATATACAGACTTTAATTCTCGTCATTATTAAAGTTCTGTATTGGCGCTTTTTTTTATTCAAAATCAAAAGTCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTCCATCAGTTCGATTTATTTTAGAACCATTATATATTGTTAGATCTCCACCTATATTTATTGGACAAAAAAGTAACAGCTAGTGCTTTTACCACACCAACTGTTATCGATTTAAAGCATAAAAAAACAGCCCTATACTAAGGACTGTTTGAAAAAGTTAAAAT AAGTATATTTGACGCTGTAAATTAAACGCAATATTTTTATTTAATTATTTTAATGTTCCGCCTTTTAAATGAAAACAAGATTACTGAATTATTATGAGATTTTAAAAACAATAAATATTCTCAATAATTAATCAGTCTTAATAAAAAATTAACAAAAAGTTGATTAGTTAAATTATTAATTAAGTAGTAAGATATTATGCGATGTGGTATCCTATTATTGTTAAACATTTTGAGTGTTTAACATTACTTCTTGTTATCGCCATATACAGACTTTAATTCTCGTCATTATTAAAGTTCTGTATTGGCGCTTTTTTTTATTCAAAATCAAAAGTCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTCCATCAGTTCGATTTATTTTAGAACCATTATATATTGTTAGATCTCCACCTATATTTATTGGACAAAAAAGTAACAGCTAGTGCTTTTACCACACCAACTGTTATCGATTTAAAGCATAAAAAAACAGCCCTATACTAAGGACTGTTTGAAAAAGTTAAAATTACATTTTAACTACGTTTGCAGCTT ACGCAATATTTTTATTTA 18 TTerm_0046 MRSA_WT_2 100426 100445 20 100451 100471 21 5 80 4 15 63 36 64 35 0 100447 AAGTCGGACAGATGAAAAGT ACTTTTCCATCAGTTCGATTT True AAAATCAAA ATTTTAGAA True True + AAGTCGGACAGATGAAAAGT AAAAA ACTTTTCCATCAGTTCGATTT ATTTTAGAA 38 MRSA_WT_00366 intergenic 100122 100618 + down ACGCAATATTTTTATTTAATTATTTTAATGTTCCGCCTTTTAAATGAAAACAAGATTACTGAATTATTATGAGATTTTAAAAACAATAAATATTCTCAATAATTAATCAGTCTTAATAAAAAATTAACAAAAAGTTGATTAGTTAAATTATTAATTAAGTAGTAAGATATTATGCGATGTGGTATCCTATTATTGTTAAACATTTTGAGTGTTTAACATTACTTCTTGTTATCGCCATATACAGACTTTAATTCTCGTCATTATTAAAGTTCTGTATTGGCGCTTTTTTTTATTCAAAATCAAAAGTCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTCCATCAGTTCGATTTATTTTAGAACCATTATATATTGTTAGATCTCCACCTATATTTATTGGACAAAAAAGTAACAGCTAGTGCTTTTACCACACCAACTGTTATCGATTTAAAGCATAAAAAAACAGCCCTATACTAAGGACTGTTTGAAAAAGTTAAAAT AAGTATATTTGACGCTGTAAATTAAACGCAATATTTTTATTTAATTATTTTAATGTTCCGCCTTTTAAATGAAAACAAGATTACTGAATTATTATGAGATTTTAAAAACAATAAATATTCTCAATAATTAATCAGTCTTAATAAAAAATTAACAAAAAGTTGATTAGTTAAATTATTAATTAAGTAGTAAGATATTATGCGATGTGGTATCCTATTATTGTTAAACATTTTGAGTGTTTAACATTACTTCTTGTTATCGCCATATACAGACTTTAATTCTCGTCATTATTAAAGTTCTGTATTGGCGCTTTTTTTTATTCAAAATCAAAAGTCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTCCATCAGTTCGATTTATTTTAGAACCATTATATATTGTTAGATCTCCACCTATATTTATTGGACAAAAAAGTAACAGCTAGTGCTTTTACCACACCAACTGTTATCGATTTAAAGCATAAAAAAACAGCCCTATACTAAGGACTGTTTGAAAAAGTTAAAATTACATTTTAACTACGTTTGCAGCTT ACGCAATATTTTTATTTAATTATTTTAATGTTCCGCCTTTTAAATGAAAACAAGATTACTGAATTATTATGAGATTTTAAAAACAATAAATATTCTCAATAATTAATCAGTCTTAATAAAAAATTAACAAAAAGTTGATTAGTTAAATTATTAATTAAGTAGTAAGATATTATGCGATGTGGTATCCTATTATTGTTAAACATTTTGAGTGTTTAACATTACTTCTTGTTATCGCCATATACAGACTTTAATTCTCGTCATTATTAAAGTTCTGTATTGGCGCTTTTTTTTATTCAAAATCAAAAGTCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTCCATCAGTTCGATTT 349 TTerm_0047 MRSA_WT_2 111812 111834 23 111840 111862 23 5 82 0 26 80 19 84 15 0 111836 TTAAATATAATAAAAAAGAGTAG CTACTCTTTTTTGTTGTTTTGAA True TTTAATTGT TGAAGAATT True True + TTAAATATAATAAAAAAGAGTAG CTCGC CTACTCTTTTTTGTTGTTTTGAA TGAAGAATT 76 MRSA_WT_00375 intergenic 111713 112192 + down ATTTATGAATGCTCGCATTCAACGTTATAATCTTTACTGTTATTATTGTCATTATAGATTAGCTTACTTACACTCATAATGACATACTAATTTAATTGTTAAATATAATAAAAAAGAGTAGCTCGCCTACTCTTTTTTGTTGTTTTGAATGAAGAATTATCTTATATAAAGAATTTTTTTATGAACAATATTAAAACTCAAAGCTCAACTTTTTTGACACTTATTTGACACATATTCTTTCAACCCTTAACGCAAAATCTTATATGTACACAACTATTAATTTTTCATTCATGAAAATTTGAACCTAAGCAGATACTATCATATCAAAGTACACAGCTAATTTAACCTTCCTCACAAGAAAAGATAAAAAACATAAAAAAGAGCAAGGTCAACGTGTCAGAAAATTATTTTCTTGACACATATTTGACACTTGCTAGATTAAAACCCCATTAAATCAAGGTTTCCAAGCATATTTTTAT CCACAGTGGTTTAGATGAAGTATAAATTTATGAATGCTCGCATTCAACGTTATAATCTTTACTGTTATTATTGTCATTATAGATTAGCTTACTTACACTCATAATGACATACTAATTTAATTGTTAAATATAATAAAAAAGAGTAGCTCGCCTACTCTTTTTTGTTGTTTTGAATGAAGAATTATCTTATATAAAGAATTTTTTTATGAACAATATTAAAACTCAAAGCTCAACTTTTTTGACACTTATTTGACACATATTCTTTCAACCCTTAACGCAAAATCTTATATGTACACAACTATTAATTTTTCATTCATGAAAATTTGAACCTAAGCAGATACTATCATATCAAAGTACACAGCTAATTTAACCTTCCTCACAAGAAAAGATAAAAAACATAAAAAAGAGCAAGGTCAACGTGTCAGAAAATTATTTTCTTGACACATATTTGACACTTGCTAGATTAAAACCCCATTAAATCAAGGTTTCCAAGCATATTTTTATGGAGACGGCGGGATTTGAACCCGCG ATTTATGAATGCTCGCATTCAACGTTATAATCTTTACTGTTATTATTGTCATTATAGATTAGCTTACTTACACTCATAATGACATACTAATTTAATTGTTAAATATAATAAAAAAGAGTAGCTCGCCTACTCTTTTTTGTTGTTTTGAA 149 TTerm_0048 MRSA_WT_2 127830 127844 15 127853 127867 15 8 86 0 20 66 33 69 30 0 127848 AAAAGGCCACTTGAA TTCAAATGACCTTTT True TAAATACGA ACTACTTTA True True + AAAAGGCCACTTGAA ACAAAATA TTCAAATGACCTTTT ACTACTTTA 48 MRSA_WT_00389 intergenic 127673 127882 + down GTGGGACATTGATCTCTCTCCTACTCCACTTCAAGCAAAAAGTCTAGGAGATAATTCGTTAAATCTCTCTAGACTTTTCTATTTGCTGATATTACATATAGATATAACTTTAAAGTCACTTATGAATATTGGTTGATTAATTTTAAAGTAAATACGAAAAGGCCACTTGAAACAAAATATTCAAATGACCTTTTACTACTTTATAAAAT ACTTGAAGATTTAATTAGTAAGTGAGTGGGACATTGATCTCTCTCCTACTCCACTTCAAGCAAAAAGTCTAGGAGATAATTCGTTAAATCTCTCTAGACTTTTCTATTTGCTGATATTACATATAGATATAACTTTAAAGTCACTTATGAATATTGGTTGATTAATTTTAAAGTAAATACGAAAAGGCCACTTGAAACAAAATATTCAAATGACCTTTTACTACTTTATAAAATTAAATGTATGATTTGTATTCAGGAT GTGGGACATTGATCTCTCTCCTACTCCACTTCAAGCAAAAAGTCTAGGAGATAATTCGTTAAATCTCTCTAGACTTTTCTATTTGCTGATATTACATATAGATATAACTTTAAAGTCACTTATGAATATTGGTTGATTAATTTTAAAGTAAATACGAAAAGGCCACTTGAAACAAAATATTCAAATGACCTTTT 194 TTerm_0049 MRSA_WT_2 130787 130798 12 130803 130815 13 4 92 7 14 84 16 83 16 0 130800 AAACACTTTTTA TAAAAAAGTGTTT True TATTCATTA TTGATAATT False True + AAACACTTTTTA ATCA TAAAAAAGTGTTT TTGATAATT 28 MRSA_WT_00392 intergenic 130544 130848 + down TGTTTTAATAAAATACAATACTTTTCAATACTGAGAATCCCGCAATGTCGGGATTCTTATTTATGCTGATTTTGTTTTTGTCTATGATCAGGGACTCAATTAATTATCACATTCATATTTTCTTATGACCAAATTGATACATATGATGCTATTTAATGAGAAAATTAGGCATCACTTGGTTATTGAATTTCCTTCATTAAACTTTCCAGCTCAATTTAATAGTTAGTCGACTATTATTCATTAAACACTTTTTAATCATAAAAAAGTGTTTTTGATAATTCACTACCAAAAACACCTTCTTACT GGGGTTCAATTCCCTTCAAGGAGGCTGTTTTAATAAAATACAATACTTTTCAATACTGAGAATCCCGCAATGTCGGGATTCTTATTTATGCTGATTTTGTTTTTGTCTATGATCAGGGACTCAATTAATTATCACATTCATATTTTCTTATGACCAAATTGATACATATGATGCTATTTAATGAGAAAATTAGGCATCACTTGGTTATTGAATTTCCTTCATTAAACTTTCCAGCTCAATTTAATAGTTAGTCGACTATTATTCATTAAACACTTTTTAATCATAAAAAAGTGTTTTTGATAATTCACTACCAAAAACACCTTCTTACTTATAATTCTATTTGTTCACCATTTC TGTTTTAATAAAATACAATACTTTTCAATACTGAGAATCCCGCAATGTCGGGATTCTTATTTATGCTGATTTTGTTTTTGTCTATGATCAGGGACTCAATTAATTATCACATTCATATTTTCTTATGACCAAATTGATACATATGATGCTATTTAATGAGAAAATTAGGCATCACTTGGTTATTGAATTTCCTTCATTAAACTTTCCAGCTCAATTTAATAGTTAGTCGACTATTATTCATTAAACACTTTTTAATCATAAAAAAGTGTTT 271 TTerm_0050 MRSA_WT_2 161262 161285 24 161292 161315 24 6 91 0 38 77 22 77 22 0 161288 AATATAAAAAATCACGCTAACATT AATGATAGCGTGATTTTTCATATT True GCTTAATTA TTTTACGTA True True + AATATAAAAAATCACGCTAACATT CAGTGC AATGATAGCGTGATTTTTCATATT TTTTACGTA 84 MRSA_WT_00417 intergenic 161222 161410 + down AAACAAACGATTATATACTAGTTCAACTCAAGCTTAATTAATATAAAAAATCACGCTAACATTCAGTGCAATGATAGCGTGATTTTTCATATTTTTTACGTATACTTTCGATCTTCTAATTCGTTTTGCTAACCATCATAAATGTTATTAACCATCATGACAGCATCACCAATTTAGTCCTTCTTTAC AGAAGATATCGCTGAAAATCACTAAAAACAAACGATTATATACTAGTTCAACTCAAGCTTAATTAATATAAAAAATCACGCTAACATTCAGTGCAATGATAGCGTGATTTTTCATATTTTTTACGTATACTTTCGATCTTCTAATTCGTTTTGCTAACCATCATAAATGTTATTAACCATCATGACAGCATCACCAATTTAGTCCTTCTTTACTAAACCTCAACATTAAAATGTGTTT AAACAAACGATTATATACTAGTTCAACTCAAGCTTAATTAATATAAAAAATCACGCTAACATTCAGTGCAATGATAGCGTGATTTTTCATATT 93 TTerm_0051 MRSA_WT_2 166595 166616 22 166622 166643 22 5 95 0 39 65 34 66 33 0 166618 AAAAGTGGGGAACAATGATTAA TTAACCATTGTTCCCCACTTTT True TTTAAAAGA AAAATTATT True True + AAAAGTGGGGAACAATGATTAA GACCT TTAACCATTGTTCCCCACTTTT AAAATTATT 94 MRSA_WT_00423 intergenic 166331 166648 + down ACAACATAGCCAAAACATTATAGGGAGTGGGACAGACATGATAAAGCACCACTTCTATAGAATTCCTTTTTGATATTCTCTATGTTTGGGCCCCGCCAACTTGCATTGTCAGTAGAAATTGGAAATCAAATTTCTCTATGTTGGGAGCCCACTGGTATTGAAATGAACTTGTTACAAGTACATGTTCATTCAACCAACGACAAACAACAGAACATTTTAGAGTCTAGGACATTGATTAACGTCCCAGATTCCTTTTTTAAAAGAAAAGTGGGGAACAATGATTAAGACCTTTAACCATTGTTCCCCACTTTTAAAAT TTATCATATTTATTTCGAAATTTAAACAACATAGCCAAAACATTATAGGGAGTGGGACAGACATGATAAAGCACCACTTCTATAGAATTCCTTTTTGATATTCTCTATGTTTGGGCCCCGCCAACTTGCATTGTCAGTAGAAATTGGAAATCAAATTTCTCTATGTTGGGAGCCCACTGGTATTGAAATGAACTTGTTACAAGTACATGTTCATTCAACCAACGACAAACAACAGAACATTTTAGAGTCTAGGACATTGATTAACGTCCCAGATTCCTTTTTTAAAAGAAAAGTGGGGAACAATGATTAAGACCTTTAACCATTGTTCCCCACTTTTAAAATTATTTTACAACTTTTTCAAGTTCCT ACAACATAGCCAAAACATTATAGGGAGTGGGACAGACATGATAAAGCACCACTTCTATAGAATTCCTTTTTGATATTCTCTATGTTTGGGCCCCGCCAACTTGCATTGTCAGTAGAAATTGGAAATCAAATTTCTCTATGTTGGGAGCCCACTGGTATTGAAATGAACTTGTTACAAGTACATGTTCATTCAACCAACGACAAACAACAGAACATTTTAGAGTCTAGGACATTGATTAACGTCCCAGATTCCTTTTTTAAAAGAAAAGTGGGGAACAATGATTAAGACCTTTAACCATTGTTCCCCACTTTT 312 TTerm_0052 MRSA_WT_2 176597 176617 21 176622 176642 21 4 85 0 27 61 38 61 38 0 176619 AAAGCACATCAGTATGTTGGT ACCAACTTGTTGATGTGCTTT True CCCTTTTCA TTTAATATA False True + AAAGCACATCAGTATGTTGGT TACT ACCAACTTGTTGATGTGCTTT TTTAATATA 78 MRSA_WT_00432 intergenic 176581 176919 + down TTTGTTTCCCTTTTCAAAGCACATCAGTATGTTGGTTACTACCAACTTGTTGATGTGCTTTTTTAATATATATTGTAAATTAACTTCAATCATTAAATCCCAAAGTACACCAAAAGAATATTAATACACTAATTAAACAACATTTTTATAGAAACCTATTGCACTTTAACGTCAATAAGTATATTTTTATATTATCTCTAATTAATTGTGCGCGCTTAATAACAGAATATTCTCAATATTTTTATTTTTTTGTGATTTATTGGAATATTTAGTTGATAAGGTACAATCAAATTTACTTAAACTATTGTATTAGGGGAAGAAAGGATGGGATGTATAAA TCCAGAAAAAATAGATAACCGTTAATTTGTTTCCCTTTTCAAAGCACATCAGTATGTTGGTTACTACCAACTTGTTGATGTGCTTTTTTAATATATATTGTAAATTAACTTCAATCATTAAATCCCAAAGTACACCAAAAGAATATTAATACACTAATTAAACAACATTTTTATAGAAACCTATTGCACTTTAACGTCAATAAGTATATTTTTATATTATCTCTAATTAATTGTGCGCGCTTAATAACAGAATATTCTCAATATTTTTATTTTTTTGTGATTTATTGGAATATTTAGTTGATAAGGTACAATCAAATTTACTTAAACTATTGTATTAGGGGAAGAAAGGATGGGATGTATAAATGACACAACAAAACTCCCATGGAAA TTTGTTTCCCTTTTCAAAGCACATCAGTATGTTGGTTACTACCAACTTGTTGATGTGCTTT 61 TTerm_0053 MRSA_WT_2 178539 178544 6 178549 178554 6 4 100 0 12 83 16 83 16 0 178546 TTATAG CTATAA True TATGCTCAT CTATATTTT False True + TTATAG ACAG CTATAA CTATATTTT 32 MRSA_WT_00433 intergenic 178424 178694 + down TATTGTTGACCTAAATTAAAAAACAGTAAGTCATTTAAATGGCTTACTGTTTTTTTATAGGTTTCCATTAATTAAATTCAAGTTATCAGTATAAATAAAAACTTAATATGCTCATTATAGACAGCTATAACTATATTTTCTCGTCCCACTCTATAGAGATTAATTTCATTTATTACCATTTTCTCTATTTAAAAACATATTTTTGGTATTAGCAATTAAAAGTGGGTATATATATTTAATGAACCAATTTTTAGAAAGTAGGCTAAACTA TAAAGCAATGAAAGGTATTCGTTAATATTGTTGACCTAAATTAAAAAACAGTAAGTCATTTAAATGGCTTACTGTTTTTTTATAGGTTTCCATTAATTAAATTCAAGTTATCAGTATAAATAAAAACTTAATATGCTCATTATAGACAGCTATAACTATATTTTCTCGTCCCACTCTATAGAGATTAATTTCATTTATTACCATTTTCTCTATTTAAAAACATATTTTTGGTATTAGCAATTAAAAGTGGGTATATATATTTAATGAACCAATTTTTAGAAAGTAGGCTAAACTATGGAAAACAAATATACACATGGTGT TATTGTTGACCTAAATTAAAAAACAGTAAGTCATTTAAATGGCTTACTGTTTTTTTATAGGTTTCCATTAATTAAATTCAAGTTATCAGTATAAATAAAAACTTAATATGCTCATTATAGACAGCTATAA 130 TTerm_0054 MRSA_WT_2 221520 221537 18 221546 221563 18 8 94 0 31 66 33 64 35 0 221541 AAAAAACTGCTTGAAAGG CCTATCAAGCAGTTTTTT True TGTTAGTTA TATGCATTA True True + AAAAAACTGCTTGAAAGG TTTCTTAG CCTATCAAGCAGTTTTTT TATGCATTA 86 MRSA_WT_00473 intergenic 221436 221563 + down TTAACTTTTGTCATGACAATTAAAGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTT ATTTGATGAAACAAAGGAAAAATAATTAACTTTTGTCATGACAATTAAAGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCC TTAACTTTTGTCATGACAATTAAAGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTT 127 TTerm_0055 MRSA_WT_2 225970 225989 20 225996 226015 20 6 80 0 20 72 27 75 25 0 225992 AATATAGACTGTCAATTAAG CTTGATTGGCAGTTTTTATT True CCTTTTAAA GTCTTCTTT True True + AATATAGACTGTCAATTAAG GAACCA CTTGATTGGCAGTTTTTATT GTCTTCTTT 56 MRSA_WT_00476 intergenic 225958 226130 + down TTTCCTTTTAAAATATAGACTGTCAATTAAGGAACCACTTGATTGGCAGTTTTTATTGTCTTCTTTTAAAAAACATCTGAAATACTTAATAGTGATTCACTACTATCATCGTTTATATTGATGTATCATAGGGTATGTAAAATTAATAAAGTAATTATGGAGGCAAGATCTA ATTTGGCATTGGTAAAGGTATTTAATTTCCTTTTAAAATATAGACTGTCAATTAAGGAACCACTTGATTGGCAGTTTTTATTGTCTTCTTTTAAAAAACATCTGAAATACTTAATAGTGATTCACTACTATCATCGTTTATATTGATGTATCATAGGGTATGTAAAATTAATAAAGTAATTATGGAGGCAAGATCTATGGATAAGAAAAAAGTCATCAAATT TTTCCTTTTAAAATATAGACTGTCAATTAAGGAACCACTTGATTGGCAGTTTTTATT 57 TTerm_0056 MRSA_WT_2 230783 230793 11 230798 230808 11 4 81 0 12 86 13 88 11 0 230795 AAAAACATATT AATAAGCTTTT True AGTTACCGA TATTAATTA True True + AAAAACATATT TTGC AATAAGCTTTT TATTAATTA 32 MRSA_WT_00484 intergenic 230712 230811 + down ACTAAAAGCTTATTACATCATATGCGAATTTGGTACTGTTCATGATAAAATCACAAAATTACAGTTACCGAAAAACATATTTTGCAATAAGCTTTTTAT AAAACATTCTCATACATTTTTATAAACTAAAAGCTTATTACATCATATGCGAATTTGGTACTGTTCATGATAAAATCACAAAATTACAGTTACCGAAAAACATATTTTGCAATAAGCTTTTTATTAATTAATCAATAAAGCATCTATAA ACTAAAAGCTTATTACATCATATGCGAATTTGGTACTGTTCATGATAAAATCACAAAATTACAGTTACCGAAAAACATATTTTGCAATAAGCTTTT 96 TTerm_0057 MRSA_WT_3 8354 8369 16 8378 8393 16 8 93 0 27 53 46 53 46 0 8373 AAAATCCCAAGCTGCG CGCAACTTGGGATTTT True AAAACGAAA CTGTATTAT True True + AAAATCCCAAGCTGCG TATGATAT CGCAACTTGGGATTTT CTGTATTAT 86 MRSA_WT_00492 intergenic 8347 8399 + down AACGAAAAAATCCCAAGCTGCGTATGATATCGCAACTTGGGATTTTCTGTAT ACAATGGACTTATACCTATTATTAAAACGAAAAAATCCCAAGCTGCGTATGATATCGCAACTTGGGATTTTCTGTATTATCTACTTTGCAAGTATGACATTG AACGAAAAAATCCCAAGCTGCGTATGATATCGCAACTTGGGATTTT 46 TTerm_0058 MRSA_WT_3 49993 50001 9 50009 50017 9 7 88 0 13 83 16 87 12 0 50004 TTGTATCAA TTTATACAA True ACATATAGT TTTTTTGGG False True + TTGTATCAA ATAGCCC TTTATACAA TTTTTTGGG 26 MRSA_WT_00527 intergenic 49750 50071 + down GACTAACCGAAATATCAACAGAACTAATGGCAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCCGCAAATCGCCTCTGCTAGACAATCATCTTAATGCTATGATTAACGCTTAAGTGCCAGATTTGAATTTAATTTCAACAACGACTTTCACTACATTAAAAATAGGGCTACTCGACACATATAGTTGTATCAAATAGCCCTTTATACAATTTTTTGGGGTAAGGTTTTACAATTTTTGGAATGGTATAGATTTTATAAAAAGT AATTGAAGAATTGCTCGGGGATTAAGACTAACCGAAATATCAACAGAACTAATGGCAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCCGCAAATCGCCTCTGCTAGACAATCATCTTAATGCTATGATTAACGCTTAAGTGCCAGATTTGAATTTAATTTCAACAACGACTTTCACTACATTAAAAATAGGGCTACTCGACACATATAGTTGTATCAAATAGCCCTTTATACAATTTTTTGGGGTAAGGTTTTACAATTTTTGGAATGGTATAGATTTTATAAAAAGTTATTTAAGTTCTTCTGATTCAGCCA GACTAACCGAAATATCAACAGAACTAATGGCAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCCGCAAATCGCCTCTGCTAGACAATCATCTTAATGCTATGATTAACGCTTAAGTGCCAGATTTGAATTTAATTTCAACAACGACTTTCACTACATTAAAAATAGGGCTACTCGACACATATAGTTGTATCAAATAGCCCTTTATACAA 267 TTerm_0059 MRSA_WT_3 52951 52965 15 52974 52988 15 8 93 0 25 63 36 64 35 0 52969 AAAAACAGCTATGAC GTCATGGCTGTTTTT True ATATATACA TAATTGGGA True True + AAAAACAGCTATGAC TTTACTTT GTCATGGCTGTTTTT TAATTGGGA 74 MRSA_WT_00530 intergenic 52941 53098 + down CATATATACAAAAACAGCTATGACTTTACTTTGTCATGGCTGTTTTTTAATTGGGAGTGGGACAGTAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCACAACATGCATTGATGTATGCTCACTGAATTTCATAAGAAAGGAGTTCACAAGA TTTAACTAAACGTAAAAATAAATAACATATATACAAAAACAGCTATGACTTTACTTTGTCATGGCTGTTTTTTAATTGGGAGTGGGACAGTAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCACAACATGCATTGATGTATGCTCACTGAATTTCATAAGAAAGGAGTTCACAAGATGACCGTAGATATTGGACGGATTTA CATATATACAAAAACAGCTATGACTTTACTTTGTCATGGCTGTTTTT 47 TTerm_0060 MRSA_WT_3 78231 78253 23 78258 78280 23 4 91 0 36 63 36 61 38 0 78255 AAAAAGCGGACTGATAGAGAAGT ACTTTTCTTTCAGTCCGCTTTTT True GTTCTATGA AGAGAGTTT True True + AAAAAGCGGACTGATAGAGAAGT TTTC ACTTTTCTTTCAGTCCGCTTTTT AGAGAGTTT 80 MRSA_WT_00547 intergenic 78185 78544 + down ATTAGCAAATAACTAATGATTATGGCGCCTACATTTTGTTCTATGAAAAAGCGGACTGATAGAGAAGTTTTCACTTTTCTTTCAGTCCGCTTTTTAGAGAGTTTAAATATAAAACAATACTCCCTACAATATCGACACCGCTATATGTCTTTATTGTAAGGAGTAAATTCATTGAGTCACCCTAAGTCGGGCAAATAAGGATACTTCATAACAGGGAATTATGATCTGCCCCGAGACATAGAGATGATATATTTGCAAGGGTAGAAGCAGTATCTTTCATCTCTTCACGCACATGCCGTCGGGGCAGGATTGCCAACTATATTGCAATAGATTGGCGATACTTTTAATCCGATTGATAT TGATTATTGTAAGCAAGCTAAATAGATTAGCAAATAACTAATGATTATGGCGCCTACATTTTGTTCTATGAAAAAGCGGACTGATAGAGAAGTTTTCACTTTTCTTTCAGTCCGCTTTTTAGAGAGTTTAAATATAAAACAATACTCCCTACAATATCGACACCGCTATATGTCTTTATTGTAAGGAGTAAATTCATTGAGTCACCCTAAGTCGGGCAAATAAGGATACTTCATAACAGGGAATTATGATCTGCCCCGAGACATAGAGATGATATATTTGCAAGGGTAGAAGCAGTATCTTTCATCTCTTCACGCACATGCCGTCGGGGCAGGATTGCCAACTATATTGCAATAGATTGGCGATACTTTTAATCCGATTGATATTAGATTTTTAAACTTCTAATTTTCT ATTAGCAAATAACTAATGATTATGGCGCCTACATTTTGTTCTATGAAAAAGCGGACTGATAGAGAAGTTTTCACTTTTCTTTCAGTCCGCTTTTT 95 TTerm_0061 MRSA_WT_3 90535 90544 10 90554 90563 10 9 100 0 20 50 50 50 50 0 90548 ACTGTGTGAC GTCACACAGT True TTAATTACA TTTTAATTG False True + ACTGTGTGAC TCCTCAAAC GTCACACAGT TTTTAATTG 64 MRSA_WT_00559 intergenic 90522 90712 + down ATTTTTAATTACACTGTGTGACTCCTCAAACGTCACACAGTTTTTAATTGTATGCATTTCCTACTTTTTTATAAATACCTATTATTTCCACACATTTAAAGTTTGATATTCACTTTAATACTGATGTAAATATTTTTAAAATATATTATTATAGTGTTAATTAAGTATTTTAAGAAAAGGTGTGAATGTA TGAAAAATTAGCAACAACTTTTTAAATTTTTAATTACACTGTGTGACTCCTCAAACGTCACACAGTTTTTAATTGTATGCATTTCCTACTTTTTTATAAATACCTATTATTTCCACACATTTAAAGTTTGATATTCACTTTAATACTGATGTAAATATTTTTAAAATATATTATTATAGTGTTAATTAAGTATTTTAAGAAAAGGTGTGAATGTATGAAAGCACATAAAATTTTCTGGTT ATTTTTAATTACACTGTGTGACTCCTCAAACGTCACACAGT 41 TTerm_0062 MRSA_WT_3 90655 90673 19 90680 90698 19 6 78 0 18 94 5 100 0 0 90676 TTTTTAAAATATATTATTA TAATTAAGTATTTTAAGAA True TGTAAATAT AAGGTGTGA True True + TTTTTAAAATATATTATTA TAGTGT TAATTAAGTATTTTAAGAA AAGGTGTGA 36 MRSA_WT_00559 intergenic 90522 90712 + down ATTTTTAATTACACTGTGTGACTCCTCAAACGTCACACAGTTTTTAATTGTATGCATTTCCTACTTTTTTATAAATACCTATTATTTCCACACATTTAAAGTTTGATATTCACTTTAATACTGATGTAAATATTTTTAAAATATATTATTATAGTGTTAATTAAGTATTTTAAGAAAAGGTGTGAATGTA TGAAAAATTAGCAACAACTTTTTAAATTTTTAATTACACTGTGTGACTCCTCAAACGTCACACAGTTTTTAATTGTATGCATTTCCTACTTTTTTATAAATACCTATTATTTCCACACATTTAAAGTTTGATATTCACTTTAATACTGATGTAAATATTTTTAAAATATATTATTATAGTGTTAATTAAGTATTTTAAGAAAAGGTGTGAATGTATGAAAGCACATAAAATTTTCTGGTT ATTTTTAATTACACTGTGTGACTCCTCAAACGTCACACAGTTTTTAATTGTATGCATTTCCTACTTTTTTATAAATACCTATTATTTCCACACATTTAAAGTTTGATATTCACTTTAATACTGATGTAAATATTTTTAAAATATATTATTATAGTGTTAATTAAGTATTTTAAGAA 176 TTerm_0063 MRSA_WT_4 19744 19758 15 19768 19782 15 9 100 0 30 53 46 53 46 0 19762 AAAAAAGCTCGGCAC GTGCCGAGCTTTTTT True AAAATCACA ATCGAATAA True True + AAAAAAGCTCGGCAC TAAAATGGT GTGCCGAGCTTTTTT ATCGAATAA 100 MRSA_WT_00634 intergenic 19632 19793 + down GGTTATAGAATTTTATTAATCGTGAGCTCAAGGATTACATTAACTTATTAAATACAATCTAAACAAATGAGAGAAAGATACATTTCTCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAAGCTCGGCACTAAAATGGTGTGCCGAGCTTTTTTATCGAATAACT CCCTTTGTATCGAGAAAATAATTAAGGTTATAGAATTTTATTAATCGTGAGCTCAAGGATTACATTAACTTATTAAATACAATCTAAACAAATGAGAGAAAGATACATTTCTCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAAGCTCGGCACTAAAATGGTGTGCCGAGCTTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGT GGTTATAGAATTTTATTAATCGTGAGCTCAAGGATTACATTAACTTATTAAATACAATCTAAACAAATGAGAGAAAGATACATTTCTCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAAGCTCGGCACTAAAATGGTGTGCCGAGCTTTTTT 150 TTerm_0064 MRSA_WT_4 35342 35354 13 35363 35375 13 8 92 0 21 57 42 58 41 0 35358 AAAAGCATTTCCC GGGAGATGCTTTT True AGTAGGTAA AATTTTGGA True True + AAAAGCATTTCCC GAGTAACA GGGAGATGCTTTT AATTTTGGA 74 MRSA_WT_00650 intergenic 35331 35622 + down TCAGTAGGTAAAAAGCATTTCCCGAGTAACAGGGAGATGCTTTTAATTTTGGAGTTGCGTTTTTGGAATTTGGAGTTTCGTTTTTGGAATTCGACGTTTGAAGTTCCAAATTAAAATGAGTGGAAAATTTTAATTATTGCGTGTTTAATGACTTGGTTTTATAACGATTTTCATTTGATGAATTGTTTTTTGTTTGATGTTGGGATGTTACTTTTAATGGTTTGTCATTTGTTAGATTAAAAAATAAACATAAAACAAGTAAAAAAATAATAGCTGCGAATATTAAAAAAT TGTAAAATCATTAATAACAGGGTAATCAGTAGGTAAAAAGCATTTCCCGAGTAACAGGGAGATGCTTTTAATTTTGGAGTTGCGTTTTTGGAATTTGGAGTTTCGTTTTTGGAATTCGACGTTTGAAGTTCCAAATTAAAATGAGTGGAAAATTTTAATTATTGCGTGTTTAATGACTTGGTTTTATAACGATTTTCATTTGATGAATTGTTTTTTGTTTGATGTTGGGATGTTACTTTTAATGGTTTGTCATTTGTTAGATTAAAAAATAAACATAAAACAAGTAAAAAAATAATAGCTGCGAATATTAAAAAATTAGATATCTTCGTTATCAAATTCTG TCAGTAGGTAAAAAGCATTTCCCGAGTAACAGGGAGATGCTTTT 44 TTerm_0065 MRSA_WT_4 41012 41028 17 41036 41052 17 7 94 0 29 67 32 68 31 0 41031 AAAATCTCGGCACTATA TATAGTGTCGAGATTTT True TAAGCAAGA ATAAATATC True True + AAAATCTCGGCACTATA CCATTTT TATAGTGTCGAGATTTT ATAAATATC 66 MRSA_WT_00655 intergenic 41006 41066 + down GCAAGAAAATCTCGGCACTATACCATTTTTATAGTGTCGAGATTTTATAAATATCGCCAT CGTACGCTTTGAATTAACTAAATAAGCAAGAAAATCTCGGCACTATACCATTTTTATAGTGTCGAGATTTTATAAATATCGCCATCATTCACCTTGTAATCCGCAGACCA GCAAGAAAATCTCGGCACTATACCATTTTTATAGTGTCGAGATTTT 46 TTerm_0066 MRSA_WT_4 46557 46574 18 46582 46599 18 7 94 0 31 69 30 70 29 0 46577 AAATAAATCCCCTCACTA TAGTGAAGGGATTTATTT True TGAAACCTA TATTACATA False True + AAATAAATCCCCTCACTA CAGCTAA TAGTGAAGGGATTTATTT TATTACATA 78 MRSA_WT_00660 intergenic 46366 46745 + down TAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGCAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCCAGACAATAGATTGGCCTATACTAAAGTAAATTCTATATTATTGTCTTCCTCAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGAAACCTAAATAAATCCCCTCACTACAGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACATAGACGTAATCATAAATATATTTGTTCTATTGTAGTCATGATTAATCATATTAACAAACTACCATTTCTAAATCGCGCATTATGAAGTCAATTTTCATAAACTGATAATACATTTACGCATTCATTATACAGTTAATGT ACAAATACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGCAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCCAGACAATAGATTGGCCTATACTAAAGTAAATTCTATATTATTGTCTTCCTCAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGAAACCTAAATAAATCCCCTCACTACAGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACATAGACGTAATCATAAATATATTTGTTCTATTGTAGTCATGATTAATCATATTAACAAACTACCATTTCTAAATCGCGCATTATGAAGTCAATTTTCATAAACTGATAATACATTTACGCATTCATTATACAGTTAATGTTATTCAGCTTCTCTAATTTCATCTG TAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGCAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCCAGACAATAGATTGGCCTATACTAAAGTAAATTCTATATTATTGTCTTCCTCAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGAAACCTAAATAAATCCCCTCACTACAGCTAATAGTGAAGGGATTTATTT 233 TTerm_0067 MRSA_WT_4 75667 75678 12 75686 75697 12 7 83 0 14 58 41 60 40 0 75681 CCAACAGTACAT ATGTATTGTGGG True GCAAATACC TTTTTCTAC False True + CCAACAGTACAT CATTAGC ATGTATTGTGGG TTTTTCTAC 36 MRSA_WT_00701 intergenic 75650 75831 + down AATACCAAGCAAATACCCAACAGTACATCATTAGCATGTATTGTGGGTTTTTCTACTTTTTGTAAATATTGAAAATTATAAGTAGTTGTTTTTTACTATTAGGGCAGAATGCTTTACAATAACATGCAAGTGTCAATTAAGGGGAGCACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCT AAAAGATCAAACAATCCCTGAATAAAATACCAAGCAAATACCCAACAGTACATCATTAGCATGTATTGTGGGTTTTTCTACTTTTTGTAAATATTGAAAATTATAAGTAGTTGTTTTTTACTATTAGGGCAGAATGCTTTACAATAACATGCAAGTGTCAATTAAGGGGAGCACTTGCATAAATAGTATAGGAGAGTGAGTAGTCTTGCAATTTCTTGATTTCTTAATCGC AATACCAAGCAAATACCCAACAGTACATCATTAGCATGTATTGTGGG 47 TTerm_0068 MRSA_WT_4 79118 79137 20 79144 79163 20 6 75 0 15 82 17 86 13 0 79140 TAATAAACAAAACATGCAAT ATTGCAATCTTATTTTATTA True ATTCTAAGT TCGGATTAC True True + TAATAAACAAAACATGCAAT AACATA ATTGCAATCTTATTTTATTA TCGGATTAC 46 MRSA_WT_00705 intergenic 79116 79303 + down GTAATAAACAAAACATGCAATAACATAATTGCAATCTTATTTTATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATACCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATC CATCTTAACCATCGTATTATTCTAAGTAATAAACAAAACATGCAATAACATAATTGCAATCTTATTTTATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATACCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTA GTAATAAACAAAACATGCAATAACATAATTGCAATCTTATTTTATTA 47 TTerm_0069 MRSA_WT_4 79135 79142 8 79150 79157 8 7 87 0 11 87 12 100 0 0 79145 AATAACAT ATCTTATT True AAACATGCA TTATTATCG False True + AATAACAT AATTGCA ATCTTATT TTATTATCG 30 MRSA_WT_00705 intergenic 79116 79303 + down GTAATAAACAAAACATGCAATAACATAATTGCAATCTTATTTTATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATACCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATC CATCTTAACCATCGTATTATTCTAAGTAATAAACAAAACATGCAATAACATAATTGCAATCTTATTTTATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATACCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTA GTAATAAACAAAACATGCAATAACATAATTGCAATCTTATT 41 TTerm_0070 MRSA_WT_4 79250 79269 20 79276 79295 20 6 90 0 30 65 35 66 33 0 79272 AAAAGCCATAAAAGTAGTCA TGACCGCTTTTATGGCTTTT True AAATTTTAA ATATTATCT True True + AAAAGCCATAAAAGTAGTCA ATACCA TGACCGCTTTTATGGCTTTT ATATTATCT 92 MRSA_WT_00705 intergenic 79116 79303 + down GTAATAAACAAAACATGCAATAACATAATTGCAATCTTATTTTATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATACCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATC CATCTTAACCATCGTATTATTCTAAGTAATAAACAAAACATGCAATAACATAATTGCAATCTTATTTTATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATACCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTA GTAATAAACAAAACATGCAATAACATAATTGCAATCTTATTTTATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATACCATGACCGCTTTTATGGCTTTT 179 TTerm_0071 MRSA_WT_4 97694 97715 22 97721 97742 22 5 86 0 29 65 34 68 31 0 97717 TAAAAAGCAGTAAGTCGATTTC GAAACCAGCTTACTGCTTTTTA True TCACAACTT TATTTTTCA True True + TAAAAAGCAGTAAGTCGATTTC TACTC GAAACCAGCTTACTGCTTTTTA TATTTTTCA 82 MRSA_WT_00725 intergenic 97605 97782 + down CATATTTATTATAGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAACCTTAAAACAACATTGTTTAATATACTTATCACAACTTAAAAAGCAGTAAGTCGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTATATTTTTCATTTATTCTAATACAAACCTACCATCAATCGT ACGTATCATTGATTCTGAACAATAACATATTTATTATAGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAACCTTAAAACAACATTGTTTAATATACTTATCACAACTTAAAAAGCAGTAAGTCGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTATATTTTTCATTTATTCTAATACAAACCTACCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTAATA CATATTTATTATAGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAACCTTAAAACAACATTGTTTAATATACTTATCACAACTTAAAAAGCAGTAAGTCGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTA 137 TTerm_0072 MRSA_WT_4 114860 114869 10 114879 114888 10 9 100 0 20 40 60 40 60 0 114873 GCCAACAAGG CCTTGTTGGC True AGTTTTACG TTTTTTAAT False True + GCCAACAAGG TTTCAAGAG CCTTGTTGGC TTTTTTAAT 64 MRSA_WT_00743 intergenic 114838 115272 + down TTAGTGATGACTAAGTTTTACGCCAACAAGGTTTCAAGAGCCTTGTTGGCTTTTTTAATTTCTATGAAAAAAATCGAATTGGTAAAAATCTCAAAATTTCGATTTTCACCAATCCGATTCACTCTGTAATAAAGAATAAACAACATACAGCCATTGACACACCCAAATTTAGGCACGTCAAATCGGCTATACATTGATAAATTTTTAGTTAAAGTACTTACAAATATACTTGCCTTCAAATTCTCAATTAATTTAGTCATTACAAATCATGACATAAAACTTACATTACATATATCAACATGTTCCGCTACAAAACATATTCAGTATATGTATAGAGGATATTTATTCTAAGTTAAAACCTTTTCAAATTATAACCGCTACAATTATAAATGATTAAAGTGTTTCAACATATTATATATATTCCACGCTCACAT TGCTGGTTATAACTTCATTCACTAATTAGTGATGACTAAGTTTTACGCCAACAAGGTTTCAAGAGCCTTGTTGGCTTTTTTAATTTCTATGAAAAAAATCGAATTGGTAAAAATCTCAAAATTTCGATTTTCACCAATCCGATTCACTCTGTAATAAAGAATAAACAACATACAGCCATTGACACACCCAAATTTAGGCACGTCAAATCGGCTATACATTGATAAATTTTTAGTTAAAGTACTTACAAATATACTTGCCTTCAAATTCTCAATTAATTTAGTCATTACAAATCATGACATAAAACTTACATTACATATATCAACATGTTCCGCTACAAAACATATTCAGTATATGTATAGAGGATATTTATTCTAAGTTAAAACCTTTTCAAATTATAACCGCTACAATTATAAATGATTAAAGTGTTTCAACATATTATATATATTCCACGCTCACATTAAGTTAAACGTGAATTCGATGACT TTAGTGATGACTAAGTTTTACGCCAACAAGGTTTCAAGAGCCTTGTTGGC 50 TTerm_0073 MRSA_WT_4 118569 118584 16 118591 118606 16 6 100 0 32 81 18 81 18 0 118587 AACTTTGACTAATTTT AAAATTAGTCAAAGTT True CTCATTGTA TTTTTATTC False True + AACTTTGACTAATTTT TATTAC AAAATTAGTCAAAGTT TTTTTATTC 64 MRSA_WT_00746 intergenic 118519 118756 + down ACATATTACAAATAAATATTTCCTATTAATTATCTGTTAATCTCATTGTAACTTTGACTAATTTTTATTACAAAATTAGTCAAAGTTTTTTTATTCTTTTACAAATCAATAACATTCCCCACAAGAAGCATTAATTTTGTTAAAGTAACTATTGTCATCAATTCGAGATGTGAGAATAAAACAGTCGCTACGTTTTATTTATAAAAAAAGATATAGAACTTTGGAGGACTTTATTCA ACCTTTAACAATTCGATTTATTTAAACATATTACAAATAAATATTTCCTATTAATTATCTGTTAATCTCATTGTAACTTTGACTAATTTTTATTACAAAATTAGTCAAAGTTTTTTTATTCTTTTACAAATCAATAACATTCCCCACAAGAAGCATTAATTTTGTTAAAGTAACTATTGTCATCAATTCGAGATGTGAGAATAAAACAGTCGCTACGTTTTATTTATAAAAAAAGATATAGAACTTTGGAGGACTTTATTCATGAAAAAATTAGTAACAGCAACTAC ACATATTACAAATAAATATTTCCTATTAATTATCTGTTAATCTCATTGTAACTTTGACTAATTTTTATTACAAAATTAGTCAAAGTT 87 TTerm_0074 MRSA_WT_4 120609 120624 16 120634 120649 16 9 93 0 27 53 46 53 46 0 120628 AACCCCCATATGTTGA TCAACATACGGGGGTT True AAAACAAGA TTCATATTG True True + AACCCCCATATGTTGA GCTCTCATT TCAACATACGGGGGTT TTCATATTG 70 MRSA_WT_00748 intergenic 120572 120664 + down TAATTGAATTTATTATAATGACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCATTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTAT GAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATGACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCATTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTCTCTTTCGATTTATATAAGA TAATTGAATTTATTATAATGACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCATTTCAACATACGGGGGTT 77 TTerm_0075 MRSA_WT_4 130323 130338 16 130347 130362 16 8 93 0 27 46 53 46 53 0 130342 AAACCCCATCGATTCC GGAGTCGATGGGGTTT True CAATTTTTA TATCTACGC False True + AAACCCCATCGATTCC TAAACTAT GGAGTCGATGGGGTTT TATCTACGC 86 MRSA_WT_00756 intergenic 130341 130366 + down ACTATGGAGTCGATGGGGTTTTATC ATTTTTAAACCCCATCGATTCCTAAACTATGGAGTCGATGGGGTTTTATCTACGCATAAATACTTATTACTGATA ACTATGGAGTCGATGGGGTTT 21 TTerm_0076 MRSA_WT_5 24549 24561 13 24570 24582 13 8 92 0 21 73 26 75 25 0 24565 GAAGTTTGATAGA TCTATTAAACTTC True AATTTGGTG CTTTTTTTA False True + GAAGTTTGATAGA TGATACAT TCTATTAAACTTC CTTTTTTTA 50 MRSA_WT_00801 intergenic 24527 24778 + down TTTTGTTTAGCGCAATTTGGTGAAGTTTGATAGATGATACATTCTATTAAACTTCCTTTTTTTATGCTCTTTTTACCTAATTGTTAAGAGGTTTTGCACTAATGGCACTTAATATAAGGAAGATAGCCGCATAACGAGCAGTATATATCAAATACATTTCAAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATGAATAGTAATCAGCTTTTTCACATTGCCTAAGGACTTTATGCCCTAGGTTTATATATCACATAT AGCAAACAACGAAATTGAACTATAATTTTGTTTAGCGCAATTTGGTGAAGTTTGATAGATGATACATTCTATTAAACTTCCTTTTTTTATGCTCTTTTTACCTAATTGTTAAGAGGTTTTGCACTAATGGCACTTAATATAAGGAAGATAGCCGCATAACGAGCAGTATATATCAAATACATTTCAAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATGAATAGTAATCAGCTTTTTCACATTGCCTAAGGACTTTATGCCCTAGGTTTATATATCACATATTATGATACGCTTTTTAAAAAATTTA TTTTGTTTAGCGCAATTTGGTGAAGTTTGATAGATGATACATTCTATTAAACTTC 55 TTerm_0077 MRSA_WT_5 53719 53734 16 53741 53756 16 6 100 0 32 75 25 75 25 0 53737 AAAAATTCCAAGCTTA TAAGCTTGGAATTTTT True AATTAATAA CGTTTATCT True True + AAAAATTCCAAGCTTA TCGGTT TAAGCTTGGAATTTTT CGTTTATCT 80 MRSA_WT_00831 intergenic 53692 54242 + down TACATTGGTACGTTTATAAATTAATAAAAAATTCCAAGCTTATCGGTTTAAGCTTGGAATTTTTCGTTTATCTTCAGTATATTCCCGTATACATAAGACGTGATTTGGTAAATAGTTGAAATCTGTATGTTTAAACTTATATATATATGTGCTAATGTATTATCAATAACAAAGTACACTTTGCTCATAGCAAAGTGTACCCGAGTAGTCTTCCTTGGGAGAACTTTAACTACTATCACTACATATAAACGTTAACCTCAATAGAAATTATACAGTCGCTACTCTATACAATTTTTGTAATGGTTAACTAATATTATTTTAACCTATTTGAAATATTTGAAACATATTTTTGTCGAATTTTTTTCAATAATTTTTCCTTTTTATACTTCAAGAGAATTTTAACTACTAAAAATTCCGATGATTATTATTACAATAGTATCAAATATTAGTTTTTTAAAATCAATAACAACTTATCAAAAAGCTCATGTGGTTATTTTATAGTGTATAAACTATAATGAGTATTAAATTCTTATAAACAATGGTGATGAAA TACATTGGTACGTTTATAAATTAATAAAAAATTCCAAGCTTATCGGTTTAAGCTTGGAATTTTT 64 TTerm_0078 MRSA_WT_5 53943 53967 25 53976 54000 25 8 72 0 15 74 26 77 22 0 53971 GTTAACCTCAATAGAAATTATACAG CTATACAATTTTTGTAATGGTTAAC True ATATAAACG TAATATTAT False True + GTTAACCTCAATAGAAATTATACAG TCGCTACT CTATACAATTTTTGTAATGGTTAAC TAATATTAT 46 MRSA_WT_00831 intergenic 53692 54242 + down TACATTGGTACGTTTATAAATTAATAAAAAATTCCAAGCTTATCGGTTTAAGCTTGGAATTTTTCGTTTATCTTCAGTATATTCCCGTATACATAAGACGTGATTTGGTAAATAGTTGAAATCTGTATGTTTAAACTTATATATATATGTGCTAATGTATTATCAATAACAAAGTACACTTTGCTCATAGCAAAGTGTACCCGAGTAGTCTTCCTTGGGAGAACTTTAACTACTATCACTACATATAAACGTTAACCTCAATAGAAATTATACAGTCGCTACTCTATACAATTTTTGTAATGGTTAACTAATATTATTTTAACCTATTTGAAATATTTGAAACATATTTTTGTCGAATTTTTTTCAATAATTTTTCCTTTTTATACTTCAAGAGAATTTTAACTACTAAAAATTCCGATGATTATTATTACAATAGTATCAAATATTAGTTTTTTAAAATCAATAACAACTTATCAAAAAGCTCATGTGGTTATTTTATAGTGTATAAACTATAATGAGTATTAAATTCTTATAAACAATGGTGATGAAA TACATTGGTACGTTTATAAATTAATAAAAAATTCCAAGCTTATCGGTTTAAGCTTGGAATTTTTCGTTTATCTTCAGTATATTCCCGTATACATAAGACGTGATTTGGTAAATAGTTGAAATCTGTATGTTTAAACTTATATATATATGTGCTAATGTATTATCAATAACAAAGTACACTTTGCTCATAGCAAAGTGTACCCGAGTAGTCTTCCTTGGGAGAACTTTAACTACTATCACTACATATAAACGTTAACCTCAATAGAAATTATACAGTCGCTACTCTATACAATTTTTGTAATGGTTAAC 308 TTerm_0079 MRSA_WT_5 54023 54040 18 54048 54065 18 7 77 0 16 91 8 92 7 0 54043 AAATATTTGAAACATATT AATTTTTTTCAATAATTT True CCTATTTGA TTCCTTTTT False True + AAATATTTGAAACATATT TTTGTCG AATTTTTTTCAATAATTT TTCCTTTTT 32 MRSA_WT_00831 intergenic 53692 54242 + down TACATTGGTACGTTTATAAATTAATAAAAAATTCCAAGCTTATCGGTTTAAGCTTGGAATTTTTCGTTTATCTTCAGTATATTCCCGTATACATAAGACGTGATTTGGTAAATAGTTGAAATCTGTATGTTTAAACTTATATATATATGTGCTAATGTATTATCAATAACAAAGTACACTTTGCTCATAGCAAAGTGTACCCGAGTAGTCTTCCTTGGGAGAACTTTAACTACTATCACTACATATAAACGTTAACCTCAATAGAAATTATACAGTCGCTACTCTATACAATTTTTGTAATGGTTAACTAATATTATTTTAACCTATTTGAAATATTTGAAACATATTTTTGTCGAATTTTTTTCAATAATTTTTCCTTTTTATACTTCAAGAGAATTTTAACTACTAAAAATTCCGATGATTATTATTACAATAGTATCAAATATTAGTTTTTTAAAATCAATAACAACTTATCAAAAAGCTCATGTGGTTATTTTATAGTGTATAAACTATAATGAGTATTAAATTCTTATAAACAATGGTGATGAAA TACATTGGTACGTTTATAAATTAATAAAAAATTCCAAGCTTATCGGTTTAAGCTTGGAATTTTTCGTTTATCTTCAGTATATTCCCGTATACATAAGACGTGATTTGGTAAATAGTTGAAATCTGTATGTTTAAACTTATATATATATGTGCTAATGTATTATCAATAACAAAGTACACTTTGCTCATAGCAAAGTGTACCCGAGTAGTCTTCCTTGGGAGAACTTTAACTACTATCACTACATATAAACGTTAACCTCAATAGAAATTATACAGTCGCTACTCTATACAATTTTTGTAATGGTTAACTAATATTATTTTAACCTATTTGAAATATTTGAAACATATTTTTGTCGAATTTTTTTCAATAATTT 373 TTerm_0080 MRSA_WT_5 59803 59825 23 59830 59852 23 4 82 0 26 63 36 63 36 0 59827 TAGCCACACCACTTAAATTGGGT ACTCAATTTATGTGATGTGGTTA True AACATTATT TTTTTTTAT False True + TAGCCACACCACTTAAATTGGGT ATGA ACTCAATTTATGTGATGTGGTTA TTTTTTTAT 68 MRSA_WT_00838 intergenic 59769 60276 + down CGATTAGGCGGTTCATCTATAAATCAACATTATTAGCCACACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTTATTTTTTTATAATCATCATGCTCTGTATATAATTTGAATTTGAAAGTTACATATAAGCGTTATTAGCTTTTATTGAAAATTTCATACATATCGAACAATACATACAAATATTTCCTATACATCTACATCTATGACTAAATAACCCTTTATTTTCAAGATGAACTTAAACTCATCTATATGCTCAATACCTCTATCATTATCATTCTTTTGCGATAGATGCCTCTCTAATCATATATGTTATATTTCCCAAATGACTGCCAGGCGACTCATTAAATATATATTTATTTAGAACTTTTATACATAAATAGTCTTAGTAAATCATACGTTCTATGTCTGATAAAAAGTTGATACTTAAGGTTGATGTCACACATAAAAATGTTATTTATAATATAACCATAGAGTAGCAAAGGAGGTAATATAGGTTA CGATGTTGAAGTAACAGAGGTTTAACGATTAGGCGGTTCATCTATAAATCAACATTATTAGCCACACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTTATTTTTTTATAATCATCATGCTCTGTATATAATTTGAATTTGAAAGTTACATATAAGCGTTATTAGCTTTTATTGAAAATTTCATACATATCGAACAATACATACAAATATTTCCTATACATCTACATCTATGACTAAATAACCCTTTATTTTCAAGATGAACTTAAACTCATCTATATGCTCAATACCTCTATCATTATCATTCTTTTGCGATAGATGCCTCTCTAATCATATATGTTATATTTCCCAAATGACTGCCAGGCGACTCATTAAATATATATTTATTTAGAACTTTTATACATAAATAGTCTTAGTAAATCATACGTTCTATGTCTGATAAAAAGTTGATACTTAAGGTTGATGTCACACATAAAAATGTTATTTATAATATAACCATAGAGTAGCAAAGGAGGTAATATAGGTTATGATTATTTATCGACAGTATCACCA CGATTAGGCGGTTCATCTATAAATCAACATTATTAGCCACACCACTTAAATTGGGTATGAACTCAATTTATGTGATGTGGTTA 83 TTerm_0081 MRSA_WT_5 71216 71232 17 71237 71253 17 4 82 0 19 64 35 64 35 0 71234 TAATTCAAACGCGTAAC GTTGCGCGTTTTTATTA True CATATGATT TACCTTCTA False True + TAATTCAAACGCGTAAC AGTA GTTGCGCGTTTTTATTA TACCTTCTA 70 MRSA_WT_00851 intergenic 71204 71486 + down TATCATATGATTAATTCAAACGCGTAACAGTAGTTGCGCGTTTTTATTATACCTTCTAGAGTTGTATATCTCTTTTATAAATCTTCTCATTTGATGTGCCTGAGTCATAAATCAATTTCCTAAACTCTACAATGATATATTGGTCGTAGTTGACTGAATAACTACTACCATTATAAATATCAAAACTTGTTGTTTTATAAATAAACACATCTTCCAGTTAAAAGAAGTAATTAAATATTATGTGATATAATTATAAAAAATAGATATAAGTGGTGTTGTAAA CGCTAAATTAAAGTATCGCAAATAATATCATATGATTAATTCAAACGCGTAACAGTAGTTGCGCGTTTTTATTATACCTTCTAGAGTTGTATATCTCTTTTATAAATCTTCTCATTTGATGTGCCTGAGTCATAAATCAATTTCCTAAACTCTACAATGATATATTGGTCGTAGTTGACTGAATAACTACTACCATTATAAATATCAAAACTTGTTGTTTTATAAATAAACACATCTTCCAGTTAAAAGAAGTAATTAAATATTATGTGATATAATTATAAAAAATAGATATAAGTGGTGTTGTAAATGAATTATTTTGTAGGTAATAGTTT TATCATATGATTAATTCAAACGCGTAACAGTAGTTGCGCGTTTTTATTA 49 TTerm_0082 MRSA_WT_5 72973 72980 8 72986 72993 8 5 87 0 11 81 18 85 14 0 72982 ATAAATGT ACCTTTAT True CGTCTTATA TTTTATAAA False True + ATAAATGT ACTTC ACCTTTAT TTTTATAAA 38 MRSA_WT_00852 intergenic 72976 73102 + down ATGTACTTCACCTTTATTTTTATAAAAAAAAAGCGTTTTCCTATGTCATTTAACTAAACATGTAAGTTCGTATGAACGTTGTTTGTTAAATAGATGATTCTAGGAAAATGCTTTTTTCTTTTGACT GGACCAATTTGTTCGTCTTATATAAATGTACTTCACCTTTATTTTTATAAAAAAAAAGCGTTTTCCTATGTCATTTAACTAAACATGTAAGTTCGTATGAACGTTGTTTGTTAAATAGATGATTCTAGGAAAATGCTTTTTTCTTTTGACTTAGTTTAAAATATTTTGCCACTTTG ATGTACTTCACCTTTAT 17 TTerm_0083 MRSA_WT_5 99089 99106 18 99111 99128 18 4 83 0 21 66 33 66 33 0 99108 ATTAAAAAAAGACCCCTC GAGGGATCTTCTTTTTAT True ATTTACACA ATAAAATCT True True + ATTAAAAAAAGACCCCTC GATT GAGGGATCTTCTTTTTAT ATAAAATCT 74 MRSA_WT_00869 intergenic 98869 99151 + down GCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTTACAATGTCCAAGACTCAACAATTTTATTTAAACAGTATTATCAGTTATAAGTTTTATTAGTCAGTCTTTCATCAATTATTGTTCTTCTAAATCGAATAGCCATTACAAAATTTACACATTAAAAAAAGACCCCTCGATTGAGGGATCTTCTTTTTATATAAAATCTAAGAAATTAGAAAT AGAGCAAGTATTTAAAACAAATTAAGCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTTACAATGTCCAAGACTCAACAATTTTATTTAAACAGTATTATCAGTTATAAGTTTTATTAGTCAGTCTTTCATCAATTATTGTTCTTCTAAATCGAATAGCCATTACAAAATTTACACATTAAAAAAAGACCCCTCGATTGAGGGATCTTCTTTTTATATAAAATCTAAGAAATTAGAAATTATTTAATGATTTCAGTAACAACGC GCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTTACAATGTCCAAGACTCAACAATTTTATTTAAACAGTATTATCAGTTATAAGTTTTATTAGTCAGTCTTTCATCAATTATTGTTCTTCTAAATCGAATAGCCATTACAAAATTTACACATTAAAAAAAGACCCCTCGATTGAGGGATCTTCTTTTTAT 259 TTerm_0084 MRSA_WT_5 132063 132068 6 132077 132082 6 8 100 0 12 66 33 66 33 0 132072 AGCATA TATGCT True GTTGATTTA TTTTTTACA False True + AGCATA CATTAAGC TATGCT TTTTTTACA 40 MRSA_WT_00897 intergenic 131868 132076 + down CAAATACATCAACATCGAATTAACCCCTTCAAAATTTTGACTATTCTCAGTGTCTTTGAAGGGGTTTTTTCTTATGTATATCTTTATTTTTTATCATTTTTAATTTTGACATAAAAAACAACTCCTCCAAAGCTAAGTTTGAAGGAGATATTGTCTTCTCAACAAATCTATAAATATCAATAATTCGTTGATTTAGCATACATTAAGC TGCAATCGCTGGATTCTTTATTTAACAAATACATCAACATCGAATTAACCCCTTCAAAATTTTGACTATTCTCAGTGTCTTTGAAGGGGTTTTTTCTTATGTATATCTTTATTTTTTATCATTTTTAATTTTGACATAAAAAACAACTCCTCCAAAGCTAAGTTTGAAGGAGATATTGTCTTCTCAACAAATCTATAAATATCAATAATTCGTTGATTTAGCATACATTAAGCTATGCTTTTTTTACAATATGATTAA CAAATACATCAACATCGAATTAACCCCTTCAAAATTTTGACTATTCTCAGTGTCTTTGAAGGGGTTTTTTCTTATGTATATCTTTATTTTTTATCATTTTTAATTTTGACATAAAAAACAACTCCTCCAAAGCTAAGTTTGAAGGAGATATTGTCTTCTCAACAAATCTATAAATATCAATAATTCGTTGATTTAGCATACATTAAGCTATGCT 214 TTerm_0085 MRSA_WT_6 49912 49935 24 49945 49969 25 9 76 4 13 73 26 78 21 0 49939 AATTTTACTGAAACCGGTTTTAAA TTTAAAGCATGGTTTTGGTAAAGTT True AATTTGCAA AAGGTATAA False True + AATTTTACTGAAACCGGTTTTAAA CGAATTGAA TTTAAAGCATGGTTTTGGTAAAGTT AAGGTATAA 26 MRSA_WT_00948 intergenic 49885 50039 + down GTGCTATAATAGTTTTGCAATTTGCAAATTTTACTGAAACCGGTTTTAAACGAATTGAATTTAAAGCATGGTTTTGGTAAAGTTAAGGTATAAAACTAAGTTAGTATTGTAATAATATTGAAGATTCTAACTATACGAAGGAGAAATGTAATTA AAATGTTATTAAAAATGTCATGTAGGTGCTATAATAGTTTTGCAATTTGCAAATTTTACTGAAACCGGTTTTAAACGAATTGAATTTAAAGCATGGTTTTGGTAAAGTTAAGGTATAAAACTAAGTTAGTATTGTAATAATATTGAAGATTCTAACTATACGAAGGAGAAATGTAATTATGGAACAAAATTCATATGTAATCAT GTGCTATAATAGTTTTGCAATTTGCAAATTTTACTGAAACCGGTTTTAAACGAATTGAATTTAAAGCATGGTTTTGGTAAAGTT 84 TTerm_0086 MRSA_WT_6 55153 55159 7 55169 55175 7 9 100 0 14 85 14 85 14 0 55163 ATTTTCA TGAAAAT True AAATTTATA CATTTTATG False True + ATTTTCA ATGAATTGA TGAAAAT CATTTTATG 36 MRSA_WT_00953 intergenic 55062 55195 + down GTTGAGACGATACCCCAACTTTCATTTACTTGCATTACTGCATTTAGATAATTTAGTTGGGGTGCTCATTTATAATAATTTTAAATTTATATTTTCAATGAATTGATGAAAATCATTTTATGGAGGGCGAGTA ATATGTTGAAGGAAAGAAATCATAAGTTGAGACGATACCCCAACTTTCATTTACTTGCATTACTGCATTTAGATAATTTAGTTGGGGTGCTCATTTATAATAATTTTAAATTTATATTTTCAATGAATTGATGAAAATCATTTTATGGAGGGCGAGTATGGGTAAAGAATATGTAGTCATCGG GTTGAGACGATACCCCAACTTTCATTTACTTGCATTACTGCATTTAGATAATTTAGTTGGGGTGCTCATTTATAATAATTTTAAATTTATATTTTCAATGAATTGATGAAAAT 113 TTerm_0087 MRSA_WT_6 55159 55166 8 55172 55179 8 5 87 0 11 87 12 85 14 0 55168 AATGAATT AAATCATT True ATATTTTCA TTATGGAGG False True + AATGAATT GATGA AAATCATT TTATGGAGG 30 MRSA_WT_00953 intergenic 55062 55195 + down GTTGAGACGATACCCCAACTTTCATTTACTTGCATTACTGCATTTAGATAATTTAGTTGGGGTGCTCATTTATAATAATTTTAAATTTATATTTTCAATGAATTGATGAAAATCATTTTATGGAGGGCGAGTA ATATGTTGAAGGAAAGAAATCATAAGTTGAGACGATACCCCAACTTTCATTTACTTGCATTACTGCATTTAGATAATTTAGTTGGGGTGCTCATTTATAATAATTTTAAATTTATATTTTCAATGAATTGATGAAAATCATTTTATGGAGGGCGAGTATGGGTAAAGAATATGTAGTCATCGG GTTGAGACGATACCCCAACTTTCATTTACTTGCATTACTGCATTTAGATAATTTAGTTGGGGTGCTCATTTATAATAATTTTAAATTTATATTTTCAATGAATTGATGAAAATCATT 117 TTerm_0088 MRSA_WT_6 60226 60238 13 60246 60258 13 7 76 0 11 76 23 80 20 0 60241 GAAACAACTAATA TATTATCTGTATC True GATGGTAGG TTTTTTTAT False True + GAAACAACTAATA CAGTTCC TATTATCTGTATC TTTTTTTAT 22 MRSA_WT_00958 intergenic 60204 60375 + down TTAATATAATACAGATGGTAGGAAACAACTAATACAGTTCCTATTATCTGTATCTTTTTTTATTAAAACAGAACTTTTTCAAATGGTTTAACAGTCCCATTTATTTGTGGTACAATTAGTAAGGATAAAATGAATTTCTATACAATTATGGGAAAGGTATGGTGAATTGAA GCAAGACGTTGATCAATTTAAATAATTAATATAATACAGATGGTAGGAAACAACTAATACAGTTCCTATTATCTGTATCTTTTTTTATTAAAACAGAACTTTTTCAAATGGTTTAACAGTCCCATTTATTTGTGGTACAATTAGTAAGGATAAAATGAATTTCTATACAATTATGGGAAAGGTATGGTGAATTGAATGGCTCCTAAGTTACAAGCCCAATT TTAATATAATACAGATGGTAGGAAACAACTAATACAGTTCCTATTATCTGTATC 54 TTerm_0089 MRSA_WT_6 72021 72029 9 72039 72047 9 9 88 0 13 72 27 75 25 0 72033 ATACAACCA TGGTTTTAT True ATTATTAGA TTTTAACCT False True + ATACAACCA ACATTTTAA TGGTTTTAT TTTTAACCT 42 MRSA_WT_00970 intergenic 71968 72050 + down TATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCAACATTTTAATGGTTTTATTTT GGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACCTTGTAGTTCTTGGAATGTTT TATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCAACATTTTAATGGTTTTAT 79 TTerm_0090 MRSA_WT_6 77490 77507 18 77514 77531 18 6 94 0 31 63 36 64 35 0 77510 AAAAGAGAAGCTGAGCAA TTGCTTAGCTTCTCTTTT True AACATAATA GGCATATAA True True + AAAAGAGAAGCTGAGCAA TGAAAG TTGCTTAGCTTCTCTTTT GGCATATAA 78 MRSA_WT_00975 intergenic 77478 77787 + down TTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCAATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACTTTCACATTTTCAAATTTCTAACTTGTTTATTCAGATATTAATCGAGCGGATAGTGTTGCGCACGTTGTTTAGGTGTGTCTAATCGACTTTTACAATCATCGCACATAAATGTTCGAATAGGATTGTTTTTAAGTCGTTTAGACTCAGTTGTGCGCTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAAT ACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCAATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACTTTCACATTTTCAAATTTCTAACTTGTTTATTCAGATATTAATCGAGCGGATAGTGTTGCGCACGTTGTTTAGGTGTGTCTAATCGACTTTTACAATCATCGCACATAAATGTTCGAATAGGATTGTTTTTAAGTCGTTTAGACTCAGTTGTGCGCTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACAT TTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCAATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTT 53 TTerm_0091 MRSA_WT_6 84320 84337 18 84343 84360 18 5 100 0 36 72 27 72 27 0 84339 AAACCGTAATTTTAATGG CCATTAAAATTACGGTTT True GATATAAAA GCTTTTTTG True True + AAACCGTAATTTTAATGG GCGTG CCATTAAAATTACGGTTT GCTTTTTTG 88 MRSA_WT_00979 intergenic 84230 84370 + down AATGATTAAAATAAAACGAGATTACACAACAATTGACGTGTAATCTCGTTTTTACATGTCTTAGGTTTAATTTTAAATATTGATATAAAAAACCGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTTGCTTTTTTGT CGAAATTGAAAAAGCAACTGACTAAAATGATTAAAATAAAACGAGATTACACAACAATTGACGTGTAATCTCGTTTTTACATGTCTTAGGTTTAATTTTAAATATTGATATAAAAAACCGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTTGCTTTTTTGTTATTGCTTGTCACTTCTTACTGATC AATGATTAAAATAAAACGAGATTACACAACAATTGACGTGTAATCTCGTTTTTACATGTCTTAGGTTTAATTTTAAATATTGATATAAAAAACCGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTT 130 TTerm_0092 MRSA_WT_6 87188 87203 16 87211 87225 15 7 87 6 15 58 41 57 42 0 87206 GGACAGTTGATGGTAT ATACCTTAACTGTCC True GAATAGTCG ATTTTTTTA False True + GGACAGTTGATGGTAT TCATTTG ATACCTTAACTGTCC ATTTTTTTA 46 MRSA_WT_00982 intergenic 87117 87444 + down TATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGATATAGAGTGTAGGGAAAATCTTTATGACGTTAAAATTATGCCTGAAGATGATTTTGTTTTATCGAAACGACACAGTTATGTCAGTGTTGAAAATTTGCTAATTAATGTGTTGTTTTTTACAATAGTATTAATACTTTTTAGGTGGTTGATTGA GATTAAAGCAACATTTGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGATATAGAGTGTAGGGAAAATCTTTATGACGTTAAAATTATGCCTGAAGATGATTTTGTTTTATCGAAACGACACAGTTATGTCAGTGTTGAAAATTTGCTAATTAATGTGTTGTTTTTTACAATAGTATTAATACTTTTTAGGTGGTTGATTGATGAAAAAGTTAATTATAAGAGTCGT TATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCC 108 TTerm_0093 MRSA_WT_6 87323 87330 8 87339 87346 8 8 87 0 11 93 6 100 0 0 87334 AAAATTAT ATGATTTT True ATGACGTTA GTTTTATCG False True + AAAATTAT GCCTGAAG ATGATTTT GTTTTATCG 30 MRSA_WT_00982 intergenic 87117 87444 + down TATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGATATAGAGTGTAGGGAAAATCTTTATGACGTTAAAATTATGCCTGAAGATGATTTTGTTTTATCGAAACGACACAGTTATGTCAGTGTTGAAAATTTGCTAATTAATGTGTTGTTTTTTACAATAGTATTAATACTTTTTAGGTGGTTGATTGA GATTAAAGCAACATTTGGTCATTAATATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGATATAGAGTGTAGGGAAAATCTTTATGACGTTAAAATTATGCCTGAAGATGATTTTGTTTTATCGAAACGACACAGTTATGTCAGTGTTGAAAATTTGCTAATTAATGTGTTGTTTTTTACAATAGTATTAATACTTTTTAGGTGGTTGATTGATGAAAAAGTTAATTATAAGAGTCGT TATGCTTATACAAATGATACTAATCTGATAAGGCAATTTGTTTTATCAGGTTTTTTGATGAAGAATAGTCGGACAGTTGATGGTATTCATTTGATACCTTAACTGTCCATTTTTTTATACATATTTTAATCTTAATAATGAAATTCAACCTGAAAACATAAAGATAGGTTATGATATAGAGTGTAGGGAAAATCTTTATGACGTTAAAATTATGCCTGAAGATGATTTT 229 TTerm_0094 MRSA_WT_6 94051 94074 24 94081 94104 24 6 95 0 43 72 27 73 26 0 94077 CAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAA TTTTAAGTGGGACTTTTTATATTG True TAGTTACTC CGAAAAATA True True + CAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAA TGATTG TTTTAAGTGGGACTTTTTATATTG CGAAAAATA 86 MRSA_WT_00992 intergenic 94039 94193 + down TTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGTCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATTTAT TGGCGAAGAAGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGTCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATTTATTAGTTTTTACGTTTTCTAGGTAATA TTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTG 65 TTerm_0095 MRSA_WT_6 102512 102531 20 102539 102558 20 7 80 0 20 90 10 93 6 0 102534 ATATCATTTTGATTTATTTT AAAAGAATTAATAATGATAT True CATCAATTA TTTGGGGCG False True + ATATCATTTTGATTTATTTT GAAGAAG AAAAGAATTAATAATGATAT TTTGGGGCG 48 MRSA_WT_01000 intergenic 102341 102725 + down TTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAGCGTAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTATATCATTTTGATTTATTTTGAAGAAGAAAAGAATTAATAATGATATTTTGGGGCGTATGATTTATAGTAGTAGTATCGATAAAAGAAATTTATACAATTTGAAATAATATGAGTGATAAAATCGATTAATTAATATTAACTATACAATCAAATGTTTTCATCTTATTAATGATTAATATTTTTATTTTTAAAAATAAAGCGAGGAGCTATCTA TATAGGCTATAGTTACATGAAATAATTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAGCGTAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTATATCATTTTGATTTATTTTGAAGAAGAAAAGAATTAATAATGATATTTTGGGGCGTATGATTTATAGTAGTAGTATCGATAAAAGAAATTTATACAATTTGAAATAATATGAGTGATAAAATCGATTAATTAATATTAACTATACAATCAAATGTTTTCATCTTATTAATGATTAATATTTTTATTTTTAAAAATAAAGCGAGGAGCTATCTATGGAACAAATTACTTCTGCACAAAA TTGAATTTAAAGAGGTTGCAGTACTTGTTATGACAATTGGTATTGTTAGCTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATGCTAACAACAAATTGCTAAAGCGTAGTTTGATTTGAATGTGCTTTGAAAATAATCATCAATTATATCATTTTGATTTATTTTGAAGAAGAAAAGAATTAATAATGATAT 217 TTerm_0096 MRSA_WT_6 124922 124929 8 124939 124946 8 9 100 0 16 50 50 50 50 0 124933 AGACACCA TGGTGTCT True ATACCATCA TTTTTGTTG False True + AGACACCA ACATTCAAA TGGTGTCT TTTTTGTTG 56 MRSA_WT_01019 intergenic 124900 125159 + down AATCTATGAAATTATACCATCAGACACCAACATTCAAATGGTGTCTTTTTTGTTGTGTGGTTTTATTTTTGAAATTCGAAAAAGTAGAGGCATGAATTTTTTGACTAGTGTATAAGTGCTGATGAGTCACAAGATAGATAGCTATATTTTGTCTATATTATAAAGTGTTTATAGTTAATTAATAATTAGTTAATTTCAAAAGTTGTATAAATAGGATAACTTAATAAATGTAAGATAATGATTTGGAGGATAATTAACA CTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAAATTATACCATCAGACACCAACATTCAAATGGTGTCTTTTTTGTTGTGTGGTTTTATTTTTGAAATTCGAAAAAGTAGAGGCATGAATTTTTTGACTAGTGTATAAGTGCTGATGAGTCACAAGATAGATAGCTATATTTTGTCTATATTATAAAGTGTTTATAGTTAATTAATAATTAGTTAATTTCAAAAGTTGTATAAATAGGATAACTTAATAAATGTAAGATAATGATTTGGAGGATAATTAACATGAAAAATAAATTGATAGCAAAATC AATCTATGAAATTATACCATCAGACACCAACATTCAAATGGTGTCT 46 TTerm_0097 MRSA_WT_7 5414 5421 8 5430 5437 8 8 100 0 16 37 62 37 62 0 5425 AGCTCTCC GGAGAGCT True ACTAGTTTA TTTTTCATG False True + AGCTCTCC TAGATGAT GGAGAGCT TTTTTCATG 64 MRSA_WT_01026 intergenic 5172 5606 + down AAGTGCCACAGTGACGTAGCTTTTATAGAAATATAAAAGGTGGAACGCGGTAAACCCCTCGAGTGAGCAATCCAAATTTGGTAGGAGCACTTGTTTAACGGAATTCAACGTATAAACGAGACACACTTCGCGAAATGAAGTGGTGTAGACAGATGGTTATCACCTGAGTACCAGTGTGACTAGTGCACGTGATGAGTACGATGGAACAGAACATGGCTTATAGAAATATCACTACTAGTTTAGCTCTCCTAGATGATGGAGAGCTTTTTTCATGAAAAGAACACTTAAAATTAACGCCTTGTCTTGATATAATGACACTGCCTTGTTTTAAAATAATAAGCGAATGCGTTAATGTATCAGCGATTAAATTTGTTGGAAATGTATAAAAAACACAAGCTAAGAATAAAATACCTGTATAAAAGGAGAATCATATA TTTCGATATGGATAGAGTAATTTGAAAGTGCCACAGTGACGTAGCTTTTATAGAAATATAAAAGGTGGAACGCGGTAAACCCCTCGAGTGAGCAATCCAAATTTGGTAGGAGCACTTGTTTAACGGAATTCAACGTATAAACGAGACACACTTCGCGAAATGAAGTGGTGTAGACAGATGGTTATCACCTGAGTACCAGTGTGACTAGTGCACGTGATGAGTACGATGGAACAGAACATGGCTTATAGAAATATCACTACTAGTTTAGCTCTCCTAGATGATGGAGAGCTTTTTTCATGAAAAGAACACTTAAAATTAACGCCTTGTCTTGATATAATGACACTGCCTTGTTTTAAAATAATAAGCGAATGCGTTAATGTATCAGCGATTAAATTTGTTGGAAATGTATAAAAAACACAAGCTAAGAATAAAATACCTGTATAAAAGGAGAATCATATATGTTTCAATTACTTGCAGTTTGTCC AAGTGCCACAGTGACGTAGCTTTTATAGAAATATAAAAGGTGGAACGCGGTAAACCCCTCGAGTGAGCAATCCAAATTTGGTAGGAGCACTTGTTTAACGGAATTCAACGTATAAACGAGACACACTTCGCGAAATGAAGTGGTGTAGACAGATGGTTATCACCTGAGTACCAGTGTGACTAGTGCACGTGATGAGTACGATGGAACAGAACATGGCTTATAGAAATATCACTACTAGTTTAGCTCTCCTAGATGATGGAGAGCT 265 TTerm_0098 MRSA_WT_7 7195 7200 6 7210 7215 6 9 100 0 12 66 33 66 33 0 7204 AAGAAG CTTCTT True TAATTTGGA ATGCGTTTT False True + AAGAAG TAGAGTTAT CTTCTT ATGCGTTTT 40 MRSA_WT_01028 intergenic 7167 7376 + down TAAAAAAGCATCTATAACGTAATTTGGAAGAAGTAGAGTTATCTTCTTATGCGTTTTAGATGCTTTTTTATCTTCAAATTCAAAAAATCGTACTGATGGAAAAGTAAAAAACTTTTTCATCAGTACGATTTATTATAGAACCCGTTTTAAGTAATTATAGTGTCGAGAATCATTTTGTAAATTTCGTCAGTTCAAAACTTTAAGTGCAT AATTCACGACATGCATATGAATTAATAAAAAAGCATCTATAACGTAATTTGGAAGAAGTAGAGTTATCTTCTTATGCGTTTTAGATGCTTTTTTATCTTCAAATTCAAAAAATCGTACTGATGGAAAAGTAAAAAACTTTTTCATCAGTACGATTTATTATAGAACCCGTTTTAAGTAATTATAGTGTCGAGAATCATTTTGTAAATTTCGTCAGTTCAAAACTTTAAGTGCATTATTGTTTAGCACGACGATCTTTAA TAAAAAAGCATCTATAACGTAATTTGGAAGAAGTAGAGTTATCTTCTT 48 TTerm_0099 MRSA_WT_7 19041 19062 22 19069 19089 21 6 81 4 17 67 32 72 27 0 19065 AAACCGATTCTTATGTGTCATT AATGAACATAGGGATTGGTTT True AAAAATATA TTTATTACT True True + AAACCGATTCTTATGTGTCATT ATTTTA AATGAACATAGGGATTGGTTT TTTATTACT 42 MRSA_WT_01035 intergenic 18985 19383 + down TAATTGAGAATTAAATTGAAATCATATAAGTCGCTACAATATTAAACAAAAATATAAACCGATTCTTATGTGTCATTATTTTAAATGAACATAGGGATTGGTTTTTTATTACTCTTTTACGCTACTTTATTTATAATTATTATAAATTGTCACAAATTCAATTTACCTTACAATATATTTTGTGTTATTATATTCTGTAGCATAAATAAATTGTTCAACACATAGTTGTAATGTGTTTCAATACTTTTTGGATAGATTGCGAAATTGTATTGAATCGTCATCGTTTTAAATTTTTAAATGAGAATGGAATGAGCATTACAATACACAAGCAATCAAAAGTAAATACATTCACAACACAACAGAGACATAACAACAAGATAAGGAGTGAACAATAGCTG TAAACAAAACGACACTCAATTATGATAATTGAGAATTAAATTGAAATCATATAAGTCGCTACAATATTAAACAAAAATATAAACCGATTCTTATGTGTCATTATTTTAAATGAACATAGGGATTGGTTTTTTATTACTCTTTTACGCTACTTTATTTATAATTATTATAAATTGTCACAAATTCAATTTACCTTACAATATATTTTGTGTTATTATATTCTGTAGCATAAATAAATTGTTCAACACATAGTTGTAATGTGTTTCAATACTTTTTGGATAGATTGCGAAATTGTATTGAATCGTCATCGTTTTAAATTTTTAAATGAGAATGGAATGAGCATTACAATACACAAGCAATCAAAAGTAAATACATTCACAACACAACAGAGACATAACAACAAGATAAGGAGTGAACAATAGCTGTGAATTATCGTGATAAAATTCAAAA TAATTGAGAATTAAATTGAAATCATATAAGTCGCTACAATATTAAACAAAAATATAAACCGATTCTTATGTGTCATTATTTTAAATGAACATAGGGATTGGTTT 104 TTerm_0100 MRSA_WT_7 67296 67307 12 67314 67325 12 6 100 0 24 66 33 66 33 0 67310 AGAAGAATCAAC GTTGATTCTTCT True ATAAACCTA TTTTAGCAG False True + AGAAGAATCAAC GCTTTT GTTGATTCTTCT TTTTAGCAG 64 MRSA_WT_01055 intergenic 66897 67422 + down TTATGTTTGAGCCGTCAATCAAAATCATAGGATCAATTTTTTAAGTGAGGCTGGGACATAAATCAATGTTCTATGCTTTACGAAGTTATATTGGCAGTAGTTGACTGAACGAAAATGCGCTTGTAACAAGCTTTTTTCAATTCTAGTCAGGGGCCCAACACAGAAGCTGACGAAAAGTCAGCTTACAATAATGTGCAAGTTGGGGATGGGCCCCAACACAGAGAATTTCGAAAAGAAATTCTACAGGCAATGCAAGTTGGGGTGGGACGACGAAATAAATTTTGCGAAAATATCATTTCTGTCCCACTCCCAAGAACGACTATAAAACAAATAAACAGTGGTTCTTTATCATTTCTGTTGTACGCCCAAAATTTACAATAAAATACATCTATAAACCTAGAAGAATCAACGCTTTTGTTGATTCTTCTTTTTAGCAGATAAATAGGTAAATCTACTTTAACAAATAACTAAATAGTGATATTATTACATTGTAAGCGTTTCAACATTTTTGTGGAGGGTGTAAAA AACAACGTTTAAAATCATATTTTAATTATGTTTGAGCCGTCAATCAAAATCATAGGATCAATTTTTTAAGTGAGGCTGGGACATAAATCAATGTTCTATGCTTTACGAAGTTATATTGGCAGTAGTTGACTGAACGAAAATGCGCTTGTAACAAGCTTTTTTCAATTCTAGTCAGGGGCCCAACACAGAAGCTGACGAAAAGTCAGCTTACAATAATGTGCAAGTTGGGGATGGGCCCCAACACAGAGAATTTCGAAAAGAAATTCTACAGGCAATGCAAGTTGGGGTGGGACGACGAAATAAATTTTGCGAAAATATCATTTCTGTCCCACTCCCAAGAACGACTATAAAACAAATAAACAGTGGTTCTTTATCATTTCTGTTGTACGCCCAAAATTTACAATAAAATACATCTATAAACCTAGAAGAATCAACGCTTTTGTTGATTCTTCTTTTTAGCAGATAAATAGGTAAATCTACTTTAACAAATAACTAAATAGTGATATTATTACATTGTAAGCGTTTCAACATTTTTGTGGAGGGTGTAAAATGACTAACGAAAGAAAAGAAGTTTC TTATGTTTGAGCCGTCAATCAAAATCATAGGATCAATTTTTTAAGTGAGGCTGGGACATAAATCAATGTTCTATGCTTTACGAAGTTATATTGGCAGTAGTTGACTGAACGAAAATGCGCTTGTAACAAGCTTTTTTCAATTCTAGTCAGGGGCCCAACACAGAAGCTGACGAAAAGTCAGCTTACAATAATGTGCAAGTTGGGGATGGGCCCCAACACAGAGAATTTCGAAAAGAAATTCTACAGGCAATGCAAGTTGGGGTGGGACGACGAAATAAATTTTGCGAAAATATCATTTCTGTCCCACTCCCAAGAACGACTATAAAACAAATAAACAGTGGTTCTTTATCATTTCTGTTGTACGCCCAAAATTTACAATAAAATACATCTATAAACCTAGAAGAATCAACGCTTTTGTTGATTCTTCT 428 TTerm_0101 MRSA_WT_7 71549 71574 26 71583 71607 25 8 84 3 25 76 23 77 22 0 71578 AATAACAAACAGCAGTAAGATTATTT AAATATCTTACTGCTGTACTTTATT True ATCAAATCA TTTATAATG False True + AATAACAAACAGCAGTAAGATTATTT TCTAGTCG AAATATCTTACTGCTGTACTTTATT TTTATAATG 50 MRSA_WT_01057 intergenic 71502 72082 + down TCCACAACACAAAATAGTTTACTATTCCTAAAAACGTAATCAAATCAATAACAAACAGCAGTAAGATTATTTTCTAGTCGAAATATCTTACTGCTGTACTTTATTTTTATAATGCTTCGTATTAAAATGTGAGTTTAATTTTGACAACTTAAAAAATATATCATTTTTATTGAAATAGACTCACAATAGAAATATAGGTGGAATGGCGTGTTTCAATATGCTAATGAAATCATTTTAGATAATAACAAGCGATGAAATTTATGAATTCTATAAGCGCCTTTAGTTAATTTAAAATCATCTGAACAAGATGTAAATTCACTTTATGGATACGACATGTATATGTTTTTTATGTACTACATAAAACGAAATATTCAATTGCTATATACAGATACTCATTAATGACATACTCAATAGCAACCATAACAATATTATGTTACCTATTTAAATGAAATAGTTCTTTTAAAGAAATACATTTTTCACATATTAATCTATAATCAAAATCAACTGACCGATATTCTATAATTTATGATTAAAATAAGTTATAATATAATAGTAAAGATAAAGATAGAGGTGGCTATAA TCCACAACACAAAATAGTTTACTATTCCTAAAAACGTAATCAAATCAATAACAAACAGCAGTAAGATTATTTTCTAGTCGAAATATCTTACTGCTGTACTTTATT 105 TTerm_0102 MRSA_WT_7 71940 71945 6 71951 71956 6 5 100 0 12 83 16 83 16 0 71947 CTATTT AAATAG True TATGTTACC TTCTTTTAA False True + CTATTT AAATG AAATAG TTCTTTTAA 32 MRSA_WT_01057 intergenic 71502 72082 + down TCCACAACACAAAATAGTTTACTATTCCTAAAAACGTAATCAAATCAATAACAAACAGCAGTAAGATTATTTTCTAGTCGAAATATCTTACTGCTGTACTTTATTTTTATAATGCTTCGTATTAAAATGTGAGTTTAATTTTGACAACTTAAAAAATATATCATTTTTATTGAAATAGACTCACAATAGAAATATAGGTGGAATGGCGTGTTTCAATATGCTAATGAAATCATTTTAGATAATAACAAGCGATGAAATTTATGAATTCTATAAGCGCCTTTAGTTAATTTAAAATCATCTGAACAAGATGTAAATTCACTTTATGGATACGACATGTATATGTTTTTTATGTACTACATAAAACGAAATATTCAATTGCTATATACAGATACTCATTAATGACATACTCAATAGCAACCATAACAATATTATGTTACCTATTTAAATGAAATAGTTCTTTTAAAGAAATACATTTTTCACATATTAATCTATAATCAAAATCAACTGACCGATATTCTATAATTTATGATTAAAATAAGTTATAATATAATAGTAAAGATAAAGATAGAGGTGGCTATAA TCCACAACACAAAATAGTTTACTATTCCTAAAAACGTAATCAAATCAATAACAAACAGCAGTAAGATTATTTTCTAGTCGAAATATCTTACTGCTGTACTTTATTTTTATAATGCTTCGTATTAAAATGTGAGTTTAATTTTGACAACTTAAAAAATATATCATTTTTATTGAAATAGACTCACAATAGAAATATAGGTGGAATGGCGTGTTTCAATATGCTAATGAAATCATTTTAGATAATAACAAGCGATGAAATTTATGAATTCTATAAGCGCCTTTAGTTAATTTAAAATCATCTGAACAAGATGTAAATTCACTTTATGGATACGACATGTATATGTTTTTTATGTACTACATAAAACGAAATATTCAATTGCTATATACAGATACTCATTAATGACATACTCAATAGCAACCATAACAATATTATGTTACCTATTTAAATGAAATAG 454 TTerm_0103 MRSA_WT_7 80592 80601 10 80608 80617 10 6 100 0 20 60 40 60 40 0 80604 AACACCTTAC GTAAGGTGTT True TTTTAACTA TTTATATGC False True + AACACCTTAC CAAGAA GTAAGGTGTT TTTATATGC 64 MRSA_WT_01067 intergenic 80562 80759 + down TTCTTAGATTTGAATCATTGATTTTAACTAACACCTTACCAAGAAGTAAGGTGTTTTTATATGCTTATTACAAATACTTAACGCGATGAGTTTCTCAACCAAATTGAGAACTCTTTTTTTATATCACCAACATTGTTTGCAATAGAAAATTATATTTATATAATATAATTATGGTGTACAACGACGAGGTGATTTTA AGCCGCAAACGTTGTTAAACTATAATTCTTAGATTTGAATCATTGATTTTAACTAACACCTTACCAAGAAGTAAGGTGTTTTTATATGCTTATTACAAATACTTAACGCGATGAGTTTCTCAACCAAATTGAGAACTCTTTTTTTATATCACCAACATTGTTTGCAATAGAAAATTATATTTATATAATATAATTATGGTGTACAACGACGAGGTGATTTTATGAAATATCTTATCCTTAGTTTAGT TTCTTAGATTTGAATCATTGATTTTAACTAACACCTTACCAAGAAGTAAGGTGTT 55 TTerm_0104 MRSA_WT_7 80654 80660 7 80666 80672 7 5 100 0 14 71 28 71 28 0 80662 TTCTCAA TTGAGAA True CGATGAGTT CTCTTTTTT False True + TTCTCAA CCAAA TTGAGAA CTCTTTTTT 44 MRSA_WT_01067 intergenic 80562 80759 + down TTCTTAGATTTGAATCATTGATTTTAACTAACACCTTACCAAGAAGTAAGGTGTTTTTATATGCTTATTACAAATACTTAACGCGATGAGTTTCTCAACCAAATTGAGAACTCTTTTTTTATATCACCAACATTGTTTGCAATAGAAAATTATATTTATATAATATAATTATGGTGTACAACGACGAGGTGATTTTA AGCCGCAAACGTTGTTAAACTATAATTCTTAGATTTGAATCATTGATTTTAACTAACACCTTACCAAGAAGTAAGGTGTTTTTATATGCTTATTACAAATACTTAACGCGATGAGTTTCTCAACCAAATTGAGAACTCTTTTTTTATATCACCAACATTGTTTGCAATAGAAAATTATATTTATATAATATAATTATGGTGTACAACGACGAGGTGATTTTATGAAATATCTTATCCTTAGTTTAGT TTCTTAGATTTGAATCATTGATTTTAACTAACACCTTACCAAGAAGTAAGGTGTTTTTATATGCTTATTACAAATACTTAACGCGATGAGTTTCTCAACCAAATTGAGAA 110 TTerm_0105 MRSA_WT_7 93171 93179 9 93184 93192 9 4 88 0 13 50 50 50 50 0 93181 ACACGTATC GATGCGTGT True TCATTTTTA TTTTTATAT False True + ACACGTATC GTAG GATGCGTGT TTTTTATAT 58 MRSA_WT_01078 intergenic 93162 93475 + down TCATTTTTACACGTATCGTAGGATGCGTGTTTTTTATATTCAATATTAAATCGGATAGATGAAGTAGTTTTTTAATTTCATCTGTCCATTTTTTTGTGTACATATTTAAATTTCGATAATTTTTCAGGAAGCATTTTAATTTTACTAATGAAGCAATATTTTTTAGATTAACAAAAATTAATATTTACATTTTCTTAACAAATTTTTATGTAACATTTACAGTTTCTAAAAATGAGGTTAATAATTCAAGGTTAAGATAAAGATGTAATCAATACAAATACTATTTGTTGTTCATACAGGGAGGATATTTCAA GAGTCGAATTGACTCAAAAGAATAATCATTTTTACACGTATCGTAGGATGCGTGTTTTTTATATTCAATATTAAATCGGATAGATGAAGTAGTTTTTTAATTTCATCTGTCCATTTTTTTGTGTACATATTTAAATTTCGATAATTTTTCAGGAAGCATTTTAATTTTACTAATGAAGCAATATTTTTTAGATTAACAAAAATTAATATTTACATTTTCTTAACAAATTTTTATGTAACATTTACAGTTTCTAAAAATGAGGTTAATAATTCAAGGTTAAGATAAAGATGTAATCAATACAAATACTATTTGTTGTTCATACAGGGAGGATATTTCAATGAAAAAATGGCAATTTGTTGGTAC TCATTTTTACACGTATCGTAGGATGCGTGT 30 TTerm_0106 MRSA_WT_7 94469 94474 6 94482 94487 6 7 100 0 12 83 16 83 16 0 94477 TTTCAA TTGAAA True AGACGCAAT CATGATTTT False True + TTTCAA ATGTGTC TTGAAA CATGATTTT 32 MRSA_WT_01079 intergenic 94458 94649 + down TAAGACGCAATTTCAAATGTGTCTTGAAACATGATTTTGATGGTGAATCATTATTTAGAGTACAAAGCTTGATTTATCGAGACGCTGATTTTGACATTCAGTAAGTCTACAAGCTTATCAACTTAAAATAGTGGTTCATCATTATTTTACAAATCTAATTATTTTGGGAGTAATAGAAAGAGGTTTGATTA TAAAAAGTCTGAAGACAAAAAATAATAAGACGCAATTTCAAATGTGTCTTGAAACATGATTTTGATGGTGAATCATTATTTAGAGTACAAAGCTTGATTTATCGAGACGCTGATTTTGACATTCAGTAAGTCTACAAGCTTATCAACTTAAAATAGTGGTTCATCATTATTTTACAAATCTAATTATTTTGGGAGTAATAGAAAGAGGTTTGATTATGACTTCATCTACTAATGTTAAAGC TAAGACGCAATTTCAAATGTGTCTTGAAA 29 TTerm_0107 MRSA_WT_7 100712 100722 11 100728 100738 11 5 81 0 12 90 9 100 0 0 100724 AAAAAATTAAA TTCAATTTCTT True ATTTTGTTA TTGGGATAA True True + AAAAAATTAAA TATAC TTCAATTTCTT TTGGGATAA 32 MRSA_WT_01085 intergenic 100546 100850 + down TATTCGACAACTATATGCACAAAATCATCGACTTTTAAGTTACACTGCAGTAACAATTATTTCGAAAGAGATGGAATACAGTGCTATAGTTGTTTTTGTTTTGACTTTTTTATATTTTACATGGTTGACTTGATTCAAAATATTATATTTTATAATGATTTTGTTAAAAAATTAAATATACTTCAATTTCTTTTGGGATAATACTATAATGAACGTTGGTTCTTAATATGTAAGTTGCATATACACGCGCCATTCTCATGTAACAAGAAAGTGTTGGTAACTTACACAAGGAGGGGGACTATTA ACTTCGCCGTAAAGATAAAAAATAATATTCGACAACTATATGCACAAAATCATCGACTTTTAAGTTACACTGCAGTAACAATTATTTCGAAAGAGATGGAATACAGTGCTATAGTTGTTTTTGTTTTGACTTTTTTATATTTTACATGGTTGACTTGATTCAAAATATTATATTTTATAATGATTTTGTTAAAAAATTAAATATACTTCAATTTCTTTTGGGATAATACTATAATGAACGTTGGTTCTTAATATGTAAGTTGCATATACACGCGCCATTCTCATGTAACAAGAAAGTGTTGGTAACTTACACAAGGAGGGGGACTATTATGTTCATAATAAAGTCTATGATGTA TATTCGACAACTATATGCACAAAATCATCGACTTTTAAGTTACACTGCAGTAACAATTATTTCGAAAGAGATGGAATACAGTGCTATAGTTGTTTTTGTTTTGACTTTTTTATATTTTACATGGTTGACTTGATTCAAAATATTATATTTTATAATGATTTTGTTAAAAAATTAAATATACTTCAATTTCTT 192 TTerm_0108 MRSA_WT_8 10431 10436 6 10442 10447 6 5 100 0 12 100 0 100 0 0 10438 TAATAT ATATTA True AGATGCATT TTTTCATAA False True + TAATAT TATTG ATATTA TTTTCATAA 24 MRSA_WT_01105 intergenic 10229 10566 + down ATGCCATCTTTCATTGATTACTATCATGAAAATGAAATCTATCTCCTTATAAGTCAATCAATCGTACCGTCAACATGCGGATGGGTTGATTGTTTTTCTTTTTGTCCATCATATTTTTTGATTCATCTCCTCTTTTTGAACTTGTTCTTAATTATAAAATATAACAATAGAATTATTTATAATTATTAAATTTAGATGCATTAATATTATTGATATTATTTTCATAAACTAGAAATATTGATTTGTTGCATGTATAATGTTAAAAGTGCCCTTTTATAACGCTTACATATAAAAGCTTATTTAGGGAGAGGGATATTCAACAAGGGGGATTTGAAAA GTTTCCCGAAGATACTTGGAAATAAATGCCATCTTTCATTGATTACTATCATGAAAATGAAATCTATCTCCTTATAAGTCAATCAATCGTACCGTCAACATGCGGATGGGTTGATTGTTTTTCTTTTTGTCCATCATATTTTTTGATTCATCTCCTCTTTTTGAACTTGTTCTTAATTATAAAATATAACAATAGAATTATTTATAATTATTAAATTTAGATGCATTAATATTATTGATATTATTTTCATAAACTAGAAATATTGATTTGTTGCATGTATAATGTTAAAAGTGCCCTTTTATAACGCTTACATATAAAAGCTTATTTAGGGAGAGGGATATTCAACAAGGGGGATTTGAAAATGATAGAACTTAATGCAATTACAAC ATGCCATCTTTCATTGATTACTATCATGAAAATGAAATCTATCTCCTTATAAGTCAATCAATCGTACCGTCAACATGCGGATGGGTTGATTGTTTTTCTTTTTGTCCATCATATTTTTTGATTCATCTCCTCTTTTTGAACTTGTTCTTAATTATAAAATATAACAATAGAATTATTTATAATTATTAAATTTAGATGCATTAATATTATTGATATTA 218 TTerm_0109 MRSA_WT_8 11786 11803 18 11808 11825 18 4 100 0 36 66 33 66 33 0 11805 ATAAATAAAAGAGGAGGC GCCTCCTCTTTTATTTAT True CCAAACTCA CCTCGATGT True True + ATAAATAAAAGAGGAGGC CTTC GCCTCCTCTTTTATTTAT CCTCGATGT 112 MRSA_WT_01106 intergenic 11774 11822 + down ACACCAAACTCATAAATAAAAGAGGAGGCCTTCGCCTCCTCTTTTATT GGGATTCATTCAATGGTTTAGTTAAACACCAAACTCATAAATAAAAGAGGAGGCCTTCGCCTCCTCTTTTATTTATCCTCGATGTATATTCAAGTTAC ACACCAAACTCATAAATAAAAGAGGAGGCCTTCGCCTCCTCTTTTATTTAT 51 TTerm_0110 MRSA_WT_8 16912 16922 11 16930 16940 11 7 90 0 17 86 13 90 10 0 16925 AAAAATCATGT ACATAATTTTT True GATACTTTA GATTAGTCA True True + AAAAATCATGT CCCCACA ACATAATTTTT GATTAGTCA 42 MRSA_WT_01112 intergenic 16725 16972 + down TGATATACAGTAGGGATTGGGACAGAAATGTTATTTTCACAAAATTCATTTCGTTGACCCACTTCCTGCTTTTTCTTTATTAATGACCTACTACGTCAATGCCAAATTTTAATATAATTCCTCTAACATTCTACAAATCAACAAATAAAAAAAGTATCGATAACCATATATTGGCACCGATACTTTAAAAATCATGTCCCCACAACATAATTTTTGATTAGTCACACTTCAATTAATTTATTTTATT TAATCGCATGCCTCGTTTAAAATAATGATATACAGTAGGGATTGGGACAGAAATGTTATTTTCACAAAATTCATTTCGTTGACCCACTTCCTGCTTTTTCTTTATTAATGACCTACTACGTCAATGCCAAATTTTAATATAATTCCTCTAACATTCTACAAATCAACAAATAAAAAAAGTATCGATAACCATATATTGGCACCGATACTTTAAAAATCATGTCCCCACAACATAATTTTTGATTAGTCACACTTCAATTAATTTATTTTATTTATTCATGATTGATACTATTATCTG TGATATACAGTAGGGATTGGGACAGAAATGTTATTTTCACAAAATTCATTTCGTTGACCCACTTCCTGCTTTTTCTTTATTAATGACCTACTACGTCAATGCCAAATTTTAATATAATTCCTCTAACATTCTACAAATCAACAAATAAAAAAAGTATCGATAACCATATATTGGCACCGATACTTTAAAAATCATGTCCCCACAACATAATTTTT 215 TTerm_0111 MRSA_WT_8 20362 20369 8 20376 20383 8 6 87 0 11 100 0 100 0 0 20372 ATAATAAT ATTTTTAT True ATTTCCACA TTTTGATGC False True + ATAATAAT CTCGGC ATTTTTAT TTTTGATGC 22 MRSA_WT_01115 intergenic 20244 20471 + down TACGGTTTCATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGACAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTAT TACGATTAAACTTCAAAACCAATAATACGGTTTCATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGACAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTATCATCGATTTGTTTTAAATACCTTCA TACGGTTTCATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGACAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTAT 139 TTerm_0112 MRSA_WT_8 41445 41458 14 41464 41477 14 5 92 0 23 60 39 61 38 0 41460 AAAAAGACATCCCG CGAGATGTCTTTTT True TATTCATGA ATTTGTTGT True True + AAAAAGACATCCCG TTATG CGAGATGTCTTTTT ATTTGTTGT 70 MRSA_WT_01134 intergenic 41436 41618 + down TATTCATGAAAAAGACATCCCGTTATGCGAGATGTCTTTTTATTTGTTGTGGATTATTAAATTTCCGATACTTCATCAATTAACATTTTACTTTAGTGTATTTTGGAAAGCCATGTATTTTCAGCACCTATCATACCTACACATTAAGCAAAATAAATGTTGATTCGTTTACAATTCATATT TATCGATTTCGGTGTAGATAAATAGTATTCATGAAAAAGACATCCCGTTATGCGAGATGTCTTTTTATTTGTTGTGGATTATTAAATTTCCGATACTTCATCAATTAACATTTTACTTTAGTGTATTTTGGAAAGCCATGTATTTTCAGCACCTATCATACCTACACATTAAGCAAAATAAATGTTGATTCGTTTACAATTCATATTTAATTTCTCTTTCTATATACATCAA TATTCATGAAAAAGACATCCCGTTATGCGAGATGTCTTTTT 41 TTerm_0113 MRSA_WT_8 53670 53687 18 53693 53710 18 5 83 0 21 66 33 66 33 0 53689 AGACACATTTTATTCACA TGTGATTAAGGTGTGTCT True AATATTTTA TTTTAAATT False True + AGACACATTTTATTCACA TTTAT TGTGATTAAGGTGTGTCT TTTTAAATT 58 MRSA_WT_01145 intergenic 53530 53808 + down TATGTAAGTTTTTAGTTTTAAAATTAGCCAGCAATTGAACATGTTAGCTATAAATTTCAACAGTATCCTATTTATATATATTTCGATTTTGAAAGCGTTTAATACTTTTAACTATATTTTTATTATATAACAATATTTTAGACACATTTTATTCACATTTATTGTGATTAAGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGTACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAACCG TACACCTATTAAAATTGATTTATAATATGTAAGTTTTTAGTTTTAAAATTAGCCAGCAATTGAACATGTTAGCTATAAATTTCAACAGTATCCTATTTATATATATTTCGATTTTGAAAGCGTTTAATACTTTTAACTATATTTTTATTATATAACAATATTTTAGACACATTTTATTCACATTTATTGTGATTAAGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGTACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAACCGTGAAAAATAAAAAAGGGTTTGGTCT TATGTAAGTTTTTAGTTTTAAAATTAGCCAGCAATTGAACATGTTAGCTATAAATTTCAACAGTATCCTATTTATATATATTTCGATTTTGAAAGCGTTTAATACTTTTAACTATATTTTTATTATATAACAATATTTTAGACACATTTTATTCACATTTATTGTGATTAAGGTGTGTCT 180 TTerm_0114 MRSA_WT_8 54199 54221 23 54227 54250 24 5 91 4 31 68 31 68 31 0 54223 AAAAGCAGCAGTAAGATGTTTTC GAAAATTATCTTACTGCTGCTTTT True AAGATATTA TAAGAATTA True True + AAAAGCAGCAGTAAGATGTTTTC TAATT GAAAATTATCTTACTGCTGCTTTT TAAGAATTA 70 MRSA_WT_01146 intergenic 54164 54541 + down TTAAGCTTTAATTTTGAATAATATATAAGATATTAAAAGCAGCAGTAAGATGTTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGCTTTTTAAGAATTACTGTGTCAGTCTATTTCCGGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAGAGGTCACTTCGTTTCGGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTTCGTTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTT GGGCAAAATGCACATGAAACACTAATTAAGCTTTAATTTTGAATAATATATAAGATATTAAAAGCAGCAGTAAGATGTTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGCTTTTTAAGAATTACTGTGTCAGTCTATTTCCGGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAGAGGTCACTTCGTTTCGGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTTCGTTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGAC TTAAGCTTTAATTTTGAATAATATATAAGATATTAAAAGCAGCAGTAAGATGTTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGCTTTT 86 TTerm_0115 MRSA_WT_8 87166 87182 17 87192 87208 17 9 94 0 29 55 44 56 43 0 87186 AAGAGCTGCATATACAC GTGTACATGCAGCTCTT True ACATATTTA TTTTTATAA False True + AAGAGCTGCATATACAC TCACTCCTT GTGTACATGCAGCTCTT TTTTTATAA 82 MRSA_WT_01179 intergenic 87058 87212 + down TTGTTTTAATTTGACTATATTGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTT TAAGCAACACAAAAGAGCGAAATAATTGTTTTAATTTGACTATATTGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTT TTGTTTTAATTTGACTATATTGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTT 150 TTerm_0116 MRSA_WT_8 91121 91138 18 91145 91162 18 6 94 0 31 66 33 64 35 0 91141 AAAAAGAACCGTTGATTC GAATCTACGGTTCTTTTT True CCGTGATTA TCATTTTCC True True + AAAAAGAACCGTTGATTC TCAATC GAATCTACGGTTCTTTTT TCATTTTCC 78 MRSA_WT_01182 intergenic 91099 91554 + down TTTTCGTAATAAACCGTGATTAAAAAGAACCGTTGATTCTCAATCGAATCTACGGTTCTTTTTTCATTTTCCATCAATTAAATGTTTCTTCGCTACTTGTCAGCCCACTTTTTTACCTGCAACTTGTTAAATAATCCTTACATCGTTAACGAATAGTTCATCATTTAGTTGAATCAGCTCAACTTTATTAACTTCAAATTTTCACAAACTATTGCGCAATTCATTCCCCTTCCACTTCAAGCACCTTAATTAAACATTAATTCAATAGAATAAGACTTGCAAAACATAGTTATGTCGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTCTAAACATAACATAATGCAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCTCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACTTTTAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATAGATTATTATATATA TAGTTTTACATCATTTTTTAAATAATTTTCGTAATAAACCGTGATTAAAAAGAACCGTTGATTCTCAATCGAATCTACGGTTCTTTTTTCATTTTCCATCAATTAAATGTTTCTTCGCTACTTGTCAGCCCACTTTTTTACCTGCAACTTGTTAAATAATCCTTACATCGTTAACGAATAGTTCATCATTTAGTTGAATCAGCTCAACTTTATTAACTTCAAATTTTCACAAACTATTGCGCAATTCATTCCCCTTCCACTTCAAGCACCTTAATTAAACATTAATTCAATAGAATAAGACTTGCAAAACATAGTTATGTCGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTCTAAACATAACATAATGCAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCTCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACTTTTAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATAGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAA TTTTCGTAATAAACCGTGATTAAAAAGAACCGTTGATTCTCAATCGAATCTACGGTTCTTTTT 63 TTerm_0117 MRSA_WT_8 92524 92551 28 92561 92587 27 9 89 3 34 72 27 76 24 0 92555 TTCAATCATTTTAAAAAATCCTGGGACA TGTCTCAGGATTTTTTAACATATTGAA True GTAAACAGT TCAGCCTCA True True + TTCAATCATTTTAAAAAATCCTGGGACA CTTCATACT TGTCTCAGGATTTTTTAACATATTGAA TCAGCCTCA 92 MRSA_WT_01183 intergenic 92519 93087 + down ACAGTTCAATCATTTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACATATTGAATCAGCCTCATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAACAAAGTATCGCACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAGCAATTTAAGTTGAAAGCTTAAATTAATATTCTCAAGTTAATAAACAATTAACTTTTAGATGGATTCATCAAAAATCGTAAAAAAGCACAATTTGTATTTTACAAACATTAATTAAAAATGAAAGCAAAACATTCGTGCAATCGGTTACCTTAAATTGTTTACAACTGTCAACAATACCAAGGTTTTATTAACTATATTTCTCACAAAATTAGCTTTTAGCATTCCAAACAAAAAAGGTTAAATCGAACGGAATTATGACATTTTTAAAGCCATTGTAAAAAAAGTTGATAATGGTCAATTGTTAATGAACAGTTAATTATAATAACGTTCAAAATATATTATTATTTAATTAAGTTAAATAAAATTATAGAAAGAAAGTGAAACTTA ACAGTTCAATCATTTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACATATTGAA 68 TTerm_0118 MRSA_WT_8 92734 92741 8 92747 92754 8 5 100 0 16 87 12 87 12 0 92743 AAGTTAAT ATTAACTT True ATATTCTCA TTAGATGGA False True + AAGTTAAT AAACA ATTAACTT TTAGATGGA 40 MRSA_WT_01183 intergenic 92519 93087 + down ACAGTTCAATCATTTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACATATTGAATCAGCCTCATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAACAAAGTATCGCACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAGCAATTTAAGTTGAAAGCTTAAATTAATATTCTCAAGTTAATAAACAATTAACTTTTAGATGGATTCATCAAAAATCGTAAAAAAGCACAATTTGTATTTTACAAACATTAATTAAAAATGAAAGCAAAACATTCGTGCAATCGGTTACCTTAAATTGTTTACAACTGTCAACAATACCAAGGTTTTATTAACTATATTTCTCACAAAATTAGCTTTTAGCATTCCAAACAAAAAAGGTTAAATCGAACGGAATTATGACATTTTTAAAGCCATTGTAAAAAAAGTTGATAATGGTCAATTGTTAATGAACAGTTAATTATAATAACGTTCAAAATATATTATTATTTAATTAAGTTAAATAAAATTATAGAAAGAAAGTGAAACTTA ACAGTTCAATCATTTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACATATTGAATCAGCCTCATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAACAAAGTATCGCACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAGCAATTTAAGTTGAAAGCTTAAATTAATATTCTCAAGTTAATAAACAATTAACTT 235 TTerm_0119 MRSA_WT_9 28213 28224 12 28231 28242 12 6 100 0 24 66 33 66 33 0 28227 AAGAACTAAGAG CTCTTAGTTCTT True ATTTACTTA TTTTTGTTA False True + AAGAACTAAGAG CTCAAC CTCTTAGTTCTT TTTTTGTTA 64 MRSA_WT_01216 intergenic 28160 28520 + down TAAATATATTGCACATAAAAAATGTGACCTTATGTGGAGGACACATTTACTTAAGAACTAAGAGCTCAACCTCTTAGTTCTTTTTTTGTTACCAAACAATACATAATGGTTCATAGTGAAATTCGAACTATCAATATAATTTGGTTAATACGTTTAATAATGGTTCTCTGTCAAATTGGACTTATGGGTTCAATATCGATTTTGGCACATAAATCAATGTACTAGGACCTACAATTTTCCTTTCGATAATAAATCACGCCATAATCTTCATTAATTACAGCGTGATTCATCTATTATTATGTTATAAATTCTATCTATAAACGTCACTTTATTAAAAATCCTCACAAATTTGAATATACT ATCTGGTAAAGTAACTAGAGTTTAATAAATATATTGCACATAAAAAATGTGACCTTATGTGGAGGACACATTTACTTAAGAACTAAGAGCTCAACCTCTTAGTTCTTTTTTTGTTACCAAACAATACATAATGGTTCATAGTGAAATTCGAACTATCAATATAATTTGGTTAATACGTTTAATAATGGTTCTCTGTCAAATTGGACTTATGGGTTCAATATCGATTTTGGCACATAAATCAATGTACTAGGACCTACAATTTTCCTTTCGATAATAAATCACGCCATAATCTTCATTAATTACAGCGTGATTCATCTATTATTATGTTATAAATTCTATCTATAAACGTCACTTTATTAAAAATCCTCACAAATTTGAATATACTTAATTTAAATCTGTACTTCTAATTT TAAATATATTGCACATAAAAAATGTGACCTTATGTGGAGGACACATTTACTTAAGAACTAAGAGCTCAACCTCTTAGTTCTT 82 TTerm_0120 MRSA_WT_9 46247 46271 25 46277 46300 24 5 88 4 28 67 32 68 31 0 46273 AAATAAACACCTCACCATAAGAAAG CTTTCTTTTGCGAGGTGTTTATTT True TTGTCGACA ATTATTTAA False True + AAATAAACACCTCACCATAAGAAAG GACTA CTTTCTTTTGCGAGGTGTTTATTT ATTATTTAA 72 MRSA_WT_01232 intergenic 46233 46496 + down TCAAGTTGTCGACAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTTTTGCGAGGTGTTTATTTATTATTTAATGCGTTCATTGAAACGAAGTATCGTGTTTTTAAATAACGTATCATCATTTAAGTTACAAATTATCTTTGTGATTTTAAAAATGAGTGAAACTAAAATGCTAATGTGTACTTAAAATAGAAATACATAGGTAAAACGCATGCATAAGAAAAAGTGTTTCTTTATCATTCAACGCTGTGCGAATCCTTT TATTCAAAAAATGAAACAATCATAATCAAGTTGTCGACAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTTTTGCGAGGTGTTTATTTATTATTTAATGCGTTCATTGAAACGAAGTATCGTGTTTTTAAATAACGTATCATCATTTAAGTTACAAATTATCTTTGTGATTTTAAAAATGAGTGAAACTAAAATGCTAATGTGTACTTAAAATAGAAATACATAGGTAAAACGCATGCATAAGAAAAAGTGTTTCTTTATCATTCAACGCTGTGCGAATCCTTTTACTCAGGTAATGCTAATTGAAAAC TCAAGTTGTCGACAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTTTTGCGAGGTGTTTATTT 67 TTerm_0121 MRSA_WT_9 46351 46369 19 46375 46393 19 5 73 0 13 81 18 85 14 0 46371 TCATCATTTAAGTTACAAA TTTGTGATTTTAAAAATGA True ATAACGTAT GTGAAACTA False True + TCATCATTTAAGTTACAAA TTATC TTTGTGATTTTAAAAATGA GTGAAACTA 42 MRSA_WT_01232 intergenic 46233 46496 + down TCAAGTTGTCGACAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTTTTGCGAGGTGTTTATTTATTATTTAATGCGTTCATTGAAACGAAGTATCGTGTTTTTAAATAACGTATCATCATTTAAGTTACAAATTATCTTTGTGATTTTAAAAATGAGTGAAACTAAAATGCTAATGTGTACTTAAAATAGAAATACATAGGTAAAACGCATGCATAAGAAAAAGTGTTTCTTTATCATTCAACGCTGTGCGAATCCTTT TATTCAAAAAATGAAACAATCATAATCAAGTTGTCGACAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTTTTGCGAGGTGTTTATTTATTATTTAATGCGTTCATTGAAACGAAGTATCGTGTTTTTAAATAACGTATCATCATTTAAGTTACAAATTATCTTTGTGATTTTAAAAATGAGTGAAACTAAAATGCTAATGTGTACTTAAAATAGAAATACATAGGTAAAACGCATGCATAAGAAAAAGTGTTTCTTTATCATTCAACGCTGTGCGAATCCTTTTACTCAGGTAATGCTAATTGAAAAC TCAAGTTGTCGACAAATAAACACCTCACCATAAGAAAGGACTACTTTCTTTTGCGAGGTGTTTATTTATTATTTAATGCGTTCATTGAAACGAAGTATCGTGTTTTTAAATAACGTATCATCATTTAAGTTACAAATTATCTTTGTGATTTTAAAAATGA 160 TTerm_0122 MRSA_WT_9 83193 83205 13 83210 83222 13 4 84 0 16 53 46 54 45 0 83207 AAAAGAGTTCCGT ACGGGGCTCTTTT True TACCAAACA TGTTTTGAA True True + AAAAGAGTTCCGT GATT ACGGGGCTCTTTT TGTTTTGAA 72 MRSA_WT_01267 intergenic 83162 83630 + down TTATAGGTATTTTTATACGCATTACCAAACAAAAGAGTTCCGTGATTACGGGGCTCTTTTTGTTTTGAATTTCAGTATTATAGTATGATGCGTCACCAAAACGTCCCCCGCATAAGCCCCGAAAATACAGTAATTAAAACAAGCATGCTTATTCGTTATAGAATTTTTTGACACACAATTGACACGCGTCTGACACTTGTTTATACATTTTTAATTAAGTAATTTTGTGCTCAAATTTCATCTATACTGCACCTGAACTACACCAACACTACACCAAGATTTTTAACACTCACCATTTGCATGCGTAGAGATTTTTATTATTATATTATTCTTATAGATTTTGATACTATTCAAAATTTTAGGGACTTTTCAGGGACCCGAAATCCTATAATTATATACATCTTAAAAAAATAACCACGTCCATCAAGACGTGGTTTTTTAATTATTTAATTCACTAATTATTCTTCT GGGGTTCGAATCCCTCCCAGGACGTTTATAGGTATTTTTATACGCATTACCAAACAAAAGAGTTCCGTGATTACGGGGCTCTTTTTGTTTTGAATTTCAGTATTATAGTATGATGCGTCACCAAAACGTCCCCCGCATAAGCCCCGAAAATACAGTAATTAAAACAAGCATGCTTATTCGTTATAGAATTTTTTGACACACAATTGACACGCGTCTGACACTTGTTTATACATTTTTAATTAAGTAATTTTGTGCTCAAATTTCATCTATACTGCACCTGAACTACACCAACACTACACCAAGATTTTTAACACTCACCATTTGCATGCGTAGAGATTTTTATTATTATATTATTCTTATAGATTTTGATACTATTCAAAATTTTAGGGACTTTTCAGGGACCCGAAATCCTATAATTATATACATCTTAAAAAAATAACCACGTCCATCAAGACGTGGTTTTTTAATTATTTAATTCACTAATTATTCTTCTTAATTTTCATTGCTAAATATACTAT TTATAGGTATTTTTATACGCATTACCAAACAAAAGAGTTCCGTGATTACGGGGCTCTTTT 60 TTerm_0123 MRSA_WT_9 83500 83506 7 83513 83519 7 6 100 0 14 85 14 85 14 0 83509 ATTTTGA TCAAAAT True TCTTATAGA TTTAGGGAC False True + ATTTTGA TACTAT TCAAAAT TTTAGGGAC 36 MRSA_WT_01267 intergenic 83162 83630 + down TTATAGGTATTTTTATACGCATTACCAAACAAAAGAGTTCCGTGATTACGGGGCTCTTTTTGTTTTGAATTTCAGTATTATAGTATGATGCGTCACCAAAACGTCCCCCGCATAAGCCCCGAAAATACAGTAATTAAAACAAGCATGCTTATTCGTTATAGAATTTTTTGACACACAATTGACACGCGTCTGACACTTGTTTATACATTTTTAATTAAGTAATTTTGTGCTCAAATTTCATCTATACTGCACCTGAACTACACCAACACTACACCAAGATTTTTAACACTCACCATTTGCATGCGTAGAGATTTTTATTATTATATTATTCTTATAGATTTTGATACTATTCAAAATTTTAGGGACTTTTCAGGGACCCGAAATCCTATAATTATATACATCTTAAAAAAATAACCACGTCCATCAAGACGTGGTTTTTTAATTATTTAATTCACTAATTATTCTTCT GGGGTTCGAATCCCTCCCAGGACGTTTATAGGTATTTTTATACGCATTACCAAACAAAAGAGTTCCGTGATTACGGGGCTCTTTTTGTTTTGAATTTCAGTATTATAGTATGATGCGTCACCAAAACGTCCCCCGCATAAGCCCCGAAAATACAGTAATTAAAACAAGCATGCTTATTCGTTATAGAATTTTTTGACACACAATTGACACGCGTCTGACACTTGTTTATACATTTTTAATTAAGTAATTTTGTGCTCAAATTTCATCTATACTGCACCTGAACTACACCAACACTACACCAAGATTTTTAACACTCACCATTTGCATGCGTAGAGATTTTTATTATTATATTATTCTTATAGATTTTGATACTATTCAAAATTTTAGGGACTTTTCAGGGACCCGAAATCCTATAATTATATACATCTTAAAAAAATAACCACGTCCATCAAGACGTGGTTTTTTAATTATTTAATTCACTAATTATTCTTCTTAATTTTCATTGCTAAATATACTAT TTATAGGTATTTTTATACGCATTACCAAACAAAAGAGTTCCGTGATTACGGGGCTCTTTTTGTTTTGAATTTCAGTATTATAGTATGATGCGTCACCAAAACGTCCCCCGCATAAGCCCCGAAAATACAGTAATTAAAACAAGCATGCTTATTCGTTATAGAATTTTTTGACACACAATTGACACGCGTCTGACACTTGTTTATACATTTTTAATTAAGTAATTTTGTGCTCAAATTTCATCTATACTGCACCTGAACTACACCAACACTACACCAAGATTTTTAACACTCACCATTTGCATGCGTAGAGATTTTTATTATTATATTATTCTTATAGATTTTGATACTATTCAAAAT 357 TTerm_0124 MRSA_WT_9 83571 83583 13 83590 83602 13 6 92 0 21 61 38 58 41 0 83586 AAATAACCACGTC GACGTGGTTTTTT True TCTTAAAAA AATTATTTA True True + AAATAACCACGTC CATCAA GACGTGGTTTTTT AATTATTTA 74 MRSA_WT_01267 intergenic 83162 83630 + down TTATAGGTATTTTTATACGCATTACCAAACAAAAGAGTTCCGTGATTACGGGGCTCTTTTTGTTTTGAATTTCAGTATTATAGTATGATGCGTCACCAAAACGTCCCCCGCATAAGCCCCGAAAATACAGTAATTAAAACAAGCATGCTTATTCGTTATAGAATTTTTTGACACACAATTGACACGCGTCTGACACTTGTTTATACATTTTTAATTAAGTAATTTTGTGCTCAAATTTCATCTATACTGCACCTGAACTACACCAACACTACACCAAGATTTTTAACACTCACCATTTGCATGCGTAGAGATTTTTATTATTATATTATTCTTATAGATTTTGATACTATTCAAAATTTTAGGGACTTTTCAGGGACCCGAAATCCTATAATTATATACATCTTAAAAAAATAACCACGTCCATCAAGACGTGGTTTTTTAATTATTTAATTCACTAATTATTCTTCT GGGGTTCGAATCCCTCCCAGGACGTTTATAGGTATTTTTATACGCATTACCAAACAAAAGAGTTCCGTGATTACGGGGCTCTTTTTGTTTTGAATTTCAGTATTATAGTATGATGCGTCACCAAAACGTCCCCCGCATAAGCCCCGAAAATACAGTAATTAAAACAAGCATGCTTATTCGTTATAGAATTTTTTGACACACAATTGACACGCGTCTGACACTTGTTTATACATTTTTAATTAAGTAATTTTGTGCTCAAATTTCATCTATACTGCACCTGAACTACACCAACACTACACCAAGATTTTTAACACTCACCATTTGCATGCGTAGAGATTTTTATTATTATATTATTCTTATAGATTTTGATACTATTCAAAATTTTAGGGACTTTTCAGGGACCCGAAATCCTATAATTATATACATCTTAAAAAAATAACCACGTCCATCAAGACGTGGTTTTTTAATTATTTAATTCACTAATTATTCTTCTTAATTTTCATTGCTAAATATACTAT TTATAGGTATTTTTATACGCATTACCAAACAAAAGAGTTCCGTGATTACGGGGCTCTTTTTGTTTTGAATTTCAGTATTATAGTATGATGCGTCACCAAAACGTCCCCCGCATAAGCCCCGAAAATACAGTAATTAAAACAAGCATGCTTATTCGTTATAGAATTTTTTGACACACAATTGACACGCGTCTGACACTTGTTTATACATTTTTAATTAAGTAATTTTGTGCTCAAATTTCATCTATACTGCACCTGAACTACACCAACACTACACCAAGATTTTTAACACTCACCATTTGCATGCGTAGAGATTTTTATTATTATATTATTCTTATAGATTTTGATACTATTCAAAATTTTAGGGACTTTTCAGGGACCCGAAATCCTATAATTATATACATCTTAAAAAAATAACCACGTCCATCAAGACGTGGTTTTTT 440 TTerm_0125 MRSA_WT_9 85053 85063 11 85072 85082 11 8 100 0 22 63 36 63 36 0 85067 AAAAAGAGGCA TGCCTCTTTTT True AATAACTAA AGTGTATAT True True + AAAAAGAGGCA GGTAATCT TGCCTCTTTTT AGTGTATAT 76 MRSA_WT_01269 intergenic 85014 85320 + down CACCATTACCAAGAATTAACACGCATATTTAATAACTAAAAAAGAGGCAGGTAATCTTGCCTCTTTTTAGTGTATATCAATGCCTCTTTGATTTAATATGATCATATCAATGATACCTTCTGACTAAAGCTGTAGTAACTATACTAGAACGTCTAGTTCATAAACACGTTTCACTCTAACCTTTATTTAAATAATATATAAGCAGCAAACGCCAAGGCTAATATACCAATAAAATAATTAATAAAGATTTTTATTTTAGTCTTTGTAATAGTTGACAAATTTTATCACCTCTAAATATCGATAAAT ATTTCTTCGTAATGCGTCTCAGTAACACCATTACCAAGAATTAACACGCATATTTAATAACTAAAAAAGAGGCAGGTAATCTTGCCTCTTTTTAGTGTATATCAATGCCTCTTTGATTTAATATGATCATATCAATGATACCTTCTGACTAAAGCTGTAGTAACTATACTAGAACGTCTAGTTCATAAACACGTTTCACTCTAACCTTTATTTAAATAATATATAAGCAGCAAACGCCAAGGCTAATATACCAATAAAATAATTAATAAAGATTTTTATTTTAGTCTTTGTAATAGTTGACAAATTTTATCACCTCTAAATATCGATAAATTAAACGCCGTTATTTTTCCTTTGCC CACCATTACCAAGAATTAACACGCATATTTAATAACTAAAAAAGAGGCAGGTAATCTTGCCTCTTTTT 68 TTerm_0126 MRSA_WT_9 94584 94598 15 94603 94618 16 4 87 6 15 54 45 57 42 0 94600 TAGCCGATAACATCA TGATGTGTGTCGGCTA True TTTAACATT TTTTAGTTG False True + TAGCCGATAACATCA GAAA TGATGTGTGTCGGCTA TTTTAGTTG 46 MRSA_WT_01278 intergenic 94548 95002 + down TGGTCATGCACACTCAAATATTCAAATTTTAACATTAGCCGATAACATCAGAAATGATGTGTGTCGGCTATTTTAGTTGCAGTATAAAATTAAACATCGATGAATAGTAATATATATATTATGCTTTTCAATATATATTCATGCTTATAAACACGATATAAGATTTAATTTTTCAGTTTCAAACATTTTTAATTCATATTGTCAAACCCTTTATTTAAAAGTTTTGAAATTGTTCAAAACTTATCGAACACATTATGTGTTAATATATTTGCAGAATTATTTTAAAATCGTTTTAAAACTATACTGAAATAAGAAGATAAAAAGTATAATAAGTACATATAATTGAAAATAACTTCTAGAAATCTATTTATCTCTAATCTAGATATTGTAAGAAGTTGTATGAATAAGTTAAACTTAAATTGAATCAGTTTAAATGTTCAAGGAGGATGACAAA GGAAAAAGAAGAAATGACAAATTAATGGTCATGCACACTCAAATATTCAAATTTTAACATTAGCCGATAACATCAGAAATGATGTGTGTCGGCTATTTTAGTTGCAGTATAAAATTAAACATCGATGAATAGTAATATATATATTATGCTTTTCAATATATATTCATGCTTATAAACACGATATAAGATTTAATTTTTCAGTTTCAAACATTTTTAATTCATATTGTCAAACCCTTTATTTAAAAGTTTTGAAATTGTTCAAAACTTATCGAACACATTATGTGTTAATATATTTGCAGAATTATTTTAAAATCGTTTTAAAACTATACTGAAATAAGAAGATAAAAAGTATAATAAGTACATATAATTGAAAATAACTTCTAGAAATCTATTTATCTCTAATCTAGATATTGTAAGAAGTTGTATGAATAAGTTAAACTTAAATTGAATCAGTTTAAATGTTCAAGGAGGATGACAAATGGTTTTTAAAGATTGGAAAGTTAA TGGTCATGCACACTCAAATATTCAAATTTTAACATTAGCCGATAACATCAGAAATGATGTGTGTCGGCTA 70 TTerm_0127 MRSA_WT_9 94808 94818 11 94823 94833 11 4 81 0 12 100 0 100 0 0 94820 TTAATATATTT AATTATTTTAA True ATTATGTGT AATCGTTTT False True + TTAATATATTT GCAG AATTATTTTAA AATCGTTTT 24 MRSA_WT_01278 intergenic 94548 95002 + down TGGTCATGCACACTCAAATATTCAAATTTTAACATTAGCCGATAACATCAGAAATGATGTGTGTCGGCTATTTTAGTTGCAGTATAAAATTAAACATCGATGAATAGTAATATATATATTATGCTTTTCAATATATATTCATGCTTATAAACACGATATAAGATTTAATTTTTCAGTTTCAAACATTTTTAATTCATATTGTCAAACCCTTTATTTAAAAGTTTTGAAATTGTTCAAAACTTATCGAACACATTATGTGTTAATATATTTGCAGAATTATTTTAAAATCGTTTTAAAACTATACTGAAATAAGAAGATAAAAAGTATAATAAGTACATATAATTGAAAATAACTTCTAGAAATCTATTTATCTCTAATCTAGATATTGTAAGAAGTTGTATGAATAAGTTAAACTTAAATTGAATCAGTTTAAATGTTCAAGGAGGATGACAAA GGAAAAAGAAGAAATGACAAATTAATGGTCATGCACACTCAAATATTCAAATTTTAACATTAGCCGATAACATCAGAAATGATGTGTGTCGGCTATTTTAGTTGCAGTATAAAATTAAACATCGATGAATAGTAATATATATATTATGCTTTTCAATATATATTCATGCTTATAAACACGATATAAGATTTAATTTTTCAGTTTCAAACATTTTTAATTCATATTGTCAAACCCTTTATTTAAAAGTTTTGAAATTGTTCAAAACTTATCGAACACATTATGTGTTAATATATTTGCAGAATTATTTTAAAATCGTTTTAAAACTATACTGAAATAAGAAGATAAAAAGTATAATAAGTACATATAATTGAAAATAACTTCTAGAAATCTATTTATCTCTAATCTAGATATTGTAAGAAGTTGTATGAATAAGTTAAACTTAAATTGAATCAGTTTAAATGTTCAAGGAGGATGACAAATGGTTTTTAAAGATTGGAAAGTTAA TGGTCATGCACACTCAAATATTCAAATTTTAACATTAGCCGATAACATCAGAAATGATGTGTGTCGGCTATTTTAGTTGCAGTATAAAATTAAACATCGATGAATAGTAATATATATATTATGCTTTTCAATATATATTCATGCTTATAAACACGATATAAGATTTAATTTTTCAGTTTCAAACATTTTTAATTCATATTGTCAAACCCTTTATTTAAAAGTTTTGAAATTGTTCAAAACTTATCGAACACATTATGTGTTAATATATTTGCAGAATTATTTTAA 285 TTerm_0128 MRSA_WT_10 18428 18438 11 18445 18455 11 6 81 0 12 81 18 88 11 0 18441 AATTAGGTTTT AAAACGTATTT True GCTATCACA TCATCTTTT False True + AATTAGGTTTT GGGCAA AAAACGTATTT TCATCTTTT 40 MRSA_WT_01299 intergenic 18067 18655 + down GGGTTTAAACAGATTATGTATGACTATTTTAGACAATTCAAAACAACGTAAAAATAAAAACCTCGGTTATTTCAAGAATTATAAAAGACGGAGTTGCTGAAGAATATTTCAAATCTGTAGGTTCGTAAACTTTACCTAGACATATAAAATATATACCATATTACGCATGCTTTTTTATTTGCACGTTACTTGCACGTTATTTTCGCTAGACAAATTCATTACCAAATAAATACGACCTAATCCTTGTTTTTAAAGGGATTTAGGTCGTTTTTTTACTTGCACGTTACTTGCACGTTATTTTCGCTTCATAAGTAAATTAGATTAAAAAAAGGACACTACTCACTTTTCATATGCTATCACAATTAGGTTTTGGGCAAAAAACGTATTTTCATCTTTTTTTGAAACGAATGAACTTAACTAAATATAGTATATAAGCGATAAATATAAACAGATTTGAAATTAATATTTGCGTCGTGCTGATATTACCAAATTTTATACTAATTATCACCCATGATATTATTACTAAAAAATAAGAACGAACATACCCATATATTAAAAAATTTTTTCATGGTATCACTCCTACACTAT GGGTTTAAACAGATTATGTATGACTATTTTAGACAATTCAAAACAACGTAAAAATAAAAACCTCGGTTATTTCAAGAATTATAAAAGACGGAGTTGCTGAAGAATATTTCAAATCTGTAGGTTCGTAAACTTTACCTAGACATATAAAATATATACCATATTACGCATGCTTTTTTATTTGCACGTTACTTGCACGTTATTTTCGCTAGACAAATTCATTACCAAATAAATACGACCTAATCCTTGTTTTTAAAGGGATTTAGGTCGTTTTTTTACTTGCACGTTACTTGCACGTTATTTTCGCTTCATAAGTAAATTAGATTAAAAAAAGGACACTACTCACTTTTCATATGCTATCACAATTAGGTTTTGGGCAAAAAACGTATTT 388 TTerm_0129 MRSA_WT_10 26912 26923 12 26930 26941 12 6 91 0 19 62 37 63 36 0 26926 ACTGTACTGTCT AGATAGTACAGT True ATGAGATTA TTTTTATAC False True + ACTGTACTGTCT AATTTA AGATAGTACAGT TTTTTATAC 54 MRSA_WT_01307 intergenic 26884 27027 + down TTATCACACTGAATTCAAAATGAGATTACTGTACTGTCTAATTTAAGATAGTACAGTTTTTTATACCATTTAAAAGTTTATGAACAGTCTTTTACAGCAGGCGATTATGCTATAATATTATTTAAATTGGGGAGGTGTTCTTA AGCATCTAAAGGTCCCAAAGCTTAGTTATCACACTGAATTCAAAATGAGATTACTGTACTGTCTAATTTAAGATAGTACAGTTTTTTATACCATTTAAAAGTTTATGAACAGTCTTTTACAGCAGGCGATTATGCTATAATATTATTTAAATTGGGGAGGTGTTCTTATGGAATTTAAAACCATTCAATCTGT TTATCACACTGAATTCAAAATGAGATTACTGTACTGTCTAATTTAAGATAGTACAGT 57 TTerm_0130 MRSA_WT_10 34882 34892 11 34900 34910 11 7 90 0 17 68 31 70 30 0 34895 ACAGTATCTTA TAAGATGCTGT True TTTCACTGA TATTTTTTT False True + ACAGTATCTTA CATTTGT TAAGATGCTGT TATTTTTTT 42 MRSA_WT_01313 intergenic 34862 34977 + down AGTTTTCACAGTTTCACTGACAGTATCTTACATTTGTTAAGATGCTGTTATTTTTTTATCCTGGCATAAAATCATGTTATGATAAACTTAAAAAATACAATGAGGTGTGTAAAAA CTTTGACTATATTATCAGAAACTAAAGTTTTCACAGTTTCACTGACAGTATCTTACATTTGTTAAGATGCTGTTATTTTTTTATCCTGGCATAAAATCATGTTATGATAAACTTAAAAAATACAATGAGGTGTGTAAAAATGCTTGATGCTCATTTTATCTACCC AGTTTTCACAGTTTCACTGACAGTATCTTACATTTGTTAAGATGCTGT 48 TTerm_0131 MRSA_WT_10 37407 37417 11 37425 37435 11 7 90 0 17 50 50 50 50 0 37420 GCATCAAGCAG CTGTTTGATGC True TCATTTGGG TTTTTTAAT False True + GCATCAAGCAG CATATTA CTGTTTGATGC TTTTTTAAT 50 MRSA_WT_01315 intergenic 37298 37550 + down CTGAATGCCATCATTGCGACATGTAACACATCATTACATGTGCTTTAACTCATGGCAATTCTTTATCCTTAAAAGTGACTAATCAATTTAGCTAAAGTCATCATTTGGGCATCAAGCAGCATATTACTGTTTGATGCTTTTTTAATTGCCTTAAATTCTCTATCCATCCTAAAATCCCCATTAGTTGACGCATTTGACTATATCTCTAACGTATTTCATAATTATATTGACTCTATAAACAAAGGATGGTCA CAAGAGTGATGTTATCGATAAATAACTGAATGCCATCATTGCGACATGTAACACATCATTACATGTGCTTTAACTCATGGCAATTCTTTATCCTTAAAAGTGACTAATCAATTTAGCTAAAGTCATCATTTGGGCATCAAGCAGCATATTACTGTTTGATGCTTTTTTAATTGCCTTAAATTCTCTATCCATCCTAAAATCCCCATTAGTTGACGCATTTGACTATATCTCTAACGTATTTCATAATTATATTGACTCTATAAACAAAGGATGGTCATGATGAAAGTTCGAATTACTTTTAT CTGAATGCCATCATTGCGACATGTAACACATCATTACATGTGCTTTAACTCATGGCAATTCTTTATCCTTAAAAGTGACTAATCAATTTAGCTAAAGTCATCATTTGGGCATCAAGCAGCATATTACTGTTTGATGC 137 TTerm_0132 MRSA_WT_10 64317 64327 11 64333 64343 11 5 100 0 22 63 36 63 36 0 64329 AAAAAACAGGC GCCTGTTTTTT True CGCAACAAA ATTTTTTAA True True + AAAAAACAGGC ACTCG GCCTGTTTTTT ATTTTTTAA 76 MRSA_WT_01346 intergenic 64249 64342 + down TCTTATAAGAATTAATGCTGTGATTATCGTTATACTGCAATACCGAGTATTTCCAACATCGCAACAAAAAAAACAGGCACTCGGCCTGTTTTT CCGAGGCAAACCGCCAACACATTAATCTTATAAGAATTAATGCTGTGATTATCGTTATACTGCAATACCGAGTATTTCCAACATCGCAACAAAAAAAACAGGCACTCGGCCTGTTTTTTATTTTTTAAATTTAAAGATTAAGA TCTTATAAGAATTAATGCTGTGATTATCGTTATACTGCAATACCGAGTATTTCCAACATCGCAACAAAAAAAACAGGCACTCGGCCTGTTTTTT 94 TTerm_0133 MRSA_WT_11 2075 2097 23 2104 2126 23 6 82 0 26 76 23 73 26 0 2100 AATAAATCGGACAAATGTTAAAG CTTTTTCATTTGTTCGATTTTTT True GGTTCTTAA GACTTTGAA False True + AATAAATCGGACAAATGTTAAAG ATTTTA CTTTTTCATTTGTTCGATTTTTT GACTTTGAA 60 MRSA_WT_01358 intergenic 2065 2217 + down TGGTTCTTAAATAAATCGGACAAATGTTAAAGATTTTACTTTTTCATTTGTTCGATTTTTTGACTTTGAAGCATAATAAAAAGCAGTTGGACAATGGCGATTGTAACATCATTGTTCGACTGCTTTTCTGATTAACTTGATCGACTAAGATT AATGGGACTAATTAAGAAATTATAGTGGTTCTTAAATAAATCGGACAAATGTTAAAGATTTTACTTTTTCATTTGTTCGATTTTTTGACTTTGAAGCATAATAAAAAGCAGTTGGACAATGGCGATTGTAACATCATTGTTCGACTGCTTTTCTGATTAACTTGATCGACTAAGATTTATTTTCCTGTACCGAAAACATCAT TGGTTCTTAAATAAATCGGACAAATGTTAAAGATTTTACTTTTTCATTTGTTCGATTTTTT 61 TTerm_0134 MRSA_WT_11 12951 12957 7 12963 12969 7 5 100 0 14 85 14 85 14 0 12959 CTAAATA TATTTAG True AAACCGTGC TTTTTAAGT False True + CTAAATA ATTAA TATTTAG TTTTTAAGT 28 MRSA_WT_01368 intergenic 12958 13424 + down TTAATATTTAGTTTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTCAAAAAGGAGCAGACAGAATGGTGTTTGCTTCTTTTTTATGTTGTTAAGGCACGAATTGATACAGCACATTTTAAAAGTTGAAGCTAAAAATGATGAAATATACAAAAAATGATTGTGCTATAATTATATAGAAAATGCTGTAGTTGATGAATAAAAACATACAAAAGCAATCCCACTAAAGCTGAATTGGCTGTCAAAATAATGTCAATATTTGAGCGAACAATCAGACTTTAGACCATGGTCAAGCGGGTAATAACATCATATATTAATTAAGGTGAATGATGCGTTATTAATCAATCGTAATAGAAAGACAAGATTTTAACGATTAAAATAAACTATTTTACAAATAAAGTAAAATTAATTTATAATGCTAATAATGCAAAAAATTAAAAAGTAATGGACAAAGGAGATAAATGATA CGGTACTTCAAACCGTGCTAAATAATTAATATTTAGTTTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTCAAAAAGGAGCAGACAGAATGGTGTTTGCTTCTTTTTTATGTTGTTAAGGCACGAATTGATACAGCACATTTTAAAAGTTGAAGCTAAAAATGATGAAATATACAAAAAATGATTGTGCTATAATTATATAGAAAATGCTGTAGTTGATGAATAAAAACATACAAAAGCAATCCCACTAAAGCTGAATTGGCTGTCAAAATAATGTCAATATTTGAGCGAACAATCAGACTTTAGACCATGGTCAAGCGGGTAATAACATCATATATTAATTAAGGTGAATGATGCGTTATTAATCAATCGTAATAGAAAGACAAGATTTTAACGATTAAAATAAACTATTTTACAAATAAAGTAAAATTAATTTATAATGCTAATAATGCAAAAAATTAAAAAGTAATGGACAAAGGAGATAAATGATATGGCTCAAGAGGTAATAAAAATAAG TTAATATTTAG 11 TTerm_0135 MRSA_WT_11 13006 13020 15 13027 13041 15 6 86 0 20 66 33 69 30 0 13023 AAAAAGGAGCAGACA TGTTTGCTTCTTTTT True TTAATTTCA TATGTTGTT True True + AAAAAGGAGCAGACA GAATGG TGTTTGCTTCTTTTT TATGTTGTT 56 MRSA_WT_01368 intergenic 12958 13424 + down TTAATATTTAGTTTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTCAAAAAGGAGCAGACAGAATGGTGTTTGCTTCTTTTTTATGTTGTTAAGGCACGAATTGATACAGCACATTTTAAAAGTTGAAGCTAAAAATGATGAAATATACAAAAAATGATTGTGCTATAATTATATAGAAAATGCTGTAGTTGATGAATAAAAACATACAAAAGCAATCCCACTAAAGCTGAATTGGCTGTCAAAATAATGTCAATATTTGAGCGAACAATCAGACTTTAGACCATGGTCAAGCGGGTAATAACATCATATATTAATTAAGGTGAATGATGCGTTATTAATCAATCGTAATAGAAAGACAAGATTTTAACGATTAAAATAAACTATTTTACAAATAAAGTAAAATTAATTTATAATGCTAATAATGCAAAAAATTAAAAAGTAATGGACAAAGGAGATAAATGATA CGGTACTTCAAACCGTGCTAAATAATTAATATTTAGTTTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTCAAAAAGGAGCAGACAGAATGGTGTTTGCTTCTTTTTTATGTTGTTAAGGCACGAATTGATACAGCACATTTTAAAAGTTGAAGCTAAAAATGATGAAATATACAAAAAATGATTGTGCTATAATTATATAGAAAATGCTGTAGTTGATGAATAAAAACATACAAAAGCAATCCCACTAAAGCTGAATTGGCTGTCAAAATAATGTCAATATTTGAGCGAACAATCAGACTTTAGACCATGGTCAAGCGGGTAATAACATCATATATTAATTAAGGTGAATGATGCGTTATTAATCAATCGTAATAGAAAGACAAGATTTTAACGATTAAAATAAACTATTTTACAAATAAAGTAAAATTAATTTATAATGCTAATAATGCAAAAAATTAAAAAGTAATGGACAAAGGAGATAAATGATATGGCTCAAGAGGTAATAAAAATAAG TTAATATTTAGTTTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTCAAAAAGGAGCAGACAGAATGGTGTTTGCTTCTTTTT 83 TTerm_0136 MRSA_WT_11 15137 15159 23 15165 15187 23 5 78 0 21 67 32 66 33 0 15161 ATAACTATTTCTAAGTCTTCGCA TGCGATGATGAAGGAATAGTTAT True CATTGATTA TTTTATTTA False True + ATAACTATTTCTAAGTCTTCGCA TTATT TGCGATGATGAAGGAATAGTTAT TTTTATTTA 66 MRSA_WT_01370 intergenic 15107 15345 + down TTACATGACGTTTAAACATAGCATTGATTATAACTATTTCTAAGTCTTCGCATTATTTGCGATGATGAAGGAATAGTTATTTTTATTTAAAAATATAAAAAATTAGATGCAGCAAAATTTTAAAGCATTTTATTTTGAACATATTAAAAGGGAGCGTATCATAATGGAATGTAATGTTTATATCGTATGCATTACGGATAAATAATATATAAATCATTCTTGAGGAGTGAAAGAATAA AACAGATCAACGTACTGCTAAATAATTACATGACGTTTAAACATAGCATTGATTATAACTATTTCTAAGTCTTCGCATTATTTGCGATGATGAAGGAATAGTTATTTTTATTTAAAAATATAAAAAATTAGATGCAGCAAAATTTTAAAGCATTTTATTTTGAACATATTAAAAGGGAGCGTATCATAATGGAATGTAATGTTTATATCGTATGCATTACGGATAAATAATATATAAATCATTCTTGAGGAGTGAAAGAATAATGAGAGACTACACAAAGCAATACAT TTACATGACGTTTAAACATAGCATTGATTATAACTATTTCTAAGTCTTCGCATTATTTGCGATGATGAAGGAATAGTTAT 80 TTerm_0137 MRSA_WT_11 37989 37995 7 38005 38011 7 9 100 0 14 100 0 100 0 0 37999 TAAAAAA TTTTTTA True TCACTGTGT TTTTGTTGT False True + TAAAAAA CAAGGCTAT TTTTTTA TTTTGTTGT 28 MRSA_WT_01396 intergenic 37716 38105 + down ATCCAATTATCCTAAACATCCTTAATATACATTTAATCCATCCTAAATTTTTTATAGATCTAATTAACTTGAAATATACTCACTTAAAAACGACTTACATGACTAGTACTGTTGTGTAGGTCGTCTTTTTGTGTAGTTTTTCTAATAGAAAATAGACTTAGATTGCAAAACGATTACATAAAAAATTGCAAATGAAAAACATTTTTACTGTCATGACAATTCTCGATAGAATCATATTTGAAATTGTGGGGGATTTCGTTGTAATCACTGTGTAAAAAACAAGGCTATTTTTTTATTTTGTTGTAACCTGCACGGATTTTACAGATGTTACAGTAGTCTCTGTAAAACTTTTAGAGAAACAAATTACTTGTAGGAGGATTTTAAGATTA TAATCATGACTTATTAGAAATTTAAATCCAATTATCCTAAACATCCTTAATATACATTTAATCCATCCTAAATTTTTTATAGATCTAATTAACTTGAAATATACTCACTTAAAAACGACTTACATGACTAGTACTGTTGTGTAGGTCGTCTTTTTGTGTAGTTTTTCTAATAGAAAATAGACTTAGATTGCAAAACGATTACATAAAAAATTGCAAATGAAAAACATTTTTACTGTCATGACAATTCTCGATAGAATCATATTTGAAATTGTGGGGGATTTCGTTGTAATCACTGTGTAAAAAACAAGGCTATTTTTTTATTTTGTTGTAACCTGCACGGATTTTACAGATGTTACAGTAGTCTCTGTAAAACTTTTAGAGAAACAAATTACTTGTAGGAGGATTTTAAGATTATGAAGAAAACATTACTCGCATCATC ATCCAATTATCCTAAACATCCTTAATATACATTTAATCCATCCTAAATTTTTTATAGATCTAATTAACTTGAAATATACTCACTTAAAAACGACTTACATGACTAGTACTGTTGTGTAGGTCGTCTTTTTGTGTAGTTTTTCTAATAGAAAATAGACTTAGATTGCAAAACGATTACATAAAAAATTGCAAATGAAAAACATTTTTACTGTCATGACAATTCTCGATAGAATCATATTTGAAATTGTGGGGGATTTCGTTGTAATCACTGTGTAAAAAACAAGGCTATTTTTTTA 295 TTerm_0138 MRSA_WT_11 38044 38049 6 38056 38061 6 6 100 0 12 66 33 66 33 0 38052 TTACAG CTGTAA True TACAGATGT AACTTTTAG False True + TTACAG TAGTCT CTGTAA AACTTTTAG 40 MRSA_WT_01396 intergenic 37716 38105 + down ATCCAATTATCCTAAACATCCTTAATATACATTTAATCCATCCTAAATTTTTTATAGATCTAATTAACTTGAAATATACTCACTTAAAAACGACTTACATGACTAGTACTGTTGTGTAGGTCGTCTTTTTGTGTAGTTTTTCTAATAGAAAATAGACTTAGATTGCAAAACGATTACATAAAAAATTGCAAATGAAAAACATTTTTACTGTCATGACAATTCTCGATAGAATCATATTTGAAATTGTGGGGGATTTCGTTGTAATCACTGTGTAAAAAACAAGGCTATTTTTTTATTTTGTTGTAACCTGCACGGATTTTACAGATGTTACAGTAGTCTCTGTAAAACTTTTAGAGAAACAAATTACTTGTAGGAGGATTTTAAGATTA TAATCATGACTTATTAGAAATTTAAATCCAATTATCCTAAACATCCTTAATATACATTTAATCCATCCTAAATTTTTTATAGATCTAATTAACTTGAAATATACTCACTTAAAAACGACTTACATGACTAGTACTGTTGTGTAGGTCGTCTTTTTGTGTAGTTTTTCTAATAGAAAATAGACTTAGATTGCAAAACGATTACATAAAAAATTGCAAATGAAAAACATTTTTACTGTCATGACAATTCTCGATAGAATCATATTTGAAATTGTGGGGGATTTCGTTGTAATCACTGTGTAAAAAACAAGGCTATTTTTTTATTTTGTTGTAACCTGCACGGATTTTACAGATGTTACAGTAGTCTCTGTAAAACTTTTAGAGAAACAAATTACTTGTAGGAGGATTTTAAGATTATGAAGAAAACATTACTCGCATCATC ATCCAATTATCCTAAACATCCTTAATATACATTTAATCCATCCTAAATTTTTTATAGATCTAATTAACTTGAAATATACTCACTTAAAAACGACTTACATGACTAGTACTGTTGTGTAGGTCGTCTTTTTGTGTAGTTTTTCTAATAGAAAATAGACTTAGATTGCAAAACGATTACATAAAAAATTGCAAATGAAAAACATTTTTACTGTCATGACAATTCTCGATAGAATCATATTTGAAATTGTGGGGGATTTCGTTGTAATCACTGTGTAAAAAACAAGGCTATTTTTTTATTTTGTTGTAACCTGCACGGATTTTACAGATGTTACAGTAGTCTCTGTAA 345 TTerm_0139 MRSA_WT_11 38849 38859 11 38869 38879 11 9 90 0 17 59 40 60 40 0 38863 GGAATATATCG CGATATGTTCC True TTTAGATTG GGTCTTTTT False True + GGAATATATCG GGGAATTCT CGATATGTTCC GGTCTTTTT 50 MRSA_WT_01397 intergenic 38800 39187 + down GCCATTTATGCATAGCTAATCAATAGTTATATAAGTAACTTTTAGATTGGAATATATCGGGGAATTCTCGATATGTTCCGGTCTTTTTTATTTCGCAAATATATGTCATTATAGAATTATTATTTAAAGATAATAATACAACTGAGCAACAATAATTGAAAATGTTGAAACCGTTTGCTAAGATTAATTTGCAATTGAATACTAAGGAACTACTAGGGGAGCCTAATGATATGGCTGAGATGAATTGTTCAGACCCTTATGACCTGATTTGGTTAGTACCAACGTAGGAAAGTAGTTATTGAAGTGATGGGGCTAGTATAGCAACATTGCCATCAAACTACTTTCATGTTGGAAGTAGTTTTTTTATTTAGGGAGGATTTTTTACAA CGCTGGACATTGGGTTACTGCATAAGCCATTTATGCATAGCTAATCAATAGTTATATAAGTAACTTTTAGATTGGAATATATCGGGGAATTCTCGATATGTTCCGGTCTTTTTTATTTCGCAAATATATGTCATTATAGAATTATTATTTAAAGATAATAATACAACTGAGCAACAATAATTGAAAATGTTGAAACCGTTTGCTAAGATTAATTTGCAATTGAATACTAAGGAACTACTAGGGGAGCCTAATGATATGGCTGAGATGAATTGTTCAGACCCTTATGACCTGATTTGGTTAGTACCAACGTAGGAAAGTAGTTATTGAAGTGATGGGGCTAGTATAGCAACATTGCCATCAAACTACTTTCATGTTGGAAGTAGTTTTTTTATTTAGGGAGGATTTTTTACAATGGAATTTTCACAAAAATTGTACCA GCCATTTATGCATAGCTAATCAATAGTTATATAAGTAACTTTTAGATTGGAATATATCGGGGAATTCTCGATATGTTCC 79 TTerm_0140 MRSA_WT_11 43089 43114 26 43121 43147 27 6 88 3 32 69 30 70 29 0 43117 AAATAATGTGCACCCTAAAAGTTGAA TTTAACTTTATAGGGCGCACATTATTT True GCAAGTCCA TTCGCTTCA True True + AAATAATGTGCACCCTAAAAGTTGAA GATAAT TTTAACTTTATAGGGCGCACATTATTT TTCGCTTCA 72 MRSA_WT_01402 intergenic 43075 43553 + down CCTTAGCAAGTCCAAATAATGTGCACCCTAAAAGTTGAAGATAATTTTAACTTTATAGGGCGCACATTATTTTTCGCTTCAATAGCGAAACTTAGTGTCACATTATACAATATGTCATAAATAGAAACAGCAGTAAGATGATTTCAAATGTGAAAGTCATCCTACTGCTGTTTTTATTTGAAATAATATTAACGAGATTTCAGTATGTAAAAAGTGGTTAATAACAGAGTTGTCATTCTTCATCGCAATGTCATCTTGACACAATGATTCATCAGTGTAGAAGTATATGTCGTAACGCAACATGTCCACAGCAATTCACTAATGCATGTAACAGTGTGAAATAATAACGTCACAACGGCATAATACACATTGCAACGTCCCAACAACATATCATAGAATCGTAACGGCATGGCATCAACACCAAGCTCCCACAACAATACGCCATTACATCGCATCATCATACTACAACTCCAATGTC AGTGTCTAAAAAGAAAAAGAAATAACCTTAGCAAGTCCAAATAATGTGCACCCTAAAAGTTGAAGATAATTTTAACTTTATAGGGCGCACATTATTTTTCGCTTCAATAGCGAAACTTAGTGTCACATTATACAATATGTCATAAATAGAAACAGCAGTAAGATGATTTCAAATGTGAAAGTCATCCTACTGCTGTTTTTATTTGAAATAATATTAACGAGATTTCAGTATGTAAAAAGTGGTTAATAACAGAGTTGTCATTCTTCATCGCAATGTCATCTTGACACAATGATTCATCAGTGTAGAAGTATATGTCGTAACGCAACATGTCCACAGCAATTCACTAATGCATGTAACAGTGTGAAATAATAACGTCACAACGGCATAATACACATTGCAACGTCCCAACAACATATCATAGAATCGTAACGGCATGGCATCAACACCAAGCTCCCACAACAATACGCCATTACATCGCATCATCATACTACAACTCCAATGTCTAGTCGTGATAATTCCATTCCGTAA CCTTAGCAAGTCCAAATAATGTGCACCCTAAAAGTTGAAGATAATTTTAACTTTATAGGGCGCACATTATTT 72 TTerm_0141 MRSA_WT_11 43194 43221 28 43226 43254 29 4 89 3 36 70 29 73 26 0 43223 AAATAGAAACAGCAGTAAGATGATTTCA TGAAAGTCATCCTACTGCTGTTTTTATTT True TATGTCATA GAAATAATA False True + AAATAGAAACAGCAGTAAGATGATTTCA AATG TGAAAGTCATCCTACTGCTGTTTTTATTT GAAATAATA 88 MRSA_WT_01402 intergenic 43075 43553 + down CCTTAGCAAGTCCAAATAATGTGCACCCTAAAAGTTGAAGATAATTTTAACTTTATAGGGCGCACATTATTTTTCGCTTCAATAGCGAAACTTAGTGTCACATTATACAATATGTCATAAATAGAAACAGCAGTAAGATGATTTCAAATGTGAAAGTCATCCTACTGCTGTTTTTATTTGAAATAATATTAACGAGATTTCAGTATGTAAAAAGTGGTTAATAACAGAGTTGTCATTCTTCATCGCAATGTCATCTTGACACAATGATTCATCAGTGTAGAAGTATATGTCGTAACGCAACATGTCCACAGCAATTCACTAATGCATGTAACAGTGTGAAATAATAACGTCACAACGGCATAATACACATTGCAACGTCCCAACAACATATCATAGAATCGTAACGGCATGGCATCAACACCAAGCTCCCACAACAATACGCCATTACATCGCATCATCATACTACAACTCCAATGTC AGTGTCTAAAAAGAAAAAGAAATAACCTTAGCAAGTCCAAATAATGTGCACCCTAAAAGTTGAAGATAATTTTAACTTTATAGGGCGCACATTATTTTTCGCTTCAATAGCGAAACTTAGTGTCACATTATACAATATGTCATAAATAGAAACAGCAGTAAGATGATTTCAAATGTGAAAGTCATCCTACTGCTGTTTTTATTTGAAATAATATTAACGAGATTTCAGTATGTAAAAAGTGGTTAATAACAGAGTTGTCATTCTTCATCGCAATGTCATCTTGACACAATGATTCATCAGTGTAGAAGTATATGTCGTAACGCAACATGTCCACAGCAATTCACTAATGCATGTAACAGTGTGAAATAATAACGTCACAACGGCATAATACACATTGCAACGTCCCAACAACATATCATAGAATCGTAACGGCATGGCATCAACACCAAGCTCCCACAACAATACGCCATTACATCGCATCATCATACTACAACTCCAATGTCTAGTCGTGATAATTCCATTCCGTAA CCTTAGCAAGTCCAAATAATGTGCACCCTAAAAGTTGAAGATAATTTTAACTTTATAGGGCGCACATTATTTTTCGCTTCAATAGCGAAACTTAGTGTCACATTATACAATATGTCATAAATAGAAACAGCAGTAAGATGATTTCAAATGTGAAAGTCATCCTACTGCTGTTTTTATTT 179 TTerm_0142 MRSA_WT_11 46418 46426 9 46434 46442 9 7 100 0 18 100 0 100 0 0 46429 TTTTAATTT AAATTAAAA True GCTATAGAT ATTTTGTAA False True + TTTTAATTT TGAAAAT AAATTAAAA ATTTTGTAA 36 MRSA_WT_01406 intergenic 46392 46520 + down GGTATAATGTAGAGTGCGCTATAGATTTTAATTTTGAAAATAAATTAAAAATTTTGTAAATGATGTAGTAAAGGTATGTCGAATAGGGTAAGATAATATTGAAAGCGATCCAAACGAGGTGATAATAA TGAAGGATACAAAATTGTATTTTAGGGTATAATGTAGAGTGCGCTATAGATTTTAATTTTGAAAATAAATTAAAAATTTTGTAAATGATGTAGTAAAGGTATGTCGAATAGGGTAAGATAATATTGAAAGCGATCCAAACGAGGTGATAATAATGAAACGTCCTGAAAAGATTCAAAA GGTATAATGTAGAGTGCGCTATAGATTTTAATTTTGAAAATAAATTAAAA 50 TTerm_0143 MRSA_WT_11 46422 46430 9 46437 46445 9 6 88 0 13 94 5 100 0 0 46433 AATTTTGAA TTAAAAATT True TAGATTTTA TTGTAAATG False True + AATTTTGAA AATAAA TTAAAAATT TTGTAAATG 26 MRSA_WT_01406 intergenic 46392 46520 + down GGTATAATGTAGAGTGCGCTATAGATTTTAATTTTGAAAATAAATTAAAAATTTTGTAAATGATGTAGTAAAGGTATGTCGAATAGGGTAAGATAATATTGAAAGCGATCCAAACGAGGTGATAATAA TGAAGGATACAAAATTGTATTTTAGGGTATAATGTAGAGTGCGCTATAGATTTTAATTTTGAAAATAAATTAAAAATTTTGTAAATGATGTAGTAAAGGTATGTCGAATAGGGTAAGATAATATTGAAAGCGATCCAAACGAGGTGATAATAATGAAACGTCCTGAAAAGATTCAAAA GGTATAATGTAGAGTGCGCTATAGATTTTAATTTTGAAAATAAATTAAAAATT 53 TTerm_0144 MRSA_WT_11 46687 46699 13 46707 46719 13 7 92 0 21 57 42 58 41 0 46702 AAAGCTATCGTCG CGATGATAGCTTT True ACACCGTTA TTTGACTGG False True + AAAGCTATCGTCG GACTATT CGATGATAGCTTT TTTGACTGG 66 MRSA_WT_01407 intergenic 46657 46921 + down TTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGATAGCTTTTTTGACTGGATTTACTAAAATGATAGCAAGTACTATATAACAAAATCCCTCTTTAGAGTGTACATTTTACAATGTGTACTTCAAAGAGGGATTGTTATTATCGAGTAATATCTATATATGACATTTTAAATCGACGACATAAATAGACTATATAACGTCATCTTGAAAAGTTATGATATTTGAAACTCAAAATAGTTTAAAT TAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGATAGCTTTTTTGACTGGATTTACTAAAATGATAGCAAGTACTATATAACAAAATCCCTCTTTAGAGTGTACATTTTACAATGTGTACTTCAAAGAGGGATTGTTATTATCGAGTAATATCTATATATGACATTTTAAATCGACGACATAAATAGACTATATAACGTCATCTTGAAAAGTTATGATATTTGAAACTCAAAATAGTTTAAATTAATTACTTTTTGGATGGTATAAAT TTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGATAGCTTT 62 TTerm_0145 MRSA_WT_11 46896 46906 11 46913 46923 11 6 81 0 12 86 13 88 11 0 46909 TATTTGAAACT AGTTTAAATTA True AGTTATGAT ATTACTTTT False True + TATTTGAAACT CAAAAT AGTTTAAATTA ATTACTTTT 32 MRSA_WT_01407 intergenic 46657 46921 + down TTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGATAGCTTTTTTGACTGGATTTACTAAAATGATAGCAAGTACTATATAACAAAATCCCTCTTTAGAGTGTACATTTTACAATGTGTACTTCAAAGAGGGATTGTTATTATCGAGTAATATCTATATATGACATTTTAAATCGACGACATAAATAGACTATATAACGTCATCTTGAAAAGTTATGATATTTGAAACTCAAAATAGTTTAAAT TAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGATAGCTTTTTTGACTGGATTTACTAAAATGATAGCAAGTACTATATAACAAAATCCCTCTTTAGAGTGTACATTTTACAATGTGTACTTCAAAGAGGGATTGTTATTATCGAGTAATATCTATATATGACATTTTAAATCGACGACATAAATAGACTATATAACGTCATCTTGAAAAGTTATGATATTTGAAACTCAAAATAGTTTAAATTAATTACTTTTTGGATGGTATAAAT TTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTATTCGATGATAGCTTTTTTGACTGGATTTACTAAAATGATAGCAAGTACTATATAACAAAATCCCTCTTTAGAGTGTACATTTTACAATGTGTACTTCAAAGAGGGATTGTTATTATCGAGTAATATCTATATATGACATTTTAAATCGACGACATAAATAGACTATATAACGTCATCTTGAAAAGTTATGATATTTGAAACTCAAAATAGTTTAAATTA 266 TTerm_0146 MRSA_WT_11 50956 50961 6 50970 50975 6 8 100 0 12 83 16 83 16 0 50965 TTTTGT ACAAAA True AGAGGTGGT TTGCCTTTT False True + TTTTGT GTGTAAAT ACAAAA TTGCCTTTT 32 MRSA_WT_01410 intergenic 50884 51400 + down AAATTAGTCGAGCGACCTTTTACTTAGAAAATGATTTGAATTAATACTAAAAGATTACAAAGAAGAGGTGGTTTTGTGTGTAAATACAAAATTGCCTTTTTCTTTTTATGTTAAATCTATAAATTTGAAACTAAATCAAGGTTAATTCTATGTACACACTTTATATAGGAAGTAGTTTGAATGTTTATATAATATTTTACAAAAAGATGTTGTATTATAAGGTCTAATTTCACATGTGTTTCAGTAAAATTTGTTGTGAAATGTTAACGATATACGTATTTTATAAAAAATTTTTTATAATGATTATTCGAATGATGCATAACGCTTACATCTTATCTAATGCTAGCTTTTTGACAAAAATATGACAATCAATTAATGTGATTCTAATAAATATTCGCAAATTGCTTTATTGCGATTAAATTTTTTTGGTGGTACTATATAGAAGTTGATGAAATATTAATGAACTTATATGCAAAAGTATATTGAGAAATAAACAGGTAAAAAGGAGAATTATTT AGTTGTAAATGCTTTAATTTCATAGAAATTAGTCGAGCGACCTTTTACTTAGAAAATGATTTGAATTAATACTAAAAGATTACAAAGAAGAGGTGGTTTTGTGTGTAAATACAAAATTGCCTTTTTCTTTTTATGTTAAATCTATAAATTTGAAACTAAATCAAGGTTAATTCTATGTACACACTTTATATAGGAAGTAGTTTGAATGTTTATATAATATTTTACAAAAAGATGTTGTATTATAAGGTCTAATTTCACATGTGTTTCAGTAAAATTTGTTGTGAAATGTTAACGATATACGTATTTTATAAAAAATTTTTTATAATGATTATTCGAATGATGCATAACGCTTACATCTTATCTAATGCTAGCTTTTTGACAAAAATATGACAATCAATTAATGTGATTCTAATAAATATTCGCAAATTGCTTTATTGCGATTAAATTTTTTTGGTGGTACTATATAGAAGTTGATGAAATATTAATGAACTTATATGCAAAAGTATATTGAGAAATAAACAGGTAAAAAGGAGAATTATTTTGCAAAATTTTAAAGAACTAGGGAT AAATTAGTCGAGCGACCTTTTACTTAGAAAATGATTTGAATTAATACTAAAAGATTACAAAGAAGAGGTGGTTTTGTGTGTAAATACAAAA 91 TTerm_0147 MRSA_WT_11 50965 50975 11 50982 50992 11 6 81 0 12 90 9 100 0 0 50978 TAAATACAAAA TTTTCTTTTTA True TTTGTGTGT TGTTAAATC False True + TAAATACAAAA TTGCCT TTTTCTTTTTA TGTTAAATC 32 MRSA_WT_01410 intergenic 50884 51400 + down AAATTAGTCGAGCGACCTTTTACTTAGAAAATGATTTGAATTAATACTAAAAGATTACAAAGAAGAGGTGGTTTTGTGTGTAAATACAAAATTGCCTTTTTCTTTTTATGTTAAATCTATAAATTTGAAACTAAATCAAGGTTAATTCTATGTACACACTTTATATAGGAAGTAGTTTGAATGTTTATATAATATTTTACAAAAAGATGTTGTATTATAAGGTCTAATTTCACATGTGTTTCAGTAAAATTTGTTGTGAAATGTTAACGATATACGTATTTTATAAAAAATTTTTTATAATGATTATTCGAATGATGCATAACGCTTACATCTTATCTAATGCTAGCTTTTTGACAAAAATATGACAATCAATTAATGTGATTCTAATAAATATTCGCAAATTGCTTTATTGCGATTAAATTTTTTTGGTGGTACTATATAGAAGTTGATGAAATATTAATGAACTTATATGCAAAAGTATATTGAGAAATAAACAGGTAAAAAGGAGAATTATTT AGTTGTAAATGCTTTAATTTCATAGAAATTAGTCGAGCGACCTTTTACTTAGAAAATGATTTGAATTAATACTAAAAGATTACAAAGAAGAGGTGGTTTTGTGTGTAAATACAAAATTGCCTTTTTCTTTTTATGTTAAATCTATAAATTTGAAACTAAATCAAGGTTAATTCTATGTACACACTTTATATAGGAAGTAGTTTGAATGTTTATATAATATTTTACAAAAAGATGTTGTATTATAAGGTCTAATTTCACATGTGTTTCAGTAAAATTTGTTGTGAAATGTTAACGATATACGTATTTTATAAAAAATTTTTTATAATGATTATTCGAATGATGCATAACGCTTACATCTTATCTAATGCTAGCTTTTTGACAAAAATATGACAATCAATTAATGTGATTCTAATAAATATTCGCAAATTGCTTTATTGCGATTAAATTTTTTTGGTGGTACTATATAGAAGTTGATGAAATATTAATGAACTTATATGCAAAAGTATATTGAGAAATAAACAGGTAAAAAGGAGAATTATTTTGCAAAATTTTAAAGAACTAGGGAT AAATTAGTCGAGCGACCTTTTACTTAGAAAATGATTTGAATTAATACTAAAAGATTACAAAGAAGAGGTGGTTTTGTGTGTAAATACAAAATTGCCTTTTTCTTTTTA 108 TTerm_0148 MRSA_WT_11 51276 51284 9 51294 51302 9 9 88 0 13 66 33 62 37 0 51288 TATTCGCAA TTGCGATTA True CTAATAAAT AATTTTTTT False True + TATTCGCAA ATTGCTTTA TTGCGATTA AATTTTTTT 50 MRSA_WT_01410 intergenic 50884 51400 + down AAATTAGTCGAGCGACCTTTTACTTAGAAAATGATTTGAATTAATACTAAAAGATTACAAAGAAGAGGTGGTTTTGTGTGTAAATACAAAATTGCCTTTTTCTTTTTATGTTAAATCTATAAATTTGAAACTAAATCAAGGTTAATTCTATGTACACACTTTATATAGGAAGTAGTTTGAATGTTTATATAATATTTTACAAAAAGATGTTGTATTATAAGGTCTAATTTCACATGTGTTTCAGTAAAATTTGTTGTGAAATGTTAACGATATACGTATTTTATAAAAAATTTTTTATAATGATTATTCGAATGATGCATAACGCTTACATCTTATCTAATGCTAGCTTTTTGACAAAAATATGACAATCAATTAATGTGATTCTAATAAATATTCGCAAATTGCTTTATTGCGATTAAATTTTTTTGGTGGTACTATATAGAAGTTGATGAAATATTAATGAACTTATATGCAAAAGTATATTGAGAAATAAACAGGTAAAAAGGAGAATTATTT AGTTGTAAATGCTTTAATTTCATAGAAATTAGTCGAGCGACCTTTTACTTAGAAAATGATTTGAATTAATACTAAAAGATTACAAAGAAGAGGTGGTTTTGTGTGTAAATACAAAATTGCCTTTTTCTTTTTATGTTAAATCTATAAATTTGAAACTAAATCAAGGTTAATTCTATGTACACACTTTATATAGGAAGTAGTTTGAATGTTTATATAATATTTTACAAAAAGATGTTGTATTATAAGGTCTAATTTCACATGTGTTTCAGTAAAATTTGTTGTGAAATGTTAACGATATACGTATTTTATAAAAAATTTTTTATAATGATTATTCGAATGATGCATAACGCTTACATCTTATCTAATGCTAGCTTTTTGACAAAAATATGACAATCAATTAATGTGATTCTAATAAATATTCGCAAATTGCTTTATTGCGATTAAATTTTTTTGGTGGTACTATATAGAAGTTGATGAAATATTAATGAACTTATATGCAAAAGTATATTGAGAAATAAACAGGTAAAAAGGAGAATTATTTTGCAAAATTTTAAAGAACTAGGGAT AAATTAGTCGAGCGACCTTTTACTTAGAAAATGATTTGAATTAATACTAAAAGATTACAAAGAAGAGGTGGTTTTGTGTGTAAATACAAAATTGCCTTTTTCTTTTTATGTTAAATCTATAAATTTGAAACTAAATCAAGGTTAATTCTATGTACACACTTTATATAGGAAGTAGTTTGAATGTTTATATAATATTTTACAAAAAGATGTTGTATTATAAGGTCTAATTTCACATGTGTTTCAGTAAAATTTGTTGTGAAATGTTAACGATATACGTATTTTATAAAAAATTTTTTATAATGATTATTCGAATGATGCATAACGCTTACATCTTATCTAATGCTAGCTTTTTGACAAAAATATGACAATCAATTAATGTGATTCTAATAAATATTCGCAAATTGCTTTATTGCGATTA 418 TTerm_0149 MRSA_WT_11 61383 61388 6 61395 61400 6 6 100 0 12 100 0 100 0 0 61391 ATTATA TATAAT True TGAAATAGA TTTTTATTT False True + ATTATA AATCCG TATAAT TTTTTATTT 24 MRSA_WT_01416 intergenic 61215 61424 + down ATATAGATGAAAGGCATCATGTTGATAAAATTATAACATGGTGTCTTTTTAGCAATTCAAGCACTTTCTGCTTAACTAAATTTTTAGATGTACCTTTAGGAAGAATAAATTAGCATGAAATATTCCATATGCTATAATTATCAACATATAAAAATAAAATGAAATAGATTATAAATCCGTATAATTTTTTATTTGGGGAGAGGGGTACA TGCACTTGATAATATGAAAGATTGAATATAGATGAAAGGCATCATGTTGATAAAATTATAACATGGTGTCTTTTTAGCAATTCAAGCACTTTCTGCTTAACTAAATTTTTAGATGTACCTTTAGGAAGAATAAATTAGCATGAAATATTCCATATGCTATAATTATCAACATATAAAAATAAAATGAAATAGATTATAAATCCGTATAATTTTTTATTTGGGGAGAGGGGTACATGTCAGATTATACTAAGTTGTCTAA ATATAGATGAAAGGCATCATGTTGATAAAATTATAACATGGTGTCTTTTTAGCAATTCAAGCACTTTCTGCTTAACTAAATTTTTAGATGTACCTTTAGGAAGAATAAATTAGCATGAAATATTCCATATGCTATAATTATCAACATATAAAAATAAAATGAAATAGATTATAAATCCGTATAAT 185 TTerm_0150 MRSA_WT_11 65569 65578 10 65584 65593 10 5 90 0 15 90 10 88 11 0 65580 AGTAATTAAA TTTAATAACT True ATCATTAGA TTTGGAATC False True + AGTAATTAAA GGTCA TTTAATAACT TTTGGAATC 30 MRSA_WT_01421 intergenic 65534 65619 + down TATGGTCAGTGCATATAAAATTTGTTATCATTAGAGTAATTAAAGGTCATTTAATAACTTTTGGAATCAATTGGAGGTTCTCATA TGTAACAAATGAATTGTTAAAATAATATGGTCAGTGCATATAAAATTTGTTATCATTAGAGTAATTAAAGGTCATTTAATAACTTTTGGAATCAATTGGAGGTTCTCATATGTTATCTTTTAGTCAAAATAGAAG TATGGTCAGTGCATATAAAATTTGTTATCATTAGAGTAATTAAAGGTCATTTAATAACT 59 TTerm_0151 MRSA_WT_11 66331 66337 7 66346 66352 7 8 100 0 14 57 42 57 42 0 66341 CTTTAGG CCTAAAG True TTTTTAGGC TTTTTTTTA False True + CTTTAGG TATTCCAT CCTAAAG TTTTTTTTA 44 MRSA_WT_01423 intergenic 66148 66497 + down GCGTCTATTATATGTATTTTTCAGAGATAAATAAAATATTGATATAAAAGACAATAACTTTATAATAATTATAACTATTTCTAAATTCTGTGCGAAGAATTTCTTATAAATTAAGATTTTAGCAAATACCAGTTATGATATTCATATTTTTTATTATAAAAGGATGTCTTAAGTTTTTTAGGCTTTAGGTATTCCATCCTAAAGTTTTTTTTAGCTTAAAAGTATCATCTACAGCAAAATTGCAAACGACAAAATTGATAAGTGCAATTAAATAAATGTTAGTAAGTGAATCATAATTATCCTTGCTTAAGCATTTGCTTTGTAAGGGAAGTGAGGAGGCAACTAATCG TGCAGTAGCTCATCAGAAAAATTAGGCGTCTATTATATGTATTTTTCAGAGATAAATAAAATATTGATATAAAAGACAATAACTTTATAATAATTATAACTATTTCTAAATTCTGTGCGAAGAATTTCTTATAAATTAAGATTTTAGCAAATACCAGTTATGATATTCATATTTTTTATTATAAAAGGATGTCTTAAGTTTTTTAGGCTTTAGGTATTCCATCCTAAAGTTTTTTTTAGCTTAAAAGTATCATCTACAGCAAAATTGCAAACGACAAAATTGATAAGTGCAATTAAATAAATGTTAGTAAGTGAATCATAATTATCCTTGCTTAAGCATTTGCTTTGTAAGGGAAGTGAGGAGGCAACTAATCGTGGAAGAATTTAAGCAACATTATAA GCGTCTATTATATGTATTTTTCAGAGATAAATAAAATATTGATATAAAAGACAATAACTTTATAATAATTATAACTATTTCTAAATTCTGTGCGAAGAATTTCTTATAAATTAAGATTTTAGCAAATACCAGTTATGATATTCATATTTTTTATTATAAAAGGATGTCTTAAGTTTTTTAGGCTTTAGGTATTCCATCCTAAAG 204 TTerm_0152 MRSA_WT_12 14383 14395 13 14405 14417 13 9 92 0 21 73 26 75 25 0 14399 AAGAATAATTGCC GGTAATTATTCTT True ATACTTACA TTTTTTAGT False True + AAGAATAATTGCC ACTAGTAAC GGTAATTATTCTT TTTTTTAGT 58 MRSA_WT_01441 intergenic 14390 14467 + down TTGCCACTAGTAACGGTAATTATTCTTTTTTTTAGTATCGAGAATGCGCTTACAATATAGAAAAGGAGATGATTTTA GTTATTTGAATACTTACAAGAATAATTGCCACTAGTAACGGTAATTATTCTTTTTTTTAGTATCGAGAATGCGCTTACAATATAGAAAAGGAGATGATTTTATGAAAATTGTAGCTATTACCTCATG TTGCCACTAGTAACGGTAATTATTCTT 27 TTerm_0153 MRSA_WT_12 17436 17452 17 17461 17477 17 8 94 0 29 61 38 62 37 0 17456 AAATCCACACATTAAGG CCCTAATGTGTGGATTT True AAACATAAA CATTTTTAT True True + AAATCCACACATTAAGG AGCTATAA CCCTAATGTGTGGATTT CATTTTTAT 82 MRSA_WT_01443 intergenic 17371 17483 + down TAGCAATGATAACACCCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTCATTTT TGCTATAGTAAGTCATCCTGGATAATAGCAATGATAACACCCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTCATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAA TAGCAATGATAACACCCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTT 106 TTerm_0154 MRSA_WT_12 22629 22641 13 22647 22659 13 5 92 0 21 34 65 33 66 0 22643 ACCCGAGGCATTC GAACGCCTCGGGT True TCAATTAAA CGTTTTATA False True + ACCCGAGGCATTC AGTTC GAACGCCTCGGGT CGTTTTATA 74 MRSA_WT_01445 intergenic 22534 22801 + down GTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCCGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAATATATTATTTTATGTTCAAATGTTCCTCATCATATACGTTTCAATTGTCATCTCACACATTTTATAAATATGAGCAAATGTACTTATTCTCAAACATTACTGCCGAGCTTTAATTGACGTTATATTAAT ATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCCGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAATATATTATTTTATGTTCAAATGTTCCTCATCATATACGTTTCAATTGTCATCTCACACATTTTATAAATATGAGCAAATGTACTTATTCTCAAACATTACTGCCGAGCTTTAATTGACGTTATATTAATTATAAACTACTTTTCCATGACTCTA GTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCCGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGT 125 TTerm_0155 MRSA_WT_12 54825 54834 10 54843 54852 10 8 90 0 15 55 45 55 44 0 54838 CGAAATCAGT ACTGACTTCG True GCGGTGGGC TTTTACCGC False True + CGAAATCAGT TTGAATTG ACTGACTTCG TTTTACCGC 54 MRSA_WT_01470 intergenic 54793 55184 + down TCATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGGCAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTGCATTGTTTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCATTGTCTGTAGAAATCGGGAATCCAATTTCTCTTTGTTGGGGCCCCGCCAAGGTTTTACTTGAATAATTCTTTTAGAATTCTAAATAATGATCCGATTAATTGAAAGAAGTCTGCAGTCATTGTTAATTCCTCCCTTTACTTTTTAACT TAAATTGAACATTAATGCTTATTAATCATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGGCAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTGCATTGTTTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTTTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCATTGTCTGTAGAAATCGGGAATCCAATTTCTCTTTGTTGGGGCCCCGCCAAGGTTTTACTTGAATAATTCTTTTAGAATTCTAAATAATGATCCGATTAATTGAAAGAAGTCTGCAGTCATTGTTAATTCCTCCCTTTACTTTTTAACTTATGCTTGCTTAGTATCAGTCACCT TCATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCG 59 TTerm_0156 MRSA_WT_12 70368 70377 10 70386 70395 10 8 90 0 15 85 15 88 11 0 70381 ATTTTAATAC GTCTTAAAAT True TAAATTAAA GCACATTTT False True + ATTTTAATAC TGCGGGGT GTCTTAAAAT GCACATTTT 46 MRSA_WT_01485 intergenic 70242 70394 + down TTTTAATAAAATACCTTTCAAAACACGCTTTGAAAATCCGATTTATAAAGGTTTTTCAAGGCTGTTTTTTATGCGCATGCATAACCTGATATGTTTTTAATTATGCGCATGTTATACTAAATTAAATTTTAATACTGCGGGGTGTCTTAAAA TGATGATTTACATCAACATGCTTAGTTTTAATAAAATACCTTTCAAAACACGCTTTGAAAATCCGATTTATAAAGGTTTTTCAAGGCTGTTTTTTATGCGCATGCATAACCTGATATGTTTTTAATTATGCGCATGTTATACTAAATTAAATTTTAATACTGCGGGGTGTCTTAAAATGCACATTTTAGTAACAGGGTTTGC TTTTAATAAAATACCTTTCAAAACACGCTTTGAAAATCCGATTTATAAAGGTTTTTCAAGGCTGTTTTTTATGCGCATGCATAACCTGATATGTTTTTAATTATGCGCATGTTATACTAAATTAAATTTTAATACTGCGGGGTGTCTTAAAAT 153 TTerm_0157 MRSA_WT_12 71092 71097 6 71102 71107 6 4 100 0 12 83 16 83 16 0 71099 ATACTT AAGTAT True ATAGGGTAA GTTTTATTT False True + ATACTT ACGG AAGTAT GTTTTATTT 32 MRSA_WT_01486 intergenic 71032 71135 + down TTATAAGTACACCAATAAAATACATTCCTTAAATGACTAACAACTTTGTTAATAGGGTAATACTTACGGAAGTATGTTTTATTTATGGGGGAGGAATTAATAA CCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTACACCAATAAAATACATTCCTTAAATGACTAACAACTTTGTTAATAGGGTAATACTTACGGAAGTATGTTTTATTTATGGGGGAGGAATTAATAATGACTACAAAAACAGTATTTGATGT TTATAAGTACACCAATAAAATACATTCCTTAAATGACTAACAACTTTGTTAATAGGGTAATACTTACGGAAGTAT 75 TTerm_0158 MRSA_WT_12 71617 71622 6 71628 71633 6 5 100 0 12 66 33 66 33 0 71624 GTTAAC GTTAAC True TATTAACCG AGATTTTTT False True + GTTAAC AACAC GTTAAC AGATTTTTT 40 MRSA_WT_01487 intergenic 71599 71760 + down ATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACAGATTTTTTTATTTTTTAAAAGGCCACTTTTAGTCTGCTTACATACAGATTAAAAGTGACCTATTAATATCATGTATTATACATAGAACTAGGAATAGCCATATCTATAAAAATAATTATAATGGTT TCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACAGATTTTTTTATTTTTTAAAAGGCCACTTTTAGTCTGCTTACATACAGATTAAAAGTGACCTATTAATATCATGTATTATACATAGAACTAGGAATAGCCATATCTATAAAAATAATTATAATGGTTTATGAGTTAAATCTTTTTCTTAAAA ATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAAC 34 TTerm_0159 MRSA_WT_13 4047 4067 21 4074 4094 21 6 80 0 22 66 33 70 29 0 4070 TAGAAACCTCTAGTAGATAAC GTTATCCATTAGGGGTTTTTA True GTATAAGTT TTTTTATGC False True + TAGAAACCTCTAGTAGATAAC AATGTA GTTATCCATTAGGGGTTTTTA TTTTTATGC 60 MRSA_WT_01493 intergenic 4034 4377 + down AATAGTATAAGTTAGAAACCTCTAGTAGATAACAATGTAGTTATCCATTAGGGGTTTTTATTTTTATGCCAATTGGGTTAGCGTAATAGAAGTAAAGGTATTATCGTTGCAATTTTATCAGTGTTAAATGATGGACATATTTATAAAGAAATAGTTTTGCGAATTGATTATCTAAAACAGTATTCAGAATTTATTTGGTAGAAAATAGAATTCTTAACTTAACGAGATAAGTTAATGACATGTTGTTTAGTTTCGTGAAGTAAAAATATTGAATTGATAGCAATTATATAATAATATTATATGAAATAGATAAAAATAATATAGATTAAAGGAGGAATGCCTA AAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATAGTATAAGTTAGAAACCTCTAGTAGATAACAATGTAGTTATCCATTAGGGGTTTTTATTTTTATGCCAATTGGGTTAGCGTAATAGAAGTAAAGGTATTATCGTTGCAATTTTATCAGTGTTAAATGATGGACATATTTATAAAGAAATAGTTTTGCGAATTGATTATCTAAAACAGTATTCAGAATTTATTTGGTAGAAAATAGAATTCTTAACTTAACGAGATAAGTTAATGACATGTTGTTTAGTTTCGTGAAGTAAAAATATTGAATTGATAGCAATTATATAATAATATTATATGAAATAGATAAAAATAATATAGATTAAAGGAGGAATGCCTATGACAAAAATTTTTAAAATATCATT AATAGTATAAGTTAGAAACCTCTAGTAGATAACAATGTAGTTATCCATTAGGGGTTTTTA 60 TTerm_0160 MRSA_WT_13 13083 13089 7 13097 13103 7 7 100 0 14 100 0 100 0 0 13092 TTTTATT AATAAAA True TTGTGCTTT TTTTAATCT False True + TTTTATT GTTGGAA AATAAAA TTTTAATCT 28 MRSA_WT_01502 intergenic 12995 13332 + down TTATTACGTTAGATTAAGATAATAATATGCACAGATATTTTTACAATGAGAAGGCCTTCAGCTGCCTCAATAAAAATATTTGTGCTTTTTTATTGTTGGAAAATAAAATTTTAATCTCTATTGTTAATTTCTATAATGCAAAACAAGATTGAGTTGCAATAAAAGTGATTTTCTAACTTTTTGTTTAATAAAATTCTAGGAATAATACATATTTATTGATACAATAATTTTGAATATAATCACAAAACAATATTTAAGTATTATTGAATGTTTGAATATCATATATTGATACAGTTTCTAATAATTTTAAAATAATTTAAATGGGAAGAGGTGTAAA GATTTTACAAGATACAACAGGTTAGTTATTACGTTAGATTAAGATAATAATATGCACAGATATTTTTACAATGAGAAGGCCTTCAGCTGCCTCAATAAAAATATTTGTGCTTTTTTATTGTTGGAAAATAAAATTTTAATCTCTATTGTTAATTTCTATAATGCAAAACAAGATTGAGTTGCAATAAAAGTGATTTTCTAACTTTTTGTTTAATAAAATTCTAGGAATAATACATATTTATTGATACAATAATTTTGAATATAATCACAAAACAATATTTAAGTATTATTGAATGTTTGAATATCATATATTGATACAGTTTCTAATAATTTTAAAATAATTTAAATGGGAAGAGGTGTAAATGATGAGTACAGTTCAAAGTGATAT TTATTACGTTAGATTAAGATAATAATATGCACAGATATTTTTACAATGAGAAGGCCTTCAGCTGCCTCAATAAAAATATTTGTGCTTTTTTATTGTTGGAAAATAAAA 108 TTerm_0161 MRSA_WT_13 13188 13200 13 13208 13220 13 7 76 0 11 80 19 100 0 0 13203 ATTCTAGGAATAA TTATTGATACAAT True TTAATAAAA AATTTTGAA True True + ATTCTAGGAATAA TACATAT TTATTGATACAAT AATTTTGAA 30 MRSA_WT_01502 intergenic 12995 13332 + down TTATTACGTTAGATTAAGATAATAATATGCACAGATATTTTTACAATGAGAAGGCCTTCAGCTGCCTCAATAAAAATATTTGTGCTTTTTTATTGTTGGAAAATAAAATTTTAATCTCTATTGTTAATTTCTATAATGCAAAACAAGATTGAGTTGCAATAAAAGTGATTTTCTAACTTTTTGTTTAATAAAATTCTAGGAATAATACATATTTATTGATACAATAATTTTGAATATAATCACAAAACAATATTTAAGTATTATTGAATGTTTGAATATCATATATTGATACAGTTTCTAATAATTTTAAAATAATTTAAATGGGAAGAGGTGTAAA GATTTTACAAGATACAACAGGTTAGTTATTACGTTAGATTAAGATAATAATATGCACAGATATTTTTACAATGAGAAGGCCTTCAGCTGCCTCAATAAAAATATTTGTGCTTTTTTATTGTTGGAAAATAAAATTTTAATCTCTATTGTTAATTTCTATAATGCAAAACAAGATTGAGTTGCAATAAAAGTGATTTTCTAACTTTTTGTTTAATAAAATTCTAGGAATAATACATATTTATTGATACAATAATTTTGAATATAATCACAAAACAATATTTAAGTATTATTGAATGTTTGAATATCATATATTGATACAGTTTCTAATAATTTTAAAATAATTTAAATGGGAAGAGGTGTAAATGATGAGTACAGTTCAAAGTGATAT TTATTACGTTAGATTAAGATAATAATATGCACAGATATTTTTACAATGAGAAGGCCTTCAGCTGCCTCAATAAAAATATTTGTGCTTTTTTATTGTTGGAAAATAAAATTTTAATCTCTATTGTTAATTTCTATAATGCAAAACAAGATTGAGTTGCAATAAAAGTGATTTTCTAACTTTTTGTTTAATAAAATTCTAGGAATAATACATATTTATTGATACAAT 225 TTerm_0162 MRSA_WT_13 14457 14473 17 14481 14498 18 7 83 5 14 65 34 60 40 0 14476 AACTTCCGAAATGTAGA TCTACAATAACGGAAGTT True CACATACCA TTTCTTTTA False True + AACTTCCGAAATGTAGA TGAATTC TCTACAATAACGGAAGTT TTTCTTTTA 44 MRSA_WT_01505 intergenic 14277 14612 + down AGAAATACTTTTTCTTTATTGGGGTGGGACGACGAAATAAATTTTGTAAAAATATGATTTCTGTCTCACCGCCAAAATGTTATATCCAAGTACTGAGGTTGGATGATACCATTAAATGTCATTCATAATCATTTGAACTAACCGTAGCATCTTTAAATTTAATAAAAAAGACACATACCAACTTCCGAAATGTAGATGAATTCTCTACAATAACGGAAGTTTTTCTTTTAATATTGAAATTTCTCAAGGATAGGTCTATACTTTATAAATCGTAATTATTACGATTTATAGTCAGGAACAATAACTTGAAATAGATCATTGAGGGAGTGTTAATA ACGTGGAAAAGTTACACAACAATAAAGAAATACTTTTTCTTTATTGGGGTGGGACGACGAAATAAATTTTGTAAAAATATGATTTCTGTCTCACCGCCAAAATGTTATATCCAAGTACTGAGGTTGGATGATACCATTAAATGTCATTCATAATCATTTGAACTAACCGTAGCATCTTTAAATTTAATAAAAAAGACACATACCAACTTCCGAAATGTAGATGAATTCTCTACAATAACGGAAGTTTTTCTTTTAATATTGAAATTTCTCAAGGATAGGTCTATACTTTATAAATCGTAATTATTACGATTTATAGTCAGGAACAATAACTTGAAATAGATCATTGAGGGAGTGTTAATATGCAACATCATAAAGTGGCTATTAT AGAAATACTTTTTCTTTATTGGGGTGGGACGACGAAATAAATTTTGTAAAAATATGATTTCTGTCTCACCGCCAAAATGTTATATCCAAGTACTGAGGTTGGATGATACCATTAAATGTCATTCATAATCATTTGAACTAACCGTAGCATCTTTAAATTTAATAAAAAAGACACATACCAACTTCCGAAATGTAGATGAATTCTCTACAATAACGGAAGTT 221 TTerm_0163 MRSA_WT_13 18192 18201 10 18207 18216 10 5 90 0 15 95 5 100 0 0 18203 AAAGATAATA TATTATTTTT True ATAAGGTCA AAAGCTACA False True + AAAGATAATA ATTGA TATTATTTTT AAAGCTACA 30 MRSA_WT_01508 intergenic 18042 18263 + down TGTTTTCAGTGGGAAAGAATGAACAGTATATAGATAATAAATGCCCCACTTGTTATATAAATTGTAGTGAGAGGGGCATTTATAAATTATTTTATTAGGTATATTTCTTTATTGTTAAATACAGATCTATTAATAGTATCCATAAGGTCAAAGATAATAATTGATATTATTTTTAAAGCTACAAATAAATATAAGATAAATTCAGGTACTATCTATTTAAT AGACTATCAATGTTTGGAACAGTAGTGTTTTCAGTGGGAAAGAATGAACAGTATATAGATAATAAATGCCCCACTTGTTATATAAATTGTAGTGAGAGGGGCATTTATAAATTATTTTATTAGGTATATTTCTTTATTGTTAAATACAGATCTATTAATAGTATCCATAAGGTCAAAGATAATAATTGATATTATTTTTAAAGCTACAAATAAATATAAGATAAATTCAGGTACTATCTATTTAATCAATAAATTGTGTTGTCAGAGTTAT TGTTTTCAGTGGGAAAGAATGAACAGTATATAGATAATAAATGCCCCACTTGTTATATAAATTGTAGTGAGAGGGGCATTTATAAATTATTTTATTAGGTATATTTCTTTATTGTTAAATACAGATCTATTAATAGTATCCATAAGGTCAAAGATAATAATTGATATTATTTTT 174 TTerm_0164 MRSA_WT_13 18184 18193 10 18203 18212 10 9 80 0 10 80 20 87 12 0 18197 ATAAGGTCAA TTGATATTAT True TAGTATCCA TTTTAAAGC False True + ATAAGGTCAA AGATAATAA TTGATATTAT TTTTAAAGC 28 MRSA_WT_01508 intergenic 18042 18263 + down TGTTTTCAGTGGGAAAGAATGAACAGTATATAGATAATAAATGCCCCACTTGTTATATAAATTGTAGTGAGAGGGGCATTTATAAATTATTTTATTAGGTATATTTCTTTATTGTTAAATACAGATCTATTAATAGTATCCATAAGGTCAAAGATAATAATTGATATTATTTTTAAAGCTACAAATAAATATAAGATAAATTCAGGTACTATCTATTTAAT AGACTATCAATGTTTGGAACAGTAGTGTTTTCAGTGGGAAAGAATGAACAGTATATAGATAATAAATGCCCCACTTGTTATATAAATTGTAGTGAGAGGGGCATTTATAAATTATTTTATTAGGTATATTTCTTTATTGTTAAATACAGATCTATTAATAGTATCCATAAGGTCAAAGATAATAATTGATATTATTTTTAAAGCTACAAATAAATATAAGATAAATTCAGGTACTATCTATTTAATCAATAAATTGTGTTGTCAGAGTTAT TGTTTTCAGTGGGAAAGAATGAACAGTATATAGATAATAAATGCCCCACTTGTTATATAAATTGTAGTGAGAGGGGCATTTATAAATTATTTTATTAGGTATATTTCTTTATTGTTAAATACAGATCTATTAATAGTATCCATAAGGTCAAAGATAATAATTGATATTAT 170 TTerm_0165 MRSA_WT_13 29234 29255 22 29263 29284 22 7 72 0 14 72 27 68 31 0 29258 ATTAAATATATAGCTCTTCCCA TGGGGAGAGTTTTTTTATTAAT True GTTTAAACA CAAAAATAC False True + ATTAAATATATAGCTCTTCCCA TAGAAAT TGGGGAGAGTTTTTTTATTAAT CAAAAATAC 60 MRSA_WT_01521 intergenic 29200 29476 + down TTCCTTCACAATAAATAAAAGTAATGTTTAAACATTAAATATATAGCTCTTCCCATAGAAATTGGGGAGAGTTTTTTTATTAATCAAAAATACATTTCTTAAAAAGTGGATATTGAAGTTAGGGAAATTTATTGGACTTTATTGTATTACTGCTAAAATACTTGTCTTTATTAAGTGCCAAGTGGAATGAAACTTCATTTGAGGCTGTACTGAGTACACTAGATACAAACTAAACGCACATTTTATGATTAAATTAAATGAAACTGGAGATAAAAA AGGTTTAGGTGCTTGGGGATTCTAATTCCTTCACAATAAATAAAAGTAATGTTTAAACATTAAATATATAGCTCTTCCCATAGAAATTGGGGAGAGTTTTTTTATTAATCAAAAATACATTTCTTAAAAAGTGGATATTGAAGTTAGGGAAATTTATTGGACTTTATTGTATTACTGCTAAAATACTTGTCTTTATTAAGTGCCAAGTGGAATGAAACTTCATTTGAGGCTGTACTGAGTACACTAGATACAAACTAAACGCACATTTTATGATTAAATTAAATGAAACTGGAGATAAAAATGACTATAAACATAATTGAATATAA TTCCTTCACAATAAATAAAAGTAATGTTTAAACATTAAATATATAGCTCTTCCCATAGAAATTGGGGAGAGTTTTTTTATTAAT 84 TTerm_0166 MRSA_WT_13 33423 33450 28 33457 33483 27 6 78 3 19 70 29 72 27 0 33453 ATGTAAATCAAATGACGTCAATATTCTC GAGAGTATTGGCGTTTTTGTTTTATAT True TTAATCAAA AAATATAAA False True + ATGTAAATCAAATGACGTCAATATTCTC TAACAT GAGAGTATTGGCGTTTTTGTTTTATAT AAATATAAA 62 MRSA_WT_01524 intergenic 33418 33584 + down TCAAATGTAAATCAAATGACGTCAATATTCTCTAACATGAGAGTATTGGCGTTTTTGTTTTATATAAATATAAATGAGAGCGGTTTATTCACTAATCTTTAGGGAACTAAGTAATAAAATGATAATTTATACTATGTCAGTATGATTGAGAGTGATTCAATTTAGA AGGTTCATATAATTTCATTCATTAATCAAATGTAAATCAAATGACGTCAATATTCTCTAACATGAGAGTATTGGCGTTTTTGTTTTATATAAATATAAATGAGAGCGGTTTATTCACTAATCTTTAGGGAACTAAGTAATAAAATGATAATTTATACTATGTCAGTATGATTGAGAGTGATTCAATTTAGATGAAAACCATGAAAAAATATATCAA TCAAATGTAAATCAAATGACGTCAATATTCTCTAACATGAGAGTATTGGCGTTTTTGTTTTATAT 65 TTerm_0167 MRSA_WT_13 47716 47735 20 47741 47760 20 5 75 0 15 62 37 60 40 0 47737 ATAATGAACAAGGGCCATCC GGTTGGCTCTTTTTATTTAT True AATGCTTCA AACTTTAAA False True + ATAATGAACAAGGGCCATCC ATTGC GGTTGGCTCTTTTTATTTAT AACTTTAAA 62 MRSA_WT_01536 intergenic 47709 48065 + down TGCTTCATAATGAACAAGGGCCATCCATTGCGGTTGGCTCTTTTTATTTATAACTTTAAAAATTAAGTAATAGCAACCATATTTTTAGAAAAGGATGATAGGTATAAGAATATGAGATACGTTATTTCAATAATCATGGCAATTGTATTAGCAATTTGGTCATTGAAACAACTGAGTCAAAGTCATTTAGATAGCGGATTTATTTTTTTCTTCATAGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTATTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATGCATTAATGTGTAAACTATCGTTTTTATTATGAATGCTGGTGACGCTTATGAGCCTCTCATCTAC AAAGGTTGTTTCAGAAATGTTCTAATGCTTCATAATGAACAAGGGCCATCCATTGCGGTTGGCTCTTTTTATTTATAACTTTAAAAATTAAGTAATAGCAACCATATTTTTAGAAAAGGATGATAGGTATAAGAATATGAGATACGTTATTTCAATAATCATGGCAATTGTATTAGCAATTTGGTCATTGAAACAACTGAGTCAAAGTCATTTAGATAGCGGATTTATTTTTTTCTTCATAGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTATTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATGCATTAATGTGTAAACTATCGTTTTTATTATGAATGCTGGTGACGCTTATGAGCCTCTCATCTACTATTTAATCTTAATATTTATTATCT TGCTTCATAATGAACAAGGGCCATCCATTGCGGTTGGCTCTTTTTATTTAT 51 TTerm_0168 MRSA_WT_13 51263 51279 17 51287 51303 17 7 82 0 19 55 44 57 42 0 51282 CCTCCGCTTTAAATGTC GATATTTGAAGTGGAGG True TGTACATGC TTTTTTGCA False True + CCTCCGCTTTAAATGTC TATCAAT GATATTTGAAGTGGAGG TTTTTTGCA 46 MRSA_WT_01538 intergenic 51247 51463 + down AATAACATGTACATGCCTCCGCTTTAAATGTCTATCAATGATATTTGAAGTGGAGGTTTTTTGCATGTAAGAGATTATATAAAACATTTTTGTAATGTCACAAATTTTATATGAAAAATGAAAATTATTTAAATAAAGTATTGCGAGCTACAATTTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTGATAATGATTATTATTTCTAATAGGAGAGCGAAATAGTA AAAAAACTTAAGAAATAAATCATAAAATAACATGTACATGCCTCCGCTTTAAATGTCTATCAATGATATTTGAAGTGGAGGTTTTTTGCATGTAAGAGATTATATAAAACATTTTTGTAATGTCACAAATTTTATATGAAAAATGAAAATTATTTAAATAAAGTATTGCGAGCTACAATTTTAAGGGTTATGATTTTTAAGTGATAATGATTATTATTTCTAATAGGAGAGCGAAATAGTATGTTAAACATTAAAAATGGTGAAAT AATAACATGTACATGCCTCCGCTTTAAATGTCTATCAATGATATTTGAAGTGGAGG 56 TTerm_0169 MRSA_WT_13 57035 57056 22 57062 57083 22 5 90 0 34 61 38 65 35 0 57058 AAAACAGCAGTAAGACGATTTC GAAGTGGTCTTACTGCTGTTTT True ATAAATAGA TAGGTTATA True True + AAAACAGCAGTAAGACGATTTC AATTA GAAGTGGTCTTACTGCTGTTTT TAGGTTATA 92 MRSA_WT_01543 intergenic 56947 57118 + down CGTATAAAGGATCCAGGCATTAGGAAAACTTTAATAATATGTCAAATAGGCATAATGAATTCATTCAAGACGAAGCATTATAAATAGAAAACAGCAGTAAGACGATTTCAATTAGAAGTGGTCTTACTGCTGTTTTTAGGTTATATTTAAATGTCTTTCAAATACACAGAT ACCAAAACATAGCACGAAGCCGTAACGTATAAAGGATCCAGGCATTAGGAAAACTTTAATAATATGTCAAATAGGCATAATGAATTCATTCAAGACGAAGCATTATAAATAGAAAACAGCAGTAAGACGATTTCAATTAGAAGTGGTCTTACTGCTGTTTTTAGGTTATATTTAAATGTCTTTCAAATACACAGATTACTCTGGTCTGTGATATTCGCGAA CGTATAAAGGATCCAGGCATTAGGAAAACTTTAATAATATGTCAAATAGGCATAATGAATTCATTCAAGACGAAGCATTATAAATAGAAAACAGCAGTAAGACGATTTCAATTAGAAGTGGTCTTACTGCTGTTTT 136 TTerm_0170 MRSA_WT_13 65150 65168 19 65174 65192 19 5 84 0 23 71 28 75 25 0 65170 AAAACGGTAATTTCTATTT AAATGGGAATTGCCGTTTT True GAACTATAA GTTTATTTA True True + AAAACGGTAATTTCTATTT CAACA AAATGGGAATTGCCGTTTT GTTTATTTA 62 MRSA_WT_01551 intergenic 65113 65381 + down CTGATTTAAAGGTTATCACAATTGAATTGAACTATAAAAACGGTAATTTCTATTTCAACAAAATGGGAATTGCCGTTTTGTTTATTTATCACAAATGATCGTACTGAATTGATGATAAAATTGTGAAAAAGTTGTTGAAAACGCTTTTACAAATATGTATAATAGCTATGAATTAGATATCACTTGCGTGTTACTGGTAATGCAGGCATGAGCAAACAACCGCACTATGAGAATAGTCTTGTTTGTTCATGCCTGCTTTTTTTGTACA AGTGGCAGCAAAACGTTTCTTATAACTGATTTAAAGGTTATCACAATTGAATTGAACTATAAAAACGGTAATTTCTATTTCAACAAAATGGGAATTGCCGTTTTGTTTATTTATCACAAATGATCGTACTGAATTGATGATAAAATTGTGAAAAAGTTGTTGAAAACGCTTTTACAAATATGTATAATAGCTATGAATTAGATATCACTTGCGTGTTACTGGTAATGCAGGCATGAGCAAACAACCGCACTATGAGAATAGTCTTGTTTGTTCATGCCTGCTTTTTTTGTACATGGAAGCGGAAATTGAGATAGGGGA CTGATTTAAAGGTTATCACAATTGAATTGAACTATAAAAACGGTAATTTCTATTTCAACAAAATGGGAATTGCCGTTTT 79 TTerm_0171 MRSA_WT_14 12210 12224 15 12232 12246 15 7 80 0 15 90 10 100 0 0 12227 TATCAAACGAATATA TATATTTTTTTAATA True AGTAATGAT AATCAAGTA False True + TATCAAACGAATATA GTAGATG TATATTTTTTTAATA AATCAAGTA 30 MRSA_WT_01566 intergenic 12046 12375 + down ATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATTGAAATGCTCCTTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAGCTTTGAAGGGAGCTTTATTTATGTGAAAATGACTTCAGTTATACTATAGAGTATTTGAAATACATATTTTAGATTAGTAATGATATCAAACGAATATAGTAGATGTATATTTTTTTAATAAATCAAGTATTAATTAGTCACGGAAGGTAGATAAATAAATTTGAATCATTCTGAATAATGACGAATGTATTAAAAAATGCAGTGACAATCTAACATTAATTGTTAAAATCACTGCAAGCATCTTGATTT GCATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATTGAAATGCTCCTTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAGCTTTGAAGGGAGCTTTATTTATGTGAAAATGACTTCAGTTATACTATAGAGTATTTGAAATACATATTTTAGATTAGTAATGATATCAAACGAATATAGTAGATGTATATTTTTTTAATAAATCAAGTATTAATTAGTCACGGAAGGTAGATAAATAAATTTGAATCATTCTGAATAATGACGAATGTATTAAAAAATGCAGTGACAATCTAACATTAATTGTTAAAATCACTGCAAGCATCTTGATTTTATTTAGCTGTTTGTGTCCAGTCAT ATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATTGAAATGCTCCTTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAGCTTTGAAGGGAGCTTTATTTATGTGAAAATGACTTCAGTTATACTATAGAGTATTTGAAATACATATTTTAGATTAGTAATGATATCAAACGAATATAGTAGATGTATATTTTTTTAATA 200 TTerm_0172 MRSA_WT_14 17096 17104 9 17112 17120 9 7 88 0 13 77 22 75 25 0 17107 CAGTATATA TATAAACTG True ACAATGTAC AATGTTTTC False True + CAGTATATA CGAATGC TATAAACTG AATGTTTTC 26 MRSA_WT_01571 intergenic 17046 17203 + down AATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAGTTTTTAAAGGGGCTATTTAAAG AGGTGTTAAAAAATCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAGTTTTTAAAGGGGCTATTTAAAGTGAAAATATTTGATTACGAAGATAT AATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTG 74 TTerm_0173 MRSA_WT_14 17112 17133 22 17138 17159 22 4 81 0 24 75 25 77 22 0 17135 TATAAACTGAATGTTTTCTCAT ATAAGGAAACATTCGGTTTTTA True ACGAATGCT ATTTGCATT False True + TATAAACTGAATGTTTTCTCAT ATTA ATAAGGAAACATTCGGTTTTTA ATTTGCATT 64 MRSA_WT_01571 intergenic 17046 17203 + down AATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAGTTTTTAAAGGGGCTATTTAAAG AGGTGTTAAAAAATCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAGTTTTTAAAGGGGCTATTTAAAGTGAAAATATTTGATTACGAAGATAT AATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTA 113 TTerm_0174 MRSA_WT_14 19362 19374 13 19379 19391 13 4 84 0 16 38 61 36 63 0 19376 CTCGCTCCTGTAA TTACGGGGGCGAG True AATAATGGC TTTTAATTT False True + CTCGCTCCTGTAA ATTA TTACGGGGGCGAG TTTTAATTT 56 MRSA_WT_01574 intergenic 19374 19597 + down ATTATTACGGGGGCGAGTTTTAATTTGTGTAACATTTTGCAGAAATCTGTAATTCAAAATTTATATTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATAT AAATAATAATGGCTCGCTCCTGTAAATTATTACGGGGGCGAGTTTTAATTTGTGTAACATTTTGCAGAAATCTGTAATTCAAAATTTATATTAAAGAATGAGATTATCTAACAATTCGCAATTTCTGTTTGAACTGAATTTAGATTAGAATAAATAAAACCTCTTGAAAACGTAACTTTTTCAAGAGGTCCAAAATTTATAAAAATGAGGGCTTAACAATTACGATAATATATAACGGTTTAAAATATTACATTTCGCGGTACAAACCAATTA ATTATTACGGGGGCGAG 17 TTerm_0175 MRSA_WT_14 20621 20626 6 20632 20637 6 5 100 0 12 83 16 83 16 0 20628 CTATTT AAATAG True TATTTTGCC CGTTTTTTA False True + CTATTT TTGCG AAATAG CGTTTTTTA 32 MRSA_WT_01576 intergenic 20596 20732 + down TACATTGTCACAACGTTATTTTGCCTATTTTTGCGAAATAGCGTTTTTTATTACTTTTTTGCTGATCTTAAATTTGTTATATTTTGTTAAAGTATTATAATGATTGAATAAACAAATTGAAGGTAGGTTTTTTAAT GAAAGTGTTCGCTTTAATAAATTGATACATTGTCACAACGTTATTTTGCCTATTTTTGCGAAATAGCGTTTTTTATTACTTTTTTGCTGATCTTAAATTTGTTATATTTTGTTAAAGTATTATAATGATTGAATAAACAAATTGAAGGTAGGTTTTTTAATTGAGTAATTCTGATTTGAATATCGA TACATTGTCACAACGTTATTTTGCCTATTTTTGCGAAATAG 41 TTerm_0176 MRSA_WT_14 20608 20620 13 20629 20641 13 8 84 0 16 61 38 63 36 0 20624 AACGTTATTTTGC GCGAAATAGCGTT True ATTGTCACA TTTTATTAC False True + AACGTTATTTTGC CTATTTTT GCGAAATAGCGTT TTTTATTAC 56 MRSA_WT_01576 intergenic 20596 20732 + down TACATTGTCACAACGTTATTTTGCCTATTTTTGCGAAATAGCGTTTTTTATTACTTTTTTGCTGATCTTAAATTTGTTATATTTTGTTAAAGTATTATAATGATTGAATAAACAAATTGAAGGTAGGTTTTTTAAT GAAAGTGTTCGCTTTAATAAATTGATACATTGTCACAACGTTATTTTGCCTATTTTTGCGAAATAGCGTTTTTTATTACTTTTTTGCTGATCTTAAATTTGTTATATTTTGTTAAAGTATTATAATGATTGAATAAACAAATTGAAGGTAGGTTTTTTAATTGAGTAATTCTGATTTGAATATCGA TACATTGTCACAACGTTATTTTGCCTATTTTTGCGAAATAGCGTT 45 TTerm_0177 MRSA_WT_14 23107 23119 13 23125 23137 13 5 84 0 16 61 38 63 36 0 23121 AGAAGTCTAGGAT ATCTTAGGCTTCT True GTATGTTTA TTTAAAGTG False True + AGAAGTCTAGGAT GCATA ATCTTAGGCTTCT TTTAAAGTG 40 MRSA_WT_01578 intergenic 23080 23313 + down GAATAATTTATAAAGCGAGTATGTTTAGAAGTCTAGGATGCATAATCTTAGGCTTCTTTTAAAGTGTTGAAATTTAGAGTATAGCACTTAAACTACATCATAAGTGATAAGTTATGAAAGTATACTATTTCAGATTAATCTTTAAAAGCTCTGTTATAACAGCATGATTTTTGATATTATTTTTAGTATCGATATTAAAATACTTGAATAAACTAGTTCTTGAAATAATGTGA CTTAAACCAAGTTATGAGCTTATAAGAATAATTTATAAAGCGAGTATGTTTAGAAGTCTAGGATGCATAATCTTAGGCTTCTTTTAAAGTGTTGAAATTTAGAGTATAGCACTTAAACTACATCATAAGTGATAAGTTATGAAAGTATACTATTTCAGATTAATCTTTAAAAGCTCTGTTATAACAGCATGATTTTTGATATTATTTTTAGTATCGATATTAAAATACTTGAATAAACTAGTTCTTGAAATAATGTGATGAATTTAGTAAAATTCAGTAGGAT GAATAATTTATAAAGCGAGTATGTTTAGAAGTCTAGGATGCATAATCTTAGGCTTCT 57 TTerm_0178 MRSA_WT_14 23614 23628 15 23633 23646 14 4 86 6 13 55 44 53 46 0 23630 AGAGGCTATTTTCCA TGGAAATGGCCTCT True CAATTGATA TTTTATAAT False True + AGAGGCTATTTTCCA GATA TGGAAATGGCCTCT TTTTATAAT 42 MRSA_WT_01579 intergenic 23600 23779 + down ATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGGAAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGAATAGACTGAGAAATGCTATAATTCATTTTGTATGATTTACAGAGAGTTTATTTAACGAGAAGGTGTCTGCG AAATATGAAGAGTGCGAAAAAGTAAATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGGAAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTAAAATTAAAGTTAACAAAATGACGAATAGACTGAGAAATGCTATAATTCATTTTGTATGATTTACAGAGAGTTTATTTAACGAGAAGGTGTCTGCGTGCTCTATTTAATATTTTCAATCAT ATTCGCAATTGATAGAGGCTATTTTCCAGATATGGAAATGGCCTCT 46 TTerm_0179 MRSA_WT_14 50226 50247 22 50257 50278 22 9 90 0 34 70 29 70 30 0 50251 TAAAAAACGGTACAGATAAGAA TTCCTATCTGTACCGTATTTTA True ATGATTTAT ATATTGAAA True True + TAAAAAACGGTACAGATAAGAA TATTTAAGT TTCCTATCTGTACCGTATTTTA ATATTGAAA 84 MRSA_WT_01596 intergenic 50148 50351 + down TTAAAATCCAAGTGCTAAGAGGTATACAGTTATGCCTGAAGCGCTTGGATTTTTTGGTTTCTATAAAGAATGATTTATAAAAAACGGTACAGATAAGAATATTTAAGTTTCCTATCTGTACCGTATTTTAATATTGAAATGAGCTTAAGTTAAGTCGCCTAACTTTTATTATCAGTCCAATCAGTTTCATCAAGTATAAATGT AATGCGTGTAATACGTCACAAATAATTAAAATCCAAGTGCTAAGAGGTATACAGTTATGCCTGAAGCGCTTGGATTTTTTGGTTTCTATAAAGAATGATTTATAAAAAACGGTACAGATAAGAATATTTAAGTTTCCTATCTGTACCGTATTTTAATATTGAAATGAGCTTAAGTTAAGTCGCCTAACTTTTATTATCAGTCCAATCAGTTTCATCAAGTATAAATGTTATTGCTTATTTTTGTATTCTTGGC TTAAAATCCAAGTGCTAAGAGGTATACAGTTATGCCTGAAGCGCTTGGATTTTTTGGTTTCTATAAAGAATGATTTATAAAAAACGGTACAGATAAGAATATTTAAGTTTCCTATCTGTACCGTATTTTA 130 TTerm_0180 MRSA_WT_14 51977 52003 27 52011 52037 27 7 85 0 34 66 33 69 30 0 52006 TTAAAAATAAACAAGGCGATTTCTATC GATAGAAGTCGCCTTGTTCGTTTTCAA True GATGAAGAT AGAATTATT True True + TTAAAAATAAACAAGGCGATTTCTATC ATACTCA GATAGAAGTCGCCTTGTTCGTTTTCAA AGAATTATT 84 MRSA_WT_01598 intergenic 51980 52068 + down AAATAAACAAGGCGATTTCTATCATACTCAGATAGAAGTCGCCTTGTTCGTTTTCAAAGAATTATTTGGCATGCATCTTATGAAGAAC TAAAGACTTTTTAGATGAAGATTAAAAATAAACAAGGCGATTTCTATCATACTCAGATAGAAGTCGCCTTGTTCGTTTTCAAAGAATTATTTGGCATGCATCTTATGAAGAACTATTGATCTGACTTTCTTACGCCAG AAATAAACAAGGCGATTTCTATCATACTCAGATAGAAGTCGCCTTGTTCGTTTTCAA 57 TTerm_0181 MRSA_WT_14 56520 56533 14 56543 56556 14 9 85 0 18 35 64 33 66 0 56537 GCGTCAGCGTCCTT AAGGATGCTGGCGC True GGTACCACG TTTTTTGAA False True + GCGTCAGCGTCCTT TATATTGAT AAGGATGCTGGCGC TTTTTTGAA 52 MRSA_WT_01602 intergenic 56087 56579 + down ACAATTAGTGTTGACAAATGTGAACGACCTATGTAATATAATGAACTATAAAAATAATTAGAATTTTCTAAAGAAATAGTAGCAGATATGAAACGTAGCAAATAGAAAGCTAATGGGTGATGGGAATTAGCACGCCATATCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGAAATTGGGTTTTGTCTGCAACAGAAAAATTATATATAGTAAAGAGTGAACTATGAATATTTCGAATATTCGGTTAATTTAGGTGGTACCACGCGTCAGCGTCCTTTATATTGATAAGGATGCTGGCGCTTTTTTGAAAGGAGCGTATAGAA ATATTGCTTATCACCAATTGAGTAAACAATTAGTGTTGACAAATGTGAACGACCTATGTAATATAATGAACTATAAAAATAATTAGAATTTTCTAAAGAAATAGTAGCAGATATGAAACGTAGCAAATAGAAAGCTAATGGGTGATGGGAATTAGCACGCCATATCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGAAATTGGGTTTTGTCTGCAACAGAAAAATTATATATAGTAAAGAGTGAACTATGAATATTTCGAATATTCGGTTAATTTAGGTGGTACCACGCGTCAGCGTCCTTTATATTGATAAGGATGCTGGCGCTTTTTTGAAAGGAGCGTATAGAATGGATATATTTTATAAAAAAATAAA ACAATTAGTGTTGACAAATGTGAACGACCTATGTAATATAATGAACTATAAAAATAATTAGAATTTTCTAAAGAAATAGTAGCAGATATGAAACGTAGCAAATAGAAAGCTAATGGGTGATGGGAATTAGCACGCCATATCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGAAATTGGGTTTTGTCTGCAACAGAAAAATTATATATAGTAAAGAGTGAACTATGAATATTTCGAATATTCGGTTAATTTAGGTGGTACCACGCGTCAGCGTCCTTTATATTGATAAGGATGCTGGCGC 469 TTerm_0182 MRSA_WT_14 65773 65783 11 65793 65803 11 9 81 0 12 54 45 55 44 0 65787 AGGGCTTATAG CTATAGGCTCT True ATGATGTTA TTTTTATAT False True + AGGGCTTATAG TTATTGATG CTATAGGCTCT TTTTTATAT 40 MRSA_WT_01611 intergenic 65758 66021 + down ATGTAAATGATGTTAGGGCTTATAGTTATTGATGCTATAGGCTCTTTTTTATATGTTTTTTAGCGAAATTTTAATTATTTCACACTAAGAAAAACTAGTATGTATTTGTCAATCTAATGTTTTTCATTATAATGCTGTTTTATTGATTTAATTTTATGATTAAAATATTATGCAAAACATAAAATATATAGCGTCATATTTGAGTTTTAATGATAATATTTTTATAATATATAATATAAAATAATGGTTATCTGAGTATGAAA ATTACGTAAAAAATTAAAGAAATAGATGTAAATGATGTTAGGGCTTATAGTTATTGATGCTATAGGCTCTTTTTTATATGTTTTTTAGCGAAATTTTAATTATTTCACACTAAGAAAAACTAGTATGTATTTGTCAATCTAATGTTTTTCATTATAATGCTGTTTTATTGATTTAATTTTATGATTAAAATATTATGCAAAACATAAAATATATAGCGTCATATTTGAGTTTTAATGATAATATTTTTATAATATATAATATAAAATAATGGTTATCTGAGTATGAAATGCAAGTAAGTGAGGTAGTTAAAAA ATGTAAATGATGTTAGGGCTTATAGTTATTGATGCTATAGGCTCT 45 TTerm_0183 MRSA_WT_15 15723 15740 18 15745 15762 18 4 100 0 36 72 27 72 27 0 15742 AAAAATAAGACTTCCCTA TAGGGAAGTCTTATTTTT True AATAATAAA GTGCTAGAA True True + AAAAATAAGACTTCCCTA TATG TAGGGAAGTCTTATTTTT GTGCTAGAA 96 MRSA_WT_01624 intergenic 15719 15807 + down TAAAAAAATAAGACTTCCCTATATGTAGGGAAGTCTTATTTTTGTGCTAGAAAGTAATGCTTTACTATATTCAATGATTAGTAATGAC ATCATCAGATGAAGATGAAGAATAATAAAAAAATAAGACTTCCCTATATGTAGGGAAGTCTTATTTTTGTGCTAGAAAGTAATGCTTTACTATATTCAATGATTAGTAATGACTAACTTTCTAATTGTTTCATTGCGT TAAAAAAATAAGACTTCCCTATATGTAGGGAAGTCTTATTTTT 43 TTerm_0184 MRSA_WT_15 41917 41930 14 41938 41951 14 7 100 0 28 71 28 71 28 0 41933 AAACAAGATTCCTA TAGGAATCTTGTTT True ACAGTCTGA TTTCTATTT False True + AAACAAGATTCCTA TATTCTT TAGGAATCTTGTTT TTTCTATTT 72 MRSA_WT_01645 intergenic 41803 42218 + down TTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAACTGTAATTTAAATAAAACTTTCTAAATAAGCTAACTGATAAAAAATCAGTTTGTCCACAGTCTGAAACAAGATTCCTATATTCTTTAGGAATCTTGTTTTTTCTATTTTTATGGTGATAAAGAGCAGATAAGATAATGTGTAATAATCACAAAAAAGTTAAATATTTTAAGGCTTGTTTAATTATTAATGATTTTATATATAAAGAGCAGTATAATAAAGTTGTTAATATATTATGAATAATATTCAAGTAATTTTATTGTTTTTTAATTTGTCGATATTTAAGTTGAGTTAAATTTAAAGGGTGTAATTTGTTTTACAATGATGAAGATAATTAGTCTATCAAAATAAAGGGGTTGGGACTGTTA GTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAACTGTAATTTAAATAAAACTTTCTAAATAAGCTAACTGATAAAAAATCAGTTTGTCCACAGTCTGAAACAAGATTCCTATATTCTTTAGGAATCTTGTTTTTTCTATTTTTATGGTGATAAAGAGCAGATAAGATAATGTGTAATAATCACAAAAAAGTTAAATATTTTAAGGCTTGTTTAATTATTAATGATTTTATATATAAAGAGCAGTATAATAAAGTTGTTAATATATTATGAATAATATTCAAGTAATTTTATTGTTTTTTAATTTGTCGATATTTAAGTTGAGTTAAATTTAAAGGGTGTAATTTGTTTTACAATGATGAAGATAATTAGTCTATCAAAATAAAGGGGTTGGGACTGTTATGAGTGATAATTTGTCATTATTCAT TTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAACTGTAATTTAAATAAAACTTTCTAAATAAGCTAACTGATAAAAAATCAGTTTGTCCACAGTCTGAAACAAGATTCCTATATTCTTTAGGAATCTTGTTT 148 TTerm_0185 MRSA_WT_15 42013 42022 10 42029 42038 10 6 80 0 10 100 0 100 0 0 42025 AATATTTTAA TTTAATTATT True AAAAGTTAA AATGATTTT True True + AATATTTTAA GGCTTG TTTAATTATT AATGATTTT 20 MRSA_WT_01645 intergenic 41803 42218 + down TTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAACTGTAATTTAAATAAAACTTTCTAAATAAGCTAACTGATAAAAAATCAGTTTGTCCACAGTCTGAAACAAGATTCCTATATTCTTTAGGAATCTTGTTTTTTCTATTTTTATGGTGATAAAGAGCAGATAAGATAATGTGTAATAATCACAAAAAAGTTAAATATTTTAAGGCTTGTTTAATTATTAATGATTTTATATATAAAGAGCAGTATAATAAAGTTGTTAATATATTATGAATAATATTCAAGTAATTTTATTGTTTTTTAATTTGTCGATATTTAAGTTGAGTTAAATTTAAAGGGTGTAATTTGTTTTACAATGATGAAGATAATTAGTCTATCAAAATAAAGGGGTTGGGACTGTTA GTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAACTGTAATTTAAATAAAACTTTCTAAATAAGCTAACTGATAAAAAATCAGTTTGTCCACAGTCTGAAACAAGATTCCTATATTCTTTAGGAATCTTGTTTTTTCTATTTTTATGGTGATAAAGAGCAGATAAGATAATGTGTAATAATCACAAAAAAGTTAAATATTTTAAGGCTTGTTTAATTATTAATGATTTTATATATAAAGAGCAGTATAATAAAGTTGTTAATATATTATGAATAATATTCAAGTAATTTTATTGTTTTTTAATTTGTCGATATTTAAGTTGAGTTAAATTTAAAGGGTGTAATTTGTTTTACAATGATGAAGATAATTAGTCTATCAAAATAAAGGGGTTGGGACTGTTATGAGTGATAATTTGTCATTATTCAT TTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAACTGTAATTTAAATAAAACTTTCTAAATAAGCTAACTGATAAAAAATCAGTTTGTCCACAGTCTGAAACAAGATTCCTATATTCTTTAGGAATCTTGTTTTTTCTATTTTTATGGTGATAAAGAGCAGATAAGATAATGTGTAATAATCACAAAAAAGTTAAATATTTTAAGGCTTGTTTAATTATT 235 TTerm_0186 MRSA_WT_15 42089 42097 9 42103 42111 9 5 88 0 13 100 0 100 0 0 42099 AATAATATT AATTTTATT True ATATTATGA GTTTTTTAA False True + AATAATATT CAAGT AATTTTATT GTTTTTTAA 26 MRSA_WT_01645 intergenic 41803 42218 + down TTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAACTGTAATTTAAATAAAACTTTCTAAATAAGCTAACTGATAAAAAATCAGTTTGTCCACAGTCTGAAACAAGATTCCTATATTCTTTAGGAATCTTGTTTTTTCTATTTTTATGGTGATAAAGAGCAGATAAGATAATGTGTAATAATCACAAAAAAGTTAAATATTTTAAGGCTTGTTTAATTATTAATGATTTTATATATAAAGAGCAGTATAATAAAGTTGTTAATATATTATGAATAATATTCAAGTAATTTTATTGTTTTTTAATTTGTCGATATTTAAGTTGAGTTAAATTTAAAGGGTGTAATTTGTTTTACAATGATGAAGATAATTAGTCTATCAAAATAAAGGGGTTGGGACTGTTA GTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAACTGTAATTTAAATAAAACTTTCTAAATAAGCTAACTGATAAAAAATCAGTTTGTCCACAGTCTGAAACAAGATTCCTATATTCTTTAGGAATCTTGTTTTTTCTATTTTTATGGTGATAAAGAGCAGATAAGATAATGTGTAATAATCACAAAAAAGTTAAATATTTTAAGGCTTGTTTAATTATTAATGATTTTATATATAAAGAGCAGTATAATAAAGTTGTTAATATATTATGAATAATATTCAAGTAATTTTATTGTTTTTTAATTTGTCGATATTTAAGTTGAGTTAAATTTAAAGGGTGTAATTTGTTTTACAATGATGAAGATAATTAGTCTATCAAAATAAAGGGGTTGGGACTGTTATGAGTGATAATTTGTCATTATTCAT TTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAACTGTAATTTAAATAAAACTTTCTAAATAAGCTAACTGATAAAAAATCAGTTTGTCCACAGTCTGAAACAAGATTCCTATATTCTTTAGGAATCTTGTTTTTTCTATTTTTATGGTGATAAAGAGCAGATAAGATAATGTGTAATAATCACAAAAAAGTTAAATATTTTAAGGCTTGTTTAATTATTAATGATTTTATATATAAAGAGCAGTATAATAAAGTTGTTAATATATTATGAATAATATTCAAGTAATTTTATT 308 TTerm_0187 MRSA_WT_16 9933 9946 14 9955 9968 14 8 100 0 28 64 35 64 35 0 9950 TAAAATGCGCAAAC GTTTGCGCATTTTA True GTAAAACAT AATTTCTAT True True + TAAAATGCGCAAAC TGGGTCAG GTTTGCGCATTTTA AATTTCTAT 80 MRSA_WT_01671 intergenic 9903 9966 + down GTAAACACATTACTCGCGTGTGTAAAACATAAAATGCGCAAACTGGGTCAGGTTTGCGCATTT TCAACAACAAAATAAACACACGTAAGTAAACACATTACTCGCGTGTGTAAAACATAAAATGCGCAAACTGGGTCAGGTTTGCGCATTTTAAATTTCTATTATTTGTATCGTCT GTAAACACATTACTCGCGTGTGTAAAACATAAAATGCGCAAACTGGGTCAGGTTTGCGCATTTTA 65 TTerm_0188 MRSA_WT_17 7093 7122 30 7127 7156 30 4 90 0 45 76 23 74 25 0 7124 TATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTAT ATAGTTAACTTCACTGCTGTTTTTATAATA True TTCTCTATT TCTAAATTT True True + TATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTAT TGTT ATAGTTAACTTCACTGCTGTTTTTATAATA TCTAAATTT 98 MRSA_WT_01719 intergenic 7038 7169 + down CATTAAATCAGGATACTCCTAAATAAGAGGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTTCACTGCTGTTTTTATAATATCTAAATTTATTC TTCAATCCGAAAACGTATTGTTTAACATTAAATCAGGATACTCCTAAATAAGAGGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTTCACTGCTGTTTTTATAATATCTAAATTTATTCTATTTCAATTCCTTTAAATAACTTT CATTAAATCAGGATACTCCTAAATAAGAGGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTTCACTGCTGTTTTTATAATA 118 TTerm_0189 MRSA_WT_17 37408 37414 7 37419 37425 7 4 100 0 14 100 0 100 0 0 37416 AAAATAT ATATTTT True CATTATAAA ATCTGTTTT True True + AAAATAT CTCT ATATTTT ATCTGTTTT 28 MRSA_WT_01746 intergenic 37204 37624 + down TATCTCTATTACGCAAGTGTGCTGTATTCTAAAGTACACTTGTGTTTTCTATTTTTTAATAAAACCTCAGCACATTATGAACAACTTTCTATTTTCTATATCTCTTAAAACCATTTCCGAAATTAAACCTCAGCACATTCAAAGCCCCACTTTATTCTTAAAAATATTTTTAACTTATACGTATTAAACCGCTTTCATTATAAAAAATATCTCTATATTTTATCTGTTTTTATTAATCGAAATAGCGTGATTTTGCGGTTTTAAGCCTTTTACTTCCTGAATAAATCTTTGAGCAAAATATTTATTTTATAAGTTGTAAAACTTACATTTAAATTTAATTATAAATATAAATTTTAGTATTGCAATACATAATTCGTTATATTATGATGACTTTACAAATACATACAGGGGGTATTAATT TCATTTACATCTTGTTTTTGAATAATATCTCTATTACGCAAGTGTGCTGTATTCTAAAGTACACTTGTGTTTTCTATTTTTTAATAAAACCTCAGCACATTATGAACAACTTTCTATTTTCTATATCTCTTAAAACCATTTCCGAAATTAAACCTCAGCACATTCAAAGCCCCACTTTATTCTTAAAAATATTTTTAACTTATACGTATTAAACCGCTTTCATTATAAAAAATATCTCTATATTTTATCTGTTTTTATTAATCGAAATAGCGTGATTTTGCGGTTTTAAGCCTTTTACTTCCTGAATAAATCTTTGAGCAAAATATTTATTTTATAAGTTGTAAAACTTACATTTAAATTTAATTATAAATATAAATTTTAGTATTGCAATACATAATTCGTTATATTATGATGACTTTACAAATACATACAGGGGGTATTAATTTGAAAAAGAAAAACATTTATTCAAT TATCTCTATTACGCAAGTGTGCTGTATTCTAAAGTACACTTGTGTTTTCTATTTTTTAATAAAACCTCAGCACATTATGAACAACTTTCTATTTTCTATATCTCTTAAAACCATTTCCGAAATTAAACCTCAGCACATTCAAAGCCCCACTTTATTCTTAAAAATATTTTTAACTTATACGTATTAAACCGCTTTCATTATAAAAAATATCTCTATATTTT 221 TTerm_0190 MRSA_WT_17 37484 37494 11 37500 37510 11 5 90 0 17 95 4 100 0 0 37496 AATAAATCTTT AAATATTTATT True ACTTCCTGA TTATAAGTT False True + AATAAATCTTT GAGCA AAATATTTATT TTATAAGTT 34 MRSA_WT_01746 intergenic 37204 37624 + down TATCTCTATTACGCAAGTGTGCTGTATTCTAAAGTACACTTGTGTTTTCTATTTTTTAATAAAACCTCAGCACATTATGAACAACTTTCTATTTTCTATATCTCTTAAAACCATTTCCGAAATTAAACCTCAGCACATTCAAAGCCCCACTTTATTCTTAAAAATATTTTTAACTTATACGTATTAAACCGCTTTCATTATAAAAAATATCTCTATATTTTATCTGTTTTTATTAATCGAAATAGCGTGATTTTGCGGTTTTAAGCCTTTTACTTCCTGAATAAATCTTTGAGCAAAATATTTATTTTATAAGTTGTAAAACTTACATTTAAATTTAATTATAAATATAAATTTTAGTATTGCAATACATAATTCGTTATATTATGATGACTTTACAAATACATACAGGGGGTATTAATT TCATTTACATCTTGTTTTTGAATAATATCTCTATTACGCAAGTGTGCTGTATTCTAAAGTACACTTGTGTTTTCTATTTTTTAATAAAACCTCAGCACATTATGAACAACTTTCTATTTTCTATATCTCTTAAAACCATTTCCGAAATTAAACCTCAGCACATTCAAAGCCCCACTTTATTCTTAAAAATATTTTTAACTTATACGTATTAAACCGCTTTCATTATAAAAAATATCTCTATATTTTATCTGTTTTTATTAATCGAAATAGCGTGATTTTGCGGTTTTAAGCCTTTTACTTCCTGAATAAATCTTTGAGCAAAATATTTATTTTATAAGTTGTAAAACTTACATTTAAATTTAATTATAAATATAAATTTTAGTATTGCAATACATAATTCGTTATATTATGATGACTTTACAAATACATACAGGGGGTATTAATTTGAAAAAGAAAAACATTTATTCAAT TATCTCTATTACGCAAGTGTGCTGTATTCTAAAGTACACTTGTGTTTTCTATTTTTTAATAAAACCTCAGCACATTATGAACAACTTTCTATTTTCTATATCTCTTAAAACCATTTCCGAAATTAAACCTCAGCACATTCAAAGCCCCACTTTATTCTTAAAAATATTTTTAACTTATACGTATTAAACCGCTTTCATTATAAAAAATATCTCTATATTTTATCTGTTTTTATTAATCGAAATAGCGTGATTTTGCGGTTTTAAGCCTTTTACTTCCTGAATAAATCTTTGAGCAAAATATTTATT 306 TTerm_0191 MRSA_WT_17 37518 37541 24 37546 37569 24 4 79 0 23 87 12 89 10 0 37543 TTGTAAAACTTACATTTAAATTTA TAAATATAAATTTTAGTATTGCAA True TTTATAAGT TACATAATT True True + TTGTAAAACTTACATTTAAATTTA ATTA TAAATATAAATTTTAGTATTGCAA TACATAATT 46 MRSA_WT_01746 intergenic 37204 37624 + down TATCTCTATTACGCAAGTGTGCTGTATTCTAAAGTACACTTGTGTTTTCTATTTTTTAATAAAACCTCAGCACATTATGAACAACTTTCTATTTTCTATATCTCTTAAAACCATTTCCGAAATTAAACCTCAGCACATTCAAAGCCCCACTTTATTCTTAAAAATATTTTTAACTTATACGTATTAAACCGCTTTCATTATAAAAAATATCTCTATATTTTATCTGTTTTTATTAATCGAAATAGCGTGATTTTGCGGTTTTAAGCCTTTTACTTCCTGAATAAATCTTTGAGCAAAATATTTATTTTATAAGTTGTAAAACTTACATTTAAATTTAATTATAAATATAAATTTTAGTATTGCAATACATAATTCGTTATATTATGATGACTTTACAAATACATACAGGGGGTATTAATT TCATTTACATCTTGTTTTTGAATAATATCTCTATTACGCAAGTGTGCTGTATTCTAAAGTACACTTGTGTTTTCTATTTTTTAATAAAACCTCAGCACATTATGAACAACTTTCTATTTTCTATATCTCTTAAAACCATTTCCGAAATTAAACCTCAGCACATTCAAAGCCCCACTTTATTCTTAAAAATATTTTTAACTTATACGTATTAAACCGCTTTCATTATAAAAAATATCTCTATATTTTATCTGTTTTTATTAATCGAAATAGCGTGATTTTGCGGTTTTAAGCCTTTTACTTCCTGAATAAATCTTTGAGCAAAATATTTATTTTATAAGTTGTAAAACTTACATTTAAATTTAATTATAAATATAAATTTTAGTATTGCAATACATAATTCGTTATATTATGATGACTTTACAAATACATACAGGGGGTATTAATTTGAAAAAGAAAAACATTTATTCAAT TATCTCTATTACGCAAGTGTGCTGTATTCTAAAGTACACTTGTGTTTTCTATTTTTTAATAAAACCTCAGCACATTATGAACAACTTTCTATTTTCTATATCTCTTAAAACCATTTCCGAAATTAAACCTCAGCACATTCAAAGCCCCACTTTATTCTTAAAAATATTTTTAACTTATACGTATTAAACCGCTTTCATTATAAAAAATATCTCTATATTTTATCTGTTTTTATTAATCGAAATAGCGTGATTTTGCGGTTTTAAGCCTTTTACTTCCTGAATAAATCTTTGAGCAAAATATTTATTTTATAAGTTGTAAAACTTACATTTAAATTTAATTATAAATATAAATTTTAGTATTGCAA 365 TTerm_0192 MRSA_WT_17 38985 39000 16 39006 39022 17 5 94 5 22 60 39 62 37 0 39002 AAATGCACTAGCAACA TGTTGCTCAGTGCATTT True AATCATCTA TTTATTTTA False True + AAATGCACTAGCAACA TCTTT TGTTGCTCAGTGCATTT TTTATTTTA 68 MRSA_WT_01748 intergenic 38884 39213 + down AAACAAACAATACACAACGATAGATATCATTTTATCCAAACCAATTTTAACTTATATACGTTGATTAACACATTCTTATTTGAAATGATAAGAATCATCTAAATGCACTAGCAACATCTTTTGTTGCTCAGTGCATTTTTTATTTTACTTACTTTTCTAAACAACTTCTGAAACGCCTCAACACTTTCTACTCTAATTACATATACGACATTTTTAGACATTAAAAAATCGAACTAGACAAGATGCTCAATGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTATATT AGCTGGACGTCGTCGCGAACTATAAAAACAAACAATACACAACGATAGATATCATTTTATCCAAACCAATTTTAACTTATATACGTTGATTAACACATTCTTATTTGAAATGATAAGAATCATCTAAATGCACTAGCAACATCTTTTGTTGCTCAGTGCATTTTTTATTTTACTTACTTTTCTAAACAACTTCTGAAACGCCTCAACACTTTCTACTCTAATTACATATACGACATTTTTAGACATTAAAAAATCGAACTAGACAAGATGCTCAATGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTATATTTAGAATATTAACGTTAGTATAAACG AAACAAACAATACACAACGATAGATATCATTTTATCCAAACCAATTTTAACTTATATACGTTGATTAACACATTCTTATTTGAAATGATAAGAATCATCTAAATGCACTAGCAACATCTTTTGTTGCTCAGTGCATTT 138 TTerm_0193 MRSA_WT_17 45720 45727 8 45736 45743 8 8 87 0 11 56 43 57 42 0 45731 AATCCAAC GTTGGCTT True AAAAAGCCA TTTTGTTTA True True + AATCCAAC ATTCATGG GTTGGCTT TTTTGTTTA 54 MRSA_WT_01752 intergenic 45654 46141 + down TTTTTACTATCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGTTGGCTTTTTTGTTTAGCAAAATTTATTATCTTAAATCGGCTATAAACACTGATATAATGATGCTTCATTAGTATGCGGTAAGCATGACGGACACTGTTCTCGGAGTCTGACCTCGAATCATTTAATATACACTTTTACACGTCGCCTTCATTGAAGCGAATTGCCATAACCTTCACATTATATATATTTCTTTCCATATAAGTGTCAAAATTTTTAGAACAACGCAATAAATAACCATCCACCTAACTTATTAAAAGTTTAAGTGGATGGTTTTTCATTTATATTTATATTAGTGTTAATCCAATCATAGATTTATCTATATGCACTGCTCTATACATTTCCTCATTTAATTTGCTTTACTTTCATTTAAATTATTATCAAAACACTGGGCGTGTCATCGTTAT AGAAATTGCAACAACTGAAATTTAATTTTTACTATCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGTTGGCTTTTTTGTTTAGCAAAATTTATTATCTTAAATCGGCTATAAACACTGATATAATGATGCTTCATTAGTATGCGGTAAGCATGACGGACACTGTTCTCGGAGTCTGACCTCGAATCATTTAATATACACTTTTACACGTCGCCTTCATTGAAGCGAATTGCCATAACCTTCACATTATATATATTTCTTTCCATATAAGTGTCAAAATTTTTAGAACAACGCAATAAATAACCATCCACCTAACTTATTAAAAGTTTAAGTGGATGGTTTTTCATTTATATTTATATTAGTGTTAATCCAATCATAGATTTATCTATATGCACTGCTCTATACATTTCCTCATTTAATTTGCTTTACTTTCATTTAAATTATTATCAAAACACTGGGCGTGTCATCGTTATTATTTCGCATCTTTGACACGTTTAT TTTTTACTATCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGTTGGCTT 89 TTerm_0194 MRSA_WT_17 45712 45725 14 45733 45746 14 7 92 0 23 60 39 61 38 0 45728 AAAAAGCCAATCCA TGGGTTGGCTTTTT True ATGCATGTA TGTTTAGCA True True + AAAAAGCCAATCCA ACATTCA TGGGTTGGCTTTTT TGTTTAGCA 70 MRSA_WT_01752 intergenic 45654 46141 + down TTTTTACTATCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGTTGGCTTTTTTGTTTAGCAAAATTTATTATCTTAAATCGGCTATAAACACTGATATAATGATGCTTCATTAGTATGCGGTAAGCATGACGGACACTGTTCTCGGAGTCTGACCTCGAATCATTTAATATACACTTTTACACGTCGCCTTCATTGAAGCGAATTGCCATAACCTTCACATTATATATATTTCTTTCCATATAAGTGTCAAAATTTTTAGAACAACGCAATAAATAACCATCCACCTAACTTATTAAAAGTTTAAGTGGATGGTTTTTCATTTATATTTATATTAGTGTTAATCCAATCATAGATTTATCTATATGCACTGCTCTATACATTTCCTCATTTAATTTGCTTTACTTTCATTTAAATTATTATCAAAACACTGGGCGTGTCATCGTTAT AGAAATTGCAACAACTGAAATTTAATTTTTACTATCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGTTGGCTTTTTTGTTTAGCAAAATTTATTATCTTAAATCGGCTATAAACACTGATATAATGATGCTTCATTAGTATGCGGTAAGCATGACGGACACTGTTCTCGGAGTCTGACCTCGAATCATTTAATATACACTTTTACACGTCGCCTTCATTGAAGCGAATTGCCATAACCTTCACATTATATATATTTCTTTCCATATAAGTGTCAAAATTTTTAGAACAACGCAATAAATAACCATCCACCTAACTTATTAAAAGTTTAAGTGGATGGTTTTTCATTTATATTTATATTAGTGTTAATCCAATCATAGATTTATCTATATGCACTGCTCTATACATTTCCTCATTTAATTTGCTTTACTTTCATTTAAATTATTATCAAAACACTGGGCGTGTCATCGTTATTATTTCGCATCTTTGACACGTTTAT TTTTTACTATCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGTTGGCTTTTT 92 TTerm_0195 MRSA_WT_17 45963 45986 24 45992 46016 25 5 84 4 23 71 28 71 28 0 45988 AATAAATAACCATCCACCTAACTT AAGTTTAAGTGGATGGTTTTTCATT True AACAACGCA TATATTTAT False True + AATAAATAACCATCCACCTAACTT ATTAA AAGTTTAAGTGGATGGTTTTTCATT TATATTTAT 54 MRSA_WT_01752 intergenic 45654 46141 + down TTTTTACTATCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGTTGGCTTTTTTGTTTAGCAAAATTTATTATCTTAAATCGGCTATAAACACTGATATAATGATGCTTCATTAGTATGCGGTAAGCATGACGGACACTGTTCTCGGAGTCTGACCTCGAATCATTTAATATACACTTTTACACGTCGCCTTCATTGAAGCGAATTGCCATAACCTTCACATTATATATATTTCTTTCCATATAAGTGTCAAAATTTTTAGAACAACGCAATAAATAACCATCCACCTAACTTATTAAAAGTTTAAGTGGATGGTTTTTCATTTATATTTATATTAGTGTTAATCCAATCATAGATTTATCTATATGCACTGCTCTATACATTTCCTCATTTAATTTGCTTTACTTTCATTTAAATTATTATCAAAACACTGGGCGTGTCATCGTTAT AGAAATTGCAACAACTGAAATTTAATTTTTACTATCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGTTGGCTTTTTTGTTTAGCAAAATTTATTATCTTAAATCGGCTATAAACACTGATATAATGATGCTTCATTAGTATGCGGTAAGCATGACGGACACTGTTCTCGGAGTCTGACCTCGAATCATTTAATATACACTTTTACACGTCGCCTTCATTGAAGCGAATTGCCATAACCTTCACATTATATATATTTCTTTCCATATAAGTGTCAAAATTTTTAGAACAACGCAATAAATAACCATCCACCTAACTTATTAAAAGTTTAAGTGGATGGTTTTTCATTTATATTTATATTAGTGTTAATCCAATCATAGATTTATCTATATGCACTGCTCTATACATTTCCTCATTTAATTTGCTTTACTTTCATTTAAATTATTATCAAAACACTGGGCGTGTCATCGTTATTATTTCGCATCTTTGACACGTTTAT TTTTTACTATCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGTTGGCTTTTTTGTTTAGCAAAATTTATTATCTTAAATCGGCTATAAACACTGATATAATGATGCTTCATTAGTATGCGGTAAGCATGACGGACACTGTTCTCGGAGTCTGACCTCGAATCATTTAATATACACTTTTACACGTCGCCTTCATTGAAGCGAATTGCCATAACCTTCACATTATATATATTTCTTTCCATATAAGTGTCAAAATTTTTAGAACAACGCAATAAATAACCATCCACCTAACTTATTAAAAGTTTAAGTGGATGGTTTTTCATT 362 TTerm_0196 MRSA_WT_18 4391 4409 19 4419 4437 19 9 89 0 28 73 26 76 23 0 4413 AAACAATGGTTATCTATCT AGGTAGATAATCATTGTTT True TGAACGATA TTTCACGAA False True + AAACAATGGTTATCTATCT GCACTAATA AGGTAGATAATCATTGTTT TTTCACGAA 80 MRSA_WT_01762 intergenic 4378 4550 + down TAAATGAACGATAAACAATGGTTATCTATCTGCACTAATAAGGTAGATAATCATTGTTTTTTCACGAAAAAATTTACAGAGTAAAAGAACTTAAAATTCATATTAAGTCTTTAGAACTCGACACTTAAAAATGCTATAATCATATGTATGTTAAAAAAGGAGTTTCGGAAAA TATGAATATTGAAACAAATGAATAATAAATGAACGATAAACAATGGTTATCTATCTGCACTAATAAGGTAGATAATCATTGTTTTTTCACGAAAAAATTTACAGAGTAAAAGAACTTAAAATTCATATTAAGTCTTTAGAACTCGACACTTAAAAATGCTATAATCATATGTATGTTAAAAAAGGAGTTTCGGAAAATGTATGACATTAAAAAATGGCGCCA TAAATGAACGATAAACAATGGTTATCTATCTGCACTAATAAGGTAGATAATCATTGTTT 59 TTerm_0197 MRSA_WT_18 24994 25016 23 25021 25043 23 4 82 0 26 69 30 68 31 0 25018 AAACACACACATTATTTTGGATG CAACCAAATTGATGTGTGTTTTT True ATATGTATA TTGTTCTAG False True + AAACACACACATTATTTTGGATG GAAA CAACCAAATTGATGTGTGTTTTT TTGTTCTAG 76 MRSA_WT_01778 intergenic 24924 25149 + down CTCTGAATATCGCATCAATGGATTTAATATTGATAAACGATGAAGTTTAGTAATTAATCATATATGTATAAACACACACATTATTTTGGATGGAAACAACCAAATTGATGTGTGTTTTTTTGTTCTAGTGAATAATTATTATACAATGAGTATCTATCCTAGAATTATCAATAGTAATGGTGATTATGCAACATGAAAAAATGAATGATGAAAGGAATTTGACGA AAATAGACAGAAGAAATCTCGTTAACTCTGAATATCGCATCAATGGATTTAATATTGATAAACGATGAAGTTTAGTAATTAATCATATATGTATAAACACACACATTATTTTGGATGGAAACAACCAAATTGATGTGTGTTTTTTTGTTCTAGTGAATAATTATTATACAATGAGTATCTATCCTAGAATTATCAATAGTAATGGTGATTATGCAACATGAAAAAATGAATGATGAAAGGAATTTGACGATGAAGCCCACTAAAGTGATTTTAAG CTCTGAATATCGCATCAATGGATTTAATATTGATAAACGATGAAGTTTAGTAATTAATCATATATGTATAAACACACACATTATTTTGGATGGAAACAACCAAATTGATGTGTGTTTTT 119 TTerm_0198 MRSA_WT_18 28304 28318 15 28323 28337 15 4 80 0 15 53 46 50 50 0 28320 AGTTCCGGAGCCTAT ATTGGTTTCGGAACT True CATCATTTA GTTTTATAA False True + AGTTCCGGAGCCTAT TCAT ATTGGTTTCGGAACT GTTTTATAA 46 MRSA_WT_01781 intergenic 28266 28483 + down TTCAACATATACTAAGACTAAAGTATGAACATCATTTAGTTCCGGAGCCTATTCATATTGGTTTCGGAACTGTTTTATAATAATTAAGAACACAATCAATGCGTCATTTCAAAAATATGTTGTAATAAAGTAGTTTTTAAGCAAACATATCATCGACATCAACGAAGATACATAGCGCATTTGGTATTTTAAAACTTATTATAAAAGGTGATAGTTA AACGACAAAAATTGAAGAAGAATAGTTCAACATATACTAAGACTAAAGTATGAACATCATTTAGTTCCGGAGCCTATTCATATTGGTTTCGGAACTGTTTTATAATAATTAAGAACACAATCAATGCGTCATTTCAAAAATATGTTGTAATAAAGTAGTTTTTAAGCAAACATATCATCGACATCAACGAAGATACATAGCGCATTTGGTATTTTAAAACTTATTATAAAAGGTGATAGTTATGAACTATGTTGAACGTTATATTGA TTCAACATATACTAAGACTAAAGTATGAACATCATTTAGTTCCGGAGCCTATTCATATTGGTTTCGGAACT 71 TTerm_0199 MRSA_WT_18 31297 31323 27 31332 31359 28 8 89 3 34 58 41 60 40 0 31327 TAGACACCAAAAAACAGAGGTCTTCGC GCGAAAACCTCTGTTTTGTTGGTGTTTA True ACATCAAAT GTCTTTTTT True True + TAGACACCAAAAAACAGAGGTCTTCGC AATCATTA GCGAAAACCTCTGTTTTGTTGGTGTTTA GTCTTTTTT 92 MRSA_WT_01785 intergenic 31244 31357 + down TTCGTATCGAATTAAGAAAAGTTACTTACGCCAATCACAATATAACATCAAATAGACACCAAAAAACAGAGGTCTTCGCAATCATTAGCGAAAACCTCTGTTTTGTTGGTGTT ATTCCAACATAATTTAATTCAATAGTTCGTATCGAATTAAGAAAAGTTACTTACGCCAATCACAATATAACATCAAATAGACACCAAAAAACAGAGGTCTTCGCAATCATTAGCGAAAACCTCTGTTTTGTTGGTGTTTAGTCTTTTTTAAGCTTATCAACGA TTCGTATCGAATTAAGAAAAGTTACTTACGCCAATCACAATATAACATCAAATAGACACCAAAAAACAGAGGTCTTCGCAATCATTAGCGAAAACCTCTGTTTTGTTGGTGTTTA 115 TTerm_0200 MRSA_WT_18 38350 38370 21 38378 38398 21 7 80 0 22 71 28 76 23 0 38373 AAATAAAAGGTCGTCTCTATT AATAGGGATGGTCTTTTATTT True TGAATAACA TTACAAAAT True True + AAATAAAAGGTCGTCTCTATT GGCATTT AATAGGGATGGTCTTTTATTT TTACAAAAT 60 MRSA_WT_01794 intergenic 38266 38607 + down AAGTATTGTGGTTATCGATTGTTAAAATTTATATATTTTCGTTTGAAATGAAATATGGATTTTAGTTTTAATAAATGAATAACAAATAAAAGGTCGTCTCTATTGGCATTTAATAGGGATGGTCTTTTATTTTTACAAAATATAACAATATTTGACATGATTAATATTTAAAATTGCAATGATTTATCTATAATTTTTTCAAAAAACAAAAAAGTAAGTATGATGGCGTATACGATTGTAAGCCCTTGGACTGATTTTCCCAAAAAGTGTAGCCTATTTGTGATAGTACTGGTAAACTCAAGGTATATACTAAGTGAGTTTTAAAAGAAGGAGCAAACGCA AGAAATCGTTAAACAATTACAATAGAAGTATTGTGGTTATCGATTGTTAAAATTTATATATTTTCGTTTGAAATGAAATATGGATTTTAGTTTTAATAAATGAATAACAAATAAAAGGTCGTCTCTATTGGCATTTAATAGGGATGGTCTTTTATTTTTACAAAATATAACAATATTTGACATGATTAATATTTAAAATTGCAATGATTTATCTATAATTTTTTCAAAAAACAAAAAAGTAAGTATGATGGCGTATACGATTGTAAGCCCTTGGACTGATTTTCCCAAAAAGTGTAGCCTATTTGTGATAGTACTGGTAAACTCAAGGTATATACTAAGTGAGTTTTAAAAGAAGGAGCAAACGCATGAAAAGAAGCGATAGGTACTCAAA AAGTATTGTGGTTATCGATTGTTAAAATTTATATATTTTCGTTTGAAATGAAATATGGATTTTAGTTTTAATAAATGAATAACAAATAAAAGGTCGTCTCTATTGGCATTTAATAGGGATGGTCTTTTATTT 132 TTerm_0201 MRSA_WT_18 43217 43222 6 43228 43233 6 5 100 0 12 83 16 83 16 0 43224 AATATC GATATT True ACAATTAGA GTTTTCCTA False True + AATATC ATCTA GATATT GTTTTCCTA 32 MRSA_WT_01799 intergenic 43164 43425 + down TGTTTAGCTGACCTGTTGTGTAAATTAATCTGTGAGAATCAGAAACAATTAGAATATCATCTAGATATTGTTTTCCTATACTGATTTTGATATTTCGAGTCATTAAAGGTAGTTTGTTAGCAACAATATAAATTTTAGATTTTGTAAAAGCATTCATAGTTTTACATTAAAAAACCGGACAGAGTAAAAATCGTTTTGATTTTCATTCTGCCCGGTTGTTCATTTTTTATAGATTAACTTTAGTGAATAATAACTTGAAAT AGACGAGGCGGATACTTCTTCATGATGTTTAGCTGACCTGTTGTGTAAATTAATCTGTGAGAATCAGAAACAATTAGAATATCATCTAGATATTGTTTTCCTATACTGATTTTGATATTTCGAGTCATTAAAGGTAGTTTGTTAGCAACAATATAAATTTTAGATTTTGTAAAAGCATTCATAGTTTTACATTAAAAAACCGGACAGAGTAAAAATCGTTTTGATTTTCATTCTGCCCGGTTGTTCATTTTTTATAGATTAACTTTAGTGAATAATAACTTGAAATTATTTAGCATACAGTTTACGTTGTA TGTTTAGCTGACCTGTTGTGTAAATTAATCTGTGAGAATCAGAAACAATTAGAATATCATCTAGATATT 69 TTerm_0202 MRSA_WT_18 43334 43356 23 43362 43384 23 5 82 0 26 60 39 63 36 0 43358 AAAAACCGGACAGAGTAAAAATC GATTTTCATTCTGCCCGGTTGTT True TTACATTAA CATTTTTTA True True + AAAAACCGGACAGAGTAAAAATC GTTTT GATTTTCATTCTGCCCGGTTGTT CATTTTTTA 60 MRSA_WT_01799 intergenic 43164 43425 + down TGTTTAGCTGACCTGTTGTGTAAATTAATCTGTGAGAATCAGAAACAATTAGAATATCATCTAGATATTGTTTTCCTATACTGATTTTGATATTTCGAGTCATTAAAGGTAGTTTGTTAGCAACAATATAAATTTTAGATTTTGTAAAAGCATTCATAGTTTTACATTAAAAAACCGGACAGAGTAAAAATCGTTTTGATTTTCATTCTGCCCGGTTGTTCATTTTTTATAGATTAACTTTAGTGAATAATAACTTGAAAT AGACGAGGCGGATACTTCTTCATGATGTTTAGCTGACCTGTTGTGTAAATTAATCTGTGAGAATCAGAAACAATTAGAATATCATCTAGATATTGTTTTCCTATACTGATTTTGATATTTCGAGTCATTAAAGGTAGTTTGTTAGCAACAATATAAATTTTAGATTTTGTAAAAGCATTCATAGTTTTACATTAAAAAACCGGACAGAGTAAAAATCGTTTTGATTTTCATTCTGCCCGGTTGTTCATTTTTTATAGATTAACTTTAGTGAATAATAACTTGAAATTATTTAGCATACAGTTTACGTTGTA TGTTTAGCTGACCTGTTGTGTAAATTAATCTGTGAGAATCAGAAACAATTAGAATATCATCTAGATATTGTTTTCCTATACTGATTTTGATATTTCGAGTCATTAAAGGTAGTTTGTTAGCAACAATATAAATTTTAGATTTTGTAAAAGCATTCATAGTTTTACATTAAAAAACCGGACAGAGTAAAAATCGTTTTGATTTTCATTCTGCCCGGTTGTT 220 TTerm_0203 MRSA_WT_18 48533 48556 24 48563 48587 25 6 88 4 28 75 24 77 22 0 48559 TAGAAAAAGCAGTAAGAGATTTTC GAAAATAATCTTACTGCTTTTTTTA True TCATAACAT ATTTAATTT True True + TAGAAAAAGCAGTAAGAGATTTTC TTAATT GAAAATAATCTTACTGCTTTTTTTA ATTTAATTT 64 MRSA_WT_01803 intergenic 48463 48654 + down AGTATTAGTTGTTTGACTTCAGTACAATCTTGAAGAGAAAATTTGTAACAGGATGGTGGGGTCATAACATAGAAAAAGCAGTAAGAGATTTTCTTAATTGAAAATAATCTTACTGCTTTTTTTAATTTAATTTCGAGATTCAATATTACTTTATCTCATTGTGGTATTAATTACAGGAATTGCTTTAAACT TTTATATAGCATTCAAAACTTATAAAGTATTAGTTGTTTGACTTCAGTACAATCTTGAAGAGAAAATTTGTAACAGGATGGTGGGGTCATAACATAGAAAAAGCAGTAAGAGATTTTCTTAATTGAAAATAATCTTACTGCTTTTTTTAATTTAATTTCGAGATTCAATATTACTTTATCTCATTGTGGTATTAATTACAGGAATTGCTTTAAACTTATAAATCAAAGTCTTCTTCAACAA AGTATTAGTTGTTTGACTTCAGTACAATCTTGAAGAGAAAATTTGTAACAGGATGGTGGGGTCATAACATAGAAAAAGCAGTAAGAGATTTTCTTAATTGAAAATAATCTTACTGCTTTTTTTA 124 TTerm_0204 MRSA_WT_19 2240 2253 14 2263 2276 14 9 100 0 28 57 42 57 42 0 2257 AAAAGCCTGCGATT AATCGCAGGCTTTT True AGCAATAAA GCGTGAAAA True True + AAAAGCCTGCGATT ACATAAATG AATCGCAGGCTTTT GCGTGAAAA 80 MRSA_WT_01810 intergenic 2191 2311 + down ATAGAATACCGTATGTCTAAATATATAAAATTAAAAAGTTAGCAATAAAAAAGCCTGCGATTACATAAATGAATCGCAGGCTTTTGCGTGAAAAAATTGTATTAATAAAGTATGGATGTT TGAATGGGTTGGACCAAAAGAATAAATAGAATACCGTATGTCTAAATATATAAAATTAAAAAGTTAGCAATAAAAAAGCCTGCGATTACATAAATGAATCGCAGGCTTTTGCGTGAAAAAATTGTATTAATAAAGTATGGATGTTTATTTTTCTGGAACAAGGTCAGTAT ATAGAATACCGTATGTCTAAATATATAAAATTAAAAAGTTAGCAATAAAAAAGCCTGCGATTACATAAATGAATCGCAGGCTTTT 85 TTerm_0205 MRSA_WT_19 5908 5929 22 5937 5957 21 7 86 4 22 55 44 57 42 0 5932 AAGAAGCGGACAGATGGAAAAG CTTTTCATCTGCCCGCTTTTT True GTTCTATTA TGATTTTGA False True + AAGAAGCGGACAGATGGAAAAG ATTTTTA CTTTTCATCTGCCCGCTTTTT TGATTTTGA 60 MRSA_WT_01815 intergenic 5897 6002 + down CAGTTCTATTAAGAAGCGGACAGATGGAAAAGATTTTTACTTTTCATCTGCCCGCTTTTTTGATTTTGAAGTGTTGTACTAAATTTTACAATAGTATAGATATTT TGGTCAACAAATACTTGGGAAATAACAGTTCTATTAAGAAGCGGACAGATGGAAAAGATTTTTACTTTTCATCTGCCCGCTTTTTTGATTTTGAAGTGTTGTACTAAATTTTACAATAGTATAGATATTTTAATCGATATGAGATTTGCCGGTAA CAGTTCTATTAAGAAGCGGACAGATGGAAAAGATTTTTACTTTTCATCTGCCCGCTTTTT 60 TTerm_0206 MRSA_WT_19 13187 13207 21 13213 13234 22 5 86 4 22 72 27 73 26 0 13209 AAAAAGCAGTGAATCATTTCA TGGAATGATTTTACTGCTTTTT True TAAACTTAA GTGTATAGA True True + AAAAAGCAGTGAATCATTTCA ATAGA TGGAATGATTTTACTGCTTTTT GTGTATAGA 60 MRSA_WT_01821 intergenic 13181 13279 + down ACTTAAAAAAGCAGTGAATCATTTCAATAGATGGAATGATTTTACTGCTTTTTGTGTATAGAAATTTAAAATTCATGCCTTTATACTAACAACAATAT CTTTCAGCTAAAGTTTGCCAAATAAACTTAAAAAAGCAGTGAATCATTTCAATAGATGGAATGATTTTACTGCTTTTTGTGTATAGAAATTTAAAATTCATGCCTTTATACTAACAACAATATTATTTTACTCTTTTACGTTTGCCGA ACTTAAAAAAGCAGTGAATCATTTCAATAGATGGAATGATTTTACTGCTTTTT 53 TTerm_0207 MRSA_WT_19 16386 16391 6 16399 16404 6 7 100 0 12 100 0 100 0 0 16394 TTTTAA TTAAAA True GAAATTAAT GTTTTTAAA False True + TTTTAA TTGGACT TTAAAA GTTTTTAAA 24 MRSA_WT_01824 intergenic 16112 16624 + down ACTGACATCGAATGTCATTTTAAATAACGAATATAGGAACTATTCAAGCTTATGAAGCAAATATGTTTTATAAACTTTCTTAAATTTACTATAGTTTGGATCTTGAACCCTAGGAATAATATGAAGTAAATAGACACTAAGTCTATGTGAATGTTTTTCTAACCCTAAATGTATAATTCGCTAAAATAATTTCAACATGTCACAAATAAATTTTAACTAGCGCAAAGGTGGGCGACCAAAGGTTCAACGATGTTAAATAACATTAGAAATTAATTTTAATTGGACTTTAAAAGTTTTTAAATTTAGATAATTGAGCATAAGGTGTTATAATGACATATGTTGCGTAATTAAAATTTATAGCAACAAATTCATTTTAACTATGCTAATAAAAAGATTATGGAAATATTTTGACAAGGAAAGGAGAAGTCGAAATGACATCTTTTTGACATCACTCATAAAAATCAATCGACTTAACTTAGACTTTTATAAAGGTGTAAGACAGGGACTGTTAA CATCTTTCGATATTTTAAAAAATGAACTGACATCGAATGTCATTTTAAATAACGAATATAGGAACTATTCAAGCTTATGAAGCAAATATGTTTTATAAACTTTCTTAAATTTACTATAGTTTGGATCTTGAACCCTAGGAATAATATGAAGTAAATAGACACTAAGTCTATGTGAATGTTTTTCTAACCCTAAATGTATAATTCGCTAAAATAATTTCAACATGTCACAAATAAATTTTAACTAGCGCAAAGGTGGGCGACCAAAGGTTCAACGATGTTAAATAACATTAGAAATTAATTTTAATTGGACTTTAAAAGTTTTTAAATTTAGATAATTGAGCATAAGGTGTTATAATGACATATGTTGCGTAATTAAAATTTATAGCAACAAATTCATTTTAACTATGCTAATAAAAAGATTATGGAAATATTTTGACAAGGAAAGGAGAAGTCGAAATGACATCTTTTTGACATCACTCATAAAAATCAATCGACTTAACTTAGACTTTTATAAAGGTGTAAGACAGGGACTGTTAATGATTATTCCCGCAATAATCGGTTA ACTGACATCGAATGTCATTTTAAATAACGAATATAGGAACTATTCAAGCTTATGAAGCAAATATGTTTTATAAACTTTCTTAAATTTACTATAGTTTGGATCTTGAACCCTAGGAATAATATGAAGTAAATAGACACTAAGTCTATGTGAATGTTTTTCTAACCCTAAATGTATAATTCGCTAAAATAATTTCAACATGTCACAAATAAATTTTAACTAGCGCAAAGGTGGGCGACCAAAGGTTCAACGATGTTAAATAACATTAGAAATTAATTTTAATTGGACTTTAAAA 292 TTerm_0208 MRSA_WT_19 24750 24772 23 24781 24803 23 8 86 0 31 71 28 75 25 0 24776 AAGTAAACGTGTTTTAAGGTAAT ATTGCCTTGAAACACGTTTATTT True TAAATATTA TTATGCAGA False True + AAGTAAACGTGTTTTAAGGTAAT TGCAATAT ATTGCCTTGAAACACGTTTATTT TTATGCAGA 86 MRSA_WT_01831 intergenic 24740 24874 + down CTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTAAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTATTTTTATGCAGAAAATCGTCTGAAATAGTCAGAATCCGAACGATATAAAAAGTATATTGGGGATTTTAGTGTAA TCTATTCATCAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTAAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTATTTTTATGCAGAAAATCGTCTGAAATAGTCAGAATCCGAACGATATAAAAAGTATATTGGGGATTTTAGTGTAATGAAAGGCGTTTCAAGACATGTTTT CTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTAAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTATTT 63 TTerm_0209 MRSA_WT_19 25082 25091 10 25099 25108 10 7 90 0 15 85 15 88 11 0 25094 TTAATGACAA TTTTCATTAA True ACATAAAAT CTCGCTTTT True True + TTAATGACAA TCTTAAC TTTTCATTAA CTCGCTTTT 38 MRSA_WT_01832 intergenic 25074 25209 + down CATAAAATTAATGACAATCTTAACTTTTCATTAACTCGCTTTTTTGTATTGCTTTTAAAAACCGAACAATATAGACTTGCATTTATTAAGTTTAAAAAAATTAATGAATTTTGCATTTAAAGGGAGATATTATAG TTCAAATAATAAAATTATCAATTAACATAAAATTAATGACAATCTTAACTTTTCATTAACTCGCTTTTTTGTATTGCTTTTAAAAACCGAACAATATAGACTTGCATTTATTAAGTTTAAAAAAATTAATGAATTTTGCATTTAAAGGGAGATATTATAGTGAAAAACAATCTTAGGTACGGCAT CATAAAATTAATGACAATCTTAACTTTTCATTAA 34 TTerm_0210 MRSA_WT_19 28271 28286 16 28292 28307 16 5 87 0 22 68 31 71 28 0 28288 ACAGGTTTATTTCATA TATGAAGTAAGCCTGT True TAAAATTGA TTTTTAAAA True True + ACAGGTTTATTTCATA AATTA TATGAAGTAAGCCTGT TTTTTAAAA 52 MRSA_WT_01833 intergenic 28256 28436 + down TCAATCTAAAATTGACAGGTTTATTTCATAAATTATATGAAGTAAGCCTGTTTTTTAAAATTAAATCAAATTTCCCAAGAAATAATTACATACTTAATGACACTATGAAGGCGTTCTAATTAGTGTTAAAATGACGTTGATACATAGATTTAATACTTAGGAAAAGGAGCACATTAACTT AAATAAAAAGAATCACAAAGCATAATCAATCTAAAATTGACAGGTTTATTTCATAAATTATATGAAGTAAGCCTGTTTTTTAAAATTAAATCAAATTTCCCAAGAAATAATTACATACTTAATGACACTATGAAGGCGTTCTAATTAGTGTTAAAATGACGTTGATACATAGATTTAATACTTAGGAAAAGGAGCACATTAACTTTGAAAAAAATAAAAAAGGCAATCAT TCAATCTAAAATTGACAGGTTTATTTCATAAATTATATGAAGTAAGCCTGT 51 TTerm_0211 MRSA_WT_19 30956 30975 20 30982 31001 20 6 75 0 15 72 27 80 20 0 30978 AATATCTTGGTGCAGTTAAA TTTAAATGCGTTAAGGTATT True GAGATTTTA TTTTATTTT False True + AATATCTTGGTGCAGTTAAA TGTATT TTTAAATGCGTTAAGGTATT TTTTATTTT 30 MRSA_WT_01836 intergenic 30937 31242 + down AGTATGTTTCGAGATTTTAATATCTTGGTGCAGTTAAATGTATTTTTAAATGCGTTAAGGTATTTTTTATTTTAGAAATTCAATGCTATTGAGTTGATGGGTTTTTCCAACAGATAAGAATGAATTATTCATTGAAAACTAAAAATAATAATTTTATTTGTAGATTGTTTTAAGTGTTTCAATATATAAAATAATTTTATAAAGATAAGTGTTATATTCCATTGTGCAACTCCTATTGTATTTGTAAAATTACATGTAAATTCACTGTAAGTAAAGTGGAAAATATGGAAAAAGGAGTATGCAAA TGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATATCTTGGTGCAGTTAAATGTATTTTTAAATGCGTTAAGGTATTTTTTATTTTAGAAATTCAATGCTATTGAGTTGATGGGTTTTTCCAACAGATAAGAATGAATTATTCATTGAAAACTAAAAATAATAATTTTATTTGTAGATTGTTTTAAGTGTTTCAATATATAAAATAATTTTATAAAGATAAGTGTTATATTCCATTGTGCAACTCCTATTGTATTTGTAAAATTACATGTAAATTCACTGTAAGTAAAGTGGAAAATATGGAAAAAGGAGTATGCAAATGAGAGATAAGAAAGGACCGGTAAA AGTATGTTTCGAGATTTTAATATCTTGGTGCAGTTAAATGTATTTTTAAATGCGTTAAGGTATT 64 TTerm_0212 MRSA_WT_19 31073 31085 13 31091 31103 13 5 84 0 16 88 11 90 9 0 31087 AAACTAAAAATAA TTATTTGTAGATT True TTCATTGAA GTTTTAAGT True True + AAACTAAAAATAA TAATT TTATTTGTAGATT GTTTTAAGT 32 MRSA_WT_01836 intergenic 30937 31242 + down AGTATGTTTCGAGATTTTAATATCTTGGTGCAGTTAAATGTATTTTTAAATGCGTTAAGGTATTTTTTATTTTAGAAATTCAATGCTATTGAGTTGATGGGTTTTTCCAACAGATAAGAATGAATTATTCATTGAAAACTAAAAATAATAATTTTATTTGTAGATTGTTTTAAGTGTTTCAATATATAAAATAATTTTATAAAGATAAGTGTTATATTCCATTGTGCAACTCCTATTGTATTTGTAAAATTACATGTAAATTCACTGTAAGTAAAGTGGAAAATATGGAAAAAGGAGTATGCAAA TGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATATCTTGGTGCAGTTAAATGTATTTTTAAATGCGTTAAGGTATTTTTTATTTTAGAAATTCAATGCTATTGAGTTGATGGGTTTTTCCAACAGATAAGAATGAATTATTCATTGAAAACTAAAAATAATAATTTTATTTGTAGATTGTTTTAAGTGTTTCAATATATAAAATAATTTTATAAAGATAAGTGTTATATTCCATTGTGCAACTCCTATTGTATTTGTAAAATTACATGTAAATTCACTGTAAGTAAAGTGGAAAATATGGAAAAAGGAGTATGCAAATGAGAGATAAGAAAGGACCGGTAAA AGTATGTTTCGAGATTTTAATATCTTGGTGCAGTTAAATGTATTTTTAAATGCGTTAAGGTATTTTTTATTTTAGAAATTCAATGCTATTGAGTTGATGGGTTTTTCCAACAGATAAGAATGAATTATTCATTGAAAACTAAAAATAATAATTTTATTTGTAGATT 166 TTerm_0213 MRSA_WT_19 35387 35394 8 35404 35411 8 9 87 0 11 81 18 85 14 0 35398 AAGTCTAT ATAGAATT True TTTTTAAGA TTAATCAAT False True + AAGTCTAT GTAAACATA ATAGAATT TTAATCAAT 30 MRSA_WT_01839 intergenic 35398 35442 + down ACATAATAGAATTTTAATCAATGCTATTAAGGTGGGAATTGAAA AAAGTTTTTTAAGAAGTCTATGTAAACATAATAGAATTTTAATCAATGCTATTAAGGTGGGAATTGAAATGAAATATAAAATTAGTTTGGCTTA ACATAATAGAATT 13 TTerm_0214 MRSA_WT_19 35622 35635 14 35640 35653 14 4 85 0 18 71 28 75 25 0 35637 AATGCAACTTTGTA TACAAGGTTGTATT True TCTATATTA TTTTTCGCA False True + AATGCAACTTTGTA TTCG TACAAGGTTGTATT TTTTTCGCA 52 MRSA_WT_01840 intergenic 35612 35720 + down TTCTATATTAATGCAACTTTGTATTCGTACAAGGTTGTATTTTTTTCGCAAACAATTACTTAATGACAGCGCATCAATAAATCTAACCAACACACTATCGCAAACATT TTGTGATATTAAAAAGCATAAATGATTCTATATTAATGCAACTTTGTATTCGTACAAGGTTGTATTTTTTTCGCAAACAATTACTTAATGACAGCGCATCAATAAATCTAACCAACACACTATCGCAAACATTTATGGATATTTTGTGATTTTATAAA TTCTATATTAATGCAACTTTGTATTCGTACAAGGTTGTATT 41 TTerm_0215 MRSA_WT_19 46926 46937 12 46945 46956 12 7 91 0 19 70 29 72 27 0 46940 GAAGTTAAGCAA TTGTTTAACTTC True CAATAATGG TTTTTTATT False True + GAAGTTAAGCAA CCAATCT TTGTTTAACTTC TTTTTTATT 46 MRSA_WT_01851 intergenic 46786 47322 + down AAAGGTATTAAGAAACACAATAAGTATATAATCCATTTAATAATAAATGAATTATATAGTTCATAATTTCGACTATAAGTGGCTATTAGCCATTATTTTTCGGGATCTGTGTCAAATCGGACTAATGAATTCAATAATGGAAGTTAAGCAACCAATCTTTGTTTAACTTCTTTTTTATTTTTTGGAAAATAAAGTTTTGAACATAATAAAATTTGATTATGTTTTAACGAATTTTGATGTTTCTTGAACTATATATCATCTAGTCGTCATTTACAATTGGTAAATATGACTTCAAACTGTATGAAGGTGATGGCGATTAAAAGGCTCATCCGTAGGTTCTAAAGAACTAGAATTTAACTTTATAAGAAATAAAGAAGAAAATGTGTATTTTTCTGATAGTATTAATTTCAAACCTACTGAATAGAGTTAATAGAAGTTTGAAATAAAAATTTCATAAAGTGTTCAAAATAATTTTTCGCTTTAGTTGTAAATATTAAAAACTGAGTCAATATTAAAAATATAAGGTGGAGAAATGA AAAAATTCAAGATATTAAAGTATAAAAAGGTATTAAGAAACACAATAAGTATATAATCCATTTAATAATAAATGAATTATATAGTTCATAATTTCGACTATAAGTGGCTATTAGCCATTATTTTTCGGGATCTGTGTCAAATCGGACTAATGAATTCAATAATGGAAGTTAAGCAACCAATCTTTGTTTAACTTCTTTTTTATTTTTTGGAAAATAAAGTTTTGAACATAATAAAATTTGATTATGTTTTAACGAATTTTGATGTTTCTTGAACTATATATCATCTAGTCGTCATTTACAATTGGTAAATATGACTTCAAACTGTATGAAGGTGATGGCGATTAAAAGGCTCATCCGTAGGTTCTAAAGAACTAGAATTTAACTTTATAAGAAATAAAGAAGAAAATGTGTATTTTTCTGATAGTATTAATTTCAAACCTACTGAATAGAGTTAATAGAAGTTTGAAATAAAAATTTCATAAAGTGTTCAAAATAATTTTTCGCTTTAGTTGTAAATATTAAAAACTGAGTCAATATTAAAAATATAAGGTGGAGAAATGATGATTCATTCAAAGAAATTAACGCT AAAGGTATTAAGAAACACAATAAGTATATAATCCATTTAATAATAAATGAATTATATAGTTCATAATTTCGACTATAAGTGGCTATTAGCCATTATTTTTCGGGATCTGTGTCAAATCGGACTAATGAATTCAATAATGGAAGTTAAGCAACCAATCTTTGTTTAACTTC 170 TTerm_0216 MRSA_WT_19 46960 46967 8 46972 46979 8 4 100 0 16 100 0 100 0 0 46969 TTTATTTT AAAATAAA True ACTTCTTTT GTTTTGAAC False True + TTTATTTT TTGG AAAATAAA GTTTTGAAC 32 MRSA_WT_01851 intergenic 46786 47322 + down AAAGGTATTAAGAAACACAATAAGTATATAATCCATTTAATAATAAATGAATTATATAGTTCATAATTTCGACTATAAGTGGCTATTAGCCATTATTTTTCGGGATCTGTGTCAAATCGGACTAATGAATTCAATAATGGAAGTTAAGCAACCAATCTTTGTTTAACTTCTTTTTTATTTTTTGGAAAATAAAGTTTTGAACATAATAAAATTTGATTATGTTTTAACGAATTTTGATGTTTCTTGAACTATATATCATCTAGTCGTCATTTACAATTGGTAAATATGACTTCAAACTGTATGAAGGTGATGGCGATTAAAAGGCTCATCCGTAGGTTCTAAAGAACTAGAATTTAACTTTATAAGAAATAAAGAAGAAAATGTGTATTTTTCTGATAGTATTAATTTCAAACCTACTGAATAGAGTTAATAGAAGTTTGAAATAAAAATTTCATAAAGTGTTCAAAATAATTTTTCGCTTTAGTTGTAAATATTAAAAACTGAGTCAATATTAAAAATATAAGGTGGAGAAATGA AAAAATTCAAGATATTAAAGTATAAAAAGGTATTAAGAAACACAATAAGTATATAATCCATTTAATAATAAATGAATTATATAGTTCATAATTTCGACTATAAGTGGCTATTAGCCATTATTTTTCGGGATCTGTGTCAAATCGGACTAATGAATTCAATAATGGAAGTTAAGCAACCAATCTTTGTTTAACTTCTTTTTTATTTTTTGGAAAATAAAGTTTTGAACATAATAAAATTTGATTATGTTTTAACGAATTTTGATGTTTCTTGAACTATATATCATCTAGTCGTCATTTACAATTGGTAAATATGACTTCAAACTGTATGAAGGTGATGGCGATTAAAAGGCTCATCCGTAGGTTCTAAAGAACTAGAATTTAACTTTATAAGAAATAAAGAAGAAAATGTGTATTTTTCTGATAGTATTAATTTCAAACCTACTGAATAGAGTTAATAGAAGTTTGAAATAAAAATTTCATAAAGTGTTCAAAATAATTTTTCGCTTTAGTTGTAAATATTAAAAACTGAGTCAATATTAAAAATATAAGGTGGAGAAATGATGATTCATTCAAAGAAATTAACGCT AAAGGTATTAAGAAACACAATAAGTATATAATCCATTTAATAATAAATGAATTATATAGTTCATAATTTCGACTATAAGTGGCTATTAGCCATTATTTTTCGGGATCTGTGTCAAATCGGACTAATGAATTCAATAATGGAAGTTAAGCAACCAATCTTTGTTTAACTTCTTTTTTATTTTTTGGAAAATAAA 193 TTerm_0217 MRSA_WT_21 19474 19481 8 19491 19498 8 9 100 0 16 75 25 75 25 0 19485 CAATTCAT ATGAATTG True TAGCCTCAC CTTATTTTT False True + CAATTCAT CATTGTCAC ATGAATTG CTTATTTTT 40 MRSA_WT_01911 intergenic 19318 19612 + down ATAATAGCAGCACTGGCATATATTTTGAGTTCAACGTTTGTTGTTCTTGAATATGCTAGTGCTTTTTTGTGCGATGTTAATATTTCGTAATTGCGTTGTGGAGGATTGCTGGTCATTTTTATTCATTTAATTCGATAAATGTCATAGTAGCCTCACAATTCATCATTGTCACATGAATTGCTTATTTTTTAATTTTTTAGAAAATTCGGCAAATTGTATTGACGATATATGCAATTTTACATATAATGCTCTTATTCCTAGTGGATTAATAAGAATTTGTAGGAGGGGCGATGA AAAACAAGCACTAGATACGTTATAAATAATAGCAGCACTGGCATATATTTTGAGTTCAACGTTTGTTGTTCTTGAATATGCTAGTGCTTTTTTGTGCGATGTTAATATTTCGTAATTGCGTTGTGGAGGATTGCTGGTCATTTTTATTCATTTAATTCGATAAATGTCATAGTAGCCTCACAATTCATCATTGTCACATGAATTGCTTATTTTTTAATTTTTTAGAAAATTCGGCAAATTGTATTGACGATATATGCAATTTTACATATAATGCTCTTATTCCTAGTGGATTAATAAGAATTTGTAGGAGGGGCGATGATGATTGAGTTTCGACAGGTAAGTAA ATAATAGCAGCACTGGCATATATTTTGAGTTCAACGTTTGTTGTTCTTGAATATGCTAGTGCTTTTTTGTGCGATGTTAATATTTCGTAATTGCGTTGTGGAGGATTGCTGGTCATTTTTATTCATTTAATTCGATAAATGTCATAGTAGCCTCACAATTCATCATTGTCACATGAATTG 180 TTerm_0218 MRSA_WT_21 19529 19537 9 19547 19555 9 9 88 0 13 83 16 87 12 0 19541 AAATTGTAT ATGCAATTT True AATTCGGCA TACATATAA False True + AAATTGTAT TGACGATAT ATGCAATTT TACATATAA 42 MRSA_WT_01911 intergenic 19318 19612 + down ATAATAGCAGCACTGGCATATATTTTGAGTTCAACGTTTGTTGTTCTTGAATATGCTAGTGCTTTTTTGTGCGATGTTAATATTTCGTAATTGCGTTGTGGAGGATTGCTGGTCATTTTTATTCATTTAATTCGATAAATGTCATAGTAGCCTCACAATTCATCATTGTCACATGAATTGCTTATTTTTTAATTTTTTAGAAAATTCGGCAAATTGTATTGACGATATATGCAATTTTACATATAATGCTCTTATTCCTAGTGGATTAATAAGAATTTGTAGGAGGGGCGATGA AAAACAAGCACTAGATACGTTATAAATAATAGCAGCACTGGCATATATTTTGAGTTCAACGTTTGTTGTTCTTGAATATGCTAGTGCTTTTTTGTGCGATGTTAATATTTCGTAATTGCGTTGTGGAGGATTGCTGGTCATTTTTATTCATTTAATTCGATAAATGTCATAGTAGCCTCACAATTCATCATTGTCACATGAATTGCTTATTTTTTAATTTTTTAGAAAATTCGGCAAATTGTATTGACGATATATGCAATTTTACATATAATGCTCTTATTCCTAGTGGATTAATAAGAATTTGTAGGAGGGGCGATGATGATTGAGTTTCGACAGGTAAGTAA ATAATAGCAGCACTGGCATATATTTTGAGTTCAACGTTTGTTGTTCTTGAATATGCTAGTGCTTTTTTGTGCGATGTTAATATTTCGTAATTGCGTTGTGGAGGATTGCTGGTCATTTTTATTCATTTAATTCGATAAATGTCATAGTAGCCTCACAATTCATCATTGTCACATGAATTGCTTATTTTTTAATTTTTTAGAAAATTCGGCAAATTGTATTGACGATATATGCAATTT 237 TTerm_0219 MRSA_WT_24 6734 6746 13 6755 6767 13 8 76 0 11 92 7 100 0 0 6750 ATATTGAAAGTTA TAATTATTAATAT True GGTTTGATA CGCCGTTTT False True + ATATTGAAAGTTA GGGTATAA TAATTATTAATAT CGCCGTTTT 22 MRSA_WT_02022 intergenic 6653 6812 + down AATTTACTCATTTTCATTATAAAAATGATGCTTAAGTGCTATATTTAGAGTATAAGCATGTTAAAGTTAAATGGTTTGATATATTGAAAGTTAGGGTATAATAATTATTAATATCGCCGTTTTTATGTAAAATGCAAACTAAGAGGAGTGTAGAAATCA ACAAGATTTTCCGGGATTGAATTAAAATTTACTCATTTTCATTATAAAAATGATGCTTAAGTGCTATATTTAGAGTATAAGCATGTTAAAGTTAAATGGTTTGATATATTGAAAGTTAGGGTATAATAATTATTAATATCGCCGTTTTTATGTAAAATGCAAACTAAGAGGAGTGTAGAAATCATGGCAATGAACTTTAAAGTCTTTGA AATTTACTCATTTTCATTATAAAAATGATGCTTAAGTGCTATATTTAGAGTATAAGCATGTTAAAGTTAAATGGTTTGATATATTGAAAGTTAGGGTATAATAATTATTAATAT 114 TTerm_0220 MRSA_WT_24 10239 10260 22 10267 10288 22 6 81 0 24 72 27 77 22 0 10263 AAAATAAAGTTTGGGCATTACA TGTAGTGTTCAAGCTTTATTTT True ATTAATATA TGTCTATGT True True + AAAATAAAGTTTGGGCATTACA GGTAGA TGTAGTGTTCAAGCTTTATTTT TGTCTATGT 64 MRSA_WT_02026 intergenic 10224 10686 + down TTAAATATTAATATAAAATAAAGTTTGGGCATTACAGGTAGATGTAGTGTTCAAGCTTTATTTTTGTCTATGTCAAATTGAACTTATAAGTCTGATTTGATATAGAGCCATGAAAAGGAAAAACTTTTCATGGAGTCCGTTTTATTATAGAACCTATTTTTTATATGATGAATTGTTGTACATGTATTGGCCAAACAACCTGTGATAAAAATCTTATGATGTCATGTATTGTCCATAGATACACGTAACGCAGTTGAAAAAGACTACAAGTCATTATCCAAGGATGTTATAAAATGAATAATTACTAAAATATCAAAATATAAAATCTTAAGCATCGTAAAAAACAAAAAAACCGAACATCTGAAAAAATTAATAATTTTCCATCTATCCGATTTAAGTTGATACTTGATTTAGTTACAATGCGGTATTGCATGTTTAAATATCATGCAAAACTAATCAAAT AGAAGATATGGTAGATCCTCATTAATTAAATATTAATATAAAATAAAGTTTGGGCATTACAGGTAGATGTAGTGTTCAAGCTTTATTTTTGTCTATGTCAAATTGAACTTATAAGTCTGATTTGATATAGAGCCATGAAAAGGAAAAACTTTTCATGGAGTCCGTTTTATTATAGAACCTATTTTTTATATGATGAATTGTTGTACATGTATTGGCCAAACAACCTGTGATAAAAATCTTATGATGTCATGTATTGTCCATAGATACACGTAACGCAGTTGAAAAAGACTACAAGTCATTATCCAAGGATGTTATAAAATGAATAATTACTAAAATATCAAAATATAAAATCTTAAGCATCGTAAAAAACAAAAAAACCGAACATCTGAAAAAATTAATAATTTTCCATCTATCCGATTTAAGTTGATACTTGATTTAGTTACAATGCGGTATTGCATGTTTAAATATCATGCAAAACTAATCAAATTAGTCATCCAAAGAAACGGAAATGA TTAAATATTAATATAAAATAAAGTTTGGGCATTACAGGTAGATGTAGTGTTCAAGCTTTATTTT 64 TTerm_0221 MRSA_WT_24 33596 33607 12 33612 33623 12 4 91 0 19 62 37 63 36 0 33609 AAACAGAAGTGA TCGCTTCTGTTT True AGTCATACA TTTTATTAC False True + AAACAGAAGTGA AATA TCGCTTCTGTTT TTTTATTAC 62 MRSA_WT_02053 intergenic 33593 33647 + down ACAAACAGAAGTGAAATATCGCTTCTGTTTTTTTATTACATATTTATTGTTGAG CGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATACAAACAGAAGTGAAATATCGCTTCTGTTTTTTTATTACATATTTATTGTTGAGGAGAGTTGTCCGAGTTGGCCGAAGG ACAAACAGAAGTGAAATATCGCTTCTGTTT 30 TTerm_0222 MRSA_WT_24 33741 33753 13 33760 33772 13 6 100 0 26 53 46 53 46 0 33756 GCGCTTAAAATGG CCATTTTAAGCGC True CCGTAAAGG TATTTTTAA False True + GCGCTTAAAATGG TTTTAC CCATTTTAAGCGC TATTTTTAA 68 MRSA_WT_02054 intergenic 33735 33966 + down TAAAGGCGCTTAAAATGGTTTTACCCATTTTAAGCGCTATTTTTAAGGTTTTTTGTCTATTATCTGAGTCACTTAATTTAAAATTTGTTTGTTCAATAGTAAGTAGGATTGTTAAGTTTAAAATCGTAATCTAATAATATTAGTGAATATTTAAAGATTAAAAACAGAATTTTTCAGTTTATTAAGAAAAAAATTTGTGAAGGAGGGATATTATTAAAAATAGTAAAGTAA GAGGGTTCGAATCCCTCACTCTCCGTAAAGGCGCTTAAAATGGTTTTACCCATTTTAAGCGCTATTTTTAAGGTTTTTTGTCTATTATCTGAGTCACTTAATTTAAAATTTGTTTGTTCAATAGTAAGTAGGATTGTTAAGTTTAAAATCGTAATCTAATAATATTAGTGAATATTTAAAGATTAAAAACAGAATTTTTCAGTTTATTAAGAAAAAAATTTGTGAAGGAGGGATATTATTAAAAATAGTAAAGTAATGTTAAATGTATTATTATTAATTTT TAAAGGCGCTTAAAATGGTTTTACCCATTTTAAGCGC 37 TTerm_0223 MRSA_WT_24 36532 36542 11 36552 36562 11 9 81 0 12 100 0 100 0 0 36546 AAATTAATATA TATTTAAATTT True TTTATACGA TAAAGTCTC False True + AAATTAATATA TGTATTAAC TATTTAAATTT TAAAGTCTC 24 MRSA_WT_02057 intergenic 36493 36647 + down TGATAATTAGTTTTAACACTAAAATGCGAATTTATACGAAATTAATATATGTATTAACTATTTAAATTTTAAAGTCTCTAGGGCTAATGTGTATGTTAAATATTCCCTGTAATACATCAAATTTATAAAAAATTAAAATATGGAGTTGTTGTAA AATATCATATGTAGATAGTAACTAATGATAATTAGTTTTAACACTAAAATGCGAATTTATACGAAATTAATATATGTATTAACTATTTAAATTTTAAAGTCTCTAGGGCTAATGTGTATGTTAAATATTCCCTGTAATACATCAAATTTATAAAAAATTAAAATATGGAGTTGTTGTAATGAAGTTATTTGCCTTTATCTTCAT TGATAATTAGTTTTAACACTAAAATGCGAATTTATACGAAATTAATATATGTATTAACTATTTAAATTT 69 TTerm_0224 MRSA_WT_24 39468 39478 11 39483 39493 11 4 81 0 12 90 9 88 11 0 39480 TTTTAAATGTA TACTTTTATAA True TGACGTGCT TCTTTTAGT False True + TTTTAAATGTA TTTT TACTTTTATAA TCTTTTAGT 32 MRSA_WT_02060 intergenic 39270 39822 + down TAAGTATATTTGATATCACTATACAATCATAAAGTGCGTTTTTCGAACTTTTGTTCTAAGTGTTTTATAGATTCATGTAAATAGTTAGTTTATTGCCGGTTAAATTATTTAATTTTTCTAAATGATTTATTCTAAATATGTTTTATGTCAATAGCGGTTTAAAAATGCTGTTTTATGGCGGTTTGAAAATGACGTGCTTTTAAATGTATTTTTACTTTTATAATCTTTTAGTCGACATGATTCTCCAGTGGAAATGATAATTTAATAACGTACATTTATGATTGTTTAAGAATGTACAATTTTTTAACACTCTAGAGGTAAATCTATCTAGGTAATCCGAATTCTCCGTTAATTTAACGGAAATACAATGAATTGTTAGTTTTCTTAAAAGAGCAAGTGTCAAATACGTATCAAGAAAAAGTTTTTCTGACTCTTTGACCTTGTTCTTTTTTGTTCTAAAATAAAACGTGCAAATAAAAAAGTTATCTGCTTTTCTATTTGCACGATATGGTTTGGAAATTAAAGAATATAAATAAGGGACTACTGCTAATT TAAGTATATTTGATATCACTATACAATCATAAAGTGCGTTTTTCGAACTTTTGTTCTAAGTGTTTTATAGATTCATGTAAATAGTTAGTTTATTGCCGGTTAAATTATTTAATTTTTCTAAATGATTTATTCTAAATATGTTTTATGTCAATAGCGGTTTAAAAATGCTGTTTTATGGCGGTTTGAAAATGACGTGCTTTTAAATGTATTTTTACTTTTATAA 223 TTerm_0225 MRSA_WT_25 1115 1125 11 1130 1140 11 4 81 0 12 54 45 55 44 0 1127 AAAGGGGACTC GAGTCTCTTTT True GCACTATGA TTTATTGAT False True + AAAGGGGACTC TTTG GAGTCTCTTTT TTTATTGAT 48 MRSA_WT_02063 intergenic 1088 1209 + down CGATATTAATTAAGCAACGCACTATGAAAGGGGACTCTTTGGAGTCTCTTTTTTTATTGATTTCAAAAGCTGAAAAAGTAATAGTAGTTAAACTTACGTGTAATATTTTGAGGTGAAGATA TTATTTTCCAGAGACAACTGAATAACGATATTAATTAAGCAACGCACTATGAAAGGGGACTCTTTGGAGTCTCTTTTTTTATTGATTTCAAAAGCTGAAAAAGTAATAGTAGTTAAACTTACGTGTAATATTTTGAGGTGAAGATATGTTAGTAGCTTTAAATGAAGAAAA CGATATTAATTAAGCAACGCACTATGAAAGGGGACTCTTTGGAGTCTCTTTT 52 TTerm_0226 MRSA_WT_25 4222 4229 8 4236 4243 8 6 100 0 16 37 62 37 62 0 4232 CGTCGTGT ACACGACG True TTGTTTAGC TTTTTTTAT False True + CGTCGTGT ATTCAG ACACGACG TTTTTTTAT 56 MRSA_WT_02065 intergenic 4051 4511 + down TACTATTGAATTCGCTTACATTATGAACAGATTGTGACAATTTAAATTAAGTACTATTAAAAGGTTGAAATGGTAGAGATAGCATGTTATATTATGAACATGAAATTAATCACATAACAAACATACCCCTTTGTTTGAAGTGAAAAATTTCTCCCATCCCCTTTGTTTAGCGTCGTGTATTCAGACACGACGTTTTTTTATGTTCTTTTTTAATAAGAGGGAAGTGAAGTTGTATAAAAATGTATTAAATATGCACTTTTTATACATTAACGATTAATATAAGTCTATTATGTACCAAATTTATAATTTGTATAATTTTCGAACTGGTTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATT TTTTGAAAAATTAATGAAAGCTTAGTACTATTGAATTCGCTTACATTATGAACAGATTGTGACAATTTAAATTAAGTACTATTAAAAGGTTGAAATGGTAGAGATAGCATGTTATATTATGAACATGAAATTAATCACATAACAAACATACCCCTTTGTTTGAAGTGAAAAATTTCTCCCATCCCCTTTGTTTAGCGTCGTGTATTCAGACACGACGTTTTTTTATGTTCTTTTTTAATAAGAGGGAAGTGAAGTTGTATAAAAATGTATTAAATATGCACTTTTTATACATTAACGATTAATATAAGTCTATTATGTACCAAATTTATAATTTGTATAATTTTCGAACTGGTTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTT TACTATTGAATTCGCTTACATTATGAACAGATTGTGACAATTTAAATTAAGTACTATTAAAAGGTTGAAATGGTAGAGATAGCATGTTATATTATGAACATGAAATTAATCACATAACAAACATACCCCTTTGTTTGAAGTGAAAAATTTCTCCCATCCCCTTTGTTTAGCGTCGTGTATTCAGACACGACG 192 TTerm_0227 MRSA_WT_25 4282 4296 15 4302 4317 16 5 87 6 15 80 19 85 14 0 4298 TGTATAAAAATGTAT ATGCACTTTTTATACA True AGTGAAGTT TTAACGATT True True + TGTATAAAAATGTAT TAAAT ATGCACTTTTTATACA TTAACGATT 54 MRSA_WT_02065 intergenic 4051 4511 + down TACTATTGAATTCGCTTACATTATGAACAGATTGTGACAATTTAAATTAAGTACTATTAAAAGGTTGAAATGGTAGAGATAGCATGTTATATTATGAACATGAAATTAATCACATAACAAACATACCCCTTTGTTTGAAGTGAAAAATTTCTCCCATCCCCTTTGTTTAGCGTCGTGTATTCAGACACGACGTTTTTTTATGTTCTTTTTTAATAAGAGGGAAGTGAAGTTGTATAAAAATGTATTAAATATGCACTTTTTATACATTAACGATTAATATAAGTCTATTATGTACCAAATTTATAATTTGTATAATTTTCGAACTGGTTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATT TTTTGAAAAATTAATGAAAGCTTAGTACTATTGAATTCGCTTACATTATGAACAGATTGTGACAATTTAAATTAAGTACTATTAAAAGGTTGAAATGGTAGAGATAGCATGTTATATTATGAACATGAAATTAATCACATAACAAACATACCCCTTTGTTTGAAGTGAAAAATTTCTCCCATCCCCTTTGTTTAGCGTCGTGTATTCAGACACGACGTTTTTTTATGTTCTTTTTTAATAAGAGGGAAGTGAAGTTGTATAAAAATGTATTAAATATGCACTTTTTATACATTAACGATTAATATAAGTCTATTATGTACCAAATTTATAATTTGTATAATTTTCGAACTGGTTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTT TACTATTGAATTCGCTTACATTATGAACAGATTGTGACAATTTAAATTAAGTACTATTAAAAGGTTGAAATGGTAGAGATAGCATGTTATATTATGAACATGAAATTAATCACATAACAAACATACCCCTTTGTTTGAAGTGAAAAATTTCTCCCATCCCCTTTGTTTAGCGTCGTGTATTCAGACACGACGTTTTTTTATGTTCTTTTTTAATAAGAGGGAAGTGAAGTTGTATAAAAATGTATTAAATATGCACTTTTTATACA 266 TTerm_0228 MRSA_WT_25 13633 13654 22 13661 13682 22 6 72 0 14 72 27 68 31 0 13657 AATAATCGGACTGATGGAAAAT ATATTTCATCTGACTGATTTTT True GCTTTTATA TTTATGCAC False True + AATAATCGGACTGATGGAAAAT TATTTG ATATTTCATCTGACTGATTTTT TTTATGCAC 28 MRSA_WT_02075 intergenic 13572 13769 + down TATCATTCAACAGCTTTGTTCACGTTATCATATATGTGAGCAAAGCTTTTTTGCTTTTATAATAATCGGACTGATGGAAAATTATTTGATATTTCATCTGACTGATTTTTTTTATGCACAAAAAAATCTCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGAGGAGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAAT TAGCGGATTCCACGCAATTAAATAATATCATTCAACAGCTTTGTTCACGTTATCATATATGTGAGCAAAGCTTTTTTGCTTTTATAATAATCGGACTGATGGAAAATTATTTGATATTTCATCTGACTGATTTTTTTTATGCACAAAAAAATCTCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGAGGAGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTT TATCATTCAACAGCTTTGTTCACGTTATCATATATGTGAGCAAAGCTTTTTTGCTTTTATAATAATCGGACTGATGGAAAATTATTTGATATTTCATCTGACTGATTTTT 110 TTerm_0229 MRSA_WT_25 18413 18433 21 18440 18460 21 6 100 0 42 80 19 80 19 0 18436 AAGAAAATGGTCATTTTTATT AATAAAAATGACCATTTTCTT True GAATTAATA TATTTTAAA True True + AAGAAAATGGTCATTTTTATT GAATGT AATAAAAATGACCATTTTCTT TATTTTAAA 84 MRSA_WT_02079 intergenic 18370 18483 + down GTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCT TATTGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTGCTA GTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTT 90 TTerm_0230 MRSA_WT_25 24778 24789 12 24796 24807 12 6 91 0 19 58 41 54 45 0 24792 AGACCTTTGCTA TAGCATAGGTCT True GCTTAGTGA TTTTGTTTG False True + AGACCTTTGCTA TTTATT TAGCATAGGTCT TTTTGTTTG 54 MRSA_WT_02084 intergenic 24546 24848 + down CAGCTCAATTGTATAATCGAATTTGTTACATTAAAAATAATTGTTTCGTTGAAGAAAAATAAATTGTATATTTTAAAAGAAAAAGGTATACTATGATGTATCAAATGAATAACCTATGGCATTTTGTCAGAGGGGAGTAACTTAAGAATCATGACCGTATAAATGATTCGACACTTTATCGTCATTACGAAGATATCTTCCGGTAAAGTGGGCAATTTAAATTGCTTAGTGAGACCTTTGCTATTTATTTAGCATAGGTCTTTTTGTTTGTACTTAACTTATTTATTTAAAGGAGTTGTACA AATTAAATTGTATAGTTTACTTTAACAGCTCAATTGTATAATCGAATTTGTTACATTAAAAATAATTGTTTCGTTGAAGAAAAATAAATTGTATATTTTAAAAGAAAAAGGTATACTATGATGTATCAAATGAATAACCTATGGCATTTTGTCAGAGGGGAGTAACTTAAGAATCATGACCGTATAAATGATTCGACACTTTATCGTCATTACGAAGATATCTTCCGGTAAAGTGGGCAATTTAAATTGCTTAGTGAGACCTTTGCTATTTATTTAGCATAGGTCTTTTTGTTTGTACTTAACTTATTTATTTAAAGGAGTTGTACATGTTAATGGATCCAAGTTTGATCTT CAGCTCAATTGTATAATCGAATTTGTTACATTAAAAATAATTGTTTCGTTGAAGAAAAATAAATTGTATATTTTAAAAGAAAAAGGTATACTATGATGTATCAAATGAATAACCTATGGCATTTTGTCAGAGGGGAGTAACTTAAGAATCATGACCGTATAAATGATTCGACACTTTATCGTCATTACGAAGATATCTTCCGGTAAAGTGGGCAATTTAAATTGCTTAGTGAGACCTTTGCTATTTATTTAGCATAGGTCT 261 TTerm_0231 MRSA_WT_25 25664 25675 12 25682 25693 12 6 91 0 19 62 37 63 36 0 25678 GGACAATCTTAA TTAAGGTTGTCC True TGTGAAGCG TTTTTCATT False True + GGACAATCTTAA TTTAGT TTAAGGTTGTCC TTTTTCATT 54 MRSA_WT_02085 intergenic 25651 25885 + down TTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATATGAATCAAAATATGCGATATAGCATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAAGTGTTAATGTGTCATAATGAAAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAG TAAAAATAAAAAATCGCATAAATAATTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCCTTTTTCATTTAATTGAGTGATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATATGAATCAAAATATGCGATATAGCATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAAGTGTTAATGTGTCATAATGAAAAGTGATTTTATTGAATGGAGTGGACATTAGTGGATATTGGTAAAAAACATGTAAT TTGATGTGAAGCGGACAATCTTAATTTAGTTTAAGGTTGTCC 42 TTerm_0232 MRSA_WT_25 29570 29595 26 29604 29630 27 8 85 3 27 77 22 78 21 0 29599 TATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAA TTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTA True TAGGATAAT GTTTGTATT False True + TATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAA TGTAGATT TTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTA GTTTGTATT 62 MRSA_WT_02087 intergenic 29569 29705 + down TATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGATTGGTTTTGAAAATGGTAAACTAGTAACAATGAGAGGTGTAACA AAAAGAACGTATTCAAATAGGATAATATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTAGTTTGTATTTTTAACTTATTTTATAAGACGATTGGTTTTGAAAATGGTAAACTAGTAACAATGAGAGGTGTAACATGATGGAAAAAAATGAAAACATTAA TATAATAGCAATCTAAGTTTAGTTAATGTAGATTTTAACTGGAACTTAGATTGCTTTTTTA 61 TTerm_0233 MRSA_WT_26 8394 8414 21 8422 8442 21 7 76 0 17 76 23 75 25 0 8417 ATAAAGTCGTATCATATATTG CATTATATGAAGCGTTTTTAT True CGCTTCATA TACAAACAT False True + ATAAAGTCGTATCATATATTG ACTCGAC CATTATATGAAGCGTTTTTAT TACAAACAT 42 MRSA_WT_02106 intergenic 8359 8581 + down AATATACTAGCTCATAGCAAATAAAACGCTTCATATAAAGTCGTATCATATATTGACTCGACCATTATATGAAGCGTTTTTATTACAAACATTCCTCTATTGTATCTTGTCATTTGAACATCATTTAATTGATGTCACATATGACTTTATTTCTATATCTATTTATCATACTTCAAACGTTATGTACACGAGTCATTAAATCGTGCCCATATGATTACAACT AAGAGAAATAGAAAAGTTATTATAAAATATACTAGCTCATAGCAAATAAAACGCTTCATATAAAGTCGTATCATATATTGACTCGACCATTATATGAAGCGTTTTTATTACAAACATTCCTCTATTGTATCTTGTCATTTGAACATCATTTAATTGATGTCACATATGACTTTATTTCTATATCTATTTATCATACTTCAAACGTTATGTACACGAGTCATTAAATCGTGCCCATATGATTACAACTTATTCTTCACTTTCAGTAGATGCTT AATATACTAGCTCATAGCAAATAAAACGCTTCATATAAAGTCGTATCATATATTGACTCGACCATTATATGAAGCGTTTTTAT 83 TTerm_0234 MRSA_WT_27 6992 6997 6 7006 7011 6 8 100 0 12 100 0 100 0 0 7001 AATTAA TTAATT True TTATATTAA GTTTTTTCA False True + AATTAA AACCGTCA TTAATT GTTTTTTCA 24 MRSA_WT_02138 intergenic 6874 7355 + down TTTGTAACTAGAAGATAATAAAGAGAACGCTCTATAGAGACGAATTGAAGGTTTGATTTTAATGTCTGTTAGTAAGAATCATATCAATGAGATGCCTATAGTACTCAGATTATATTAAATTAAAACCGTCATTAATTGTTTTTTCAGAAAACATATAGTATCATTTTAAATGTAGTTGACATACTACGTACTCAAATAATCTATAACAATTTCATATATAATTCTTTCGGGGCAGGGTGAAATTCCCAACCGGCAGTAAATAAAGCCTGCGACCTGCTAATATGTTTCATATTAGTGGCTGATCTAGTGAGATTCTAGAGCCGACAGTTAAAGTCTGGATGGGAGAAAGAATGTTAATTATCGACAAAGATAATGTAGCGTATTTGTAAAAATGTGTACAAATAGGCTTATTTAACGATAAATTTTTCTCCTTGCATCTTAATTCATGATGTGAGGATTTTTGTTTATAGAGGTGATCATT ACAACAGCGCAGTGACAATCAATAATTTGTAACTAGAAGATAATAAAGAGAACGCTCTATAGAGACGAATTGAAGGTTTGATTTTAATGTCTGTTAGTAAGAATCATATCAATGAGATGCCTATAGTACTCAGATTATATTAAATTAAAACCGTCATTAATTGTTTTTTCAGAAAACATATAGTATCATTTTAAATGTAGTTGACATACTACGTACTCAAATAATCTATAACAATTTCATATATAATTCTTTCGGGGCAGGGTGAAATTCCCAACCGGCAGTAAATAAAGCCTGCGACCTGCTAATATGTTTCATATTAGTGGCTGATCTAGTGAGATTCTAGAGCCGACAGTTAAAGTCTGGATGGGAGAAAGAATGTTAATTATCGACAAAGATAATGTAGCGTATTTGTAAAAATGTGTACAAATAGGCTTATTTAACGATAAATTTTTCTCCTTGCATCTTAATTCATGATGTGAGGATTTTTGTTTATAGAGGTGATCATTTGAGTCAATTTATGGATTATGCGAT TTTGTAACTAGAAGATAATAAAGAGAACGCTCTATAGAGACGAATTGAAGGTTTGATTTTAATGTCTGTTAGTAAGAATCATATCAATGAGATGCCTATAGTACTCAGATTATATTAAATTAAAACCGTCATTAATT 137 TTerm_0235 MRSA_WT_27 7303 7312 10 7322 7331 10 9 80 0 10 50 50 50 50 0 7316 TCCTTGCATC GATGTGAGGA True AATTTTTCT TTTTTGTTT False True + TCCTTGCATC TTAATTCAT GATGTGAGGA TTTTTGTTT 44 MRSA_WT_02138 intergenic 6874 7355 + down TTTGTAACTAGAAGATAATAAAGAGAACGCTCTATAGAGACGAATTGAAGGTTTGATTTTAATGTCTGTTAGTAAGAATCATATCAATGAGATGCCTATAGTACTCAGATTATATTAAATTAAAACCGTCATTAATTGTTTTTTCAGAAAACATATAGTATCATTTTAAATGTAGTTGACATACTACGTACTCAAATAATCTATAACAATTTCATATATAATTCTTTCGGGGCAGGGTGAAATTCCCAACCGGCAGTAAATAAAGCCTGCGACCTGCTAATATGTTTCATATTAGTGGCTGATCTAGTGAGATTCTAGAGCCGACAGTTAAAGTCTGGATGGGAGAAAGAATGTTAATTATCGACAAAGATAATGTAGCGTATTTGTAAAAATGTGTACAAATAGGCTTATTTAACGATAAATTTTTCTCCTTGCATCTTAATTCATGATGTGAGGATTTTTGTTTATAGAGGTGATCATT ACAACAGCGCAGTGACAATCAATAATTTGTAACTAGAAGATAATAAAGAGAACGCTCTATAGAGACGAATTGAAGGTTTGATTTTAATGTCTGTTAGTAAGAATCATATCAATGAGATGCCTATAGTACTCAGATTATATTAAATTAAAACCGTCATTAATTGTTTTTTCAGAAAACATATAGTATCATTTTAAATGTAGTTGACATACTACGTACTCAAATAATCTATAACAATTTCATATATAATTCTTTCGGGGCAGGGTGAAATTCCCAACCGGCAGTAAATAAAGCCTGCGACCTGCTAATATGTTTCATATTAGTGGCTGATCTAGTGAGATTCTAGAGCCGACAGTTAAAGTCTGGATGGGAGAAAGAATGTTAATTATCGACAAAGATAATGTAGCGTATTTGTAAAAATGTGTACAAATAGGCTTATTTAACGATAAATTTTTCTCCTTGCATCTTAATTCATGATGTGAGGATTTTTGTTTATAGAGGTGATCATTTGAGTCAATTTATGGATTATGCGAT TTTGTAACTAGAAGATAATAAAGAGAACGCTCTATAGAGACGAATTGAAGGTTTGATTTTAATGTCTGTTAGTAAGAATCATATCAATGAGATGCCTATAGTACTCAGATTATATTAAATTAAAACCGTCATTAATTGTTTTTTCAGAAAACATATAGTATCATTTTAAATGTAGTTGACATACTACGTACTCAAATAATCTATAACAATTTCATATATAATTCTTTCGGGGCAGGGTGAAATTCCCAACCGGCAGTAAATAAAGCCTGCGACCTGCTAATATGTTTCATATTAGTGGCTGATCTAGTGAGATTCTAGAGCCGACAGTTAAAGTCTGGATGGGAGAAAGAATGTTAATTATCGACAAAGATAATGTAGCGTATTTGTAAAAATGTGTACAAATAGGCTTATTTAACGATAAATTTTTCTCCTTGCATCTTAATTCATGATGTGAGGA 457 TTerm_0236 MRSA_WT_27 27948 27967 20 27976 27995 20 8 75 0 15 92 7 100 0 0 27971 ATTTTGTTATAGATGTTTAA TTAAATATATTTTATAAAAT True CTGTTGAGA AGACCACGC False True + ATTTTGTTATAGATGTTTAA ACCTGTAA TTAAATATATTTTATAAAAT AGACCACGC 30 MRSA_WT_02160 intergenic 27914 28111 + down ATGATTAATGGAGATTTATTTTTTGCTGTTGAGATTTTGTTATAGATGTTTAAACCTGTAATTAAATATATTTTATAAAATAGACCACGCATACCTATCTATAAACGGACAATGTTTATAAATGAGTTTGCCTGGTCTTGAATTGTATTAGTTTTCTTTTGGTTTTAATAAATCGACTAGATTTTCACAATATTTAT ATATGATTTCCTTGAGTCTAGATAAATGATTAATGGAGATTTATTTTTTGCTGTTGAGATTTTGTTATAGATGTTTAAACCTGTAATTAAATATATTTTATAAAATAGACCACGCATACCTATCTATAAACGGACAATGTTTATAAATGAGTTTGCCTGGTCTTGAATTGTATTAGTTTTCTTTTGGTTTTAATAAATCGACTAGATTTTCACAATATTTATCAAATATGTATTCCTAAATTATACA ATGATTAATGGAGATTTATTTTTTGCTGTTGAGATTTTGTTATAGATGTTTAAACCTGTAATTAAATATATTTTATAAAAT 81 TTerm_0237 MRSA_WT_27 34097 34111 15 34120 34134 15 8 86 0 20 86 13 92 7 0 34115 AGATAAATGGATAAT ATTATTAATTTATCT True TACAATGAA GTATTTTTT False True + AGATAAATGGATAAT ATTGAGAA ATTATTAATTTATCT GTATTTTTT 40 MRSA_WT_02168 intergenic 34110 34427 + down TATTGAGAAATTATTAATTTATCTGTATTTTTTTATACATTACGAAAATCCCCTCGCTAAACAAATAGTGAAGGGATTTTAATTTTCATGACGGCAAGTAGGTCATTCCTAATTCTTAATACGTAAATATAAATTGTTCTTTAATTTCTACTTCTGTGAAAATTATACTTAATTACGATATCTATAGATGCTATATATATTTCAACACGCAATACATCACAAGTATAAACGAGCACCCATAATATATTAAATGGGATTAACTGACATTTTATAAATACTAAGAAGATACACTGCACTAATAAGTGACTAAGTTCATT AAATACAATGAAGATAAATGGATAATATTGAGAAATTATTAATTTATCTGTATTTTTTTATACATTACGAAAATCCCCTCGCTAAACAAATAGTGAAGGGATTTTAATTTTCATGACGGCAAGTAGGTCATTCCTAATTCTTAATACGTAAATATAAATTGTTCTTTAATTTCTACTTCTGTGAAAATTATACTTAATTACGATATCTATAGATGCTATATATATTTCAACACGCAATACATCACAAGTATAAACGAGCACCCATAATATATTAAATGGGATTAACTGACATTTTATAAATACTAAGAAGATACACTGCACTAATAAGTGACTAAGTTCATTTAAATTAATTCATTAAAGCGTGATA TATTGAGAAATTATTAATTTATCT 24 TTerm_0238 MRSA_WT_27 34155 34169 15 34176 34190 15 6 86 0 20 60 40 61 38 0 34172 AAAATCCCCTCGCTA TAGTGAAGGGATTTT True ACATTACGA AATTTTCAT True True + AAAATCCCCTCGCTA AACAAA TAGTGAAGGGATTTT AATTTTCAT 56 MRSA_WT_02168 intergenic 34110 34427 + down TATTGAGAAATTATTAATTTATCTGTATTTTTTTATACATTACGAAAATCCCCTCGCTAAACAAATAGTGAAGGGATTTTAATTTTCATGACGGCAAGTAGGTCATTCCTAATTCTTAATACGTAAATATAAATTGTTCTTTAATTTCTACTTCTGTGAAAATTATACTTAATTACGATATCTATAGATGCTATATATATTTCAACACGCAATACATCACAAGTATAAACGAGCACCCATAATATATTAAATGGGATTAACTGACATTTTATAAATACTAAGAAGATACACTGCACTAATAAGTGACTAAGTTCATT AAATACAATGAAGATAAATGGATAATATTGAGAAATTATTAATTTATCTGTATTTTTTTATACATTACGAAAATCCCCTCGCTAAACAAATAGTGAAGGGATTTTAATTTTCATGACGGCAAGTAGGTCATTCCTAATTCTTAATACGTAAATATAAATTGTTCTTTAATTTCTACTTCTGTGAAAATTATACTTAATTACGATATCTATAGATGCTATATATATTTCAACACGCAATACATCACAAGTATAAACGAGCACCCATAATATATTAAATGGGATTAACTGACATTTTATAAATACTAAGAAGATACACTGCACTAATAAGTGACTAAGTTCATTTAAATTAATTCATTAAAGCGTGATA TATTGAGAAATTATTAATTTATCTGTATTTTTTTATACATTACGAAAATCCCCTCGCTAAACAAATAGTGAAGGGATTTT 80 TTerm_0239 MRSA_WT_28 3267 3286 20 3296 3316 21 9 95 4 30 70 29 70 30 0 3290 AAAAAATCATTTCCCATCTG CAGATGTGGAAATGATTTTTT True AAAAATCAA ATTTTATAT True True + AAAAAATCATTTCCCATCTG ATTAACATC CAGATGTGGAAATGATTTTTT ATTTTATAT 84 MRSA_WT_02172 intergenic 3260 3340 + down AAATCAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTAT AGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAATCAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCAT AAATCAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTT 56 TTerm_0240 MRSA_WT_28 5391 5402 12 5411 5422 12 8 83 0 14 66 33 70 30 0 5406 ACACTTTTCAAG CTTGAGAAATGT True CATTTTATA TCTCATTTT False True + ACACTTTTCAAG GTTTATGA CTTGAGAAATGT TCTCATTTT 52 MRSA_WT_02174 intergenic 5351 5474 + down TATTTTTAATTAAACTGACAATTATTTTTCACATTTTATACACTTTTCAAGGTTTATGACTTGAGAAATGTTCTCATTTTTATCATACTGGAGGTGTATTGAAAAGTTAAGGAGTGGAAAGTA GTTAGTCATACCTAGAATAAAATAATATTTTTAATTAAACTGACAATTATTTTTCACATTTTATACACTTTTCAAGGTTTATGACTTGAGAAATGTTCTCATTTTTATCATACTGGAGGTGTATTGAAAAGTTAAGGAGTGGAAAGTATGAATAAAGAGCAATTAGAAAAAAT TATTTTTAATTAAACTGACAATTATTTTTCACATTTTATACACTTTTCAAGGTTTATGACTTGAGAAATGT 71 TTerm_0241 MRSA_WT_28 6355 6368 14 6374 6387 14 5 85 0 18 85 14 91 8 0 6370 CAAAAACTAATTTA TAAACTATTTTTTG True TCTGTAAAC ATATAAACT True True + CAAAAACTAATTTA TACAT TAAACTATTTTTTG ATATAAACT 44 MRSA_WT_02175 intergenic 6364 6556 + down TTTATACATTAAACTATTTTTTGATATAAACTACTAAAATGGACTCATACATGTGCTTTAAGGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTATAAGATTTCTCAGTTGCCCGATTTTAAATATAGCTATTAGAATT CGACGCATCTGTAAACAAAAACTAATTTATACATTAAACTATTTTTTGATATAAACTACTAAAATGGACTCATACATGTGCTTTAAGGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTATAAGATTTCTCAGTTGCCCGATTTTAAATATAGCTATTAGAATTTAGTTTTCGTAGTAACCTAATTCTA TTTATACATTAAACTATTTTTTG 23 TTerm_0242 MRSA_WT_28 16085 16100 16 16109 16124 16 8 100 0 32 75 25 75 25 0 16104 AAACGGTAATTTCTAT ATAGAAATTACCGTTT True CACGAAATA TTGTTTTAT False True + AAACGGTAATTTCTAT CTCAATAA ATAGAAATTACCGTTT TTGTTTTAT 72 MRSA_WT_02183 intergenic 16019 16189 + down AATTGACTCAAACAACGACAATGATGATTATGCATGATGAAAACAATGCAACAGGTCCACGAAATAAACGGTAATTTCTATCTCAATAAATAGAAATTACCGTTTTTGTTTTATATGACAATCAATTATTTACTTTTAAAAATCAAAGTCTTATGTGCTATTTATTTAAT ACAACCTTCTGATTCTGAAAATTAAAATTGACTCAAACAACGACAATGATGATTATGCATGATGAAAACAATGCAACAGGTCCACGAAATAAACGGTAATTTCTATCTCAATAAATAGAAATTACCGTTTTTGTTTTATATGACAATCAATTATTTACTTTTAAAAATCAAAGTCTTATGTGCTATTTATTTAATTATAAATTATCGTCTTGTTCTTCTT AATTGACTCAAACAACGACAATGATGATTATGCATGATGAAAACAATGCAACAGGTCCACGAAATAAACGGTAATTTCTATCTCAATAAATAGAAATTACCGTTT 105 TTerm_0243 MRSA_WT_28 33944 33972 29 33982 34009 28 9 86 3 31 68 31 72 28 0 33976 AAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCAC GTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATT True ATATATTCA TAGTACTCA True True + AAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCAC TATAACAAG GTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATT TAGTACTCA 86 MRSA_WT_02197 intergenic 33949 34009 + down AGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATT AATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGT AGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATT 60 TTerm_0244 MRSA_WT_29 438 447 10 452 461 10 4 90 0 15 45 55 44 55 0 449 GCACTTTCCA TGGGAAGTGC True CACTACTTG TTTTTTTTA False True + GCACTTTCCA TTCT TGGGAAGTGC TTTTTTTTA 54 MRSA_WT_02205 intergenic 432 575 + down TACTTGCACTTTCCATTCTTGGGAAGTGCTTTTTTTTATTTTTTGAGAATTAGAATGCTAAGGGGTTATGTTATGGCTATTACTTGATTATAGTAAGCGTATACATTATTCTGAAATTATGTATAACAAAGGGGGGACGCTTA GAGGTTCGAATCCTCTATGGCTCACTACTTGCACTTTCCATTCTTGGGAAGTGCTTTTTTTTATTTTTTGAGAATTAGAATGCTAAGGGGTTATGTTATGGCTATTACTTGATTATAGTAAGCGTATACATTATTCTGAAATTATGTATAACAAAGGGGGGACGCTTATGACAAAGACAAAAGCAATTGATAT TACTTGCACTTTCCATTCTTGGGAAGTGC 29 TTerm_0245 MRSA_WT_29 1495 1507 13 1517 1529 13 9 84 0 16 65 34 63 36 0 1511 GTAGTGTATAAAG CTTTTTGCACTAC True AATGATTTG TTTTTTTAA False True + GTAGTGTATAAAG TATATTTTG CTTTTTGCACTAC TTTTTTTAA 40 MRSA_WT_02206 intergenic 1483 1672 + down ATAAATGATTTGTAGTGTATAAAGTATATTTTGCTTTTTGCACTACTTTTTTTAATTCACTAAAATGATTAAGAGTAGTTATAATCTTTAAAATAAATTTTTTCTATTTAAATATATGTTCGTATGACAGTGATGTAAATGATTGGTATAATGGGTATTATGGAAAAATATTACCCGGAGGAGATGTTA ATTTTTCGGTGAAACTTTATTATAAATAAATGATTTGTAGTGTATAAAGTATATTTTGCTTTTTGCACTACTTTTTTTAATTCACTAAAATGATTAAGAGTAGTTATAATCTTTAAAATAAATTTTTTCTATTTAAATATATGTTCGTATGACAGTGATGTAAATGATTGGTATAATGGGTATTATGGAAAAATATTACCCGGAGGAGATGTTATGGATTTTTCCAACTTTTTTCAAAA ATAAATGATTTGTAGTGTATAAAGTATATTTTGCTTTTTGCACTAC 46 TTerm_0246 MRSA_WT_29 4811 4823 13 4828 4840 13 4 84 0 16 57 42 54 45 0 4825 AATAAGCCGATGC GCATCGGTTTTTT True GTATTACAA GTGTTTGTA False True + AATAAGCCGATGC GTAT GCATCGGTTTTTT GTGTTTGTA 64 MRSA_WT_02209 intergenic 4797 5074 + down ATACTGTATTACAAATAAGCCGATGCGTATGCATCGGTTTTTTGTGTTTGTAGAAATAATTTATAGTACAAACGTAAAATGATATAAACAAAATAAAAACAAAGTAATCAATATGTAATATAAAATACACTGGTACTCAATATATAATGATGATAAAATTAATTTTAATTAGATAGAGTTGCTTTGTGTTTTTAACGCAGATGCTACTACATATCTTAACAGTTGATTAAGTGACATCATTTAACAGCGAGAATAATCAACCAGGAGGATGACTTAA AGATAAAATGGGATTAGATAAATAAATACTGTATTACAAATAAGCCGATGCGTATGCATCGGTTTTTTGTGTTTGTAGAAATAATTTATAGTACAAACGTAAAATGATATAAACAAAATAAAAACAAAGTAATCAATATGTAATATAAAATACACTGGTACTCAATATATAATGATGATAAAATTAATTTTAATTAGATAGAGTTGCTTTGTGTTTTTAACGCAGATGCTACTACATATCTTAACAGTTGATTAAGTGACATCATTTAACAGCGAGAATAATCAACCAGGAGGATGACTTAATGAATTTATTCAGACAACAAAAATT ATACTGTATTACAAATAAGCCGATGCGTATGCATCGGTTTTTT 43 TTerm_0247 MRSA_WT_29 20497 20508 12 20518 20529 12 9 91 0 19 45 54 45 54 0 20512 GCACCCTTTTAG CTAGAAGGGTGC True AGTATATGG TTTTTTAGG False True + GCACCCTTTTAG ATTAATCGA CTAGAAGGGTGC TTTTTTAGG 54 MRSA_WT_02215 intergenic 20452 20684 + down TTCACTTTTTTAGAATCAATCATGTATTAAAATTAAAGTATATGGCACCCTTTTAGATTAATCGACTAGAAGGGTGCTTTTTTAGGTCGACTTAGCTTTTACTTCATCTTAATTTGGCAGAAATGCGTAAAAATGAAGTGTTTTATTTATTTAAATAGTCTGACAATTAAGGGTGTTATGTTAATATGATTTTATGAGAAGTATGGAGTAGCAATAAAGGGGTGACCTCGCA TGCTAAATCTGTTACTGTGGAATAATTCACTTTTTTAGAATCAATCATGTATTAAAATTAAAGTATATGGCACCCTTTTAGATTAATCGACTAGAAGGGTGCTTTTTTAGGTCGACTTAGCTTTTACTTCATCTTAATTTGGCAGAAATGCGTAAAAATGAAGTGTTTTATTTATTTAAATAGTCTGACAATTAAGGGTGTTATGTTAATATGATTTTATGAGAAGTATGGAGTAGCAATAAAGGGGTGACCTCGCATGTTAATTCAATTAGATCAAATTGG TTCACTTTTTTAGAATCAATCATGTATTAAAATTAAAGTATATGGCACCCTTTTAGATTAATCGACTAGAAGGGTGC 77 TTerm_0248 MRSA_WT_29 28007 28015 9 28020 28028 9 4 88 0 13 38 61 37 62 0 28017 CGGGTTACG CGTAACTCG True ATTTGAAGC TTATTTTTT False True + CGGGTTACG TTTT CGTAACTCG TTATTTTTT 50 MRSA_WT_02222 intergenic 27981 28417 + down TAAGGATAGTAAATATGATTTGAAGCGGGTTACGTTTTCGTAACTCGTTATTTTTTTGAAAATGATGAATTATAAGTATGAATAAGTACGTATTGTCTATGCATTTTACAAAGAATTTGAACAATGTATGGCACAACTATTAAAGTTGTTTATTAATTGGTATAATGGGCGAGTAAATTTAAAGGGAAATGTGTACAAATGTAAGAGAGAGATAATCTCTATGCTATTAATTTTTAAAAATGTTAAAGTACTGTAAATTTAAGTGAAGCGCTTTAATTGGCAGTACTGCAATGTTAGTAAATATGGTACAATCACTAATAGTTAATTTGAAATGTGGAAATTTATAATACGATGTAAATGAGAACAAAATCAAAATATAATGGAACAACAACATCAGAGTTCTATTGCTTACTTAATCACAATGGAGGTGCAACAA TCAATTTGAAATTGAAAAGGATTAATAAGGATAGTAAATATGATTTGAAGCGGGTTACGTTTTCGTAACTCGTTATTTTTTTGAAAATGATGAATTATAAGTATGAATAAGTACGTATTGTCTATGCATTTTACAAAGAATTTGAACAATGTATGGCACAACTATTAAAGTTGTTTATTAATTGGTATAATGGGCGAGTAAATTTAAAGGGAAATGTGTACAAATGTAAGAGAGAGATAATCTCTATGCTATTAATTTTTAAAAATGTTAAAGTACTGTAAATTTAAGTGAAGCGCTTTAATTGGCAGTACTGCAATGTTAGTAAATATGGTACAATCACTAATAGTTAATTTGAAATGTGGAAATTTATAATACGATGTAAATGAGAACAAAATCAAAATATAATGGAACAACAACATCAGAGTTCTATTGCTTACTTAATCACAATGGAGGTGCAACAATGCCATTATTTTTACAACCAATTTT TAAGGATAGTAAATATGATTTGAAGCGGGTTACGTTTTCGTAACTCG 47 TTerm_0249 MRSA_WT_30 6458 6466 9 6473 6481 9 6 88 0 13 88 11 87 12 0 6469 AAAAGTTTT AAATCTTTT True TGTTATACA TATGAAAGA True True + AAAAGTTTT ATTTTG AAATCTTTT TATGAAAGA 34 MRSA_WT_02233 intergenic 6386 6569 + down AATATATTTACATAGAATATTTATTGTCCTGACATTTAACTAAAGGTTGATGTTGGGACATTTTGTTATACAAAAGTTTTATTTTGAAATCTTTTTATGAAAGAAGCAGAAATATTATTTAAAGCGGTTACACATATGCTAAAATAAGGCTAAGTGTCACAAATAATGATAGGTGAATAAGTA ATTCAATAAACATATTCGATATTAGAATATATTTACATAGAATATTTATTGTCCTGACATTTAACTAAAGGTTGATGTTGGGACATTTTGTTATACAAAAGTTTTATTTTGAAATCTTTTTATGAAAGAAGCAGAAATATTATTTAAAGCGGTTACACATATGCTAAAATAAGGCTAAGTGTCACAAATAATGATAGGTGAATAAGTATGAAAAATATATCTGATATTGCCAA AATATATTTACATAGAATATTTATTGTCCTGACATTTAACTAAAGGTTGATGTTGGGACATTTTGTTATACAAAAGTTTTATTTTGAAATCTTTT 95 TTerm_0250 MRSA_WT_30 13822 13829 8 13835 13842 8 5 100 0 16 87 12 87 12 0 13831 ATTTATCA TGATAAAT True CAACATCGA AAAATTTTT False True + ATTTATCA TTATT TGATAAAT AAAATTTTT 40 MRSA_WT_02241 intergenic 13604 14203 + down GATGAATAATTAATTACTTTCATTGTAAATTTGTTATCTTCGTATAGTACTAAAAGTATGAGTTATTAAGCCATCCCAACTTAATAACCATGTAAAATTAGCAAGTGAGTAACATTTGCTAGTAGAGTTAGTTTCCTTGGACTCAGTGCTATGTATTTTTCTTAATTATCATTACAGATAATTATTTCTAGCATGTAAGCTATCGTAAACAACATCGATTTATCATTATTTGATAAATAAAATTTTTTTCATAATTAATAACATCCCCAAAAATAGATTGAAAAAATAACTGTAAAACATTCCCTTAATAATAAGTATGGTCGTGAGCCCCTCCCAAGCTCGCGGCCTTTTTTATTGTAATAAAGAAGGGGAGAGTTAATCCTCATTATGAGAGCCACCGTTAAAATATATAAATAAGTCTAATGTTGGAAAAGGTCAAAAAATTAATCAATTTAATTAAGAAAATCATTCATTTGCAAAGGGCGAAATGGATTCTTACTGAGTTATCTATTATAAAAAATAAACATAGACTTATGAAAAATCTCTCATAAATCTATGTTTAGTCATGACATGTGTTAAATATTATTTCAGGCGCTTCT GATGAATAATTAATTACTTTCATTGTAAATTTGTTATCTTCGTATAGTACTAAAAGTATGAGTTATTAAGCCATCCCAACTTAATAACCATGTAAAATTAGCAAGTGAGTAACATTTGCTAGTAGAGTTAGTTTCCTTGGACTCAGTGCTATGTATTTTTCTTAATTATCATTACAGATAATTATTTCTAGCATGTAAGCTATCGTAAACAACATCGATTTATCATTATTTGATAAAT 238 TTerm_0251 MRSA_WT_30 13914 13932 19 13942 13960 19 9 73 0 13 55 44 50 50 0 13936 AATAAGTATGGTCGTGAGC GCTCGCGGCCTTTTTTATT True CCCTTAATA GTAATAAAG False True + AATAAGTATGGTCGTGAGC CCCTCCCAA GCTCGCGGCCTTTTTTATT GTAATAAAG 66 MRSA_WT_02241 intergenic 13604 14203 + down GATGAATAATTAATTACTTTCATTGTAAATTTGTTATCTTCGTATAGTACTAAAAGTATGAGTTATTAAGCCATCCCAACTTAATAACCATGTAAAATTAGCAAGTGAGTAACATTTGCTAGTAGAGTTAGTTTCCTTGGACTCAGTGCTATGTATTTTTCTTAATTATCATTACAGATAATTATTTCTAGCATGTAAGCTATCGTAAACAACATCGATTTATCATTATTTGATAAATAAAATTTTTTTCATAATTAATAACATCCCCAAAAATAGATTGAAAAAATAACTGTAAAACATTCCCTTAATAATAAGTATGGTCGTGAGCCCCTCCCAAGCTCGCGGCCTTTTTTATTGTAATAAAGAAGGGGAGAGTTAATCCTCATTATGAGAGCCACCGTTAAAATATATAAATAAGTCTAATGTTGGAAAAGGTCAAAAAATTAATCAATTTAATTAAGAAAATCATTCATTTGCAAAGGGCGAAATGGATTCTTACTGAGTTATCTATTATAAAAAATAAACATAGACTTATGAAAAATCTCTCATAAATCTATGTTTAGTCATGACATGTGTTAAATATTATTTCAGGCGCTTCT GATGAATAATTAATTACTTTCATTGTAAATTTGTTATCTTCGTATAGTACTAAAAGTATGAGTTATTAAGCCATCCCAACTTAATAACCATGTAAAATTAGCAAGTGAGTAACATTTGCTAGTAGAGTTAGTTTCCTTGGACTCAGTGCTATGTATTTTTCTTAATTATCATTACAGATAATTATTTCTAGCATGTAAGCTATCGTAAACAACATCGATTTATCATTATTTGATAAATAAAATTTTTTTCATAATTAATAACATCCCCAAAAATAGATTGAAAAAATAACTGTAAAACATTCCCTTAATAATAAGTATGGTCGTGAGCCCCTCCCAAGCTCGCGGCCTTTTTTATT 356 TTerm_0252 MRSA_WT_30 22581 22586 6 22595 22600 6 8 100 0 12 83 16 83 16 0 22590 TATGTA TACATA True ATCTATTGT ATATTTTTA False True + TATGTA ACAATAGG TACATA ATATTTTTA 32 MRSA_WT_02250 intergenic 22515 22621 + down CAATGATTTGTTTACGCTGAGAAACGTCCTGATTTGCAGTGAGAAATGATTTTGCGTATCTATTGTATGTAACAATAGGTACATAATATTTTTAGGGTGGGTTATA ATGCAGATATTTTTCAAAAGAATAGCAATGATTTGTTTACGCTGAGAAACGTCCTGATTTGCAGTGAGAAATGATTTTGCGTATCTATTGTATGTAACAATAGGTACATAATATTTTTAGGGTGGGTTATATGAGCATAATTACAAGATTGTTTAA CAATGATTTGTTTACGCTGAGAAACGTCCTGATTTGCAGTGAGAAATGATTTTGCGTATCTATTGTATGTAACAATAGGTACATA 85 TTerm_0253 MRSA_WT_30 27209 27229 21 27234 27254 21 4 95 0 37 78 21 80 20 0 27231 AAAAAAGCTGATTTCTATAAA TTGATAGAAATCAGCTTTTTT True GACAATGTA CAAATGTAT True True + AAAAAAGCTGATTTCTATAAA TTAT TTGATAGAAATCAGCTTTTTT CAAATGTAT 82 MRSA_WT_02254 intergenic 27193 27565 + down GTTCTTAGACAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATAAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTCAAATGTATTTGATAATTTACAGCTCGTTGAGCTGCTGTTTTCTAGGGATTTATGTCCCATTCCTTTTACGAGAAGGTTTTTACGAGTTTTATGTAACTATTAGAAGCTATCTTTTTATATGACCATTAGTCAATATATGTATGACAAATCAGCACAATAATTTCAGTTTTACATCACTTAATCAATGAAAATGTGCTTGTTGATATTTGAATATTTACATTCAAACAATATTCATCGTTATTTCTATCAACTTAAAATTCGCAATAAAAAACTGCCAGCACGCGAATAGGGCAGCTGACAGCATCGTTCT AGTTCCAAAGAGACAGAGACATTAAGTTCTTAGACAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATAAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTCAAATGTATTTGATAATTTACAGCTCGTTGAGCTGCTGTTTTCTAGGGATTTATGTCCCATTCCTTTTACGAGAAGGTTTTTACGAGTTTTATGTAACTATTAGAAGCTATCTTTTTATATGACCATTAGTCAATATATGTATGACAAATCAGCACAATAATTTCAGTTTTACATCACTTAATCAATGAAAATGTGCTTGTTGATATTTGAATATTTACATTCAAACAATATTCATCGTTATTTCTATCAACTTAAAATTCGCAATAAAAAACTGCCAGCACGCGAATAGGGCAGCTGACAGCATCGTTCTTATTTCTCTTTTAAATATTGAATGG GTTCTTAGACAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATAAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTT 61 TTerm_0254 MRSA_WT_31 8814 8819 6 8828 8833 6 8 100 0 12 100 0 100 0 0 8823 TTTTTT AAAAAA True ATTGCTAGT TTTTCATTT False True + TTTTTT ATTTTTGA AAAAAA TTTTCATTT 24 MRSA_WT_02268 intergenic 8759 9346 + down TTAAATAAATTGTACTGATATATACTAGCAATTCACATCATGTGAGATTGCTAGTTTTTTATTTTTGAAAAAAATTTTCATTTTGGTACAAAAAATTATCTCACCCTTCCCTATCATACTTATTTATATTTTGTATGAATGGTAGTTAGGTAAAAAATAATAACCTACCTATTTGATTAAATTAAATGCATAATATATTAAAAATCAAAATAATGCAACTAAGTTGACTATATAATGATTTAATTTGTTATACCAGTATTTTACGCTTTTTCGTCTACATATACAAATTTATATTAAATAAAGTCCAATACAATTTAGGTTAATCAAACAAGTTGATAGCTATTTAATTATTCATTCATTGCAGAATATAAACTATTAAATCATTATTTTACGCTTACTTATATTTTAATGACCTAACTGTTTATGTTCCATGGAATACATTTATAACTTAGCCCCTAATTAAAATGCTTTGTCTTGGTCATTCTATGTAAATTCTATAAAATATGTTATCTATTTACATAAAAAACTGAACTTCAATACCACCACATTTTTGTGATACTGAAGTTCAGTTTAGTTTTATTTTCAAT TTAAATAAATTGTACTGATATATACTAGCAATTCACATCATGTGAGATTGCTAGTTTTTTATTTTTGAAAAAAA 74 TTerm_0255 MRSA_WT_31 9283 9302 20 9312 9331 20 9 90 0 30 65 35 66 33 0 9306 AAACTGAACTTCAATACCAC GTGATACTGAAGTTCAGTTT True TACATAAAA AGTTTTATT True True + AAACTGAACTTCAATACCAC CACATTTTT GTGATACTGAAGTTCAGTTT AGTTTTATT 76 MRSA_WT_02268 intergenic 8759 9346 + down TTAAATAAATTGTACTGATATATACTAGCAATTCACATCATGTGAGATTGCTAGTTTTTTATTTTTGAAAAAAATTTTCATTTTGGTACAAAAAATTATCTCACCCTTCCCTATCATACTTATTTATATTTTGTATGAATGGTAGTTAGGTAAAAAATAATAACCTACCTATTTGATTAAATTAAATGCATAATATATTAAAAATCAAAATAATGCAACTAAGTTGACTATATAATGATTTAATTTGTTATACCAGTATTTTACGCTTTTTCGTCTACATATACAAATTTATATTAAATAAAGTCCAATACAATTTAGGTTAATCAAACAAGTTGATAGCTATTTAATTATTCATTCATTGCAGAATATAAACTATTAAATCATTATTTTACGCTTACTTATATTTTAATGACCTAACTGTTTATGTTCCATGGAATACATTTATAACTTAGCCCCTAATTAAAATGCTTTGTCTTGGTCATTCTATGTAAATTCTATAAAATATGTTATCTATTTACATAAAAAACTGAACTTCAATACCACCACATTTTTGTGATACTGAAGTTCAGTTTAGTTTTATTTTCAAT TTAAATAAATTGTACTGATATATACTAGCAATTCACATCATGTGAGATTGCTAGTTTTTTATTTTTGAAAAAAATTTTCATTTTGGTACAAAAAATTATCTCACCCTTCCCTATCATACTTATTTATATTTTGTATGAATGGTAGTTAGGTAAAAAATAATAACCTACCTATTTGATTAAATTAAATGCATAATATATTAAAAATCAAAATAATGCAACTAAGTTGACTATATAATGATTTAATTTGTTATACCAGTATTTTACGCTTTTTCGTCTACATATACAAATTTATATTAAATAAAGTCCAATACAATTTAGGTTAATCAAACAAGTTGATAGCTATTTAATTATTCATTCATTGCAGAATATAAACTATTAAATCATTATTTTACGCTTACTTATATTTTAATGACCTAACTGTTTATGTTCCATGGAATACATTTATAACTTAGCCCCTAATTAAAATGCTTTGTCTTGGTCATTCTATGTAAATTCTATAAAATATGTTATCTATTTACATAAAAAACTGAACTTCAATACCACCACATTTTTGTGATACTGAAGTTCAGTTT 572 TTerm_0256 MRSA_WT_32 9022 9035 14 9041 9054 14 5 85 0 18 50 50 50 50 0 9037 ACTGTCGATAAAGC GCTTTGTCGGCAGT True GATTTGATA TTTTTTAGT False True + ACTGTCGATAAAGC ATAAA GCTTTGTCGGCAGT TTTTTTAGT 60 MRSA_WT_02300 intergenic 8972 9316 + down TCAATTTTATATTTAGCGATGTAATACATTTGCAATAAGTTGATTTGATACTGTCGATAAAGCATAAAGCTTTGTCGGCAGTTTTTTTAGTTTGTATTAATGTTTTTTTATTTTTAATGAAAGGCTAATAAATATATACGTTAACAGATTATGATGATATGAAAATTATTGATTCATTGCTGATAAAAATTGCGTTTGAATGATGCTCGTATTTTTGAAGTAAGAAAAAAGTTGTTTTTAAAATTACAACGAATTAAAAACAATGCCTTTTATATGTTGAAAGAGTATTGCAGATTAAATTATAATAATGACGAAGTGTAAAATTTAATGGGGGTTAATGTTCA ATCAGAAGATTCAGAAGAAGCTTAATCAATTTTATATTTAGCGATGTAATACATTTGCAATAAGTTGATTTGATACTGTCGATAAAGCATAAAGCTTTGTCGGCAGTTTTTTTAGTTTGTATTAATGTTTTTTTATTTTTAATGAAAGGCTAATAAATATATACGTTAACAGATTATGATGATATGAAAATTATTGATTCATTGCTGATAAAAATTGCGTTTGAATGATGCTCGTATTTTTGAAGTAAGAAAAAAGTTGTTTTTAAAATTACAACGAATTAAAAACAATGCCTTTTATATGTTGAAAGAGTATTGCAGATTAAATTATAATAATGACGAAGTGTAAAATTTAATGGGGGTTAATGTTCATGCGAAGACACGCGATAATTTTGGC TCAATTTTATATTTAGCGATGTAATACATTTGCAATAAGTTGATTTGATACTGTCGATAAAGCATAAAGCTTTGTCGGCAGT 82 TTerm_0257 MRSA_WT_32 12582 12590 9 12598 12606 9 7 88 0 13 94 5 100 0 0 12593 AATTTTAAT ATTAAAGTT True TGAAGAGTA TTTATACTT False True + AATTTTAAT CTGTTAC ATTAAAGTT TTTATACTT 26 MRSA_WT_02303 intergenic 12583 12894 + down TTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTGCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTTATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGAATAATGATAATTGATGGCAATGGCGGAAAATGGATGTTGTCATTATAATAATAAATGAAACAATTATGTTGGAGGTAAACACGCA AGACGAAGAAAAAACTGAAGAGTAATTTTAATCTGTTACATTAAAGTTTTTATACTTTGTTTAACAAGCACTGTGCTTATTTTAATATAAGCATGGTGCTTTTTGTGTTATTATAAAGCTTAATTAAACTTTATTGCTTTGTACTAAAGTTTAATTAATTTTAGTGAGTAAAAGACATTAAACTCAACAATGATACATCATAAAAATTTTTATGTACTCGATTTTAAAATACATACTTACTAAGCTAAAGAATAATGATAATTGATGGCAATGGCGGAAAATGGATGTTGTCATTATAATAATAAATGAAACAATTATGTTGGAGGTAAACACGCATGAAATGTATTGTAGGTCTAGGTAA TTTTAATCTGTTACATTAAAGTT 23 TTerm_0258 MRSA_WT_32 20981 20990 10 20998 21007 10 7 90 0 15 85 15 88 11 0 20993 AATGATATAA TTATACCATT True TTATTTGTA TTTGAAAAT False True + AATGATATAA CTAAGAC TTATACCATT TTTGAAAAT 38 MRSA_WT_02310 intergenic 20857 21037 + down TTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAGCGTTAGACAATCTAAGACTGTTTCTTAAATAAGGAGCAGTCTCTTTTATTTGTAATGATATAACTAAGACTTATACCATTTTTGAAAATTGTAAAAGTGAGGTGATGTTA CGGTGGCAAAGGTTCAAGACGTTAATTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAGCGTTAGACAATCTAAGACTGTTTCTTAAATAAGGAGCAGTCTCTTTTATTTGTAATGATATAACTAAGACTTATACCATTTTTGAAAATTGTAAAAGTGAGGTGATGTTATGCAGTTAAATAGTAATGGTTGGCA TTAAAATAAATAAAGACTGTTTCGATAAGGAATATATTTAGAATGATGCGTATCGAATAATCGATTGCAGCGTTAGACAATCTAAGACTGTTTCTTAAATAAGGAGCAGTCTCTTTTATTTGTAATGATATAACTAAGACTTATACCATT 150 TTerm_0259 MRSA_WT_32 25239 25253 15 25263 25277 15 9 93 0 25 63 36 64 35 0 25257 AGTACCTCTTTCTAT ATAGAAAGGGGTACT True TTATATACA TTTATCGTT False True + AGTACCTCTTTCTAT GATAAAGTT ATAGAAAGGGGTACT TTTATCGTT 58 MRSA_WT_02313 intergenic 25226 25455 + down TCGATTATATACAGTACCTCTTTCTATGATAAAGTTATAGAAAGGGGTACTTTTATCGTTTTTGAAAATACGTATTAGATTTTAAGTCGTTGAATTGTTATAGCAGAAAATAATTGTAAAACAAGTTACTTCATTATTTAGAATGATGGGTGTAGAATAAGAACAATTGTTGCATTTTATGAAGTAAAGTAATTTTTTAAATATAGAGTAATAGAGGAGATTGAAATAA TCCAAATCACCCAGACAATAAATAATCGATTATATACAGTACCTCTTTCTATGATAAAGTTATAGAAAGGGGTACTTTTATCGTTTTTGAAAATACGTATTAGATTTTAAGTCGTTGAATTGTTATAGCAGAAAATAATTGTAAAACAAGTTACTTCATTATTTAGAATGATGGGTGTAGAATAAGAACAATTGTTGCATTTTATGAAGTAAAGTAATTTTTTAAATATAGAGTAATAGAGGAGATTGAAATAATGACACACGATTATATTGTTAAAGC TCGATTATATACAGTACCTCTTTCTATGATAAAGTTATAGAAAGGGGTACT 51 TTerm_0260 MRSA_WT_32 27460 27476 17 27482 27498 17 5 88 0 24 70 29 73 26 0 27478 AAAAGAGTGAGTTATCT AGATAACTTGCTCTTTT True TGTCATTTA TTTCTACCA True True + AAAAGAGTGAGTTATCT TTTTG AGATAACTTGCTCTTTT TTTCTACCA 56 MRSA_WT_02315 intergenic 27447 27663 + down TTAATGTCATTTAAAAGAGTGAGTTATCTTTTTGAGATAACTTGCTCTTTTTTTCTACCATGTATAATTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAACATCCAGTGAATGATAAGATAATAAACGTACATACTAATAACTAGTAAATCGCAGGAGTAAATTTTATTAGAGTTAAACAATACATAATTAAAGGGTGGTTAACA ACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAGAGTGAGTTATCTTTTTGAGATAACTTGCTCTTTTTTTCTACCATGTATAATTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAACATCCAGTGAATGATAAGATAATAAACGTACATACTAATAACTAGTAAATCGCAGGAGTAAATTTTATTAGAGTTAAACAATACATAATTAAAGGGTGGTTAACATGACTAAAACAAAAATTATGGGCAT TTAATGTCATTTAAAAGAGTGAGTTATCTTTTTGAGATAACTTGCTCTTTT 51 TTerm_0261 MRSA_WT_33 3161 3173 13 3179 3191 13 5 76 0 11 96 3 100 0 0 3175 TATAATAAATATT AATATACATTTTA True AGATTTAAT GAGTGTTGT False True + TATAATAAATATT GAATA AATATACATTTTA GAGTGTTGT 22 MRSA_WT_02322 intergenic 3165 3506 + down TAAATATTGAATAAATATACATTTTAGAGTGTTGTATCAGATGTTGCATCATTTTTTGAGTGATGCAACACGTGAGTGTAAAAAGTAATCGTAGGTGTTGCATCATTTTTAGTGATGCAACATTGATGCAACAAATGATACAACACCTCTTTCCCTTCTCGCTGTAAGGTTCAACCCTGTTTGTTTCCAATGTTGCATCAAATTCACTATAAAGTTTAAAAAGTAGTGTTAGGGAGTAAAGAGGTATAGGGGTAACCTTCTAACAGCTATTTTTAAAAGTTTGGCAAGAATTGATGCAACATCGGAACACAAATATAAATTTTGTATACAAGGTGAATATA TGAAAGTTTAGAAGATTTAATATAATAAATATTGAATAAATATACATTTTAGAGTGTTGTATCAGATGTTGCATCATTTTTTGAGTGATGCAACACGTGAGTGTAAAAAGTAATCGTAGGTGTTGCATCATTTTTAGTGATGCAACATTGATGCAACAAATGATACAACACCTCTTTCCCTTCTCGCTGTAAGGTTCAACCCTGTTTGTTTCCAATGTTGCATCAAATTCACTATAAAGTTTAAAAAGTAGTGTTAGGGAGTAAAGAGGTATAGGGGTAACCTTCTAACAGCTATTTTTAAAAGTTTGGCAAGAATTGATGCAACATCGGAACACAAATATAAATTTTGTATACAAGGTGAATATATGAAAGAATCGACATTAGAAAAATA TAAATATTGAATAAATATACATTTTA 26 TTerm_0262 MRSA_WT_33 6060 6069 10 6075 6084 10 5 100 0 20 100 0 100 0 0 6071 ATTTAAATAA TTATTTAAAT True TTCTAAAAA AAAATTTTA True True + ATTTAAATAA AAAAA TTATTTAAAT AAAATTTTA 40 MRSA_WT_02326 intergenic 6065 6194 + down ATAAAAAAATTATTTAAATAAAATTTTATGCCCCCCTGCCCATCGGCTTAAAATGTTTTTTCGCCGGGTACCGGAGAGGCCCAAACGCTAGCAACGCGGATAAATTTTTCATGAAAGGGGGTCTTTATA GAAAATTAGAGTTCTAAAAATTTAAATAAAAAAATTATTTAAATAAAATTTTATGCCCCCCTGCCCATCGGCTTAAAATGTTTTTTCGCCGGGTACCGGAGAGGCCCAAACGCTAGCAACGCGGATAAATTTTTCATGAAAGGGGGTCTTTATATGAAGTTAACAAAAAAACAGCTAAA ATAAAAAAATTATTTAAAT 19 TTerm_0263 MRSA_WT_33 14070 14078 9 14084 14092 9 5 88 0 13 38 61 37 62 0 14080 AAGGCGCAG CTGCGTCTT True AGGGATTTA TTTTATTTG False True + AAGGCGCAG TATAT CTGCGTCTT TTTTATTTG 58 MRSA_WT_02337 intergenic 14063 14121 + down GGATTTAAGGCGCAGTATATCTGCGTCTTTTTTATTTGAATAAAAGGAGCTAATACAA TTCAGTGACAGTAACAAACGGATAGGGATTTAAGGCGCAGTATATCTGCGTCTTTTTTATTTGAATAAAAGGAGCTAATACAATGATTAAATTTGAAATTAAAGATCG GGATTTAAGGCGCAGTATATCTGCGTCTT 29 TTerm_0264 MRSA_WT_34 5648 5660 13 5667 5679 13 6 84 0 16 53 46 54 45 0 5663 GGAAAAGGCTGAT ATCCGCTTTTTCC True TTATGAGTG TATCTACAA True True + GGAAAAGGCTGAT AAGGGA ATCCGCTTTTTCC TATCTACAA 64 MRSA_WT_02352 intergenic 5583 5814 + down AATTTAGTTCGAACAATATTTAGCTCCTCACCTCATAAAAGTTACAATAATAAATTTTATGAGTGGAAAAGGCTGATAAGGGAATCCGCTTTTTCCTATCTACAAAGACCACTACTTTAAAATAACGAATTTACCAATTAAAAAGCAAAAATTCTTTTCTATCACATCGCTCATTCTAACTACTAGAATCTTAATATCGTTCTTGTAATTTAAACTCAATCAACTTTCAAT ATTGAAAGAGAAAAGGTCTAAGTAAAATTTAGTTCGAACAATATTTAGCTCCTCACCTCATAAAAGTTACAATAATAAATTTTATGAGTGGAAAAGGCTGATAAGGGAATCCGCTTTTTCCTATCTACAAAGACCACTACTTTAAAATAACGAATTTACCAATTAAAAAGCAAAAATTCTTTTCTATCACATCGCTCATTCTAACTACTAGAATCTTAATATCGTTCTTGTAATTTAAACTCAATCAACTTTCAATTAATGATGCATAATATGATTATAAG AATTTAGTTCGAACAATATTTAGCTCCTCACCTCATAAAAGTTACAATAATAAATTTTATGAGTGGAAAAGGCTGATAAGGGAATCCGCTTTTTCC 96 TTerm_0265 MRSA_WT_34 15188 15195 8 15203 15210 8 7 100 0 16 50 50 50 50 0 15198 AGGAGGAA TTCCTCCT True AAAGGTTGA TTTTTGTTT False True + AGGAGGAA TTTAAGT TTCCTCCT TTTTTGTTT 56 MRSA_WT_02362 intergenic 15033 15296 + down AAAATACAGATTTATTTAGCTATGCCAAATTTTAGGAATAACAAAAAACACCTTGTATGATTCAAATTAAGCAGAAGCACGAGCACTACTAGATGAATTTGAAGCCCAAATGGACGAAGACGTTAAAATAGAATTATAGGTGTAATAAAGGTTGAGGAGGAATTTAAGTTTCCTCCTTTTTTGTTTGTGTTAAAGACTTTTTGGTATGAACTAGAGTGATTTAAATTTAATAATTTGTTAACTTGTTATCATCAGTTGTTTTT CATAAATGCCAAAAAAGACAAATAGAAAATACAGATTTATTTAGCTATGCCAAATTTTAGGAATAACAAAAAACACCTTGTATGATTCAAATTAAGCAGAAGCACGAGCACTACTAGATGAATTTGAAGCCCAAATGGACGAAGACGTTAAAATAGAATTATAGGTGTAATAAAGGTTGAGGAGGAATTTAAGTTTCCTCCTTTTTTGTTTGTGTTAAAGACTTTTTGGTATGAACTAGAGTGATTTAAATTTAATAATTTGTTAACTTGTTATCATCAGTTGTTTTTTATTCGTGTTTTCTTAAATAACTAG AAAATACAGATTTATTTAGCTATGCCAAATTTTAGGAATAACAAAAAACACCTTGTATGATTCAAATTAAGCAGAAGCACGAGCACTACTAGATGAATTTGAAGCCCAAATGGACGAAGACGTTAAAATAGAATTATAGGTGTAATAAAGGTTGAGGAGGAATTTAAGTTTCCTCCT 177 TTerm_0266 MRSA_WT_35 4864 4877 14 4884 4897 14 6 85 0 18 57 42 58 41 0 4880 ACGTCTACATGTAC GTATATGTAGGCGT True TGAATTGGA TTTTAAATT False True + ACGTCTACATGTAC TTAAAG GTATATGTAGGCGT TTTTAAATT 44 MRSA_WT_02376 intergenic 4851 5101 + down TATATGAATTGGACGTCTACATGTACTTAAAGGTATATGTAGGCGTTTTTAAATTGATCCTTAAATTTTAAATGTACCGTACAAAAATAATAGACAATTAATTGCATTTTCCATAAATTTGCTTTTAATATAAAAAGTTCGGGTATAATGAAGGATAAGTGTATGTATAACATTACAGAGCGCAACACGACGTACGTGCATCTAAGAATATAAACAATGTTTAAATCATAGTAGTAGGGAGAGAAATGCA TCCTAAAACAGGCGAAGTTAAATAATATATGAATTGGACGTCTACATGTACTTAAAGGTATATGTAGGCGTTTTTAAATTGATCCTTAAATTTTAAATGTACCGTACAAAAATAATAGACAATTAATTGCATTTTCCATAAATTTGCTTTTAATATAAAAAGTTCGGGTATAATGAAGGATAAGTGTATGTATAACATTACAGAGCGCAACACGACGTACGTGCATCTAAGAATATAAACAATGTTTAAATCATAGTAGTAGGGAGAGAAATGCATGTTTTTAGCTTGGAATGAAATACG TATATGAATTGGACGTCTACATGTACTTAAAGGTATATGTAGGCGT 46 TTerm_0267 MRSA_WT_36 10619 10625 7 10631 10637 7 5 100 0 14 28 71 28 71 0 10627 AGAGGGG CCCCTCT True GAAGCATAA ATTTTATTT False True + AGAGGGG GGCAA CCCCTCT ATTTTATTT 68 MRSA_WT_02420 intergenic 10353 10670 + down CGAAACCGGCTTCATCGGAAACTGCGGTAAAGTCGGTTAGTATACCAGATAGCATTAAAACACTTAAAGTTGGCAACACATACGATTTAAATGTTGTAGTAGAACCATCTAATCAAAGGAAGCTAGTAAAATACACAACAGATCAAACTAATGTTGTATCAATAAATAGTGATGGTCAAGTCACTGCAGAAGCGCAAGGCATTGCCACGGTTAAAGCAACTGTTGGTAATATGAGTGACACTATAACAATAAATGTAGAAGCATAAGAGGGGGGCAACCCCTCTATTTTATTTGAAAATAAGGAGAGTATTATAAAA GACAGAGGATACGGAAACTTTGTAACGAAACCGGCTTCATCGGAAACTGCGGTAAAGTCGGTTAGTATACCAGATAGCATTAAAACACTTAAAGTTGGCAACACATACGATTTAAATGTTGTAGTAGAACCATCTAATCAAAGGAAGCTAGTAAAATACACAACAGATCAAACTAATGTTGTATCAATAAATAGTGATGGTCAAGTCACTGCAGAAGCGCAAGGCATTGCCACGGTTAAAGCAACTGTTGGTAATATGAGTGACACTATAACAATAAATGTAGAAGCATAAGAGGGGGGCAACCCCTCTATTTTATTTGAAAATAAGGAGAGTATTATAAAATGGCAAAATTAAAACGTAACATTAT CGAAACCGGCTTCATCGGAAACTGCGGTAAAGTCGGTTAGTATACCAGATAGCATTAAAACACTTAAAGTTGGCAACACATACGATTTAAATGTTGTAGTAGAACCATCTAATCAAAGGAAGCTAGTAAAATACACAACAGATCAAACTAATGTTGTATCAATAAATAGTGATGGTCAAGTCACTGCAGAAGCGCAAGGCATTGCCACGGTTAAAGCAACTGTTGGTAATATGAGTGACACTATAACAATAAATGTAGAAGCATAAGAGGGGGGCAACCCCTCT 284 TTerm_0268 MRSA_WT_36 11206 11216 11 11221 11231 11 4 90 0 17 59 40 60 40 0 11218 TAACCTTAACC GGTTAGGGTTA True ATGCGTTTT TTTTTTTGA False True + TAACCTTAACC GTTT GGTTAGGGTTA TTTTTTTGA 58 MRSA_WT_02422 intergenic 11208 11265 + down CCTTAACCGTTTGGTTAGGGTTATTTTTTTGAACTTTTTTAGAAAGGAGGTAAAAAA AGAGGCTTTAATTGATGCGTTTTAACCTTAACCGTTTGGTTAGGGTTATTTTTTTGAACTTTTTTAGAAAGGAGGTAAAAAATGGGAGAAAGAATCAAAGGTTTATC CCTTAACCGTTTGGTTAGGGTTA 23 TTerm_0269 MRSA_WT_37 6412 6437 26 6447 6472 26 9 84 0 32 71 28 72 27 0 6441 AATAAGACAAACTTTGAGGTTGGGAA TTCCCAACCTCAAAATTATTTTTATT True AAATTTACA AAATGTCTT False True + AATAAGACAAACTTTGAGGTTGGGAA AATTTAAAA TTCCCAACCTCAAAATTATTTTTATT AAATGTCTT 88 MRSA_WT_02435 intergenic 6405 6471 + down ATTTACAATAAGACAAACTTTGAGGTTGGGAAAATTTAAAATTCCCAACCTCAAAATTATTTTTAT CCTAAATAAATTAGAAAATAAATAAATTTACAATAAGACAAACTTTGAGGTTGGGAAAATTTAAAATTCCCAACCTCAAAATTATTTTTATTAAATGTCTTTTTTAGCGACATATA ATTTACAATAAGACAAACTTTGAGGTTGGGAAAATTTAAAATTCCCAACCTCAAAATTATTTTTATT 67 TTerm_0270 MRSA_WT_40 3605 3616 12 3622 3633 12 5 83 0 14 41 58 40 60 0 3618 AGCGCTCGAATC GATTTGGGCGCT True TTTAAATTA TTTTAATTT False True + AGCGCTCGAATC TCATT GATTTGGGCGCT TTTTAATTT 44 MRSA_WT_02476 intergenic 3592 4005 + down AATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAATCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTGCCTACTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTAATCCGTTTCATTGATCAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATGAAATAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAAGTGCGAATTCAACGAAAGTGCTTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGGCTATCACTGTTACTGCACACATACCTCAGTCTCACCTTATCATGACACAAAGGAAATTGAAAACACGTATAATTATCTCTCCTCGTATTT GATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAATCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTGCCTACTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTAATCCGTTTCATTGATCAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATGAAATAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAAGTGCGAATTCAACGAAAGTGCTTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGGCTATCACTGTTACTGCACACATACCTCAGTCTCACCTTATCATGACACAAAGGAAATTGAAAACACGTATAATTATCTCTCCTCGTATTTTATAGGGTTTTTGCGACCGGATGTT AATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCT 41 TTerm_0271 MRSA_WT_40 5758 5764 7 5770 5776 7 5 100 0 14 100 0 100 0 0 5766 TATTTTT AAAAATA True TACATGTAT ATTTTGTAT False True + TATTTTT ATATA AAAAATA ATTTTGTAT 28 MRSA_WT_02478 intergenic 5709 5875 + down TGTATCAAATTATATATATCTCAAAAAATTCTTTTGCGGTTACATGTATATTTTTATATAAAAAATAATTTTGTATAACATTTTTGTTATATGAACATTTATTACTAGAGTGCACATTGAACATACAGTATGATTAAATATCATGTTATGAAAGAAGGATATATTT GACATCTTACATTGTTGTTGATTAATGTATCAAATTATATATATCTCAAAAAATTCTTTTGCGGTTACATGTATATTTTTATATAAAAAATAATTTTGTATAACATTTTTGTTATATGAACATTTATTACTAGAGTGCACATTGAACATACAGTATGATTAAATATCATGTTATGAAAGAAGGATATATTTTGACTGTTTTTAAAAATCAGCGTTT TGTATCAAATTATATATATCTCAAAAAATTCTTTTGCGGTTACATGTATATTTTTATATAAAAAATA 67 TTerm_0272 MRSA_WT_40 5763 5772 10 5778 5787 10 5 90 0 15 95 5 100 0 0 5774 TTATATAAAA TTTTGTATAA True GTATATTTT CATTTTTGT False True + TTATATAAAA AATAA TTTTGTATAA CATTTTTGT 38 MRSA_WT_02478 intergenic 5709 5875 + down TGTATCAAATTATATATATCTCAAAAAATTCTTTTGCGGTTACATGTATATTTTTATATAAAAAATAATTTTGTATAACATTTTTGTTATATGAACATTTATTACTAGAGTGCACATTGAACATACAGTATGATTAAATATCATGTTATGAAAGAAGGATATATTT GACATCTTACATTGTTGTTGATTAATGTATCAAATTATATATATCTCAAAAAATTCTTTTGCGGTTACATGTATATTTTTATATAAAAAATAATTTTGTATAACATTTTTGTTATATGAACATTTATTACTAGAGTGCACATTGAACATACAGTATGATTAAATATCATGTTATGAAAGAAGGATATATTTTGACTGTTTTTAAAAATCAGCGTTT TGTATCAAATTATATATATCTCAAAAAATTCTTTTGCGGTTACATGTATATTTTTATATAAAAAATAATTTTGTATAA 78 TTerm_0273 MRSA_WT_40 6975 6986 12 6995 7006 12 8 91 0 19 70 29 72 27 0 6990 GTCATCTTTAAA TTTAGAGATGAC True TCTCTGTTG TTCATTTTG False True + GTCATCTTTAAA TCGTTTCT TTTAGAGATGAC TTCATTTTG 46 MRSA_WT_02479 intergenic 6891 7134 + down AGTAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCATACTGACTCATTTAGGATATGCTCTCTGTTGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGCATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGGTATACTAA CATAGAACACAAATGGTCTAAATAAAGTAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCATACTGACTCATTTAGGATATGCTCTCTGTTGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGCATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGGTATACTAATGAATATTGCAAAGTTAGAAGATTA AGTAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCATACTGACTCATTTAGGATATGCTCTCTGTTGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGAC 115 TTerm_0274 MRSA_WT_40 8010 8024 15 8034 8048 15 9 80 0 15 63 36 66 33 0 8028 AAAAAGGATATGACA TGTCACACCCTTCTT True AACACAACA TTGAACCGC True True + AAAAAGGATATGACA CAAACTTCA TGTCACACCCTTCTT TTGAACCGC 54 MRSA_WT_02480 intergenic 7934 8068 + down TAGTAAAATATAAAAATATGGGCGTATCTTACTTATTGTAGGTAGCGCCCCTTTTTTATGCTTCATAAACACAACAAAAAGGATATGACACAAACTTCATGTCACACCCTTCTTTTGAACCGCTTCATTTTACT TATTAATCGTATTGAAAAACAATAATAGTAAAATATAAAAATATGGGCGTATCTTACTTATTGTAGGTAGCGCCCCTTTTTTATGCTTCATAAACACAACAAAAAGGATATGACACAAACTTCATGTCACACCCTTCTTTTGAACCGCTTCATTTTACTTAAGCAAGTGCATCTACAACATAAA TAGTAAAATATAAAAATATGGGCGTATCTTACTTATTGTAGGTAGCGCCCCTTTTTTATGCTTCATAAACACAACAAAAAGGATATGACACAAACTTCATGTCACACCCTTCTT 114 TTerm_0275 MRSA_WT_40 11838 11848 11 11854 11864 11 5 90 0 17 50 50 50 50 0 11850 AACAAGTAGCG CGCTGCTTGTT True TTAATATCA TTTTATGGA False True + AACAAGTAGCG TTTAT CGCTGCTTGTT TTTTATGGA 74 MRSA_WT_02484 intergenic 11781 12174 + down GCACATTCCATCGGTATAGAACATTGCTATGACCTTTCAAGTCAGATTTTAATATCAACAAGTAGCGTTTATCGCTGCTTGTTTTTTATGGATTGCTTATAAAATCATCATGTTTAAACGATATGTCACTTTGAAAACTAGCAAACACCATAAAAGACTACAATTTTTTTATTTTTATAAACCCCTTTAAATCAACGTTTCTAAGGTTTTTAAAAATCTTTTTTAATTTATTTTCAAAAAACACTGTACATTATGCCAATATGAGCGTATAGTTGGTCTTACGTAATAAAAGCTCGTGAATTAAATTGTAGTGTATTTGTTTAGAATATCCTCTTTTTTAGTTATGAATTTGTTACAAATATTAAGTGCAAAAGCACATGGAGGTTTTCTATA ACGTCGTGAAGAAAAAGGCAAGTAAGCACATTCCATCGGTATAGAACATTGCTATGACCTTTCAAGTCAGATTTTAATATCAACAAGTAGCGTTTATCGCTGCTTGTTTTTTATGGATTGCTTATAAAATCATCATGTTTAAACGATATGTCACTTTGAAAACTAGCAAACACCATAAAAGACTACAATTTTTTTATTTTTATAAACCCCTTTAAATCAACGTTTCTAAGGTTTTTAAAAATCTTTTTTAATTTATTTTCAAAAAACACTGTACATTATGCCAATATGAGCGTATAGTTGGTCTTACGTAATAAAAGCTCGTGAATTAAATTGTAGTGTATTTGTTTAGAATATCCTCTTTTTTAGTTATGAATTTGTTACAAATATTAAGTGCAAAAGCACATGGAGGTTTTCTATATGAATAACGGTACAGTAAAATGGTT GCACATTCCATCGGTATAGAACATTGCTATGACCTTTCAAGTCAGATTTTAATATCAACAAGTAGCGTTTATCGCTGCTTGTT 83 TTerm_0276 MRSA_WT_41 3392 3407 16 3413 3428 16 5 93 0 27 59 40 60 40 0 3409 ATAAAAAGGAGCGGCA TGTCGCTCCTTTTTAT True TGTAGTACA TATGTATTT True True + ATAAAAAGGAGCGGCA TCCAT TGTCGCTCCTTTTTAT TATGTATTT 86 MRSA_WT_02491 intergenic 3388 3550 + down TACATAAAAAGGAGCGGCATCCATTGTCGCTCCTTTTTATTATGTATTTTTACAATCTCCACCAATGACACGTCGTCATTGTTACCTCAGACCAAACAAAAAAACAGTCTCGCAATCAAGACTGTTTTCCACTCAATATATTCATCCATTAGCGTAATGGAT GAGATGGTTGAAAATCGGTATGTAGTACATAAAAAGGAGCGGCATCCATTGTCGCTCCTTTTTATTATGTATTTTTACAATCTCCACCAATGACACGTCGTCATTGTTACCTCAGACCAAACAAAAAAACAGTCTCGCAATCAAGACTGTTTTCCACTCAATATATTCATCCATTAGCGTAATGGATTATTTAACTTCTGTAGCTACAAAGA TACATAAAAAGGAGCGGCATCCATTGTCGCTCCTTTTTAT 40 TTerm_0277 MRSA_WT_41 3489 3498 10 3507 3516 10 8 100 0 20 70 30 70 30 0 3502 AAAACAGTCT AGACTGTTTT True CAAACAAAA CCACTCAAT True True + AAAACAGTCT CGCAATCA AGACTGTTTT CCACTCAAT 64 MRSA_WT_02491 intergenic 3388 3550 + down TACATAAAAAGGAGCGGCATCCATTGTCGCTCCTTTTTATTATGTATTTTTACAATCTCCACCAATGACACGTCGTCATTGTTACCTCAGACCAAACAAAAAAACAGTCTCGCAATCAAGACTGTTTTCCACTCAATATATTCATCCATTAGCGTAATGGAT GAGATGGTTGAAAATCGGTATGTAGTACATAAAAAGGAGCGGCATCCATTGTCGCTCCTTTTTATTATGTATTTTTACAATCTCCACCAATGACACGTCGTCATTGTTACCTCAGACCAAACAAAAAAACAGTCTCGCAATCAAGACTGTTTTCCACTCAATATATTCATCCATTAGCGTAATGGATTATTTAACTTCTGTAGCTACAAAGA TACATAAAAAGGAGCGGCATCCATTGTCGCTCCTTTTTATTATGTATTTTTACAATCTCCACCAATGACACGTCGTCATTGTTACCTCAGACCAAACAAAAAAACAGTCTCGCAATCAAGACTGTTTT 128 TTerm_0278 MRSA_WT_41 4942 4950 9 4955 4963 9 4 88 0 13 50 50 50 50 0 4952 AGGGACAAT ATCGTCCCT True AACTTCTCA TTTATTTTT False True + AGGGACAAT TTAC ATCGTCCCT TTTATTTTT 50 MRSA_WT_02493 intergenic 4855 5004 + down TAATGTTTGAATCACATAATATAAACAAGACGACCATGTCAATTCACTTAACATAACAAGCCAACATATAAAATTTTAAACTTCTCAGGGACAATTTACATCGTCCCTTTTATTTTTTCTTTTCAAATACTATCCCCATAGCTTTGATT TTACGAATTAGATTTACAAGACTAGTAATGTTTGAATCACATAATATAAACAAGACGACCATGTCAATTCACTTAACATAACAAGCCAACATATAAAATTTTAAACTTCTCAGGGACAATTTACATCGTCCCTTTTATTTTTTCTTTTCAAATACTATCCCCATAGCTTTGATTTAACGCTTTTTCTCAATAACAAAAC TAATGTTTGAATCACATAATATAAACAAGACGACCATGTCAATTCACTTAACATAACAAGCCAACATATAAAATTTTAAACTTCTCAGGGACAATTTACATCGTCCCT 108 TTerm_0279 MRSA_WT_41 8790 8802 13 8807 8819 13 4 76 0 11 69 30 80 20 0 8804 ATCTATCATCTAG CTACATCTTAGAT True ATTCATTTA GATTTTTTT False True + ATCTATCATCTAG ACCA CTACATCTTAGAT GATTTTTTT 38 MRSA_WT_02498 intergenic 8744 8900 + down TTTATCCTCTGTGTTTCAACATTCATTTCCCATATCGATTCATTTATCTATCATCTAGACCACTACATCTTAGATGATTTTTTTATTTTCTCATTTCACTCTTTCTTAAAAGTCGATATAATGAATTAAATCATTATCATACACCGACATATTTTA TCTTCCTGAAATCTCATTTAAATAGTTTATCCTCTGTGTTTCAACATTCATTTCCCATATCGATTCATTTATCTATCATCTAGACCACTACATCTTAGATGATTTTTTTATTTTCTCATTTCACTCTTTCTTAAAAGTCGATATAATGAATTAAATCATTATCATACACCGACATATTTTATGTTGTTGGTGTTAAGTTTTAAAGG TTTATCCTCTGTGTTTCAACATTCATTTCCCATATCGATTCATTTATCTATCATCTAGACCACTACATCTTAGAT 75 TTerm_0280 MRSA_WT_42 4611 4622 12 4631 4642 12 8 83 0 14 87 12 90 10 0 4626 TTTAAACATAAG CTTATTTTTTAA True AGTATTATT CTTTGCAAC False True + TTTAAACATAAG GTTAGACA CTTATTTTTTAA CTTTGCAAC 36 MRSA_WT_02506 intergenic 4597 4632 + down TACGAAGTATTATTTTAAACATAAGGTTAGACACT AATTAGCATCATGCTAGCCAGTTAATACGAAGTATTATTTTAAACATAAGGTTAGACACTTATTTTTTAACTTTGCAACAGAACC TACGAAGTATTATTTTAAACATAAGGTTAGACACTTATTTTTTAA 45 TTerm_0281 MRSA_WT_42 7581 7594 14 7600 7613 14 5 100 0 28 71 28 71 28 0 7596 AAACACCTCTTATT AATAAGAGGTGTTT True ATAATCATA TGCCATTTA False True + AAACACCTCTTATT TAGTT AATAAGAGGTGTTT TGCCATTTA 64 MRSA_WT_02511 intergenic 7576 7955 + down TCATAAACACCTCTTATTTAGTTAATAAGAGGTGTTTTGCCATTTAAAGAACAAAATTTGTGCCATATACAATATGCCCTCTCTTTTTCTCATTAGCGAACGTTTATAACGCAATCATGATGAGAGTATTAATACAGTTAATTATTTGAAATACTTTAGTTTACATAATGTTGAATTATAGGTAGTGAAATTGTATTTATTATACATTGTCATATCGTTGTTTAATGATAGTTAATTTAAGGATAATAGAATTAATATTATATATAGATGAACAAAACAAGCAACAGAGCAAAAAACACTTTTAGATTATTTTTACTCATTCTCTATTTTATTTATTTTTGCTATAATAAATAAAGAATATTAAATGGAGGTGTTTTTA TATAGAAAAGTTTAAATTGAGATAATCATAAACACCTCTTATTTAGTTAATAAGAGGTGTTTTGCCATTTAAAGAACAAAATTTGTGCCATATACAATATGCCCTCTCTTTTTCTCATTAGCGAACGTTTATAACGCAATCATGATGAGAGTATTAATACAGTTAATTATTTGAAATACTTTAGTTTACATAATGTTGAATTATAGGTAGTGAAATTGTATTTATTATACATTGTCATATCGTTGTTTAATGATAGTTAATTTAAGGATAATAGAATTAATATTATATATAGATGAACAAAACAAGCAACAGAGCAAAAAACACTTTTAGATTATTTTTACTCATTCTCTATTTTATTTATTTTTGCTATAATAAATAAAGAATATTAAATGGAGGTGTTTTTATGAAAAAGAAATTTGTTTCTAGTTG TCATAAACACCTCTTATTTAGTTAATAAGAGGTGTTT 37 TTerm_0282 MRSA_WT_43 1642 1653 12 1658 1669 12 4 83 0 14 87 12 100 0 0 1655 ATTGATAATAAA TTTATTGTGAAT True GGTTTGACA AAAAGTTTT False True + ATTGATAATAAA GTAG TTTATTGTGAAT AAAAGTTTT 28 MRSA_WT_02518 intergenic 1376 1741 + down GAAATCATTTTTAAAGAAGATAGAGAAGATGGTTATACATTATAAAAATAGATATTTAAATGCATTTGTTTGAGGTTAATTATTTTTTAGGATGAAAAATAGGTAGCCCCCCTCTAACTTTTTAATATATTTTTATAAATCTTTTTAAAAACCTTTTCAGGGGCTTGTTCAGACCTAGAGCAACAAGGGATTTCAATACCTAAAGGAGTGTTTTTGCCACATAAAAGGAGTGTTTTAAAAAGTTGTACTCCTTTTATGGTTTGACATTGATAATAAAGTAGTTTATTGTGAATAAAAGTTTTCAAATGGGAGTGTATATTCAAACGATACTCCTTTAGGTTCGTAATAAAGGGGGGGCTGTATCA GAAGAAATATCAAGCACAAGAATGAGAAATCATTTTTAAAGAAGATAGAGAAGATGGTTATACATTATAAAAATAGATATTTAAATGCATTTGTTTGAGGTTAATTATTTTTTAGGATGAAAAATAGGTAGCCCCCCTCTAACTTTTTAATATATTTTTATAAATCTTTTTAAAAACCTTTTCAGGGGCTTGTTCAGACCTAGAGCAACAAGGGATTTCAATACCTAAAGGAGTGTTTTTGCCACATAAAAGGAGTGTTTTAAAAAGTTGTACTCCTTTTATGGTTTGACATTGATAATAAAGTAGTTTATTGTGAATAAAAGTTTTCAAATGGGAGTGTATATTCAAACGATACTCCTTTAGGTTCGTAATAAAGGGGGGGCTGTATCATGACAGGAGAGACAGTTGTATATAA GAAATCATTTTTAAAGAAGATAGAGAAGATGGTTATACATTATAAAAATAGATATTTAAATGCATTTGTTTGAGGTTAATTATTTTTTAGGATGAAAAATAGGTAGCCCCCCTCTAACTTTTTAATATATTTTTATAAATCTTTTTAAAAACCTTTTCAGGGGCTTGTTCAGACCTAGAGCAACAAGGGATTTCAATACCTAAAGGAGTGTTTTTGCCACATAAAAGGAGTGTTTTAAAAAGTTGTACTCCTTTTATGGTTTGACATTGATAATAAAGTAGTTTATTGTGAAT 293 TTerm_0283 MRSA_WT_43 6347 6357 11 6362 6372 11 4 90 0 17 68 31 70 30 0 6359 AAGACATTAGT ACTGATGTCTT True TATTATTTA TTTTTATTG False True + AAGACATTAGT GATA ACTGATGTCTT TTTTTATTG 50 MRSA_WT_02523 intergenic 6356 6941 + down TGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGATTTTTTGTAAAAAAATACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAACTGTGACAAACGCAATATATTGTGTCGCAAAAGTGTGACATTTCGTCTTTTTATGCCCCCATGCAAAAAGACCGACGAAGTCTTGAAATATCTGGCTTTGCCAGATCCCCCATTCATTGATGGGGACAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGTATATAAAAAAATAGTCACTGGTTTTGCTCAAATTTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAAAGCGTATATAAGTTTCGGATATAAAAAACTATATGCCCTCCCTAAATCTTTAAAATACCCCCTTAAAATTTAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTTATTT TGATAACTGATGTCTT 16 TTerm_0284 MRSA_WT_43 6592 6600 9 6610 6618 9 9 88 0 13 83 16 87 12 0 6604 GAGATTTTA TAAAATTTC True CTCTTACGG TAAGTTTTT False True + GAGATTTTA GAGTTAAAT TAAAATTTC TAAGTTTTT 26 MRSA_WT_02523 intergenic 6356 6941 + down TGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGATTTTTTGTAAAAAAATACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAACTGTGACAAACGCAATATATTGTGTCGCAAAAGTGTGACATTTCGTCTTTTTATGCCCCCATGCAAAAAGACCGACGAAGTCTTGAAATATCTGGCTTTGCCAGATCCCCCATTCATTGATGGGGACAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGTATATAAAAAAATAGTCACTGGTTTTGCTCAAATTTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAAAGCGTATATAAGTTTCGGATATAAAAAACTATATGCCCTCCCTAAATCTTTAAAATACCCCCTTAAAATTTAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTTATTT TGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGATTTTTTGTAAAAAAATACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAACTGTGACAAACGCAATATATTGTGTCGCAAAAGTGTGACATTTCGTCTTTTTATGCCCCCATGCAAAAAGACCGACGAAGTCTTGAAATATCTGGCTTTGCCAGATCCCCCATTCATTGATGGGGACAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTC 262 TTerm_0285 MRSA_WT_43 9493 9498 6 9505 9510 6 6 100 0 12 66 33 66 33 0 9501 GACATA TATGTC True GTTTAAAGG AACATTTTT False True + GACATA GAATGG TATGTC AACATTTTT 40 MRSA_WT_02527 intergenic 9114 9677 + down TTAAGTAGATTAGCTAAAGAGAAAAACATATCGAGAAATGAATTAATATTAGAAACATTAGAACTGCTATATACACTTGAAAGTTGTCAAAAATTATATGAAGAACAATCACATCAGCAAGCACAAAATACAAAAAAATTAAAAGAAATTGCGAGTAAATAAAGCAAAATTTTAGCGTTACTTGAATCAGTAGATTATTAAATATGAGAACAAAAGTTGAAAAAGTGTGAGCTATTTTATATTTAAAATGTATTGAAATTCAAAACGTTCATGCGTGGAATAAATTACAAAGATATATCCATTTTAACGCCAAAAGGAAATTTGATTGAGAGTATAAATAAAGGTATAAAAGATGAAAATTAAAAATTGAGTTTAAAGGACATAGAATGGTATGTCAACATTTTTTTAGACAGTTTTCATGTGTAAATTTTTAAATGTCACTGGCGTCAAATACTGTAATGAAGAATGTGGTCTAAAATTGTTGTACCAATTTACATAATCAAATAGTTCTGTTTCTAGTCATAATAAAATCAACTGCCTTCTTAGTTGAACAACATCTATTT TTAAGTAGATTAGCTAAAGAGAAAAACATATCGAGAAATGAATTAATATTAGAAACATTAGAACTGCTATATACACTTGAAAGTTGTCAAAAATTATATGAAGAACAATCACATCAGCAAGCACAAAATACAAAAAAATTAAAAGAAATTGCGAGTAAATAAAGCAAAATTTTAGCGTTACTTGAATCAGTAGATTATTAAATATGAGAACAAAAGTTGAAAAAGTGTGAGCTATTTTATATTTAAAATGTATTGAAATTCAAAACGTTCATGCGTGGAATAAATTACAAAGATATATCCATTTTAACGCCAAAAGGAAATTTGATTGAGAGTATAAATAAAGGTATAAAAGATGAAAATTAAAAATTGAGTTTAAAGGACATAGAATGGTATGTC 396 TTerm_0286 MRSA_WT_45 852 860 9 865 873 9 4 100 0 18 66 33 66 33 0 862 TAACCTTCA TGAAGGTTA True AAAAATTTT TTTTTTAGT True True + TAACCTTCA AATG TGAAGGTTA TTTTTTAGT 60 MRSA_WT_02553 intergenic 829 1408 + down AGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTAGTGCGCCTGGCATGGGCAACAACTTGACGGTGAAAGTCCGTTACAGGCTTGGTAGTAGGAACTGTTAGCGAAAGACAAGGGTGTCCATTGTGAAGTGGAATCTGAAGGAAGTCGGACGCAAACACTCGCATTGACGAACAGAAACATCATAATAAGGCCATATAAAACGGATGAGTCTGCTAAACAAGATGAAGTCCAATACTACCCGAATTTTATATGGTAAATGATGCGATGAGATGAGTGGAAAGTGGTTGCACCTTACCCAGGGAGGTCTCATTAGCGGTGCACATACCGTAGTAACAACGAATAATGAGAAGTCAGCAGACGTCATAGTAGGGAAAATGTACCGAAGGACGGAACAATATTCATACAAAGTAAAGAATGGAGGTTATAGATTTACATCATGCAGAAAACAACGAACTAGTTGGCAACATATAGAGAGATAAGTAGTGGAACGAAAAAGGGTAAATAAGTGCGCATGGTAAATCTTAGGTGAAATGAAAGAAATGTATCGTGAGTCTCCATCGA AGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTA 44 TTerm_0287 MRSA_WT_47 2740 2758 19 2763 2782 20 4 95 5 28 79 20 78 21 0 2760 TAGCTATGAAAAAATCTAT ATAGATTTTTTTCATAGCTA True ATAATAAAT AACTTAATA True True + TAGCTATGAAAAAATCTAT CGTC ATAGATTTTTTTCATAGCTA AACTTAATA 64 MRSA_WT_02573 intergenic 2521 2918 + down TATATAAATATATTTAAACCCTCATAGGCATTGTGCTTATGGGGGTTTTTCATATTGGAGTCAATTTTAAACTAATATGTATTTCATTGCCTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTCTGTGTTGGGGCCCCTATAATTGAAAAGCGTATTATCATTCAGTCAATGACTGCTAATATAACAGTATAGAGAGTCTGGGATAGGCTCAATAACTATAATAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTTTTTTCATAGCTAAACTTAATATGTTTTGTTGTTTTGATATAATTACAGAACGTAAATATGCAATAACATTTGGAAAGGCACCTATTAATACTTTGTAAAAGCTTTGGTGTCATCATGTAAATATCAAAATAATTAATGATTTTACTGT ATCTTCAGGTCTTTCTATTCTATAATATATAAATATATTTAAACCCTCATAGGCATTGTGCTTATGGGGGTTTTTCATATTGGAGTCAATTTTAAACTAATATGTATTTCATTGCCTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTCTGTGTTGGGGCCCCTATAATTGAAAAGCGTATTATCATTCAGTCAATGACTGCTAATATAACAGTATAGAGAGTCTGGGATAGGCTCAATAACTATAATAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTTTTTTCATAGCTAAACTTAATATGTTTTGTTGTTTTGATATAATTACAGAACGTAAATATGCAATAACATTTGGAAAGGCACCTATTAATACTTTGTAAAAGCTTTGGTGTCATCATGTAAATATCAAAATAATTAATGATTTTACTGTTACATGGCTAAGAGGTTATTGATAA TATATAAATATATTTAAACCCTCATAGGCATTGTGCTTATGGGGGTTTTTCATATTGGAGTCAATTTTAAACTAATATGTATTTCATTGCCTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTCTGTGTTGGGGCCCCTATAATTGAAAAGCGTATTATCATTCAGTCAATGACTGCTAATATAACAGTATAGAGAGTCTGGGATAGGCTCAATAACTATAATAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTTTTTTCATAGCTA 261 TTerm_0288 MRSA_WT_1 1095 1109 15 1116 1130 15 6 100 0 30 73 26 73 26 0 1112 AAAAAGAGGTTTTCA TGAAAACCTCTTTTT True AATAGCATA GTTGTTGGT True True - AAAAAGAGGTTTTCA ACTTAA TGAAAACCTCTTTTT TATGCTATT 68 MRSA_WT_00001 intergenic 1082 1202 + down GTTTAATAGCATAAAAAGAGGTTTTCATTAAGTTGAAAACCTCTTTTTGTTGTTGGTATTAATTTTTCAAATGTTGACTACTCAATCCTAAATTATAAATAGTATAGCGCAGCAAATGCT TTTAAACGCAATTATTGCTGTGTAAGTTTAATAGCATAAAAAGAGGTTTTCATTAAGTTGAAAACCTCTTTTTGTTGTTGGTATTAATTTTTCAAATGTTGACTACTCAATCCTAAATTATAAATAGTATAGCGCAGCAAATGCTTAAGAAATTTTTTCTATGGCACAAA AGCATTTGCTGCGCTATACTATTTATAATTTAGGATTGAGTAGTCAACATTTGAAAAATTAATACCAACAACAAAAAGAGGTTTTCAACTTAATGAAAACCTCTTTT 107 TTerm_0289 MRSA_WT_1 7041 7049 9 7056 7064 9 6 88 0 13 94 5 100 0 0 7052 TTTAAAGTA TAATTTAAA True AAAAAGTAT ATAATATTA True False - TTTAAATTA TGTCAC TACTTTAAA ATACTTTTT 26 MRSA_WT_00006 intergenic 7045 7371 + down AGTAGTGACATAATTTAAAATAATATTACATTTGTAATGACACCAAGTAACGTTTCGGTTGCTTGGTGTTTTTTGGTATGAATTACTTTCTGTTACAAAACATTCTAAAGCGTTCTTGTTATGTTTTATTAAGATTTTAATTACAAAACGGAAACTAAATTGTAATAAAATAAAACTTTATTTTATAAAATGATGATGATAAAATTGAGTGAACTTAAAATATTGTACAAAATAATATGGCTATAAACATAATATGAGGGAGCGTATATTTTTAGCATAATTCTTAACAACACAGCAGAGAACAGACAACCAGGAGGAAAATGAAA AGGTTTGGAAATAAAAAGTATTTAAAGTAGTGACATAATTTAAAATAATATTACATTTGTAATGACACCAAGTAACGTTTCGGTTGCTTGGTGTTTTTTGGTATGAATTACTTTCTGTTACAAAACATTCTAAAGCGTTCTTGTTATGTTTTATTAAGATTTTAATTACAAAACGGAAACTAAATTGTAATAAAATAAAACTTTATTTTATAAAATGATGATGATAAAATTGAGTGAACTTAAAATATTGTACAAAATAATATGGCTATAAACATAATATGAGGGAGCGTATATTTTTAGCATAATTCTTAACAACACAGCAGAGAACAGACAACCAGGAGGAAAATGAAATGAATTTGTTAAAGAAAAATAAATA TTTCATTTTCCTCCTGGTTGTCTGTTCTCTGCTGTGTTGTTAAGAATTATGCTAAAAATATACGCTCCCTCATATTATGTTTATAGCCATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGTTTTATTTTATTACAATTTAGTTTCCGTTTTGTAATTAAAATCTTAATAAAACATAACAAGAACGCTTTAGAATGTTTTGTAACAGAAAGTAATTCATACCAAAAAACACCAAGCAACCGAAACGTTACTTGGTGTCATTACAAATGTAATATTATTTTAAATTATGTCACTACTTTAA 330 TTerm_0290 MRSA_WT_1 18584 18591 8 18600 18607 8 8 87 0 11 68 31 71 28 0 18595 ACAAAGCA TGATTTGT True AAAAAGGAA GTCATATCG True False - ACAAATCA TTAATAGC TGCTTTGT TTCCTTTTT 30 MRSA_WT_00011 intergenic 18523 18726 + down GGCATACAATTAATAAGTTGGTATTGAACTGGCATATTAAATATATAAATTAAAAAAGGAACAAAGCAGCTATTAATGATTTGTGTCATATCGATAGCATCGTTTTGTTCCTTTTTATTATTTTCTGACATCTTATTGTAGTTTTTATATCATTTCATGTAAAATAGAATTTAACTTATAGAAAAAAGGAAGTCGATTTCGAA AAATGCATTATCTGATAAAGAATAAGGCATACAATTAATAAGTTGGTATTGAACTGGCATATTAAATATATAAATTAAAAAAGGAACAAAGCAGCTATTAATGATTTGTGTCATATCGATAGCATCGTTTTGTTCCTTTTTATTATTTTCTGACATCTTATTGTAGTTTTTATATCATTTCATGTAAAATAGAATTTAACTTATAGAAAAAAGGAAGTCGATTTCGAATGTGGAAAGAAAAAGTTCAACAATA TTCGAAATCGACTTCCTTTTTTCTATAAGTTAAATTCTATTTTACATGAAATGATATAAAAACTACAATAAGATGTCAGAAAATAATAAAAAGGAACAAAACGATGCTATCGATATGACACAAATCATTAATAGCTGCTTTG 142 TTerm_0291 MRSA_WT_1 21444 21454 11 21461 21471 11 6 81 0 12 81 18 88 11 0 21457 AATTTGTACCA TGTTATAAATT True GGTCATAAA AGAATATAT True False - AATTTATAACA CCATAC TGGTACAAATT TTTATGACC 32 MRSA_WT_00013 intergenic 20987 21538 + down AATTCTTTCATCATATTTTTAGATTAAATTACTTAAATTTATCAACTTTCGTAAGTGAATTATGTTATAATTTAAAACGAAGCTTAAAAGTGTTGTTTAGAAAACACATATTAGTAAAAAGTGCCATTTTGTTTCTCATTTTCAGTTGAAATATAATGATAAAAATTATAAAATTTTCTATGAGTTACAAATATGATGTGCATCATATTTTACTAAGTACGTAAATGTTACAGTTCATAAATTTATGCTAACCATGAAAATGGGATAGCAATTATTTTGAAAACTAGAGTTTATCGCCTACAAAAGTTACAAAAACATGTAGTTTTAGACACGGTAACATTTTATGTCAAGTAAGTGACTATAGAATGTATGGTGTCAATGAAAGACAATACGATTTAAATTTAGTCGTGTAATGTAGGCATTGGTTGAGGATTTAAAATAATTATCTGGTCATAAAATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCATTTTCTAATTGAAAGTGAGGTGGACGAGT ACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAAT 94 TTerm_0292 MRSA_WT_1 37269 37276 8 37285 37292 8 8 87 0 11 93 6 100 0 0 37280 ATATGTTA TAAAATAT True AAACAAAAA GGTAAACTA True False - ATATTTTA ATTTACAG TAACATAT TTTTTGTTT 22 MRSA_WT_00026 intergenic 36821 37360 + down TATTCCAAGGAAACTATAGACTACTTAACTAATATGTCATGTTGAAGTAGAATATTATCTTTGAATCGACAATTTTAAACTTGTAGCCATTCTAAGAGTATATTACTTTTAGAGTGGCTATTATTTTTTGTATAGAAATAAAGGTGTACTGCACTTAACGATTGTTATAATACTTCAACACTTGTTCAATTTCACAATTATTAAAGATTATGACTGATTGCAGTAATTAAAATTATAACTATGAATTATCTGTAAATATAATAGATTCACACATTTGTTACTGAAATGTGAACATTTTTCAACAAATGCAATTGGTATTTGAAAAGGCTTTCTCAAAATATTACAATTAAAAATGAAAAAAGTTTATATAAAATTAAAATATATCGTTCGTTATCATTTAGCGTTTGTTTTTATTTCAAGCTTTTCGCTAAATTTTTCCAAACAAAAATATGTTACTGTAAATTAAAATATGGTAAACTATGAAAATGAAATGAAAACATGTTATTATAATGAATAAAACGTTTACAAGGAGGAAATTA ATATAACGCTAAAAAGTTAAAATAATATTCCAAGGAAACTATAGACTACTTAACTAATATGTCATGTTGAAGTAGAATATTATCTTTGAATCGACAATTTTAAACTTGTAGCCATTCTAAGAGTATATTACTTTTAGAGTGGCTATTATTTTTTGTATAGAAATAAAGGTGTACTGCACTTAACGATTGTTATAATACTTCAACACTTGTTCAATTTCACAATTATTAAAGATTATGACTGATTGCAGTAATTAAAATTATAACTATGAATTATCTGTAAATATAATAGATTCACACATTTGTTACTGAAATGTGAACATTTTTCAACAAATGCAATTGGTATTTGAAAAGGCTTTCTCAAAATATTACAATTAAAAATGAAAAAAGTTTATATAAAATTAAAATATATCGTTCGTTATCATTTAGCGTTTGTTTTTATTTCAAGCTTTTCGCTAAATTTTTCCAAACAAAAATATGTTACTGTAAATTAAAATATGGTAAACTATGAAAATGAAATGAAAACATGTTATTATAATGAATAAAACGTTTACAAGGAGGAAATTATGACAGTTACTATATATGATGTAGC TAATTTCCTCCTTGTAAACGTTTTATTCATTATAATAACATGTTTTCATTTCATTTTCATAGTTTACCATATTTTAATTTACAGTAACATA 91 TTerm_0293 MRSA_WT_1 37313 37327 15 37334 37348 15 6 80 0 15 80 20 83 16 0 37330 TGAAAACATGTTATT AATAAAACGTTTACA True AAATGAAAT AGGAGGAAA True False - TGTAAACGTTTTATT CATTAT AATAACATGTTTTCA ATTTCATTT 30 MRSA_WT_00026 intergenic 36821 37360 + down TATTCCAAGGAAACTATAGACTACTTAACTAATATGTCATGTTGAAGTAGAATATTATCTTTGAATCGACAATTTTAAACTTGTAGCCATTCTAAGAGTATATTACTTTTAGAGTGGCTATTATTTTTTGTATAGAAATAAAGGTGTACTGCACTTAACGATTGTTATAATACTTCAACACTTGTTCAATTTCACAATTATTAAAGATTATGACTGATTGCAGTAATTAAAATTATAACTATGAATTATCTGTAAATATAATAGATTCACACATTTGTTACTGAAATGTGAACATTTTTCAACAAATGCAATTGGTATTTGAAAAGGCTTTCTCAAAATATTACAATTAAAAATGAAAAAAGTTTATATAAAATTAAAATATATCGTTCGTTATCATTTAGCGTTTGTTTTTATTTCAAGCTTTTCGCTAAATTTTTCCAAACAAAAATATGTTACTGTAAATTAAAATATGGTAAACTATGAAAATGAAATGAAAACATGTTATTATAATGAATAAAACGTTTACAAGGAGGAAATTA ATATAACGCTAAAAAGTTAAAATAATATTCCAAGGAAACTATAGACTACTTAACTAATATGTCATGTTGAAGTAGAATATTATCTTTGAATCGACAATTTTAAACTTGTAGCCATTCTAAGAGTATATTACTTTTAGAGTGGCTATTATTTTTTGTATAGAAATAAAGGTGTACTGCACTTAACGATTGTTATAATACTTCAACACTTGTTCAATTTCACAATTATTAAAGATTATGACTGATTGCAGTAATTAAAATTATAACTATGAATTATCTGTAAATATAATAGATTCACACATTTGTTACTGAAATGTGAACATTTTTCAACAAATGCAATTGGTATTTGAAAAGGCTTTCTCAAAATATTACAATTAAAAATGAAAAAAGTTTATATAAAATTAAAATATATCGTTCGTTATCATTTAGCGTTTGTTTTTATTTCAAGCTTTTCGCTAAATTTTTCCAAACAAAAATATGTTACTGTAAATTAAAATATGGTAAACTATGAAAATGAAATGAAAACATGTTATTATAATGAATAAAACGTTTACAAGGAGGAAATTATGACAGTTACTATATATGATGTAGC TAATTTCCTCCTTGTAAACGTTTTATTCATTATAATAACATGTTTTC 47 TTerm_0294 MRSA_WT_1 44358 44364 7 44373 44379 7 8 100 0 14 71 28 71 28 0 44368 TAGATTC GAATCTA True GCTAAAAAT ACGACAATG True False - TAGATTC GCCAAATG GAATCTA ATTTTTAGC 44 MRSA_WT_00031 intergenic 44255 44588 + down TAAATCATGTCAATTGTTTAATAAAGATAAGTAAATAGTTTAATAGACCGGACTGTTGGAGATGCATTATTTCAGCAGTTCGGTTTTTTGCTGTGCTAAAAATAGATTCCATTTGGCGAATCTAACGACAATGTTTGAAGGTGGTTAATTAATGTATATGAAGATAAAAAGTGGGCTTGAAGAATAGGAAAGCGATGCAATGAATATTCATATTAAAAAATTTTAATAAAATAGGTTGCAATATTTAATTGGGATGCGCTACAATTAACACTAATAATTGATATTGATAATTATTATCAATTAAATATAATCTTATAGGAGTTGTTAACAACA TGGTCATGCAATTGGGTTATTCTAATAAATCATGTCAATTGTTTAATAAAGATAAGTAAATAGTTTAATAGACCGGACTGTTGGAGATGCATTATTTCAGCAGTTCGGTTTTTTGCTGTGCTAAAAATAGATTCCATTTGGCGAATCTAACGACAATGTTTGAAGGTGGTTAATTAATGTATATGAAGATAAAAAGTGGGCTTGAAGAATAGGAAAGCGATGCAATGAATATTCATATTAAAAAATTTTAATAAAATAGGTTGCAATATTTAATTGGGATGCGCTACAATTAACACTAATAATTGATATTGATAATTATTATCAATTAAATATAATCTTATAGGAGTTGTTAACAACATGAACAAACATCACCCAAAATTAAG TGTTGTTAACAACTCCTATAAGATTATATTTAATTGATAATAATTATCAATATCAATTATTAGTGTTAATTGTAGCGCATCCCAATTAAATATTGCAACCTATTTTATTAAAATTTTTTAATATGAATATTCATTGCATCGCTTTCCTATTCTTCAAGCCCACTTTTTATCTTCATATACATTAATTAACCACCTTCAAACATTGTCGTTAGATTCGCCAAATGGAATCT 230 TTerm_0295 MRSA_WT_1 44480 44488 9 44497 44505 9 8 88 0 13 100 0 100 0 0 44492 AATAAAATA TATTTAATT True AAAATTTTA GGGATGCGC True False - AATTAAATA TTGCAACC TATTTTATT TAAAATTTT 26 MRSA_WT_00031 intergenic 44255 44588 + down TAAATCATGTCAATTGTTTAATAAAGATAAGTAAATAGTTTAATAGACCGGACTGTTGGAGATGCATTATTTCAGCAGTTCGGTTTTTTGCTGTGCTAAAAATAGATTCCATTTGGCGAATCTAACGACAATGTTTGAAGGTGGTTAATTAATGTATATGAAGATAAAAAGTGGGCTTGAAGAATAGGAAAGCGATGCAATGAATATTCATATTAAAAAATTTTAATAAAATAGGTTGCAATATTTAATTGGGATGCGCTACAATTAACACTAATAATTGATATTGATAATTATTATCAATTAAATATAATCTTATAGGAGTTGTTAACAACA TGGTCATGCAATTGGGTTATTCTAATAAATCATGTCAATTGTTTAATAAAGATAAGTAAATAGTTTAATAGACCGGACTGTTGGAGATGCATTATTTCAGCAGTTCGGTTTTTTGCTGTGCTAAAAATAGATTCCATTTGGCGAATCTAACGACAATGTTTGAAGGTGGTTAATTAATGTATATGAAGATAAAAAGTGGGCTTGAAGAATAGGAAAGCGATGCAATGAATATTCATATTAAAAAATTTTAATAAAATAGGTTGCAATATTTAATTGGGATGCGCTACAATTAACACTAATAATTGATATTGATAATTATTATCAATTAAATATAATCTTATAGGAGTTGTTAACAACATGAACAAACATCACCCAAAATTAAG TGTTGTTAACAACTCCTATAAGATTATATTTAATTGATAATAATTATCAATATCAATTATTAGTGTTAATTGTAGCGCATCCCAATTAAATATTGCAACCTATTTTAT 108 TTerm_0296 MRSA_WT_1 47373 47402 30 47408 47438 31 5 80 3 25 77 22 76 24 0 47404 AAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTC GAAAATAATCTTACTGCTGTTTTTAATATTT True TTTAGAGTA GGATTCATT True True - AAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTC AATTA GAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTT TACTCTAAA 58 MRSA_WT_00032 intergenic 47275 47478 + down TTAACTGGATATAGCATATGTATGATTAACTTTGTAGACAATGTGAAAGCAATTAATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTACTGCTGTTTTTAATATTTGGATTCATTGTTGTGGTTACTTTAAAAAGTGAGCATCAAT TAAATTCAGAAAAGAATCTAAATAATTAACTGGATATAGCATATGTATGATTAACTTTGTAGACAATGTGAAAGCAATTAATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTACTGCTGTTTTTAATATTTGGATTCATTGTTGTGGTTACTTTAAAAAGTGAGCATCAATTAACGCTTTTTTCGATTTAACAAAT ATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATT 105 TTerm_0297 MRSA_WT_1 66861 66866 6 66872 66877 6 5 100 0 12 83 16 83 16 0 66868 ATAGAA TTCTAT True GCATTAAAA GATTGCTAA True False - ATAGAA AACAA TTCTAT TTTTAATGC 32 MRSA_WT_00049 intergenic 66799 66922 + down TCATTAAAGAGATAAATCTTAAAATGTATACATCGTGTCCATCGTTGTCAACAGCATTAAAATAGAATTGTTTTCTATGATTGCTAAGACCTATGGGCACTTTTTATTGGAGAGGGACGAATA TTTAGCTGCATGCAAAATTATTTAATCATTAAAGAGATAAATCTTAAAATGTATACATCGTGTCCATCGTTGTCAACAGCATTAAAATAGAATTGTTTTCTATGATTGCTAAGACCTATGGGCACTTTTTATTGGAGAGGGACGAATATGGCAGAACAACAAACAATTATGGA TATTCGTCCCTCTCCAATAAAAAGTGCCCATAGGTCTTAGCAATCATAGAAAACAATTCTA 61 TTerm_0298 MRSA_WT_1 69340 69350 11 69357 69367 11 6 100 0 22 54 45 54 45 0 69353 AACCAAGTGCA TGCACTTGGTT True CAATAAAAA CATAATGAT True False - AACCAAGTGCA ACTTTC TGCACTTGGTT TTTTTATTG 68 MRSA_WT_00051 intergenic 69159 69405 + down TTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACGCTTTTTGTATTGTTTGAAAATTAACTAGTGTAATGTCTCTTTTCACGAATATCTTAAAGAATTAAGTAGTCGAAGAAGATTATGAAAACATTATTAAGTGAGTTTTATTTATAAACAATAAAAAACCAAGTGCAGAAAGTTGCACTTGGTTCATAATGATCAAGTAGTTATCTAATGATCATCTATATT TATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACGCTTTTTGTATTGTTTGAAAATTAACTAGTGTAATGTCTCTTTTCACGAATATCTTAAAGAATTAAGTAGTCGAAGAAGATTATGAAAACATTATTAAGTGAGTTTTATTTATAAACAATAAAAAACCAAGTGCAGAAAGTTGCACTTGGTTCATAATGATCAAGTAGTTATCTAATGATCATCTATATTTAATTTTGATATTTTTCACGTAATT AATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCAACTTTCTGCACTTGGT 65 TTerm_0299 MRSA_WT_1 81776 81785 10 81795 81804 10 9 90 0 15 85 15 88 11 0 81789 TAACGTTTAA TTAAAAGTTA True AAAATAATT GCAATAAAG True False - TAACTTTTAA GCAATTTAA TTAAACGTTA AATTATTTT 30 MRSA_WT_00060 intergenic 81768 81963 + down AAATAATTAACGTTTAATTAAATTGCTTAAAAGTTAGCAATAAAGATTCATTAAAATGATGAAAATGAAAGTTTATGATAAACATTCAACAGTCAAACGAATATAAATCAAATAAATTTAAACCCGTTTTTAACTGGTCAAGTTCAGTTTAAGGCTCTAAATGGTTAGAACAGAGGTTATTTGGAGGTTTTCCTA AATGAAACTTACAGATTTACAATAAAAATAATTAACGTTTAATTAAATTGCTTAAAAGTTAGCAATAAAGATTCATTAAAATGATGAAAATGAAAGTTTATGATAAACATTCAACAGTCAAACGAATATAAATCAAATAAATTTAAACCCGTTTTTAACTGGTCAAGTTCAGTTTAAGGCTCTAAATGGTTAGAACAGAGGTTATTTGGAGGTTTTCCTATGTTTAAAGATTTTTTTAATCGAAC TAGGAAAACCTCCAAATAACCTCTGTTCTAACCATTTAGAGCCTTAAACTGAACTTGACCAGTTAAAAACGGGTTTAAATTTATTTGATTTATATTCGTTTGACTGTTGAATGTTTATCATAAACTTTCATTTTCATCATTTTAATGAATCTTTATTGCTAACTTTTAAGCAATTTAATTAAACGTT 187 TTerm_0300 MRSA_WT_1 86984 86990 7 86997 87003 7 6 100 0 14 85 14 85 14 0 86993 AGAAATA TATTTCT True TATAAAATA GAAATGATA True False - AGAAATA CATCCA TATTTCT TATTTTATA 36 MRSA_WT_00064 intergenic 86780 87130 + down TTTATAAATAAAGACGTCTTTCCATTTATCAACTATGGAAAGACGTTTTTTTGGTTTATCTGGTATTTTATGACTCAATTAATAGGTTATTTGATAAAGATAATGTATGAATAGCAATCTATATAAATATTTATATCTTTTATACATGTACATTATCAGCTTTAAACTTTCACTCATTTTACTTTGGAAAGTTATTATAAAATAGAAATATGGATGTATTTCTGAAATGATACATTATTAAATAGATGAGAAAGTAAAAGTATTGAGCCAAGTTCGCAATTTAATATATAAGTTGCATATAAAAACCCCTGTTGAACTTTAATATATTCAACAGGGGTAAAACTTGTTAT TGAAGGATATGCAAACGTACTATAATTTATAAATAAAGACGTCTTTCCATTTATCAACTATGGAAAGACGTTTTTTTGGTTTATCTGGTATTTTATGACTCAATTAATAGGTTATTTGATAAAGATAATGTATGAATAGCAATCTATATAAATATTTATATCTTTTATACATGTACATTATCAGCTTTAAACTTTCACTCATTTTACTTTGGAAAGTTATTATAAAATAGAAATATGGATGTATTTCTGAAATGATACATTATTAAATAGATGAGAAAGTAAAAGTATTGAGCCAAGTTCGCAATTTAATATATAAGTTGCATATAAAAACCCCTGTTGAACTTTAATATATTCAACAGGGGTAAAACTTGTTATTAGTTATTTGATTTAGCAGCGATAC ATAACAAGTTTTACCCCTGTTGAATATATTAAAGTTCAACAGGGGTTTTTATATGCAACTTATATATTAAATTGCGAACTTGGCTCAATACTTTTACTTTCTCATCTATTTAATAATGTATCATTTCAGAAATACATCCATATTTC 146 TTerm_0301 MRSA_WT_1 94286 94297 12 94304 94315 12 6 91 0 19 91 8 90 9 0 94300 TAAGTTTTATTT AAATAAATCTTA True AAAAGTAAT ATTTAAACA True False - TAAGATTTATTT CCGTTC AAATAAAACTTA ATTACTTTT 38 MRSA_WT_00069 intergenic 94032 94531 + down AAATTAAAGTGGTAACAGCGCGTGTATTTTTCACGAAGTTGTTGCTGCTTTTTTATTTCGTTCAAATCTCTATTGGTATTAAATTAGAGTTAATGAAGTGGAATAAATTCGGTTGTCAATTTTGTCATTTGCATATGTCGATTTGTAAGTTATAAGTAATAGATTGTTGTGAATCAAGCAATTTTATAATATATTTATTATAATAAAGAAATTTTAGTAACGCGCTTAAAATAGATGCTTAATTAAAAAGTAATAAGTTTTATTTGAACGGAAATAAATCTTAATTTAAACACTTGAATAGACAAGTGTAATCATTCGTCATAGAAAAAGACGAGGGGCGATTTAGATAAATTGTTGAAAGTAATATTAAATACCTTGTTTATCTAATTTGATTGAGGAAACATGCATAGGTGAAAATTAGAAATACATTAAAAATATTGAATTAATTTTTCGACCTACAAGTTGAGGAAAATTTAACTAGATTTGAGGATTAGCAAAG TATTCTAAAAGATTATAAAGAATAAAAATTAAAGTGGTAACAGCGCGTGTATTTTTCACGAAGTTGTTGCTGCTTTTTTATTTCGTTCAAATCTCTATTGGTATTAAATTAGAGTTAATGAAGTGGAATAAATTCGGTTGTCAATTTTGTCATTTGCATATGTCGATTTGTAAGTTATAAGTAATAGATTGTTGTGAATCAAGCAATTTTATAATATATTTATTATAATAAAGAAATTTTAGTAACGCGCTTAAAATAGATGCTTAATTAAAAAGTAATAAGTTTTATTTGAACGGAAATAAATCTTAATTTAAACACTTGAATAGACAAGTGTAATCATTCGTCATAGAAAAAGACGAGGGGCGATTTAGATAAATTGTTGAAAGTAATATTAAATACCTTGTTTATCTAATTTGATTGAGGAAACATGCATAGGTGAAAATTAGAAATACATTAAAAATATTGAATTAATTTTTCGACCTACAAGTTGAGGAAAATTTAACTAGATTTGAGGATTAGCAAAGTGAAAACAATTCAATTACACAAGAC CTTTGCTAATCCTCAAATCTAGTTAAATTTTCCTCAACTTGTAGGTCGAAAAATTAATTCAATATTTTTAATGTATTTCTAATTTTCACCTATGCATGTTTCCTCAATCAAATTAGATAAACAAGGTATTTAATATTACTTTCAACAATTTATCTAAATCGCCCCTCGTCTTTTTCTATGACGAATGATTACACTTGTCTATTCAAGTGTTTAAATTAAGATTTATTTCCGTTCAAATAAAACTT 245 TTerm_0302 MRSA_WT_1 110374 110391 18 110400 110418 19 8 84 5 16 72 27 75 25 0 110395 TAGCAAAATGCCACATTT AAATATGACATATTTGCTA True TTTTTAAAT AAATGCATT True False - TAGCAAATATGTCATATTT TAGCGATT AAATGTGGCATTTTGCTA ATTTAAAAA 32 MRSA_WT_00082 intergenic 110322 110464 + down TAACACTTATAAAAAAGAGATGGCATTGTCATCTCTTTTTTATTTTTTAAATAGCAAAATGCCACATTTAATCGCTAAAATATGACATATTTGCTAAAATGCATTTAAGAGAACAAACATTAAAGTGAGGAGTTTTATACGA TAAAGCTAAAGATGCTTTAAAATAATAACACTTATAAAAAAGAGATGGCATTGTCATCTCTTTTTTATTTTTTAAATAGCAAAATGCCACATTTAATCGCTAAAATATGACATATTTGCTAAAATGCATTTAAGAGAACAAACATTAAAGTGAGGAGTTTTATACGATGTCTAAATTTGATGAACAAATCAT TCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCT 90 TTerm_0303 MRSA_WT_1 123435 123454 20 123462 123483 22 7 86 9 15 69 30 68 31 0 123457 AAAAAACGAGACAGTCTATT AATAGACGATGTCTCGTTTATT True TTCACATCA TTATGATGC True True - AATAAACGAGACATCGTCTATT TTTAACT AATAGACTGTCTCGTTTTTT TGATGTGAA 38 MRSA_WT_00094 intergenic 123279 123502 + down AAACTATCATCCATTTAAGTTGAATTATGCTTAGGATAGAATTCATTATTAAGGTTTAAGCAAAGGTTGTACATCTATATTTAGATTAAGATATCTAATATTCGCAGTGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATCAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGACGATGTCTCGTTTATTTTATGATGCTATAGCAAAT TCGTTCGAATAAGCGTGAAGATTAGAAACTATCATCCATTTAAGTTGAATTATGCTTAGGATAGAATTCATTATTAAGGTTTAAGCAAAGGTTGTACATCTATATTTAGATTAAGATATCTAATATTCGCAGTGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATCAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGACGATGTCTCGTTTATTTTATGATGCTATAGCAAATTAATTGTGTTTAGGCTTTGATGGAC ATTTGCTATAGCATCATAAAATAAACGAGACATCGTCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTT 67 TTerm_0304 MRSA_WT_1 123460 123470 11 123475 123485 11 4 90 0 17 77 22 80 20 0 123472 AAAATAGACGA TCGTTTATTTT True ATTAGTTAA ATGATGCTA True True - AAAATAAACGA GACA TCGTCTATTTT TTAACTAAT 50 MRSA_WT_00094 intergenic 123279 123502 + down AAACTATCATCCATTTAAGTTGAATTATGCTTAGGATAGAATTCATTATTAAGGTTTAAGCAAAGGTTGTACATCTATATTTAGATTAAGATATCTAATATTCGCAGTGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATCAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGACGATGTCTCGTTTATTTTATGATGCTATAGCAAAT TCGTTCGAATAAGCGTGAAGATTAGAAACTATCATCCATTTAAGTTGAATTATGCTTAGGATAGAATTCATTATTAAGGTTTAAGCAAAGGTTGTACATCTATATTTAGATTAAGATATCTAATATTCGCAGTGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATCAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGACGATGTCTCGTTTATTTTATGATGCTATAGCAAATTAATTGTGTTTAGGCTTTGATGGAC ATTTGCTATAGCATCATAAAATAAACGAGACATCGTCTATTT 42 TTerm_0305 MRSA_WT_1 130462 130472 11 130482 130492 11 9 81 0 12 81 18 88 11 0 130476 AAAAATTCTAA TTAGGAGTTTT True ACTAGTTAA GTTATGCAG True True - AAAACTCCTAA TGTACTAGT TTAGAATTTTT TTAACTAGT 40 MRSA_WT_00100 intergenic 130392 130866 + down TAGTAATCTGTTCATCAAGTAGTATACGTGCTTGAAAACAAATTAAAACTCCTAATGTGGAACTAGTTAAAAAATTCTAAACTAGTACATTAGGAGTTTTGTTATGCAGAATAAATTTAATTGTTAAATTGAAAGTGTGGTAAAAACCCACTATTTATTTGAAAAAAATCGAGCAACCATATTAAACCTTGATATCCTAAGTAAATACATAATAAAACAAGTCCGACATAAATTAAAAATCGCAAAATAGAAAGTCCAACTCTAAAAAGGAGGATGACTAATAGTGCTATTAAAATAATTGTTAGTATACTCAATGCTACAAACCTCCTCATATGCTTTTAAATCATAACAAAATTATAAGCTATTTTAAATGAACGTGCATCAGTCCTAAGATATATCATGATTAAGGCTGAAGACTGAGGAAAATATACATAATAAAATATATAATTAGATGAAGACATTGGAGGCGAACTA ATCTAACGCATTTGGGCGTAAGTAATAGTAATCTGTTCATCAAGTAGTATACGTGCTTGAAAACAAATTAAAACTCCTAATGTGGAACTAGTTAAAAAATTCTAAACTAGTACATTAGGAGTTTTGTTATGCAGAATAAATTTAATTGTTAAATTGAAAGTGTGGTAAAAACCCACTATTTATTTGAAAAAAATCGAGCAACCATATTAAACCTTGATATCCTAAGTAAATACATAATAAAACAAGTCCGACATAAATTAAAAATCGCAAAATAGAAAGTCCAACTCTAAAAAGGAGGATGACTAATAGTGCTATTAAAATAATTGTTAGTATACTCAATGCTACAAACCTCCTCATATGCTTTTAAATCATAACAAAATTATAAGCTATTTTAAATGAACGTGCATCAGTCCTAAGATATATCATGATTAAGGCTGAAGACTGAGGAAAATATACATAATAAAATATATAATTAGATGAAGACATTGGAGGCGAACTATGAGATTGATATTTAGTATGATTAA TAGTTCGCCTCCAATGTCTTCATCTAATTATATATTTTATTATGTATATTTTCCTCAGTCTTCAGCCTTAATCATGATATATCTTAGGACTGATGCACGTTCATTTAAAATAGCTTATAATTTTGTTATGATTTAAAAGCATATGAGGAGGTTTGTAGCATTGAGTATACTAACAATTATTTTAATAGCACTATTAGTCATCCTCCTTTTTAGAGTTGGACTTTCTATTTTGCGATTTTTAATTTATGTCGGACTTGTTTTATTATGTATTTACTTAGGATATCAAGGTTTAATATGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGGTTTTTACCACACTTTCAATTTAACAATTAAATTTATTCTGCATAACAAAACTCCTAATGTACTAGTTTAGAATTTT 404 TTerm_0306 MRSA_WT_1 131541 131547 7 131553 131559 7 5 100 0 14 100 0 100 0 0 131549 TTTAAAT ATTTAAA True TTTTAAAAT CTACTAGTG True False - TTTAAAT AATCG ATTTAAA ATTTTAAAA 28 MRSA_WT_00101 intergenic 131339 131732 + down GAAATTATTGCATAAGAAATATATTTTAGTTATCCTGTCACTAGAATAAATTTAAAAGGTTGGTGTAGTTCAAATGGCAGAACAATCAAAACAGAAACAAGCTAATGAACAACAAAAGGCCCAGAACTTATTCGCACGTTGGAGACAACTTCAGAATTCGAACAGTGAATCCTCGAACGATACAAACAAATAATTTTAAAATTTAAATCGATTATTTAAACTACTAGTGACTGGAATGTTTGCTAGTAGTTTTTTTGCTTTTAAAATGCCACAAATTTTTTACGGAGTTGTTCATTTTCAAACTAATTCGTAGTTAGTGCTTTATTTCATAATGGGAGTAATATAAAATAGAAAAGGATATACAATATTTTGACATAATAGAGGTGTTCTGGG AAAACCCGAAAATGCTTATCAATAGGAAATTATTGCATAAGAAATATATTTTAGTTATCCTGTCACTAGAATAAATTTAAAAGGTTGGTGTAGTTCAAATGGCAGAACAATCAAAACAGAAACAAGCTAATGAACAACAAAAGGCCCAGAACTTATTCGCACGTTGGAGACAACTTCAGAATTCGAACAGTGAATCCTCGAACGATACAAACAAATAATTTTAAAATTTAAATCGATTATTTAAACTACTAGTGACTGGAATGTTTGCTAGTAGTTTTTTTGCTTTTAAAATGCCACAAATTTTTTACGGAGTTGTTCATTTTCAAACTAATTCGTAGTTAGTGCTTTATTTCATAATGGGAGTAATATAAAATAGAAAAGGATATACAATATTTTGACATAATAGAGGTGTTCTGGGTGCTTAAGTTTTTTAAAAATAACAA CCCAGAACACCTCTATTATGTCAAAATATTGTATATCCTTTTCTATTTTATATTACTCCCATTATGAAATAAAGCACTAACTACGAATTAGTTTGAAAATGAACAACTCCGTAAAAAATTTGTGGCATTTTAAAAGCAAAAAAACTACTAGCAAACATTCCAGTCACTAGTAGTTTAAATAATCGATTTAA 191 TTerm_0307 MRSA_WT_1 140383 140399 17 140405 140421 17 5 100 0 34 70 29 70 29 0 140401 TTAAAAAGGATGAAACG CGTTTCATCCTTTTTAA True AAGTGGTAT GTTATAAGT True True - TTAAAAAGGATGAAACG CTATT CGTTTCATCCTTTTTAA ATACCACTT 92 MRSA_WT_00113 intergenic 140370 140645 + down CGAGAAGTGGTATTAAAAAGGATGAAACGAATAGCGTTTCATCCTTTTTAAGTTATAAGTAGTATGTAGAATAGCTTATTTTTATTCCAAAAAAAGAAATTGTGATACATAATAATTGTTAAATTTAAATTAAATATATCTATGACTATTTTTACTCCCTGCTCTAGTATGTTAATATGTATAAGGCTAATAAATTTTGTAAGAAAGATTTAACTTGCGTTATAAAATAGTATTCAAGTATTCTAAATACATACGTAAATAATGAGGTGTTCATG TATTAAACAAGTTGACCCTTCATAACGAGAAGTGGTATTAAAAAGGATGAAACGAATAGCGTTTCATCCTTTTTAAGTTATAAGTAGTATGTAGAATAGCTTATTTTTATTCCAAAAAAAGAAATTGTGATACATAATAATTGTTAAATTTAAATTAAATATATCTATGACTATTTTTACTCCCTGCTCTAGTATGTTAATATGTATAAGGCTAATAAATTTTGTAAGAAAGATTTAACTTGCGTTATAAAATAGTATTCAAGTATTCTAAATACATACGTAAATAATGAGGTGTTCATGTGAAGAAAAGTAGTAGAATAATTGC CATGAACACCTCATTATTTACGTATGTATTTAGAATACTTGAATACTATTTTATAACGCAAGTTAAATCTTTCTTACAAAATTTATTAGCCTTATACATATTAACATACTAGAGCAGGGAGTAAAAATAGTCATAGATATATTTAATTTAAATTTAACAATTATTATGTATCACAATTTCTTTTTTTGGAATAAAAATAAGCTATTCTACATACTACTTATAACTTAAAAAGGATGAAACGCTATTCGTTTCATCCTTTTTA 262 TTerm_0308 MRSA_WT_1 140601 140611 11 140621 140631 11 9 81 0 12 81 18 88 11 0 140615 TATTCAAGTAT ATACGTAAATA True TAAAATAGT ATGAGGTGT True False - TATTTACGTAT GTATTTAGA ATACTTGAATA ACTATTTTA 40 MRSA_WT_00113 intergenic 140370 140645 + down CGAGAAGTGGTATTAAAAAGGATGAAACGAATAGCGTTTCATCCTTTTTAAGTTATAAGTAGTATGTAGAATAGCTTATTTTTATTCCAAAAAAAGAAATTGTGATACATAATAATTGTTAAATTTAAATTAAATATATCTATGACTATTTTTACTCCCTGCTCTAGTATGTTAATATGTATAAGGCTAATAAATTTTGTAAGAAAGATTTAACTTGCGTTATAAAATAGTATTCAAGTATTCTAAATACATACGTAAATAATGAGGTGTTCATG TATTAAACAAGTTGACCCTTCATAACGAGAAGTGGTATTAAAAAGGATGAAACGAATAGCGTTTCATCCTTTTTAAGTTATAAGTAGTATGTAGAATAGCTTATTTTTATTCCAAAAAAAGAAATTGTGATACATAATAATTGTTAAATTTAAATTAAATATATCTATGACTATTTTTACTCCCTGCTCTAGTATGTTAATATGTATAAGGCTAATAAATTTTGTAAGAAAGATTTAACTTGCGTTATAAAATAGTATTCAAGTATTCTAAATACATACGTAAATAATGAGGTGTTCATGTGAAGAAAAGTAGTAGAATAATTGC CATGAACACCTCATTATTTACGTATGTATTTAGAATACTTGAAT 44 TTerm_0309 MRSA_WT_1 143038 143045 8 143050 143057 8 4 87 0 11 93 6 100 0 0 143047 ATAATTAA TTGATTAT True AAAATGGTA TTAGATAAG True False - ATAATCAA GACT TTAATTAT TACCATTTT 30 MRSA_WT_00114 intergenic 142924 143127 + down AATGAATTAAGCGGTATGTGAAACAATAAAGAGTTCACATACCGCTTTTTACTTTGTTTAAATTTAACAAAATATATATAAATAAGTTCCCGCATTCATTTTTAAAAAATGGTATAATTAAAGTCTTGATTATTTAGATAAGTGCTTTTTATTTAAAGTAATTTTAGATATAATGTCTTTTGGAAATGAGGCGTAAATATATA GAACGATGAAAAGATTTTAGTTTAAAATGAATTAAGCGGTATGTGAAACAATAAAGAGTTCACATACCGCTTTTTACTTTGTTTAAATTTAACAAAATATATATAAATAAGTTCCCGCATTCATTTTTAAAAAATGGTATAATTAAAGTCTTGATTATTTAGATAAGTGCTTTTTATTTAAAGTAATTTTAGATATAATGTCTTTTGGAAATGAGGCGTAAATATATATGATTAAACCGAAGTATAAGTGGAA TATATATTTACGCCTCATTTCCAAAAGACATTATATCTAAAATTACTTTAAATAAAAAGCACTTATCTAAATAATCAAGACTTTAATTA 89 TTerm_0310 MRSA_WT_1 146226 146231 6 146238 146243 6 6 100 0 12 100 0 100 0 0 146234 ATTAAT ATTAAT True CAAGTAAAA GACGACAGG True False - ATTAAT CGTAAT ATTAAT TTTTACTTG 24 MRSA_WT_00116 intergenic 145940 146347 + down TAAATAATATAATTTTATCAAATGAAATCCTTCATCAAATGTATAAGAACCAATGACTTAATTAAAAAAGTTGTTTAAGTTTTCTTAACATGAGATGTTAGGATTTTTTATTTACTGAAAATGTTAGATGATTGAGCATTATACCTTAATAACATCGTTTATTTATTTCATAAATTGTAGTATCATAGAACTAATATTTAAAAAATGAAACAGTAGATTTAGGTCGAATTTTTGTAAAAGTTTTAAAAGTAGGAATAGTATACAAATTAAACTCGCTCAAGTAAAATTAATATTACGATTAATGACGACAGGATAAATATTTATCGTCGACGGACGTATGATTGGTGTGGGACAAATACTATTCAACAAGAGTACCTAAATCATTGTTTAAGGCGAAGTAATAAATA GAGTTTAATCTCATACGACGAATAATAAATAATATAATTTTATCAAATGAAATCCTTCATCAAATGTATAAGAACCAATGACTTAATTAAAAAAGTTGTTTAAGTTTTCTTAACATGAGATGTTAGGATTTTTTATTTACTGAAAATGTTAGATGATTGAGCATTATACCTTAATAACATCGTTTATTTATTTCATAAATTGTAGTATCATAGAACTAATATTTAAAAAATGAAACAGTAGATTTAGGTCGAATTTTTGTAAAAGTTTTAAAAGTAGGAATAGTATACAAATTAAACTCGCTCAAGTAAAATTAATATTACGATTAATGACGACAGGATAAATATTTATCGTCGACGGACGTATGATTGGTGTGGGACAAATACTATTCAACAAGAGTACCTAAATCATTGTTTAAGGCGAAGTAATAAATATGAATGGGGTGTATCATATAATGAA TATTTATTACTTCGCCTTAAACAATGATTTAGGTACTCTTGTTGAATAGTATTTGTCCCACACCAATCATACGTCCGTCGACGATAAATATTTATCCTGTCGTCATTAATCGTAATATTAA 121 TTerm_0311 MRSA_WT_1 153396 153412 17 153419 153435 17 6 82 0 19 88 11 92 7 0 153415 AAATTTTAAAAAATCAA TTGGTTTGTTATAATTT True TCGTCACTA CATTAATTT True False - AAATTATAACAAACCAA AGTTTA TTGATTTTTTAAAATTT TAGTGACGA 54 MRSA_WT_00121 intergenic 153397 153858 + down ATTTTAAAAAATCAATAAACTTTGGTTTGTTATAATTTCATTAATTTTAATTATGTGGTAATATAACATCATAAGATAGTCATCTGAGTTGTTCGTAAGTTTGCTTTTTAATTTGGGCCTAACACTCTTTGATCAAGGGAGCCCAATGGGTTTTCTTGCAGCGTACACGCCTTATATGAAGGACGTACAAAACAAGAAACAGGGCACCCACCTGTATATAACAGGCCGAATGATCAAGCTATTATAACTACGGCAATACGGACTCTATCGATACGCAAGACTTTGTCTTGCGTATTTTTATGCGTTTCTTTAAGTTTTTAATAAAGAATTAGTTGGGTTTAATAGCGTTTAATAAATGTTTCTTCGTTGAATTTTTGAAAAATAATCAAAGCAATAATGCTAAATATAAAATTTTAAGTTACTATGTACTTATGTATAAATCAGTGAAAGAGGTAAAATAA ACTTTCTTTGCGAATTCGTCACTAAATTTTAAAAAATCAATAAACTTTGGTTTGTTATAATTTCATTAATTTTAATTATGTGGTAATATAACATCATAAGATAGTCATCTGAGTTGTTCGTAAGTTTGCTTTTTAATTTGGGCCTAACACTCTTTGATCAAGGGAGCCCAATGGGTTTTCTTGCAGCGTACACGCCTTATATGAAGGACGTACAAAACAAGAAACAGGGCACCCACCTGTATATAACAGGCCGAATGATCAAGCTATTATAACTACGGCAATACGGACTCTATCGATACGCAAGACTTTGTCTTGCGTATTTTTATGCGTTTCTTTAAGTTTTTAATAAAGAATTAGTTGGGTTTAATAGCGTTTAATAAATGTTTCTTCGTTGAATTTTTGAAAAATAATCAAAGCAATAATGCTAAATATAAAATTTTAAGTTACTATGTACTTATGTATAAATCAGTGAAAGAGGTAAAATAATGAAACATCAATTTTCAAGAAATGA TTATTTTACCTCTTTCACTGATTTATACATAAGTACATAGTAACTTAAAATTTTATATTTAGCATTATTGCTTTGATTATTTTTCAAAAATTCAACGAAGAAACATTTATTAAACGCTATTAAACCCAACTAATTCTTTATTAAAAACTTAAAGAAACGCATAAAAATACGCAAGACAAAGTCTTGCGTATCGATAGAGTCCGTATTGCCGTAGTTATAATAGCTTGATCATTCGGCCTGTTATATACAGGTGGGTGCCCTGTTTCTTGTTTTGTACGTCCTTCATATAAGGCGTGTACGCTGCAAGAAAACCCATTGGGCTCCCTTGATCAAAGAGTGTTAGGCCCAAATTAAAAAGCAAACTTACGAACAACTCAGATGACTATCTTATGATGTTATATTACCACATAATTAAAATTAATGAAATTATAACAAACCAAAGTTTATTGATTTTTTAAAATT 462 TTerm_0312 MRSA_WT_1 172918 172934 17 172942 172959 18 7 83 5 14 62 37 60 40 0 172937 AATCGGACAGATGAAAA TTTTCCATCAGACCGATT True AATCAAAAA GATAGCAGA True False - AATCGGTCTGATGGAAAA TTTTTAC TTTTCATCTGTCCGATT TTTTTGATT 44 MRSA_WT_00140 intergenic 172835 173162 + down ATGATCAAATAGATTGTTTAATTGCGCGATTGAAGTGTGTTAATGATACTTCGGTCGTGCTTTTTTATATTCAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTAAAAATTTTCCATCAGACCGATTGATAGCAGAACCTAAATTAGTGTAAGAGTTTCAATATTAACTACTCCATTTTAAAAAAAGCAAAATATTTCCAAGAAAACAAATTGATTATAATTTGTTATTGTATGCGATTTGAATTACTTATTAAACAACTTGTGCTTCTCAATGATACAATGAAAAGGTATTCAATACTGGTTTATTGCAATACAAAGGGGGATTTAGAG CGTAAAAATTGTTAATATCCAATAAATGATCAAATAGATTGTTTAATTGCGCGATTGAAGTGTGTTAATGATACTTCGGTCGTGCTTTTTTATATTCAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTAAAAATTTTCCATCAGACCGATTGATAGCAGAACCTAAATTAGTGTAAGAGTTTCAATATTAACTACTCCATTTTAAAAAAAGCAAAATATTTCCAAGAAAACAAATTGATTATAATTTGTTATTGTATGCGATTTGAATTACTTATTAAACAACTTGTGCTTCTCAATGATACAATGAAAAGGTATTCAATACTGGTTTATTGCAATACAAAGGGGGATTTAGAGTGGATGTAAGATTTATTAACGAGCA CTCTAAATCCCCCTTTGTATTGCAATAAACCAGTATTGAATACCTTTTCATTGTATCATTGAGAAGCACAAGTTGTTTAATAAGTAATTCAAATCGCATACAATAACAAATTATAATCAATTTGTTTTCTTGGAAATATTTTGCTTTTTTTAAAATGGAGTAGTTAATATTGAAACTCTTACACTAATTTAGGTTCTGCTATCAATCGGTCTGATGGAAAATTTTTACTTTTCATCTGTCCGAT 244 TTerm_0313 MRSA_WT_1 173037 173044 8 173051 173058 8 6 100 0 16 87 12 87 12 0 173047 AACAAATT AATTTGTT True TCCAAGAAA ATTGTATGC True False - AACAAATT ATAATC AATTTGTT TTTCTTGGA 40 MRSA_WT_00140 intergenic 172835 173162 + down ATGATCAAATAGATTGTTTAATTGCGCGATTGAAGTGTGTTAATGATACTTCGGTCGTGCTTTTTTATATTCAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTAAAAATTTTCCATCAGACCGATTGATAGCAGAACCTAAATTAGTGTAAGAGTTTCAATATTAACTACTCCATTTTAAAAAAAGCAAAATATTTCCAAGAAAACAAATTGATTATAATTTGTTATTGTATGCGATTTGAATTACTTATTAAACAACTTGTGCTTCTCAATGATACAATGAAAAGGTATTCAATACTGGTTTATTGCAATACAAAGGGGGATTTAGAG CGTAAAAATTGTTAATATCCAATAAATGATCAAATAGATTGTTTAATTGCGCGATTGAAGTGTGTTAATGATACTTCGGTCGTGCTTTTTTATATTCAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTAAAAATTTTCCATCAGACCGATTGATAGCAGAACCTAAATTAGTGTAAGAGTTTCAATATTAACTACTCCATTTTAAAAAAAGCAAAATATTTCCAAGAAAACAAATTGATTATAATTTGTTATTGTATGCGATTTGAATTACTTATTAAACAACTTGTGCTTCTCAATGATACAATGAAAAGGTATTCAATACTGGTTTATTGCAATACAAAGGGGGATTTAGAGTGGATGTAAGATTTATTAACGAGCA CTCTAAATCCCCCTTTGTATTGCAATAAACCAGTATTGAATACCTTTTCATTGTATCATTGAGAAGCACAAGTTGTTTAATAAGTAATTCAAATCGCATACAATAACAAATTATAATCAATTTGT 125 TTerm_0314 MRSA_WT_1 178880 178885 6 178894 178899 6 8 100 0 12 83 16 83 16 0 178889 TTTTCT AGAAAA True AAAAATCTT TAGTTATTT True False - TTTTCT CGATCAAT AGAAAA AAGATTTTT 32 MRSA_WT_00146 intergenic 178718 179010 + down AAGACATTTCGAATAATAGTATCACTGTAAATGTTGTTAGTATTAGGCAAGATGTATTTTGATTTCCGGTGATTCATTTATAAAGCATAATTGAATATATTTTAAGAAAGAGAGTGGTGCATGATAAATGTACTGCTCTTTTTTGTTATGATGAAAAATCTTTTTCTATTGATCGAGAAAATAGTTATTTATATAGTTTTTAAAGAAAAAAAGTGATAATATTTAGCTAATCTAATGAAAATGGATTTATTGGACAAAAAATACATTTTAAATGAGTAGAGGAGGCTGCAAA CAAAGAAGTACTTCAGTTATTTTAAAAGACATTTCGAATAATAGTATCACTGTAAATGTTGTTAGTATTAGGCAAGATGTATTTTGATTTCCGGTGATTCATTTATAAAGCATAATTGAATATATTTTAAGAAAGAGAGTGGTGCATGATAAATGTACTGCTCTTTTTTGTTATGATGAAAAATCTTTTTCTATTGATCGAGAAAATAGTTATTTATATAGTTTTTAAAGAAAAAAAGTGATAATATTTAGCTAATCTAATGAAAATGGATTTATTGGACAAAAAATACATTTTAAATGAGTAGAGGAGGCTGCAAATGGGTTACAGAACTTTAAAAAGTAT TTTGCAGCCTCCTCTACTCATTTAAAATGTATTTTTTGTCCAATAAATCCATTTTCATTAGATTAGCTAAATATTATCACTTTTTTTCTTTAAAAACTATATAAATAACTATTTTCTCGATCAATAGAAA 130 TTerm_0315 MRSA_WT_1 180407 180412 6 180418 180423 6 5 100 0 12 100 0 100 0 0 180414 ATAATT AATTAT True TAATAAAAA CATTTTTTC True True - ATAATT ATTTC AATTAT TTTTTATTA 24 MRSA_WT_00147 intergenic 180230 180728 + down ATGTAATATGTGATTCAGCTATACTTATTGTATTTGTAAGATTGCGTAATTGCTTCATTAAAAAAATATATTTGTTGAGAGTGGTGCATGACAAATGTACTGCTCTTTTTGTTGTGTATCAGTATTGTGATGTTTTAATGCGAATATTATATGGATCATTATGAAATTTAATAAAAATAATTGAAATAATTATCATTTTTTCTGATATACTGTTAAACGGTTTGGAATTTTTAAGTATACACTGTATTGGTTGATATAACTCAACTAATAATTGCGAACAGGGTATTTCAAATTGGAAAGTATTATGAGCGTGATACATAATCAAAATTGTAGGCTAAAGAACCTGAGACATAAATCAATGTTCAGTGCTCTACAAAGTTATATTGGCAGTAGTTGACTGAACGAAAATACGCTTGTAACAAGCTTTTTTCAATTCTAGTCAACCTTGCCGGCGGGGCCCCAACATAGAAGCTGGCGAAAAGACAGCTTACAATAATG ATTTCTAAATTCGATTATAAAATAAATGTAATATGTGATTCAGCTATACTTATTGTATTTGTAAGATTGCGTAATTGCTTCATTAAAAAAATATATTTGTTGAGAGTGGTGCATGACAAATGTACTGCTCTTTTTGTTGTGTATCAGTATTGTGATGTTTTAATGCGAATATTATATGGATCATTATGAAATTTAATAAAAATAATTGAAATAATTATCATTTTTTCTGATATACTGTTAAACGGTTTGGAATTTTTAAGTATACACTGTATTGGTTGATATAACTCAACTAATAATTGCGAACAGGGTATTTCAAATTGGAAAGTATTATGAGCGTGATACATAATCAAAATTGTAGGCTAAAGAACCTGAGACATAAATCAATGTTCAGTGCTCTACAAAGTTATATTGGCAGTAGTTGACTGAACGAAAATACGCTTGTAACAAGCTTTTTTCAATTCTAGTCAACCTTGCCGGCGGGGCCCCAACATAGAAGCTGGCGAAAAGACAGCTTACAATAATGTGCAAGTTGGGGTGGGACGACGAAA CATTATTGTAAGCTGTCTTTTCGCCAGCTTCTATGTTGGGGCCCCGCCGGCAAGGTTGACTAGAATTGAAAAAAGCTTGTTACAAGCGTATTTTCGTTCAGTCAACTACTGCCAATATAACTTTGTAGAGCACTGAACATTGATTTATGTCTCAGGTTCTTTAGCCTACAATTTTGATTATGTATCACGCTCATAATACTTTCCAATTTGAAATACCCTGTTCGCAATTATTAGTTGAGTTATATCAACCAATACAGTGTATACTTAAAAATTCCAAACCGTTTAACAGTATATCAGAAAAAATGATAATTATTTCAATTA 321 TTerm_0316 MRSA_WT_1 192555 192570 16 192575 192590 16 4 100 0 32 75 25 75 25 0 192572 AAATAAAAGTTCAAGC GCTTGAACTTTTATTT True TTTATAAAA AAAAAGATT True True - AAATAAAAGTTCAAGC GCAT GCTTGAACTTTTATTT TTTTATAAA 88 MRSA_WT_00162 intergenic 192553 192598 + down AAAATAAAAGTTCAAGCATGCGCTTGAACTTTTATTTAAAAAGAT GGAATTATTCATTCTATCTTTATAAAAAATAAAAGTTCAAGCATGCGCTTGAACTTTTATTTAAAAAGATTATTTATTTGCAGTCATTAATTGTG ATCTTTTTAAATAAAAGTTCAAGCGCATGCTTGAACTTTTATT 43 TTerm_0317 MRSA_WT_1 200322 200337 16 200343 200358 16 5 87 0 22 68 31 71 28 0 200339 AAAAGTCAAAGTCAAT ATTGGCTTTGGCTTTT True ATGATCTGA TATTTGGAT True True - AAAAGCCAAAGCCAAT GTTCT ATTGACTTTGACTTTT TCAGATCAT 68 MRSA_WT_00168 intergenic 200287 200423 + down TTAAACAATACAATTAGAATGTTGTCATGATCTGAAAAGTCAAAGTCAATAGAACATTGGCTTTGGCTTTTTATTTGGATAGTATGACATATTACGTTAAACTATATGAGTTAATTAAGAAAAGGAGAGATAGCTG AGTAAAAGACGACGACAAAAAATAATTAAACAATACAATTAGAATGTTGTCATGATCTGAAAAGTCAAAGTCAATAGAACATTGGCTTTGGCTTTTTATTTGGATAGTATGACATATTACGTTAAACTATATGAGTTAATTAAGAAAAGGAGAGATAGCTGTGGCCAAAAGAGACTATTATGAAGT CAGCTATCTCTCCTTTTCTTAATTAACTCATATAGTTTAACGTAATATGTCATACTATCCAAATAAAAAGCCAAAGCCAATGTTCTATTGACTTTGACTTT 101 TTerm_0318 MRSA_WT_1 205202 205215 14 205222 205235 14 6 78 0 13 89 10 90 9 0 205218 TATAGTTTATAAAT ATTGATATTCTATA True AAAAGTTAT GGTTCTTAT True False - TATAGAATATCAAT TTGATT ATTTATAAACTATA ATAACTTTT 34 MRSA_WT_00173 intergenic 205080 205300 + down TTAATACCTCTGTTGACTCCCTCAACACGAATATTAATTATATAAAACAAACATCACAAGTTAGTGTCTGACACTAATATGTGATGTTTTTTTGTTGTCAATTTTTAATTAAAAAAAGTTATATAGTTTATAAATAATCAAATTGATATTCTATAGGTTCTTATAACTATAAAGTATATTCAATTTCATGTATAATTAATGTGAGGGCGAGGTGAAATTG TGCACGTAAACGTAAATTCAAATAATTAATACCTCTGTTGACTCCCTCAACACGAATATTAATTATATAAAACAAACATCACAAGTTAGTGTCTGACACTAATATGTGATGTTTTTTTGTTGTCAATTTTTAATTAAAAAAAGTTATATAGTTTATAAATAATCAAATTGATATTCTATAGGTTCTTATAACTATAAAGTATATTCAATTTCATGTATAATTAATGTGAGGGCGAGGTGAAATTGTGAGTTATAATAATTTTTTACAAAT CAATTTCACCTCGCCCTCACATTAATTATACATGAAATTGAATATACTTTATAGTTATAAGAACCTATAGAATATCAATTTGATTATTTATAAACTAT 98 TTerm_0319 MRSA_WT_1 215231 215240 10 215245 215254 10 4 90 0 15 85 15 88 11 0 215242 ATTAGGTATA TATAACTAAT True TGTCGAAAA GCTTAATAG True False - ATTAGTTATA CTAT TATACCTAAT TTTTCGACA 38 MRSA_WT_00185 intergenic 215213 215274 + down TTTCATTTTTGTCGAAAATTAGGTATAATAGTATAACTAATGCTTAATAGGTGATTTAATT TATTGAACAAAATAAATCGAAATGATTTCATTTTTGTCGAAAATTAGGTATAATAGTATAACTAATGCTTAATAGGTGATTTAATTTGCGAATAGATCAATCGATCATTAA AATTAAATCACCTATTAAGCATTAGTTATACTATTATACCTAA 43 TTerm_0320 MRSA_WT_1 225072 225079 8 225085 225092 8 5 87 0 11 93 6 100 0 0 225081 AAATAATA TAGTATTT True AGTAGAGAA AAGCAAATT True False - AAATACTA CTACT TATTATTT TTCTCTACT 30 MRSA_WT_00194 intergenic 224890 225166 + down TATAAAGAAATGAGATTTATACACATTAGGTCAGATGTATGCATAAATCTCATTTTTTAAATTATAGAAGATAAAGGTTCATTTCATACTCCGTTCGTATGATTTTATGGCAAATCTGTTAACTTTTTATATACAAAATGTTTAATTATTTTTGATTTGAGTTATATTAAATGAGTAGAGAAAATAATAAGTAGTAGTATTTAAGCAAATTCTTTGTTGAACCAGTCACTGCTTGTTATTATTTACTTACAGACATTTTAGGAGGATGATTATTTA TGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATACACATTAGGTCAGATGTATGCATAAATCTCATTTTTTAAATTATAGAAGATAAAGGTTCATTTCATACTCCGTTCGTATGATTTTATGGCAAATCTGTTAACTTTTTATATACAAAATGTTTAATTATTTTTGATTTGAGTTATATTAAATGAGTAGAGAAAATAATAAGTAGTAGTATTTAAGCAAATTCTTTGTTGAACCAGTCACTGCTTGTTATTATTTACTTACAGACATTTTAGGAGGATGATTATTTATGGCTTTTGAATTACCAAAATTACC TAAATAATCATCCTCCTAAAATGTCTGTAAGTAAATAATAACAAGCAGTGACTGGTTCAACAAAGAATTTGCTTAAATACTACTACTTATTATT 94 TTerm_0321 MRSA_WT_1 228247 228268 22 228276 228297 22 7 90 0 34 70 29 70 30 0 228271 ACAATAAAAAAGGTGAAATCTC GAGGTTTCACCTTTTTAATTGT True TTAAATTAA GCACACGTA True True - ACAATTAAAAAGGTGAAACCTC TTATTTT GAGATTTCACCTTTTTTATTGT TTAATTTAA 92 MRSA_WT_00197 intergenic 228223 228378 + down TCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAATTGTGCACACGTATGAAATGATAAAAGATTTTCAATTGAAATAATAAATTTTAGAATTGTCGCATAATTCATCATGACAACATAA AACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAATTGTGCACACGTATGAAATGATAAAAGATTTTCAATTGAAATAATAAATTTTAGAATTGTCGCATAATTCATCATGACAACATAATGACATGTATTGTTATTAACGATAT TTATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCACAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTG 131 TTerm_0322 MRSA_WT_1 230442 230451 10 230461 230470 10 9 90 0 15 85 15 88 11 0 230455 AATAACTTTT AACAGTTATT True GAAAAATAA GAAAAGTTA True False - AATAACTGTT GTACATCAT AAAAGTTATT TTATTTTTC 46 MRSA_WT_00199 intergenic 230446 230627 + down CTTTTATGATGTACAACAGTTATTGAAAAGTTACGGTTTTCTAATATATTTTAAAAATCCAGAAGATATGTACGAAATGATTCAACAGGAGATTTCATCATTGTATCAATATGAACTGTTATCTAAGGAAGAATATTTGAAATGTACGTTGATAATTAATCAGAGAAGGAATGAACAGAAA ATCAAATGAGTCGAAAAATAAATAACTTTTATGATGTACAACAGTTATTGAAAAGTTACGGTTTTCTAATATATTTTAAAAATCCAGAAGATATGTACGAAATGATTCAACAGGAGATTTCATCATTGTATCAATATGAACTGTTATCTAAGGAAGAATATTTGAAATGTACGTTGATAATTAATCAGAGAAGGAATGAACAGAAATGACAAAAATTATTTTAGCAGCTGA TTTCTGTTCATTCCTTCTCTGATTAATTATCAACGTACATTTCAAATATTCTTCCTTAGATAACAGTTCATATTGATACAATGATGAAATCTCCTGTTGAATCATTTCGTACATATCTTCTGGATTTTTAAAATATATTAGAAAACCGTAACTTTTCAATAACTGTTGTACATCATAAAAGTTAT 185 TTerm_0323 MRSA_WT_1 270629 270657 29 270664 270693 30 6 80 3 23 62 37 66 33 0 270660 ATAAAAATAACCCGTCCAACTATGTATGC GCATACATGTGTTGGCGGGTTTGTTTTTAT True AATAATTTA TGGTCTTCT True True - ATAAAAACAAACCCGCCAACACATGTATGC ATCATC GCATACATAGTTGGACGGGTTATTTTTAT TAAATTATT 70 MRSA_WT_00242 intergenic 270587 270690 + down TGACAAAGTAATAAACAATGCTTGCCAAATAGTAATAATTTATAAAAATAACCCGTCCAACTATGTATGCGATGATGCATACATGTGTTGGCGGGTTTGTTTT AGATTTTGATAGTTTTAAAGTCTAATGACAAAGTAATAAACAATGCTTGCCAAATAGTAATAATTTATAAAAATAACCCGTCCAACTATGTATGCGATGATGCATACATGTGTTGGCGGGTTTGTTTTTATTGGTCTTCTATATTAGAAAGTT AAAACAAACCCGCCAACACATGTATGCATCATCGCATACATAGTTGGACGGGTTATTTTTA 61 TTerm_0324 MRSA_WT_2 8731 8746 16 8756 8771 16 9 100 0 32 75 25 75 25 0 8750 AAAAATCTTCAGTAAC GTTACTGAAGATTTTT True GAAACAGAA ATAATTATG True True - AAAAATCTTCAGTAAC GTTGTTTTA GTTACTGAAGATTTTT TTCTGTTTC 80 MRSA_WT_00270 intergenic 8721 8776 + down AGAAACAGAAAAAATCTTCAGTAACTAAAACAACGTTACTGAAGATTTTTATAAT TGTGCTGTCGCTCATCTTAGTATAAAGAAACAGAAAAAATCTTCAGTAACTAAAACAACGTTACTGAAGATTTTTATAATTATGCTTCAAATTTCTTGAATACTA ATTATAAAAATCTTCAGTAACGTTGTTTTAGTTACTGAAGATTTT 45 TTerm_0325 MRSA_WT_2 11463 11473 11 11480 11490 11 6 81 0 12 90 9 88 11 0 11476 ATAAAATGAAA TTTCTTATTAT True TATTTAGTA TGAAGCTGC True False - ATAATAAGAAA GACATA TTTCATTTTAT TACTAAATA 32 MRSA_WT_00273 intergenic 11453 11710 + down CTATTTAGTATAAAATGAAATATGTCTTTCTTATTATTGAAGCTGCCCAGATAAAGGCGGCTTTTATTTTTGGCCATTAATGTTTTGTATTTTGAATATTTTAAAGCTCAATGACCTCTAACCCATCACTTTTAAATTTAGAAAAAGCCTTAATACAAAGATGTCATTTACGAGTAATCTTTGTATCAAGGCAATTATATTATAATCATCACTGTAAAATTAAATGCTTCATGTTGAATTTGATAATTTTAAGTGTT ACCGCCGAAAGATTCATCACAATAACTATTTAGTATAAAATGAAATATGTCTTTCTTATTATTGAAGCTGCCCAGATAAAGGCGGCTTTTATTTTTGGCCATTAATGTTTTGTATTTTGAATATTTTAAAGCTCAATGACCTCTAACCCATCACTTTTAAATTTAGAAAAAGCCTTAATACAAAGATGTCATTTACGAGTAATCTTTGTATCAAGGCAATTATATTATAATCATCACTGTAAAATTAAATGCTTCATGTTGAATTTGATAATTTTAAGTGTTTATTTAGTTTTTACATTAATATCAA AACACTTAAAATTATCAAATTCAACATGAAGCATTTAATTTTACAGTGATGATTATAATATAATTGCCTTGATACAAAGATTACTCGTAAATGACATCTTTGTATTAAGGCTTTTTCTAAATTTAAAAGTGATGGGTTAGAGGTCATTGAGCTTTAAAATATTCAAAATACAAAACATTAATGGCCAAAAATAAAAGCCGCCTTTATCTGGGCAGCTTCAATAATAAGAAAGACATATTTCATTTTA 247 TTerm_0326 MRSA_WT_2 11670 11677 8 11687 11694 8 9 87 0 11 93 6 100 0 0 11681 AAATTAAA TTGAATTT True TCACTGTAA GATAATTTT True True - AAATTCAA CATGAAGCA TTTAATTT TTACAGTGA 30 MRSA_WT_00273 intergenic 11453 11710 + down CTATTTAGTATAAAATGAAATATGTCTTTCTTATTATTGAAGCTGCCCAGATAAAGGCGGCTTTTATTTTTGGCCATTAATGTTTTGTATTTTGAATATTTTAAAGCTCAATGACCTCTAACCCATCACTTTTAAATTTAGAAAAAGCCTTAATACAAAGATGTCATTTACGAGTAATCTTTGTATCAAGGCAATTATATTATAATCATCACTGTAAAATTAAATGCTTCATGTTGAATTTGATAATTTTAAGTGTT ACCGCCGAAAGATTCATCACAATAACTATTTAGTATAAAATGAAATATGTCTTTCTTATTATTGAAGCTGCCCAGATAAAGGCGGCTTTTATTTTTGGCCATTAATGTTTTGTATTTTGAATATTTTAAAGCTCAATGACCTCTAACCCATCACTTTTAAATTTAGAAAAAGCCTTAATACAAAGATGTCATTTACGAGTAATCTTTGTATCAAGGCAATTATATTATAATCATCACTGTAAAATTAAATGCTTCATGTTGAATTTGATAATTTTAAGTGTTTATTTAGTTTTTACATTAATATCAA AACACTTAAAATTATCAAATTCAACATGAAGCATTTAATT 40 TTerm_0327 MRSA_WT_2 16830 16844 15 16850 16864 15 5 93 0 25 63 36 64 35 0 16846 AACCAAGAATGCGAT ATCACATTCTTGGTT True ATCTAAAAA CAATTTTAT True True - AACCAAGAATGTGAT GATTA ATCGCATTCTTGGTT TTTTTAGAT 66 MRSA_WT_00279 intergenic 16811 16870 + down TAAATTTCAAATCTAAAAAACCAAGAATGCGATTAATCATCACATTCTTGGTTCAATTT GTATATTGCCAATGAACAATTATAATAAATTTCAAATCTAAAAAACCAAGAATGCGATTAATCATCACATTCTTGGTTCAATTTTATTCATGAATTTTTTCAACATTAA AAATTGAACCAAGAATGTGATGATTAATCGCATTCTTGGT 40 TTerm_0328 MRSA_WT_2 24875 24891 17 24900 24915 16 8 88 5 17 51 48 46 53 0 24895 GACATAAGGTCTTGGAC GTCCATGCCTTATGTC True TCAAAAAAG ATAAACTAT True False - GACATAAGGCATGGAC AATTATTA GTCCAAGACCTTATGTC CTTTTTTGA 58 MRSA_WT_00285 intergenic 24766 24937 + down ATGAATCATGCGATTCAATCTAATCTTAATTGTCTAGGTTAGAATTATGTTGGACTGGTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAAAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATAAACTATATGTCTTATCAAT TATGATTGGTTACAAAGCTAAATAAATGAATCATGCGATTCAATCTAATCTTAATTGTCTAGGTTAGAATTATGTTGGACTGGTACTACTATCCAGTCCATTTTTTATGTTTAACATTTTTAAAATCAAAAAAGACATAAGGTCTTGGACTAATAATTGTCCATGCCTTATGTCATAAACTATATGTCTTATCAATTAGCCAATACCGAATAATTTTGATA ATTGATAAGACATATAGTTTATGACATAAGGCATGGACAATTATTAGTCCAAGACCTTATGT 62 TTerm_0329 MRSA_WT_2 41501 41523 23 41533 41555 23 9 100 0 46 73 26 73 26 0 41527 AAAAAGACAGCAGTAAGATATTT AAATATCTTACTGCTGTCTTTTT True TATTACTAA AATCAACTA True True - AAAAAGACAGCAGTAAGATATTT TCTATTCGG AAATATCTTACTGCTGTCTTTTT TTAGTAATA 92 MRSA_WT_00296 intergenic 41454 41736 + down TATTGTTAAACTAGAAAACATAAATACAAAAATATAGCTATTACTAAAAAAGACAGCAGTAAGATATTTCCGAATAGAAAATATCTTACTGCTGTCTTTTTAATCAACTATATATAGTTGACCGTTTAATTAGAAATTCTCTGTGTTCGGGGCCCCGGCTATTTTTGAAATAAGCTTGTTACAAGTGTATTTTTATTCAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAAT CAAATATAAAGAAGTCATTAAGTAGTATTGTTAAACTAGAAAACATAAATACAAAAATATAGCTATTACTAAAAAAGACAGCAGTAAGATATTTCCGAATAGAAAATATCTTACTGCTGTCTTTTTAATCAACTATATATAGTTGACCGTTTAATTAGAAATTCTCTGTGTTCGGGGCCCCGGCTATTTTTGAAATAAGCTTGTTACAAGTGTATTTTTATTCAGTCAACTACTGCTAAAATAAAATTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTG ATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGAATAAAAATACACTTGTAACAAGCTTATTTCAAAAATAGCCGGGGCCCCGAACACAGAGAATTTCTAATTAAACGGTCAACTATATATAGTTGATTAAAAAGACAGCAGTAAGATATTTTCTATTCGGAAATATCTTACTGCTGTCTTTT 235 TTerm_0330 MRSA_WT_2 63564 63589 26 63599 63623 25 9 84 3 25 74 25 77 22 0 63593 AATATAAAAATAGCACATACGCTCAA TTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTT True AAATTTAAA AATTTTTAG True True - AAAATACAAATAGCACATAACTCAA CGATTTTGA TTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATT TTTAAATTT 66 MRSA_WT_00319 intergenic 63364 63622 + down TATAAAGATATTAAATTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTTTTCGCTGTCAAATTGGACTGATGGGAAAGTTATTTTATACTATTTATCTGATTAATTATTTTATTATTGCCACATATCCAAGCGCATATTACTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTT AATAGAAGTAGAACAAGTATTCTAATATAAAGATATTAAATTAACAGAACATATTATGAATAACAACAAAGACAGGAATACTGAATTATTTATAATCAGTTATTACCTGTCTTTTTTCGCTGTCAAATTGGACTGATGGGAAAGTTATTTTATACTATTTATCTGATTAATTATTTTATTATTGCCACATATCCAAGCGCATATTACTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTGTATTTTAATTTTTAGGTTTATCTACTTCAG AAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAT 58 TTerm_0331 MRSA_WT_2 78849 78869 21 78875 78895 21 5 85 0 27 69 30 72 27 0 78871 AAATCGGATTTATAAATACGC GCTTATCTATCAATCCGATTT True CAATCAAAA AGTTATAAA True False - AAATCGGATTGATAGATAAGC TTTGT GCGTATTTATAAATCCGATTT TTTTGATTG 70 MRSA_WT_00336 intergenic 78496 79010 + down TTAGCTATTTTTTCTTTAGTCATTCATAGTGCTATATTTTTGATAACTATATCCATTGCAATGATTTTAGTTCAATTTTTAGATGCGATTGTTGGTTATAAAAGTAAAGATGTCTTTAAAACTTACGGTCCATTAGCAACATCTGTAGTGAACTTAATATTATTAATAGTTTTCTTATTTTAACTCACTTATACAACGAATCTTAATCGAACTAATATCGAATTATCTTTAAAGAATATTTGATGTAGTTTTCAATTAATTTAATAAAGACCAGCACTCTAATGCCACAATCATGTTGTATTTGTGTTGTCGCTTTATCCACCATCAATGATTATTTTTTACACCAATCAAAAAATCGGATTTATAAATACGCACAAAGCTTATCTATCAATCCGATTTAGTTATAAAACCAAAAAAAGCCACATTAATGTGGCTTTTTGTTATATTCAGTATCGAAATGGTATCAATACCTATTTCCGGAAGTTAAGAATAGCTTAACAACGCGGTTTAAAGC TAGTCGAAGCTTACCTTTATTTTAATTAGCTATTTTTTCTTTAGTCATTCATAGTGCTATATTTTTGATAACTATATCCATTGCAATGATTTTAGTTCAATTTTTAGATGCGATTGTTGGTTATAAAAGTAAAGATGTCTTTAAAACTTACGGTCCATTAGCAACATCTGTAGTGAACTTAATATTATTAATAGTTTTCTTATTTTAACTCACTTATACAACGAATCTTAATCGAACTAATATCGAATTATCTTTAAAGAATATTTGATGTAGTTTTCAATTAATTTAATAAAGACCAGCACTCTAATGCCACAATCATGTTGTATTTGTGTTGTCGCTTTATCCACCATCAATGATTATTTTTTACACCAATCAAAAAATCGGATTTATAAATACGCACAAAGCTTATCTATCAATCCGATTTAGTTATAAAACCAAAAAAAGCCACATTAATGTGGCTTTTTGTTATATTCAGTATCGAAATGGTATCAATACCTATTTCCGGAAGTTAAGAATAGCTTAACAACGCGGTTTAAAGCTAGCCAATACTACCTTCCATTTCGA GCTTTAAACCGCGTTGTTAAGCTATTCTTAACTTCCGGAAATAGGTATTGATACCATTTCGATACTGAATATAACAAAAAGCCACATTAATGTGGCTTTTTTTGGTTTTATAACTAAATCGGATTGATAGATAAGCTTTGTGCGTATTTATAAATCCGATT 161 TTerm_0332 MRSA_WT_2 94971 94976 6 94986 94991 6 9 100 0 12 100 0 100 0 0 94980 AAATTT AAATTT True TAAAATTCA TTGGTTGGT True False - AAATTT TTGGTTGGC AAATTT TGAATTTTA 24 MRSA_WT_00356 intergenic 94918 95317 + down CATTAACTTAAAGAGATTATTCAACGTTATTAATAAAATTCACATAAAATTCAAATTTGCCAACCAAAAATTTTTGGTTGGTTATTTTTTCTATTCGTGATTGAAATTTCTGGCAATATTTAACTGAAAATGATTGTCCCTTAGTCATCATAAATGTGACCGGTTCCAATACTGGCTTGACTTCTTCGCATACCGTCTACAAATAAAAGTCCAGTGTCGACCAATAACCAATTCCATAATTTCCTGAACTTAAAAATAAATATAATTAAATTGATAATCCATTTACAAGAATGTGCATATAAATCAATGATTGCAAAATTTTAATAAACATTTTAATATGTAATTAAGAAATTTTTTTAGTACAAAATCTTTCTTAATAATGATTAAGGAGGTCAGTAA TTTAAATGTAAATGTTGTAGATTAGCATTAACTTAAAGAGATTATTCAACGTTATTAATAAAATTCACATAAAATTCAAATTTGCCAACCAAAAATTTTTGGTTGGTTATTTTTTCTATTCGTGATTGAAATTTCTGGCAATATTTAACTGAAAATGATTGTCCCTTAGTCATCATAAATGTGACCGGTTCCAATACTGGCTTGACTTCTTCGCATACCGTCTACAAATAAAAGTCCAGTGTCGACCAATAACCAATTCCATAATTTCCTGAACTTAAAAATAAATATAATTAAATTGATAATCCATTTACAAGAATGTGCATATAAATCAATGATTGCAAAATTTTAATAAACATTTTAATATGTAATTAAGAAATTTTTTTAGTACAAAATCTTTCTTAATAATGATTAAGGAGGTCAGTAATGATTAAAATTAAAACATTAACGAA TTACTGACCTCCTTAATCATTATTAAGAAAGATTTTGTACTAAAAAAATTTCTTAATTACATATTAAAATGTTTATTAAAATTTTGCAATCATTGATTTATATGCACATTCTTGTAAATGGATTATCAATTTAATTATATTTATTTTTAAGTTCAGGAAATTATGGAATTGGTTATTGGTCGACACTGGACTTTTATTTGTAGACGGTATGCGAAGAAGTCAAGCCAGTATTGGAACCGGTCACATTTATGATGACTAAGGGACAATCATTTTCAGTTAAATATTGCCAGAAATTTCAATCACGAATAGAAAAAATAACCAACCAAAAATTTTTGGTTGGCAAATT 346 TTerm_0333 MRSA_WT_2 96604 96623 20 96630 96648 19 6 90 5 23 69 30 66 33 0 96626 AAAGCGTTATACAAAAGACA TGTCTATGTATAACGCTTT True GTATTTTAA ATTTATTAT True False - AAAGCGTTATACATAGACA CAAGTA TGTCTTTTGTATAACGCTTT TTAAAATAC 62 MRSA_WT_00358 intergenic 96581 96654 + down AGCGTTATATAGTTGTATTTTAAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTAT AAAACTTATTCAATTAATATTCTAAAGCGTTATATAGTTGTATTTTAAAAGCGTTATACAAAAGACATACTTGTGTCTATGTATAACGCTTTATTTATTATAAATTTGGATCAATTAACTCAA ATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTT 50 TTerm_0334 MRSA_WT_2 100239 100253 15 100261 100275 15 7 80 0 15 93 6 91 8 0 100256 TAAAAAATTAACAAA TTAGTTAAATTATTA True AGTCTTAAT ATTAAGTAG True False - TAATAATTTAACTAA TCAACTT TTTGTTAATTTTTTA ATTAAGACT 38 MRSA_WT_00366 intergenic 100122 100618 + down ACGCAATATTTTTATTTAATTATTTTAATGTTCCGCCTTTTAAATGAAAACAAGATTACTGAATTATTATGAGATTTTAAAAACAATAAATATTCTCAATAATTAATCAGTCTTAATAAAAAATTAACAAAAAGTTGATTAGTTAAATTATTAATTAAGTAGTAAGATATTATGCGATGTGGTATCCTATTATTGTTAAACATTTTGAGTGTTTAACATTACTTCTTGTTATCGCCATATACAGACTTTAATTCTCGTCATTATTAAAGTTCTGTATTGGCGCTTTTTTTTATTCAAAATCAAAAGTCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTCCATCAGTTCGATTTATTTTAGAACCATTATATATTGTTAGATCTCCACCTATATTTATTGGACAAAAAAGTAACAGCTAGTGCTTTTACCACACCAACTGTTATCGATTTAAAGCATAAAAAAACAGCCCTATACTAAGGACTGTTTGAAAAAGTTAAAAT AAGTATATTTGACGCTGTAAATTAAACGCAATATTTTTATTTAATTATTTTAATGTTCCGCCTTTTAAATGAAAACAAGATTACTGAATTATTATGAGATTTTAAAAACAATAAATATTCTCAATAATTAATCAGTCTTAATAAAAAATTAACAAAAAGTTGATTAGTTAAATTATTAATTAAGTAGTAAGATATTATGCGATGTGGTATCCTATTATTGTTAAACATTTTGAGTGTTTAACATTACTTCTTGTTATCGCCATATACAGACTTTAATTCTCGTCATTATTAAAGTTCTGTATTGGCGCTTTTTTTTATTCAAAATCAAAAGTCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTCCATCAGTTCGATTTATTTTAGAACCATTATATATTGTTAGATCTCCACCTATATTTATTGGACAAAAAAGTAACAGCTAGTGCTTTTACCACACCAACTGTTATCGATTTAAAGCATAAAAAAACAGCCCTATACTAAGGACTGTTTGAAAAAGTTAAAATTACATTTTAACTACGTTTGCAGCTT ATTTTAACTTTTTCAAACAGTCCTTAGTATAGGGCTGTTTTTTTATGCTTTAAATCGATAACAGTTGGTGTGGTAAAAGCACTAGCTGTTACTTTTTTGTCCAATAAATATAGGTGGAGATCTAACAATATATAATGGTTCTAAAATAAATCGAACTGATGGAAAAGTTTTTTACTTTTCATCTGTCCGACTTTTGATTTTGAATAAAAAAAAGCGCCAATACAGAACTTTAATAATGACGAGAATTAAAGTCTGTATATGGCGATAACAAGAAGTAATGTTAAACACTCAAAATGTTTAACAATAATAGGATACCACATCGCATAATATCTTACTACTTAATTAATAATTTAACTAATCAACTTTTTGTTAATTTTTT 379 TTerm_0335 MRSA_WT_2 100426 100445 20 100451 100471 21 5 80 4 15 63 36 64 35 0 100447 AAGTCGGACAGATGAAAAGT ACTTTTCCATCAGTTCGATTT True AAAATCAAA ATTTTAGAA True True - AAATCGAACTGATGGAAAAGT TTTTT ACTTTTCATCTGTCCGACTT TTTGATTTT 38 MRSA_WT_00366 intergenic 100122 100618 + down ACGCAATATTTTTATTTAATTATTTTAATGTTCCGCCTTTTAAATGAAAACAAGATTACTGAATTATTATGAGATTTTAAAAACAATAAATATTCTCAATAATTAATCAGTCTTAATAAAAAATTAACAAAAAGTTGATTAGTTAAATTATTAATTAAGTAGTAAGATATTATGCGATGTGGTATCCTATTATTGTTAAACATTTTGAGTGTTTAACATTACTTCTTGTTATCGCCATATACAGACTTTAATTCTCGTCATTATTAAAGTTCTGTATTGGCGCTTTTTTTTATTCAAAATCAAAAGTCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTCCATCAGTTCGATTTATTTTAGAACCATTATATATTGTTAGATCTCCACCTATATTTATTGGACAAAAAAGTAACAGCTAGTGCTTTTACCACACCAACTGTTATCGATTTAAAGCATAAAAAAACAGCCCTATACTAAGGACTGTTTGAAAAAGTTAAAAT AAGTATATTTGACGCTGTAAATTAAACGCAATATTTTTATTTAATTATTTTAATGTTCCGCCTTTTAAATGAAAACAAGATTACTGAATTATTATGAGATTTTAAAAACAATAAATATTCTCAATAATTAATCAGTCTTAATAAAAAATTAACAAAAAGTTGATTAGTTAAATTATTAATTAAGTAGTAAGATATTATGCGATGTGGTATCCTATTATTGTTAAACATTTTGAGTGTTTAACATTACTTCTTGTTATCGCCATATACAGACTTTAATTCTCGTCATTATTAAAGTTCTGTATTGGCGCTTTTTTTTATTCAAAATCAAAAGTCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTCCATCAGTTCGATTTATTTTAGAACCATTATATATTGTTAGATCTCCACCTATATTTATTGGACAAAAAAGTAACAGCTAGTGCTTTTACCACACCAACTGTTATCGATTTAAAGCATAAAAAAACAGCCCTATACTAAGGACTGTTTGAAAAAGTTAAAATTACATTTTAACTACGTTTGCAGCTT ATTTTAACTTTTTCAAACAGTCCTTAGTATAGGGCTGTTTTTTTATGCTTTAAATCGATAACAGTTGGTGTGGTAAAAGCACTAGCTGTTACTTTTTTGTCCAATAAATATAGGTGGAGATCTAACAATATATAATGGTTCTAAAATAAATCGAACTGATGGAAAAGTTTTTTACTTTTCATCTGTCCGACT 192 TTerm_0336 MRSA_WT_2 100528 100539 12 100549 100560 12 9 83 0 14 58 41 60 40 0 100543 TAACAGCTAGTG CACCAACTGTTA True CAAAAAAGT TCGATTTAA True False - TAACAGTTGGTG TGGTAAAAG CACTAGCTGTTA ACTTTTTTG 52 MRSA_WT_00366 intergenic 100122 100618 + down ACGCAATATTTTTATTTAATTATTTTAATGTTCCGCCTTTTAAATGAAAACAAGATTACTGAATTATTATGAGATTTTAAAAACAATAAATATTCTCAATAATTAATCAGTCTTAATAAAAAATTAACAAAAAGTTGATTAGTTAAATTATTAATTAAGTAGTAAGATATTATGCGATGTGGTATCCTATTATTGTTAAACATTTTGAGTGTTTAACATTACTTCTTGTTATCGCCATATACAGACTTTAATTCTCGTCATTATTAAAGTTCTGTATTGGCGCTTTTTTTTATTCAAAATCAAAAGTCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTCCATCAGTTCGATTTATTTTAGAACCATTATATATTGTTAGATCTCCACCTATATTTATTGGACAAAAAAGTAACAGCTAGTGCTTTTACCACACCAACTGTTATCGATTTAAAGCATAAAAAAACAGCCCTATACTAAGGACTGTTTGAAAAAGTTAAAAT AAGTATATTTGACGCTGTAAATTAAACGCAATATTTTTATTTAATTATTTTAATGTTCCGCCTTTTAAATGAAAACAAGATTACTGAATTATTATGAGATTTTAAAAACAATAAATATTCTCAATAATTAATCAGTCTTAATAAAAAATTAACAAAAAGTTGATTAGTTAAATTATTAATTAAGTAGTAAGATATTATGCGATGTGGTATCCTATTATTGTTAAACATTTTGAGTGTTTAACATTACTTCTTGTTATCGCCATATACAGACTTTAATTCTCGTCATTATTAAAGTTCTGTATTGGCGCTTTTTTTTATTCAAAATCAAAAGTCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTCCATCAGTTCGATTTATTTTAGAACCATTATATATTGTTAGATCTCCACCTATATTTATTGGACAAAAAAGTAACAGCTAGTGCTTTTACCACACCAACTGTTATCGATTTAAAGCATAAAAAAACAGCCCTATACTAAGGACTGTTTGAAAAAGTTAAAATTACATTTTAACTACGTTTGCAGCTT ATTTTAACTTTTTCAAACAGTCCTTAGTATAGGGCTGTTTTTTTATGCTTTAAATCGATAACAGTTGGTGTGGTAAAAGCACTAGCTGTT 90 TTerm_0337 MRSA_WT_2 100579 100588 10 100595 100604 10 6 90 0 15 55 45 55 44 0 100591 AAACAGCCCT AGGACTGTTT True GCATAAAAA GAAAAAGTT True False - AAACAGTCCT TAGTAT AGGGCTGTTT TTTTTATGC 54 MRSA_WT_00366 intergenic 100122 100618 + down ACGCAATATTTTTATTTAATTATTTTAATGTTCCGCCTTTTAAATGAAAACAAGATTACTGAATTATTATGAGATTTTAAAAACAATAAATATTCTCAATAATTAATCAGTCTTAATAAAAAATTAACAAAAAGTTGATTAGTTAAATTATTAATTAAGTAGTAAGATATTATGCGATGTGGTATCCTATTATTGTTAAACATTTTGAGTGTTTAACATTACTTCTTGTTATCGCCATATACAGACTTTAATTCTCGTCATTATTAAAGTTCTGTATTGGCGCTTTTTTTTATTCAAAATCAAAAGTCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTCCATCAGTTCGATTTATTTTAGAACCATTATATATTGTTAGATCTCCACCTATATTTATTGGACAAAAAAGTAACAGCTAGTGCTTTTACCACACCAACTGTTATCGATTTAAAGCATAAAAAAACAGCCCTATACTAAGGACTGTTTGAAAAAGTTAAAAT AAGTATATTTGACGCTGTAAATTAAACGCAATATTTTTATTTAATTATTTTAATGTTCCGCCTTTTAAATGAAAACAAGATTACTGAATTATTATGAGATTTTAAAAACAATAAATATTCTCAATAATTAATCAGTCTTAATAAAAAATTAACAAAAAGTTGATTAGTTAAATTATTAATTAAGTAGTAAGATATTATGCGATGTGGTATCCTATTATTGTTAAACATTTTGAGTGTTTAACATTACTTCTTGTTATCGCCATATACAGACTTTAATTCTCGTCATTATTAAAGTTCTGTATTGGCGCTTTTTTTTATTCAAAATCAAAAGTCGGACAGATGAAAAGTAAAAAACTTTTCCATCAGTTCGATTTATTTTAGAACCATTATATATTGTTAGATCTCCACCTATATTTATTGGACAAAAAAGTAACAGCTAGTGCTTTTACCACACCAACTGTTATCGATTTAAAGCATAAAAAAACAGCCCTATACTAAGGACTGTTTGAAAAAGTTAAAATTACATTTTAACTACGTTTGCAGCTT ATTTTAACTTTTTCAAACAGTCCTTAGTATAGGGCTGTT 39 TTerm_0338 MRSA_WT_2 111812 111834 23 111840 111862 23 5 82 0 26 80 19 84 15 0 111836 TTAAATATAATAAAAAAGAGTAG CTACTCTTTTTTGTTGTTTTGAA True TTTAATTGT TGAAGAATT True True - TTCAAAACAACAAAAAAGAGTAG GCGAG CTACTCTTTTTTATTATATTTAA ACAATTAAA 76 MRSA_WT_00375 intergenic 111713 112192 + down ATTTATGAATGCTCGCATTCAACGTTATAATCTTTACTGTTATTATTGTCATTATAGATTAGCTTACTTACACTCATAATGACATACTAATTTAATTGTTAAATATAATAAAAAAGAGTAGCTCGCCTACTCTTTTTTGTTGTTTTGAATGAAGAATTATCTTATATAAAGAATTTTTTTATGAACAATATTAAAACTCAAAGCTCAACTTTTTTGACACTTATTTGACACATATTCTTTCAACCCTTAACGCAAAATCTTATATGTACACAACTATTAATTTTTCATTCATGAAAATTTGAACCTAAGCAGATACTATCATATCAAAGTACACAGCTAATTTAACCTTCCTCACAAGAAAAGATAAAAAACATAAAAAAGAGCAAGGTCAACGTGTCAGAAAATTATTTTCTTGACACATATTTGACACTTGCTAGATTAAAACCCCATTAAATCAAGGTTTCCAAGCATATTTTTAT CCACAGTGGTTTAGATGAAGTATAAATTTATGAATGCTCGCATTCAACGTTATAATCTTTACTGTTATTATTGTCATTATAGATTAGCTTACTTACACTCATAATGACATACTAATTTAATTGTTAAATATAATAAAAAAGAGTAGCTCGCCTACTCTTTTTTGTTGTTTTGAATGAAGAATTATCTTATATAAAGAATTTTTTTATGAACAATATTAAAACTCAAAGCTCAACTTTTTTGACACTTATTTGACACATATTCTTTCAACCCTTAACGCAAAATCTTATATGTACACAACTATTAATTTTTCATTCATGAAAATTTGAACCTAAGCAGATACTATCATATCAAAGTACACAGCTAATTTAACCTTCCTCACAAGAAAAGATAAAAAACATAAAAAAGAGCAAGGTCAACGTGTCAGAAAATTATTTTCTTGACACATATTTGACACTTGCTAGATTAAAACCCCATTAAATCAAGGTTTCCAAGCATATTTTTATGGAGACGGCGGGATTTGAACCCGCG ATAAAAATATGCTTGGAAACCTTGATTTAATGGGGTTTTAATCTAGCAAGTGTCAAATATGTGTCAAGAAAATAATTTTCTGACACGTTGACCTTGCTCTTTTTTATGTTTTTTATCTTTTCTTGTGAGGAAGGTTAAATTAGCTGTGTACTTTGATATGATAGTATCTGCTTAGGTTCAAATTTTCATGAATGAAAAATTAATAGTTGTGTACATATAAGATTTTGCGTTAAGGGTTGAAAGAATATGTGTCAAATAAGTGTCAAAAAAGTTGAGCTTTGAGTTTTAATATTGTTCATAAAAAAATTCTTTATATAAGATAATTCTTCATTCAAAACAACAAAAAAGAGTAGGCGAGCTACTCTTTTTTATTATATTTA 380 TTerm_0339 MRSA_WT_2 127830 127844 15 127853 127867 15 8 86 0 20 66 33 69 30 0 127848 AAAAGGCCACTTGAA TTCAAATGACCTTTT True TAAATACGA ACTACTTTA True True - AAAAGGTCATTTGAA TATTTTGT TTCAAGTGGCCTTTT TCGTATTTA 48 MRSA_WT_00389 intergenic 127673 127882 + down GTGGGACATTGATCTCTCTCCTACTCCACTTCAAGCAAAAAGTCTAGGAGATAATTCGTTAAATCTCTCTAGACTTTTCTATTTGCTGATATTACATATAGATATAACTTTAAAGTCACTTATGAATATTGGTTGATTAATTTTAAAGTAAATACGAAAAGGCCACTTGAAACAAAATATTCAAATGACCTTTTACTACTTTATAAAAT ACTTGAAGATTTAATTAGTAAGTGAGTGGGACATTGATCTCTCTCCTACTCCACTTCAAGCAAAAAGTCTAGGAGATAATTCGTTAAATCTCTCTAGACTTTTCTATTTGCTGATATTACATATAGATATAACTTTAAAGTCACTTATGAATATTGGTTGATTAATTTTAAAGTAAATACGAAAAGGCCACTTGAAACAAAATATTCAAATGACCTTTTACTACTTTATAAAATTAAATGTATGATTTGTATTCAGGAT ATTTTATAAAGTAGTAAAAGGTCATTTGAATATTTTGTTTCAAGTGGCCTTT 52 TTerm_0340 MRSA_WT_2 130803 130821 19 130828 130846 19 6 84 0 23 76 23 81 18 0 130824 TAAAAAAGTGTTTTTGATA TACCAAAAACACCTTCTTA True TTTAATCAT CTTATAATT True False - TAAGAAGGTGTTTTTGGTA GTGAAT TATCAAAAACACTTTTTTA ATGATTAAA 62 MRSA_WT_00392 intergenic 130544 130848 + down TGTTTTAATAAAATACAATACTTTTCAATACTGAGAATCCCGCAATGTCGGGATTCTTATTTATGCTGATTTTGTTTTTGTCTATGATCAGGGACTCAATTAATTATCACATTCATATTTTCTTATGACCAAATTGATACATATGATGCTATTTAATGAGAAAATTAGGCATCACTTGGTTATTGAATTTCCTTCATTAAACTTTCCAGCTCAATTTAATAGTTAGTCGACTATTATTCATTAAACACTTTTTAATCATAAAAAAGTGTTTTTGATAATTCACTACCAAAAACACCTTCTTACT GGGGTTCAATTCCCTTCAAGGAGGCTGTTTTAATAAAATACAATACTTTTCAATACTGAGAATCCCGCAATGTCGGGATTCTTATTTATGCTGATTTTGTTTTTGTCTATGATCAGGGACTCAATTAATTATCACATTCATATTTTCTTATGACCAAATTGATACATATGATGCTATTTAATGAGAAAATTAGGCATCACTTGGTTATTGAATTTCCTTCATTAAACTTTCCAGCTCAATTTAATAGTTAGTCGACTATTATTCATTAAACACTTTTTAATCATAAAAAAGTGTTTTTGATAATTCACTACCAAAAACACCTTCTTACTTATAATTCTATTTGTTCACCATTTC AGTAAGAAGGTGTTTTTGGTAGTGAATTATCAAAAACACTTTTTT 45 TTerm_0341 MRSA_WT_2 161262 161285 24 161292 161315 24 6 91 0 38 77 22 77 22 0 161288 AATATAAAAAATCACGCTAACATT AATGATAGCGTGATTTTTCATATT True GCTTAATTA TTTTACGTA True True - AATATGAAAAATCACGCTATCATT GCACTG AATGTTAGCGTGATTTTTTATATT TAATTAAGC 84 MRSA_WT_00417 intergenic 161222 161410 + down AAACAAACGATTATATACTAGTTCAACTCAAGCTTAATTAATATAAAAAATCACGCTAACATTCAGTGCAATGATAGCGTGATTTTTCATATTTTTTACGTATACTTTCGATCTTCTAATTCGTTTTGCTAACCATCATAAATGTTATTAACCATCATGACAGCATCACCAATTTAGTCCTTCTTTAC AGAAGATATCGCTGAAAATCACTAAAAACAAACGATTATATACTAGTTCAACTCAAGCTTAATTAATATAAAAAATCACGCTAACATTCAGTGCAATGATAGCGTGATTTTTCATATTTTTTACGTATACTTTCGATCTTCTAATTCGTTTTGCTAACCATCATAAATGTTATTAACCATCATGACAGCATCACCAATTTAGTCCTTCTTTACTAAACCTCAACATTAAAATGTGTTT GTAAAGAAGGACTAAATTGGTGATGCTGTCATGATGGTTAATAACATTTATGATGGTTAGCAAAACGAATTAGAAGATCGAAAGTATACGTAAAAAATATGAAAAATCACGCTATCATTGCACTGAATGTTAGCGTGATTTTTTATAT 148 TTerm_0342 MRSA_WT_2 166595 166616 22 166622 166643 22 5 95 0 39 65 34 66 33 0 166618 AAAAGTGGGGAACAATGATTAA TTAACCATTGTTCCCCACTTTT True TTTAAAAGA AAAATTATT True True - AAAAGTGGGGAACAATGGTTAA AGGTC TTAATCATTGTTCCCCACTTTT TCTTTTAAA 94 MRSA_WT_00423 intergenic 166331 166648 + down ACAACATAGCCAAAACATTATAGGGAGTGGGACAGACATGATAAAGCACCACTTCTATAGAATTCCTTTTTGATATTCTCTATGTTTGGGCCCCGCCAACTTGCATTGTCAGTAGAAATTGGAAATCAAATTTCTCTATGTTGGGAGCCCACTGGTATTGAAATGAACTTGTTACAAGTACATGTTCATTCAACCAACGACAAACAACAGAACATTTTAGAGTCTAGGACATTGATTAACGTCCCAGATTCCTTTTTTAAAAGAAAAGTGGGGAACAATGATTAAGACCTTTAACCATTGTTCCCCACTTTTAAAAT TTATCATATTTATTTCGAAATTTAAACAACATAGCCAAAACATTATAGGGAGTGGGACAGACATGATAAAGCACCACTTCTATAGAATTCCTTTTTGATATTCTCTATGTTTGGGCCCCGCCAACTTGCATTGTCAGTAGAAATTGGAAATCAAATTTCTCTATGTTGGGAGCCCACTGGTATTGAAATGAACTTGTTACAAGTACATGTTCATTCAACCAACGACAAACAACAGAACATTTTAGAGTCTAGGACATTGATTAACGTCCCAGATTCCTTTTTTAAAAGAAAAGTGGGGAACAATGATTAAGACCTTTAACCATTGTTCCCCACTTTTAAAATTATTTTACAACTTTTTCAAGTTCCT ATTTTAAAAGTGGGGAACAATGGTTAAAGGTCTTAATCATTGTTCCCCACTTT 53 TTerm_0343 MRSA_WT_2 176062 176069 8 176075 176082 8 5 87 0 11 87 12 85 14 0 176071 ATTTAAAG CTTTATAT True AAAAATAAA GGCACATGG True False - ATATAAAG CGCTC CTTTAAAT TTTATTTTT 30 MRSA_WT_00431 intergenic 176061 176081 + down ATTTAAAGGAGCGCTTTATA AGACGCCAAAATAATAAAAAAATAAATTTAAAGGAGCGCTTTATATGGCACATGGCCGTCAACAAGATGA TATAAAGCGCTCCTTTAAA 19 TTerm_0344 MRSA_WT_2 179809 179835 27 179841 179869 29 5 82 6 19 73 26 70 29 0 179837 TATAAAAAATCGGATGACGTGTAATCT AGATTTACACATTCATCCGATTTATAATA True TCAAATCCT ATGAGATAG True False - TATTATAAATCGGATGAATGTGTAAATCT ATGGC AGATTACACGTCATCCGATTTTTTATA AGGATTTGA 46 MRSA_WT_00434 intergenic 179611 180004 + down GCATCCGGAATGATCTTAACGGGATATTATATTAGGTTTAGAGTGTAATCATAAGATTCAACGCACCTTATATTCGTTTTTATTAGCTTTAAGCTATTACCCTGTTTCAAAAACAGACATATAATTTTGGCGCATGCCACTAAAATGATTGATGTTGTATTTTAAATCATAGTGGTTTATGCGCCTTTTTCAAATCCTATAAAAAATCGGATGACGTGTAATCTGCCATAGATTTACACATTCATCCGATTTATAATAATGAGATAGACTAACATTTATTGAGAGCGGGACGGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCAGTCCCAACTTCATAATAGTATATCCATCATCTTTGCTACATAAAATGCTTCAAGTGATATATTTT GTTACTTACTGTCAATGATTTGTAAGCATCCGGAATGATCTTAACGGGATATTATATTAGGTTTAGAGTGTAATCATAAGATTCAACGCACCTTATATTCGTTTTTATTAGCTTTAAGCTATTACCCTGTTTCAAAAACAGACATATAATTTTGGCGCATGCCACTAAAATGATTGATGTTGTATTTTAAATCATAGTGGTTTATGCGCCTTTTTCAAATCCTATAAAAAATCGGATGACGTGTAATCTGCCATAGATTTACACATTCATCCGATTTATAATAATGAGATAGACTAACATTTATTGAGAGCGGGACGGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCAGTCCCAACTTCATAATAGTATATCCATCATCTTTGCTACATAAAATGCTTCAAGTGATATATTTTTATTTCTCAATATTATCTAAAAAAT AAAATATATCACTTGAAGCATTTTATGTAGCAAAGATGATGGATATACTATTATGAAGTTGGGACTGGACGACGAAATAAATTTTGCGAAAATATCATTTCCGTCCCGCTCTCAATAAATGTTAGTCTATCTCATTATTATAAATCGGATGAATGTGTAAATCTATGGCAGATTACACGTCATCCGATTTTTTAT 195 TTerm_0345 MRSA_WT_2 221520 221537 18 221546 221563 18 8 94 0 31 66 33 64 35 0 221541 AAAAAACTGCTTGAAAGG CCTATCAAGCAGTTTTTT True TGTTAGTTA TATGCATTA True True - AAAAAACTGCTTGATAGG CTAAGAAA CCTTTCAAGCAGTTTTTT TAACTAACA 86 MRSA_WT_00473 intergenic 221436 221563 + down TTAACTTTTGTCATGACAATTAAAGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTT ATTTGATGAAACAAAGGAAAAATAATTAACTTTTGTCATGACAATTAAAGTAATGTTTAGAATTTATTAAGAATAGAAAAACAATTAGCACGCGTAAGCTTGTTAGTTAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCC AAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTT 43 TTerm_0346 MRSA_WT_2 225970 225989 20 225996 226015 20 6 80 0 20 72 27 75 25 0 225992 AATATAGACTGTCAATTAAG CTTGATTGGCAGTTTTTATT True CCTTTTAAA GTCTTCTTT True True - AATAAAAACTGCCAATCAAG TGGTTC CTTAATTGACAGTCTATATT TTTAAAAGG 56 MRSA_WT_00476 intergenic 225958 226130 + down TTTCCTTTTAAAATATAGACTGTCAATTAAGGAACCACTTGATTGGCAGTTTTTATTGTCTTCTTTTAAAAAACATCTGAAATACTTAATAGTGATTCACTACTATCATCGTTTATATTGATGTATCATAGGGTATGTAAAATTAATAAAGTAATTATGGAGGCAAGATCTA ATTTGGCATTGGTAAAGGTATTTAATTTCCTTTTAAAATATAGACTGTCAATTAAGGAACCACTTGATTGGCAGTTTTTATTGTCTTCTTTTAAAAAACATCTGAAATACTTAATAGTGATTCACTACTATCATCGTTTATATTGATGTATCATAGGGTATGTAAAATTAATAAAGTAATTATGGAGGCAAGATCTATGGATAAGAAAAAAGTCATCAAATT TAGATCTTGCCTCCATAATTACTTTATTAATTTTACATACCCTATGATACATCAATATAAACGATGATAGTAGTGAATCACTATTAAGTATTTCAGATGTTTTTTAAAAGAAGACAATAAAAACTGCCAATCAAGTGGTTCCTTAATTGACAGTCTATAT 160 TTerm_0347 MRSA_WT_2 230783 230793 11 230798 230808 11 4 81 0 12 86 13 88 11 0 230795 AAAAACATATT AATAAGCTTTT True AGTTACCGA TATTAATTA True True - AAAAGCTTATT GCAA AATATGTTTTT TCGGTAACT 32 MRSA_WT_00484 intergenic 230712 230811 + down ACTAAAAGCTTATTACATCATATGCGAATTTGGTACTGTTCATGATAAAATCACAAAATTACAGTTACCGAAAAACATATTTTGCAATAAGCTTTTTAT AAAACATTCTCATACATTTTTATAAACTAAAAGCTTATTACATCATATGCGAATTTGGTACTGTTCATGATAAAATCACAAAATTACAGTTACCGAAAAACATATTTTGCAATAAGCTTTTTATTAATTAATCAATAAAGCATCTATAA ATAAAAAGCTTATTGCAAAATATGTTTT 28 TTerm_0348 MRSA_WT_3 3687 3696 10 3702 3711 10 5 80 0 10 65 35 62 37 0 3698 TAAAAAGCGA TCGCAGTTTA True GACATCAAT CAATTCGTA True False - TAAACTGCGA ACTGG TCGCTTTTTA ATTGATGTC 52 MRSA_WT_00488 intergenic 3669 4000 + down ATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTATTTTGTATGTTATTCGATTATAAAATATGATGTTTACCTTCAAAATTGCAATAACTTGTCACCTTAAAGTTAACCGACATTTTTCAAGAATCATTATGTAATCAAACTATTTTTTGTAGTTTATTAGATTTTCAATAACTTATTAAACATTATTATAACTAAAATTCTATTAATTTAAACAAAATTTAAAATAAACCATTTAATAAAATGTATTGTTCTGATATGATTAACTCATAAATAATTGGGAGGAAGCAAAA TTCATCATATAGTTACATCCATTAAATTAATCATGACATCAATAAAAAGCGACCAGTTCGCAGTTTACAATTCGTAACACTGCAAAATTGGTCGCTTTATTTTGTATGTTATTCGATTATAAAATATGATGTTTACCTTCAAAATTGCAATAACTTGTCACCTTAAAGTTAACCGACATTTTTCAAGAATCATTATGTAATCAAACTATTTTTTGTAGTTTATTAGATTTTCAATAACTTATTAAACATTATTATAACTAAAATTCTATTAATTTAAACAAAATTTAAAATAAACCATTTAATAAAATGTATTGTTCTGATATGATTAACTCATAAATAATTGGGAGGAAGCAAAATGTCTAAAAAGTTAAAAATTATAAT TTTTGCTTCCTCCCAATTATTTATGAGTTAATCATATCAGAACAATACATTTTATTAAATGGTTTATTTTAAATTTTGTTTAAATTAATAGAATTTTAGTTATAATAATGTTTAATAAGTTATTGAAAATCTAATAAACTACAAAAAATAGTTTGATTACATAATGATTCTTGAAAAATGTCGGTTAACTTTAAGGTGACAAGTTATTGCAATTTTGAAGGTAAACATCATATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTT 313 TTerm_0349 MRSA_WT_3 5537 5550 14 5559 5572 14 8 92 0 23 67 32 69 30 0 5554 ATAAGATTGGAAGG CCTTTCAATCTTAT True ATATAAAAA CATTGGAGG True False - ATAAGATTGAAAGG CAAGATGA CCTTCCAATCTTAT TTTTTATAT 70 MRSA_WT_00489 intergenic 5523 5591 + down CTAAAATATAAAAATAAGATTGGAAGGTCATCTTGCCTTTCAATCTTATCATTGGAGGAGTGGTTAAA AATTTTAAAAAAGGCATCTAAATAACTAAAATATAAAAATAAGATTGGAAGGTCATCTTGCCTTTCAATCTTATCATTGGAGGAGTGGTTAAATGAAAACAATACATTTGTTTCGCAT TTTAACCACTCCTCCAATGATAAGATTGAAAGGCAAGATGACCTTCCAATCTTA 54 TTerm_0350 MRSA_WT_3 8354 8369 16 8378 8393 16 8 93 0 27 53 46 53 46 0 8373 AAAATCCCAAGCTGCG CGCAACTTGGGATTTT True AAAACGAAA CTGTATTAT True True - AAAATCCCAAGTTGCG ATATCATA CGCAGCTTGGGATTTT TTTCGTTTT 86 MRSA_WT_00492 intergenic 8347 8399 + down AACGAAAAAATCCCAAGCTGCGTATGATATCGCAACTTGGGATTTTCTGTAT ACAATGGACTTATACCTATTATTAAAACGAAAAAATCCCAAGCTGCGTATGATATCGCAACTTGGGATTTTCTGTATTATCTACTTTGCAAGTATGACATTG ATACAGAAAATCCCAAGTTGCGATATCATACGCAGCTTGGGATTT 45 TTerm_0351 MRSA_WT_3 18141 18146 6 18154 18159 6 7 100 0 12 100 0 100 0 0 18149 TTATAA TTATAA True TAAAATACT TTTATCTCC True False - TTATAA AGGTATA TTATAA AGTATTTTA 24 MRSA_WT_00501 intergenic 17659 18154 + down ATATAATGCCACTAACTGTACTTTATATCTATGTTTGACTGTTACTTTAATTTCTTTGTGACACTAATCATCTACTTAACAATATCGTTATCGTTGATTAGTAGGTCATCAATTTTGGTTAAAGACTTTTATAAACACTCAAACATTAACACTATACATACTTAGTTAGTGGCATTATTTTTTTCTTAAAATTTTAACATCACGGGATTGGAACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTATGTCCCTCCCCAACTTGCACATTATTGTAAGCTGACTTTCCGCCAGCTTCTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCATTGCCTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTCTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCACATTATTGTAAGCTGACTTTCCGCCAGCTTTTGCGTTGGGGGCCCGCCAATACAACACTTTAGGTCCTACTATATTAATTTATGTCTCGGGCTCTAACTCTAAAATACTTATAATATACCTT TTTTGTCGCTAAAAAAGAGCACTAAATATAATGCCACTAACTGTACTTTATATCTATGTTTGACTGTTACTTTAATTTCTTTGTGACACTAATCATCTACTTAACAATATCGTTATCGTTGATTAGTAGGTCATCAATTTTGGTTAAAGACTTTTATAAACACTCAAACATTAACACTATACATACTTAGTTAGTGGCATTATTTTTTTCTTAAAATTTTAACATCACGGGATTGGAACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTATGTCCCTCCCCAACTTGCACATTATTGTAAGCTGACTTTCCGCCAGCTTCTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCATTGCCTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTCTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCACATTATTGTAAGCTGACTTTCCGCCAGCTTTTGCGTTGGGGGCCCGCCAATACAACACTTTAGGTCCTACTATATTAATTTATGTCTCGGGCTCTAACTCTAAAATACTTATAATATACCTTTATAATTTATCTCCATTTGATGCTA AAGGTATATTATA 13 TTerm_0352 MRSA_WT_3 21322 21344 23 21352 21373 22 7 78 4 14 77 22 83 16 0 21347 AAAAACAGTGAGAAGTACATTTT AAAATTACTTTATACTGTTCTT True ATTTCTTTA TATGTTTAC True False - AAGAACAGTATAAAGTAATTTT CTGATTA AAAATGTACTTCTCACTGTTTTT TAAAGAAAT 28 MRSA_WT_00504 intergenic 21250 21476 + down TACATACATCAAAACGTCTATATTCCAGTTATAAACCGGAGTATAGACGTTTTATAAGACATAATTTCTTTAAAAACAGTGAGAAGTACATTTTTAATCAGAAAATTACTTTATACTGTTCTTTATGTTTACATGATCTAAGAACTTATAGTTTGAATCCTATTGTATAATATCTCTTCCCCTCAAACGTTAAAACACACTAAAATCACTCGGTAATATGATGATC GTTTTATATTCCTAGTAAAAAGTAATACATACATCAAAACGTCTATATTCCAGTTATAAACCGGAGTATAGACGTTTTATAAGACATAATTTCTTTAAAAACAGTGAGAAGTACATTTTTAATCAGAAAATTACTTTATACTGTTCTTTATGTTTACATGATCTAAGAACTTATAGTTTGAATCCTATTGTATAATATCTCTTCCCCTCAAACGTTAAAACACACTAAAATCACTCGGTAATATGATGATCTATACTCTGTATTTTGGTTTTAAGT GATCATCATATTACCGAGTGATTTTAGTGTGTTTTAACGTTTGAGGGGAAGAGATATTATACAATAGGATTCAAACTATAAGTTCTTAGATCATGTAAACATAAAGAACAGTATAAAGTAATTTTCTGATTAAAAATGTACTTCTCACTGTTTT 154 TTerm_0353 MRSA_WT_3 49972 49987 16 49994 50009 16 6 81 0 17 53 46 53 46 0 49990 AGGGCTACTCGACACA TGTATCAAATAGCCCT True TTAAAAATA TTATACAAT True False - AGGGCTATTTGATACA ACTATA TGTGTCGAGTAGCCCT TATTTTTAA 50 MRSA_WT_00527 intergenic 49750 50071 + down GACTAACCGAAATATCAACAGAACTAATGGCAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCCGCAAATCGCCTCTGCTAGACAATCATCTTAATGCTATGATTAACGCTTAAGTGCCAGATTTGAATTTAATTTCAACAACGACTTTCACTACATTAAAAATAGGGCTACTCGACACATATAGTTGTATCAAATAGCCCTTTATACAATTTTTTGGGGTAAGGTTTTACAATTTTTGGAATGGTATAGATTTTATAAAAAGT AATTGAAGAATTGCTCGGGGATTAAGACTAACCGAAATATCAACAGAACTAATGGCAACGATGTACGAAGTAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGTGAGCCCGCAAATCGCCTCTGCTAGACAATCATCTTAATGCTATGATTAACGCTTAAGTGCCAGATTTGAATTTAATTTCAACAACGACTTTCACTACATTAAAAATAGGGCTACTCGACACATATAGTTGTATCAAATAGCCCTTTATACAATTTTTTGGGGTAAGGTTTTACAATTTTTGGAATGGTATAGATTTTATAAAAAGTTATTTAAGTTCTTCTGATTCAGCCA ACTTTTTATAAAATCTATACCATTCCAAAAATTGTAAAACCTTACCCCAAAAAATTGTATAAAGGGCTATTTGATACAACTATATGTGTCGAGTAGCCC 99 TTerm_0354 MRSA_WT_3 52951 52965 15 52974 52988 15 8 93 0 25 63 36 64 35 0 52969 AAAAACAGCTATGAC GTCATGGCTGTTTTT True ATATATACA TAATTGGGA True True - AAAAACAGCCATGAC AAAGTAAA GTCATAGCTGTTTTT TGTATATAT 74 MRSA_WT_00530 intergenic 52941 53098 + down CATATATACAAAAACAGCTATGACTTTACTTTGTCATGGCTGTTTTTTAATTGGGAGTGGGACAGTAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCACAACATGCATTGATGTATGCTCACTGAATTTCATAAGAAAGGAGTTCACAAGA TTTAACTAAACGTAAAAATAAATAACATATATACAAAAACAGCTATGACTTTACTTTGTCATGGCTGTTTTTTAATTGGGAGTGGGACAGTAATGATATTTTCGCAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCACAACATGCATTGATGTATGCTCACTGAATTTCATAAGAAAGGAGTTCACAAGATGACCGTAGATATTGGACGGATTTA TCTTGTGAACTCCTTTCTTATGAAATTCAGTGAGCATACATCAATGCATGTTGTGGTGGGACGACGAAATAAATTTTGCGAAAATATCATTACTGTCCCACTCCCAATTAAAAAACAGCCATGACAAAGTAAAGTCATAGCTGTTTT 147 TTerm_0355 MRSA_WT_3 78231 78253 23 78258 78280 23 4 91 0 36 63 36 61 38 0 78255 AAAAAGCGGACTGATAGAGAAGT ACTTTTCTTTCAGTCCGCTTTTT True GTTCTATGA AGAGAGTTT True True - AAAAAGCGGACTGAAAGAAAAGT GAAA ACTTCTCTATCAGTCCGCTTTTT TCATAGAAC 80 MRSA_WT_00547 intergenic 78185 78544 + down ATTAGCAAATAACTAATGATTATGGCGCCTACATTTTGTTCTATGAAAAAGCGGACTGATAGAGAAGTTTTCACTTTTCTTTCAGTCCGCTTTTTAGAGAGTTTAAATATAAAACAATACTCCCTACAATATCGACACCGCTATATGTCTTTATTGTAAGGAGTAAATTCATTGAGTCACCCTAAGTCGGGCAAATAAGGATACTTCATAACAGGGAATTATGATCTGCCCCGAGACATAGAGATGATATATTTGCAAGGGTAGAAGCAGTATCTTTCATCTCTTCACGCACATGCCGTCGGGGCAGGATTGCCAACTATATTGCAATAGATTGGCGATACTTTTAATCCGATTGATAT TGATTATTGTAAGCAAGCTAAATAGATTAGCAAATAACTAATGATTATGGCGCCTACATTTTGTTCTATGAAAAAGCGGACTGATAGAGAAGTTTTCACTTTTCTTTCAGTCCGCTTTTTAGAGAGTTTAAATATAAAACAATACTCCCTACAATATCGACACCGCTATATGTCTTTATTGTAAGGAGTAAATTCATTGAGTCACCCTAAGTCGGGCAAATAAGGATACTTCATAACAGGGAATTATGATCTGCCCCGAGACATAGAGATGATATATTTGCAAGGGTAGAAGCAGTATCTTTCATCTCTTCACGCACATGCCGTCGGGGCAGGATTGCCAACTATATTGCAATAGATTGGCGATACTTTTAATCCGATTGATATTAGATTTTTAAACTTCTAATTTTCT ATATCAATCGGATTAAAAGTATCGCCAATCTATTGCAATATAGTTGGCAATCCTGCCCCGACGGCATGTGCGTGAAGAGATGAAAGATACTGCTTCTACCCTTGCAAATATATCATCTCTATGTCTCGGGGCAGATCATAATTCCCTGTTATGAAGTATCCTTATTTGCCCGACTTAGGGTGACTCAATGAATTTACTCCTTACAATAAAGACATATAGCGGTGTCGATATTGTAGGGAGTATTGTTTTATATTTAAACTCTCTAAAAAGCGGACTGAAAGAAAAGTGAAAACTTCTCTATCAGTCCGCTTTT 313 TTerm_0356 MRSA_WT_3 78303 78322 20 78331 78350 20 8 85 0 25 65 35 64 35 0 78326 TACTCCCTACAATATCGACA TGTCTTTATTGTAAGGAGTA True TAAAACAAT AATTCATTG True False - TACTCCTTACAATAAAGACA TATAGCGG TGTCGATATTGTAGGGAGTA ATTGTTTTA 66 MRSA_WT_00547 intergenic 78185 78544 + down ATTAGCAAATAACTAATGATTATGGCGCCTACATTTTGTTCTATGAAAAAGCGGACTGATAGAGAAGTTTTCACTTTTCTTTCAGTCCGCTTTTTAGAGAGTTTAAATATAAAACAATACTCCCTACAATATCGACACCGCTATATGTCTTTATTGTAAGGAGTAAATTCATTGAGTCACCCTAAGTCGGGCAAATAAGGATACTTCATAACAGGGAATTATGATCTGCCCCGAGACATAGAGATGATATATTTGCAAGGGTAGAAGCAGTATCTTTCATCTCTTCACGCACATGCCGTCGGGGCAGGATTGCCAACTATATTGCAATAGATTGGCGATACTTTTAATCCGATTGATAT TGATTATTGTAAGCAAGCTAAATAGATTAGCAAATAACTAATGATTATGGCGCCTACATTTTGTTCTATGAAAAAGCGGACTGATAGAGAAGTTTTCACTTTTCTTTCAGTCCGCTTTTTAGAGAGTTTAAATATAAAACAATACTCCCTACAATATCGACACCGCTATATGTCTTTATTGTAAGGAGTAAATTCATTGAGTCACCCTAAGTCGGGCAAATAAGGATACTTCATAACAGGGAATTATGATCTGCCCCGAGACATAGAGATGATATATTTGCAAGGGTAGAAGCAGTATCTTTCATCTCTTCACGCACATGCCGTCGGGGCAGGATTGCCAACTATATTGCAATAGATTGGCGATACTTTTAATCCGATTGATATTAGATTTTTAAACTTCTAATTTTCT ATATCAATCGGATTAAAAGTATCGCCAATCTATTGCAATATAGTTGGCAATCCTGCCCCGACGGCATGTGCGTGAAGAGATGAAAGATACTGCTTCTACCCTTGCAAATATATCATCTCTATGTCTCGGGGCAGATCATAATTCCCTGTTATGAAGTATCCTTATTTGCCCGACTTAGGGTGACTCAATGAATTTACTCCTTACAATAAAGACATATAGCGGTGTCGATATTGTAGGGAGT 241 TTerm_0357 MRSA_WT_3 90655 90673 19 90680 90698 19 6 78 0 18 94 5 100 0 0 90676 TTTTTAAAATATATTATTA TAATTAAGTATTTTAAGAA True TGTAAATAT AAGGTGTGA True True - TTCTTAAAATACTTAATTA ACACTA TAATAATATATTTTAAAAA ATATTTACA 36 MRSA_WT_00559 intergenic 90522 90712 + down ATTTTTAATTACACTGTGTGACTCCTCAAACGTCACACAGTTTTTAATTGTATGCATTTCCTACTTTTTTATAAATACCTATTATTTCCACACATTTAAAGTTTGATATTCACTTTAATACTGATGTAAATATTTTTAAAATATATTATTATAGTGTTAATTAAGTATTTTAAGAAAAGGTGTGAATGTA TGAAAAATTAGCAACAACTTTTTAAATTTTTAATTACACTGTGTGACTCCTCAAACGTCACACAGTTTTTAATTGTATGCATTTCCTACTTTTTTATAAATACCTATTATTTCCACACATTTAAAGTTTGATATTCACTTTAATACTGATGTAAATATTTTTAAAATATATTATTATAGTGTTAATTAAGTATTTTAAGAAAAGGTGTGAATGTATGAAAGCACATAAAATTTTCTGGTT TACATTCACACCTTTTCTTAAAATACTTAATTAACACTATAATAATATATTTTAAAA 57 TTerm_0358 MRSA_WT_3 123053 123058 6 123066 123071 6 7 100 0 12 83 16 83 16 0 123061 TACTAT ATAGTA True TCACAAAAT AATAGAGAG True False - TACTAT CCTCATT ATAGTA ATTTTGTGA 32 MRSA_WT_00582 intergenic 122839 123092 + down CCATGAAATTAAGGACTAACAAGTTTTGACACGCGATGATTCCAGTTCGTTTATCCATTGCGCTGAAACATTTATTTACCGTTCATCTCGTCAATAATTCCGAATACAGTATGATACAATATGAGATGTAAAAAACTAATAACCTTTTACAAATTTGTTTATCAAAATATTTTAAGTTTTGCAAAGCTTTTCATTGTGATTATTTTCACAAAATACTATAATGAGGATAGTAAATAGAGAGGAGTCCTTAAGT TGGCACAACAATCCTTAATTCATAACCATGAAATTAAGGACTAACAAGTTTTGACACGCGATGATTCCAGTTCGTTTATCCATTGCGCTGAAACATTTATTTACCGTTCATCTCGTCAATAATTCCGAATACAGTATGATACAATATGAGATGTAAAAAACTAATAACCTTTTACAAATTTGTTTATCAAAATATTTTAAGTTTTGCAAAGCTTTTCATTGTGATTATTTTCACAAAATACTATAATGAGGATAGTAAATAGAGAGGAGTCCTTAAGTTGACGAAACGACAAATGGGTATATT ACTTAAGGACTCCTCTCTATTTACTATCCTCATTATAGT 39 TTerm_0359 MRSA_WT_4 19744 19758 15 19768 19782 15 9 100 0 30 53 46 53 46 0 19762 AAAAAAGCTCGGCAC GTGCCGAGCTTTTTT True AAAATCACA ATCGAATAA True True - AAAAAAGCTCGGCAC ACCATTTTA GTGCCGAGCTTTTTT TGTGATTTT 100 MRSA_WT_00634 intergenic 19632 19793 + down GGTTATAGAATTTTATTAATCGTGAGCTCAAGGATTACATTAACTTATTAAATACAATCTAAACAAATGAGAGAAAGATACATTTCTCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAAGCTCGGCACTAAAATGGTGTGCCGAGCTTTTTTATCGAATAACT CCCTTTGTATCGAGAAAATAATTAAGGTTATAGAATTTTATTAATCGTGAGCTCAAGGATTACATTAACTTATTAAATACAATCTAAACAAATGAGAGAAAGATACATTTCTCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAAGCTCGGCACTAAAATGGTGTGCCGAGCTTTTTTATCGAATAACTTATTGTAAACCTTGTCTTTCTTGGT AGTTATTCGATAAAAAAGCTCGGCACACCATTTTAGTGCCGAGCTTTTT 49 TTerm_0360 MRSA_WT_4 35342 35354 13 35363 35375 13 8 92 0 21 57 42 58 41 0 35358 AAAAGCATTTCCC GGGAGATGCTTTT True AGTAGGTAA AATTTTGGA True True - AAAAGCATCTCCC TGTTACTC GGGAAATGCTTTT TTACCTACT 74 MRSA_WT_00650 intergenic 35331 35622 + down TCAGTAGGTAAAAAGCATTTCCCGAGTAACAGGGAGATGCTTTTAATTTTGGAGTTGCGTTTTTGGAATTTGGAGTTTCGTTTTTGGAATTCGACGTTTGAAGTTCCAAATTAAAATGAGTGGAAAATTTTAATTATTGCGTGTTTAATGACTTGGTTTTATAACGATTTTCATTTGATGAATTGTTTTTTGTTTGATGTTGGGATGTTACTTTTAATGGTTTGTCATTTGTTAGATTAAAAAATAAACATAAAACAAGTAAAAAAATAATAGCTGCGAATATTAAAAAAT TGTAAAATCATTAATAACAGGGTAATCAGTAGGTAAAAAGCATTTCCCGAGTAACAGGGAGATGCTTTTAATTTTGGAGTTGCGTTTTTGGAATTTGGAGTTTCGTTTTTGGAATTCGACGTTTGAAGTTCCAAATTAAAATGAGTGGAAAATTTTAATTATTGCGTGTTTAATGACTTGGTTTTATAACGATTTTCATTTGATGAATTGTTTTTTGTTTGATGTTGGGATGTTACTTTTAATGGTTTGTCATTTGTTAGATTAAAAAATAAACATAAAACAAGTAAAAAAATAATAGCTGCGAATATTAAAAAATTAGATATCTTCGTTATCAAATTCTG ATTTTTTAATATTCGCAGCTATTATTTTTTTACTTGTTTTATGTTTATTTTTTAATCTAACAAATGACAAACCATTAAAAGTAACATCCCAACATCAAACAAAAAACAATTCATCAAATGAAAATCGTTATAAAACCAAGTCATTAAACACGCAATAATTAAAATTTTCCACTCATTTTAATTTGGAACTTCAAACGTCGAATTCCAAAAACGAAACTCCAAATTCCAAAAACGCAACTCCAAAATTAAAAGCATCTCCCTGTTACTCGGGAAATGCTTT 280 TTerm_0361 MRSA_WT_4 41012 41028 17 41036 41052 17 7 94 0 29 67 32 68 31 0 41031 AAAATCTCGGCACTATA TATAGTGTCGAGATTTT True TAAGCAAGA ATAAATATC True True - AAAATCTCGACACTATA AAAATGG TATAGTGCCGAGATTTT TCTTGCTTA 66 MRSA_WT_00655 intergenic 41006 41066 + down GCAAGAAAATCTCGGCACTATACCATTTTTATAGTGTCGAGATTTTATAAATATCGCCAT CGTACGCTTTGAATTAACTAAATAAGCAAGAAAATCTCGGCACTATACCATTTTTATAGTGTCGAGATTTTATAAATATCGCCATCATTCACCTTGTAATCCGCAGACCA ATGGCGATATTTATAAAATCTCGACACTATAAAAATGGTATAGTGCCGAGATTT 54 TTerm_0362 MRSA_WT_4 44595 44600 6 44610 44615 6 9 100 0 12 66 33 66 33 0 44604 ATAGAG CTCTAT True AAAAGCCAA ATCTTCAAT True False - ATAGAG GGCTTTGAT CTCTAT TTGGCTTTT 40 MRSA_WT_00658 intergenic 44598 44831 + down AGATCAAAGCCCTCTATATCTTCAATAGTATCAATATTAAATGTTTATTTAATTTACAAAGTATTCAAATATATTGATTAAACTATGAATCGTCTACACTTAGTTAGACAAATCAACTTACAAATAAATTTTTTAAAACTAAAGTGTAGTCGATTCACCATATTATCTAATCATTCCTCAAATTTTAAATATTAATATTTGCACTTAAAAAGTATACATATCACTCAACCAAT ATTAATCGATGAAAAAAGCCAATAGAGATCAAAGCCCTCTATATCTTCAATAGTATCAATATTAAATGTTTATTTAATTTACAAAGTATTCAAATATATTGATTAAACTATGAATCGTCTACACTTAGTTAGACAAATCAACTTACAAATAAATTTTTTAAAACTAAAGTGTAGTCGATTCACCATATTATCTAATCATTCCTCAAATTTTAAATATTAATATTTGCACTTAAAAAGTATACATATCACTCAACCAATCAATAATCATACTTACCTTCAACAA ATTGGTTGAGTGATATGTATACTTTTTAAGTGCAAATATTAATATTTAAAATTTGAGGAATGATTAGATAATATGGTGAATCGACTACACTTTAGTTTTAAAAAATTTATTTGTAAGTTGATTTGTCTAACTAAGTGTAGACGATTCATAGTTTAATCAATATATTTGAATACTTTGTAAATTAAATAAACATTTAATATTGATACTATTGAAGATATAGAGGGCTTTGATCTCTA 236 TTerm_0363 MRSA_WT_4 79118 79137 20 79144 79163 20 6 75 0 15 82 17 86 13 0 79140 TAATAAACAAAACATGCAAT ATTGCAATCTTATTTTATTA True ATTCTAAGT TCGGATTAC True True - TAATAAAATAAGATTGCAAT TATGTT ATTGCATGTTTTGTTTATTA ACTTAGAAT 46 MRSA_WT_00705 intergenic 79116 79303 + down GTAATAAACAAAACATGCAATAACATAATTGCAATCTTATTTTATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATACCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATC CATCTTAACCATCGTATTATTCTAAGTAATAAACAAAACATGCAATAACATAATTGCAATCTTATTTTATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATACCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTA GATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGGTATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAATAAAACAATACTGGCATTCAACATGTAATCCGATAATAAAATAAGATTGCAATTATGTTATTGCATGTTTTGTTTATT 185 TTerm_0364 MRSA_WT_4 79250 79269 20 79276 79295 20 6 90 0 30 65 35 66 33 0 79272 AAAAGCCATAAAAGTAGTCA TGACCGCTTTTATGGCTTTT True AAATTTTAA ATATTATCT True True - AAAAGCCATAAAAGCGGTCA TGGTAT TGACTACTTTTATGGCTTTT TTAAAATTT 92 MRSA_WT_00705 intergenic 79116 79303 + down GTAATAAACAAAACATGCAATAACATAATTGCAATCTTATTTTATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATACCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATC CATCTTAACCATCGTATTATTCTAAGTAATAAACAAAACATGCAATAACATAATTGCAATCTTATTTTATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATACCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTA GATAATATAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGGTATTGACTACTTTTATGGCTTT 53 TTerm_0365 MRSA_WT_4 97694 97715 22 97721 97742 22 5 86 0 29 65 34 68 31 0 97717 TAAAAAGCAGTAAGTCGATTTC GAAACCAGCTTACTGCTTTTTA True TCACAACTT TATTTTTCA True True - TAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTC GAGTA GAAATCGACTTACTGCTTTTTA AAGTTGTGA 82 MRSA_WT_00725 intergenic 97605 97782 + down CATATTTATTATAGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAACCTTAAAACAACATTGTTTAATATACTTATCACAACTTAAAAAGCAGTAAGTCGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTATATTTTTCATTTATTCTAATACAAACCTACCATCAATCGT ACGTATCATTGATTCTGAACAATAACATATTTATTATAGTGTGTCATAATGAACGATATTCTACATGAATCAACAACCTTAAAACAACATTGTTTAATATACTTATCACAACTTAAAAAGCAGTAAGTCGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTATATTTTTCATTTATTCTAATACAAACCTACCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTAATA ACGATTGATGGTAGGTTTGTATTAGAATAAATGAAAAATATAAAAAGCAGTAAGCTGGTTTCGAGTAGAAATCGACTTACTGCTTTTT 88 TTerm_0366 MRSA_WT_4 115153 115158 6 115164 115169 6 5 100 0 12 83 16 83 16 0 115160 ACATAT ATATGT True GCTACAAAA ATAGAGGAT True False - ACATAT ACTGA ATATGT TTTTGTAGC 32 MRSA_WT_00743 intergenic 114838 115272 + down TTAGTGATGACTAAGTTTTACGCCAACAAGGTTTCAAGAGCCTTGTTGGCTTTTTTAATTTCTATGAAAAAAATCGAATTGGTAAAAATCTCAAAATTTCGATTTTCACCAATCCGATTCACTCTGTAATAAAGAATAAACAACATACAGCCATTGACACACCCAAATTTAGGCACGTCAAATCGGCTATACATTGATAAATTTTTAGTTAAAGTACTTACAAATATACTTGCCTTCAAATTCTCAATTAATTTAGTCATTACAAATCATGACATAAAACTTACATTACATATATCAACATGTTCCGCTACAAAACATATTCAGTATATGTATAGAGGATATTTATTCTAAGTTAAAACCTTTTCAAATTATAACCGCTACAATTATAAATGATTAAAGTGTTTCAACATATTATATATATTCCACGCTCACAT TGCTGGTTATAACTTCATTCACTAATTAGTGATGACTAAGTTTTACGCCAACAAGGTTTCAAGAGCCTTGTTGGCTTTTTTAATTTCTATGAAAAAAATCGAATTGGTAAAAATCTCAAAATTTCGATTTTCACCAATCCGATTCACTCTGTAATAAAGAATAAACAACATACAGCCATTGACACACCCAAATTTAGGCACGTCAAATCGGCTATACATTGATAAATTTTTAGTTAAAGTACTTACAAATATACTTGCCTTCAAATTCTCAATTAATTTAGTCATTACAAATCATGACATAAAACTTACATTACATATATCAACATGTTCCGCTACAAAACATATTCAGTATATGTATAGAGGATATTTATTCTAAGTTAAAACCTTTTCAAATTATAACCGCTACAATTATAAATGATTAAAGTGTTTCAACATATTATATATATTCCACGCTCACATTAAGTTAAACGTGAATTCGATGACT ATGTGAGCGTGGAATATATATAATATGTTGAAACACTTTAATCATTTATAATTGTAGCGGTTATAATTTGAAAAGGTTTTAACTTAGAATAAATATCCTCTATACATATACTGAATATG 119 TTerm_0367 MRSA_WT_4 120609 120624 16 120634 120649 16 9 93 0 27 53 46 53 46 0 120628 AACCCCCATATGTTGA TCAACATACGGGGGTT True AAAACAAGA TTCATATTG True True - AACCCCCGTATGTTGA AATGAGAGC TCAACATATGGGGGTT TCTTGTTTT 70 MRSA_WT_00748 intergenic 120572 120664 + down TAATTGAATTTATTATAATGACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCATTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTAT GAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATGACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCATTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTCTCTTTCGATTTATATAAGA ATACAACAATATGAAAACCCCCGTATGTTGAAATGAGAGCTCAACATATGGGGGT 55 TTerm_0368 MRSA_WT_5 53719 53734 16 53741 53756 16 6 100 0 32 75 25 75 25 0 53737 AAAAATTCCAAGCTTA TAAGCTTGGAATTTTT True AATTAATAA CGTTTATCT True True - AAAAATTCCAAGCTTA AACCGA TAAGCTTGGAATTTTT TTATTAATT 80 MRSA_WT_00831 intergenic 53692 54242 + down TACATTGGTACGTTTATAAATTAATAAAAAATTCCAAGCTTATCGGTTTAAGCTTGGAATTTTTCGTTTATCTTCAGTATATTCCCGTATACATAAGACGTGATTTGGTAAATAGTTGAAATCTGTATGTTTAAACTTATATATATATGTGCTAATGTATTATCAATAACAAAGTACACTTTGCTCATAGCAAAGTGTACCCGAGTAGTCTTCCTTGGGAGAACTTTAACTACTATCACTACATATAAACGTTAACCTCAATAGAAATTATACAGTCGCTACTCTATACAATTTTTGTAATGGTTAACTAATATTATTTTAACCTATTTGAAATATTTGAAACATATTTTTGTCGAATTTTTTTCAATAATTTTTCCTTTTTATACTTCAAGAGAATTTTAACTACTAAAAATTCCGATGATTATTATTACAATAGTATCAAATATTAGTTTTTTAAAATCAATAACAACTTATCAAAAAGCTCATGTGGTTATTTTATAGTGTATAAACTATAATGAGTATTAAATTCTTATAAACAATGGTGATGAAA TTTCATCACCATTGTTTATAAGAATTTAATACTCATTATAGTTTATACACTATAAAATAACCACATGAGCTTTTTGATAAGTTGTTATTGATTTTAAAAAACTAATATTTGATACTATTGTAATAATAATCATCGGAATTTTTAGTAGTTAAAATTCTCTTGAAGTATAAAAAGGAAAAATTATTGAAAAAAATTCGACAAAAATATGTTTCAAATATTTCAAATAGGTTAAAATAATATTAGTTAACCATTACAAAAATTGTATAGAGTAGCGACTGTATAATTTCTATTGAGGTTAACGTTTATATGTAGTGATAGTAGTTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCAAATCACGTCTTATGTATACGGGAATATACTGAAGATAAACGAAAAATTCCAAGCTTAAACCGATAAGCTTGGAATTTT 523 TTerm_0369 MRSA_WT_5 71432 71440 9 71449 71457 9 8 88 0 13 100 0 100 0 0 71444 TAATTAAAT ATATAATTA True AAAAGAAGT TAAAAAATA True False - TAATTATAT CACATAAT ATTTAATTA ACTTCTTTT 26 MRSA_WT_00851 intergenic 71204 71486 + down TATCATATGATTAATTCAAACGCGTAACAGTAGTTGCGCGTTTTTATTATACCTTCTAGAGTTGTATATCTCTTTTATAAATCTTCTCATTTGATGTGCCTGAGTCATAAATCAATTTCCTAAACTCTACAATGATATATTGGTCGTAGTTGACTGAATAACTACTACCATTATAAATATCAAAACTTGTTGTTTTATAAATAAACACATCTTCCAGTTAAAAGAAGTAATTAAATATTATGTGATATAATTATAAAAAATAGATATAAGTGGTGTTGTAAA CGCTAAATTAAAGTATCGCAAATAATATCATATGATTAATTCAAACGCGTAACAGTAGTTGCGCGTTTTTATTATACCTTCTAGAGTTGTATATCTCTTTTATAAATCTTCTCATTTGATGTGCCTGAGTCATAAATCAATTTCCTAAACTCTACAATGATATATTGGTCGTAGTTGACTGAATAACTACTACCATTATAAATATCAAAACTTGTTGTTTTATAAATAAACACATCTTCCAGTTAAAAGAAGTAATTAAATATTATGTGATATAATTATAAAAAATAGATATAAGTGGTGTTGTAAATGAATTATTTTGTAGGTAATAGTTT TTTACAACACCACTTATATCTATTTTTTATAATTATATCACATAATATTTAATT 54 TTerm_0370 MRSA_WT_5 89760 89772 13 89778 89790 13 5 76 0 11 76 23 80 20 0 89774 GACTAAAGACATA TATGTTTATATTC True CGATAAAAG AATGTATAT True False - GAATATAAACATA TACGC TATGTCTTTAGTC CTTTTATCG 30 MRSA_WT_00862 intergenic 89757 89873 + down AAGACTAAAGACATAGCGTATATGTTTATATTCAATGTATATTCCATAGATATCATCGATTACATTATCAATTCTATCGAATACATTAATTCACATATACACTATGTCTTTCTTTT ATATCGACAAGTAGATACACGATAAAAGACTAAAGACATAGCGTATATGTTTATATTCAATGTATATTCCATAGATATCATCGATTACATTATCAATTCTATCGAATACATTAATTCACATATACACTATGTCTTTCTTTTTAATTTAAAGCTTCTAAAATATCTG AAAAGAAAGACATAGTGTATATGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAATGTAATCGATGATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGT 113 TTerm_0371 MRSA_WT_5 98864 98869 6 98879 98884 6 9 100 0 12 100 0 100 0 0 98873 AATTAA TTAATT True TTAAAACAA GAAAGATAT True False - AATTAA TTTAAATGC TTAATT TTGTTTTAA 24 MRSA_WT_00869 intergenic 98869 99151 + down GCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTTACAATGTCCAAGACTCAACAATTTTATTTAAACAGTATTATCAGTTATAAGTTTTATTAGTCAGTCTTTCATCAATTATTGTTCTTCTAAATCGAATAGCCATTACAAAATTTACACATTAAAAAAAGACCCCTCGATTGAGGGATCTTCTTTTTATATAAAATCTAAGAAATTAGAAAT AGAGCAAGTATTTAAAACAAATTAAGCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTTACAATGTCCAAGACTCAACAATTTTATTTAAACAGTATTATCAGTTATAAGTTTTATTAGTCAGTCTTTCATCAATTATTGTTCTTCTAAATCGAATAGCCATTACAAAATTTACACATTAAAAAAAGACCCCTCGATTGAGGGATCTTCTTTTTATATAAAATCTAAGAAATTAGAAATTATTTAATGATTTCAGTAACAACGC ATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTTTTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATAACTGATAATACTGTTTAAATAAAATTGTTGAGTCTTGGACATTGTAAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCTACTTTGAAGGGAGCATTTCATTAGTTTATGTCTCAGATTCATATCTTTCAATTAATTTAAATGCTTAAT 287 TTerm_0372 MRSA_WT_5 99089 99106 18 99111 99128 18 4 83 0 21 66 33 66 33 0 99108 ATTAAAAAAAGACCCCTC GAGGGATCTTCTTTTTAT True ATTTACACA ATAAAATCT True True - ATAAAAAGAAGATCCCTC AATC GAGGGGTCTTTTTTTAAT TGTGTAAAT 74 MRSA_WT_00869 intergenic 98869 99151 + down GCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTTACAATGTCCAAGACTCAACAATTTTATTTAAACAGTATTATCAGTTATAAGTTTTATTAGTCAGTCTTTCATCAATTATTGTTCTTCTAAATCGAATAGCCATTACAAAATTTACACATTAAAAAAAGACCCCTCGATTGAGGGATCTTCTTTTTATATAAAATCTAAGAAATTAGAAAT AGAGCAAGTATTTAAAACAAATTAAGCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTTACAATGTCCAAGACTCAACAATTTTATTTAAACAGTATTATCAGTTATAAGTTTTATTAGTCAGTCTTTCATCAATTATTGTTCTTCTAAATCGAATAGCCATTACAAAATTTACACATTAAAAAAAGACCCCTCGATTGAGGGATCTTCTTTTTATATAAAATCTAAGAAATTAGAAATTATTTAATGATTTCAGTAACAACGC ATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTTTTTTTAA 62 TTerm_0373 MRSA_WT_5 99125 99139 15 99144 99158 15 4 80 0 15 93 6 91 8 0 99141 TTATATAAAATCTAA TTAGAAATTATTTAA True TCTTCTTTT TGATTTCAG True False - TTAAATAATTTCTAA TTTC TTAGATTTTATATAA AAAAGAAGA 38 MRSA_WT_00869 intergenic 98869 99151 + down GCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTTACAATGTCCAAGACTCAACAATTTTATTTAAACAGTATTATCAGTTATAAGTTTTATTAGTCAGTCTTTCATCAATTATTGTTCTTCTAAATCGAATAGCCATTACAAAATTTACACATTAAAAAAAGACCCCTCGATTGAGGGATCTTCTTTTTATATAAAATCTAAGAAATTAGAAAT AGAGCAAGTATTTAAAACAAATTAAGCATTTAAATTAATTGAAAGATATGAATCTGAGACATAAACTAATGAAATGCTCCCTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAACTTTGAAGGGAGCATTTTACAATGTCCAAGACTCAACAATTTTATTTAAACAGTATTATCAGTTATAAGTTTTATTAGTCAGTCTTTCATCAATTATTGTTCTTCTAAATCGAATAGCCATTACAAAATTTACACATTAAAAAAAGACCCCTCGATTGAGGGATCTTCTTTTTATATAAAATCTAAGAAATTAGAAATTATTTAATGATTTCAGTAACAACGC ATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATA 26 TTerm_0374 MRSA_WT_5 131990 131999 10 132006 132015 10 6 90 0 15 55 45 55 44 0 132002 CTCCTCCAAA TTTGAAGGAG True AAAAACAAC ATATTGTCT True False - CTCCTTCAAA CTTAGC TTTGGAGGAG GTTGTTTTT 38 MRSA_WT_00897 intergenic 131868 132076 + down CAAATACATCAACATCGAATTAACCCCTTCAAAATTTTGACTATTCTCAGTGTCTTTGAAGGGGTTTTTTCTTATGTATATCTTTATTTTTTATCATTTTTAATTTTGACATAAAAAACAACTCCTCCAAAGCTAAGTTTGAAGGAGATATTGTCTTCTCAACAAATCTATAAATATCAATAATTCGTTGATTTAGCATACATTAAGC TGCAATCGCTGGATTCTTTATTTAACAAATACATCAACATCGAATTAACCCCTTCAAAATTTTGACTATTCTCAGTGTCTTTGAAGGGGTTTTTTCTTATGTATATCTTTATTTTTTATCATTTTTAATTTTGACATAAAAAACAACTCCTCCAAAGCTAAGTTTGAAGGAGATATTGTCTTCTCAACAAATCTATAAATATCAATAATTCGTTGATTTAGCATACATTAAGCTATGCTTTTTTTACAATATGATTAA GCTTAATGTATGCTAAATCAACGAATTATTGATATTTATAGATTTGTTGAGAAGACAATATCTCCTTCAAACTTAGCTTTGGAGGA 86 TTerm_0375 MRSA_WT_6 10060 10077 18 10084 10101 18 6 77 0 16 50 50 50 50 0 10080 AAAACGAGCTGGTGAGAA TTCTCGCCAACCCGCTTT True ACAATGAAA ATGAAGTGA True False - AAAGCGGGTTGGCGAGAA TTCAAT TTCTCACCAGCTCGTTTT TTTCATTGT 56 MRSA_WT_00913 intergenic 9888 10126 + down GTTATTTTGAATATGATATTAAGTCACTTGCGTCGTTTATTAGCGACGATAGGTGGCTTTTTTATTTTATAAGAATTTAAAAGGGAATTTTAATTAATTATCATAAAGATAAGGTAGTTTGAGTAAATTAATAGAGAAAGAATAAATGTTAAAGATTATTATTACAATGAAAAAACGAGCTGGTGAGAAATTGAATTCTCGCCAACCCGCTTTATGAAGTGAAATCATTTAAATTAGT CGATCAATTCCCTAAATTCCCATAAGTTATTTTGAATATGATATTAAGTCACTTGCGTCGTTTATTAGCGACGATAGGTGGCTTTTTTATTTTATAAGAATTTAAAAGGGAATTTTAATTAATTATCATAAAGATAAGGTAGTTTGAGTAAATTAATAGAGAAAGAATAAATGTTAAAGATTATTATTACAATGAAAAAACGAGCTGGTGAGAAATTGAATTCTCGCCAACCCGCTTTATGAAGTGAAATCATTTAAATTAGTTATACTAAGCGCTCATAAACGATTG ACTAATTTAAATGATTTCACTTCATAAAGCGGGTTGGCGAGAATTCAATTTCTCACCAGCTCGTTT 66 TTerm_0376 MRSA_WT_6 24748 24759 12 24764 24775 12 4 100 0 24 58 41 58 41 0 24761 AACCAGCTAACA TGTTAGCTGGTT True AAAATAAAA AAACTTTAC True False - AACCAGCTAACA CTTT TGTTAGCTGGTT TTTTATTTT 64 MRSA_WT_00924 intergenic 24458 24801 + down TTAATATAGAAGATATAACTTGTATATGGCATTAAGGCATTGACCTTATTTGACTAGTATACGAGTTATATCTTCTTTTTTATAGAGGTGAAAAGTTTAAAGTATAAGGTTGAAGTAGTAGGATGATAAATTTGCGTTAAGTTAAAAAGATATAAACAATTGATGTAAATGTCAATATAAAAATGTATATAAATGATTGTATAAGAATGTATTAATTGAATGGATAATAATGATTGTCTTTTAAGATATAGAAGGGGACTTAACCATTTAAAAATTGAAGGAAAATAAAAACCAGCTAACAAAAGTGTTAGCTGGTTAAACTTTACATTATTAAAATGTTGTT TACGAAGGGTGTTATTGTTCAATAATTAATATAGAAGATATAACTTGTATATGGCATTAAGGCATTGACCTTATTTGACTAGTATACGAGTTATATCTTCTTTTTTATAGAGGTGAAAAGTTTAAAGTATAAGGTTGAAGTAGTAGGATGATAAATTTGCGTTAAGTTAAAAAGATATAAACAATTGATGTAAATGTCAATATAAAAATGTATATAAATGATTGTATAAGAATGTATTAATTGAATGGATAATAATGATTGTCTTTTAAGATATAGAAGGGGACTTAACCATTTAAAAATTGAAGGAAAATAAAAACCAGCTAACAAAAGTGTTAGCTGGTTAAACTTTACATTATTAAAATGTTGTTTATAAGTGTGAAGAGTGACCGCCTT AACAACATTTTAATAATGTAAAGTTTAACCAGCTAACACTTTTGTTAGCTGGT 53 TTerm_0377 MRSA_WT_6 70178 70183 6 70189 70194 6 5 100 0 12 100 0 100 0 0 70185 TAAATA TATTTA True TAAAATCAT CTGTATATT True False - TAAATA ACTAC TATTTA ATGATTTTA 24 MRSA_WT_00968 intergenic 70172 70246 + down AATCATAAATAGTAGTTATTTACTGTATATTTAGTTATAATAACGGGATAAGTACTATAAGGAGTTGTAACGAA GAATTTCAAAATGTCATTAAAATAAAATCATAAATAGTAGTTATTTACTGTATATTTAGTTATAATAACGGGATAAGTACTATAAGGAGTTGTAACGAATGACTGGAGAACAATTTACTCAAAT TTCGTTACAACTCCTTATAGTACTTATCCCGTTATTATAACTAAATATACAGTAAATAACTACTATTT 68 TTerm_0378 MRSA_WT_6 77490 77507 18 77514 77531 18 6 94 0 31 63 36 64 35 0 77510 AAAAGAGAAGCTGAGCAA TTGCTTAGCTTCTCTTTT True AACATAATA GGCATATAA True True - AAAAGAGAAGCTAAGCAA CTTTCA TTGCTCAGCTTCTCTTTT TATTATGTT 78 MRSA_WT_00975 intergenic 77478 77787 + down TTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCAATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACTTTCACATTTTCAAATTTCTAACTTGTTTATTCAGATATTAATCGAGCGGATAGTGTTGCGCACGTTGTTTAGGTGTGTCTAATCGACTTTTACAATCATCGCACATAAATGTTCGAATAGGATTGTTTTTAAGTCGTTTAGACTCAGTTGTGCGCTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAAT ACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCAATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACTTTCACATTTTCAAATTTCTAACTTGTTTATTCAGATATTAATCGAGCGGATAGTGTTGCGCACGTTGTTTAGGTGTGTCTAATCGACTTTTACAATCATCGCACATAAATGTTCGAATAGGATTGTTTTTAAGTCGTTTAGACTCAGTTGTGCGCTCATCTATAAATACTTTTGCATCACAGATAATGCATTGCACTTGTCTCAAATTAAATCACCTCAATATGAGTTACAT ATTTGAGACAAGTGCAATGCATTATCTGTGATGCAAAAGTATTTATAGATGAGCGCACAACTGAGTCTAAACGACTTAAAAACAATCCTATTCGAACATTTATGTGCGATGATTGTAAAAGTCGATTAGACACACCTAAACAACGTGCGCAACACTATCCGCTCGATTAATATCTGAATAAACAAGTTAGAAATTTGAAAATGTGAAAGTAACAGGAAATAATAGCATTTAAACACTTTTTCAAATATTATATGCCAAAAGAGAAGCTAAGCAACTTTCATTGCTCAGCTTCTCTTT 297 TTerm_0379 MRSA_WT_6 80729 80737 9 80742 80750 9 4 88 0 13 88 11 87 12 0 80739 ATTATCTAA TTAGAAAAT True AAAATTTTA TCTAATAGT True False - ATTTTCTAA CTAA TTAGATAAT TAAAATTTT 34 MRSA_WT_00978 intergenic 80225 80778 + down AAAATACTAGCCAATATTTAGTACGAGATGACTTCTGTCATAAATCGATGCTAAACATTGGCTATTTATATACTCTTTGTTAAATTGGACTGATGAGTTAAATAACGGAAGTTAGGCAACCAAACAACGCTTAACTTCCTTTTTGTTTTGATATTACGAGATTACTCATGATTATCAAATTTTATAAACGAAACAACGTATAATTATAACTAAATTTTATGACTAAAAATTACTAAATGTGGTGGCGAAATTAGAATCATGATGATAAGATAAAGTTATCGCTATTGATAATAAATGTTGATGTTTTGCAATTTTATTTTTAATTTTTTAGAGTTGTAGAAATCGAAAATGTTTCACAACAAAAACGTGAACTACCTGTTGTTGCATAGTCATTTTTGAAATTATTATTTTTGAAGCGGAGGTTTTAATTGTCTCAAGAATGTTAAATTTTGAAAATTTGAAACATAACTATAGCAAAACAGAGCGCTTTAAGATAAAATTTTATTATCTAATTAGTTAGAAAATTCTAATAGTTTGAGGAGTGTATCGCTAT ATAGCGATACACTCCTCAAACTATTAGAATTTTCTAACTAATTAGATAA 49 TTerm_0380 MRSA_WT_6 84320 84337 18 84343 84360 18 5 100 0 36 72 27 72 27 0 84339 AAACCGTAATTTTAATGG CCATTAAAATTACGGTTT True GATATAAAA GCTTTTTTG True True - AAACCGTAATTTTAATGG CACGC CCATTAAAATTACGGTTT TTTTATATC 88 MRSA_WT_00979 intergenic 84230 84370 + down AATGATTAAAATAAAACGAGATTACACAACAATTGACGTGTAATCTCGTTTTTACATGTCTTAGGTTTAATTTTAAATATTGATATAAAAAACCGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTTGCTTTTTTGT CGAAATTGAAAAAGCAACTGACTAAAATGATTAAAATAAAACGAGATTACACAACAATTGACGTGTAATCTCGTTTTTACATGTCTTAGGTTTAATTTTAAATATTGATATAAAAAACCGTAATTTTAATGGGCGTGCCATTAAAATTACGGTTTGCTTTTTTGTTATTGCTTGTCACTTCTTACTGATC ACAAAAAAGCAAACCGTAATTTTAATGGCACGCCCATTAAAATTACGGTT 50 TTerm_0381 MRSA_WT_6 94051 94074 24 94081 94104 24 6 95 0 43 72 27 73 26 0 94077 CAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAA TTTTAAGTGGGACTTTTTATATTG True TAGTTACTC CGAAAAATA True True - CAATATAAAAAGTCCCACTTAAAA CAATCA TTTTAAGCGGGACTTTTTATATTG GAGTAACTA 86 MRSA_WT_00992 intergenic 94039 94193 + down TTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGTCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATTTAT TGGCGAAGAAGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGTCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATTTATTAGTTTTTACGTTTTCTAGGTAATA ATAAATCGTCTTTATATTTAATTATTAAATTAACAAATTTTAATTGACGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTTTTATATT 142 TTerm_0382 MRSA_WT_6 94112 94129 18 94136 94153 18 6 83 0 21 58 41 60 40 0 94132 TAATTGGCGAACGAGGTA TACCTCATCCGTCAATTA True GCGAAAAAT AAATTTGTT True False - TAATTGACGGATGAGGTA TCCAGT TACCTCGTTCGCCAATTA ATTTTTCGC 66 MRSA_WT_00992 intergenic 94039 94193 + down TTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGTCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATTTAT TGGCGAAGAAGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGTCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATTTATTAGTTTTTACGTTTTCTAGGTAATA ATAAATCGTCTTTATATTTAATTATTAAATTAACAAATTTTAATTGACGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATT 81 TTerm_0383 MRSA_WT_6 94161 94166 6 94171 94176 6 4 100 0 12 100 0 100 0 0 94168 TTAATT AATTAA True AAAATTTGT ATATAAAGA True False - TTAATT ATTA AATTAA ACAAATTTT 24 MRSA_WT_00992 intergenic 94039 94193 + down TTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGTCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATTTAT TGGCGAAGAAGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGTCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATTTATTAGTTTTTACGTTTTCTAGGTAATA ATAAATCGTCTTTATATTTAATTATTAAATTA 32 TTerm_0384 MRSA_WT_6 114565 114572 8 114582 114589 8 9 87 0 11 68 31 71 28 0 114576 TCATACTC GATTATGA True ATGAAAAGT GCTAGAATT True False - TCATAATC AACATCTTC GAGTATGA ACTTTTCAT 30 MRSA_WT_01009 intergenic 114340 114664 + down GTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAATGGTGGGATTAATAAATCTATGAACGTTAAATGATAATCTAGCATGCTGATAGATTTGTAGCAGTTGGTTTGATAAAACAATGTTCAATTTTACATGATGTGCATGAAAAGTCATACTCGAAGATGTTGATTATGAGCTAGAATTAGTGGTGATAAATTTGAAGCACTTTTGTAGCATCATTCATTTTAAAATTAGAAGGGGGGATATTAT TGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAATGGTGGGATTAATAAATCTATGAACGTTAAATGATAATCTAGCATGCTGATAGATTTGTAGCAGTTGGTTTGATAAAACAATGTTCAATTTTACATGATGTGCATGAAAAGTCATACTCGAAGATGTTGATTATGAGCTAGAATTAGTGGTGATAAATTTGAAGCACTTTTGTAGCATCATTCATTTTAAAATTAGAAGGGGGGATATTATTGGAAGACTATAAGCAACGAATTAA ATAATATCCCCCCTTCTAATTTTAAAATGAATGATGCTACAAAAGTGCTTCAAATTTATCACCACTAATTCTAGCTCATAATCAACATCTTCGAGTATG 99 TTerm_0385 MRSA_WT_6 123261 123277 17 123287 123302 16 9 94 5 22 45 54 43 56 0 123281 GCACGCCAAAACGTTAG CTAACGTTTGGCGTGC True ATAAAAAAG AACTATTTA True False - GCACGCCAAACGTTAG AAAAAAATG CTAACGTTTTGGCGTGC CTTTTTTAT 68 MRSA_WT_01017 intergenic 122966 123326 + down TTGATAGAAGCCATGCTTTAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATTCAAAGGTATAATTAGTTTATAATATTGTGTTCATTTGAATGGTGAGCTTATTGGGAAAAATAATTATTTAAAAGTGAATGCAATAGTTGTTTATGTTTTGATCAAGCGAGGTGGCTATTGTGAAAAGGAAATCGAATGTATTAACAATCATAAAAATTGTAACGGATATAGTGGCAACCGTGTTAATCATACGTGCTTTATTAAGCAGTCGTAAAGATGCTAAATAAATTGGAAGTTGCAGCATATAAAAAAGCACGCCAAAACGTTAGCATTTTTTTCTAACGTTTGGCGTGCAACTATTTAATTCAGTGTGTTTTT TTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTTTAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATTCAAAGGTATAATTAGTTTATAATATTGTGTTCATTTGAATGGTGAGCTTATTGGGAAAAATAATTATTTAAAAGTGAATGCAATAGTTGTTTATGTTTTGATCAAGCGAGGTGGCTATTGTGAAAAGGAAATCGAATGTATTAACAATCATAAAAATTGTAACGGATATAGTGGCAACCGTGTTAATCATACGTGCTTTATTAAGCAGTCGTAAAGATGCTAAATAAATTGGAAGTTGCAGCATATAAAAAAGCACGCCAAAACGTTAGCATTTTTTTCTAACGTTTGGCGTGCAACTATTTAATTCAGTGTGTTTTTTAATACCAAGTAATTGAATCGATTT AAAAACACACTGAATTAAATAGTTGCACGCCAAACGTTAGAAAAAAATGCTAACGTTTTGGCGTG 65 TTerm_0386 MRSA_WT_7 7249 7272 24 7278 7301 24 5 91 0 38 72 27 72 27 0 7274 AAAAAATCGTACTGATGGAAAAGT ACTTTTTCATCAGTACGATTTATT True TCAAATTCA ATAGAACCC True False - AATAAATCGTACTGATGAAAAAGT TTTTT ACTTTTCCATCAGTACGATTTTTT TGAATTTGA 84 MRSA_WT_01028 intergenic 7167 7376 + down TAAAAAAGCATCTATAACGTAATTTGGAAGAAGTAGAGTTATCTTCTTATGCGTTTTAGATGCTTTTTTATCTTCAAATTCAAAAAATCGTACTGATGGAAAAGTAAAAAACTTTTTCATCAGTACGATTTATTATAGAACCCGTTTTAAGTAATTATAGTGTCGAGAATCATTTTGTAAATTTCGTCAGTTCAAAACTTTAAGTGCAT AATTCACGACATGCATATGAATTAATAAAAAAGCATCTATAACGTAATTTGGAAGAAGTAGAGTTATCTTCTTATGCGTTTTAGATGCTTTTTTATCTTCAAATTCAAAAAATCGTACTGATGGAAAAGTAAAAAACTTTTTCATCAGTACGATTTATTATAGAACCCGTTTTAAGTAATTATAGTGTCGAGAATCATTTTGTAAATTTCGTCAGTTCAAAACTTTAAGTGCATTATTGTTTAGCACGACGATCTTTAA ATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTTACAAAATGATTCTCGACACTATAATTACTTAAAACGGGTTCTATAATAAATCGTACTGATGAAAAAGTTTTTTACTTTTCCATCAGTACGATTTTT 127 TTerm_0387 MRSA_WT_7 13794 13800 7 13805 13811 7 4 100 0 14 71 28 71 28 0 13802 TTGTGAA TTCACAA True TAAAATGAT AATCAAAAG True False - TTGTGAA TTAT TTCACAA ATCATTTTA 44 MRSA_WT_01031 intergenic 13358 13832 + down AAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGTAGAAATAGTCTTTTTGCGTATTTGGATATGTCAAAGTGAATAAATAAGTCGAATTTTGATAGATACATATTTGATTAATCAATAGAGTTAAAGAATTATATTTCATCCAAATAAATTACCATGCACTACAAAATAGTACAGTTACAACTTCATTCATTTAAAAAAGAGATTTAATTATTTAGTTTTTGAGTCAATGTATTAATGCAACTATAAATCAAATGGAGTATAAGAAATAAATATAATGGTATAATTGCACATAATATTTAAGAATAAGAATAATATATTAAATATTTATTAACAAATTATAGATAAAATATGAATAATTAATTAATGGTATTTACATATGCATACCCACAAGATAAAATGATTGTGAAATAATTCACAAAATCAAAAGGAGTGTTGCAAA AAAATATATTTCATCTCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGTAGAAATAGTCTTTTTGCGTATTTGGATATGTCAAAGTGAATAAATAAGTCGAATTTTGATAGATACATATTTGATTAATCAATAGAGTTAAAGAATTATATTTCATCCAAATAAATTACCATGCACTACAAAATAGTACAGTTACAACTTCATTCATTTAAAAAAGAGATTTAATTATTTAGTTTTTGAGTCAATGTATTAATGCAACTATAAATCAAATGGAGTATAAGAAATAAATATAATGGTATAATTGCACATAATATTTAAGAATAAGAATAATATATTAAATATTTATTAACAAATTATAGATAAAATATGAATAATTAATTAATGGTATTTACATATGCATACCCACAAGATAAAATGATTGTGAAATAATTCACAAAATCAAAAGGAGTGTTGCAAATGTTAGTTGCAGTAGTCAAAGAATT TTTGCAACACTCCTTTTGATTTTGTGAATTATTTCACA 38 TTerm_0388 MRSA_WT_7 19041 19062 22 19069 19089 21 6 81 4 17 67 32 72 27 0 19065 AAACCGATTCTTATGTGTCATT AATGAACATAGGGATTGGTTT True AAAAATATA TTTATTACT True True - AAACCAATCCCTATGTTCATT TAAAAT AATGACACATAAGAATCGGTTT TATATTTTT 42 MRSA_WT_01035 intergenic 18985 19383 + down TAATTGAGAATTAAATTGAAATCATATAAGTCGCTACAATATTAAACAAAAATATAAACCGATTCTTATGTGTCATTATTTTAAATGAACATAGGGATTGGTTTTTTATTACTCTTTTACGCTACTTTATTTATAATTATTATAAATTGTCACAAATTCAATTTACCTTACAATATATTTTGTGTTATTATATTCTGTAGCATAAATAAATTGTTCAACACATAGTTGTAATGTGTTTCAATACTTTTTGGATAGATTGCGAAATTGTATTGAATCGTCATCGTTTTAAATTTTTAAATGAGAATGGAATGAGCATTACAATACACAAGCAATCAAAAGTAAATACATTCACAACACAACAGAGACATAACAACAAGATAAGGAGTGAACAATAGCTG TAAACAAAACGACACTCAATTATGATAATTGAGAATTAAATTGAAATCATATAAGTCGCTACAATATTAAACAAAAATATAAACCGATTCTTATGTGTCATTATTTTAAATGAACATAGGGATTGGTTTTTTATTACTCTTTTACGCTACTTTATTTATAATTATTATAAATTGTCACAAATTCAATTTACCTTACAATATATTTTGTGTTATTATATTCTGTAGCATAAATAAATTGTTCAACACATAGTTGTAATGTGTTTCAATACTTTTTGGATAGATTGCGAAATTGTATTGAATCGTCATCGTTTTAAATTTTTAAATGAGAATGGAATGAGCATTACAATACACAAGCAATCAAAAGTAAATACATTCACAACACAACAGAGACATAACAACAAGATAAGGAGTGAACAATAGCTGTGAATTATCGTGATAAAATTCAAAA CAGCTATTGTTCACTCCTTATCTTGTTGTTATGTCTCTGTTGTGTTGTGAATGTATTTACTTTTGATTGCTTGTGTATTGTAATGCTCATTCCATTCTCATTTAAAAATTTAAAACGATGACGATTCAATACAATTTCGCAATCTATCCAAAAAGTATTGAAACACATTACAACTATGTGTTGAACAATTTATTTATGCTACAGAATATAATAACACAAAATATATTGTAAGGTAAATTGAATTTGTGACAATTTATAATAATTATAAATAAAGTAGCGTAAAAGAGTAATAAAAAACCAATCCCTATGTTCATTTAAAATAATGACACATAAGAATCGGTT 342 TTerm_0389 MRSA_WT_7 80710 80718 9 80724 80732 9 5 100 0 18 100 0 100 0 0 80720 AATTATATT AATATAATT True CAATAGAAA ATGGTGTAC True False - AATTATATT ATATA AATATAATT TTTCTATTG 36 MRSA_WT_01067 intergenic 80562 80759 + down TTCTTAGATTTGAATCATTGATTTTAACTAACACCTTACCAAGAAGTAAGGTGTTTTTATATGCTTATTACAAATACTTAACGCGATGAGTTTCTCAACCAAATTGAGAACTCTTTTTTTATATCACCAACATTGTTTGCAATAGAAAATTATATTTATATAATATAATTATGGTGTACAACGACGAGGTGATTTTA AGCCGCAAACGTTGTTAAACTATAATTCTTAGATTTGAATCATTGATTTTAACTAACACCTTACCAAGAAGTAAGGTGTTTTTATATGCTTATTACAAATACTTAACGCGATGAGTTTCTCAACCAAATTGAGAACTCTTTTTTTATATCACCAACATTGTTTGCAATAGAAAATTATATTTATATAATATAATTATGGTGTACAACGACGAGGTGATTTTATGAAATATCTTATCCTTAGTTTAGT TAAAATCACCTCGTCGTTGTACACCATAATTATATTATATAAATATAAT 49 TTerm_0390 MRSA_WT_7 81349 81362 14 81372 81385 14 9 85 0 18 35 64 33 66 0 81366 TCCCCGAGTCACAG CTGTGCTTCGGGGA True ATAAAAATT TTACTTTGT True False - TCCCCGAAGCACAG AAAATTATA CTGTGACTCGGGGA AATTTTTAT 68 MRSA_WT_01068 intergenic 81160 81401 + down TTTCATGATGCTTGTTTAAAGTGTGGTATGTAAATGATGCTTTAAATTAGTTGAATAGGGCTAACTAAATATAAAGGATTAATGACAAAAAGAAATAAATACTTTCTAACTAAAAAAGTGCTGTTCTTCCTTTTTTAGAGTATATGTCCAAGCATGTTATCTACAGTCATCCTATAATGCATAAAAATTCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTT AAAGCAAGTAAAGAATAAAAACTAATTTCATGATGCTTGTTTAAAGTGTGGTATGTAAATGATGCTTTAAATTAGTTGAATAGGGCTAACTAAATATAAAGGATTAATGACAAAAAGAAATAAATACTTTCTAACTAAAAAAGTGCTGTTCTTCCTTTTTTAGAGTATATGTCCAAGCATGTTATCTACAGTCATCCTATAATGCATAAAAATTCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTATATCATTAATAATGAGTT AAAATAAACAAAGTAATCCCCGAAGCACAGAAAATTATACTGTGACTCGGGG 52 TTerm_0391 MRSA_WT_7 94582 94591 10 94598 94607 10 6 90 0 15 85 15 88 11 0 94594 TAAAATAGTG CATTATTTTA True TATCAACTT CAAATCTAA True False - TAAAATAATG ATGAAC CACTATTTTA AAGTTGATA 38 MRSA_WT_01079 intergenic 94458 94649 + down TAAGACGCAATTTCAAATGTGTCTTGAAACATGATTTTGATGGTGAATCATTATTTAGAGTACAAAGCTTGATTTATCGAGACGCTGATTTTGACATTCAGTAAGTCTACAAGCTTATCAACTTAAAATAGTGGTTCATCATTATTTTACAAATCTAATTATTTTGGGAGTAATAGAAAGAGGTTTGATTA TAAAAAGTCTGAAGACAAAAAATAATAAGACGCAATTTCAAATGTGTCTTGAAACATGATTTTGATGGTGAATCATTATTTAGAGTACAAAGCTTGATTTATCGAGACGCTGATTTTGACATTCAGTAAGTCTACAAGCTTATCAACTTAAAATAGTGGTTCATCATTATTTTACAAATCTAATTATTTTGGGAGTAATAGAAAGAGGTTTGATTATGACTTCATCTACTAATGTTAAAGC TAATCAAACCTCTTTCTATTACTCCCAAAATAATTAGATTTGTAAAATAATGATGAACCACTATTTT 67 TTerm_0392 MRSA_WT_7 98111 98127 17 98136 98152 17 8 94 0 29 67 32 68 31 0 98131 AAACCAAGATTCTCACA TGTGAAAATCTTGGTTT True CAAAAAAAA ATATTGTTC True False - AAACCAAGATTTTCACA TTACTAAT TGTGAGAATCTTGGTTT TTTTTTTTG 74 MRSA_WT_01083 intergenic 98040 98183 + down CTTAAAGTTATTACTATAAAATCCCTTACGATAAATATATATTTCTATTATTCATAAACCCTCAAAAAAAAAACCAAGATTCTCACAATTAGTAATGTGAAAATCTTGGTTTATATTGTTCTACTATAAATTGTCTCGCATCT AACAGGTACACATTACGAACAATAACTTAAAGTTATTACTATAAAATCCCTTACGATAAATATATATTTCTATTATTCATAAACCCTCAAAAAAAAAACCAAGATTCTCACAATTAGTAATGTGAAAATCTTGGTTTATATTGTTCTACTATAAATTGTCTCGCATCTTAGTTATTTGCTTGCTCAATTTCAT AGATGCGAGACAATTTATAGTAGAACAATATAAACCAAGATTTTCACATTACTAATTGTGAGAATCTTGGTT 72 TTerm_0393 MRSA_WT_7 100686 100701 16 100710 100725 16 8 81 0 17 100 0 100 0 0 100705 ATATTATATTTTATAA TTAAAAAATTAAATAT True GATTCAAAA ACTTCAATT True False - ATATTTAATTTTTTAA CAAAATCA TTATAAAATATAATAT TTTTGAATC 34 MRSA_WT_01085 intergenic 100546 100850 + down TATTCGACAACTATATGCACAAAATCATCGACTTTTAAGTTACACTGCAGTAACAATTATTTCGAAAGAGATGGAATACAGTGCTATAGTTGTTTTTGTTTTGACTTTTTTATATTTTACATGGTTGACTTGATTCAAAATATTATATTTTATAATGATTTTGTTAAAAAATTAAATATACTTCAATTTCTTTTGGGATAATACTATAATGAACGTTGGTTCTTAATATGTAAGTTGCATATACACGCGCCATTCTCATGTAACAAGAAAGTGTTGGTAACTTACACAAGGAGGGGGACTATTA ACTTCGCCGTAAAGATAAAAAATAATATTCGACAACTATATGCACAAAATCATCGACTTTTAAGTTACACTGCAGTAACAATTATTTCGAAAGAGATGGAATACAGTGCTATAGTTGTTTTTGTTTTGACTTTTTTATATTTTACATGGTTGACTTGATTCAAAATATTATATTTTATAATGATTTTGTTAAAAAATTAAATATACTTCAATTTCTTTTGGGATAATACTATAATGAACGTTGGTTCTTAATATGTAAGTTGCATATACACGCGCCATTCTCATGTAACAAGAAAGTGTTGGTAACTTACACAAGGAGGGGGACTATTATGTTCATAATAAAGTCTATGATGTA TAATAGTCCCCCTCCTTGTGTAAGTTACCAACACTTTCTTGTTACATGAGAATGGCGCGTGTATATGCAACTTACATATTAAGAACCAACGTTCATTATAGTATTATCCCAAAAGAAATTGAAGTATATTTAATTTTTTAACAAAATCATTATAAAATATAATA 164 TTerm_0394 MRSA_WT_7 100712 100722 11 100728 100738 11 5 81 0 12 90 9 100 0 0 100724 AAAAAATTAAA TTCAATTTCTT True ATTTTGTTA TTGGGATAA True True - AAGAAATTGAA GTATA TTTAATTTTTT TAACAAAAT 32 MRSA_WT_01085 intergenic 100546 100850 + down TATTCGACAACTATATGCACAAAATCATCGACTTTTAAGTTACACTGCAGTAACAATTATTTCGAAAGAGATGGAATACAGTGCTATAGTTGTTTTTGTTTTGACTTTTTTATATTTTACATGGTTGACTTGATTCAAAATATTATATTTTATAATGATTTTGTTAAAAAATTAAATATACTTCAATTTCTTTTGGGATAATACTATAATGAACGTTGGTTCTTAATATGTAAGTTGCATATACACGCGCCATTCTCATGTAACAAGAAAGTGTTGGTAACTTACACAAGGAGGGGGACTATTA ACTTCGCCGTAAAGATAAAAAATAATATTCGACAACTATATGCACAAAATCATCGACTTTTAAGTTACACTGCAGTAACAATTATTTCGAAAGAGATGGAATACAGTGCTATAGTTGTTTTTGTTTTGACTTTTTTATATTTTACATGGTTGACTTGATTCAAAATATTATATTTTATAATGATTTTGTTAAAAAATTAAATATACTTCAATTTCTTTTGGGATAATACTATAATGAACGTTGGTTCTTAATATGTAAGTTGCATATACACGCGCCATTCTCATGTAACAAGAAAGTGTTGGTAACTTACACAAGGAGGGGGACTATTATGTTCATAATAAAGTCTATGATGTA TAATAGTCCCCCTCCTTGTGTAAGTTACCAACACTTTCTTGTTACATGAGAATGGCGCGTGTATATGCAACTTACATATTAAGAACCAACGTTCATTATAGTATTATCCCAAAAGAAATTGAAGTATATTTAATTTTT 138 TTerm_0395 MRSA_WT_7 104154 104162 9 104170 104178 9 7 88 0 13 88 11 87 12 0 104165 TAGATAAAT ATTAATCTA True ATAAAATAT GACACTTAT True False - TAGATTAAT ATACTTG ATTTATCTA ATATTTTAT 26 MRSA_WT_01089 intergenic 104113 104237 + down TTATTTAAGAATGCGATAATTCTAGACTTGTTATAAAATATAGATAAATCAAGTATATTAATCTAGACACTTATCGATTTTATTTTCTGTATTTAAAAATAATAATAAAAAGGAGTATCATTAA ATTAGTGCAAGCATTTTCATATTAGTTATTTAAGAATGCGATAATTCTAGACTTGTTATAAAATATAGATAAATCAAGTATATTAATCTAGACACTTATCGATTTTATTTTCTGTATTTAAAAATAATAATAAAAAGGAGTATCATTAATGGGATTACTTGATATTGCAAGTAT TTAATGATACTCCTTTTTATTATTATTTTTAAATACAGAAAATAAAATCGATAAGTGTCTAGATTAATATACTTGATTTATCT 83 TTerm_0396 MRSA_WT_7 104213 104220 8 104229 104236 8 8 87 0 11 93 6 100 0 0 104224 TAATAATA TATCATTA True TTTAAAAAT ATGGGATTA True False - TAATGATA CTCCTTTT TATTATTA ATTTTTAAA 30 MRSA_WT_01089 intergenic 104113 104237 + down TTATTTAAGAATGCGATAATTCTAGACTTGTTATAAAATATAGATAAATCAAGTATATTAATCTAGACACTTATCGATTTTATTTTCTGTATTTAAAAATAATAATAAAAAGGAGTATCATTAA ATTAGTGCAAGCATTTTCATATTAGTTATTTAAGAATGCGATAATTCTAGACTTGTTATAAAATATAGATAAATCAAGTATATTAATCTAGACACTTATCGATTTTATTTTCTGTATTTAAAAATAATAATAAAAAGGAGTATCATTAATGGGATTACTTGATATTGCAAGTAT TTAATGATACTCCTTTTTATTATT 24 TTerm_0397 MRSA_WT_8 11786 11803 18 11808 11825 18 4 100 0 36 66 33 66 33 0 11805 ATAAATAAAAGAGGAGGC GCCTCCTCTTTTATTTAT True CCAAACTCA CCTCGATGT True True - ATAAATAAAAGAGGAGGC GAAG GCCTCCTCTTTTATTTAT TGAGTTTGG 112 MRSA_WT_01106 intergenic 11774 11822 + down ACACCAAACTCATAAATAAAAGAGGAGGCCTTCGCCTCCTCTTTTATT GGGATTCATTCAATGGTTTAGTTAAACACCAAACTCATAAATAAAAGAGGAGGCCTTCGCCTCCTCTTTTATTTATCCTCGATGTATATTCAAGTTAC AATAAAAGAGGAGGCGAAGGCCTCCTCTTTTATTTA 36 TTerm_0398 MRSA_WT_8 16912 16922 11 16930 16940 11 7 90 0 17 86 13 90 10 0 16925 AAAAATCATGT ACATAATTTTT True GATACTTTA GATTAGTCA True True - AAAAATTATGT TGTGGGG ACATGATTTTT TAAAGTATC 42 MRSA_WT_01112 intergenic 16725 16972 + down TGATATACAGTAGGGATTGGGACAGAAATGTTATTTTCACAAAATTCATTTCGTTGACCCACTTCCTGCTTTTTCTTTATTAATGACCTACTACGTCAATGCCAAATTTTAATATAATTCCTCTAACATTCTACAAATCAACAAATAAAAAAAGTATCGATAACCATATATTGGCACCGATACTTTAAAAATCATGTCCCCACAACATAATTTTTGATTAGTCACACTTCAATTAATTTATTTTATT TAATCGCATGCCTCGTTTAAAATAATGATATACAGTAGGGATTGGGACAGAAATGTTATTTTCACAAAATTCATTTCGTTGACCCACTTCCTGCTTTTTCTTTATTAATGACCTACTACGTCAATGCCAAATTTTAATATAATTCCTCTAACATTCTACAAATCAACAAATAAAAAAAGTATCGATAACCATATATTGGCACCGATACTTTAAAAATCATGTCCCCACAACATAATTTTTGATTAGTCACACTTCAATTAATTTATTTTATTTATTCATGATTGATACTATTATCTG AATAAAATAAATTAATTGAAGTGTGACTAATCAAAAATTATGTTGTGGGGACATGATTTT 60 TTerm_0399 MRSA_WT_8 30369 30376 8 30381 30388 8 4 87 0 11 93 6 100 0 0 30378 ATGATTTT AAAATTAT True CAATTAAAA AAAAGCTAT True False - ATAATTTT AATA AAAATCAT TTTTAATTG 22 MRSA_WT_01125 intergenic 30372 30549 + down TTTTTATTAAAATTATAAAAGCTATACATTGCATTAAAGTAGTCTCTTCTGCAATGTATAGCTTTATGTTGTATTTATTTTAAATACGCATGAACTGAATAATATGTTTTTACTATTTTCAAATTAAATTGTAACTGCAACTGTCCTTTACAACATCAACTTATCATGATAAAAACC CGAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAAAATTATAAAAGCTATACATTGCATTAAAGTAGTCTCTTCTGCAATGTATAGCTTTATGTTGTATTTATTTTAAATACGCATGAACTGAATAATATGTTTTTACTATTTTCAAATTAAATTGTAACTGCAACTGTCCTTTACAACATCAACTTATCATGATAAAAACCTAACGAAATGCATTTTCAAATATTT GGTTTTTATCATGATAAGTTGATGTTGTAAAGGACAGTTGCAGTTACAATTTAATTTGAAAATAGTAAAAACATATTATTCAGTTCATGCGTATTTAAAATAAATACAACATAAAGCTATACATTGCAGAAGAGACTACTTTAATGCAATGTATAGCTTTTATAATTTTAATAAAAATCA 180 TTerm_0400 MRSA_WT_8 30374 30379 6 30387 30392 6 7 100 0 12 100 0 100 0 0 30382 TTTTAT ATAAAA True AAAATGATT GCTATACAT True False - TTTTAT AATTTTA ATAAAA AATCATTTT 24 MRSA_WT_01125 intergenic 30372 30549 + down TTTTTATTAAAATTATAAAAGCTATACATTGCATTAAAGTAGTCTCTTCTGCAATGTATAGCTTTATGTTGTATTTATTTTAAATACGCATGAACTGAATAATATGTTTTTACTATTTTCAAATTAAATTGTAACTGCAACTGTCCTTTACAACATCAACTTATCATGATAAAAACC CGAGCAACTGAAACAATTAAAATGATTTTTATTAAAATTATAAAAGCTATACATTGCATTAAAGTAGTCTCTTCTGCAATGTATAGCTTTATGTTGTATTTATTTTAAATACGCATGAACTGAATAATATGTTTTTACTATTTTCAAATTAAATTGTAACTGCAACTGTCCTTTACAACATCAACTTATCATGATAAAAACCTAACGAAATGCATTTTCAAATATTT GGTTTTTATCATGATAAGTTGATGTTGTAAAGGACAGTTGCAGTTACAATTTAATTTGAAAATAGTAAAAACATATTATTCAGTTCATGCGTATTTAAAATAAATACAACATAAAGCTATACATTGCAGAAGAGACTACTTTAATGCAATGTATAGCTTTTATAATTTTAATAAA 175 TTerm_0401 MRSA_WT_8 38670 38676 7 38684 38690 7 7 100 0 14 100 0 100 0 0 38679 TATAAAA TTTTATA True AAAAGTACT CTTTAAAAT True False - TATAAAA GTTTACG TTTTATA AGTACTTTT 28 MRSA_WT_01131 intergenic 38627 38783 + down TGTTTAAATTCATCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTTATACTTTAAAATACGCAAAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAATTTTTTAACTTGCATCATAATTACATTAACAT GTCTAAGATGACATCTAATCAATAGTGTTTAAATTCATCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTTATACTTTAAAATACGCAAAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAATTTTTTAACTTGCATCATAATTACATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAA ATGTTAATGTAATTATGATGCAAGTTAAAAAATTAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTTTTTTGCGTATTTTAAAGTATAAAAGTTTACGTTTTAT 113 TTerm_0402 MRSA_WT_8 41445 41458 14 41464 41477 14 5 92 0 23 60 39 61 38 0 41460 AAAAAGACATCCCG CGAGATGTCTTTTT True TATTCATGA ATTTGTTGT True True - AAAAAGACATCTCG CATAA CGGGATGTCTTTTT TCATGAATA 70 MRSA_WT_01134 intergenic 41436 41618 + down TATTCATGAAAAAGACATCCCGTTATGCGAGATGTCTTTTTATTTGTTGTGGATTATTAAATTTCCGATACTTCATCAATTAACATTTTACTTTAGTGTATTTTGGAAAGCCATGTATTTTCAGCACCTATCATACCTACACATTAAGCAAAATAAATGTTGATTCGTTTACAATTCATATT TATCGATTTCGGTGTAGATAAATAGTATTCATGAAAAAGACATCCCGTTATGCGAGATGTCTTTTTATTTGTTGTGGATTATTAAATTTCCGATACTTCATCAATTAACATTTTACTTTAGTGTATTTTGGAAAGCCATGTATTTTCAGCACCTATCATACCTACACATTAAGCAAAATAAATGTTGATTCGTTTACAATTCATATTTAATTTCTCTTTCTATATACATCAA AATATGAATTGTAAACGAATCAACATTTATTTTGCTTAATGTGTAGGTATGATAGGTGCTGAAAATACATGGCTTTCCAAAATACACTAAAGTAAAATGTTAATTGATGAAGTATCGGAAATTTAATAATCCACAACAAATAAAAAGACATCTCGCATAACGGGATGTCTTTT 173 TTerm_0403 MRSA_WT_8 54199 54221 23 54227 54250 24 5 91 4 31 68 31 68 31 0 54223 AAAAGCAGCAGTAAGATGTTTTC GAAAATTATCTTACTGCTGCTTTT True AAGATATTA TAAGAATTA True True - AAAAGCAGCAGTAAGATAATTTTC AATTA GAAAACATCTTACTGCTGCTTTT TAATATCTT 70 MRSA_WT_01146 intergenic 54164 54541 + down TTAAGCTTTAATTTTGAATAATATATAAGATATTAAAAGCAGCAGTAAGATGTTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGCTTTTTAAGAATTACTGTGTCAGTCTATTTCCGGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAGAGGTCACTTCGTTTCGGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTTCGTTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTT GGGCAAAATGCACATGAAACACTAATTAAGCTTTAATTTTGAATAATATATAAGATATTAAAAGCAGCAGTAAGATGTTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGCTTTTTAAGAATTACTGTGTCAGTCTATTTCCGGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAGAGGTCACTTCGTTTCGGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTTCGTTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGAC AAAAATACTATCTGACATTTAAAGCCCCTTACAACCTTTGGTTGTTAGGGGCTTTTATGCATGCGCTAAAGCGCAGGCGAACCGAAACGAAGTGACCTCAGGTTGTTAGGGGCTTTTATGCATGCGCTAAAGCGCAGGCGAACCGAAGCGCAGTGACCTCAGGTTGTTAGGGGCTTTTATGCATGCGCAAAGCGCAGGCGAACCGAAACGAAGTGACCTCTGGTTGTTAGGGGCTTTTATGCATGCGCAAAGCGCAGGCGAACCGGAAATAGACTGACACAGTAATTCTTAAAAAGCAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAACATCTTACTGCTGCTTT 342 TTerm_0404 MRSA_WT_8 61328 61341 14 61351 61364 14 9 92 0 23 46 53 46 53 0 61345 AAAGCGCCAGAAGA TCCTCTGGCGCTTT True AACATACAA GTATGGTAT True False - AAAGCGCCAGAGGA AACGGGGAA TCTTCTGGCGCTTT TTGTATGTT 70 MRSA_WT_01153 intergenic 61131 61386 + down TCCTCATACAGATGCTACAACACTGAATACACCAACTAAAATAATTGTTCAAAGTAGAAAACTAATCATTTATTCTCTAAATCAATAACTATATTAAAAGTTGTACCTTTGCAAAGCGAATTAGTATAGGTTATCGAAAGGAGAAAGGATTAGGTTCCATTCGATTTATAAAAAAAAATATATTTCGAAACATACAAAAGCGCCAGAAGATTCCCCGTTTCCTCTGGCGCTTTGTATGGTATTATTTTCAAACAT TGTGAATAAGAGCGACAATTTTTAATCCTCATACAGATGCTACAACACTGAATACACCAACTAAAATAATTGTTCAAAGTAGAAAACTAATCATTTATTCTCTAAATCAATAACTATATTAAAAGTTGTACCTTTGCAAAGCGAATTAGTATAGGTTATCGAAAGGAGAAAGGATTAGGTTCCATTCGATTTATAAAAAAAAATATATTTCGAAACATACAAAAGCGCCAGAAGATTCCCCGTTTCCTCTGGCGCTTTGTATGGTATTATTTTCAAACATTAAAACTCTAATAATTTCTTTTTCA ATGTTTGAAAATAATACCATACAAAGCGCCAGAGGAAACGGGGAATCTTCTGGCGCTT 58 TTerm_0405 MRSA_WT_8 91121 91138 18 91145 91162 18 6 94 0 31 66 33 64 35 0 91141 AAAAAGAACCGTTGATTC GAATCTACGGTTCTTTTT True CCGTGATTA TCATTTTCC True True - AAAAAGAACCGTAGATTC GATTGA GAATCAACGGTTCTTTTT TAATCACGG 78 MRSA_WT_01182 intergenic 91099 91554 + down TTTTCGTAATAAACCGTGATTAAAAAGAACCGTTGATTCTCAATCGAATCTACGGTTCTTTTTTCATTTTCCATCAATTAAATGTTTCTTCGCTACTTGTCAGCCCACTTTTTTACCTGCAACTTGTTAAATAATCCTTACATCGTTAACGAATAGTTCATCATTTAGTTGAATCAGCTCAACTTTATTAACTTCAAATTTTCACAAACTATTGCGCAATTCATTCCCCTTCCACTTCAAGCACCTTAATTAAACATTAATTCAATAGAATAAGACTTGCAAAACATAGTTATGTCGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTCTAAACATAACATAATGCAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCTCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACTTTTAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATAGATTATTATATATA TAGTTTTACATCATTTTTTAAATAATTTTCGTAATAAACCGTGATTAAAAAGAACCGTTGATTCTCAATCGAATCTACGGTTCTTTTTTCATTTTCCATCAATTAAATGTTTCTTCGCTACTTGTCAGCCCACTTTTTTACCTGCAACTTGTTAAATAATCCTTACATCGTTAACGAATAGTTCATCATTTAGTTGAATCAGCTCAACTTTATTAACTTCAAATTTTCACAAACTATTGCGCAATTCATTCCCCTTCCACTTCAAGCACCTTAATTAAACATTAATTCAATAGAATAAGACTTGCAAAACATAGTTATGTCGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTCTAAACATAACATAATGCAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCTCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACTTTTAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATAGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAA TATATATAATAATCTATTTGTAAGCGTTTTCGAATTAACTGTTCGTTAAAAGTTAATTACTATCAACATGTATTGAAGAGACATTTTTAGCATTGTTAAATGATGTTTTTGCATTATGTTATGTTTAGAAGATTTATTGGTCGCAGGCGTTTATATAGCGACATAACTATGTTTTGCAAGTCTTATTCTATTGAATTAATGTTTAATTAAGGTGCTTGAAGTGGAAGGGGAATGAATTGCGCAATAGTTTGTGAAAATTTGAAGTTAATAAAGTTGAGCTGATTCAACTAAATGATGAACTATTCGTTAACGATGTAAGGATTATTTAACAAGTTGCAGGTAAAAAAGTGGGCTGACAAGTAGCGAAGAAACATTTAATTGATGGAAAATGAAAAAAGAACCGTAGATTCGATTGAGAATCAACGGTTCTTTT 433 TTerm_0406 MRSA_WT_8 92524 92551 28 92561 92587 27 9 89 3 34 72 27 76 24 0 92555 TTCAATCATTTTAAAAAATCCTGGGACA TGTCTCAGGATTTTTTAACATATTGAA True GTAAACAGT TCAGCCTCA True True - TTCAATATGTTAAAAAATCCTGAGACA AGTATGAAG TGTCCCAGGATTTTTTAAAATGATTGAA ACTGTTTAC 92 MRSA_WT_01183 intergenic 92519 93087 + down ACAGTTCAATCATTTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACATATTGAATCAGCCTCATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAACAAAGTATCGCACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAGCAATTTAAGTTGAAAGCTTAAATTAATATTCTCAAGTTAATAAACAATTAACTTTTAGATGGATTCATCAAAAATCGTAAAAAAGCACAATTTGTATTTTACAAACATTAATTAAAAATGAAAGCAAAACATTCGTGCAATCGGTTACCTTAAATTGTTTACAACTGTCAACAATACCAAGGTTTTATTAACTATATTTCTCACAAAATTAGCTTTTAGCATTCCAAACAAAAAAGGTTAAATCGAACGGAATTATGACATTTTTAAAGCCATTGTAAAAAAAGTTGATAATGGTCAATTGTTAATGAACAGTTAATTATAATAACGTTCAAAATATATTATTATTTAATTAAGTTAAATAAAATTATAGAAAGAAAGTGAAACTTA TAAGTTTCACTTTCTTTCTATAATTTTATTTAACTTAATTAAATAATAATATATTTTGAACGTTATTATAATTAACTGTTCATTAACAATTGACCATTATCAACTTTTTTTACAATGGCTTTAAAAATGTCATAATTCCGTTCGATTTAACCTTTTTTGTTTGGAATGCTAAAAGCTAATTTTGTGAGAAATATAGTTAATAAAACCTTGGTATTGTTGACAGTTGTAAACAATTTAAGGTAACCGATTGCACGAATGTTTTGCTTTCATTTTTAATTAATGTTTGTAAAATACAAATTGTGCTTTTTTACGATTTTTGATGAATCCATCTAAAAGTTAATTGTTTATTAACTTGAGAATATTAATTTAAGCTTTCAACTTAAATTGCTTCATTTGTATTATTTGTGTATCTACTATGGTGCGATACTTTGTTCTTATAAAAATCAGTTGTTATTATTAAATTTAATGTACGATAAAATAATTTAATGTTATGAGGCTGATTCAATATGTTAAAAAATCCTGAGACAAGTATGAAGTGTCCCAGGATTTTTTAAAATGATTGA 563 TTerm_0407 MRSA_WT_8 93035 93049 15 93055 93069 15 5 86 0 20 100 0 100 0 0 93051 TATATTATTATTTAA TTAAATAAAATTATA True GTTCAAAAT GAAAGAAAG True False - TATAATTTTATTTAA CTTAA TTAAATAATAATATA ATTTTGAAC 40 MRSA_WT_01183 intergenic 92519 93087 + down ACAGTTCAATCATTTTAAAAAATCCTGGGACACTTCATACTTGTCTCAGGATTTTTTAACATATTGAATCAGCCTCATAACATTAAATTATTTTATCGTACATTAAATTTAATAATAACAACTGATTTTTATAAGAACAAAGTATCGCACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAGCAATTTAAGTTGAAAGCTTAAATTAATATTCTCAAGTTAATAAACAATTAACTTTTAGATGGATTCATCAAAAATCGTAAAAAAGCACAATTTGTATTTTACAAACATTAATTAAAAATGAAAGCAAAACATTCGTGCAATCGGTTACCTTAAATTGTTTACAACTGTCAACAATACCAAGGTTTTATTAACTATATTTCTCACAAAATTAGCTTTTAGCATTCCAAACAAAAAAGGTTAAATCGAACGGAATTATGACATTTTTAAAGCCATTGTAAAAAAAGTTGATAATGGTCAATTGTTAATGAACAGTTAATTATAATAACGTTCAAAATATATTATTATTTAATTAAGTTAAATAAAATTATAGAAAGAAAGTGAAACTTA TAAGTTTCACTTTCTTTCTATAATTTTATTTAACTTAATTAAATAATAATAT 52 TTerm_0408 MRSA_WT_9 8956 8977 22 8985 9006 22 7 86 0 29 61 38 63 36 0 8980 CAAAAAAGCCATCTATATCACT AGTGACCTAGATGGCTTTGTTG True CTAAACAGC TTTGAGTCG True False - CAACAAAGCCATCTAGGTCACT TTTATGG AGTGATATAGATGGCTTTTTTG GCTGTTTAG 82 MRSA_WT_01198 intergenic 8811 9051 + down TGTGGCTACGCATATATTTAATAAATCTACTAAGTCCTTTTCAATGGCACTTAGTAGATTTTTGTTTATATAACCATTTTGAGCAAACACGTTATGAATAAATAAAAAAACAATTACATTATCAACTTTACATTAACTAAACAGCAAAAAAGCCATCTATATCACTCCATAAAAGTGACCTAGATGGCTTTGTTGTTTGAGTCGAATATGACTCATACATAGCTTTGTTTAAATGCTGAT CACGAGATGGGTAAGACAAAAATAATGTGGCTACGCATATATTTAATAAATCTACTAAGTCCTTTTCAATGGCACTTAGTAGATTTTTGTTTATATAACCATTTTGAGCAAACACGTTATGAATAAATAAAAAAACAATTACATTATCAACTTTACATTAACTAAACAGCAAAAAAGCCATCTATATCACTCCATAAAAGTGACCTAGATGGCTTTGTTGTTTGAGTCGAATATGACTCATACATAGCTTTGTTTAAATGCTGATTAACGAATTTCTTGGATTCTAGCAG ATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCATATTCGACTCAAACAACAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTT 95 TTerm_0409 MRSA_WT_9 28180 28190 11 28198 28208 11 7 90 0 17 63 36 60 40 0 28193 AAATGTGACCT AGGACACATTT True CACATAAAA ACTTAAGAA True False - AAATGTGTCCT CCACATA AGGTCACATTT TTTTATGTG 58 MRSA_WT_01216 intergenic 28160 28520 + down TAAATATATTGCACATAAAAAATGTGACCTTATGTGGAGGACACATTTACTTAAGAACTAAGAGCTCAACCTCTTAGTTCTTTTTTTGTTACCAAACAATACATAATGGTTCATAGTGAAATTCGAACTATCAATATAATTTGGTTAATACGTTTAATAATGGTTCTCTGTCAAATTGGACTTATGGGTTCAATATCGATTTTGGCACATAAATCAATGTACTAGGACCTACAATTTTCCTTTCGATAATAAATCACGCCATAATCTTCATTAATTACAGCGTGATTCATCTATTATTATGTTATAAATTCTATCTATAAACGTCACTTTATTAAAAATCCTCACAAATTTGAATATACT ATCTGGTAAAGTAACTAGAGTTTAATAAATATATTGCACATAAAAAATGTGACCTTATGTGGAGGACACATTTACTTAAGAACTAAGAGCTCAACCTCTTAGTTCTTTTTTTGTTACCAAACAATACATAATGGTTCATAGTGAAATTCGAACTATCAATATAATTTGGTTAATACGTTTAATAATGGTTCTCTGTCAAATTGGACTTATGGGTTCAATATCGATTTTGGCACATAAATCAATGTACTAGGACCTACAATTTTCCTTTCGATAATAAATCACGCCATAATCTTCATTAATTACAGCGTGATTCATCTATTATTATGTTATAAATTCTATCTATAAACGTCACTTTATTAAAAATCCTCACAAATTTGAATATACTTAATTTAAATCTGTACTTCTAATTT AGTATATTCAAATTTGTGAGGATTTTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAGATGAATCACGCTGTAATTAATGAAGATTATGGCGTGATTTATTATCGAAAGGAAAATTGTAGGTCCTAGTACATTGATTTATGTGCCAAAATCGATATTGAACCCATAAGTCCAATTTGACAGAGAACCATTATTAAACGTATTAACCAAATTATATTGATAGTTCGAATTTCACTATGAACCATTATGTATTGTTTGGTAACAAAAAAAGAACTAAGAGGTTGAGCTCTTAGTTCTTAAGTAAATGTGTCCTCCACATAAGGTCACATT 340 TTerm_0410 MRSA_WT_9 83193 83205 13 83210 83222 13 4 84 0 16 53 46 54 45 0 83207 AAAAGAGTTCCGT ACGGGGCTCTTTT True TACCAAACA TGTTTTGAA True True - AAAAGAGCCCCGT AATC ACGGAACTCTTTT TGTTTGGTA 72 MRSA_WT_01267 intergenic 83162 83630 + down TTATAGGTATTTTTATACGCATTACCAAACAAAAGAGTTCCGTGATTACGGGGCTCTTTTTGTTTTGAATTTCAGTATTATAGTATGATGCGTCACCAAAACGTCCCCCGCATAAGCCCCGAAAATACAGTAATTAAAACAAGCATGCTTATTCGTTATAGAATTTTTTGACACACAATTGACACGCGTCTGACACTTGTTTATACATTTTTAATTAAGTAATTTTGTGCTCAAATTTCATCTATACTGCACCTGAACTACACCAACACTACACCAAGATTTTTAACACTCACCATTTGCATGCGTAGAGATTTTTATTATTATATTATTCTTATAGATTTTGATACTATTCAAAATTTTAGGGACTTTTCAGGGACCCGAAATCCTATAATTATATACATCTTAAAAAAATAACCACGTCCATCAAGACGTGGTTTTTTAATTATTTAATTCACTAATTATTCTTCT GGGGTTCGAATCCCTCCCAGGACGTTTATAGGTATTTTTATACGCATTACCAAACAAAAGAGTTCCGTGATTACGGGGCTCTTTTTGTTTTGAATTTCAGTATTATAGTATGATGCGTCACCAAAACGTCCCCCGCATAAGCCCCGAAAATACAGTAATTAAAACAAGCATGCTTATTCGTTATAGAATTTTTTGACACACAATTGACACGCGTCTGACACTTGTTTATACATTTTTAATTAAGTAATTTTGTGCTCAAATTTCATCTATACTGCACCTGAACTACACCAACACTACACCAAGATTTTTAACACTCACCATTTGCATGCGTAGAGATTTTTATTATTATATTATTCTTATAGATTTTGATACTATTCAAAATTTTAGGGACTTTTCAGGGACCCGAAATCCTATAATTATATACATCTTAAAAAAATAACCACGTCCATCAAGACGTGGTTTTTTAATTATTTAATTCACTAATTATTCTTCTTAATTTTCATTGCTAAATATACTAT AGAAGAATAATTAGTGAATTAAATAATTAAAAAACCACGTCTTGATGGACGTGGTTATTTTTTTAAGATGTATATAATTATAGGATTTCGGGTCCCTGAAAAGTCCCTAAAATTTTGAATAGTATCAAAATCTATAAGAATAATATAATAATAAAAATCTCTACGCATGCAAATGGTGAGTGTTAAAAATCTTGGTGTAGTGTTGGTGTAGTTCAGGTGCAGTATAGATGAAATTTGAGCACAAAATTACTTAATTAAAAATGTATAAACAAGTGTCAGACGCGTGTCAATTGTGTGTCAAAAAATTCTATAACGAATAAGCATGCTTGTTTTAATTACTGTATTTTCGGGGCTTATGCGGGGGACGTTTTGGTGACGCATCATACTATAATACTGAAATTCAAAACAAAAAGAGCCCCGTAATCACGGAACTCTTT 437 TTerm_0411 MRSA_WT_9 83571 83583 13 83590 83602 13 6 92 0 21 61 38 58 41 0 83586 AAATAACCACGTC GACGTGGTTTTTT True TCTTAAAAA AATTATTTA True True - AAAAAACCACGTC TTGATG GACGTGGTTATTT TTTTTAAGA 74 MRSA_WT_01267 intergenic 83162 83630 + down TTATAGGTATTTTTATACGCATTACCAAACAAAAGAGTTCCGTGATTACGGGGCTCTTTTTGTTTTGAATTTCAGTATTATAGTATGATGCGTCACCAAAACGTCCCCCGCATAAGCCCCGAAAATACAGTAATTAAAACAAGCATGCTTATTCGTTATAGAATTTTTTGACACACAATTGACACGCGTCTGACACTTGTTTATACATTTTTAATTAAGTAATTTTGTGCTCAAATTTCATCTATACTGCACCTGAACTACACCAACACTACACCAAGATTTTTAACACTCACCATTTGCATGCGTAGAGATTTTTATTATTATATTATTCTTATAGATTTTGATACTATTCAAAATTTTAGGGACTTTTCAGGGACCCGAAATCCTATAATTATATACATCTTAAAAAAATAACCACGTCCATCAAGACGTGGTTTTTTAATTATTTAATTCACTAATTATTCTTCT GGGGTTCGAATCCCTCCCAGGACGTTTATAGGTATTTTTATACGCATTACCAAACAAAAGAGTTCCGTGATTACGGGGCTCTTTTTGTTTTGAATTTCAGTATTATAGTATGATGCGTCACCAAAACGTCCCCCGCATAAGCCCCGAAAATACAGTAATTAAAACAAGCATGCTTATTCGTTATAGAATTTTTTGACACACAATTGACACGCGTCTGACACTTGTTTATACATTTTTAATTAAGTAATTTTGTGCTCAAATTTCATCTATACTGCACCTGAACTACACCAACACTACACCAAGATTTTTAACACTCACCATTTGCATGCGTAGAGATTTTTATTATTATATTATTCTTATAGATTTTGATACTATTCAAAATTTTAGGGACTTTTCAGGGACCCGAAATCCTATAATTATATACATCTTAAAAAAATAACCACGTCCATCAAGACGTGGTTTTTTAATTATTTAATTCACTAATTATTCTTCTTAATTTTCATTGCTAAATATACTAT AGAAGAATAATTAGTGAATTAAATAATTAAAAAACCACGTCTTGATGGACGTGGTTATT 59 TTerm_0412 MRSA_WT_9 85053 85063 11 85072 85082 11 8 100 0 22 63 36 63 36 0 85067 AAAAAGAGGCA TGCCTCTTTTT True AATAACTAA AGTGTATAT True True - AAAAAGAGGCA AGATTACC TGCCTCTTTTT TTAGTTATT 76 MRSA_WT_01269 intergenic 85014 85320 + down CACCATTACCAAGAATTAACACGCATATTTAATAACTAAAAAAGAGGCAGGTAATCTTGCCTCTTTTTAGTGTATATCAATGCCTCTTTGATTTAATATGATCATATCAATGATACCTTCTGACTAAAGCTGTAGTAACTATACTAGAACGTCTAGTTCATAAACACGTTTCACTCTAACCTTTATTTAAATAATATATAAGCAGCAAACGCCAAGGCTAATATACCAATAAAATAATTAATAAAGATTTTTATTTTAGTCTTTGTAATAGTTGACAAATTTTATCACCTCTAAATATCGATAAAT ATTTCTTCGTAATGCGTCTCAGTAACACCATTACCAAGAATTAACACGCATATTTAATAACTAAAAAAGAGGCAGGTAATCTTGCCTCTTTTTAGTGTATATCAATGCCTCTTTGATTTAATATGATCATATCAATGATACCTTCTGACTAAAGCTGTAGTAACTATACTAGAACGTCTAGTTCATAAACACGTTTCACTCTAACCTTTATTTAAATAATATATAAGCAGCAAACGCCAAGGCTAATATACCAATAAAATAATTAATAAAGATTTTTATTTTAGTCTTTGTAATAGTTGACAAATTTTATCACCTCTAAATATCGATAAATTAAACGCCGTTATTTTTCCTTTGCC ATTTATCGATATTTAGAGGTGATAAAATTTGTCAACTATTACAAAGACTAAAATAAAAATCTTTATTAATTATTTTATTGGTATATTAGCCTTGGCGTTTGCTGCTTATATATTATTTAAATAAAGGTTAGAGTGAAACGTGTTTATGAACTAGACGTTCTAGTATAGTTACTACAGCTTTAGTCAGAAGGTATCATTGATATGATCATATTAAATCAAAGAGGCATTGATATACACTAAAAAGAGGCAAGATTACCTGCCTCTTTT 267 TTerm_0413 MRSA_WT_9 94767 94776 10 94781 94790 10 4 100 0 20 80 20 80 20 0 94778 AAGTTTTGAA TTCAAAACTT True TTATTTAAA ATCGAACAC True False - AAGTTTTGAA CAAT TTCAAAACTT TTTAAATAA 48 MRSA_WT_01278 intergenic 94548 95002 + down TGGTCATGCACACTCAAATATTCAAATTTTAACATTAGCCGATAACATCAGAAATGATGTGTGTCGGCTATTTTAGTTGCAGTATAAAATTAAACATCGATGAATAGTAATATATATATTATGCTTTTCAATATATATTCATGCTTATAAACACGATATAAGATTTAATTTTTCAGTTTCAAACATTTTTAATTCATATTGTCAAACCCTTTATTTAAAAGTTTTGAAATTGTTCAAAACTTATCGAACACATTATGTGTTAATATATTTGCAGAATTATTTTAAAATCGTTTTAAAACTATACTGAAATAAGAAGATAAAAAGTATAATAAGTACATATAATTGAAAATAACTTCTAGAAATCTATTTATCTCTAATCTAGATATTGTAAGAAGTTGTATGAATAAGTTAAACTTAAATTGAATCAGTTTAAATGTTCAAGGAGGATGACAAA GGAAAAAGAAGAAATGACAAATTAATGGTCATGCACACTCAAATATTCAAATTTTAACATTAGCCGATAACATCAGAAATGATGTGTGTCGGCTATTTTAGTTGCAGTATAAAATTAAACATCGATGAATAGTAATATATATATTATGCTTTTCAATATATATTCATGCTTATAAACACGATATAAGATTTAATTTTTCAGTTTCAAACATTTTTAATTCATATTGTCAAACCCTTTATTTAAAAGTTTTGAAATTGTTCAAAACTTATCGAACACATTATGTGTTAATATATTTGCAGAATTATTTTAAAATCGTTTTAAAACTATACTGAAATAAGAAGATAAAAAGTATAATAAGTACATATAATTGAAAATAACTTCTAGAAATCTATTTATCTCTAATCTAGATATTGTAAGAAGTTGTATGAATAAGTTAAACTTAAATTGAATCAGTTTAAATGTTCAAGGAGGATGACAAATGGTTTTTAAAGATTGGAAAGTTAA TTTGTCATCCTCCTTGAACATTTAAACTGATTCAATTTAAGTTTAACTTATTCATACAACTTCTTACAATATCTAGATTAGAGATAAATAGATTTCTAGAAGTTATTTTCAATTATATGTACTTATTATACTTTTTATCTTCTTATTTCAGTATAGTTTTAAAACGATTTTAAAATAATTCTGCAAATATATTAACACATAATGTGTTCGATAAGTTTTGAACAATTTCAAAACT 235 TTerm_0414 MRSA_WT_10 44187 44199 13 44204 44216 13 4 92 0 21 34 65 33 66 0 44201 AACCCCCGTAAGC GCCTACGGGGGTT True AACACAAAA ATAATATAT True False - AACCCCCGTAGGC ATAG GCTTACGGGGGTT TTTTGTGTT 74 MRSA_WT_01324 intergenic 43966 44232 + down ACTATCTAGTGAGGAAAGAGACTTATAGGTCTCGCGAGTTATTTTAATTCGTATGCAAGAAAAAGAAGAGCTATGCATTTTATTTAAAATGCGTAGTTCTTTTTTTATGCATCTAAATTCATATTATTTTTGCAATATAAACATATCTTTGTGCAAATCCCGAACACAAAACATTCACATCGTCCTTTTTCTGCCCTTTTTCTATATCCCAAAACACAAAAACCCCCGTAAGCCTATGCCTACGGGGGTTATAATATATTAAATAT TGACTTCAACAGACCAAAAGTATAAACTATCTAGTGAGGAAAGAGACTTATAGGTCTCGCGAGTTATTTTAATTCGTATGCAAGAAAAAGAAGAGCTATGCATTTTATTTAAAATGCGTAGTTCTTTTTTTATGCATCTAAATTCATATTATTTTTGCAATATAAACATATCTTTGTGCAAATCCCGAACACAAAACATTCACATCGTCCTTTTTCTGCCCTTTTTCTATATCCCAAAACACAAAAACCCCCGTAAGCCTATGCCTACGGGGGTTATAATATATTAAATATTATTGTTCTTCTTTAACATATGGTA ATATTTAATATATTATAACCCCCGTAGGCATAGGCTTACGGGGGT 45 TTerm_0415 MRSA_WT_10 64317 64327 11 64333 64343 11 5 100 0 22 63 36 63 36 0 64329 AAAAAACAGGC GCCTGTTTTTT True CGCAACAAA ATTTTTTAA True True - AAAAAACAGGC CGAGT GCCTGTTTTTT TTTGTTGCG 76 MRSA_WT_01346 intergenic 64249 64342 + down TCTTATAAGAATTAATGCTGTGATTATCGTTATACTGCAATACCGAGTATTTCCAACATCGCAACAAAAAAAACAGGCACTCGGCCTGTTTTT CCGAGGCAAACCGCCAACACATTAATCTTATAAGAATTAATGCTGTGATTATCGTTATACTGCAATACCGAGTATTTCCAACATCGCAACAAAAAAAACAGGCACTCGGCCTGTTTTTTATTTTTTAAATTTAAAGATTAAGA AAAAACAGGCCGAGTGCCTGTTTTT 25 TTerm_0416 MRSA_WT_11 13006 13020 15 13027 13041 15 6 86 0 20 66 33 69 30 0 13023 AAAAAGGAGCAGACA TGTTTGCTTCTTTTT True TTAATTTCA TATGTTGTT True True - AAAAAGAAGCAAACA CCATTC TGTCTGCTCCTTTTT TGAAATTAA 56 MRSA_WT_01368 intergenic 12958 13424 + down TTAATATTTAGTTTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTCAAAAAGGAGCAGACAGAATGGTGTTTGCTTCTTTTTTATGTTGTTAAGGCACGAATTGATACAGCACATTTTAAAAGTTGAAGCTAAAAATGATGAAATATACAAAAAATGATTGTGCTATAATTATATAGAAAATGCTGTAGTTGATGAATAAAAACATACAAAAGCAATCCCACTAAAGCTGAATTGGCTGTCAAAATAATGTCAATATTTGAGCGAACAATCAGACTTTAGACCATGGTCAAGCGGGTAATAACATCATATATTAATTAAGGTGAATGATGCGTTATTAATCAATCGTAATAGAAAGACAAGATTTTAACGATTAAAATAAACTATTTTACAAATAAAGTAAAATTAATTTATAATGCTAATAATGCAAAAAATTAAAAAGTAATGGACAAAGGAGATAAATGATA CGGTACTTCAAACCGTGCTAAATAATTAATATTTAGTTTTTAAGTTATTAATAACGTAGGGATATTAATTTCAAAAAGGAGCAGACAGAATGGTGTTTGCTTCTTTTTTATGTTGTTAAGGCACGAATTGATACAGCACATTTTAAAAGTTGAAGCTAAAAATGATGAAATATACAAAAAATGATTGTGCTATAATTATATAGAAAATGCTGTAGTTGATGAATAAAAACATACAAAAGCAATCCCACTAAAGCTGAATTGGCTGTCAAAATAATGTCAATATTTGAGCGAACAATCAGACTTTAGACCATGGTCAAGCGGGTAATAACATCATATATTAATTAAGGTGAATGATGCGTTATTAATCAATCGTAATAGAAAGACAAGATTTTAACGATTAAAATAAACTATTTTACAAATAAAGTAAAATTAATTTATAATGCTAATAATGCAAAAAATTAAAAAGTAATGGACAAAGGAGATAAATGATATGGCTCAAGAGGTAATAAAAATAAG TATCATTTATCTCCTTTGTCCATTACTTTTTAATTTTTTGCATTATTAGCATTATAAATTAATTTTACTTTATTTGTAAAATAGTTTATTTTAATCGTTAAAATCTTGTCTTTCTATTACGATTGATTAATAACGCATCATTCACCTTAATTAATATATGATGTTATTACCCGCTTGACCATGGTCTAAAGTCTGATTGTTCGCTCAAATATTGACATTATTTTGACAGCCAATTCAGCTTTAGTGGGATTGCTTTTGTATGTTTTTATTCATCAACTACAGCATTTTCTATATAATTATAGCACAATCATTTTTTGTATATTTCATCATTTTTAGCTTCAACTTTTAAAATGTGCTGTATCAATTCGTGCCTTAACAACATAAAAAAGAAGCAAACACCATTCTGTCTGCTCCTTTT 418 TTerm_0417 MRSA_WT_11 26806 26813 8 26819 26826 8 5 87 0 11 75 25 71 28 0 26815 AAATAGAC GTCTAATT True TCTAAGAAA GTGTCTAAA True False - AATTAGAC AAAAA GTCTATTT TTTCTTAGA 38 MRSA_WT_01382 intergenic 26802 26969 + down GAAAAATAGACTTTTTGTCTAATTGTGTCTAAATTGTGTCTGAACATGCTTATTTTTTTACAACAATTTGAATAGAATTGACACCACAAATCGCCTATATTATCATTTAGTTTGTATGAGTGGAACGGTTTTCATGATTGATATCAGTCACACGGAGGCATATAAAA CACTGAAAAACCAAGCGATTTCTAAGAAAAATAGACTTTTTGTCTAATTGTGTCTAAATTGTGTCTGAACATGCTTATTTTTTTACAACAATTTGAATAGAATTGACACCACAAATCGCCTATATTATCATTTAGTTTGTATGAGTGGAACGGTTTTCATGATTGATATCAGTCACACGGAGGCATATAAAATGAGTCGTTTCTACAACATTTTTAA TTTTATATGCCTCCGTGTGACTGATATCAATCATGAAAACCGTTCCACTCATACAAACTAAATGATAATATAGGCGATTTGTGGTGTCAATTCTATTCAAATTGTTGTAAAAAAATAAGCATGTTCAGACACAATTTAGACACAATTAGACAAAAAGTCTATT 163 TTerm_0418 MRSA_WT_11 43089 43114 26 43121 43147 27 6 88 3 32 69 30 70 29 0 43117 AAATAATGTGCACCCTAAAAGTTGAA TTTAACTTTATAGGGCGCACATTATTT True GCAAGTCCA TTCGCTTCA True True - AAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAA ATTATC TTCAACTTTTAGGGTGCACATTATTT TGGACTTGC 72 MRSA_WT_01402 intergenic 43075 43553 + down CCTTAGCAAGTCCAAATAATGTGCACCCTAAAAGTTGAAGATAATTTTAACTTTATAGGGCGCACATTATTTTTCGCTTCAATAGCGAAACTTAGTGTCACATTATACAATATGTCATAAATAGAAACAGCAGTAAGATGATTTCAAATGTGAAAGTCATCCTACTGCTGTTTTTATTTGAAATAATATTAACGAGATTTCAGTATGTAAAAAGTGGTTAATAACAGAGTTGTCATTCTTCATCGCAATGTCATCTTGACACAATGATTCATCAGTGTAGAAGTATATGTCGTAACGCAACATGTCCACAGCAATTCACTAATGCATGTAACAGTGTGAAATAATAACGTCACAACGGCATAATACACATTGCAACGTCCCAACAACATATCATAGAATCGTAACGGCATGGCATCAACACCAAGCTCCCACAACAATACGCCATTACATCGCATCATCATACTACAACTCCAATGTC AGTGTCTAAAAAGAAAAAGAAATAACCTTAGCAAGTCCAAATAATGTGCACCCTAAAAGTTGAAGATAATTTTAACTTTATAGGGCGCACATTATTTTTCGCTTCAATAGCGAAACTTAGTGTCACATTATACAATATGTCATAAATAGAAACAGCAGTAAGATGATTTCAAATGTGAAAGTCATCCTACTGCTGTTTTTATTTGAAATAATATTAACGAGATTTCAGTATGTAAAAAGTGGTTAATAACAGAGTTGTCATTCTTCATCGCAATGTCATCTTGACACAATGATTCATCAGTGTAGAAGTATATGTCGTAACGCAACATGTCCACAGCAATTCACTAATGCATGTAACAGTGTGAAATAATAACGTCACAACGGCATAATACACATTGCAACGTCCCAACAACATATCATAGAATCGTAACGGCATGGCATCAACACCAAGCTCCCACAACAATACGCCATTACATCGCATCATCATACTACAACTCCAATGTCTAGTCGTGATAATTCCATTCCGTAA GACATTGGAGTTGTAGTATGATGATGCGATGTAATGGCGTATTGTTGTGGGAGCTTGGTGTTGATGCCATGCCGTTACGATTCTATGATATGTTGTTGGGACGTTGCAATGTGTATTATGCCGTTGTGACGTTATTATTTCACACTGTTACATGCATTAGTGAATTGCTGTGGACATGTTGCGTTACGACATATACTTCTACACTGATGAATCATTGTGTCAAGATGACATTGCGATGAAGAATGACAACTCTGTTATTAACCACTTTTTACATACTGAAATCTCGTTAATATTATTTCAAATAAAAACAGCAGTAGGATGACTTTCACATTTGAAATCATCTTACTGCTGTTTCTATTTATGACATATTGTATAATGTGACACTAAGTTTCGCTATTGAAGCGAAAAATAATGTGCGCCCTATAAAGTTAAAATTATCTTCAACTTTTAGGGTGCACATTATT 464 TTerm_0419 MRSA_WT_11 51245 51255 11 51263 51273 11 7 81 0 12 77 22 88 11 0 51258 TATGACAATCA TGATTCTAATA True GACAAAAAT AATATTCGC True False - TATTAGAATCA CATTAAT TGATTGTCATA ATTTTTGTC 40 MRSA_WT_01410 intergenic 50884 51400 + down AAATTAGTCGAGCGACCTTTTACTTAGAAAATGATTTGAATTAATACTAAAAGATTACAAAGAAGAGGTGGTTTTGTGTGTAAATACAAAATTGCCTTTTTCTTTTTATGTTAAATCTATAAATTTGAAACTAAATCAAGGTTAATTCTATGTACACACTTTATATAGGAAGTAGTTTGAATGTTTATATAATATTTTACAAAAAGATGTTGTATTATAAGGTCTAATTTCACATGTGTTTCAGTAAAATTTGTTGTGAAATGTTAACGATATACGTATTTTATAAAAAATTTTTTATAATGATTATTCGAATGATGCATAACGCTTACATCTTATCTAATGCTAGCTTTTTGACAAAAATATGACAATCAATTAATGTGATTCTAATAAATATTCGCAAATTGCTTTATTGCGATTAAATTTTTTTGGTGGTACTATATAGAAGTTGATGAAATATTAATGAACTTATATGCAAAAGTATATTGAGAAATAAACAGGTAAAAAGGAGAATTATTT AGTTGTAAATGCTTTAATTTCATAGAAATTAGTCGAGCGACCTTTTACTTAGAAAATGATTTGAATTAATACTAAAAGATTACAAAGAAGAGGTGGTTTTGTGTGTAAATACAAAATTGCCTTTTTCTTTTTATGTTAAATCTATAAATTTGAAACTAAATCAAGGTTAATTCTATGTACACACTTTATATAGGAAGTAGTTTGAATGTTTATATAATATTTTACAAAAAGATGTTGTATTATAAGGTCTAATTTCACATGTGTTTCAGTAAAATTTGTTGTGAAATGTTAACGATATACGTATTTTATAAAAAATTTTTTATAATGATTATTCGAATGATGCATAACGCTTACATCTTATCTAATGCTAGCTTTTTGACAAAAATATGACAATCAATTAATGTGATTCTAATAAATATTCGCAAATTGCTTTATTGCGATTAAATTTTTTTGGTGGTACTATATAGAAGTTGATGAAATATTAATGAACTTATATGCAAAAGTATATTGAGAAATAAACAGGTAAAAAGGAGAATTATTTTGCAAAATTTTAAAGAACTAGGGAT AAATAATTCTCCTTTTTACCTGTTTATTTCTCAATATACTTTTGCATATAAGTTCATTAATATTTCATCAACTTCTATATAGTACCACCAAAAAAATTTAATCGCAATAAAGCAATTTGCGAATATTTATTAGAATCACATTAATTGATTGTCAT 155 TTerm_0420 MRSA_WT_11 69521 69526 6 69535 69540 6 8 100 0 12 83 16 83 16 0 69530 ATTAAG CTTAAT True AAAATTGCA AGAAGTATT True False - ATTAAG GTATGATA CTTAAT TGCAATTTT 32 MRSA_WT_01427 intergenic 69169 69616 + down AATTTGCTTATTAATGATACGTTTTATAATGAAAAATCCATATAATTATCCCTTGATTATTAAATTGAAATCGAGGGGTATTTTTAATTTAATTAAGGTTTTCGAATTAATGCGTTATTAACGTAGTTTAATGTGTATCCACATAAATGTCGCGATATAGTATTAATAATTTAAGTGAAGAAGATATCTAATTGTCGGTTTAATTAAGTGGATTGCTATTAGAATAAAAAAAGTAGGCTTAGATTATGAAATTTAGGAAATGATGGTGTGTCATTTTCAATAATCTTAGTGCATTTTAAAATGTTGTATGACCTAATAATTCATTTTTAAAGTTTTGGAAGTTAAAATTGCATTAAGTATCATACCTTAATAGAAGTATTTTAGAATATGTTAAAATAAATGAGTAAATTTAAGAAAAAGTGTGGGTTAAGTAAATGGACAATCAAT ATTACAAGAAGCAGCACATAAATAGAATTTGCTTATTAATGATACGTTTTATAATGAAAAATCCATATAATTATCCCTTGATTATTAAATTGAAATCGAGGGGTATTTTTAATTTAATTAAGGTTTTCGAATTAATGCGTTATTAACGTAGTTTAATGTGTATCCACATAAATGTCGCGATATAGTATTAATAATTTAAGTGAAGAAGATATCTAATTGTCGGTTTAATTAAGTGGATTGCTATTAGAATAAAAAAAGTAGGCTTAGATTATGAAATTTAGGAAATGATGGTGTGTCATTTTCAATAATCTTAGTGCATTTTAAAATGTTGTATGACCTAATAATTCATTTTTAAAGTTTTGGAAGTTAAAATTGCATTAAGTATCATACCTTAATAGAAGTATTTTAGAATATGTTAAAATAAATGAGTAAATTTAAGAAAAAGTGTGGGTTAAGTAAATGGACAATCAATTGATTAATTCAATCATAGAGAAATA ATTGATTGTCCATTTACTTAACCCACACTTTTTCTTAAATTTACTCATTTATTTTAACATATTCTAAAATACTTCTATTAAGGTATGATACTTAA 95 TTerm_0421 MRSA_WT_12 12321 12341 21 12351 12371 21 9 95 0 37 73 26 75 25 0 12345 AAAAACAGCAGTAAGATATTT AAATATCTTACTGCTGTTCTT True AAATTCAGA TATTTGCAT True False - AAGAACAGCAGTAAGATATTT CAAATAGAA AAATATCTTACTGCTGTTTTT TCTGAATTT 74 MRSA_WT_01440 intergenic 12276 12516 + down TCATTTACCTGATACGTCCACAAGTATCAGGTACATAAATTCAGAAAAACAGCAGTAAGATATTTTTCTATTTGAAATATCTTACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAATTCATATAAAAGTTCGCTTTAATGTCATTGACGTATGTATAAGCTCTCATGTTTAATAAAATTAATACACCTTTAAAAACGCTTACACGGAAAATTTAGAAAGGAGGTACATGTTAAA TCAAGTACAATCACCTAAAAATTAATCATTTACCTGATACGTCCACAAGTATCAGGTACATAAATTCAGAAAAACAGCAGTAAGATATTTTTCTATTTGAAATATCTTACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAATTCATATAAAAGTTCGCTTTAATGTCATTGACGTATGTATAAGCTCTCATGTTTAATAAAATTAATACACCTTTAAAAACGCTTACACGGAAAATTTAGAAAGGAGGTACATGTTAAATGCTTGATAGACACTTAAAACTACT TTTAACATGTACCTCCTTTCTAAATTTTCCGTGTAAGCGTTTTTAAAGGTGTATTAATTTTATTAAACATGAGAGCTTATACATACGTCAATGACATTAAAGCGAACTTTTATATGAATTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTTACTGCTGTTTT 195 TTerm_0422 MRSA_WT_12 17436 17452 17 17461 17477 17 8 94 0 29 61 38 62 37 0 17456 AAATCCACACATTAAGG CCCTAATGTGTGGATTT True AAACATAAA CATTTTTAT True True - AAATCCACACATTAGGG TTATAGCT CCTTAATGTGTGGATTT TTTATGTTT 82 MRSA_WT_01443 intergenic 17371 17483 + down TAGCAATGATAACACCCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTCATTTT TGCTATAGTAAGTCATCCTGGATAATAGCAATGATAACACCCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTCATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAA AAAATGAAATCCACACATTAGGGTTATAGCTCCTTAATGTGTGGATT 47 TTerm_0423 MRSA_WT_12 45267 45274 8 45280 45287 8 5 87 0 11 87 12 85 14 0 45276 AATGATAA TTATCTTT True ACGGGTAAA CACAAAAAT True False - AAAGATAA TTACT TTATCATT TTTACCCGT 30 MRSA_WT_01458 intergenic 45169 45320 + down ATTCATATATTTTGAGTGAATAGAATTATATTTCCATAGCAAATATTCCTGAACTACACATGTTACATAAGAGATTCATTTTTGAAGAAACGGGTAAAATGATAAAGTAATTATCTTTCACAAAAATCCAAATATTGGGAGGAATTAAATA GCAACTCGATAAAACCACACATTAAATTCATATATTTTGAGTGAATAGAATTATATTTCCATAGCAAATATTCCTGAACTACACATGTTACATAAGAGATTCATTTTTGAAGAAACGGGTAAAATGATAAAGTAATTATCTTTCACAAAAATCCAAATATTGGGAGGAATTAAATATGATTTTACGTTACGTGACCAATTT TATTTAATTCCTCCCAATATTTGGATTTTTGTGAAAGATAATTACTTTATCAT 53 TTerm_0424 MRSA_WT_12 70258 70264 7 70271 70277 7 6 100 0 14 85 14 85 14 0 70267 TTTCAAA TTTGAAA True AAAATACCT ATCCGATTT True False - TTTCAAA GCGTGT TTTGAAA AGGTATTTT 36 MRSA_WT_01485 intergenic 70242 70394 + down TTTTAATAAAATACCTTTCAAAACACGCTTTGAAAATCCGATTTATAAAGGTTTTTCAAGGCTGTTTTTTATGCGCATGCATAACCTGATATGTTTTTAATTATGCGCATGTTATACTAAATTAAATTTTAATACTGCGGGGTGTCTTAAAA TGATGATTTACATCAACATGCTTAGTTTTAATAAAATACCTTTCAAAACACGCTTTGAAAATCCGATTTATAAAGGTTTTTCAAGGCTGTTTTTTATGCGCATGCATAACCTGATATGTTTTTAATTATGCGCATGTTATACTAAATTAAATTTTAATACTGCGGGGTGTCTTAAAATGCACATTTTAGTAACAGGGTTTGC TTTTAAGACACCCCGCAGTATTAAAATTTAATTTAGTATAACATGCGCATAATTAAAAACATATCAGGTTATGCATGCGCATAAAAAACAGCCTTGAAAAACCTTTATAAATCGGATTTTCAAAGCGTGTTTTGAA 136 TTerm_0425 MRSA_WT_12 71649 71670 22 71679 71700 22 8 86 0 29 68 31 68 31 0 71674 TTAAAAGGCCACTTTTAGTCTG CAGATTAAAAGTGACCTATTAA True TTTATTTTT TATCATGTA True False - TTAATAGGTCACTTTTAATCTG TATGTAAG CAGACTAAAAGTGGCCTTTTAA AAAAATAAA 74 MRSA_WT_01487 intergenic 71599 71760 + down ATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACAGATTTTTTTATTTTTTAAAAGGCCACTTTTAGTCTGCTTACATACAGATTAAAAGTGACCTATTAATATCATGTATTATACATAGAACTAGGAATAGCCATATCTATAAAAATAATTATAATGGTT TCGTATATTAAAAAATTTAAAATAAATATGTGCTTATTAACCGTTAACAACACGTTAACAGATTTTTTTATTTTTTAAAAGGCCACTTTTAGTCTGCTTACATACAGATTAAAAGTGACCTATTAATATCATGTATTATACATAGAACTAGGAATAGCCATATCTATAAAAATAATTATAATGGTTTATGAGTTAAATCTTTTTCTTAAAA AACCATTATAATTATTTTTATAGATATGGCTATTCCTAGTTCTATGTATAATACATGATATTAATAGGTCACTTTTAATCTGTATGTAAGCAGACTAAAAGTGGCCTTTTA 111 TTerm_0426 MRSA_WT_13 6112 6124 13 6134 6147 14 9 92 7 16 29 70 30 69 0 6128 GGCCACACCTTGG CCAAGCGTGTGGCC True ATAAAAAGG TGCTCTTGT True False - GGCCACACGCTTGG AATCTTAAA CCAAGGTGTGGCC CCTTTTTAT 64 MRSA_WT_01495 intergenic 6104 6213 + down TAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCCTGCTCTTGTTATACAGTTCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTGCTGCATAT TATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGCCTGCTCTTGTTATACAGTTCTATCACTATGTCACTTTTAATCAAAAGCGACCGTAATTGCTGCATATCAATTAACGATAGGAATGATTAATT ATATGCAGCAATTACGGTCGCTTTTGATTAAAAGTGACATAGTGATAGAACTGTATAACAAGAGCAGGCCACACGCTTGGAATCTTAAACCAAGGTGTGGC 101 TTerm_0427 MRSA_WT_13 13188 13200 13 13208 13220 13 7 76 0 11 80 19 100 0 0 13203 ATTCTAGGAATAA TTATTGATACAAT True TTAATAAAA AATTTTGAA True True - ATTGTATCAATAA ATATGTA TTATTCCTAGAAT TTTTATTAA 30 MRSA_WT_01502 intergenic 12995 13332 + down TTATTACGTTAGATTAAGATAATAATATGCACAGATATTTTTACAATGAGAAGGCCTTCAGCTGCCTCAATAAAAATATTTGTGCTTTTTTATTGTTGGAAAATAAAATTTTAATCTCTATTGTTAATTTCTATAATGCAAAACAAGATTGAGTTGCAATAAAAGTGATTTTCTAACTTTTTGTTTAATAAAATTCTAGGAATAATACATATTTATTGATACAATAATTTTGAATATAATCACAAAACAATATTTAAGTATTATTGAATGTTTGAATATCATATATTGATACAGTTTCTAATAATTTTAAAATAATTTAAATGGGAAGAGGTGTAAA GATTTTACAAGATACAACAGGTTAGTTATTACGTTAGATTAAGATAATAATATGCACAGATATTTTTACAATGAGAAGGCCTTCAGCTGCCTCAATAAAAATATTTGTGCTTTTTTATTGTTGGAAAATAAAATTTTAATCTCTATTGTTAATTTCTATAATGCAAAACAAGATTGAGTTGCAATAAAAGTGATTTTCTAACTTTTTGTTTAATAAAATTCTAGGAATAATACATATTTATTGATACAATAATTTTGAATATAATCACAAAACAATATTTAAGTATTATTGAATGTTTGAATATCATATATTGATACAGTTTCTAATAATTTTAAAATAATTTAAATGGGAAGAGGTGTAAATGATGAGTACAGTTCAAAGTGATAT TTTACACCTCTTCCCATTTAAATTATTTTAAAATTATTAGAAACTGTATCAATATATGATATTCAAACATTCAATAATACTTAAATATTGTTTTGTGATTATATTCAAAATTATTGTATCAATAAATATGTATTATTCCTAGAA 144 TTerm_0428 MRSA_WT_13 14353 14366 14 14376 14390 15 9 86 6 13 72 27 76 23 0 14370 AATGTTATATCCAA TTGGATGATACCATT True ACCGCCAAA AAATGTCAT True False - AATGGTATCATCCAA CCTCAGTAC TTGGATATAACATT TTTGGCGGT 42 MRSA_WT_01505 intergenic 14277 14612 + down AGAAATACTTTTTCTTTATTGGGGTGGGACGACGAAATAAATTTTGTAAAAATATGATTTCTGTCTCACCGCCAAAATGTTATATCCAAGTACTGAGGTTGGATGATACCATTAAATGTCATTCATAATCATTTGAACTAACCGTAGCATCTTTAAATTTAATAAAAAAGACACATACCAACTTCCGAAATGTAGATGAATTCTCTACAATAACGGAAGTTTTTCTTTTAATATTGAAATTTCTCAAGGATAGGTCTATACTTTATAAATCGTAATTATTACGATTTATAGTCAGGAACAATAACTTGAAATAGATCATTGAGGGAGTGTTAATA ACGTGGAAAAGTTACACAACAATAAAGAAATACTTTTTCTTTATTGGGGTGGGACGACGAAATAAATTTTGTAAAAATATGATTTCTGTCTCACCGCCAAAATGTTATATCCAAGTACTGAGGTTGGATGATACCATTAAATGTCATTCATAATCATTTGAACTAACCGTAGCATCTTTAAATTTAATAAAAAAGACACATACCAACTTCCGAAATGTAGATGAATTCTCTACAATAACGGAAGTTTTTCTTTTAATATTGAAATTTCTCAAGGATAGGTCTATACTTTATAAATCGTAATTATTACGATTTATAGTCAGGAACAATAACTTGAAATAGATCATTGAGGGAGTGTTAATATGCAACATCATAAAGTGGCTATTAT TATTAACACTCCCTCAATGATCTATTTCAAGTTATTGTTCCTGACTATAAATCGTAATAATTACGATTTATAAAGTATAGACCTATCCTTGAGAAATTTCAATATTAAAAGAAAAACTTCCGTTATTGTAGAGAATTCATCTACATTTCGGAAGTTGGTATGTGTCTTTTTTATTAAATTTAAAGATGCTACGGTTAGTTCAAATGATTATGAATGACATTTAATGGTATCATCCAACCTCAGTACTTGGATATAACAT 259 TTerm_0429 MRSA_WT_13 30148 30154 7 30162 30168 7 7 100 0 14 100 0 100 0 0 30157 ATTTAAA TTTAAAT True AAAATGAAA AATTGTGTA True False - ATTTAAA TATACCC TTTAAAT TTTCATTTT 28 MRSA_WT_01522 intergenic 29964 30479 + down TTCGAATCAATGAATAATTGATATGGCGACCTTAGTAATATTCATTTTAAAAGTGGCATATAGCGTTTAAATATAAAAGGCTGACGTGATATATCGTTTGATTTAAATTAGAGGATATTATGCATTTCACTTTATTTTCAATACATGGTAATTTATTCATTATAGAAGTTTTGAAAAAATGAAATTTAAAGGGTATATTTAAATAATTGTGTAAAAGTAAGATGCATAAAATATAAAACGAACCTTTTTTTGTAAAAATATAATGAAAACAACAGTTATTTTGTTAAAAATTCAAGAATCTATGATAATCTATGTTATGTAGTAAAATCGACAAATTTATATGTGGTTTGCAGTAATGAAATTAACTGTAATAATTGTTTTCTACTTAATAAAAAATTTAAAACTATCTTAATTAAGGGTTAAATCAATTAATGAAAATCAGTGCAATATTTTATTTTCAAAAATATTATGATATGCTACAAAATAGAGAAAAATAAATGGGGCGTTTATTAACA TTATTACAGAAATTTAAAAGGTTAATTCGAATCAATGAATAATTGATATGGCGACCTTAGTAATATTCATTTTAAAAGTGGCATATAGCGTTTAAATATAAAAGGCTGACGTGATATATCGTTTGATTTAAATTAGAGGATATTATGCATTTCACTTTATTTTCAATACATGGTAATTTATTCATTATAGAAGTTTTGAAAAAATGAAATTTAAAGGGTATATTTAAATAATTGTGTAAAAGTAAGATGCATAAAATATAAAACGAACCTTTTTTTGTAAAAATATAATGAAAACAACAGTTATTTTGTTAAAAATTCAAGAATCTATGATAATCTATGTTATGTAGTAAAATCGACAAATTTATATGTGGTTTGCAGTAATGAAATTAACTGTAATAATTGTTTTCTACTTAATAAAAAATTTAAAACTATCTTAATTAAGGGTTAAATCAATTAATGAAAATCAGTGCAATATTTTATTTTCAAAAATATTATGATATGCTACAAAATAGAGAAAAATAAATGGGGCGTTTATTAACATGGATACAAAAGACTTTAAACGTTT TGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCATAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCTTAATTAAGATAGTTTTAAATTTTTTATTAAGTAGAAAACAATTATTACAGTTAATTTCATTACTGCAAACCACATATAAATTTGTCGATTTTACTACATAACATAGATTATCATAGATTCTTGAATTTTTAACAAAATAACTGTTGTTTTCATTATATTTTTACAAAAAAAGGTTCGTTTTATATTTTATGCATCTTACTTTTACACAATTATTTAAATATACCCTTTAAA 331 TTerm_0430 MRSA_WT_13 30457 30462 6 30470 30475 6 7 100 0 12 100 0 100 0 0 30465 AATAAA TTTATT True TAGAGAAAA AACATGGAT True False - AATAAA CGCCCCA TTTATT TTTTCTCTA 24 MRSA_WT_01522 intergenic 29964 30479 + down TTCGAATCAATGAATAATTGATATGGCGACCTTAGTAATATTCATTTTAAAAGTGGCATATAGCGTTTAAATATAAAAGGCTGACGTGATATATCGTTTGATTTAAATTAGAGGATATTATGCATTTCACTTTATTTTCAATACATGGTAATTTATTCATTATAGAAGTTTTGAAAAAATGAAATTTAAAGGGTATATTTAAATAATTGTGTAAAAGTAAGATGCATAAAATATAAAACGAACCTTTTTTTGTAAAAATATAATGAAAACAACAGTTATTTTGTTAAAAATTCAAGAATCTATGATAATCTATGTTATGTAGTAAAATCGACAAATTTATATGTGGTTTGCAGTAATGAAATTAACTGTAATAATTGTTTTCTACTTAATAAAAAATTTAAAACTATCTTAATTAAGGGTTAAATCAATTAATGAAAATCAGTGCAATATTTTATTTTCAAAAATATTATGATATGCTACAAAATAGAGAAAAATAAATGGGGCGTTTATTAACA TTATTACAGAAATTTAAAAGGTTAATTCGAATCAATGAATAATTGATATGGCGACCTTAGTAATATTCATTTTAAAAGTGGCATATAGCGTTTAAATATAAAAGGCTGACGTGATATATCGTTTGATTTAAATTAGAGGATATTATGCATTTCACTTTATTTTCAATACATGGTAATTTATTCATTATAGAAGTTTTGAAAAAATGAAATTTAAAGGGTATATTTAAATAATTGTGTAAAAGTAAGATGCATAAAATATAAAACGAACCTTTTTTTGTAAAAATATAATGAAAACAACAGTTATTTTGTTAAAAATTCAAGAATCTATGATAATCTATGTTATGTAGTAAAATCGACAAATTTATATGTGGTTTGCAGTAATGAAATTAACTGTAATAATTGTTTTCTACTTAATAAAAAATTTAAAACTATCTTAATTAAGGGTTAAATCAATTAATGAAAATCAGTGCAATATTTTATTTTCAAAAATATTATGATATGCTACAAAATAGAGAAAAATAAATGGGGCGTTTATTAACATGGATACAAAAGACTTTAAACGTTT TGTTAATAAACGCCCCATTTAT 22 TTerm_0431 MRSA_WT_13 57035 57056 22 57062 57083 22 5 90 0 34 61 38 65 35 0 57058 AAAACAGCAGTAAGACGATTTC GAAGTGGTCTTACTGCTGTTTT True ATAAATAGA TAGGTTATA True True - AAAACAGCAGTAAGACCACTTC TAATT GAAATCGTCTTACTGCTGTTTT TCTATTTAT 92 MRSA_WT_01543 intergenic 56947 57118 + down CGTATAAAGGATCCAGGCATTAGGAAAACTTTAATAATATGTCAAATAGGCATAATGAATTCATTCAAGACGAAGCATTATAAATAGAAAACAGCAGTAAGACGATTTCAATTAGAAGTGGTCTTACTGCTGTTTTTAGGTTATATTTAAATGTCTTTCAAATACACAGAT ACCAAAACATAGCACGAAGCCGTAACGTATAAAGGATCCAGGCATTAGGAAAACTTTAATAATATGTCAAATAGGCATAATGAATTCATTCAAGACGAAGCATTATAAATAGAAAACAGCAGTAAGACGATTTCAATTAGAAGTGGTCTTACTGCTGTTTTTAGGTTATATTTAAATGTCTTTCAAATACACAGATTACTCTGGTCTGTGATATTCGCGAA ATCTGTGTATTTGAAAGACATTTAAATATAACCTAAAAACAGCAGTAAGACCACTTCTAATTGAAATCGTCTTACTGCTGTTT 83 TTerm_0432 MRSA_WT_13 65150 65168 19 65174 65192 19 5 84 0 23 71 28 75 25 0 65170 AAAACGGTAATTTCTATTT AAATGGGAATTGCCGTTTT True GAACTATAA GTTTATTTA True True - AAAACGGCAATTCCCATTT TGTTG AAATAGAAATTACCGTTTT TTATAGTTC 62 MRSA_WT_01551 intergenic 65113 65381 + down CTGATTTAAAGGTTATCACAATTGAATTGAACTATAAAAACGGTAATTTCTATTTCAACAAAATGGGAATTGCCGTTTTGTTTATTTATCACAAATGATCGTACTGAATTGATGATAAAATTGTGAAAAAGTTGTTGAAAACGCTTTTACAAATATGTATAATAGCTATGAATTAGATATCACTTGCGTGTTACTGGTAATGCAGGCATGAGCAAACAACCGCACTATGAGAATAGTCTTGTTTGTTCATGCCTGCTTTTTTTGTACA AGTGGCAGCAAAACGTTTCTTATAACTGATTTAAAGGTTATCACAATTGAATTGAACTATAAAAACGGTAATTTCTATTTCAACAAAATGGGAATTGCCGTTTTGTTTATTTATCACAAATGATCGTACTGAATTGATGATAAAATTGTGAAAAAGTTGTTGAAAACGCTTTTACAAATATGTATAATAGCTATGAATTAGATATCACTTGCGTGTTACTGGTAATGCAGGCATGAGCAAACAACCGCACTATGAGAATAGTCTTGTTTGTTCATGCCTGCTTTTTTTGTACATGGAAGCGGAAATTGAGATAGGGGA TGTACAAAAAAAGCAGGCATGAACAAACAAGACTATTCTCATAGTGCGGTTGTTTGCTCATGCCTGCATTACCAGTAACACGCAAGTGATATCTAATTCATAGCTATTATACATATTTGTAAAAGCGTTTTCAACAACTTTTTCACAATTTTATCATCAATTCAGTACGATCATTTGTGATAAATAAACAAAACGGCAATTCCCATTTTGTTGAAATAGAAATTACCGTTT 231 TTerm_0433 MRSA_WT_14 12123 12128 6 12137 12142 6 8 100 0 12 66 33 66 33 0 12132 AAAGCT AGCTTT True AAAAAATGA ATTTATGTG True False - AAAGCT CCCTTCAA AGCTTT TCATTTTTT 40 MRSA_WT_01566 intergenic 12046 12375 + down ATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATTGAAATGCTCCTTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAGCTTTGAAGGGAGCTTTATTTATGTGAAAATGACTTCAGTTATACTATAGAGTATTTGAAATACATATTTTAGATTAGTAATGATATCAAACGAATATAGTAGATGTATATTTTTTTAATAAATCAAGTATTAATTAGTCACGGAAGGTAGATAAATAAATTTGAATCATTCTGAATAATGACGAATGTATTAAAAAATGCAGTGACAATCTAACATTAATTGTTAAAATCACTGCAAGCATCTTGATTT GCATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATTGAAATGCTCCTTTCAAAGTAGACATTGAAAAAATGAAAGCTTTGAAGGGAGCTTTATTTATGTGAAAATGACTTCAGTTATACTATAGAGTATTTGAAATACATATTTTAGATTAGTAATGATATCAAACGAATATAGTAGATGTATATTTTTTTAATAAATCAAGTATTAATTAGTCACGGAAGGTAGATAAATAAATTTGAATCATTCTGAATAATGACGAATGTATTAAAAAATGCAGTGACAATCTAACATTAATTGTTAAAATCACTGCAAGCATCTTGATTTTATTTAGCTGTTTGTGTCCAGTCAT AAATCAAGATGCTTGCAGTGATTTTAACAATTAATGTTAGATTGTCACTGCATTTTTTAATACATTCGTCATTATTCAGAATGATTCAAATTTATTTATCTACCTTCCGTGACTAATTAATACTTGATTTATTAAAAAAATATACATCTACTATATTCGTTTGATATCATTACTAATCTAAAATATGTATTTCAAATACTCTATAGTATAACTGAAGTCATTTTCACATAAATAAAGCTCCCTTCAAAGCTT 252 TTerm_0434 MRSA_WT_14 50226 50247 22 50257 50278 22 9 90 0 34 70 29 70 30 0 50251 TAAAAAACGGTACAGATAAGAA TTCCTATCTGTACCGTATTTTA True ATGATTTAT ATATTGAAA True True - TAAAATACGGTACAGATAGGAA ACTTAAATA TTCTTATCTGTACCGTTTTTTA ATAAATCAT 84 MRSA_WT_01596 intergenic 50148 50351 + down TTAAAATCCAAGTGCTAAGAGGTATACAGTTATGCCTGAAGCGCTTGGATTTTTTGGTTTCTATAAAGAATGATTTATAAAAAACGGTACAGATAAGAATATTTAAGTTTCCTATCTGTACCGTATTTTAATATTGAAATGAGCTTAAGTTAAGTCGCCTAACTTTTATTATCAGTCCAATCAGTTTCATCAAGTATAAATGT AATGCGTGTAATACGTCACAAATAATTAAAATCCAAGTGCTAAGAGGTATACAGTTATGCCTGAAGCGCTTGGATTTTTTGGTTTCTATAAAGAATGATTTATAAAAAACGGTACAGATAAGAATATTTAAGTTTCCTATCTGTACCGTATTTTAATATTGAAATGAGCTTAAGTTAAGTCGCCTAACTTTTATTATCAGTCCAATCAGTTTCATCAAGTATAAATGTTATTGCTTATTTTTGTATTCTTGGC ACATTTATACTTGATGAAACTGATTGGACTGATAATAAAAGTTAGGCGACTTAACTTAAGCTCATTTCAATATTAAAATACGGTACAGATAGGAAACTTAAATATTCTTATCTGTACCGTTTTTT 125 TTerm_0435 MRSA_WT_14 51977 52003 27 52011 52037 27 7 85 0 34 66 33 69 30 0 52006 TTAAAAATAAACAAGGCGATTTCTATC GATAGAAGTCGCCTTGTTCGTTTTCAA True GATGAAGAT AGAATTATT True True - TTGAAAACGAACAAGGCGACTTCTATC TGAGTAT GATAGAAATCGCCTTGTTTATTTTTAA ATCTTCATC 84 MRSA_WT_01598 intergenic 51980 52068 + down AAATAAACAAGGCGATTTCTATCATACTCAGATAGAAGTCGCCTTGTTCGTTTTCAAAGAATTATTTGGCATGCATCTTATGAAGAAC TAAAGACTTTTTAGATGAAGATTAAAAATAAACAAGGCGATTTCTATCATACTCAGATAGAAGTCGCCTTGTTCGTTTTCAAAGAATTATTTGGCATGCATCTTATGAAGAACTATTGATCTGACTTTCTTACGCCAG GTTCTTCATAAGATGCATGCCAAATAATTCTTTGAAAACGAACAAGGCGACTTCTATCTGAGTATGATAGAAATCGCCTTGTTTATTTTTA 91 TTerm_0436 MRSA_WT_14 56455 56467 13 56477 56489 13 9 76 0 11 88 11 90 10 0 56471 AATTATATATAGT ACTATGAATATTT True AACAGAAAA CGAATATTC True False - AAATATTCATAGT TCACTCTTT ACTATATATAATT TTTTCTGTT 38 MRSA_WT_01602 intergenic 56087 56579 + down ACAATTAGTGTTGACAAATGTGAACGACCTATGTAATATAATGAACTATAAAAATAATTAGAATTTTCTAAAGAAATAGTAGCAGATATGAAACGTAGCAAATAGAAAGCTAATGGGTGATGGGAATTAGCACGCCATATCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGAAATTGGGTTTTGTCTGCAACAGAAAAATTATATATAGTAAAGAGTGAACTATGAATATTTCGAATATTCGGTTAATTTAGGTGGTACCACGCGTCAGCGTCCTTTATATTGATAAGGATGCTGGCGCTTTTTTGAAAGGAGCGTATAGAA ATATTGCTTATCACCAATTGAGTAAACAATTAGTGTTGACAAATGTGAACGACCTATGTAATATAATGAACTATAAAAATAATTAGAATTTTCTAAAGAAATAGTAGCAGATATGAAACGTAGCAAATAGAAAGCTAATGGGTGATGGGAATTAGCACGCCATATCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTAGTGGATGATGTGAACTAACACCGAGATTAATGAAATTGGGTTTTGTCTGCAACAGAAAAATTATATATAGTAAAGAGTGAACTATGAATATTTCGAATATTCGGTTAATTTAGGTGGTACCACGCGTCAGCGTCCTTTATATTGATAAGGATGCTGGCGCTTTTTTGAAAGGAGCGTATAGAATGGATATATTTTATAAAAAAATAAA TTCTATACGCTCCTTTCAAAAAAGCGCCAGCATCCTTATCAATATAAAGGACGCTGACGCGTGGTACCACCTAAATTAACCGAATATTCGAAATATTCATAGTTCACTCTTTACTATATATAAT 124 TTerm_0437 MRSA_WT_14 65923 65930 8 65936 65943 8 5 87 0 11 87 12 85 14 0 65932 ATATTATG CATAAAAT True TGATTAAAA ATATAGCGT True False - ATTTTATG TTTTG CATAATAT TTTTAATCA 30 MRSA_WT_01611 intergenic 65758 66021 + down ATGTAAATGATGTTAGGGCTTATAGTTATTGATGCTATAGGCTCTTTTTTATATGTTTTTTAGCGAAATTTTAATTATTTCACACTAAGAAAAACTAGTATGTATTTGTCAATCTAATGTTTTTCATTATAATGCTGTTTTATTGATTTAATTTTATGATTAAAATATTATGCAAAACATAAAATATATAGCGTCATATTTGAGTTTTAATGATAATATTTTTATAATATATAATATAAAATAATGGTTATCTGAGTATGAAA ATTACGTAAAAAATTAAAGAAATAGATGTAAATGATGTTAGGGCTTATAGTTATTGATGCTATAGGCTCTTTTTTATATGTTTTTTAGCGAAATTTTAATTATTTCACACTAAGAAAAACTAGTATGTATTTGTCAATCTAATGTTTTTCATTATAATGCTGTTTTATTGATTTAATTTTATGATTAAAATATTATGCAAAACATAAAATATATAGCGTCATATTTGAGTTTTAATGATAATATTTTTATAATATATAATATAAAATAATGGTTATCTGAGTATGAAATGCAAGTAAGTGAGGTAGTTAAAAA TTTCATACTCAGATAACCATTATTTTATATTATATATTATAAAAATATTATCATTAAAACTCAAATATGACGCTATATATTTTATGTTTTGCATAATA 98 TTerm_0438 MRSA_WT_15 9560 9567 8 9577 9584 8 9 87 0 11 62 37 57 42 0 9571 TTAAACGC GCGTTAAA True TATAAAAGT AAATTGAAA True False - TTTAACGC TATTTAACG GCGTTTAA ACTTTTATA 46 MRSA_WT_01620 intergenic 9334 9724 + down AAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAAAACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGATGCGTATGTAAAATAAATTTGACAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACGCCAATTAAATTTATGACAAATGTATCCAAAATTTAATAAGTGTGCTTATATGCCCTTTAAATTTAAAATTTTAATAGTCAATAACAAGTTGAATATAAAAGTTAAACGCCGTTAAATAGCGTTAAAAAATTGAAAATGACAGTATTGCCCAAAAATAAGAATTAATTATTTATATGTAAACGGTTTCTACCTCTATTTTAAATGAAATTTGTGACAAAAAAAGGTATAATATATTAATGACATACAAAGAAATGGAGTGATTATTT AATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAAAACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGATGCGTATGTAAAATAAATTTGACAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACGCCAATTAAATTTATGACAAATGTATCCAAAATTTAATAAGTGTGCTTATATGCCCTTTAAATTTAAAATTTTAATAGTCAATAACAAGTTGAATATAAAAGTTAAACGCCGTTAAATAGCGTTAAAAAATTGAAAATGACAGTATTGCCCAAAAATAAGAATTAATTATTTATATGTAAACGGTTTCTACCTCTATTTTAAATGAAATTTGTGACAAAAAAAGGTATAATATATTAATGACATACAAAGAAATGGAGTGATTATTTTGGTTCAAGAAGTTGTAGTAGAAGG AAATAATCACTCCATTTCTTTGTATGTCATTAATATATTATACCTTTTTTTGTCACAAATTTCATTTAAAATAGAGGTAGAAACCGTTTACATATAAATAATTAATTCTTATTTTTGGGCAATACTGTCATTTTCAATTTTTTAACGCTATTTAACGGCGTTTA 164 TTerm_0439 MRSA_WT_15 15723 15740 18 15745 15762 18 4 100 0 36 72 27 72 27 0 15742 AAAAATAAGACTTCCCTA TAGGGAAGTCTTATTTTT True AATAATAAA GTGCTAGAA True True - AAAAATAAGACTTCCCTA CATA TAGGGAAGTCTTATTTTT TTTATTATT 96 MRSA_WT_01624 intergenic 15719 15807 + down TAAAAAAATAAGACTTCCCTATATGTAGGGAAGTCTTATTTTTGTGCTAGAAAGTAATGCTTTACTATATTCAATGATTAGTAATGAC ATCATCAGATGAAGATGAAGAATAATAAAAAAATAAGACTTCCCTATATGTAGGGAAGTCTTATTTTTGTGCTAGAAAGTAATGCTTTACTATATTCAATGATTAGTAATGACTAACTTTCTAATTGTTTCATTGCGT GTCATTACTAATCATTGAATATAGTAAAGCATTACTTTCTAGCACAAAAATAAGACTTCCCTACATATAGGGAAGTCTTATTTT 84 TTerm_0440 MRSA_WT_15 18497 18502 6 18508 18513 6 5 100 0 12 66 33 66 33 0 18504 AGCAAA TTTGCT True CTTGAAAAA ATATTAAAA True False - AGCAAA CTATA TTTGCT TTTTTCAAG 40 MRSA_WT_01626 intergenic 18459 18838 + down ATCGACATGAGTGATGTTTGAAATCGTTACTTGAAAAAGCAAATATAGTTTGCTATATTAAAAATAACTTAATAAGACATTGTTCGTAGGACAAGTAATATATAGTGTTCGATATCAGAGAGCTTGTGGTTAGTGTGAACAAGAATCAACATATATATGAATCTACCTACTTAATTTAAAAGAACAATCGGTGATAACCGTTATTTTAGTGAAGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTCTTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAGGATGAAGGTTAA TTATCAAACGACTGCATGTCACTAAATCGACATGAGTGATGTTTGAAATCGTTACTTGAAAAAGCAAATATAGTTTGCTATATTAAAAATAACTTAATAAGACATTGTTCGTAGGACAAGTAATATATAGTGTTCGATATCAGAGAGCTTGTGGTTAGTGTGAACAAGAATCAACATATATATGAATCTACCTACTTAATTTAAAAGAACAATCGGTGATAACCGTTATTTTAGTGAAGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTCTTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAGGATGAAGGTTAATGTTAGACATTAGATTATTCAGAAA TTAACCTTCATCCTTTCCCAAATAATTATCATTTATTATGGAATGACGTACGTCTTTATTTTTTAGAAAATAAAAAAAGACCACATCCCTACAAGGGACGTGGTCTACGCGTTGCCACCCTATTTAACAATTTAAGTTATAAAGATACACTAAACCTAAATTGCACTTCACTAAAATAACGGTTATCACCGATTGTTCTTTTAAATTAAGTAGGTAGATTCATATATATGTTGATTCTTGTTCACACTAACCACAAGCTCTCTGATATCGAACACTATATATTACTTGTCCTACGAACAATGTCTTATTAAGTTATTTTTAATATAGCAAACTATATTTGC 341 TTerm_0441 MRSA_WT_15 18501 18507 7 18512 18518 7 4 100 0 14 85 14 85 14 0 18509 AATATAG CTATATT True AAAAAGCAA AAAAATAAC True False - AATATAG CAAA CTATATT TTGCTTTTT 36 MRSA_WT_01626 intergenic 18459 18838 + down ATCGACATGAGTGATGTTTGAAATCGTTACTTGAAAAAGCAAATATAGTTTGCTATATTAAAAATAACTTAATAAGACATTGTTCGTAGGACAAGTAATATATAGTGTTCGATATCAGAGAGCTTGTGGTTAGTGTGAACAAGAATCAACATATATATGAATCTACCTACTTAATTTAAAAGAACAATCGGTGATAACCGTTATTTTAGTGAAGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTCTTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAGGATGAAGGTTAA TTATCAAACGACTGCATGTCACTAAATCGACATGAGTGATGTTTGAAATCGTTACTTGAAAAAGCAAATATAGTTTGCTATATTAAAAATAACTTAATAAGACATTGTTCGTAGGACAAGTAATATATAGTGTTCGATATCAGAGAGCTTGTGGTTAGTGTGAACAAGAATCAACATATATATGAATCTACCTACTTAATTTAAAAGAACAATCGGTGATAACCGTTATTTTAGTGAAGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTCTTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAGGATGAAGGTTAATGTTAGACATTAGATTATTCAGAAA TTAACCTTCATCCTTTCCCAAATAATTATCATTTATTATGGAATGACGTACGTCTTTATTTTTTAGAAAATAAAAAAAGACCACATCCCTACAAGGGACGTGGTCTACGCGTTGCCACCCTATTTAACAATTTAAGTTATAAAGATACACTAAACCTAAATTGCACTTCACTAAAATAACGGTTATCACCGATTGTTCTTTTAAATTAAGTAGGTAGATTCATATATATGTTGATTCTTGTTCACACTAACCACAAGCTCTCTGATATCGAACACTATATATTACTTGTCCTACGAACAATGTCTTATTAAGTTATTTTTAATATAGCAAACTATAT 337 TTerm_0442 MRSA_WT_15 42013 42022 10 42029 42038 10 6 80 0 10 100 0 100 0 0 42025 AATATTTTAA TTTAATTATT True AAAAGTTAA AATGATTTT True True - AATAATTAAA CAAGCC TTAAAATATT TTAACTTTT 20 MRSA_WT_01645 intergenic 41803 42218 + down TTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAACTGTAATTTAAATAAAACTTTCTAAATAAGCTAACTGATAAAAAATCAGTTTGTCCACAGTCTGAAACAAGATTCCTATATTCTTTAGGAATCTTGTTTTTTCTATTTTTATGGTGATAAAGAGCAGATAAGATAATGTGTAATAATCACAAAAAAGTTAAATATTTTAAGGCTTGTTTAATTATTAATGATTTTATATATAAAGAGCAGTATAATAAAGTTGTTAATATATTATGAATAATATTCAAGTAATTTTATTGTTTTTTAATTTGTCGATATTTAAGTTGAGTTAAATTTAAAGGGTGTAATTTGTTTTACAATGATGAAGATAATTAGTCTATCAAAATAAAGGGGTTGGGACTGTTA GTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAACTGTAATTTAAATAAAACTTTCTAAATAAGCTAACTGATAAAAAATCAGTTTGTCCACAGTCTGAAACAAGATTCCTATATTCTTTAGGAATCTTGTTTTTTCTATTTTTATGGTGATAAAGAGCAGATAAGATAATGTGTAATAATCACAAAAAAGTTAAATATTTTAAGGCTTGTTTAATTATTAATGATTTTATATATAAAGAGCAGTATAATAAAGTTGTTAATATATTATGAATAATATTCAAGTAATTTTATTGTTTTTTAATTTGTCGATATTTAAGTTGAGTTAAATTTAAAGGGTGTAATTTGTTTTACAATGATGAAGATAATTAGTCTATCAAAATAAAGGGGTTGGGACTGTTATGAGTGATAATTTGTCATTATTCAT TAACAGTCCCAACCCCTTTATTTTGATAGACTAATTATCTTCATCATTGTAAAACAAATTACACCCTTTAAATTTAACTCAACTTAAATATCGACAAATTAAAAAACAATAAAATTACTTGAATATTATTCATAATATATTAACAACTTTATTATACTGCTCTTTATATATAAAATCATTAATAATTAAACAAGCCTTAAAATAT 205 TTerm_0443 MRSA_WT_16 7287 7295 9 7301 7309 9 5 100 0 18 100 0 100 0 0 7297 TATATAATT AATTATATA True ATAAAACGT AATTAAGGA True False - TATATAATT ATGTA AATTATATA ACGTTTTAT 36 MRSA_WT_01668 intergenic 7148 7327 + down TTATTACACCTGCTTTGATGATAAACATTAAGTCCTATACTTTATCTGTATCACTACGTTATTAATGATGATACATTGCGAGTATAGGACTTTTTATATAAACTTATATTCTAACTACATACAAATGCACATAAAACGTATATAATTTACATAATTATATAAATTAAGGAGTCTGTTTA AGATGACAATGGTGGCGCTAATTAATTATTACACCTGCTTTGATGATAAACATTAAGTCCTATACTTTATCTGTATCACTACGTTATTAATGATGATACATTGCGAGTATAGGACTTTTTATATAAACTTATATTCTAACTACATACAAATGCACATAAAACGTATATAATTTACATAATTATATAAATTAAGGAGTCTGTTTATGCAATCTTCGAGTTCCAAAACGAA TAAACAGACTCCTTAATTTATATAATTATGTAAATTATAT 40 TTerm_0444 MRSA_WT_16 9894 9907 14 9913 9926 14 5 85 0 18 57 42 58 41 0 9909 ACACACGTAAGTAA TTACTCGCGTGTGT True CAAAATAAA AAAACATAA True False - ACACACGCGAGTAA TGTGT TTACTTACGTGTGT TTTATTTTG 52 MRSA_WT_01671 intergenic 9903 9966 + down GTAAACACATTACTCGCGTGTGTAAAACATAAAATGCGCAAACTGGGTCAGGTTTGCGCATTT TCAACAACAAAATAAACACACGTAAGTAAACACATTACTCGCGTGTGTAAAACATAAAATGCGCAAACTGGGTCAGGTTTGCGCATTTTAAATTTCTATTATTTGTATCGTCT AAATGCGCAAACCTGACCCAGTTTGCGCATTTTATGTTTTACACACGCGAGTAATGTGTTTACTTACGTGTG 72 TTerm_0445 MRSA_WT_16 9933 9946 14 9955 9968 14 8 100 0 28 64 35 64 35 0 9950 TAAAATGCGCAAAC GTTTGCGCATTTTA True GTAAAACAT AATTTCTAT True True - TAAAATGCGCAAAC CTGACCCA GTTTGCGCATTTTA ATGTTTTAC 80 MRSA_WT_01671 intergenic 9903 9966 + down GTAAACACATTACTCGCGTGTGTAAAACATAAAATGCGCAAACTGGGTCAGGTTTGCGCATTT TCAACAACAAAATAAACACACGTAAGTAAACACATTACTCGCGTGTGTAAAACATAAAATGCGCAAACTGGGTCAGGTTTGCGCATTTTAAATTTCTATTATTTGTATCGTCT AAATGCGCAAACCTGACCCAGTTTGCGCATTTT 33 TTerm_0446 MRSA_WT_16 14767 14786 20 14792 14811 20 5 90 0 30 65 35 66 33 0 14788 AAATCGGATTGACGAAAAGT ACCTTTCATCAATCCGATTT True ACATCAAAA GATTATAGA True False - AAATCGGATTGATGAAAGGT TATTT ACTTTTCGTCAATCCGATTT TTTTGATGT 76 MRSA_WT_01674 intergenic 14683 14823 + down GCAAGACATAACAACACCCCCGTACATATGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTGTTTATATTCAACATCAAAAAATCGGATTGACGAAAAGTAAATAACCTTTCATCAATCCGATTTGATTATAGAATC CTTGTCTTTACAGTCCAAACATTAAGCAAGACATAACAACACCCCCGTACATATGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTGTTTATATTCAACATCAAAAAATCGGATTGACGAAAAGTAAATAACCTTTCATCAATCCGATTTGATTATAGAATCTATTTTTTAAGTTTAAATGGAATTG GATTCTATAATCAAATCGGATTGATGAAAGGTTATTTACTTTTCGTCAATCCGATT 56 TTerm_0447 MRSA_WT_16 39674 39694 21 39701 39721 21 6 85 0 27 61 38 66 33 0 39697 AAAGCACACTTAAAAGTCAGT ACTCACTTCTAAGCGTGCTTT True CACATCAAA ATTTAGATA True False - AAAGCACGCTTAGAAGTGAGT TGCGAT ACTGACTTTTAAGTGTGCTTT TTTGATGTG 78 MRSA_WT_01695 intergenic 39635 40101 + down AATTTTTCAGAGCATTATCCATTATCCATACACATCAAAAAGCACACTTAAAAGTCAGTATCGCAACTCACTTCTAAGCGTGCTTTATTTAGATATACTGTCGTTCTAAAAACGAGCCATATAGAGAGCCTGAGACATAAATCAATGTTCAATGCTCTACAAAGTTATATTGGCAGTAGTTGACTGAACGAAAATGCGCTTGTAACAAGCTTTTTTCAATTCTAGTCAGGGGCCCCAACAAAGAGAAATTGGATTCCCAATTTCTACAGACAATGCAAGTTGGGGTGTGGGCCCCAACAAAGAGAAATTGGATTCCCAATTTCCACAGACAATGCAAGTTGGGGTGGGACGACGAAATAAATTTTTCGAAAATATCATTTCTGTCCCACTCCCATGAATCGCCATGCTCAATATACCTTTTAAAATTTAAATATTCATTAACTTAATATGCTTTAATTCACTTCAT ACTCGTTTTGCATATTTTCATGTAAAATTTTTCAGAGCATTATCCATTATCCATACACATCAAAAAGCACACTTAAAAGTCAGTATCGCAACTCACTTCTAAGCGTGCTTTATTTAGATATACTGTCGTTCTAAAAACGAGCCATATAGAGAGCCTGAGACATAAATCAATGTTCAATGCTCTACAAAGTTATATTGGCAGTAGTTGACTGAACGAAAATGCGCTTGTAACAAGCTTTTTTCAATTCTAGTCAGGGGCCCCAACAAAGAGAAATTGGATTCCCAATTTCTACAGACAATGCAAGTTGGGGTGTGGGCCCCAACAAAGAGAAATTGGATTCCCAATTTCCACAGACAATGCAAGTTGGGGTGGGACGACGAAATAAATTTTTCGAAAATATCATTTCTGTCCCACTCCCATGAATCGCCATGCTCAATATACCTTTTAAAATTTAAATATTCATTAACTTAATATGCTTTAATTCACTTCATTAAAGACTATTTGCTGGGCGTGGTG ATGAAGTGAATTAAAGCATATTAAGTTAATGAATATTTAAATTTTAAAAGGTATATTGAGCATGGCGATTCATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGAAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCAACTTGCATTGTCTGTGGAAATTGGGAATCCAATTTCTCTTTGTTGGGGCCCACACCCCAACTTGCATTGTCTGTAGAAATTGGGAATCCAATTTCTCTTTGTTGGGGCCCCTGACTAGAATTGAAAAAAGCTTGTTACAAGCGCATTTTCGTTCAGTCAACTACTGCCAATATAACTTTGTAGAGCATTGAACATTGATTTATGTCTCAGGCTCTCTATATGGCTCGTTTTTAGAACGACAGTATATCTAAATAAAGCACGCTTAGAAGTGAGTTGCGATACTGACTTTTAAGTGTGCTT 427 TTerm_0448 MRSA_WT_17 7093 7122 30 7127 7156 30 4 90 0 45 76 23 74 25 0 7124 TATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTAT ATAGTTAACTTCACTGCTGTTTTTATAATA True TTCTCTATT TCTAAATTT True True - TATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTAT AACA ATAGTTTTCTTCACTGCTGTTTTTATTATA AATAGAGAA 98 MRSA_WT_01719 intergenic 7038 7169 + down CATTAAATCAGGATACTCCTAAATAAGAGGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTTCACTGCTGTTTTTATAATATCTAAATTTATTC TTCAATCCGAAAACGTATTGTTTAACATTAAATCAGGATACTCCTAAATAAGAGGTCCTACCGTCTTACGTTTCTCTATTATAATAAAAACAGCAGTGAAGAAAACTATTGTTATAGTTAACTTCACTGCTGTTTTTATAATATCTAAATTTATTCTATTTCAATTCCTTTAAATAACTTT GAATAAATTTAGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGTTTTCTTCACTGCTGTTTTTATTAT 76 TTerm_0449 MRSA_WT_17 37408 37414 7 37419 37425 7 4 100 0 14 100 0 100 0 0 37416 AAAATAT ATATTTT True CATTATAAA ATCTGTTTT True True - AAAATAT AGAG ATATTTT TTTATAATG 28 MRSA_WT_01746 intergenic 37204 37624 + down TATCTCTATTACGCAAGTGTGCTGTATTCTAAAGTACACTTGTGTTTTCTATTTTTTAATAAAACCTCAGCACATTATGAACAACTTTCTATTTTCTATATCTCTTAAAACCATTTCCGAAATTAAACCTCAGCACATTCAAAGCCCCACTTTATTCTTAAAAATATTTTTAACTTATACGTATTAAACCGCTTTCATTATAAAAAATATCTCTATATTTTATCTGTTTTTATTAATCGAAATAGCGTGATTTTGCGGTTTTAAGCCTTTTACTTCCTGAATAAATCTTTGAGCAAAATATTTATTTTATAAGTTGTAAAACTTACATTTAAATTTAATTATAAATATAAATTTTAGTATTGCAATACATAATTCGTTATATTATGATGACTTTACAAATACATACAGGGGGTATTAATT TCATTTACATCTTGTTTTTGAATAATATCTCTATTACGCAAGTGTGCTGTATTCTAAAGTACACTTGTGTTTTCTATTTTTTAATAAAACCTCAGCACATTATGAACAACTTTCTATTTTCTATATCTCTTAAAACCATTTCCGAAATTAAACCTCAGCACATTCAAAGCCCCACTTTATTCTTAAAAATATTTTTAACTTATACGTATTAAACCGCTTTCATTATAAAAAATATCTCTATATTTTATCTGTTTTTATTAATCGAAATAGCGTGATTTTGCGGTTTTAAGCCTTTTACTTCCTGAATAAATCTTTGAGCAAAATATTTATTTTATAAGTTGTAAAACTTACATTTAAATTTAATTATAAATATAAATTTTAGTATTGCAATACATAATTCGTTATATTATGATGACTTTACAAATACATACAGGGGGTATTAATTTGAAAAAGAAAAACATTTATTCAAT AATTAATACCCCCTGTATGTATTTGTAAAGTCATCATAATATAACGAATTATGTATTGCAATACTAAAATTTATATTTATAATTAAATTTAAATGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTCAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTT 216 TTerm_0450 MRSA_WT_17 37518 37541 24 37546 37569 24 4 79 0 23 87 12 89 10 0 37543 TTGTAAAACTTACATTTAAATTTA TAAATATAAATTTTAGTATTGCAA True TTTATAAGT TACATAATT True True - TTGCAATACTAAAATTTATATTTA TAAT TAAATTTAAATGTAAGTTTTACAA ACTTATAAA 46 MRSA_WT_01746 intergenic 37204 37624 + down TATCTCTATTACGCAAGTGTGCTGTATTCTAAAGTACACTTGTGTTTTCTATTTTTTAATAAAACCTCAGCACATTATGAACAACTTTCTATTTTCTATATCTCTTAAAACCATTTCCGAAATTAAACCTCAGCACATTCAAAGCCCCACTTTATTCTTAAAAATATTTTTAACTTATACGTATTAAACCGCTTTCATTATAAAAAATATCTCTATATTTTATCTGTTTTTATTAATCGAAATAGCGTGATTTTGCGGTTTTAAGCCTTTTACTTCCTGAATAAATCTTTGAGCAAAATATTTATTTTATAAGTTGTAAAACTTACATTTAAATTTAATTATAAATATAAATTTTAGTATTGCAATACATAATTCGTTATATTATGATGACTTTACAAATACATACAGGGGGTATTAATT TCATTTACATCTTGTTTTTGAATAATATCTCTATTACGCAAGTGTGCTGTATTCTAAAGTACACTTGTGTTTTCTATTTTTTAATAAAACCTCAGCACATTATGAACAACTTTCTATTTTCTATATCTCTTAAAACCATTTCCGAAATTAAACCTCAGCACATTCAAAGCCCCACTTTATTCTTAAAAATATTTTTAACTTATACGTATTAAACCGCTTTCATTATAAAAAATATCTCTATATTTTATCTGTTTTTATTAATCGAAATAGCGTGATTTTGCGGTTTTAAGCCTTTTACTTCCTGAATAAATCTTTGAGCAAAATATTTATTTTATAAGTTGTAAAACTTACATTTAAATTTAATTATAAATATAAATTTTAGTATTGCAATACATAATTCGTTATATTATGATGACTTTACAAATACATACAGGGGGTATTAATTTGAAAAAGAAAAACATTTATTCAAT AATTAATACCCCCTGTATGTATTTGTAAAGTCATCATAATATAACGAATTATGTATTGCAATACTAAAATTTATATTTATAATTAAATTTAAATGTAAGTTTTACA 106 TTerm_0451 MRSA_WT_17 39178 39186 9 39191 39199 9 4 88 0 13 61 38 62 37 0 39188 TGTCATTTG CAAGTGACA True ATTTAAAAT ACATTATTT True False - TGTCACTTG GATT CAAATGACA ATTTTAAAT 50 MRSA_WT_01748 intergenic 38884 39213 + down AAACAAACAATACACAACGATAGATATCATTTTATCCAAACCAATTTTAACTTATATACGTTGATTAACACATTCTTATTTGAAATGATAAGAATCATCTAAATGCACTAGCAACATCTTTTGTTGCTCAGTGCATTTTTTATTTTACTTACTTTTCTAAACAACTTCTGAAACGCCTCAACACTTTCTACTCTAATTACATATACGACATTTTTAGACATTAAAAAATCGAACTAGACAAGATGCTCAATGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTATATT AGCTGGACGTCGTCGCGAACTATAAAAACAAACAATACACAACGATAGATATCATTTTATCCAAACCAATTTTAACTTATATACGTTGATTAACACATTCTTATTTGAAATGATAAGAATCATCTAAATGCACTAGCAACATCTTTTGTTGCTCAGTGCATTTTTTATTTTACTTACTTTTCTAAACAACTTCTGAAACGCCTCAACACTTTCTACTCTAATTACATATACGACATTTTTAGACATTAAAAAATCGAACTAGACAAGATGCTCAATGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTATATTTAGAATATTAACGTTAGTATAAACG AATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGAC 35 TTerm_0452 MRSA_WT_17 45720 45727 8 45736 45743 8 8 87 0 11 56 43 57 42 0 45731 AATCCAAC GTTGGCTT True AAAAAGCCA TTTTGTTTA True True - AAGCCAAC CCATGAAT GTTGGATT TGGCTTTTT 54 MRSA_WT_01752 intergenic 45654 46141 + down TTTTTACTATCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGTTGGCTTTTTTGTTTAGCAAAATTTATTATCTTAAATCGGCTATAAACACTGATATAATGATGCTTCATTAGTATGCGGTAAGCATGACGGACACTGTTCTCGGAGTCTGACCTCGAATCATTTAATATACACTTTTACACGTCGCCTTCATTGAAGCGAATTGCCATAACCTTCACATTATATATATTTCTTTCCATATAAGTGTCAAAATTTTTAGAACAACGCAATAAATAACCATCCACCTAACTTATTAAAAGTTTAAGTGGATGGTTTTTCATTTATATTTATATTAGTGTTAATCCAATCATAGATTTATCTATATGCACTGCTCTATACATTTCCTCATTTAATTTGCTTTACTTTCATTTAAATTATTATCAAAACACTGGGCGTGTCATCGTTAT AGAAATTGCAACAACTGAAATTTAATTTTTACTATCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGTTGGCTTTTTTGTTTAGCAAAATTTATTATCTTAAATCGGCTATAAACACTGATATAATGATGCTTCATTAGTATGCGGTAAGCATGACGGACACTGTTCTCGGAGTCTGACCTCGAATCATTTAATATACACTTTTACACGTCGCCTTCATTGAAGCGAATTGCCATAACCTTCACATTATATATATTTCTTTCCATATAAGTGTCAAAATTTTTAGAACAACGCAATAAATAACCATCCACCTAACTTATTAAAAGTTTAAGTGGATGGTTTTTCATTTATATTTATATTAGTGTTAATCCAATCATAGATTTATCTATATGCACTGCTCTATACATTTCCTCATTTAATTTGCTTTACTTTCATTTAAATTATTATCAAAACACTGGGCGTGTCATCGTTATTATTTCGCATCTTTGACACGTTTAT ATAACGATGACACGCCCAGTGTTTTGATAATAATTTAAATGAAAGTAAAGCAAATTAAATGAGGAAATGTATAGAGCAGTGCATATAGATAAATCTATGATTGGATTAACACTAATATAAATATAAATGAAAAACCATCCACTTAAACTTTTAATAAGTTAGGTGGATGGTTATTTATTGCGTTGTTCTAAAAATTTTGACACTTATATGGAAAGAAATATATATAATGTGAAGGTTATGGCAATTCGCTTCAATGAAGGCGACGTGTAAAAGTGTATATTAAATGATTCGAGGTCAGACTCCGAGAACAGTGTCCGTCATGCTTACCGCATACTAATGAAGCATCATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGAT 421 TTerm_0453 MRSA_WT_17 45712 45725 14 45733 45746 14 7 92 0 23 60 39 61 38 0 45728 AAAAAGCCAATCCA TGGGTTGGCTTTTT True ATGCATGTA TGTTTAGCA True True - AAAAAGCCAACCCA TGAATGT TGGATTGGCTTTTT TACATGCAT 70 MRSA_WT_01752 intergenic 45654 46141 + down TTTTTACTATCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGTTGGCTTTTTTGTTTAGCAAAATTTATTATCTTAAATCGGCTATAAACACTGATATAATGATGCTTCATTAGTATGCGGTAAGCATGACGGACACTGTTCTCGGAGTCTGACCTCGAATCATTTAATATACACTTTTACACGTCGCCTTCATTGAAGCGAATTGCCATAACCTTCACATTATATATATTTCTTTCCATATAAGTGTCAAAATTTTTAGAACAACGCAATAAATAACCATCCACCTAACTTATTAAAAGTTTAAGTGGATGGTTTTTCATTTATATTTATATTAGTGTTAATCCAATCATAGATTTATCTATATGCACTGCTCTATACATTTCCTCATTTAATTTGCTTTACTTTCATTTAAATTATTATCAAAACACTGGGCGTGTCATCGTTAT AGAAATTGCAACAACTGAAATTTAATTTTTACTATCTTATTTATATTCATATTTTTTTAAAATTAGAGATTCAGATGCATGTAAAAAGCCAATCCAACATTCATGGGTTGGCTTTTTTGTTTAGCAAAATTTATTATCTTAAATCGGCTATAAACACTGATATAATGATGCTTCATTAGTATGCGGTAAGCATGACGGACACTGTTCTCGGAGTCTGACCTCGAATCATTTAATATACACTTTTACACGTCGCCTTCATTGAAGCGAATTGCCATAACCTTCACATTATATATATTTCTTTCCATATAAGTGTCAAAATTTTTAGAACAACGCAATAAATAACCATCCACCTAACTTATTAAAAGTTTAAGTGGATGGTTTTTCATTTATATTTATATTAGTGTTAATCCAATCATAGATTTATCTATATGCACTGCTCTATACATTTCCTCATTTAATTTGCTTTACTTTCATTTAAATTATTATCAAAACACTGGGCGTGTCATCGTTATTATTTCGCATCTTTGACACGTTTAT ATAACGATGACACGCCCAGTGTTTTGATAATAATTTAAATGAAAGTAAAGCAAATTAAATGAGGAAATGTATAGAGCAGTGCATATAGATAAATCTATGATTGGATTAACACTAATATAAATATAAATGAAAAACCATCCACTTAAACTTTTAATAAGTTAGGTGGATGGTTATTTATTGCGTTGTTCTAAAAATTTTGACACTTATATGGAAAGAAATATATATAATGTGAAGGTTATGGCAATTCGCTTCAATGAAGGCGACGTGTAAAAGTGTATATTAAATGATTCGAGGTCAGACTCCGAGAACAGTGTCCGTCATGCTTACCGCATACTAATGAAGCATCATTATATCAGTGTTTATAGCCGATTTAAGATAATAAATTTTGCTAAACAAAAAAGCCAACCCATGAATGTTGGATTGGCTTTT 429 TTerm_0454 MRSA_WT_18 31297 31323 27 31332 31359 28 8 89 3 34 58 41 60 40 0 31327 TAGACACCAAAAAACAGAGGTCTTCGC GCGAAAACCTCTGTTTTGTTGGTGTTTA True ACATCAAAT GTCTTTTTT True True - TAAACACCAACAAAACAGAGGTTTTCGC TAATGATT GCGAAGACCTCTGTTTTTTGGTGTCTA ATTTGATGT 92 MRSA_WT_01785 intergenic 31244 31357 + down TTCGTATCGAATTAAGAAAAGTTACTTACGCCAATCACAATATAACATCAAATAGACACCAAAAAACAGAGGTCTTCGCAATCATTAGCGAAAACCTCTGTTTTGTTGGTGTT ATTCCAACATAATTTAATTCAATAGTTCGTATCGAATTAAGAAAAGTTACTTACGCCAATCACAATATAACATCAAATAGACACCAAAAAACAGAGGTCTTCGCAATCATTAGCGAAAACCTCTGTTTTGTTGGTGTTTAGTCTTTTTTAAGCTTATCAACGA AACACCAACAAAACAGAGGTTTTCGCTAATGATTGCGAAGACCTCTGTTTTTTGGTGTCT 60 TTerm_0455 MRSA_WT_18 38350 38370 21 38378 38398 21 7 80 0 22 71 28 76 23 0 38373 AAATAAAAGGTCGTCTCTATT AATAGGGATGGTCTTTTATTT True TGAATAACA TTACAAAAT True True - AAATAAAAGACCATCCCTATT AAATGCC AATAGAGACGACCTTTTATTT TGTTATTCA 60 MRSA_WT_01794 intergenic 38266 38607 + down AAGTATTGTGGTTATCGATTGTTAAAATTTATATATTTTCGTTTGAAATGAAATATGGATTTTAGTTTTAATAAATGAATAACAAATAAAAGGTCGTCTCTATTGGCATTTAATAGGGATGGTCTTTTATTTTTACAAAATATAACAATATTTGACATGATTAATATTTAAAATTGCAATGATTTATCTATAATTTTTTCAAAAAACAAAAAAGTAAGTATGATGGCGTATACGATTGTAAGCCCTTGGACTGATTTTCCCAAAAAGTGTAGCCTATTTGTGATAGTACTGGTAAACTCAAGGTATATACTAAGTGAGTTTTAAAAGAAGGAGCAAACGCA AGAAATCGTTAAACAATTACAATAGAAGTATTGTGGTTATCGATTGTTAAAATTTATATATTTTCGTTTGAAATGAAATATGGATTTTAGTTTTAATAAATGAATAACAAATAAAAGGTCGTCTCTATTGGCATTTAATAGGGATGGTCTTTTATTTTTACAAAATATAACAATATTTGACATGATTAATATTTAAAATTGCAATGATTTATCTATAATTTTTTCAAAAAACAAAAAAGTAAGTATGATGGCGTATACGATTGTAAGCCCTTGGACTGATTTTCCCAAAAAGTGTAGCCTATTTGTGATAGTACTGGTAAACTCAAGGTATATACTAAGTGAGTTTTAAAAGAAGGAGCAAACGCATGAAAAGAAGCGATAGGTACTCAAA TGCGTTTGCTCCTTCTTTTAAAACTCACTTAGTATATACCTTGAGTTTACCAGTACTATCACAAATAGGCTACACTTTTTGGGAAAATCAGTCCAAGGGCTTACAATCGTATACGCCATCATACTTACTTTTTTGTTTTTTGAAAAAATTATAGATAAATCATTGCAATTTTAAATATTAATCATGTCAAATATTGTTATATTTTGTAAAAATAAAAGACCATCCCTATTAAATGCCAATAGAGACGACCTTTTATT 257 TTerm_0456 MRSA_WT_18 43334 43356 23 43362 43384 23 5 82 0 26 60 39 63 36 0 43358 AAAAACCGGACAGAGTAAAAATC GATTTTCATTCTGCCCGGTTGTT True TTACATTAA CATTTTTTA True True - AACAACCGGGCAGAATGAAAATC AAAAC GATTTTTACTCTGTCCGGTTTTT TTAATGTAA 60 MRSA_WT_01799 intergenic 43164 43425 + down TGTTTAGCTGACCTGTTGTGTAAATTAATCTGTGAGAATCAGAAACAATTAGAATATCATCTAGATATTGTTTTCCTATACTGATTTTGATATTTCGAGTCATTAAAGGTAGTTTGTTAGCAACAATATAAATTTTAGATTTTGTAAAAGCATTCATAGTTTTACATTAAAAAACCGGACAGAGTAAAAATCGTTTTGATTTTCATTCTGCCCGGTTGTTCATTTTTTATAGATTAACTTTAGTGAATAATAACTTGAAAT AGACGAGGCGGATACTTCTTCATGATGTTTAGCTGACCTGTTGTGTAAATTAATCTGTGAGAATCAGAAACAATTAGAATATCATCTAGATATTGTTTTCCTATACTGATTTTGATATTTCGAGTCATTAAAGGTAGTTTGTTAGCAACAATATAAATTTTAGATTTTGTAAAAGCATTCATAGTTTTACATTAAAAAACCGGACAGAGTAAAAATCGTTTTGATTTTCATTCTGCCCGGTTGTTCATTTTTTATAGATTAACTTTAGTGAATAATAACTTGAAATTATTTAGCATACAGTTTACGTTGTA ATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTT 91 TTerm_0457 MRSA_WT_18 45796 45808 13 45814 45826 13 5 76 0 11 92 7 90 10 0 45810 TAAAATCTTATTT AAATATGTATTTA True TTAAGTAGT TATAATACT True False - TAAATACATATTT TTACG AAATAAGATTTTA ACTACTTAA 22 MRSA_WT_01801 intergenic 45591 45893 + down CATTCGATGATTGGTAATATTATCGGAAAACATAGTGACATTAATTTTAAAAAGTATAAATGATATCTTTAAATCTCATAGAATAACAATGTCAAAAAGTTAAAGTGTTGATATATAAAAGTGATGATTTTATATACTTTAAATGGGACATGTAAATCTCTGTTGCAGTACTTAGCAATATTACCGAGTTTAATTATTAAGTAGTAAAATCTTATTTCGTAAAAATATGTATTTATATAATACTATTTCTGAAATATGCTATAATTTATAATGGTTAAATTAACAGAAGGTGGTGTGGAGTA GATTTATCAATTTATAAATGGGTAACATTCGATGATTGGTAATATTATCGGAAAACATAGTGACATTAATTTTAAAAAGTATAAATGATATCTTTAAATCTCATAGAATAACAATGTCAAAAAGTTAAAGTGTTGATATATAAAAGTGATGATTTTATATACTTTAAATGGGACATGTAAATCTCTGTTGCAGTACTTAGCAATATTACCGAGTTTAATTATTAAGTAGTAAAATCTTATTTCGTAAAAATATGTATTTATATAATACTATTTCTGAAATATGCTATAATTTATAATGGTTAAATTAACAGAAGGTGGTGTGGAGTATGGTCAGAGAATCCATACCTAAAGA TACTCCACACCACCTTCTGTTAATTTAACCATTATAAATTATAGCATATTTCAGAAATAGTATTATATAAATACATATTTTTACGAAATAAGATTTT 97 TTerm_0458 MRSA_WT_18 46624 46632 9 46641 46649 9 8 100 0 18 88 11 88 11 0 46636 ATGTAAATT AATTTACAT True TTTTAAAAA CTACAAATT True False - ATGTAAATT CTTCTTAC AATTTACAT TTTTTAAAA 36 MRSA_WT_01802 intergenic 46435 46727 + down GCAAATAAAGTGTAAATACTGATTAAATCATTTATATTGACTTAGTGATGTAAAGAAGTATGATAACTTTTGCTGTCGTGTGGGGACACAGTATCCATAGATTAAATTGAATAGAATATAACATACGAATAAGACAACGTATTTAATCACATGAATATGACAGAGGTTGAGATATCTTAATTTTAAAAATGTAAATTGTAAGAAGAATTTACATCTACAAATTATGTATCCAACCTCTATTCATTTTTATGCTTATGAATAGGATAGGGCAATAGATTAGGGGGGGATTGTA TTACAAAAAAATTAGACAGTATTAAGCAAATAAAGTGTAAATACTGATTAAATCATTTATATTGACTTAGTGATGTAAAGAAGTATGATAACTTTTGCTGTCGTGTGGGGACACAGTATCCATAGATTAAATTGAATAGAATATAACATACGAATAAGACAACGTATTTAATCACATGAATATGACAGAGGTTGAGATATCTTAATTTTAAAAATGTAAATTGTAAGAAGAATTTACATCTACAAATTATGTATCCAACCTCTATTCATTTTTATGCTTATGAATAGGATAGGGCAATAGATTAGGGGGGGATTGTATGATTAAACGATATTTGCAATTTGT TACAATCCCCCCCTAATCTATTGCCCTATCCTATTCATAAGCATAAAAATGAATAGAGGTTGGATACATAATTTGTAGATGTAAATTCTTCTTACAATTTACA 103 TTerm_0459 MRSA_WT_18 48533 48556 24 48563 48587 25 6 88 4 28 75 24 77 22 0 48559 TAGAAAAAGCAGTAAGAGATTTTC GAAAATAATCTTACTGCTTTTTTTA True TCATAACAT ATTTAATTT True True - TAAAAAAAGCAGTAAGATTATTTTC AATTAA GAAAATCTCTTACTGCTTTTTCTA ATGTTATGA 64 MRSA_WT_01803 intergenic 48463 48654 + down AGTATTAGTTGTTTGACTTCAGTACAATCTTGAAGAGAAAATTTGTAACAGGATGGTGGGGTCATAACATAGAAAAAGCAGTAAGAGATTTTCTTAATTGAAAATAATCTTACTGCTTTTTTTAATTTAATTTCGAGATTCAATATTACTTTATCTCATTGTGGTATTAATTACAGGAATTGCTTTAAACT TTTATATAGCATTCAAAACTTATAAAGTATTAGTTGTTTGACTTCAGTACAATCTTGAAGAGAAAATTTGTAACAGGATGGTGGGGTCATAACATAGAAAAAGCAGTAAGAGATTTTCTTAATTGAAAATAATCTTACTGCTTTTTTTAATTTAATTTCGAGATTCAATATTACTTTATCTCATTGTGGTATTAATTACAGGAATTGCTTTAAACTTATAAATCAAAGTCTTCTTCAACAA AGTTTAAAGCAATTCCTGTAATTAATACCACAATGAGATAAAGTAATATTGAATCTCGAAATTAAATTAAAAAAAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAAGAAAATCTCTTACTGCTTTTTCT 121 TTerm_0460 MRSA_WT_19 2240 2253 14 2263 2276 14 9 100 0 28 57 42 57 42 0 2257 AAAAGCCTGCGATT AATCGCAGGCTTTT True AGCAATAAA GCGTGAAAA True True - AAAAGCCTGCGATT CATTTATGT AATCGCAGGCTTTT TTTATTGCT 80 MRSA_WT_01810 intergenic 2191 2311 + down ATAGAATACCGTATGTCTAAATATATAAAATTAAAAAGTTAGCAATAAAAAAGCCTGCGATTACATAAATGAATCGCAGGCTTTTGCGTGAAAAAATTGTATTAATAAAGTATGGATGTT TGAATGGGTTGGACCAAAAGAATAAATAGAATACCGTATGTCTAAATATATAAAATTAAAAAGTTAGCAATAAAAAAGCCTGCGATTACATAAATGAATCGCAGGCTTTTGCGTGAAAAAATTGTATTAATAAAGTATGGATGTTTATTTTTCTGGAACAAGGTCAGTAT AACATCCATACTTTATTAATACAATTTTTTCACGCAAAAGCCTGCGATTCATTTATGTAATCGCAGGCTTT 71 TTerm_0461 MRSA_WT_19 13187 13207 21 13213 13234 22 5 86 4 22 72 27 73 26 0 13209 AAAAAGCAGTGAATCATTTCA TGGAATGATTTTACTGCTTTTT True TAAACTTAA GTGTATAGA True True - AAAAAGCAGTAAAATCATTCCA TCTAT TGAAATGATTCACTGCTTTTT TTAAGTTTA 60 MRSA_WT_01821 intergenic 13181 13279 + down ACTTAAAAAAGCAGTGAATCATTTCAATAGATGGAATGATTTTACTGCTTTTTGTGTATAGAAATTTAAAATTCATGCCTTTATACTAACAACAATAT CTTTCAGCTAAAGTTTGCCAAATAAACTTAAAAAAGCAGTGAATCATTTCAATAGATGGAATGATTTTACTGCTTTTTGTGTATAGAAATTTAAAATTCATGCCTTTATACTAACAACAATATTATTTTACTCTTTTACGTTTGCCGA ATATTGTTGTTAGTATAAAGGCATGAATTTTAAATTTCTATACACAAAAAGCAGTAAAATCATTCCATCTATTGAAATGATTCACTGCTTTT 92 TTerm_0462 MRSA_WT_19 16501 16508 8 16514 16521 8 5 87 0 11 93 6 100 0 0 16510 AAAAGATT AATATTTT True TGCTAATAA GACAAGGAA True False - AAAATATT TCCAT AATCTTTT TTATTAGCA 22 MRSA_WT_01824 intergenic 16112 16624 + down ACTGACATCGAATGTCATTTTAAATAACGAATATAGGAACTATTCAAGCTTATGAAGCAAATATGTTTTATAAACTTTCTTAAATTTACTATAGTTTGGATCTTGAACCCTAGGAATAATATGAAGTAAATAGACACTAAGTCTATGTGAATGTTTTTCTAACCCTAAATGTATAATTCGCTAAAATAATTTCAACATGTCACAAATAAATTTTAACTAGCGCAAAGGTGGGCGACCAAAGGTTCAACGATGTTAAATAACATTAGAAATTAATTTTAATTGGACTTTAAAAGTTTTTAAATTTAGATAATTGAGCATAAGGTGTTATAATGACATATGTTGCGTAATTAAAATTTATAGCAACAAATTCATTTTAACTATGCTAATAAAAAGATTATGGAAATATTTTGACAAGGAAAGGAGAAGTCGAAATGACATCTTTTTGACATCACTCATAAAAATCAATCGACTTAACTTAGACTTTTATAAAGGTGTAAGACAGGGACTGTTAA CATCTTTCGATATTTTAAAAAATGAACTGACATCGAATGTCATTTTAAATAACGAATATAGGAACTATTCAAGCTTATGAAGCAAATATGTTTTATAAACTTTCTTAAATTTACTATAGTTTGGATCTTGAACCCTAGGAATAATATGAAGTAAATAGACACTAAGTCTATGTGAATGTTTTTCTAACCCTAAATGTATAATTCGCTAAAATAATTTCAACATGTCACAAATAAATTTTAACTAGCGCAAAGGTGGGCGACCAAAGGTTCAACGATGTTAAATAACATTAGAAATTAATTTTAATTGGACTTTAAAAGTTTTTAAATTTAGATAATTGAGCATAAGGTGTTATAATGACATATGTTGCGTAATTAAAATTTATAGCAACAAATTCATTTTAACTATGCTAATAAAAAGATTATGGAAATATTTTGACAAGGAAAGGAGAAGTCGAAATGACATCTTTTTGACATCACTCATAAAAATCAATCGACTTAACTTAGACTTTTATAAAGGTGTAAGACAGGGACTGTTAATGATTATTCCCGCAATAATCGGTTA TTAACAGTCCCTGTCTTACACCTTTATAAAAGTCTAAGTTAAGTCGATTGATTTTTATGAGTGATGTCAAAAAGATGTCATTTCGACTTCTCCTTTCCTTGTCAAAATATTTCCATAATCTTT 123 TTerm_0463 MRSA_WT_19 25082 25091 10 25099 25108 10 7 90 0 15 85 15 88 11 0 25094 TTAATGACAA TTTTCATTAA True ACATAAAAT CTCGCTTTT True True - TTAATGAAAA GTTAAGA TTGTCATTAA ATTTTATGT 38 MRSA_WT_01832 intergenic 25074 25209 + down CATAAAATTAATGACAATCTTAACTTTTCATTAACTCGCTTTTTTGTATTGCTTTTAAAAACCGAACAATATAGACTTGCATTTATTAAGTTTAAAAAAATTAATGAATTTTGCATTTAAAGGGAGATATTATAG TTCAAATAATAAAATTATCAATTAACATAAAATTAATGACAATCTTAACTTTTCATTAACTCGCTTTTTTGTATTGCTTTTAAAAACCGAACAATATAGACTTGCATTTATTAAGTTTAAAAAAATTAATGAATTTTGCATTTAAAGGGAGATATTATAGTGAAAAACAATCTTAGGTACGGCAT CTATAATATCTCCCTTTAAATGCAAAATTCATTAATTTTTTTAAACTTAATAAATGCAAGTCTATATTGTTCGGTTTTTAAAAGCAATACAAAAAAGCGAGTTAATGAAAAGTTAAGATTGTCATTA 127 TTerm_0464 MRSA_WT_19 25171 25176 6 25181 25186 6 4 100 0 12 100 0 100 0 0 25178 AAAATT AATTTT True AGTTTAAAA GCATTTAAA True False - AAAATT CATT AATTTT TTTTAAACT 24 MRSA_WT_01832 intergenic 25074 25209 + down CATAAAATTAATGACAATCTTAACTTTTCATTAACTCGCTTTTTTGTATTGCTTTTAAAAACCGAACAATATAGACTTGCATTTATTAAGTTTAAAAAAATTAATGAATTTTGCATTTAAAGGGAGATATTATAG TTCAAATAATAAAATTATCAATTAACATAAAATTAATGACAATCTTAACTTTTCATTAACTCGCTTTTTTGTATTGCTTTTAAAAACCGAACAATATAGACTTGCATTTATTAAGTTTAAAAAAATTAATGAATTTTGCATTTAAAGGGAGATATTATAGTGAAAAACAATCTTAGGTACGGCAT CTATAATATCTCCCTTTAAATGCAAAATTCATTAATTT 38 TTerm_0465 MRSA_WT_19 28271 28286 16 28292 28307 16 5 87 0 22 68 31 71 28 0 28288 ACAGGTTTATTTCATA TATGAAGTAAGCCTGT True TAAAATTGA TTTTTAAAA True True - ACAGGCTTACTTCATA TAATT TATGAAATAAACCTGT TCAATTTTA 52 MRSA_WT_01833 intergenic 28256 28436 + down TCAATCTAAAATTGACAGGTTTATTTCATAAATTATATGAAGTAAGCCTGTTTTTTAAAATTAAATCAAATTTCCCAAGAAATAATTACATACTTAATGACACTATGAAGGCGTTCTAATTAGTGTTAAAATGACGTTGATACATAGATTTAATACTTAGGAAAAGGAGCACATTAACTT AAATAAAAAGAATCACAAAGCATAATCAATCTAAAATTGACAGGTTTATTTCATAAATTATATGAAGTAAGCCTGTTTTTTAAAATTAAATCAAATTTCCCAAGAAATAATTACATACTTAATGACACTATGAAGGCGTTCTAATTAGTGTTAAAATGACGTTGATACATAGATTTAATACTTAGGAAAAGGAGCACATTAACTTTGAAAAAAATAAAAAAGGCAATCAT AAGTTAATGTGCTCCTTTTCCTAAGTATTAAATCTATGTATCAACGTCATTTTAACACTAATTAGAACGCCTTCATAGTGTCATTAAGTATGTAATTATTTCTTGGGAAATTTGATTTAATTTTAAAAAACAGGCTTACTTCATATAATTTATGAAATAAACCTG 165 TTerm_0466 MRSA_WT_19 31073 31085 13 31091 31103 13 5 84 0 16 88 11 90 9 0 31087 AAACTAAAAATAA TTATTTGTAGATT True TTCATTGAA GTTTTAAGT True True - AATCTACAAATAA AATTA TTATTTTTAGTTT TTCAATGAA 32 MRSA_WT_01836 intergenic 30937 31242 + down AGTATGTTTCGAGATTTTAATATCTTGGTGCAGTTAAATGTATTTTTAAATGCGTTAAGGTATTTTTTATTTTAGAAATTCAATGCTATTGAGTTGATGGGTTTTTCCAACAGATAAGAATGAATTATTCATTGAAAACTAAAAATAATAATTTTATTTGTAGATTGTTTTAAGTGTTTCAATATATAAAATAATTTTATAAAGATAAGTGTTATATTCCATTGTGCAACTCCTATTGTATTTGTAAAATTACATGTAAATTCACTGTAAGTAAAGTGGAAAATATGGAAAAAGGAGTATGCAAA TGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATATCTTGGTGCAGTTAAATGTATTTTTAAATGCGTTAAGGTATTTTTTATTTTAGAAATTCAATGCTATTGAGTTGATGGGTTTTTCCAACAGATAAGAATGAATTATTCATTGAAAACTAAAAATAATAATTTTATTTGTAGATTGTTTTAAGTGTTTCAATATATAAAATAATTTTATAAAGATAAGTGTTATATTCCATTGTGCAACTCCTATTGTATTTGTAAAATTACATGTAAATTCACTGTAAGTAAAGTGGAAAATATGGAAAAAGGAGTATGCAAATGAGAGATAAGAAAGGACCGGTAAA TTTGCATACTCCTTTTTCCATATTTTCCACTTTACTTACAGTGAATTTACATGTAATTTTACAAATACAATAGGAGTTGCACAATGGAATATAACACTTATCTTTATAAAATTATTTTATATATTGAAACACTTAAAACAATCTACAAATAAAATTATTATTTTTAGTT 169 TTerm_0467 MRSA_WT_19 44024 44034 11 44042 44052 11 7 81 0 12 90 9 88 11 0 44037 ACAAAATAATT AATTTATTTGT True TTTAAAATA TCAAAACAA True False - ACAAATAAATT TAATTGT AATTATTTTGT TATTTTAAA 24 MRSA_WT_01847 intergenic 43868 44126 + down GTCAAACTGAATAGGGATAATAGAAGTTTGGAATTAAATTTTCATAAAGCACTAGGTAAAAGATTATAACGATAACTCTTAAAATTAATAATAAATCACAGAAACTTTATCTTTTGATTTAATTGTTTTATAATTCTGATAAGAAGATTTAAAATACAAAATAATTACAATTAAATTTATTTGTTCAAAACAATTTTTCGTTTTAGTTGTAAATATTAAAAACTGAGTCAGAATTATAAATATAAGGTGGAGAAATGA TCCAAGCGAGGATGATAAATCGTGAGTCAAACTGAATAGGGATAATAGAAGTTTGGAATTAAATTTTCATAAAGCACTAGGTAAAAGATTATAACGATAACTCTTAAAATTAATAATAAATCACAGAAACTTTATCTTTTGATTTAATTGTTTTATAATTCTGATAAGAAGATTTAAAATACAAAATAATTACAATTAAATTTATTTGTTCAAAACAATTTTTCGTTTTAGTTGTAAATATTAAAAACTGAGTCAGAATTATAAATATAAGGTGGAGAAATGATGATTCATTCAAAAAAATTAACGCT TCATTTCTCCACCTTATATTTATAATTCTGACTCAGTTTTTAATATTTACAACTAAAACGAAAAATTGTTTTGAACAAATAAATTTAATTGTAATTATTTTG 102 TTerm_0468 MRSA_WT_24 10239 10260 22 10267 10288 22 6 81 0 24 72 27 77 22 0 10263 AAAATAAAGTTTGGGCATTACA TGTAGTGTTCAAGCTTTATTTT True ATTAATATA TGTCTATGT True True - AAAATAAAGCTTGAACACTACA TCTACC TGTAATGCCCAAACTTTATTTT TATATTAAT 64 MRSA_WT_02026 intergenic 10224 10686 + down TTAAATATTAATATAAAATAAAGTTTGGGCATTACAGGTAGATGTAGTGTTCAAGCTTTATTTTTGTCTATGTCAAATTGAACTTATAAGTCTGATTTGATATAGAGCCATGAAAAGGAAAAACTTTTCATGGAGTCCGTTTTATTATAGAACCTATTTTTTATATGATGAATTGTTGTACATGTATTGGCCAAACAACCTGTGATAAAAATCTTATGATGTCATGTATTGTCCATAGATACACGTAACGCAGTTGAAAAAGACTACAAGTCATTATCCAAGGATGTTATAAAATGAATAATTACTAAAATATCAAAATATAAAATCTTAAGCATCGTAAAAAACAAAAAAACCGAACATCTGAAAAAATTAATAATTTTCCATCTATCCGATTTAAGTTGATACTTGATTTAGTTACAATGCGGTATTGCATGTTTAAATATCATGCAAAACTAATCAAAT AGAAGATATGGTAGATCCTCATTAATTAAATATTAATATAAAATAAAGTTTGGGCATTACAGGTAGATGTAGTGTTCAAGCTTTATTTTTGTCTATGTCAAATTGAACTTATAAGTCTGATTTGATATAGAGCCATGAAAAGGAAAAACTTTTCATGGAGTCCGTTTTATTATAGAACCTATTTTTTATATGATGAATTGTTGTACATGTATTGGCCAAACAACCTGTGATAAAAATCTTATGATGTCATGTATTGTCCATAGATACACGTAACGCAGTTGAAAAAGACTACAAGTCATTATCCAAGGATGTTATAAAATGAATAATTACTAAAATATCAAAATATAAAATCTTAAGCATCGTAAAAAACAAAAAAACCGAACATCTGAAAAAATTAATAATTTTCCATCTATCCGATTTAAGTTGATACTTGATTTAGTTACAATGCGGTATTGCATGTTTAAATATCATGCAAAACTAATCAAATTAGTCATCCAAAGAAACGGAAATGA ATTTGATTAGTTTTGCATGATATTTAAACATGCAATACCGCATTGTAACTAAATCAAGTATCAACTTAAATCGGATAGATGGAAAATTATTAATTTTTTCAGATGTTCGGTTTTTTTGTTTTTTACGATGCTTAAGATTTTATATTTTGATATTTTAGTAATTATTCATTTTATAACATCCTTGGATAATGACTTGTAGTCTTTTTCAACTGCGTTACGTGTATCTATGGACAATACATGACATCATAAGATTTTTATCACAGGTTGTTTGGCCAATACATGTACAACAATTCATCATATAAAAAATAGGTTCTATAATAAAACGGACTCCATGAAAAGTTTTTCCTTTTCATGGCTCTATATCAAATCAGACTTATAAGTTCAATTTGACATAGACAAAAATAAAGCTTGAACACTACATCTACCTGTAATGCCCAAACTTTATTT 447 TTerm_0469 MRSA_WT_24 13675 13695 21 13701 13721 21 5 71 0 12 83 16 93 6 0 13697 CATTTTATTAAAAATATATTA TAATCTGTGTTTCAAGAAATG True ACTCTTTTC TGTATTATT True False - CATTTCTTGAAACACAGATTA CATCT TAATATATTTTTAATAAAATG GAAAAGAGT 32 MRSA_WT_02029 intergenic 13427 13783 + down AATGAGCTTTTAAATATTTGTCGAAAATTAGACAATTTTTAATCTGATTTTGATGAATTTTTTATAGCGATAGGGTTTATTATACAGTTTTCTTTGTAAATTTGATATCATTATAAAAGTGTAAGTTTTATCAAATCTAGTGATTATGCATAAAATTTTACATCATTTACTTTCGCTTCATTATAAAGTAAACTTAACTCTTGTTGACTTGATCAAAATTTAATACAAATGTGAAATTGACTCTTTTCATTTTATTAAAAATATATTAAGATGTAATCTGTGTTTCAAGAAATGTGTATTATTGCAATTTCTTGTGTCCGGATAAAATTCCCCAAACAGAAAGGTAGATAACAGAA TGCAATGGAAAATAAGTTGATTTAGAATGAGCTTTTAAATATTTGTCGAAAATTAGACAATTTTTAATCTGATTTTGATGAATTTTTTATAGCGATAGGGTTTATTATACAGTTTTCTTTGTAAATTTGATATCATTATAAAAGTGTAAGTTTTATCAAATCTAGTGATTATGCATAAAATTTTACATCATTTACTTTCGCTTCATTATAAAGTAAACTTAACTCTTGTTGACTTGATCAAAATTTAATACAAATGTGAAATTGACTCTTTTCATTTTATTAAAAATATATTAAGATGTAATCTGTGTTTCAAGAAATGTGTATTATTGCAATTTCTTGTGTCCGGATAAAATTCCCCAAACAGAAAGGTAGATAACAGAATGGATAGACAGAGTTTTACAGATTT TTCTGTTATCTACCTTTCTGTTTGGGGAATTTTATCCGGACACAAGAAATTGCAATAATACACATTTCTTGAAACACAGATTACATCTTAATATATTTTTAATAAAAT 108 TTerm_0470 MRSA_WT_24 33862 33876 15 33881 33895 15 4 80 0 15 93 6 91 8 0 33878 TAATCTAATAATATT AATATTTAAAGATTA True TAAAATCGT AAAACAGAA True False - TAATCTTTAAATATT CACT AATATTATTAGATTA ACGATTTTA 30 MRSA_WT_02054 intergenic 33735 33966 + down TAAAGGCGCTTAAAATGGTTTTACCCATTTTAAGCGCTATTTTTAAGGTTTTTTGTCTATTATCTGAGTCACTTAATTTAAAATTTGTTTGTTCAATAGTAAGTAGGATTGTTAAGTTTAAAATCGTAATCTAATAATATTAGTGAATATTTAAAGATTAAAAACAGAATTTTTCAGTTTATTAAGAAAAAAATTTGTGAAGGAGGGATATTATTAAAAATAGTAAAGTAA GAGGGTTCGAATCCCTCACTCTCCGTAAAGGCGCTTAAAATGGTTTTACCCATTTTAAGCGCTATTTTTAAGGTTTTTTGTCTATTATCTGAGTCACTTAATTTAAAATTTGTTTGTTCAATAGTAAGTAGGATTGTTAAGTTTAAAATCGTAATCTAATAATATTAGTGAATATTTAAAGATTAAAAACAGAATTTTTCAGTTTATTAAGAAAAAAATTTGTGAAGGAGGGATATTATTAAAAATAGTAAAGTAATGTTAAATGTATTATTATTAATTTT TTACTTTACTATTTTTAATAATATCCCTCCTTCACAAATTTTTTTCTTAATAAACTGAAAAATTCTGTTTTTAATCTTTAAATATTCACTAATATTATTAGATT 104 TTerm_0471 MRSA_WT_24 39724 39752 29 39760 39788 29 7 79 0 28 72 27 73 26 0 39755 TTCTAAAATAAAACGTGCAAATAAAAAAG CTTTTCTATTTGCACGATATGGTTTGGAA True CTTTTTTGT ATTAAAGAA True False - TTCCAAACCATATCGTGCAAATAGAAAAG CAGATAA CTTTTTTATTTGCACGTTTTATTTTAGAA ACAAAAAAG 72 MRSA_WT_02060 intergenic 39270 39822 + down TAAGTATATTTGATATCACTATACAATCATAAAGTGCGTTTTTCGAACTTTTGTTCTAAGTGTTTTATAGATTCATGTAAATAGTTAGTTTATTGCCGGTTAAATTATTTAATTTTTCTAAATGATTTATTCTAAATATGTTTTATGTCAATAGCGGTTTAAAAATGCTGTTTTATGGCGGTTTGAAAATGACGTGCTTTTAAATGTATTTTTACTTTTATAATCTTTTAGTCGACATGATTCTCCAGTGGAAATGATAATTTAATAACGTACATTTATGATTGTTTAAGAATGTACAATTTTTTAACACTCTAGAGGTAAATCTATCTAGGTAATCCGAATTCTCCGTTAATTTAACGGAAATACAATGAATTGTTAGTTTTCTTAAAAGAGCAAGTGTCAAATACGTATCAAGAAAAAGTTTTTCTGACTCTTTGACCTTGTTCTTTTTTGTTCTAAAATAAAACGTGCAAATAAAAAAGTTATCTGCTTTTCTATTTGCACGATATGGTTTGGAAATTAAAGAATATAAATAAGGGACTACTGCTAATT AATTAGCAGTAGTCCCTTATTTATATTCTTTAATTTCCAAACCATATCGTGCAAATAGAAAAGCAGATAACTTTTTTATTTGCACGTTTTATTTTAGA 98 TTerm_0472 MRSA_WT_25 4282 4296 15 4302 4317 16 5 87 6 15 80 19 85 14 0 4298 TGTATAAAAATGTAT ATGCACTTTTTATACA True AGTGAAGTT TTAACGATT True True - TGTATAAAAAGTGCAT ATTTA ATACATTTTTATACA AACTTCACT 54 MRSA_WT_02065 intergenic 4051 4511 + down TACTATTGAATTCGCTTACATTATGAACAGATTGTGACAATTTAAATTAAGTACTATTAAAAGGTTGAAATGGTAGAGATAGCATGTTATATTATGAACATGAAATTAATCACATAACAAACATACCCCTTTGTTTGAAGTGAAAAATTTCTCCCATCCCCTTTGTTTAGCGTCGTGTATTCAGACACGACGTTTTTTTATGTTCTTTTTTAATAAGAGGGAAGTGAAGTTGTATAAAAATGTATTAAATATGCACTTTTTATACATTAACGATTAATATAAGTCTATTATGTACCAAATTTATAATTTGTATAATTTTCGAACTGGTTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATT TTTTGAAAAATTAATGAAAGCTTAGTACTATTGAATTCGCTTACATTATGAACAGATTGTGACAATTTAAATTAAGTACTATTAAAAGGTTGAAATGGTAGAGATAGCATGTTATATTATGAACATGAAATTAATCACATAACAAACATACCCCTTTGTTTGAAGTGAAAAATTTCTCCCATCCCCTTTGTTTAGCGTCGTGTATTCAGACACGACGTTTTTTTATGTTCTTTTTTAATAAGAGGGAAGTGAAGTTGTATAAAAATGTATTAAATATGCACTTTTTATACATTAACGATTAATATAAGTCTATTATGTACCAAATTTATAATTTGTATAATTTTCGAACTGGTTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTT AATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTTTACTGACTCTTAATTTTGCAACATTAAATTATTAGAACGTAATGTTACACATCGATCTAAATATATTAGTGATATTTTTCGAATTTAACCAGTTCGAAAATTATACAAATTATAAATTTGGTACATAATAGACTTATATTAATCGTTAATGTATAAAAAGTGCATATTTAATACATTTTTATAC 229 TTerm_0473 MRSA_WT_25 4290 4300 11 4309 4319 11 8 90 0 17 90 9 90 10 0 4304 AATGTATTAAA TTTTATACATT True TGTATAAAA AACGATTAA True False - AATGTATAAAA AGTGCATA TTTAATACATT TTTTATACA 34 MRSA_WT_02065 intergenic 4051 4511 + down TACTATTGAATTCGCTTACATTATGAACAGATTGTGACAATTTAAATTAAGTACTATTAAAAGGTTGAAATGGTAGAGATAGCATGTTATATTATGAACATGAAATTAATCACATAACAAACATACCCCTTTGTTTGAAGTGAAAAATTTCTCCCATCCCCTTTGTTTAGCGTCGTGTATTCAGACACGACGTTTTTTTATGTTCTTTTTTAATAAGAGGGAAGTGAAGTTGTATAAAAATGTATTAAATATGCACTTTTTATACATTAACGATTAATATAAGTCTATTATGTACCAAATTTATAATTTGTATAATTTTCGAACTGGTTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATT TTTTGAAAAATTAATGAAAGCTTAGTACTATTGAATTCGCTTACATTATGAACAGATTGTGACAATTTAAATTAAGTACTATTAAAAGGTTGAAATGGTAGAGATAGCATGTTATATTATGAACATGAAATTAATCACATAACAAACATACCCCTTTGTTTGAAGTGAAAAATTTCTCCCATCCCCTTTGTTTAGCGTCGTGTATTCAGACACGACGTTTTTTTATGTTCTTTTTTAATAAGAGGGAAGTGAAGTTGTATAAAAATGTATTAAATATGCACTTTTTATACATTAACGATTAATATAAGTCTATTATGTACCAAATTTATAATTTGTATAATTTTCGAACTGGTTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTT AATAAATTAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTTTACTGACTCTTAATTTTGCAACATTAAATTATTAGAACGTAATGTTACACATCGATCTAAATATATTAGTGATATTTTTCGAATTTAACCAGTTCGAAAATTATACAAATTATAAATTTGGTACATAATAGACTTATATTAATCGTTAATGTATAAAAAGTGCATATTTAATACAT 221 TTerm_0474 MRSA_WT_25 13698 13713 16 13720 13735 16 6 93 0 27 59 40 60 40 0 13716 ATCTCCTCAAAAGCTG CAACTTTTGAGGAGAT True ACAAAAAAA AGTATCTTA True False - ATCTCCTCAAAAGTTG AAACTA CAGCTTTTGAGGAGAT TTTTTTTGT 70 MRSA_WT_02075 intergenic 13572 13769 + down TATCATTCAACAGCTTTGTTCACGTTATCATATATGTGAGCAAAGCTTTTTTGCTTTTATAATAATCGGACTGATGGAAAATTATTTGATATTTCATCTGACTGATTTTTTTTATGCACAAAAAAATCTCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGAGGAGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAAT TAGCGGATTCCACGCAATTAAATAATATCATTCAACAGCTTTGTTCACGTTATCATATATGTGAGCAAAGCTTTTTTGCTTTTATAATAATCGGACTGATGGAAAATTATTTGATATTTCATCTGACTGATTTTTTTTATGCACAAAAAAATCTCCTCAAAAGCTGTAGTTTCAACTTTTGAGGAGATAGTATCTTATATTCTTAAAAGACATCCACAGAATTAGTCCTTAACATTACTGTTTGCTT ATTCTGTGGATGTCTTTTAAGAATATAAGATACTATCTCCTCAAAAGTTGAAACTACAGCTTTTGAGGAGA 71 TTerm_0475 MRSA_WT_25 18413 18433 21 18440 18460 21 6 100 0 42 80 19 80 19 0 18436 AAGAAAATGGTCATTTTTATT AATAAAAATGACCATTTTCTT True GAATTAATA TATTTTAAA True True - AAGAAAATGGTCATTTTTATT ACATTC AATAAAAATGACCATTTTCTT TATTAATTC 84 MRSA_WT_02079 intergenic 18370 18483 + down GTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCT TATTGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTGCTA AGGTTAAAACGTATTTTAAAATAAAGAAAATGGTCATTTTTATTACATTCAATAAAAATGACCATTTTCT 70 TTerm_0476 MRSA_WT_26 28041 28061 21 28067 28086 20 5 90 4 25 73 26 73 26 0 28063 AAAAGCAGTAAGATAATTTTC GAAAATATCTTACTGCTGTT True TAAAAAAAA CTCTATTTA True False - AACAGCAGTAAGATATTTTC TAATT GAAAATTATCTTACTGCTTTT TTTTTTTTA 58 MRSA_WT_02123 intergenic 27978 28315 + down CTCAACTTAGAAATAAATCCTAATTAATATTACAGAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAAAAAAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATATTACTTTGAAATACTTAAAAAAATAAGACACTTTGCCCAACTTACACTACCAATAGATATACATTGGTGTGGAAGAAAAGTATTCAAAATCACGAATCGAAAT GAAAACAGATTTACAATTAAAATAACTCAACTTAGAAATAAATCCTAATTAATATTACAGAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAAAAAAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATATTACTTTGAAATACTTAAAAAAATAAGACACTTTGCCCAACTTACACTACCAATAGATATACATTGGTGTGGAAGAAAAGTATTCAAAATCACGAATCGAAATTGAACGAAAATTCAAGAGCATTATA ATTTCGATTCGTGATTTTGAATACTTTTCTTCCACACCAATGTATATCTATTGGTAGTGTAAGTTGGGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAGTATTTCAAAGTAATATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGATATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTTT 274 TTerm_0477 MRSA_WT_27 845 860 16 867 882 16 6 81 0 17 87 12 92 7 0 863 ATAAAATGACTATTTT AAAATAGATATTGTAT True TTGAAGAGA AATGTGAGC True False - ATACAATATCTATTTT TAAATG AAAATAGTCATTTTAT TCTCTTCAA 34 MRSA_WT_02132 intergenic 663 1055 + down TATAATGAGCCTGTTTTGTTTGATGTTCCTTTAATGGAACAATATGATTTTGCGAAAGATGTTGAACAAATTAATGCACGTCCTCTTATGATATTTAACTATAAGTCAAGTGAAGAGATATTAAAGGAAATAACAGGAAGAGAATGAATTTAATGGTTCATTTAGACCTTATTTTGAAGAGATAAAATGACTATTTTCATTTAAAAATAGATATTGTATAATGTGAGCATTAAAAAGGAGGAATATTTATGTCAGTCATCATAAATCGATTAAAAGTACAAAATAAAAAATTAGCTGGGATATATGTTTAAGAATCCTCAATTATGTAAACATTTTTCGTGAATTATAATTGAAATATTAACTTTAATCATGTATCCCCAAAGGAGTTACAA AGGTTATATCTCTATTTTAGGATAATATAATGAGCCTGTTTTGTTTGATGTTCCTTTAATGGAACAATATGATTTTGCGAAAGATGTTGAACAAATTAATGCACGTCCTCTTATGATATTTAACTATAAGTCAAGTGAAGAGATATTAAAGGAAATAACAGGAAGAGAATGAATTTAATGGTTCATTTAGACCTTATTTTGAAGAGATAAAATGACTATTTTCATTTAAAAATAGATATTGTATAATGTGAGCATTAAAAAGGAGGAATATTTATGTCAGTCATCATAAATCGATTAAAAGTACAAAATAAAAAATTAGCTGGGATATATGTTTAAGAATCCTCAATTATGTAAACATTTTTCGTGAATTATAATTGAAATATTAACTTTAATCATGTATCCCCAAAGGAGTTACAATGATTAAAAAAAGTTTAATAGTTCC TTGTAACTCCTTTGGGGATACATGATTAAAGTTAATATTTCAATTATAATTCACGAAAAATGTTTACATAATTGAGGATTCTTAAACATATATCCCAGCTAATTTTTTATTTTGTACTTTTAATCGATTTATGATGACTGACATAAATATTCCTCCTTTTTAATGCTCACATTATACAATATCTATTTTTAAATGAAAATAGTCATTTTA 210 TTerm_0478 MRSA_WT_27 12924 12944 21 12950 12969 20 5 95 4 30 70 29 70 30 0 12946 AACAGCAGTAAGATAATTTTC GAAAATATCTTACTGCTGTT True CCCTAAAAA CTCTATTTA True False - AACAGCAGTAAGATATTTTC TAATT GAAAATTATCTTACTGCTGTT TTTTTAGGG 68 MRSA_WT_02144 intergenic 12890 13236 + down TATTCTAAAAAGATGAGACATAAATCCCTAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGCCCAACTTGCACATAAATGTAAAATTCAATAAAATGAATTTTCTGTGTTGGGTCCCTTCGTATAATTTAATAAATACCACTAAACTAAATTAACGAGGTGCCTTA AGATGACGAAATTGTAGAAATTTAATATTCTAAAAAGATGAGACATAAATCCCTAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGCCCAACTTGCACATAAATGTAAAATTCAATAAAATGAATTTTCTGTGTTGGGTCCCTTCGTATAATTTAATAAATACCACTAAACTAAATTAACGAGGTGCCTTATGTATAAAAATTATAACATGACCCA TAAGGCACCTCGTTAATTTAGTTTAGTGGTATTTATTAAATTATACGAAGGGACCCAACACAGAAAATTCATTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAGAACAGCAGTAAGATATTTTCTAATTGAAAATTATCTTACTGCTGT 312 TTerm_0479 MRSA_WT_27 27996 28020 25 28028 28052 25 7 80 0 25 62 38 65 35 0 28023 AGACCACGCATACCTATCTATAAAC GTTTATAAATGAGTTTGCCTGGTCT True TATAAAATA TGAATTGTA True False - AGACCAGGCAAACTCATTTATAAAC ATTGTCC GTTTATAGATAGGTATGCGTGGTCT TATTTTATA 58 MRSA_WT_02160 intergenic 27914 28111 + down ATGATTAATGGAGATTTATTTTTTGCTGTTGAGATTTTGTTATAGATGTTTAAACCTGTAATTAAATATATTTTATAAAATAGACCACGCATACCTATCTATAAACGGACAATGTTTATAAATGAGTTTGCCTGGTCTTGAATTGTATTAGTTTTCTTTTGGTTTTAATAAATCGACTAGATTTTCACAATATTTAT ATATGATTTCCTTGAGTCTAGATAAATGATTAATGGAGATTTATTTTTTGCTGTTGAGATTTTGTTATAGATGTTTAAACCTGTAATTAAATATATTTTATAAAATAGACCACGCATACCTATCTATAAACGGACAATGTTTATAAATGAGTTTGCCTGGTCTTGAATTGTATTAGTTTTCTTTTGGTTTTAATAAATCGACTAGATTTTCACAATATTTATCAAATATGTATTCCTAAATTATACA ATAAATATTGTGAAAATCTAGTCGATTTATTAAAACCAAAAGAAAACTAATACAATTCAAGACCAGGCAAACTCATTTATAAACATTGTCCGTTTATAGATAGGTATGCGTGGTC 115 TTerm_0480 MRSA_WT_27 34155 34169 15 34176 34190 15 6 86 0 20 60 40 61 38 0 34172 AAAATCCCCTCGCTA TAGTGAAGGGATTTT True ACATTACGA AATTTTCAT True True - AAAATCCCTTCACTA TTTGTT TAGCGAGGGGATTTT TCGTAATGT 56 MRSA_WT_02168 intergenic 34110 34427 + down TATTGAGAAATTATTAATTTATCTGTATTTTTTTATACATTACGAAAATCCCCTCGCTAAACAAATAGTGAAGGGATTTTAATTTTCATGACGGCAAGTAGGTCATTCCTAATTCTTAATACGTAAATATAAATTGTTCTTTAATTTCTACTTCTGTGAAAATTATACTTAATTACGATATCTATAGATGCTATATATATTTCAACACGCAATACATCACAAGTATAAACGAGCACCCATAATATATTAAATGGGATTAACTGACATTTTATAAATACTAAGAAGATACACTGCACTAATAAGTGACTAAGTTCATT AAATACAATGAAGATAAATGGATAATATTGAGAAATTATTAATTTATCTGTATTTTTTTATACATTACGAAAATCCCCTCGCTAAACAAATAGTGAAGGGATTTTAATTTTCATGACGGCAAGTAGGTCATTCCTAATTCTTAATACGTAAATATAAATTGTTCTTTAATTTCTACTTCTGTGAAAATTATACTTAATTACGATATCTATAGATGCTATATATATTTCAACACGCAATACATCACAAGTATAAACGAGCACCCATAATATATTAAATGGGATTAACTGACATTTTATAAATACTAAGAAGATACACTGCACTAATAAGTGACTAAGTTCATTTAAATTAATTCATTAAAGCGTGATA AATGAACTTAGTCACTTATTAGTGCAGTGTATCTTCTTAGTATTTATAAAATGTCAGTTAATCCCATTTAATATATTATGGGTGCTCGTTTATACTTGTGATGTATTGCGTGTTGAAATATATATAGCATCTATAGATATCGTAATTAAGTATAATTTTCACAGAAGTAGAAATTAAAGAACAATTTATATTTACGTATTAAGAATTAGGAATGACCTACTTGCCGTCATGAAAATTAAAATCCCTTCACTATTTGTTTAGCGAGGGGATTT 272 TTerm_0481 MRSA_WT_28 3267 3286 20 3296 3316 21 9 95 4 30 70 29 70 30 0 3290 AAAAAATCATTTCCCATCTG CAGATGTGGAAATGATTTTTT True AAAAATCAA ATTTTATAT True True - AAAAAATCATTTCCACATCTG GATGTTAAT CAGATGGGAAATGATTTTTT TTGATTTTT 84 MRSA_WT_02172 intergenic 3260 3340 + down AAATCAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTAT AGCTGAATACCACCCACCAAAATAAAAATCAAAAAAATCATTTCCCATCTGATTAACATCCAGATGTGGAAATGATTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCAT ATAGCGATTATCTTAATATAAAATAAAAAATCATTTCCACATCTGGATGTTAATCAGATGGGAAATGATTTTT 73 TTerm_0482 MRSA_WT_28 6355 6368 14 6374 6387 14 5 85 0 18 85 14 91 8 0 6370 CAAAAACTAATTTA TAAACTATTTTTTG True TCTGTAAAC ATATAAACT True True - CAAAAAATAGTTTA ATGTA TAAATTAGTTTTTG GTTTACAGA 44 MRSA_WT_02175 intergenic 6364 6556 + down TTTATACATTAAACTATTTTTTGATATAAACTACTAAAATGGACTCATACATGTGCTTTAAGGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTATAAGATTTCTCAGTTGCCCGATTTTAAATATAGCTATTAGAATT CGACGCATCTGTAAACAAAAACTAATTTATACATTAAACTATTTTTTGATATAAACTACTAAAATGGACTCATACATGTGCTTTAAGGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTATAAGATTTCTCAGTTGCCCGATTTTAAATATAGCTATTAGAATTTAGTTTTCGTAGTAACCTAATTCTA AATTCTAATAGCTATATTTAAAATCGGGCAACTGAGAAATCTTATAGATTTTTCAGCTGTCCGATTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCCTTAAAGCACATGTATGAGTCCATTTTAGTAGTTTATATCAAAAAATAGTTTAATGTATAAATTAGTTTTT 201 TTerm_0483 MRSA_WT_28 33944 33972 29 33982 34009 28 9 86 3 31 68 31 72 28 0 33976 AAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCAC GTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATT True ATATATTCA TAGTACTCA True True - AATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACAC CTTGTTATA GTGCTCGGGAATTTTTTTATGCTTTACTT TGAATATAT 86 MRSA_WT_02197 intergenic 33949 34009 + down AGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATT AATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGT AATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAATTTTTTTATGCTTTACT 65 TTerm_0484 MRSA_WT_30 4924 4933 10 4940 4949 10 6 80 0 10 85 15 87 12 0 4936 TTTAACGTTA TAACAATAAA True TCAAAAAGT ATAGATGTT True False - TTTATTGTTA AAATGA TAACGTTAAA ACTTTTTGA 28 MRSA_WT_02232 intergenic 4928 5136 + down CGTTATCATTTTAACAATAAAATAGATGTTAGAGTTTAGGACTACTTCCGCTAGTTTAAAAGCGAGTAAGTAGTCTTTTTTGTTTTAGTTCATGAAATTATTTTTATATAGTGTGGCATATTTTATTCCAAAAGATGTAATAAAACTTAACGCATTTTTGCTTTTTATAAATTGTCAGATTATTATGAAAACAAGGGAGTGGTAAGTA GACAATTACAATTCAAAAAGTTTAACGTTATCATTTTAACAATAAAATAGATGTTAGAGTTTAGGACTACTTCCGCTAGTTTAAAAGCGAGTAAGTAGTCTTTTTTGTTTTAGTTCATGAAATTATTTTTATATAGTGTGGCATATTTTATTCCAAAAGATGTAATAAAACTTAACGCATTTTTGCTTTTTATAAATTGTCAGATTATTATGAAAACAAGGGAGTGGTAAGTATGAATCTTAACGATACGATATTTAT TACTTACCACTCCCTTGTTTTCATAATAATCTGACAATTTATAAAAAGCAAAAATGCGTTAAGTTTTATTACATCTTTTGGAATAAAATATGCCACACTATATAAAAATAATTTCATGAACTAAAACAAAAAAGACTACTTACTCGCTTTTAAACTAGCGGAAGTAGTCCTAAACTCTAACATCTATTTTATTGTTAAAATGATAACGTTAA 212 TTerm_0485 MRSA_WT_30 6458 6466 9 6473 6481 9 6 88 0 13 88 11 87 12 0 6469 AAAAGTTTT AAATCTTTT True TGTTATACA TATGAAAGA True True - AAAAGATTT CAAAAT AAAACTTTT TGTATAACA 34 MRSA_WT_02233 intergenic 6386 6569 + down AATATATTTACATAGAATATTTATTGTCCTGACATTTAACTAAAGGTTGATGTTGGGACATTTTGTTATACAAAAGTTTTATTTTGAAATCTTTTTATGAAAGAAGCAGAAATATTATTTAAAGCGGTTACACATATGCTAAAATAAGGCTAAGTGTCACAAATAATGATAGGTGAATAAGTA ATTCAATAAACATATTCGATATTAGAATATATTTACATAGAATATTTATTGTCCTGACATTTAACTAAAGGTTGATGTTGGGACATTTTGTTATACAAAAGTTTTATTTTGAAATCTTTTTATGAAAGAAGCAGAAATATTATTTAAAGCGGTTACACATATGCTAAAATAAGGCTAAGTGTCACAAATAATGATAGGTGAATAAGTATGAAAAATATATCTGATATTGCCAA TACTTATTCACCTATCATTATTTGTGACACTTAGCCTTATTTTAGCATATGTGTAACCGCTTTAAATAATATTTCTGCTTCTTTCATAAAAAGATTTCAAAATAAAACTTT 111 TTerm_0486 MRSA_WT_30 13703 13711 9 13717 13725 9 5 88 0 13 61 38 62 37 0 13713 TAGCAAGTG CATTTGCTA True TGTAAAATT GTAGAGTTA True False - TAGCAAATG TTACT CACTTGCTA AATTTTACA 42 MRSA_WT_02241 intergenic 13604 14203 + down GATGAATAATTAATTACTTTCATTGTAAATTTGTTATCTTCGTATAGTACTAAAAGTATGAGTTATTAAGCCATCCCAACTTAATAACCATGTAAAATTAGCAAGTGAGTAACATTTGCTAGTAGAGTTAGTTTCCTTGGACTCAGTGCTATGTATTTTTCTTAATTATCATTACAGATAATTATTTCTAGCATGTAAGCTATCGTAAACAACATCGATTTATCATTATTTGATAAATAAAATTTTTTTCATAATTAATAACATCCCCAAAAATAGATTGAAAAAATAACTGTAAAACATTCCCTTAATAATAAGTATGGTCGTGAGCCCCTCCCAAGCTCGCGGCCTTTTTTATTGTAATAAAGAAGGGGAGAGTTAATCCTCATTATGAGAGCCACCGTTAAAATATATAAATAAGTCTAATGTTGGAAAAGGTCAAAAAATTAATCAATTTAATTAAGAAAATCATTCATTTGCAAAGGGCGAAATGGATTCTTACTGAGTTATCTATTATAAAAAATAAACATAGACTTATGAAAAATCTCTCATAAATCTATGTTTAGTCATGACATGTGTTAAATATTATTTCAGGCGCTTCT AGAAGCGCCTGAAATAATATTTAACACATGTCATGACTAAACATAGATTTATGAGAGATTTTTCATAAGTCTATGTTTATTTTTTATAATAGATAACTCAGTAAGAATCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTTATATATTTTAACGGTGGCTCTCATAATGAGGATTAACTCTCCCCTTCTTTATTACAATAAAAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGAAAAAAATTTTATTTATCAAATAATGATAAATCGATGTTGTTTACGATAGCTTACATGCTAGAAATAATTATCTGTAATGATAATTAAGAAAAATACATAGCACTGAGTCCAAGGAAACTAACTCTACTAGCAAATGTTACTCACTTGCT 500 TTerm_0487 MRSA_WT_30 14046 14051 6 14057 14062 6 5 100 0 12 100 0 100 0 0 14053 AATTAA TTAATT True GGTCAAAAA AAGAAAATC True False - AATTAA ATTGA TTAATT TTTTTGACC 24 MRSA_WT_02241 intergenic 13604 14203 + down GATGAATAATTAATTACTTTCATTGTAAATTTGTTATCTTCGTATAGTACTAAAAGTATGAGTTATTAAGCCATCCCAACTTAATAACCATGTAAAATTAGCAAGTGAGTAACATTTGCTAGTAGAGTTAGTTTCCTTGGACTCAGTGCTATGTATTTTTCTTAATTATCATTACAGATAATTATTTCTAGCATGTAAGCTATCGTAAACAACATCGATTTATCATTATTTGATAAATAAAATTTTTTTCATAATTAATAACATCCCCAAAAATAGATTGAAAAAATAACTGTAAAACATTCCCTTAATAATAAGTATGGTCGTGAGCCCCTCCCAAGCTCGCGGCCTTTTTTATTGTAATAAAGAAGGGGAGAGTTAATCCTCATTATGAGAGCCACCGTTAAAATATATAAATAAGTCTAATGTTGGAAAAGGTCAAAAAATTAATCAATTTAATTAAGAAAATCATTCATTTGCAAAGGGCGAAATGGATTCTTACTGAGTTATCTATTATAAAAAATAAACATAGACTTATGAAAAATCTCTCATAAATCTATGTTTAGTCATGACATGTGTTAAATATTATTTCAGGCGCTTCT AGAAGCGCCTGAAATAATATTTAACACATGTCATGACTAAACATAGATTTATGAGAGATTTTTCATAAGTCTATGTTTATTTTTTATAATAGATAACTCAGTAAGAATCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAAT 157 TTerm_0488 MRSA_WT_30 14045 14058 14 14066 14079 14 7 78 0 13 89 10 100 0 0 14061 AAATTAATCAATTT AAAATCATTCATTT True AGGTCAAAA GCAAAGGGC True False - AAATGAATGATTTT CTTAATT AAATTGATTAATTT TTTTGACCT 34 MRSA_WT_02241 intergenic 13604 14203 + down GATGAATAATTAATTACTTTCATTGTAAATTTGTTATCTTCGTATAGTACTAAAAGTATGAGTTATTAAGCCATCCCAACTTAATAACCATGTAAAATTAGCAAGTGAGTAACATTTGCTAGTAGAGTTAGTTTCCTTGGACTCAGTGCTATGTATTTTTCTTAATTATCATTACAGATAATTATTTCTAGCATGTAAGCTATCGTAAACAACATCGATTTATCATTATTTGATAAATAAAATTTTTTTCATAATTAATAACATCCCCAAAAATAGATTGAAAAAATAACTGTAAAACATTCCCTTAATAATAAGTATGGTCGTGAGCCCCTCCCAAGCTCGCGGCCTTTTTTATTGTAATAAAGAAGGGGAGAGTTAATCCTCATTATGAGAGCCACCGTTAAAATATATAAATAAGTCTAATGTTGGAAAAGGTCAAAAAATTAATCAATTTAATTAAGAAAATCATTCATTTGCAAAGGGCGAAATGGATTCTTACTGAGTTATCTATTATAAAAAATAAACATAGACTTATGAAAAATCTCTCATAAATCTATGTTTAGTCATGACATGTGTTAAATATTATTTCAGGCGCTTCT AGAAGCGCCTGAAATAATATTTAACACATGTCATGACTAAACATAGATTTATGAGAGATTTTTCATAAGTCTATGTTTATTTTTTATAATAGATAACTCAGTAAGAATCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATT 158 TTerm_0489 MRSA_WT_30 14125 14141 17 14150 14166 17 8 94 0 29 79 20 81 18 0 14145 TAAACATAGACTTATGA TCATAAATCTATGTTTA True ATAAAAAAT GTCATGACA True False - TAAACATAGATTTATGA GAGATTTT TCATAAGTCTATGTTTA ATTTTTTAT 66 MRSA_WT_02241 intergenic 13604 14203 + down GATGAATAATTAATTACTTTCATTGTAAATTTGTTATCTTCGTATAGTACTAAAAGTATGAGTTATTAAGCCATCCCAACTTAATAACCATGTAAAATTAGCAAGTGAGTAACATTTGCTAGTAGAGTTAGTTTCCTTGGACTCAGTGCTATGTATTTTTCTTAATTATCATTACAGATAATTATTTCTAGCATGTAAGCTATCGTAAACAACATCGATTTATCATTATTTGATAAATAAAATTTTTTTCATAATTAATAACATCCCCAAAAATAGATTGAAAAAATAACTGTAAAACATTCCCTTAATAATAAGTATGGTCGTGAGCCCCTCCCAAGCTCGCGGCCTTTTTTATTGTAATAAAGAAGGGGAGAGTTAATCCTCATTATGAGAGCCACCGTTAAAATATATAAATAAGTCTAATGTTGGAAAAGGTCAAAAAATTAATCAATTTAATTAAGAAAATCATTCATTTGCAAAGGGCGAAATGGATTCTTACTGAGTTATCTATTATAAAAAATAAACATAGACTTATGAAAAATCTCTCATAAATCTATGTTTAGTCATGACATGTGTTAAATATTATTTCAGGCGCTTCT AGAAGCGCCTGAAATAATATTTAACACATGTCATGACTAAACATAGATTTATGAGAGATTTTTCATAAGTCTATGTTT 78 TTerm_0490 MRSA_WT_30 27209 27229 21 27234 27254 21 4 95 0 37 78 21 80 20 0 27231 AAAAAAGCTGATTTCTATAAA TTGATAGAAATCAGCTTTTTT True GACAATGTA CAAATGTAT True True - AAAAAAGCTGATTTCTATCAA ATAA TTTATAGAAATCAGCTTTTTT TACATTGTC 82 MRSA_WT_02254 intergenic 27193 27565 + down GTTCTTAGACAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATAAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTCAAATGTATTTGATAATTTACAGCTCGTTGAGCTGCTGTTTTCTAGGGATTTATGTCCCATTCCTTTTACGAGAAGGTTTTTACGAGTTTTATGTAACTATTAGAAGCTATCTTTTTATATGACCATTAGTCAATATATGTATGACAAATCAGCACAATAATTTCAGTTTTACATCACTTAATCAATGAAAATGTGCTTGTTGATATTTGAATATTTACATTCAAACAATATTCATCGTTATTTCTATCAACTTAAAATTCGCAATAAAAAACTGCCAGCACGCGAATAGGGCAGCTGACAGCATCGTTCT AGTTCCAAAGAGACAGAGACATTAAGTTCTTAGACAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATAAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTCAAATGTATTTGATAATTTACAGCTCGTTGAGCTGCTGTTTTCTAGGGATTTATGTCCCATTCCTTTTACGAGAAGGTTTTTACGAGTTTTATGTAACTATTAGAAGCTATCTTTTTATATGACCATTAGTCAATATATGTATGACAAATCAGCACAATAATTTCAGTTTTACATCACTTAATCAATGAAAATGTGCTTGTTGATATTTGAATATTTACATTCAAACAATATTCATCGTTATTTCTATCAACTTAAAATTCGCAATAAAAAACTGCCAGCACGCGAATAGGGCAGCTGACAGCATCGTTCTTATTTCTCTTTTAAATATTGAATGG AGAACGATGCTGTCAGCTGCCCTATTCGCGTGCTGGCAGTTTTTTATTGCGAATTTTAAGTTGATAGAAATAACGATGAATATTGTTTGAATGTAAATATTCAAATATCAACAAGCACATTTTCATTGATTAAGTGATGTAAAACTGAAATTATTGTGCTGATTTGTCATACATATATTGACTAATGGTCATATAAAAAGATAGCTTCTAATAGTTACATAAAACTCGTAAAAACCTTCTCGTAAAAGGAATGGGACATAAATCCCTAGAAAACAGCAGCTCAACGAGCTGTAAATTATCAAATACATTTGAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTTATAGAAATCAGCTTTTT 356 TTerm_0491 MRSA_WT_31 9283 9302 20 9312 9331 20 9 90 0 30 65 35 66 33 0 9306 AAACTGAACTTCAATACCAC GTGATACTGAAGTTCAGTTT True TACATAAAA AGTTTTATT True True - AAACTGAACTTCAGTATCAC AAAAATGTG GTGGTATTGAAGTTCAGTTT TTTTATGTA 76 MRSA_WT_02268 intergenic 8759 9346 + down TTAAATAAATTGTACTGATATATACTAGCAATTCACATCATGTGAGATTGCTAGTTTTTTATTTTTGAAAAAAATTTTCATTTTGGTACAAAAAATTATCTCACCCTTCCCTATCATACTTATTTATATTTTGTATGAATGGTAGTTAGGTAAAAAATAATAACCTACCTATTTGATTAAATTAAATGCATAATATATTAAAAATCAAAATAATGCAACTAAGTTGACTATATAATGATTTAATTTGTTATACCAGTATTTTACGCTTTTTCGTCTACATATACAAATTTATATTAAATAAAGTCCAATACAATTTAGGTTAATCAAACAAGTTGATAGCTATTTAATTATTCATTCATTGCAGAATATAAACTATTAAATCATTATTTTACGCTTACTTATATTTTAATGACCTAACTGTTTATGTTCCATGGAATACATTTATAACTTAGCCCCTAATTAAAATGCTTTGTCTTGGTCATTCTATGTAAATTCTATAAAATATGTTATCTATTTACATAAAAAACTGAACTTCAATACCACCACATTTTTGTGATACTGAAGTTCAGTTTAGTTTTATTTTCAAT ATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAAAATGTGGTGGTATTGAAGTTCAGTT 63 TTerm_0492 MRSA_WT_31 17794 17820 27 17826 17851 26 5 81 3 22 67 32 72 27 0 17822 ATAAAACACCACTAATGTGTAATTGAT ATCAACTACGGTTAGTGGTGCTTTAT True AATTCAAAA ATATGTTGT True False - ATAAAGCACCACTAACCGTAGTTGAT AGTTA ATCAATTACACATTAGTGGTGTTTTAT TTTTGAATT 60 MRSA_WT_02276 intergenic 17652 17861 + down AGCTATTTTATCATAATCTTGTATCAGAATCGCATAACAACGAATTTAATGGTTACCTAATACATTACTCATCCTTATCAATGTCATCTAATTTTAAATGAATGCGTATACTCTTATTCATTTATCAAATTTAAATTCAAAATAAAACACCACTAATGTGTAATTGATTAACTATCAACTACGGTTAGTGGTGCTTTATATATGTTGTT TATGATGGCTAAAATTCTTAATTAAAGCTATTTTATCATAATCTTGTATCAGAATCGCATAACAACGAATTTAATGGTTACCTAATACATTACTCATCCTTATCAATGTCATCTAATTTTAAATGAATGCGTATACTCTTATTCATTTATCAAATTTAAATTCAAAATAAAACACCACTAATGTGTAATTGATTAACTATCAACTACGGTTAGTGGTGCTTTATATATGTTGTTTAGTTTTCCTTACTATAAAAATCTT AACAACATATATAAAGCACCACTAACCGTAGTTGATAGTTAATCAATTACACATTAGTGGTGTTTTA 67 TTerm_0493 MRSA_WT_32 6443 6451 9 6457 6465 9 5 88 0 13 100 0 100 0 0 6453 AATTAAAAT ATATTAATT True AAAAAACAA CTCTTTATG True False - AATTAATAT TTGAC ATTTTAATT TTGTTTTTT 26 MRSA_WT_02296 intergenic 6206 6515 + down ATAAGACATATAGAGATGTTAGACGTTTCTTAGTATAAGAAGTAAATATTATGATAATTATTTGAGTGTTGGGCATTATGTTCAATACTCTTTTTATTTACAAAATGTTTAACACTGATGTTTCGCTTATAGATTTTCAGTAAATGGATACTTGTATTTATAAACACAAATACAAGTAAATACTAAGTAATTAGATGGAGAAAATTACTTTTTTATTAAAAAAACACTAAAAAACAAATTAAAATGTCAAATATTAATTCTCTTTATGTTAAAATCATCATATTAAGATAACGAAAAGAGGGCGGAAAA TCATCACGAATCAATTGCACACTAAATAAGACATATAGAGATGTTAGACGTTTCTTAGTATAAGAAGTAAATATTATGATAATTATTTGAGTGTTGGGCATTATGTTCAATACTCTTTTTATTTACAAAATGTTTAACACTGATGTTTCGCTTATAGATTTTCAGTAAATGGATACTTGTATTTATAAACACAAATACAAGTAAATACTAAGTAATTAGATGGAGAAAATTACTTTTTTATTAAAAAAACACTAAAAAACAAATTAAAATGTCAAATATTAATTCTCTTTATGTTAAAATCATCATATTAAGATAACGAAAAGAGGGCGGAAAATGATATATGAAACGGCACCAGCCAA TTTTCCGCCCTCTTTTCGTTATCTTAATATGATGATTTTAACATAAAGAGAATTAATATTTGACATTTTAAT 72 TTerm_0494 MRSA_WT_32 10691 10696 6 10706 10711 6 9 100 0 12 66 33 66 33 0 10700 TAGGAT ATCCTA True AAAATGGCT TGTAATATT True False - TAGGAT TATCCTTTT ATCCTA AGCCATTTT 40 MRSA_WT_02301 intergenic 10668 10815 + down TCATTTACGTATTTAAAATGGCTAGGATAAAAGGATAATCCTATGTAATATTAATGTAATCTTTATGATTTAATGATTCGCATAGTAATGGAGTTACATTTTATATATAATAGTAATTGCGTAAGTAAATAATTGGAGGACTATAAA AACAAAAGAAGGATATAGGAAATAATCATTTACGTATTTAAAATGGCTAGGATAAAAGGATAATCCTATGTAATATTAATGTAATCTTTATGATTTAATGATTCGCATAGTAATGGAGTTACATTTTATATATAATAGTAATTGCGTAAGTAAATAATTGGAGGACTATAAATGTTAAATAATGAATATAAGAATTC TTTATAGTCCTCCAATTATTTACTTACGCAATTACTATTATATATAAAATGTAACTCCATTACTATGCGAATCATTAAATCATAAAGATTACATTAATATTACATAGGATTATCCTTTTATCCT 124 TTerm_0495 MRSA_WT_32 22939 22946 8 22953 22960 8 6 100 0 16 87 12 87 12 0 22949 ATATGAAA TTTCATAT True ACTCAAAAA ATATTTAAT True False - ATATGAAA TACATT TTTCATAT TTTTTGAGT 40 MRSA_WT_02312 intergenic 22876 23133 + down TTTTTTAATCAATTTCAGTTATTATTACTATGCGTTTGAGAAATAATAGTGTAGACTCAAAAATATGAAAAATGTATTTCATATATATTTAATTTTAGACAAGACATATGTCTTGAAAAGTTGAAAAATATAGAGATTGATAAAACTAATACGGATGTGAATGACATTGATGTTAAGCTCAATTACTAGCTTATAAAACATGTCATATGTTACAATTTTTGTTAGTTTTATTATGGGAAGTAGGAGGAAATGACGCA AAAACCTGAAGTGTATTCAAATTAATTTTTTAATCAATTTCAGTTATTATTACTATGCGTTTGAGAAATAATAGTGTAGACTCAAAAATATGAAAAATGTATTTCATATATATTTAATTTTAGACAAGACATATGTCTTGAAAAGTTGAAAAATATAGAGATTGATAAAACTAATACGGATGTGAATGACATTGATGTTAAGCTCAATTACTAGCTTATAAAACATGTCATATGTTACAATTTTTGTTAGTTTTATTATGGGAAGTAGGAGGAAATGACGCATGCAGAAAGCTTTTCGCAATGTGCT TGCGTCATTTCCTCCTACTTCCCATAATAAAACTAACAAAAATTGTAACATATGACATGTTTTATAAGCTAGTAATTGAGCTTAACATCAATGTCATTCACATCCGTATTAGTTTTATCAATCTCTATATTTTTCAACTTTTCAAGACATATGTCTTGTCTAAAATTAAATATATATGAAATACATTTTTCATA 194 TTerm_0496 MRSA_WT_32 27460 27476 17 27482 27498 17 5 88 0 24 70 29 73 26 0 27478 AAAAGAGTGAGTTATCT AGATAACTTGCTCTTTT True TGTCATTTA TTTCTACCA True True - AAAAGAGCAAGTTATCT CAAAA AGATAACTCACTCTTTT TAAATGACA 56 MRSA_WT_02315 intergenic 27447 27663 + down TTAATGTCATTTAAAAGAGTGAGTTATCTTTTTGAGATAACTTGCTCTTTTTTTCTACCATGTATAATTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAACATCCAGTGAATGATAAGATAATAAACGTACATACTAATAACTAGTAAATCGCAGGAGTAAATTTTATTAGAGTTAAACAATACATAATTAAAGGGTGGTTAACA ACCTTTATATTCATTCGATGACTAATTAATGTCATTTAAAAGAGTGAGTTATCTTTTTGAGATAACTTGCTCTTTTTTTCTACCATGTATAATTTTAAAAATATGAGCGTTAAATTAAACATTTTTCTGATAAAAACATCCAGTGAATGATAAGATAATAAACGTACATACTAATAACTAGTAAATCGCAGGAGTAAATTTTATTAGAGTTAAACAATACATAATTAAAGGGTGGTTAACATGACTAAAACAAAAATTATGGGCAT TGTTAACCACCCTTTAATTATGTATTGTTTAACTCTAATAAAATTTACTCCTGCGATTTACTAGTTATTAGTATGTACGTTTATTATCTTATCATTCACTGGATGTTTTTATCAGAAAAATGTTTAATTTAACGCTCATATTTTTAAAATTATACATGGTAGAAAAAAAGAGCAAGTTATCTCAAAAAGATAACTCACTCTTT 203 TTerm_0497 MRSA_WT_33 6060 6069 10 6075 6084 10 5 100 0 20 100 0 100 0 0 6071 ATTTAAATAA TTATTTAAAT True TTCTAAAAA AAAATTTTA True True - ATTTAAATAA TTTTT TTATTTAAAT TTTTTAGAA 40 MRSA_WT_02326 intergenic 6065 6194 + down ATAAAAAAATTATTTAAATAAAATTTTATGCCCCCCTGCCCATCGGCTTAAAATGTTTTTTCGCCGGGTACCGGAGAGGCCCAAACGCTAGCAACGCGGATAAATTTTTCATGAAAGGGGGTCTTTATA GAAAATTAGAGTTCTAAAAATTTAAATAAAAAAATTATTTAAATAAAATTTTATGCCCCCCTGCCCATCGGCTTAAAATGTTTTTTCGCCGGGTACCGGAGAGGCCCAAACGCTAGCAACGCGGATAAATTTTTCATGAAAGGGGGTCTTTATATGAAGTTAACAAAAAAACAGCTAAA TATAAAGACCCCCTTTCATGAAAAATTTATCCGCGTTGCTAGCGTTTGGGCCTCTCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCGATGGGCAGGGGGGCATAAAATTTTATTTAAATAATTTTTTTATTTAAA 134 TTerm_0498 MRSA_WT_33 13525 13535 11 13541 13551 11 5 81 0 12 81 18 88 11 0 13537 ATGTTGAAGTA TAATTCAAAAT True TCCCCAAAA CTGCAACAG True False - ATTTTGAATTA ACTGC TACTTCAACAT TTTTGGGGA 32 MRSA_WT_02336 intergenic 13516 13608 + down TCCCCAAAATGTTGAAGTAGCAGTTAATTCAAAATCTGCAACAGTTTCAGCAGAATAGGGGCTTTCAAAATAAATCAAAGGAGAATAATTTA TTCTGCAGGTTCGTTACCCAGCTAATCCCCAAAATGTTGAAGTAGCAGTTAATTCAAAATCTGCAACAGTTTCAGCAGAATAGGGGCTTTCAAAATAAATCAAAGGAGAATAATTTATGACTAAAACTTTAAAGGTTTATAA TAAATTATTCTCCTTTGATTTATTTTGAAAGCCCCTATTCTGCTGAAACTGTTGCAGATTTTGAATTAACTGCTACTTCAACA 83 TTerm_0499 MRSA_WT_34 5648 5660 13 5667 5679 13 6 84 0 16 53 46 54 45 0 5663 GGAAAAGGCTGAT ATCCGCTTTTTCC True TTATGAGTG TATCTACAA True True - GGAAAAAGCGGAT TCCCTT ATCAGCCTTTTCC CACTCATAA 64 MRSA_WT_02352 intergenic 5583 5814 + down AATTTAGTTCGAACAATATTTAGCTCCTCACCTCATAAAAGTTACAATAATAAATTTTATGAGTGGAAAAGGCTGATAAGGGAATCCGCTTTTTCCTATCTACAAAGACCACTACTTTAAAATAACGAATTTACCAATTAAAAAGCAAAAATTCTTTTCTATCACATCGCTCATTCTAACTACTAGAATCTTAATATCGTTCTTGTAATTTAAACTCAATCAACTTTCAAT ATTGAAAGAGAAAAGGTCTAAGTAAAATTTAGTTCGAACAATATTTAGCTCCTCACCTCATAAAAGTTACAATAATAAATTTTATGAGTGGAAAAGGCTGATAAGGGAATCCGCTTTTTCCTATCTACAAAGACCACTACTTTAAAATAACGAATTTACCAATTAAAAAGCAAAAATTCTTTTCTATCACATCGCTCATTCTAACTACTAGAATCTTAATATCGTTCTTGTAATTTAAACTCAATCAACTTTCAATTAATGATGCATAATATGATTATAAG ATTGAAAGTTGATTGAGTTTAAATTACAAGAACGATATTAAGATTCTAGTAGTTAGAATGAGCGATGTGATAGAAAAGAATTTTTGCTTTTTAATTGGTAAATTCGTTATTTTAAAGTAGTGGTCTTTGTAGATAGGAAAAAGCGGATTCCCTTATCAGCCTTTTC 166 TTerm_0500 MRSA_WT_34 7229 7236 8 7242 7249 8 5 87 0 11 93 6 100 0 0 7238 AATAATTT AACTTATT True CAGACTAAA AATAATAAA True False - AATAAGTT CAGAT AAATTATT TTTAGTCTG 30 MRSA_WT_02354 intergenic 7181 7535 + down AAGTACAGATTTAAAGTTATTATTATCAACATTAGAAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGTTAAAATATTAATCAATCCATACTAACTAGTATGATTCAAAGGTTTTCATCTATTAAATTCTTTACTATTTTGAAAATGAATGCCCGCAATTGAAATTTCAACTAGAAATAATCCTTATTAAAGATATAAATCACCTGTTTTTATATTGAATTACTTTTTCATTAACATCTCATTTAAATTATTATCTTTGAGTTTCACCATAACTACACGTTTTCACCAATATT TGATGTACTATATATCTCACAATGAAAGTACAGATTTAAAGTTATTATTATCAACATTAGAAAACAGACTAAAATAATTTATCTGAACTTATTAATAATAAAGAACCTGCTAGATGACAGCTATTTAAAATACATAAGCTACTCATTTAGCAGGTTAAAATATTAATCAATCCATACTAACTAGTATGATTCAAAGGTTTTCATCTATTAAATTCTTTACTATTTTGAAAATGAATGCCCGCAATTGAAATTTCAACTAGAAATAATCCTTATTAAAGATATAAATCACCTGTTTTTATATTGAATTACTTTTTCATTAACATCTCATTTAAATTATTATCTTTGAGTTTCACCATAACTACACGTTTTCACCAATATTTATAAAAAGACATCTTTTACAAAAG AATATTGGTGAAAACGTGTAGTTATGGTGAAACTCAAAGATAATAATTTAAATGAGATGTTAATGAAAAAGTAATTCAATATAAAAACAGGTGATTTATATCTTTAATAAGGATTATTTCTAGTTGAAATTTCAATTGCGGGCATTCATTTTCAAAATAGTAAAGAATTTAATAGATGAAAACCTTTGAATCATACTAGTTAGTATGGATTGATTAATATTTTAACCTGCTAAATGAGTAGCTTATGTATTTTAAATAGCTGTCATCTAGCAGGTTCTTTATTATTAATAAGTTCAGATAAATTAT 306 TTerm_0501 MRSA_WT_35 925 939 15 946 960 15 6 80 0 15 60 40 58 41 0 942 GCATTGACGAACTTA TACGTTAGACAATGC True GACAAAAAG ACTTCTAAA True False - GCATTGTCTAACGTA TTTTTT TAAGTTCGTCAATGC CTTTTTGTC 46 MRSA_WT_02373 intergenic 758 1007 + down ACATCGTATATTGAAATTTCAAGATTTCTTAAGTAATTATATTTCTGTTAGTTTTTAACAAATTAACCGATTAAATAAAGTGCTCTCTTAGAAGTAGATTTTCAGTCAATAACTGCTTTTAAGAGAGCATTTTGTATTTGATAATGCTCATAGCATCGGACAAAAAGCATTGACGAACTTAAAAAAATACGTTAGACAATGCACTTCTAAATATTAAAGGCATCGACTAACGCATTGTTCAAATATAGT AGATGAAATAAGCGACTTATCATAAACATCGTATATTGAAATTTCAAGATTTCTTAAGTAATTATATTTCTGTTAGTTTTTAACAAATTAACCGATTAAATAAAGTGCTCTCTTAGAAGTAGATTTTCAGTCAATAACTGCTTTTAAGAGAGCATTTTGTATTTGATAATGCTCATAGCATCGGACAAAAAGCATTGACGAACTTAAAAAAATACGTTAGACAATGCACTTCTAAATATTAAAGGCATCGACTAACGCATTGTTCAAATATAGTTAATTATTTTTATAAAATTGATGAT ACTATATTTGAACAATGCGTTAGTCGATGCCTTTAATATTTAGAAGTGCATTGTCTAACGTATTTTTTTAAGTTCGTCAATG 82 TTerm_0502 MRSA_WT_35 8177 8184 8 8189 8196 8 4 87 0 11 75 25 71 28 0 8186 TAAGACAT ATGTCATA True GAAAAATAT ATTTATTGT True False - TATGACAT TTTT ATGTCTTA ATATTTTTC 38 MRSA_WT_02379 intergenic 8079 8422 + down CATCATCATATTGAATAGTAAAAACAAATAAAACATAGTAACGTGATTCAGTCGATGTAACAGTCGATAATGAGTCACGTTTTTTTATAGAAAAATATAAGACATAAAAATGTCATAATTTATTGTCGACAAATATCATACTGTATAAACATTTATCATTTTCTCAAGTACCTTTTACACGATGGAATGAGCTTACTTTTTACGAAATTATGCGTATTTTATAAACAAATATCATTGATATAACGGTAAATGTAAGCGTTTACAACAGAAATAACAGCATGCTACGATATTTTTGTAAATTCACTGATTCAAGTATTTTAAGTCAATATGAGGAGGGATGTTA TAATCGAGGTGCAGTAGACGCATAGCATCATCATATTGAATAGTAAAAACAAATAAAACATAGTAACGTGATTCAGTCGATGTAACAGTCGATAATGAGTCACGTTTTTTTATAGAAAAATATAAGACATAAAAATGTCATAATTTATTGTCGACAAATATCATACTGTATAAACATTTATCATTTTCTCAAGTACCTTTTACACGATGGAATGAGCTTACTTTTTACGAAATTATGCGTATTTTATAAACAAATATCATTGATATAACGGTAAATGTAAGCGTTTACAACAGAAATAACAGCATGCTACGATATTTTTGTAAATTCACTGATTCAAGTATTTTAAGTCAATATGAGGAGGGATGTTATGAGCGATTCTGAGAAAGAAATTTT TAACATCCCTCCTCATATTGACTTAAAATACTTGAATCAGTGAATTTACAAAAATATCGTAGCATGCTGTTATTTCTGTTGTAAACGCTTACATTTACCGTTATATCAATGATATTTGTTTATAAAATACGCATAATTTCGTAAAAAGTAAGCTCATTCCATCGTGTAAAAGGTACTTGAGAAAATGATAAATGTTTATACAGTATGATATTTGTCGACAATAAATTATGACATTTTTATGTCTT 245 TTerm_0503 MRSA_WT_35 26256 26266 11 26273 26283 11 6 90 0 17 59 40 60 40 0 26269 ACTGCTACTTG CAAGTAACAGT True ATAAAAAAA ATCAAACAC True False - ACTGTTACTTG CTCCAA CAAGTAGCAGT TTTTTTTAT 50 MRSA_WT_02400 intergenic 26251 26343 + down AAAAACTGCTACTTGTTGGAGCAAGTAACAGTATCAAACACTTAAGAAAAAATTCATGTTCAATATAAAACGAAAAACGGAGGAAGTCAAGA TAAGGAATACTTTTATGAAGAATAAAAAAACTGCTACTTGTTGGAGCAAGTAACAGTATCAAACACTTAAGAAAAAATTCATGTTCAATATAAAACGAAAAACGGAGGAAGTCAAGATGTATTACGAAATAGGCGAAATCAT TCTTGACTTCCTCCGTTTTTCGTTTTATATTGAACATGAATTTTTTCTTAAGTGTTTGATACTGTTACTTGCTCCAACAAGTAGCAG 87 TTerm_0504 MRSA_WT_36 7984 7990 7 7997 8003 7 6 100 0 14 100 0 100 0 0 7993 ATTTTAT ATAAAAT True ACTATAAAA GGTGAAATT True False - ATTTTAT CACCTC ATAAAAT TTTTATAGT 28 MRSA_WT_02414 intergenic 7982 8002 + down AATTTTATGAGGTGATAAAA AGAAGATACCGAAGAAACACTATAAAATTTTATGAGGTGATAAAATGGTGAAATTTAAAGTTGTTAGAGA TTTTATCACCTCATAAAA 18 TTerm_0505 MRSA_WT_36 21558 21564 7 21570 21576 7 5 100 0 14 71 28 71 28 0 21566 TATGAGT ACTCATA True TGAAAAGCT ATCTTTATT True False - TATGAGT ATCTA ACTCATA AGCTTTTCA 44 MRSA_WT_02427 intergenic 21552 21676 + down AAAGCTATGAGTTAGATACTCATAATCTTTATTCTTTTAGAAAGCGGGTGTACTGAATTGGGGTGGTTCAAAAAACACGAACATGAATGGCGCATCAGAAGGTTAGAAGAGAATGATAAAACAA AACAGTTAACACTGAAACAGTATGAAAAGCTATGAGTTAGATACTCATAATCTTTATTCTTTTAGAAAGCGGGTGTACTGAATTGGGGTGGTTCAAAAAACACGAACATGAATGGCGCATCAGAAGGTTAGAAGAGAATGATAAAACAATGCTCAGCACACTCAACGAAATTAA TTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCAGTACACCCGCTTTCTAAAAGAATAAAGATTATGAGTATCTAACTCAT 118 TTerm_0506 MRSA_WT_37 12531 12542 12 12547 12558 12 4 83 0 14 41 58 40 60 0 12544 AAGGCACCCCAC GTGAGATGCCTT True AAATGTAAA ATTATAAAA True False - AAGGCATCTCAC AATC GTGGGGTGCCTT TTTACATTT 52 MRSA_WT_02442 intergenic 12296 12575 + down TTAACTTCAACCAATAATCTGATGAATATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTTAAAGCATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACGCTATACCTAATTAGTTTTATACATCTCTCCTAACAAAACTTAATTTATTTGGTGCAAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAGCATTCAAGCACCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGAT TAAAGCGATAGATGACTTAAGATAATTAACTTCAACCAATAATCTGATGAATATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTTAAAGCATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACGCTATACCTAATTAGTTTTATACATCTCTCCTAACAAAACTTAATTTATTTGGTGCAAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAGCATTCAAGCACCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCT ATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT 44 TTerm_0507 MRSA_WT_40 8010 8024 15 8034 8048 15 9 80 0 15 63 36 66 33 0 8028 AAAAAGGATATGACA TGTCACACCCTTCTT True AACACAACA TTGAACCGC True True - AAGAAGGGTGTGACA TGAAGTTTG TGTCATATCCTTTTT TGTTGTGTT 54 MRSA_WT_02480 intergenic 7934 8068 + down TAGTAAAATATAAAAATATGGGCGTATCTTACTTATTGTAGGTAGCGCCCCTTTTTTATGCTTCATAAACACAACAAAAAGGATATGACACAAACTTCATGTCACACCCTTCTTTTGAACCGCTTCATTTTACT TATTAATCGTATTGAAAAACAATAATAGTAAAATATAAAAATATGGGCGTATCTTACTTATTGTAGGTAGCGCCCCTTTTTTATGCTTCATAAACACAACAAAAAGGATATGACACAAACTTCATGTCACACCCTTCTTTTGAACCGCTTCATTTTACTTAAGCAAGTGCATCTACAACATAAA AGTAAAATGAAGCGGTTCAAAAGAAGGGTGTGACATGAAGTTTGTGTCATATCCTTTT 58 TTerm_0508 MRSA_WT_41 3392 3407 16 3413 3428 16 5 93 0 27 59 40 60 40 0 3409 ATAAAAAGGAGCGGCA TGTCGCTCCTTTTTAT True TGTAGTACA TATGTATTT True True - ATAAAAAGGAGCGACA ATGGA TGCCGCTCCTTTTTAT TGTACTACA 86 MRSA_WT_02491 intergenic 3388 3550 + down TACATAAAAAGGAGCGGCATCCATTGTCGCTCCTTTTTATTATGTATTTTTACAATCTCCACCAATGACACGTCGTCATTGTTACCTCAGACCAAACAAAAAAACAGTCTCGCAATCAAGACTGTTTTCCACTCAATATATTCATCCATTAGCGTAATGGAT GAGATGGTTGAAAATCGGTATGTAGTACATAAAAAGGAGCGGCATCCATTGTCGCTCCTTTTTATTATGTATTTTTACAATCTCCACCAATGACACGTCGTCATTGTTACCTCAGACCAAACAAAAAAACAGTCTCGCAATCAAGACTGTTTTCCACTCAATATATTCATCCATTAGCGTAATGGATTATTTAACTTCTGTAGCTACAAAGA ATCCATTACGCTAATGGATGAATATATTGAGTGGAAAACAGTCTTGATTGCGAGACTGTTTTTTTGTTTGGTCTGAGGTAACAATGACGACGTGTCATTGGTGGAGATTGTAAAAATACATAATAAAAAGGAGCGACAATGGATGCCGCTCCTTTTTA 158 TTerm_0509 MRSA_WT_41 3489 3498 10 3507 3516 10 8 100 0 20 70 30 70 30 0 3502 AAAACAGTCT AGACTGTTTT True CAAACAAAA CCACTCAAT True True - AAAACAGTCT TGATTGCG AGACTGTTTT TTTTGTTTG 64 MRSA_WT_02491 intergenic 3388 3550 + down TACATAAAAAGGAGCGGCATCCATTGTCGCTCCTTTTTATTATGTATTTTTACAATCTCCACCAATGACACGTCGTCATTGTTACCTCAGACCAAACAAAAAAACAGTCTCGCAATCAAGACTGTTTTCCACTCAATATATTCATCCATTAGCGTAATGGAT GAGATGGTTGAAAATCGGTATGTAGTACATAAAAAGGAGCGGCATCCATTGTCGCTCCTTTTTATTATGTATTTTTACAATCTCCACCAATGACACGTCGTCATTGTTACCTCAGACCAAACAAAAAAACAGTCTCGCAATCAAGACTGTTTTCCACTCAATATATTCATCCATTAGCGTAATGGATTATTTAACTTCTGTAGCTACAAAGA ATCCATTACGCTAATGGATGAATATATTGAGTGGAAAACAGTCTTGATTGCGAGACTGTTT 61 TTerm_0510 MRSA_WT_43 6393 6399 7 6406 6412 7 6 100 0 14 100 0 100 0 0 6402 AAAAATA TATTTTT True TTTTGTAAA GTGACAAAT True False - AAAAATA AGACAG TATTTTT TTTACAAAA 28 MRSA_WT_02523 intergenic 6356 6941 + down TGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGATTTTTTGTAAAAAAATACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAACTGTGACAAACGCAATATATTGTGTCGCAAAAGTGTGACATTTCGTCTTTTTATGCCCCCATGCAAAAAGACCGACGAAGTCTTGAAATATCTGGCTTTGCCAGATCCCCCATTCATTGATGGGGACAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGTATATAAAAAAATAGTCACTGGTTTTGCTCAAATTTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAAAGCGTATATAAGTTTCGGATATAAAAAACTATATGCCCTCCCTAAATCTTTAAAATACCCCCTTAAAATTTAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTTATTT AAATAAACACTCCTTTTTTAAAAAACTTTATCACAAGACTTACTCAAATTATAAATACCTTTATTTTAAATTTTAAGGGGGTATTTTAAAGATTTAGGGAGGGCATATAGTTTTTTATATCCGAAACTTATATACGCTTTTAAAACGCAAATATGAGCCAAATAAATATATGCTATTTTCAAAAACAAAAATTTGAGCAAAACCAGTGACTATTTTTTTATATACTGCCCATTTACATGCAAATTTAAAAATTAGCATAAAATACTTTAAAACTTCCCCATGTTTTTCTAAATTCCTGCAGGGCTTTTCTTATCAAAAACTTAGAAATTTTAATTTAACTCTAAAATCTCCGTAAGAGCATAAGGGAAATTTGTCCCCATCAATGAATGGGGGATCTGGCAAAGCCAGATATTTCAAGACTTCGTCGGTCTTTTTGCATGGGGGCATAAAAAGACGAAATGTCACACTTTTGCGACACAATATATTGCGTTTGTCACAGTTTTGTGACACTACATACAGCATTTGTCACAAAAATAAGACAGTATTTT 548 TTerm_0511 MRSA_WT_43 6869 6880 12 6885 6896 12 4 83 0 14 100 0 100 0 0 6882 AAATTTAAAATA TATTTATAATTT True CCCCCTTAA GAGTAAGTC True False - AAATTATAAATA CCTT TATTTTAAATTT TTAAGGGGG 28 MRSA_WT_02523 intergenic 6356 6941 + down TGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGATTTTTTGTAAAAAAATACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAACTGTGACAAACGCAATATATTGTGTCGCAAAAGTGTGACATTTCGTCTTTTTATGCCCCCATGCAAAAAGACCGACGAAGTCTTGAAATATCTGGCTTTGCCAGATCCCCCATTCATTGATGGGGACAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAAAAGCCCTGCAGGAATTTAGAAAAACATGGGGAAGTTTTAAAGTATTTTATGCTAATTTTTAAATTTGCATGTAAATGGGCAGTATATAAAAAAATAGTCACTGGTTTTGCTCAAATTTTTGTTTTTGAAAATAGCATATATTTATTTGGCTCATATTTGCGTTTTAAAAGCGTATATAAGTTTCGGATATAAAAAACTATATGCCCTCCCTAAATCTTTAAAATACCCCCTTAAAATTTAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTTATTT AAATAAACACTCCTTTTTTAAAAAACTTTATCACAAGACTTACTCAAATTATAAATACCTTTATTTTAAATT 72 TTerm_0512 MRSA_WT_43 9645 9650 6 9659 9664 6 8 100 0 12 66 33 66 33 0 9654 TCAACT AGTTGA True TAATAAAAT ACAACATCT True False - TCAACT AAGAAGGC AGTTGA ATTTTATTA 40 MRSA_WT_02527 intergenic 9114 9677 + down TTAAGTAGATTAGCTAAAGAGAAAAACATATCGAGAAATGAATTAATATTAGAAACATTAGAACTGCTATATACACTTGAAAGTTGTCAAAAATTATATGAAGAACAATCACATCAGCAAGCACAAAATACAAAAAAATTAAAAGAAATTGCGAGTAAATAAAGCAAAATTTTAGCGTTACTTGAATCAGTAGATTATTAAATATGAGAACAAAAGTTGAAAAAGTGTGAGCTATTTTATATTTAAAATGTATTGAAATTCAAAACGTTCATGCGTGGAATAAATTACAAAGATATATCCATTTTAACGCCAAAAGGAAATTTGATTGAGAGTATAAATAAAGGTATAAAAGATGAAAATTAAAAATTGAGTTTAAAGGACATAGAATGGTATGTCAACATTTTTTTAGACAGTTTTCATGTGTAAATTTTTAAATGTCACTGGCGTCAAATACTGTAATGAAGAATGTGGTCTAAAATTGTTGTACCAATTTACATAATCAAATAGTTCTGTTTCTAGTCATAATAAAATCAACTGCCTTCTTAGTTGAACAACATCTATTT AAATAGATGTTGTTCAACTAAGAAGGCAGTTG 32 TTerm_0513 MRSA_WT_45 544 549 6 558 563 6 8 100 0 12 100 0 100 0 0 553 TAATTA TAATTA True ATAAAATAT ATTAGAGGT True False - TAATTA AAATACTA TAATTA ATATTTTAT 24 MRSA_WT_02552 intergenic 460 581 + down AAACATGAAGCTCTTGAACACTATCTAATGAATAAGTATAATTTACACTATATAGAGGCACATAAACTTACAGAAATAAAATATAATTATAGTATTTTAATTAATTAGAGGTGGAAATGAT TAAAAAAATGGATATAATAACGTAGAAACATGAAGCTCTTGAACACTATCTAATGAATAAGTATAATTTACACTATATAGAGGCACATAAACTTACAGAAATAAAATATAATTATAGTATTTTAATTAATTAGAGGTGGAAATGATTGCTAATATTAAAAATAAAAGAAAT ATCATTTCCACCTCTAATTAATTAAAATACTATAATT 37 TTerm_0514 MRSA_WT_45 852 860 9 865 873 9 4 100 0 18 66 33 66 33 0 862 TAACCTTCA TGAAGGTTA True AAAAATTTT TTTTTTAGT True True - TAACCTTCA CATT TGAAGGTTA AAAATTTTT 60 MRSA_WT_02553 intergenic 829 1408 + down AGAAAGTTTACTTTAAAAATTTTAACCTTCAAATGTGAAGGTTATTTTTTAGTGCGCCTGGCATGGGCAACAACTTGACGGTGAAAGTCCGTTACAGGCTTGGTAGTAGGAACTGTTAGCGAAAGACAAGGGTGTCCATTGTGAAGTGGAATCTGAAGGAAGTCGGACGCAAACACTCGCATTGACGAACAGAAACATCATAATAAGGCCATATAAAACGGATGAGTCTGCTAAACAAGATGAAGTCCAATACTACCCGAATTTTATATGGTAAATGATGCGATGAGATGAGTGGAAAGTGGTTGCACCTTACCCAGGGAGGTCTCATTAGCGGTGCACATACCGTAGTAACAACGAATAATGAGAAGTCAGCAGACGTCATAGTAGGGAAAATGTACCGAAGGACGGAACAATATTCATACAAAGTAAAGAATGGAGGTTATAGATTTACATCATGCAGAAAACAACGAACTAGTTGGCAACATATAGAGAGATAAGTAGTGGAACGAAAAAGGGTAAATAAGTGCGCATGGTAAATCTTAGGTGAAATGAAAGAAATGTATCGTGAGTCTCCATCGA TCGATGGAGACTCACGATACATTTCTTTCATTTCACCTAAGATTTACCATGCGCACTTATTTACCCTTTTTCGTTCCACTACTTATCTCTCTATATGTTGCCAACTAGTTCGTTGTTTTCTGCATGATGTAAATCTATAACCTCCATTCTTTACTTTGTATGAATATTGTTCCGTCCTTCGGTACATTTTCCCTACTATGACGTCTGCTGACTTCTCATTATTCGTTGTTACTACGGTATGTGCACCGCTAATGAGACCTCCCTGGGTAAGGTGCAACCACTTTCCACTCATCTCATCGCATCATTTACCATATAAAATTCGGGTAGTATTGGACTTCATCTTGTTTAGCAGACTCATCCGTTTTATATGGCCTTATTATGATGTTTCTGTTCGTCAATGCGAGTGTTTGCGTCCGACTTCCTTCAGATTCCACTTCACAATGGACACCCTTGTCTTTCGCTAACAGTTCCTACTACCAAGCCTGTAACGGACTTTCACCGTCAAGTTGTTGCCCATGCCAGGCGCACTAAAAAATAACCTTCACATTTGAAGGTT 556 TTerm_0515 MRSA_WT_47 2740 2758 19 2763 2782 20 4 95 5 28 79 20 78 21 0 2760 TAGCTATGAAAAAATCTAT ATAGATTTTTTTCATAGCTA True ATAATAAAT AACTTAATA True True - TAGCTATGAAAAAAATCTAT GACG ATAGATTTTTTCATAGCTA ATTTATTAT 64 MRSA_WT_02573 intergenic 2521 2918 + down TATATAAATATATTTAAACCCTCATAGGCATTGTGCTTATGGGGGTTTTTCATATTGGAGTCAATTTTAAACTAATATGTATTTCATTGCCTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTCTGTGTTGGGGCCCCTATAATTGAAAAGCGTATTATCATTCAGTCAATGACTGCTAATATAACAGTATAGAGAGTCTGGGATAGGCTCAATAACTATAATAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTTTTTTCATAGCTAAACTTAATATGTTTTGTTGTTTTGATATAATTACAGAACGTAAATATGCAATAACATTTGGAAAGGCACCTATTAATACTTTGTAAAAGCTTTGGTGTCATCATGTAAATATCAAAATAATTAATGATTTTACTGT ATCTTCAGGTCTTTCTATTCTATAATATATAAATATATTTAAACCCTCATAGGCATTGTGCTTATGGGGGTTTTTCATATTGGAGTCAATTTTAAACTAATATGTATTTCATTGCCTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTCTGTGTTGGGGCCCCTATAATTGAAAAGCGTATTATCATTCAGTCAATGACTGCTAATATAACAGTATAGAGAGTCTGGGATAGGCTCAATAACTATAATAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTTTTTTCATAGCTAAACTTAATATGTTTTGTTGTTTTGATATAATTACAGAACGTAAATATGCAATAACATTTGGAAAGGCACCTATTAATACTTTGTAAAAGCTTTGGTGTCATCATGTAAATATCAAAATAATTAATGATTTTACTGTTACATGGCTAAGAGGTTATTGATAA ACAGTAAAATCATTAATTATTTTGATATTTACATGATGACACCAAAGCTTTTACAAAGTATTAATAGGTGCCTTTCCAAATGTTATTGCATATTTACGTTCTGTAATTATATCAAAACAACAAAACATATTAAGTTTAGCTATGAAAAAAATCTATGACGATAGATTTTTTCATAGCT 178 TTerm_0516 MRSA_WT_47 6709 6721 13 6726 6738 13 4 84 0 16 92 7 100 0 0 6723 TAAAATTGTTAAA TTTAATAATGTTA True TGCATAGAT AACTTTATT True False - TAACATTATTAAA ACCG TTTAACAATTTTA ATCTATGCA 32 MRSA_WT_02579 intergenic 6521 6797 + down ACGAACAAGAGAATTTTTTGTTTTTTAATACGTGAATAATAAGATTATTGATATAAAGGTTTTCAAAGGTTATACAAAAAGATAAAACATTTATGATTCGTATATCAACGTAAAGTAATGTTGATAAATCGTTTAAAACGTTTCATTTACATTACTGTTTATTTATGAATATGTAACAATGCATAGATAAAATTGTTAAACGGTTTTAATAATGTTAAACTTTATTATCGTAGTCAAACTGAATGTATAACAACAATGACCTAAGAGGTGTGGATA GGATTATAAAAAAGAAACTAAGTAAACGAACAAGAGAATTTTTTGTTTTTTAATACGTGAATAATAAGATTATTGATATAAAGGTTTTCAAAGGTTATACAAAAAGATAAAACATTTATGATTCGTATATCAACGTAAAGTAATGTTGATAAATCGTTTAAAACGTTTCATTTACATTACTGTTTATTTATGAATATGTAACAATGCATAGATAAAATTGTTAAACGGTTTTAATAATGTTAAACTTTATTATCGTAGTCAAACTGAATGTATAACAACAATGACCTAAGAGGTGTGGATATGAATAAACACAAGAAAGGTTCTAT TATCCACACCTCTTAGGTCATTGTTGTTATACATTCAGTTTGACTACGATAATAAAGTTTAACATTATTAAAACCGTTTAACAATTTT 88 TTerm_0517